miRNA介导的病毒-人相互作用研究进展

微小RNA（microRNA,miRNA）是一类内源性,长度约为22核苷酸的单链RNA分子,可通过5′端的种子区与靶标转录本mRNA的3′UTR配对,导致靶mRNA的降解或翻译抑制。越来越多的研究发现,miRNA在介导病毒-人相互作用过程中发挥着重要的作用,作用模式包括病毒miRNA靶向人及自身的转录本、人miRNA靶向病毒及自身的转录本、病毒的miRNA介导人miRNA调控的网络、RNA干扰（RNAi）相关和干扰素相关的宿主对病毒的抑制及反抑制。miRNA介导的病毒-人相互作用的研究对于全面理解病毒-宿主相互作用的机制、开发抗病毒的药物具有重要意义。     

CHO细胞高效表达载体的优化

目的：研究分析中国仓鼠EF1—α基因的转录调控序列，以构建新型高效表达载体。方法：利用常规分子生物学技术，构建了一系列基于CHEF1—α基因的非翻译区调控序列元件的新型真核表达载体。以组织型纤溶酶原激活剂突变体（k2tPA）作为报告基因，利用本室已建立的CHO-dhfr^--Z^＋定点整合表达系统比较载体表达外源基因的能力，挑选表达量高的载体。进一步添加翻译增强子（H213及V163）序列，再进行评价。结果：CHEF1-α5′UTR及启动子＋3′UTR1．65kb、CHEF1-α5′UTR及启动子＋3′UTR2．7kb这2种组合均可有效提高目的基因tPA的表达，表达效率与对照载体相比分别提高了65．9％和54．5％。在添加翻译增强子V163后，载体pMCEdEF53Ⅲ-163frt-k2tPA的表达效率为对照载体的2．65倍。结论：该载体系统在重组蛋白药物的研发方面具有良好的应用前景。     

西尼罗病毒Chin-01株基因组非编码区的序列测定及分析

目的对西尼罗病毒(WNV)Chin-01株基因组非编码区(UTR)序列进行测定,了解其与已报道毒株的序列差异及系统发育关系。方法采用5′和3′RACE法对Chin-01株病毒基因组的UTR进行RT-PCR扩增,测定扩增产物序列,采用DNAstar软件对该株及其他9株WNV的UTR进行序列同源性分析,同时构建了基于3′UTR的系统发育树,并用RNA structure软件预测其二级结构。结果Chin-01株基因组5′和3′UTR分别为96nt和630nt,序列同源性分析的结果表明,其5′UTR与其他9株的同源性均达到99%或100%,而3′区UTR与埃及Eg101株的同源性最高,达98·1%。5′UTR的起始核苷酸为AG,并含有一段与3′UTR互补的14nt序列。3′UTR的末端为CUOH,包含一段完全保守的5nt序列,以及三个保守的称为CS2、RCS2和CS1的基序。二级结构预测发现,Chin-01株5′UTR呈长茎环结构,3′UTR的3′端也可形成多个保守的茎环结构。结论Chin-01株与埃及Eg101株亲缘关系最为密切。     

可选择性多聚腺苷酸化的生物学功能

可选择性多聚腺苷酸化（ alternative polyadenylation , APA）是一种普遍存在于真核生物中的基因调控机制。 APA事件的发生能使一个基因产生多种mRNA转录本,从而增加转录本的复杂度。选择不同的多聚腺苷酸化位点可以使不同的转录本具有不同的编码序列,或具有不同长度的3′端非翻译区（3′untranslated region,3′UTR）。不同长度的3′UTR可引起RNA结合蛋白或微小RNA（ miRNA）的结合位点发生变化,进而影响mRNA的稳定性、定位和翻译效率。近年来,APA的研究涉及APA的形成过程、调控APA的机制以及APA对生物学过程和疾病的影响。该文对APA的上述研究进展进行了综述。     

