等位基因测序的简便快速方法

[目的]探索一种简便快速的等位基因测序方法.[方法]用银染方法对待检个体的血样本进行简短串联重复(shorttandemrepeat,STR)基因分型,将需测序的等位基因条带从凝胶图上切下,PCR扩增,产物经纯化作为测序模板.采用循环测序法测序.[结果]对D12S391、D11S554STR基因座的等位基因Ladder及STR基因座(FGA、D12S391、D11S554)等位基因发生突变的19个家系的等位基因进行了测序.STR分型表现为杂合子或纯合子的等位基因用此方法测序都得到了清晰的信号.[结论]此方法不仅给等位基因测序提供了一种有效手段,而且对于只要能利用电泳分离的混合的DNA片段,就能用此方法将各DNA片段分别测序.     

Powerplex(R) 16TM System在中国人群中OL等位基因的研究

[目的]分析Powerplex(R) 16TM System中各基凼座的OL等位基因,探讨OL等位基因在中国人群中的分型及意义.[方法]用Powerplex(R) 16TM System试剂盒中15 STR基因座检测23 980个中国群体样本,通过STR分型数据对体系中各基因座的OL等位基因进行统计分析,找出频率较高的OL等位基因测序.[结果]在Powerplex(R) 16TM System中的15个基因座有11个基因座发现OL等位基因,以PentaE、PentaD和D7S820基因座中发现最多,分别有11、9和7个.D7S820的等位基因9.1、9.2、10.1;PentaE中的等位基因18.4,19.4,26;PentaD中的等位基因6;D21S11的等位基因30.3的频率均大于1‰.[结论]大样本基因频率调查能更好的发现STR基因座中的OL等位基因,OL等位基因正确分型对法医学中的个体识别和亲权鉴定有重要意义.     

等位基因测序的简便快速方法

目的：探索一种简便快速的等位基因测序方法。方法：用银染方法对待检个体的血样本进行简短串联重复（short tandem repeat,STR)基因分型，将需测序的等位基因条带从凝胶图上切下，PCR扩增，产物经纯化作为测序模板。采用循环测序法测序.结果：对D12S391、D11S554 STR基因座的等位基因Ladder及STR基因座（FGA、D12S391、D11S554）等位基因发生突变的19个家系的等位基因进行了测序。STR分型表现为杂合子或纯合子的等位基因用此方法测序都得到了清晰的信号。结论：此方法 不仅给等位基因测序提供了一种有效手段，而且对于只要能利用电泳分离的混合的DNA片段，就能用此方法将各DNA片段分别测序。     

鄂西北周边汉族人群CODIS数据库基因座等位基因的分布频率调查和分析

目的:本实验收集鄂西北周边汉族人群做亲权鉴定人的标本,确认无血缘关系的个体作为该地区随机抽样人群,检测其CODIS数据库中所有13个等位基因座中各等位基因的分布频率。方法:应用Chelex提取DNA,Amp FISTR Identifiler试剂盒扩增,毛细管电泳分型。对每个等位基因座等位基因分布进行统计计算,检测每个等位基因座哈德温伯格平衡(Hard-Wenborger平衡)。结果:在被检测的387位无关个体中13个CODIS等位基因座共检出148个等位基因型以及13个等位基因座中等位基因的分布频率。结论:为本地区等位基因数据库的建立提供第一手的等位基因频率和相关统计学资料。应用适合本地人群的等位基因频率可以提高亲权鉴定和个体识别中累积父权指数的可靠性。     

无双亲同胞关系鉴定1例

通过多同胞基因分型，逆向推测其父母相应基因座的等位基因，用于同胞间亲权鉴定1例，现报告如下。王某(女)早年与其家人失散，近年在艰难的寻亲旅途中寻得邵氏四兄妹可能是同胞，但无有力证据。到我系寻求同胞亲权鉴定。     

亲子鉴定常用 STR 基因座突变的特点

目的：探讨亲子鉴定中常用STR基因座突变的特点。方法检测华南地区3097例肯定亲权关系的亲子鉴定案例,观察STR基因座等位基因突变情况,统计各STR基因座突变率,分析突变来源、突变规律和突变特点。结果共发现94例突变案例,101个突变STR基因座。5个家系中出现2个STR 基因座位点同时突变。STR基因座突变率在0.0199％～0.1994％之间,Penta E基因座突变率最高。来源于父系突变与母系突变比例为4.2∶1。突变符合逐步突变模式,1步突变88例,占突变案例总数的93.6％。结论亲子鉴定检测中STR基因座等位基因突变的现象并不罕见,对鉴定结果分析有重要影响。对于突变的STR基因座,增加检测其他STR基因座位点的同时,应结合突变STR基因座亲权指数值的计算方法,计算得到累计亲权指数,从而得出正确的鉴定结论。     

