转基因番茄Zeneca B,Da,F实时荧光定量PCR检测体系的建立

摘要：目的构建转基因番茄Zeneca B,Da,F品系的质粒标准分子及其实时荧光定量PCR（qPCR）检测体系。方法基于反
向遗传学原理构建分别含有番茄内标准基因apx检测序列（ERG-apx）,转基因番茄B,Da,F品系pg基因的基因特异性序列
（GS-pg）及其构建特异性序列（CS-16S、CS-16A）的番茄内参质粒标准分子pEasy-T3-APX,转基因番茄B,Da,F品系的构
建特异性质粒标准分子pEasy -T3- 16A、pEasy-T3-16S;以Beacon Designer 7.5设计用于定性PCR和qPCR检测的引物对
和Taqman探针;基于质粒标准分子建立了定性PCR和qPCR检测体系,对方法的特异性、敏感性、重复性、检测下限等指
标进行评估;使用PicoGreen 试剂盒对质粒标准分子进行定量,以质粒pEasy-T3- APX 为背景DNA 定量混有
pEasy-T3-16A或pEasy-T3-16S制备成含量为1%和0.1% (w/w)的两组核酸标准物质,进行所构建qPCR检测体系的定量
性能评价。结果锚定qPCR检测靶序列：ERG-apx 108 bp, GS-pg 108 bp,CS-16S 109 bp、CS-16A 102 bp;酶切鉴定所构
建的质粒标准分子均可得到预期大小的插入子片段;所建立的实时荧光定量PCR（qPCR）检测体系,重复性的相对标准差
（RSD）0.2%~1.5%,检测下限25 copies,标准曲线方程线性关系R2值在0.994~0.998,效率在93.3%~102.4%。经换算系数
Cf换算,对PicoGreen定量的样品进行验证,其实测值与真值的偏差是-9.7%~17.3%。结论成功构建了转基因番茄Zeneca
B,Da,F品系的质粒标准分子及其qPCR检测体系,为转基因番茄Zeneca B,Da,F品系转基因成分的监测建立了可行的
可供使用的定性与定量检测体系。
     

多重实时荧光定量PCR检测急性肝炎患者HBV和HCV方法的建立与意义分析

目的建立一种新的可以快速筛查急性肝炎患者HBV和HCV感染的多重实时荧光定量PCR方法。方法收集596例急性肝炎患者血清或血浆样本,应用自主构建的多重实时荧光定量PCR方法同时检测HBV和HCV,同时应用HBV和HCV单管检测试剂进行检测分析。结果新建立的多重实时荧光定量PCR体系,可以有效地检测HBV和HCV的阳性质控品及阳性样本。多重实时荧光定量PCR体系特异性较好,检测HBV和HCV时,两者之间无交叉反应,且以多种血浆病毒的核酸样品为模板进行检测时结果全为阴性;多重实时荧光定量PCR体系检测HBV、HCV的灵敏度分别为20 IU/ml、50 IU/ml;多重实时荧光定量PCR体系精密度好,检测HBV、HCV的CV值分别为0.11%、0.096%。在检测临床样本时,多重复合体系检测血清或血浆中HBV和HCV的检出率与单独检测HBV和HCV具有很好的一致性,且HBV和HCV的一致率分别达到97.7%(k=0.952)、98.8%(k=0.976);同时有6例样本出现HBV和HCV共感染。结论新型多重实时荧光定量PCR方法对快速检测及筛查HBV和HCV较快捷,而且特异性好、灵敏度高、精密度好。因此多重实时荧光定量PCR方法对2种肝炎病毒的检测具有重要意义。     

