蛋白质与蛋白质相互作用的研究进展

通过研究蛋白质与蛋白质的相互作用,人们能更好地注释蛋白质的功能,解码生命现象,特别是在新药物的设计上具有极大的实用价值,这是后基因组研究的重要任务之一。蛋白质结构的剖析、计算机分子模拟技术的发展和分子生物学技术更新为研究蛋白质间相互作用创造了各种有利条件。     

预测蛋白质相互作用位点的计算方法研究(一)

许多重要的细胞过程如信号转导、转运、细胞运动以及多数调节机制均由蛋白-蛋白之间的相可作用介导，蛋白质之间的相互作用在物理上是通过在两个相互作用蛋白之间形成接触面的短残基序列来实现。识别蛋白-蛋白相互作用位点，以及检测相互作用氨基酸残基之间的特异性与强度特异性，是一个具有重要应用前景的课题，它的应用范围从理性的药物设计到代谢和信号转导网络的分析。虽然有不少准确度不断提高的实验技术和计算方法来检测蛋白质之间的相互作用，但很少有方法能够精确地指出参与蛋白质相互作用的特定残基及其位置，而这些信息是将相互作用数据直接应用于药物开发所必需的。随着生物信息学和计算生物学的发展，通过研究已知蛋白-蛋白相互作用位点的这些不同特征．出现了一些利用序列与结构信息顶测蛋白-蛋白相互作用位点的计算方法。本文简要介绍了近年来在顶测蛋白-蛋白的相互作用位点方面取得一定进展的计算方法，包括基于基因组信息的计算方法、基于蛋白质初级序列的计算方法以及基于蛋白复合物结构信息的计算方法。虽然这些方法在过去儿年里取得了显著的进展，但是大多数在这方面的研究仍处于起步阶段．而现在数据库的不足和实验技术的缺陷对计算预测方法的进一步发展和公平性评价也存在着较大的影响，要提高蛋白-蛋白相巨作用位点预测的鲁棒性与可靠性，仍要有很多的工作要做。（发表在这里的是第一部分）     

蛋白质-蛋白质相互作用数据库的研究进展

随着人类蛋白质组学的飞速发展,出现了大量的蛋白质相互作用及其网络数据,因此寻找和预测蛋白质相互作用的生物信息学方法成了研究蛋白质互作必不可少的工具之一,本文主要从生物信息学角度对蛋白质相互作用数据库做一下简单的介绍,包括各数据库的来源、主要功能、应用范围、目前的发展状况及将来的发展方向等方面.     

表达克隆技术在蛋白质相互作用研究中的应用

相互作用蛋白的发现与研究有助于精确地掌握蛋白质相互作用网络中各个蛋白之间的联系以及这些联系产生的生理功能。表达克隆筛选技术是经典的相互作用蛋白筛选技术之一,其基本原理是选择可能还有目的基因的文库,根据实验需要设计不同的筛选方式,经过反复筛选富集目的基因,再通过大规模测序获得目的基因序列。本文着重对报告基因筛选、黏附筛选、血清学筛选等不同筛选方法进行概括总结,为更好地利用这一方法进行相互作用蛋白筛选提供参考。     

DNA和蛋白质相互作用的体外研究方法（下）

Ⅲ.凝胶阻滞分析 一、原理 DNA片段在聚丙烯酰胺凝胶电泳中有一定的迁移率,而在一定条件下,DNA片段与某些蛋白质结合后,在聚丙烯酰胺凝胶电泳中迁移率降低,经X-光片感光后,可以看到     

DNA和蛋白质相互作用的体外研究方法（一）

基因表达的调控是复杂生命现象的基础和根本所在,这一研究领域已成为生命科学的前沿。世界上许多著名实验室都竞相从事这方面的研究。在一定意义上,在这一领域中的研究水平代表一个国家或一个单位在生命科学研究中的水平和地位。 基因表达的调控是一个多层次、多因素和具有时空特点的协同作用过程。就分子水平而言,涉及核酸-核酸相互作用、蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-核酸相互作用等主要的作用。目前,顺式调控元件的结构与功能、反式作用因子的结构与功能及调控元件与反式作用因子的相互作用等是研究的热点,并已取得进展。 为了帮助广大读者和生命科学工作者了解和开展相关工作,我们将陆续组织与之相关的技术和方法学介绍。本期发表张永莲教授一文,因篇幅较长,将分两次刊登。欢迎有关专家来稿。     

基于改进支持向量机方法的蛋白质相互作用预测

蛋白质与蛋白质相互作用研究是蛋白质组学的重要研究内容之一.本研究采用支持向量机学习方法,将氨基酸物理化学特性和序列信息方法相结合构建支持向量,选取DIP数据库中的酵母表达蛋白序列进行蛋白质相互作用预测.在34 000对酵母表达蛋白实验数据中,预测准确率达到83.72%,而单独运用基于氨基酸物理化学特性的方法和基于序列信息的方法预测准确率分别为75.86%和79.63%.在提高预测准确率的同时通过引入离散信息度量函数(FDOD)减少支持向量的维数,使支持向量学习时间缩短,提高相互作用预测的速度.     