江西地区汉族人群FGA、GABRB15和D19S253基因多态性分布

目的 调查江西地区汉族人FGA、GABRB15和D19S2533个STR位点遗传多态性。方法 随机抽取江西地区汉族人群无血缘关系个体的静脉血，应用PCR和聚丙烯酰胺凝胶电泳技术进行检测分析。结果 3个STR位点均符合Hardy-Weinberg平衡规则，FGA、GABRB15和D19S2533个STR位点的杂合度分别为0．8706、0．6931和0．8059，个体识别力分别为0．9577、0．8317和0．9066，多态性信息含量分别为0．8547、0．6407和0．7805。结论 FGA、GABRB15和D19S2533个STR位点属高识别能力的遗传标记，所获数据可应用于江西省地区群体调查、法医学个体识别及亲权鉴定等研究领域。     

Identifiler体系在276例单亲亲权鉴定中的应用分析

目的 探讨Identifiler体系在单亲亲权鉴定案例中的应用价值.方法 采用荧光标记STR-PCR复合扩增、毛细管电泳基因分型技术,应用3100 Avant遗传分析仪对276例单亲亲权鉴定的个体进行15个短串联重复串联序列(STR)基因座的基因分型.结果 在276例的单亲亲权鉴定中,认定亲权关系199例,占72.10%,其中亲权指数(CPI)≥2 000,父权相对机会(RCP)≥99.95%有183例,13例CPI＜2 000,3例出现一个基因座单步突变;排除亲权关系77例,占27.90%,其中2例只出现1～2个不符合遗传规律基因座,通过加测母亲样本,排除指标均大于3个.结论 应用Identifiler体系的15个STR基因座对常规单亲亲权案例能成功地开展鉴定分析工作,但当CPI＜2 000或有1～2不符合遗传规律基因座时,须增加检测基因座和加测母亲样本,以提高亲权指数或增加排除指标,规避可能的错误鉴定结论 .     

中国汉族和朝鲜族8个Y-STR基因座单倍型遗传多态性

[目的]观察中国汉族和朝鲜族8个Y-STR基因座遗传多态性在法医学个人识别和亲权鉴定中的适用性.[方法]利用PCR扩增、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染方法对各200名中国汉族和朝鲜族人群的DYS441^DYS448 8个Y-STR基因座单倍型进行检测和分析.[结果]在汉族群体中分别检测出7,5,6,7,4,10,10和6个等位基因,基因多样性分布为0.540 1DYS448 8个Y-STR基因座单倍型进行检测和分析.[结果]在汉族群体中分别检测出7,5,6,7,4,10,10和6个等位基因,基因多样性分布为0.540 1⁰.819 0,8个基因座联合单倍型为189种,基因多样性为0.999 2;在朝鲜族群体中分别检测出8,6,6,5,6,10,9和6个等位基因,基因多样性分布为0.513 50.819 0,8个基因座联合单倍型为189种,基因多样性为0.999 2;在朝鲜族群体中分别检测出8,6,6,5,6,10,9和6个等位基因,基因多样性分布为0.513 5⁰.799 6,8个基因座联合单倍型为174种,基因多样性为0.997 9.[结论]8个YSTR基因座在2个群体中均具有较高的遗传多样性,是较理想的遗传标记系统,对中国汉族和朝鲜族的个人识别及亲权鉴定等具有较高的应用性.     

朝鲜族男性人群DYS388基因座遗传多态性分布研究

[目的]探讨Y染色体特异性短串联重复序列(STR)基因座DYS 388的遗传多态性在延边地区朝鲜族人群中的分布情况.[方法]应用PCR,PAGE技术分离扩增产物,结合银染显带技术对DYS388基因座进行检测.[结果]在DYS 388基因座中检测出6个等位基因,其频率分别为0.110,0.006,0.638,0.220,0.017,0.011,个人识别率为0.532 8.[结论]所得到的等位基因频率数据可为朝鲜族人群法医学个人识别、亲权鉴定及遗传学研究提供依据.     