实时荧光PCR定量检测粪便中Akkermansia muciniphila方法研究

目的 建立实时荧光PCR定量检测粪便中Akkermansia muciniphila （A. muciniphila）的方法,为A. muciniphila的定量检测及深入研究提供技术支持。 方法 建立SYBR Green Ⅰ 荧光PCR 定量检测A. muciniphila的方法,利用A. muciniphila标准品制备标准曲线,评价该方法的灵敏度、特异性、抗干扰性及重复性,并对30例人粪便样本进行检测。 结果 标准曲线线性关系良好（R2=0.999）;方法灵敏度可达到1.0×102CFU/mL;该方法可特异性扩增A. muciniphila,不受其他肠道细菌的影响;组内和组间重复性较好,Ct值的变异系数均小于2%;30例人粪便样品中A. muciniphila阳性率为73%,Ct值为17.40～31.77。 结论 本研究建立的实时荧光PCR定量检测粪便中A. muciniphila的方法简便、快速、经济,且具有良好的灵敏度、特异性、抗干扰性和重复性,适用于实际粪便样品的检测。     

伤寒和甲、乙、丙型副伤寒沙门菌多重PCR及荧光PCR分型方法的建立与评价

目的建立伤寒和甲、乙、丙型副伤寒沙门菌的快速和特异的检测方法,用于沙门菌属内的分型鉴定。方法根据GenBank公布的伤寒和甲、乙、丙型副伤寒沙门菌的保守序列设计引物和改良分子信标探针,建立多重PCR检测方法和实时荧光PCR检测方法。结果采用所建立的多重PCR方法可分别检测到伤寒的3条特异性条带、甲型副伤寒沙门菌的2条特异性条带和丙型副伤寒沙门菌的1条特异性条带,但是乙型副伤寒沙门菌未出现特异性条带。建立的实时荧光PCR方法可以快速、特异、灵敏地检测出伤寒和甲、乙、丙型副伤寒沙门菌,纯DNA和菌液的最低检出限分别可达10 fg/reaction和20 CFU/reaction;对77株细菌的检测正确率达100%。结论建立的实时荧光PCR检测方法比多重PCR方法更能快速、特异、灵敏地检测伤寒和甲、乙、丙型副伤寒沙门菌。     

丙戊酸钠增强阿霉素的体外抗乳腺癌作用

目的观察丙戊酸钠对阿霉素体外抗乳腺癌Hs578T细胞作用的影响。方法Western blot 检测缝隙连接蛋白Cx43 的表
达;MTT法检测阿霉素的细胞毒性;Annexin V/PI双染法观察阿霉素对细胞早期凋亡的影响;Hochest 33258荧光染色法检测阿
霉素对细胞晚期凋亡的影响。结果Western blot结果显示丙戊酸钠可以显著增强缝隙连接蛋白Cx43的表达（P<0.01）;MTT结
果表明在细胞间缝隙连接功能形成的条件下,丙戊酸钠联用阿霉素组的细胞存活率显著低于阿霉素组（P<0.01）;Annexin V/PI
双染法显示丙戊酸钠联用阿霉素组的细胞早期凋亡率显著高于阿霉素组（P<0.01）;Hochest 33258荧光染色结果显示丙戊酸钠
联用阿霉素组的细胞晚期凋亡率显著高于单用阿霉素组（P<0.01）。结论丙戊酸钠可显著增强阿霉素的细胞毒性及其诱导的
细胞凋亡作用,其机制可能与增强缝隙连接通讯功能有关。
     

机械通气所致大鼠急性肺损伤对核内激素受体表达的影响

目的研究机械通气所致急性肺损伤对大鼠肺组织中核内激素受体（Nr1d1）表达的影响,探讨其在机械通气肺损伤中可能
的作用机制。方法72只大鼠分成4个时间点（1:00AM,7:00AM,1:00 PM,7:00 PM）,每个时间点随机分成3组（FB组、LV组、HV
组）,通气3 h 后,提取肺组织RNA,应用大鼠全基因组芯片和荧光定量实时PCR检测机械通气对Nr1d1 表达的影响。结果
基因芯片结果显示HV组Nr1d1表达下调,荧光定量实时PCR结果与芯片结果吻合;余弦分析Nr1d1基因在FB组具有节律性
（P<0.05）,余未见明显节律性。结论Nr1d1表达随潮气量的增大而节律消失;Nr1d1表达下降与机械通气所致急性肺损伤密切
相关。
     