基于局部支持向量机的蛋白质相互作用的预测方法

针对蛋白质相互作用的预测问题,我们提出了一种基于局部支持向量机的预测方法。该方法充分考虑了蛋白质相互作用数据的局部相似性特征,提出在待测样本附近构建支持向量机模型。对两个真实的蛋白质相互作用数据集H.pylori和Human的测试表明,基于局部支持向量机的预测方法能够有效剔除无用样本对待测样本的负面影响有效地提高了蛋白质相互作用预测的性能与其它方法相比具有一定的优势。     

双向杂交系统：研究蛋白质间相互作用的新手段

双向杂交系统：研究蛋白质间相互作用的新手段王巍（中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室，北京１００００５）ＡｂｓｔｒａｃｔＴｈｅｔｗｏ－ｈｙｂｒｉｄｓｙｓｔｅｍｉｓａｙｅａｓｔｇｅｎｅｔｉｃａｓａｙｆｏｒｄｅｔｅｃｔｉｎｇｐｒｏｔｅ...     

基于元数据的异构蛋白质-蛋白质相互作用数据库整合

研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋白质相互作用数据必须解决的关键问题。据此问题提出了基于元数据理论和查询转换方法的异构数据库整合方案,并构建了一个基于网络的蛋白质-蛋白质相互作用相关异构数据库的整合平台,成功实现了对9个蛋白质-蛋白质相互作用数据库的整合。     

利用噬菌体展示技术研究功能基因组和蛋白质-蛋白质相互作用——与酵母双杂交方法比较

<正>近年来基因组测序工作已揭示了数以万计的新基因,但是这些基因序列的价值只有当这些数据被翻译成蛋白质功能的时候才能被了解。而蛋白质与蛋白质之间相互作用构成了细胞生化反应网络的一个主要组成部分,不仅可以从分子水平揭示蛋白质的功能,而且为我们更好地理解生命过程﹑     

发现蛋白质相互作用的新途径—酵母双杂交系统

酵母双杂交系统又称相互作用陷阱，是研究蛋白质相互作用，发现新基因的新兴的分子遗传传学技术，文中介绍了该技术的基本原理，操作程序和应用前景。     

规模化蛋白质相互作用的研究技术

蛋白质相互作用既是蛋白质执行功能的主要方式,也是细胞功能调控网络的结构基础.蛋白质间异常的相互作用及其连锁网络的紊乱是引起许多病理改变的原因.作为功能基因组和蛋白质组研究的重要内容,规模化蛋白质相互作用研究已成为近年国际上研究的热点之一.文章综述了当前规模化蛋白质相互作用研究中的常用技术和常用蛋白质相互作用数据库,研究者可根据研究需要和技术特点利用这些资源.     

蛋白质相互作用的文本挖掘研究进展

生物体的生理功能主要由细胞中的蛋白质调控,因此研究蛋白质间的相互作用成为理解生命活动的基础。使用文本挖掘方法研究蛋白质相互作用可以充分利用现有的大量文献揭示出与蛋白质相关的潜在知识,构造蛋白质相互作用网络。着重从相关的语料集和工具、所涉及的技术和方法等方面,对蛋白质相互作用的文本挖掘进行综述,并对研究前景进行展望。     

TPR基序——一种介导蛋白质相互作用的结构域

TPR蛋白家族成员功能复杂,均含有TPR基序。该基序是一个含有34个氨基酸的重复序列,通常串行排列。通过形成特殊的空间结构,介导蛋白质的相互作用,并在一些重要的蛋白复合物形成中非常重要。本文拟就TPR基序的结构及功能作一简要综述。     

HBx与宿主蛋白质的相互作用

HBx是哺乳动物嗜肝性 HBV的 X读码框所编码的 HBV中唯一具有多种调控功能的病毒蛋白质。这些调控作用包括 :激活宿主细胞和病毒自身基因的转录、调控凋亡、抑制细胞中受损 DNA的外切修复反应以及激活细胞中信号转导通路如 :MAPK、JAK、STAT的级联反应等 ;HBx通过这样的多种调控作用直接或间接地对病毒自身的复制与增殖以及宿主细胞中基因的表达与调控、细胞的凋亡与癌变等过程都产生了广泛的影响     

酵母三杂交系统:一种在真核细胞水平研究RNA-蛋白质相互作用的有效方法

RNA-蛋白质之间的相互作用是真核细胞RNA在细胞内执行其功能的基础,这种相互作用在基因表达的多个水平上均发挥着重要的调控作用。要研究RNA对基因表达的调控就必须对RNA-蛋白质之间相互作用的方式进行研究。本文介绍的酵母三杂交系统(yeast three-hybrid system)是一种近年来在酵母双杂交系统的基础上发展而来的,可用于鉴定先前未知的,在自然界中存在且具有生物学意义的RNA-蛋白质相互作用的实验方法。该方法提供了一个在真核细胞内研究RNA-蛋白质相互作用的技术平台。它可以根据酵母细胞所表现出的简单表型及易于辨别的酶反应,对体内复杂环境中发生的RNA-蛋白质的相互作用进行遗传学分析。     

相互作用结构域SH3和WW的蛋白质组学研究

在过去十年的研究中,发现许多蛋白质相互作用是通过相互作用结构域(如SH2,WW,SH3等)与其识别的另一个蛋白质中一段短肽序列的结合完成的,蛋白质相互作用结构域在蛋白质亚细胞定位、信号传导和蛋白复合体的组装等方面发挥重要功能。随着蛋白质组学技术的发展,高通量技术用于结构域结合特性及相互作用网络的研究。本文通过概述SH3和WW结构域的蛋白质组学研究策略的最新进展,总结结构域的几种现有研究策略。