荧光定量PCR同步检测人类疱疹病毒6,7,8型方法的建立

目的:建立同步检测人类疱疹病毒6,7,8型(HHV-6,-7,-8)的多重荧光定量PCR方法。方法:分别针对HHV-6,-7,-8的U67、U36、ORF65基因设计3对引物和3种Taq Man-LNA探针,构建三重荧光定量PCR反应体系,用于同步扩增HHV-6,-7,-8。分别应用HHV-6,-7,-8质粒建立对应标准曲线,并对多重荧光定量PCR方法进行线性范围、灵敏度、特异性、重复性和扩增效率等方法学评价。以DNA测序法为参考方法,检测45例疑似HHV感染者外周血单个有核细胞(PBMC)中的HHV-6,-7,-8,对多重荧光定量PCR方法进行临床特异性和敏感性评估。结果:多重荧光定量PCR方法检测HHV-6,-7,-8的线性范围均在10⁶-106-10⁽¹¹⁾Copies/L,相关系数均>0.99,灵敏度为8×10(11)Copies/L,相关系数均>0.99,灵敏度为8×10⁵Copies/L,最低检测限为5×105Copies/L,最低检测限为5×10⁵Copies/L,无非特异性扩增,线性范围内HHV-6,-7,-8的批间、批内变异系数(CV)均<5.5%;与单重荧光定量PCR相比,检测HHV-6,-7,-8质粒含量的相关性分别为0.980,0.987,0.965。以DNA测序方法为金标准,多重荧光定量PCR检测HHV-6,-7,-8的特异性均为100%,灵敏度分别是93.1%、80%、100%。结论:多重荧光定量PCR能够对HHV-6,-7,-8进行同步、快速和准确的定量检测,将在输血安全筛查方面有着广泛的应用前景。     

呼吸道合胞病毒实时荧光定量PCR检测

目的 建立一种快速、准确诊断人呼吸道合胞病毒(hRSV)早期感染的实时荧光定量PCR检测方法。方法 以hRSV最保守的N基因序列为参考,设计两对特异的引物和一条TaqMan荧光探针,在LightCycler定量PCR检测仪上对93例下呼吸道感染患儿进行hRSVRNA检测,并与病毒分离培养、常规PCR、巢式PCR方法和ELISA法相比较。结果 以PCR模板浓度来定义,该方法线形范围为1×10²~1×10⁷cDNAcopies/μl,灵敏度达1×10²cDNAcopies/μl,和巢式PCR相同,比常规PCR高10倍。用人脊髓灰质炎病毒Ⅰ型、柯萨奇病毒2型、甲型、乙型流感病毒、腺病毒7型作对照,均无预期扩增产物和荧光的产生;该方法在LightCycler和Rotor-Gene两种仪器上的定量结果具有一致性;采用该法对93例患儿行FQ-PCR检测出阳性44例(43.9%),ELISA方法检测阳性4例(4.3%),两者相关性不高。hRSV浓度的高低与患儿临床症状之间的关系不是很明显。结论 该方法可快速、灵敏、特异、定量检测hRSV,在hRSV感染的早期诊断和疗效监测方面具有良好的应用前景。     

双重实时荧光PCR检测副溶血性弧菌和创伤弧菌方法的建立

目的建立双重实时荧光PCR检测副溶血性弧菌和创伤弧菌的方法。方法在Gen Bank数据库查找序列并比对后设计tdh和vvh A基因引物和探针。对PCR反应退火温度、引物、探针、Mg2+、Taq DNA聚合酶及d NTPs浓度进行优化,确定反应体系和反应条件,并对新建方法的特异性、灵敏度等方面进行分析,对模拟样品进行检测。结果建立了双重实时荧光PCR检测副溶血性弧菌和创伤弧菌的方法。该方法的特异性较好,检测限为103 CFU/ml。结论建立的双重荧光PCR方法可快速、灵敏、特异地检测副溶血性弧菌和创伤弧菌。     