VEGF-C基因3′端未翻译区对荧光素酶表达的影响

目的构建小鼠血管内皮生长因子-C(VEGF-C)基因3′端未翻译区(3′UTR)的荧光素酶表达载体,利用双荧光报告系统观察VEGF-C基因3′UTR对荧光素酶基因表达的影响。方法通过PCR分别扩增小鼠Lewis肺癌细胞VEGF-CcDNA全长3′UTR(429bp)和一段312bp的编码区序列(CR),采用基因工程方法将PCR产物克隆至pTA2克隆载体,随后再亚克隆至荧光素酶报告基因载体(pGL3-Promoter)荧光素酶编码基因下游的XbaⅠ酶切位点,使用LipofectamineTM2000真核转染小鼠Lewis肺癌细胞,化学发光法检测荧光素酶的活性,定量RT-PCR检测荧光素酶mRNA水平。结果PCR成功扩增出与预期长度相符的小鼠VEGF-CCR(312bp)和VEGF-C3′UTR(429bp)。经酶切、测序鉴定,小鼠VEGF-C基因3′UTR和CR均插入到pGL3-Promoter的XbaⅠ位点,插入序列碱基组成和插入方向均正确,获得载体pGL3-VEGF-C3′UTR和pGL3-VEGF-CCR。荧光素酶报告系统和定量RT-PCR检测显示,与pGL3-Promoter组比较,pGL3-VEGF-C3′UTR转染组荧光素酶活性和mRNA水平均显著降低,而pGL3-VEGF-CCR组与pGL3-Promoter组之间无显著性差异。结论VEGF-C基因3′UTR可以抑制荧光素酶的表达。     

miR-193b在HepG2细胞中下调K-Ras蛋白表达

目的探讨microRNA-193b（miR-193b）在HepG2细胞中对K-Ras蛋白表达的调控作用。方法 Tar-getScan软件预测获得miR-193b调控候选靶基因K-ras;构建包含预测miR-193b作用靶位点的K-rasmRNA3′UTR野生型和突变型荧光素酶报告基因载体pGL-KRAS和pGL-Mu-KRAS,检测转染HepG2细胞的荧光素酶活性;合成miR-193b的dsRNA,转染HepG2细胞,实时定量PCR和Western印迹检测对K-rasmRNA和蛋白表达的影响。结果与结论 miR-193b可以与K-rasmRNA3′UTR结合。在HepG2中,miR-193b在mRNA和蛋白水平下调K-ras基因表达。     

血清或血浆中的miR-375在肿瘤诊治和预后中的研究进展

microRNAs（miRNAs）是一类在转录后水平调控基因表达的内源性非编码小RNA分子,通过与下游靶基因3′-非编码区（3′-untranslated regions 3′-UTRs）结合,抑制mRNA的翻译或使其降解,进而发挥原癌基因或抑癌基因的作用。近年来研究表明,血清或血浆中的miR-375是肿瘤早期诊断、治疗、预后等密切相关的生物标志。     

动物胚胎发育中的MicroRNAs研究进展

MicroRNA（miRNA）是一类广泛存在于真核生物中的非编码RNA,具有调控功能,长度约有20～25个核苷酸,它通过与靶基因特异性的碱基配对引起靶基因的降解或者抑制其翻译,从而实现对靶基因的转录后表达的调控。文章综述了miRNA的发现、体内生成机制、作用机制及不同动物种类胚胎发育过程中miRNA的鉴定和研究．并并阐述了miRNA研究中的问题及应用前景。     

内含子miRNA反馈调节宿主基因的表达与功能研究进展

miRNA是近年来发现的一类重要的基因表达调控因子。研究发现,许多miRNA位于编码蛋白基因（宿主基因）的内含子中,称为内含子miRNA。现有的证据表明,大多数内含子miRNA和它们的宿主基因表达一致,提示这些内含子miRNA参与宿主基因在功能和表达上的调控,本文就这方面的最新研究进展做一综述。     

miRNA功能研究进展

miRNA是一类长度为20~25nt的小分子非编码RNA。在线虫、小鼠、人、植物等多种生物中已发现了数百种miRNA。无论在低等的线虫还是在高等的哺乳动物中，miRNA都起着调控基因表达的重要作用。生物信息学分析表明人类全部基因的三分之一都受到miRNA的调控。这表明，miRNA分子实际上是基因调控网络中的核心成分。近来研究发现miRNA与人类的某些疾病密切相关。本文对miRNA分子功能及其研究方法的进展做一概述。     