免疫磁珠分选和MLPA技术联合检测多发性骨髓瘤分子遗传学异常系统的建立

摘要：目的探讨联合免疫磁珠分选和多重探针连接依赖性扩增（MLPA）技术检测多发性骨髓瘤（MM）分子遗传学异常的可靠
性。方法收集29例初诊MM患者的骨髓细胞,用CD138磁珠进行分选,设计MLPA探针检测分选前后标本TP53和RB1的表
达情况,并与FISH检测结果进行对照。结果MLPA检测成功率100%,与FISH结果吻合度达99.1%,分选后MLPA和FISH阳
性率均有显著性提高。结论MLPA适合临床MM分子遗传学异常检测,标本应在检测前进行磁珠分选。
     

实验树鼩空肠弯曲菌、沙门氏菌和志贺菌多重荧光定量PCR方法的建立

目的为实验树鼩微生物检测提供一种快速、简便、灵敏,并且特异性强的空肠弯曲菌、沙门氏菌和志贺菌多重荧光定量PCR检测方法。方法根据空肠弯曲菌的Hip O区域、沙门菌的in V区域和志贺菌的ipa H区域设计特异性引物和探针,并进行单病原定量PCR检测验证;后分析多重PCR的灵敏度和特异性,并使用该多重PCR方法检测实验树鼩样品。结果本研究的PCR要素可用于空肠弯曲菌、沙门氏菌及志贺菌等单种菌的实时荧光定量PCR扩增。多重定量PCR扩增出了空肠弯曲菌、沙门氏菌和志贺氏菌标准扩增曲线;该方法的灵敏度为1×103ng/μL;特异性检测未从其他参考菌株中检出阳性。结论该多重定量PCR方法在实验树鼩微生物检测中具有很好的应用和推广前景。     

小鼠诺如病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立小鼠诺如病毒(murine norovirus,MNV)实时荧光定量PCR检测方法,为建立MNV规范化检测方法提供依据。方法根据NCBI公布的60个MNV病毒株核酸序列设计特异性引物,构建标准阳性质控品,建立MNV实时荧光定量PCR方法,并进行特异性、灵敏度、重复性及稳定性评价。用该方法对766只送检小鼠的盲肠内容物样品进行检测,初步了解北京地区实验小鼠MNV感染状况。结果成功建立MNV实时荧光定量PCR检测方法,该方法特异性好,与同种属人类诺如病毒(Hu No Vs)、猫杯状病毒(FCV)均无交叉反应,检测灵敏度可达101copies/μL。批内及批间CT值变异系数均小于2%。应用该方法在766份小鼠盲肠内容物样品中检出301份MNV核酸阳性样品,阳性率39.3%。结论建立的MNV实时荧光定量PCR检测方法特异性好,灵敏度高,重复性好,可以用于MNV的快速定量检测。     

多重荧光定量PCR检测婴幼儿腹泻病毒感染及其临床应用

目的:建立一种能同时检测婴幼儿腹泻粪便中常见病毒的多重荧光定量 PCR技术。方法:根据GenBank上几种病毒基因组保守序列设计引物序列,建立多重荧光定量PCR方法,对所建立的多重荧光定量PCR方法的特异性、灵敏性及重复性进行验证;并以所建立的方法对150例婴幼儿病毒性腹泻患者粪便标本进行检测。结果:所建立的多重荧光定量PCR检测方法具有很好的特异性,灵敏性检测可达102拷贝/mL,检测不同病毒核酸浓度各自的检测 Ct 值标准差均较小,变异系数均低于1.0%,具有较好的重复性;检测150 份粪便标本,多重荧光定量 PCR 的检出率为36%,胶体金方法检出率为38.67%,两者比较差别无统计学意义（χ2= 6.91,P > 0.05）。多重荧光定量 PCR方法中轮状病毒、腺病毒、诺如病毒、星状病毒的检出率分别为12.67%、6.00%、13.33%和4.00%,测序结果与已知病毒株基因都具有高度同源性。结论:所建立的多重荧光定量PCR方法快速、特异、灵敏,可以作为临床病原诊断的一个重要工具且适用于流行病学调查研究。     