利用SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测大鼠P物质mRNA方法的建立

目的：建立检测大鼠P物质（SP）mRNA的SYBR Green Ⅰ实时定量PCR方法，为检测大鼠SP基因表达提供有效的手段。方法：提取大鼠中脑总RNA，扩增SP基因片段，将其克隆入pMD-18T载体，制作标准品质粒；应用SYBR Green Ⅰ双链嵌合染料，对连续稀释的标准品质粒进行实时PCR分析，评价所建立方法的检测灵敏度；对PCR产物进行溶解曲线分析评价其特异性。结果：标准品质粒构建成功，经酶切及测序鉴定，目的片段已插入pMD-18T载体；所建立的实时定量PCR方法的最低检测限度为10⁴个拷贝/反应，在每反应10⁴～10⁹拷贝范围内，Ct值（荧光信号达到设定阈值所经历的循环数）与起始模板浓度具有良好的线性关系，r=0.998。结论：所建立的检测大鼠SP mRNA的SYBR Green Ⅰ实时定量PCR方法具有敏感性高、特异性强和线性范围广等特点，适用于对大鼠各种组织SP的大量样本检测。     

检测肠出血性大肠埃希菌O157:H7的环介导等温扩增和PCR法比较

目的建立基于环介导等温扩增(LAMP)技术的肠出血性大肠埃希菌(EHEC)O157:H7快速简便检测方法,并与PCR进行比较。方法针对EHEC O157:H7保守的rfbE基因序列,设计特异性引物,建立LAMP和PCR检测技术并优化其反应条件,比较这两种检测方法的灵敏度、特异性和对实际样品的检测结果。结果成功建立了LAMP和PCR检测体系,灵敏度检测结果显示,LAMP检测限低至10 cfu/ml,PCR检测限为102cfu/ml,LAMP检测灵敏度高于PCR;对39株近源菌进行检测,结果显示,LAMP法仅7株EHEC O157:H7得到阳性结果,非EHEC O157:H7菌株均为阴性,PCR产物则出现非特异性条带,LAMP法特异性比PCR法高。对于32份猪肉样品的检测,LAMP和PCR与常规检测结果一致,3份样品检测阳性。结论 LAMP检测技术的特异性和灵敏度较PCR高,并且操作简便、检测成本低,耗时短,更有望发展成为快速准确检测EHEC O157:H7的有效手段。     

核酸试纸条快速检测蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因方法的建立

目的 基于核酸试纸条技术,建立一种快速检测蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因的方法。 方法 煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,以蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因作为靶基因,采用NCBI primer-BLAST 5.0软件设计特异性引物并通过克隆转化鉴定PCR产物,建立并组装核酸试纸条,评价核酸试纸条的特异性、灵敏度和稳定性。 结果 蜡样芽胞杆菌DNA浓度为300 mg?L^－1,纯度约为1.60。PCR产物阳性条带经切胶回收、克隆转化和测序比对,与GenBank数据库中已登记的entFM相似性为100%。在pH值7.0条件下,每100 μL 胶体金溶液加入3.3 μg链霉亲和素浓度标记,质控线浓度为1.8 g?L^－1,检测线浓度为1 g?L^－1时,硝酸纤维素膜上质控线与检测线均可与PCR产物反应出现清晰的红色条带。按照最适条件组装成核酸试纸条,PCR产物6 μL,样品展开液100 μL,检测10 min后可观察结果。核酸试纸条特异性与电泳结果一致,仅蜡样芽胞杆菌为阳性结果,与金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞杆菌、大肠埃希菌和沙门氏菌皆无交叉反应,为阴性结果;灵敏度检测,核酸试纸条DNA质量浓度同时降至10^－3 mg?L^－1仍可准确检测,普通PCR电泳结果显示DNA质量浓度同时降至10^－1 mg?L^－1出现目的条带,核酸试纸条比普通PCR灵敏度提高100倍;稳定性检测,核酸试纸条在第6、9和12个月进行检测稳定性一致。 结论 建立的核酸试纸条检测蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因灵敏度高、特异性强且具有良好稳定性,适用于快速鉴别蜡样芽胞杆菌entFM毒素基因。     