空间飞行MG63细胞重力敏感新miRNA HN22的鉴定与功能分析

目的筛选空间飞行引起的MG63成骨细胞差异表达新miRNA并进行功能分析。方法对空间飞行后的MG63成骨细胞small RNA(sRNA)进行测序及生物信息学分析,得到空间飞行导致显著变化的新miRNA。利用地面回转模拟微重力效应实验验证其表达变化情况;采用miRNA转染分析其对成骨细胞分化的影响;采用多种miRNA靶基因预测软件综合预测其靶基因并检测其潜在靶基因的表达情况;通过GO注释和Panther pathway进行靶基因功能分析。结果新miRNA HN22在空间飞行和地面回转模拟微重力条件下均发生显著表达变化;HN22转染显著提高成骨分化相关基因表达。靶基因预测结果分析显示HN22可影响成骨细胞Wnt信号通路与钙黏蛋白信号通路。Wnt信号通路中的Wnt5a与HN22的表达趋势相反,是其潜在的靶基因。结论HN22可响应微重力变化,并靶向Wnt信号通路中的Wnt5a与钙黏蛋白信号通路影响成骨细胞分化。     

ErbB4基因miRNA干扰质粒的构建和有效性鉴定

目的构建ErbB4基因特异性miRNA表达载体并检测其有效性。方法设计合成大鼠ErbB4基因特异性miRNA前体寡核苷酸,构建ErbB4基因特异性的重组miRNA干扰质粒。从大鼠脑分离提取总RNA,经RT-PCR构建靶序列质粒,并将其与miRNA干扰质粒共转染HEK293T细胞,经实时定量RT-PCR技术鉴定其干扰有效性。结果与结论针对ErbB4基因的miRNA干扰质粒构建成功,并能够有效抑制其靶基因的表达。该质粒为后续ErbB4基因特异性miRNA慢病毒表达载体的构建及ErbB4的相关功能研究奠定了基础。     

ErbB4基因miRNA干扰质粒的构建和有效性鉴定

目的构建ErbB4基因特异性miRNA表达载体并检测其有效性。方法设计合成大鼠ErbB4基因特异性miRNA前体寡核苷酸,构建ErbB4基因特异性的重组miRNA干扰质粒。从大鼠脑分离提取总RNA,经RT-PCR构建靶序列质粒,并将其与miRNA干扰质粒共转染HEK293T细胞,经实时定量RT-PCR技术鉴定其干扰有效性。结果与结论针对ErbB4基因的miRNA干扰质粒构建成功,并能够有效抑制其靶基因的表达。该质粒为后续ErbB4基因特异性miRNA慢病毒表达载体的构建及ErbB4的相关功能研究奠定了基础。     

模拟失重下氧化应激对EA.hy926细胞miRNA表达谱的影响及生物信息学分析

目的探索模拟失重条件下EA.hy926细胞氧化应激后microRNAs(miRNAs)表达谱的变化及生物学意义。方法 EA.hy926细胞分为对照组(Con组)、对照氧化应激组(Con+H2O2)、模拟失重组(MG组)和模拟失重后氧化应激组(MG+H2O2),采用Illumina HiSeq 2500平台开展miRNAs测序并筛选差异表达miRNAs。筛选出的miRNAs以qRT-PCR进行验证,对验证具有显著差异表达的miRNAs进行靶基因预测、靶基因Gene Ontology(GO)功能富集分析、KEGG信号通路分析以及STRING蛋白互作分析。结果模拟失重下氧化应激导致EA.hy926细胞内miRNAs表达谱发生改变。qRT-PCR结果显示,与Con+H2O2组相比,MG+H2O2组细胞内hsa-miR-29b-3p、hsa-miR-200c-3p表达增加,与miRNA测序结果一致。GO及KEGG通路显著性富集分析结果显示,hsa-miR-29b-3p靶基因显著富集于细胞外基质等生物学过程及局部黏附信号通路,hsa-miR-200c-3p靶基因显著富集于调控细胞代谢过程等生物学过程及miRNA癌症通路等信号通路。蛋白互作分析结果表明,hsa-miR-29b-3p靶基因中COL家族蛋白处于互作关键位置,hsa-miR-200c-3p靶基因中RHOA处于互作关键位置。结论模拟失重下氧化应激可导致EA.hy926细胞miRNAs表达出现显著差异,其中hsa-miR-29b-3p和hsa-miR-200c-3p可通过对靶基因及其信号通路调节对内皮细胞功能发挥调控作用。     