胆汁螺杆菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立快速、敏感、特异的胆汁螺杆菌(Helicobacter bilis,H.bilis)TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法,对胆汁螺杆菌进行定量检测。方法 PCR扩增H.bilis保守基因P17序列全长ORF435 bp,进行TA克隆,构建质粒标准品pMD-HBP17。通过对pMD-HBP17标准品的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性及重复性;用所建立的qPCR方法检测77份临床样品,并与普通PCR的检测结果作比对。结果 所建立的qPCR检测方法,质粒DNA浓度在10⁸~10¹拷贝之间表现出较好的线性和相关性,所得标准曲线的斜率为-3.46,相关系数为0.999,检测灵敏度达到20个拷贝,对77份临床样品的检出率为14.3%,较普通PCR(7.8%)的检出率高。结论 建立的H.bilis qPCR检测方法特异性好、敏感性高、稳定性强,可用于胆汁螺杆菌的定量及定性检测。     

肽核酸钳制PCR早期检测乙型肝炎病毒YMDD耐药变异

目的建立乙型肝炎病毒肽核酸钳制PCR（PNA-PCR）耐药监测方法,以提前监测乙型肝炎病毒YMDD耐药株的产生。方
法选取rtM204I（ATT）、rtM204V（GTG）突变型质粒与野生型质粒rtM204（ATG）按照不同比例混合后,用PNA-PCR法及直接测
序法对耐药位点进行检测,评价两种方法的灵敏度及特异性;选取临床耐药检测患者血清标本85例,采用PNA-PCR法及直接
测序法进行耐药检测,比较两种方法的耐药检出率。结果PNA-PCR法可在105倍野生型YMDD基因背景下检测出突变,灵敏
度为0.001%,可检测到最低限为101拷贝。而直接测序法可检测的基因突变的最低极限为104拷贝,检测灵敏度为10%。85例
临床耐药检测患者中,PNA-PCR法YMDD检测阳性率为85.9%（73/85∶YIDD∶40,YVDD∶23,YIDD+YVDD∶10）,而PCR产物
直接测序法检阳性率仅为40%（34/85∶YIDD∶21,YVDD∶11,YIDD+YVDD∶2）。阴性对照,两种方法均未测出HBV病毒,两种
方法的特异性均较好。结论PNA-PCR方法在灵敏度及特异性上均优于直接测序法,而且操作简便,快捷,在科研和临床上都有
很好的应用前景。
     

实时荧光定量TaqMan-PCR检测小鼠多瘤病毒方法的建立

目的 建立一种快速、特异、敏感的小鼠多瘤病毒 (murine polyomavirus, MPyV)荧光定量 TaqMan PCR检测方法, 用于MPyV核酸的检测。 方法 根据GenBank中小鼠多瘤病毒基因组序列设计了一对特异性引物及TaqMan探针, 扩增长度为69 bp的片段, 通过优化反应体系和反应条件, 对构建的重组质粒标准品进行检测, 并绘制标准曲线, 进行特异性、敏感性和重复性试验。最后用建立的方法对人工感染MPyV的肺脏、脾脏和粪便, 及86 份小鼠临床样本进行检测, 验证在临床应用中的效果。 结果 所建立的检测方法特异性强, 只能在小鼠多瘤病毒DNA中检出荧光信号, 检测灵敏度达到100拷贝, 批内和批间重复性好, 检测结果变异系数(CV)均小于1.13%, 人工感染MPyV小鼠的肺脏、脾脏和粪便均为阳性, 对86份临床样本进行检测, 有3份样本呈阳性(阳性率为3.5%)。 结论 建立的MPyV荧光定量TaqMan-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好, 适合用于MPyV临床诊断、日常监测和流行病学调查。     