河南汉族冠心病患者内皮型一氧化氮合酶基因多态性分析

目的:探讨河南汉族冠心病患者内皮型-氧化氮合酶(eNOS)基因第4内含子VNTR的多态性.方法:依据VNTR位点侧翼序列设计引物,采用PCR方法检测河南汉族正常对照组(n=240)和冠心病人群(n=207)基因型,并对2组基因型与等位基因频率进行对比.结果:正常对照组和冠心病人群eNOS基因VNTR均存在a、b2种等位基因以及aa、ab、bb 3种基因型,冠心病组发现1例罕见ac基因型,但等位基因与基因型的分布频率存在差异.冠心病人群携带a等位基因的频率(20.29%)及aa纯合子(3.87%)的基因型频率均高于正常对照组(P＜0.05).结论:eNOS基因的a等位基因与冠心病相关,携带a等位基因者具有易患冠心病的危险性.     

复合杂合突变致部分性17α-羟化酶/17,20碳链裂解酶缺陷症的临床和遗传分析

目的 通过对1例部分性17α-羟化酶/17,20碳链裂解酶缺陷症(17OHD)的女性患者及其母亲的临床特点和基因突变研究,初步探讨部分性17OHD患者临床表现的基因分子生物学机制。方法 收集患者临床资料,提取患者及其母亲的外周血白细胞DNA,PCR扩增CYP17A1基因的8个外显子及内含子边界,测序确定CYP17A1基因的突变位点。结果 患者临床表现为高血压及轻度低钾血症,有不规律月经,CYP17A1基因序列分析发现患者为复合杂合突变,其中1个等位基因突变为编码P45Oc17蛋白的53或54位苯丙氨酸的密码子TTC缺失,即Delp. 53/54F;另1个等位基因突变为编码329位氨基酸的密码子由TAC变成AA,使酪氨酸变为赖氨酸,之后的序列发生移码突变并提前终止,产生截短蛋白,即p.Y329K,418X。患者母亲是携带p.Y329K,418X突变的杂合子。结论 CYP17A1基因的复合杂合突变是该部分性17OHD患者临床表现的基因分子基础。     

STR基因座多态性与强奸犯的关联研究

目的 通过对15个STR基因座多态性的分析,了解强奸犯与STR基因座相关等位基因的关联情况.方法 运用全基因组扫描的方法,对129名强奸犯与156名随机人群采用AmpFISTR Identifiler荧光标记复合扩增体系进行PCR复合扩增,然后应用ABI3100型基因分析系统对扩增产物进行电泳和基因检测.观察两个群体中15个STR基因座等位基因频率的分布差异.结果 15个STR基因座等位基因频率均符合Hardy-Weinberg平衡;D21S11-28(强奸犯组1.55%,对照组5.13%)、FGA-22(强奸犯24.03%,对照组16.99%)、FGA-23(强奸犯17.05%,对照组26.28%)、TH01-10(强奸犯1.16%.对照组4.17%)、TPOX-8(强奸犯55.77%,对照组63.77%)、TPOX-12(强奸犯4.26%,对照组1.28%)在2组人群中的检出率存在显著差异(P<0.05);其余STR基因座等位基因在两个群体中的检出率均无显著差异(P>0.05).结论 等位基因D21S11-28、FGA-22、FGA-23、TH01-10、TPOX-8、TPOX-12可能与性犯罪的发生有一定关系,在2号、4号、11号、21号染色体上可能存在与强奸犯相关的基因.     

广东人群药物代谢酶CYP2C9基因374G〉A位点多态性调查

目的调查广东人群CYP2C9基因第3外显子374G〉A位点多态性。方法应用创造酶切位点PCR扩增跨越374G〉A位点的DNA片断,用MluI酶切PCR产物,通过PAGE－银染判断基因型。结果在受检的532例广东人中,未检出A374突变等位基因即CYP2C9。14等位基因,所有个体的基因型均为野生型纯合子G374／G374。结论CYP2C9女14等位基因为广东人群的稀有等位基因。     