肺纤维化病因表达的microRNA及其调控机制

 肺纤维化是间质性肺疾病晚期的共同表现,即肺部受损后,随着炎性反应的进展,成纤维细胞反应性增生,产生大量胶原纤维,细胞外基质过度沉积,并与其他细胞因子共同作用,进而形成肺纤维化。患者治愈率低、生存期短、病死率高,给家庭及社会带来严重负担。按病因的不同,可将肺纤维化分为:(1)与职业暴露相关的肺纤维化,如矽肺;(2)与药物相关的肺纤维化;(3)与病毒感染相关的肺纤维化;(4)与结缔组织疾病相关的肺纤维化;(5)原因不明的特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)等。microRNA(miRNA)是一类内生性、长度21～25个核苷酸的小非编码RNA,miRNA通过与其靶mRNA的3′-UTR碱基配对结合,降解靶mRNA或抑制其翻译^[1],从而调控转录后基因表达而起到调控细胞增殖、凋亡、分化等作用,是生物生长发育和疾病发生发展过程中必不可少的调节因子。有研究发现,miRNA在血浆及血清中稳定存在^[2,3],且组织特异性较强。因此,靶向调节miRNA可成为疾病早期诊断及治疗的潜在策略,如发现miRNA与肺纤维化的发生发展密切相关。为此,笔者就miRNA在不同类型肺纤维化之间的差异表达和共同表达,以及其调控机制进行综述。     

人miRNA-埃博拉病毒相互作用的生物信息学研究

目的：初步探讨人微小RNA（ miRNA）与埃博拉病毒基因组5′尾标（ trailer）序列相互作用,为防治埃博拉病毒提供可能的靶向miRNA。方法运用Pita和RNAhybrid软件预测与埃博拉病毒5′尾标序列相互作用的人miRNA,并对其进行注释和分析。结果与结论发现人miRNA可能与埃博拉病毒5′尾标序列存在复杂的相互作用。根据以前关于宿主miRNA与病毒基因组相互作用的报道,我们认为,人miRNA与埃博拉病毒基因组5′尾标的相互作用可能会影响埃博拉病毒在人体内的复制以及人体细胞的正常功能。该研究将为埃博拉病毒的防治提供新的思考。     

增强型RACE技术克隆辐射诱导小鼠肠上皮新基因RS1

目的 在获得了辐射诱导小鼠肠上皮新基因RS1 EST序列的基础上获得全长cDNA。方法RT-PCR方法对RS1基因进行表达谱分析，找到表达丰度较高的组织提取总RNA作为模板，应用增强RACE技术即结合生物素探针富集靶cDNA的方法克隆RS1的cDNA末端。结果克隆到RS1片段3′端约2kb的序列。该序列5′端包含已知的RS1片段，3′端具有明显的polyA加尾信号，有编码区的终止密码子。明确了RS1的正、负链及其蛋白编码方向，为RS1 5′端的克隆提供了必要信息。结论 结果与本实验的设计完全一致，说明这一方法对从表达丰度低，难以设计最佳基因特异性引物的EST序列克隆其对应的全长cDNA是可行的，同时为下一步研究RS1在小鼠肠上皮辐射应激反应中的作用和被辐射诱导表达的调控模式奠定了基础。     

电离辐射与microRNA

MicroRNA(miRNA)是一类18～24 nt的非编码RNA分子.miRNA普遍存在于生物界,具有高度的保守性,广泛参与细胞分化与发育、细胞凋亡、肿瘤发生等多方面的基因表达调控.Lee等~([1])首先发现Lin-4作为一种调控线虫发育的miRNA之后,科学家对miRNAs调控的基因表达进行了广泛深入的研究,到日前为止,成熟miRNAs的总数已达10 581种,其中,在人类基因组中已发现721种(miRBase 14.0:http://microrna.sanger.ac.uk/)~([2]).据推测,人类miRNA的     

miRNA参与的动物发育调控研究进展

动物的发育是一个严格受控的复杂过程,需要在时空上精确控制相关基因的表达.miRNA通过抑制靶mRNA翻译或使之降解失稳从而在转录后降低基因的活性.近期的实验研究表明,miRNA在动物发育的诸多方面发挥着重要调控功能,并表现出特有的调控模式.本文对miRNA参与动物发育过程的调控研究进行了综述.     

miRNA与消化系统非恶性疾病关系的研究进展

microRNA是近年来在多种真核细胞及病毒中发现的一类来源于内源性染色体上的非编码单链RNA,在进化上具有高度的保守性,能够通过与靶mRNA特异性的碱基互补配对,引起靶mRNA降解或者抑制其翻译,从而对基因进行转录后的表达调控,在体内发挥重要的生物学功能。