Real time PCR与常规血培养在血流感染未知病原体鉴定中的比较研究

目的：观察real time PCR在血流感染病原体检测中的敏感性和特异性,并与常规血培养对比,探讨其临床应用价值。方法以该院各临床科室收集的108份脓毒血症患者血液标本进行real time PCR检测,同时进行常规血培养,比较两种方法的特异性和敏感性。结果108份标本当中,两种方法检测出12种病原微生物。 Real time PCR共检测出阳性标本25份,阴性标本83份。其中与血培养共同阳性标本9份,共同阴性标本78份。两方法的一致性为80.6%。Real time PCR的阴性预测值是0.94,敏感性64%,特异性83%。16例标本real time PCR阳性而血培养阴性,5例标本血培养阳性而real time PCR阴性。同时,有2病标超出real time PCR的检测范围,而血培养阳性。此外,real time PCR无法检测光滑念珠菌。结论real time PCR虽然能快速检测血液感染中病原微生物,但依然不能完全替代血培养。     

一步法人类CYP2C19基因分型检测在临床中的应用及其意义

目的 探索一步实时荧光PCR检测CYP2C19基因分型的方法。方法采用人类CYP2C19基因分型检测试剂盒(PCR-荧光探针法)对全血或人基因组进行一步法实时荧光PCR检测,同时采用焦磷酸测序和试剂盒进行对比。结果一步法检测结果准确性为100%。重复性检测显示,该法对各个基因型Ct值进行变异系数(CV值)的统计学分析,CV值均小于5%,对已知基因型的浓度的检测范围为0.2～125 ng,对杂合突变型基因组DNA(1 ng)和血液样本(十倍稀释)进行7次检测,变异系数(CV值)均小于5%,对特异性样品、EDTA抗凝样本、枸橼酸钠抗凝样本、乳糜血样本、血红素污染样本的基因型都有较好的检测效果。结论一步法检测方法准确性高,检测范围宽,重复性、特异性和灵敏度均能达到人基因组DNA样本的检测的水平,满足临床对人CYP2C19基因分型检测的目的。     

实时荧光PCR同时检测丙型副伤寒沙门菌和猪霍乱沙门菌方法的建立和应用

目的建立丙型副伤寒沙门菌和猪霍乱沙门菌的实时荧光PCR快速检测方法,用于沙门菌属内的分型鉴定。方法根据GenBank公布的丙型副伤寒沙门菌和猪霍乱沙门菌的保守序列,设计引物和改良分子信标探针,建立实时PCR检测方法。结果检测体系灵敏度高,纯DNA和菌液的最低检出限分别可达10fg和20CFU/反应体系;特异性好,对71株细菌的检测符合率达100%。20株沙门菌采取盲号模拟血培养标本进行血培养检测及鉴定,检出5株丙型副伤寒沙门菌和4株猪霍乱沙门菌,与试验的菌株相符。70份食品中用实时荧光PCR同时检测丙型副伤寒沙门菌和猪霍乱沙门菌均为阴性,而用传统方法分离培养未检出。结论建立的实时PCR检测方法可以快速、特异、灵敏地检测出丙型副伤寒沙门菌和猪霍乱沙门菌。     

快速检测肺炎链球菌recA、ply及16SrRNA基因的多重降落PCR方法建立及应用

目的：建立快速检测肺炎链球菌recA,ply及16SrRNA基因的多重降落PCR方法并应用。方法：设计肺炎链球菌的特异基因recA,ply及其菌属保守序列16SrRNA基因的引物,建立多重降落PCR的反应体系及条件,通过该方法检测13株标准菌株的基因以判定recA、ply、16SrRNA基因的检测特异性;并通过对不同稀释度肺炎链球菌DNA的检测判定该方法的灵敏度。最后,应用多重降落PCR方法检测98份痰标本的肺炎链球菌,并与细胞培养法进行比较。结果：建立的多重降落PCR方法检测肺炎链球菌的特异性达100％,灵敏度达5pg／μL,该方法对98份痰标本中肺炎链球菌的检测结果与细胞培养法一致。结论：成功建立检测肺炎链球菌的多重降落PCR方法,灵敏度高,特异性强,可用于临床标本肺炎链球菌的快速检测。