共存于载脂蛋白C-Ⅰ基因和伪基因之多态性Ile-11Met

目的：探讨可能存在于载脂蛋白 ＣⅠ（ａｐｏ ＣⅠ） 的基因突变或多态性及其频率和表型。方法：通过基因特异性引物和致突变分离聚合酶链反应（ Ｍ Ｓ Ｐ Ｃ Ｒ） 技术分离和扩增ａｐｏ ＣⅠ基因和伪基因片段,采用固相荧光直读法分别对其进行 Ｄ Ｎ Ａ 序列分析;对来自德国、意大利和日本人群的 Ｄ Ｎ Ａ 库样品进行基因型和表型及其相互关系的对比研究。结果：在受检者中首次发现ａｐｏ ＣⅠ基因一多态性位点,即其编码信号肽第１１ 位密码子的第３ 个核苷酸胞嘧啶突变为鸟嘌啶（ Ｃ→ Ｇ） ,从而导致该位置野生型的异亮氨酸突变为蛋氨酸（ Ｉｌｅ１１ Ｍｅｔ） 。该ａｐｏ ＣⅠ基因多态性的等位基因频率在德国和意大利人群中显著不同（１ ．６５ ％ ｖｓ ２ ．２８ ％ , Ｐ＜ ０ ．０１） ,但在日本人 Ｄ Ｎ Ａ 库中未检出。该多态性还以高频率出现在ａｐｏ ＣⅠ伪基因中,但无论是存在于ａｐｏ ＣⅠ基因或伪基因之多态性 Ｉｌｅ１１ Ｍｅｔ,其杂合子或纯合子携带者的血脂参数与野生型比较均无明显改变。结论　揭示共存于ａｐｏ ＣⅠ基因和伪基因的多态性 Ｉｌｅ１１ Ｍｅｔ 在不同人群中的等位基因频率差异显著,但对血脂代谢无明显影响。     

THR β基因c.728G>A突变致甲状腺激素抵抗综合征家系6年随访

目的：探索一个甲状腺激素抵抗综合征（RTH）家系致病基因突变及临床表型,并进行6年随访。方法：先证者及其5名家系成员纳入本研究。采集受试者外周静脉血,提取基因组DNA。PCR扩增THR β基因,纯化PCR产物直接送至测序。定期随访RTH患者。结果：5名家系成员中,先证者父亲甲状腺功能符合RTH临床诊断。先证者及其父亲无甲亢甲减、甲状腺肿等临床表现。先证者父亲甲状腺彩超显示甲状腺左叶低回声结节。先证者及其父亲均携带THR β基因第7外显子c.728G＞A（p.Arg243Gln,p.R243Q）杂合突变。6年随访期间,先证者及其父亲无甲亢或甲减相关表现,未予药物治疗。先证者父亲甲状腺结节无明显增大,无其他恶性征象。结论：THR β基因c.728G＞A杂合突变是先证者及其父亲发病的遗传学病因,RTH需长期随访。     

慢性阻塞性肺疾病与DNA短串联重复序列的关联

目的探讨慢性阻塞性肺疾病（COPD）与DNA短串联重复序列的关联性。方法应用第二代DNA遗传标记-短串联重复序列测定患者15个STR基因座,分析慢性阻塞性肺疾病基因座等位基因频率分布情况以及与正常对照组的差异。结果 COPD组与对照组15个基因座等位基因的频率分布有显著差异：D2S1338-25、FGA26频率比对照组明显降低;D12S391-19.3、FGA20.2频率比对照组明显升高。两组比较,差异有统计学意义（P〈0.05）。结论 FGA20.2和D12S391-19.3附近可能存在COPD危险STR,而D2S1338-25、FGA26附近可能存在COPD保护STR。     

一个纤维蛋白原α链Arg19 Gly突变导致的遗传性异常纤维蛋白原血症家系

目的对一个遗传性异常纤维蛋白原血症家系进行表型和基因型分析。方法采集先证者及其父母外周血进行常规出凝血检查,用Clauss法和免疫比浊法分别检测纤维蛋白原（Fbg）活性和抗原。抽提DNA,PCR扩增纤维蛋白原基因FGA、FGB和FGG所有外显子及其侧翼序列,DNA测序并与基因文库比对确定基因异常。结果先证者活化部分凝血酶原时间（aPTT）、凝血酶原时间（PT）正常,凝血酶时间（TT）为28．10S,Fbg活性明显下降,抗原在正常范围内,活性显著低于抗原;其父表型检测结果与之相似。基因分析发现,先证者及其父亲F魄、FGA基因第2外显子均存在A1211G杂合碱基置换,导致Arg19Gly错义突变。结论鉴定该病例为遗传性异常纤维蛋白原血症,Fbgd链Arg19Gly杂合错义突变是致病原因。     

D13S317基因座“off—ladder”等位基因分析

目的：确证在DNA数据库构建过程中一样本D13S317基因座出现的稀有分型标准物外off-ladder（OL）等位基因。方法：AGCU17＋1STR荧光检测试剂盒进行STR分型时,D13S317基因座检出OL等位基因;利用Chelex-100法提取血样DNA进行荧光PCR,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳和ABI3130电泳检测并由上海生工进行测序。结果：OL等位基因只含有6个[TATC]重复,不在D13S317基因座AllelicLadder范围之内,是一个新的等位基因。结论：新的等位基因的出现,对扩大DNA数据库的覆盖范围及全面性和提高基因座个体识别能力等具有重要的借鉴意义。