基于多重PCR技术检测蜡样芽胞杆菌3种毒素基因方法的建立及评价

目的：基于多重PCR技术,建立一种快速检测蜡样芽胞杆菌nhe、cytK和entFM 3种毒素基因的方法,并评价其效能。方法：煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,以蜡样芽胞杆菌nhe、cytK和entFM特异性毒素基因作为靶基因,采用NCBI primer-BLAST 5.0软件设计特异性引物,优化反应体系。建立三重PCR检测体系,并检测其特异性、灵敏度和稳定性。结果：煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,浓度为227 mg·L^-1,纯度为1.50～1.60。采用多重PCR体系同时检测蜡样芽胞杆菌3种毒素致病基因,于退火温度56℃时,蜡样芽胞杆菌基因引物nhe499的扩增片段为499 bp,基因引物cytK191的扩增片段为191 bp,基因引物entFM363的扩增片段为363 bp。PCR体系扩增蜡样芽胞杆菌3种毒素基因后条带清晰明亮,且无非特异性条带,与金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌和铜绿假单胞菌均无扩增,表明蜡样芽胞杆菌基因引物nhe499、cytK191和entFM363特异性强;3种引物在同一反应体系中互不干扰。灵敏度检测,多重PCR体系最低检测限可同时达到10^...     

实时荧光PCR方法在A型流感病毒检测中的应用

目的比较流感病毒实时荧光PCR检测(FQ-PCR)方法与常规细胞培养、血凝试验及分型鉴定在流感病毒鉴定中的优劣,以期建立能快速简便、特异地从临床标本中检测并鉴定流感病毒的新方法。方法对76株不同型别的流感病毒分离株进行鉴定,比较两种检测方法的敏感性和特异性;对2倍梯度稀释的A型流感病毒(H1N1亚型、H3N2亚型,各1株)用FQ-PCR方法进行灵敏度检测,同时用常规细胞培养法进行病毒增殖,用血凝试验判断病毒滴度。另外,对临床采集的684份咽拭子样本直接检测,并同时进行常规培养、血凝试验及Quidel试剂检测,综合比较两种监测方法之间的差异。结果在76株流感病毒阳性细胞培养液中,FQ-PCR方法检出A型60份,同分型结果相吻合。FQ-PCR方法的灵敏度约高出常规培养法的25～26倍,无非特异性反应。结论流感病毒FQ-PCR方法具有简便快捷、特异、敏感的特点。     

荧光定量PCR检测食品中副溶血性弧菌方法的建立

目的：建立一种荧光定量PCR方法检测副溶血性弧菌,为食品安全监测、临床诊断提供快速、准确的检测方法。方法：选取副溶血性弧菌不耐热溶血毒素基因作为检测的靶片段设计引物及探针,通过体系优化建立检测副溶血性弧菌的荧光定量PCR检测方法。同时评价其特异性、灵敏度、重复性。并对临床收集的样本进行检测。结果：所建立的荧光定量PCR方法特异性高,可准确、特异的检测副溶血性弧菌,灵敏度为10cfu/mL;20份市售食品样本检测结果显示12例副溶血性弧菌阳性,结果符合常规培养检测结果。结论：所建立的荧光定量PCR方法具有快速、结果可靠、灵敏度高等特点,可用于食物污染物调查、临床检验等多个方面中副溶血性弧菌的检测。     

实时荧光PCR检测B型流感病毒方法的建立及病毒培养法验证

目的建立B型流感病毒实时荧光PCR检测(FQ-PCR)法,并与常规病毒培养法比较,判断二者结果的相关性,确定两种检测方法各自更适合的应用领域。方法建立FQ-PCR法并对76株经Quidel胶体金试纸条鉴定型别的流感病毒分离培养株进行检测,比较其敏感性和特异性。21～223梯度稀释的B型流感病毒分别用FQ-PCR法和病毒培养法进行检测,记录FQ-PCR的Ct值及培养物的血凝效价,并对FQ-PCR阳性但血凝无效价的梯度进行盲传,再次检测HA效价,比较二法的灵敏度及相关性。对临床采集的881份咽拭子标本做FQ-PCR检测,同时进行病毒培养并盲传、血凝试验及Quidel胶体金试纸条分型,综合比较两种检测方法之间的差异。结果在76株已知流感病毒标本中,FQ-PCR方法检出B型16份,与Quidel胶体金分型结果相符。FQ-PCR方法的灵敏度约高出常规培养法的25～26倍。FQ-PCR法对临床咽拭子的检测灵敏度高,无非特异性反应。结论流感病毒FQ-PCR法具有与组织培养法一致的特异性,前者操作简便快捷,灵敏度更高,在流感病毒临床快速检测和鉴定中具有更广阔的应用前景。     

巢式PCR联合焦磷酸测序法在乙型肝炎病毒耐药基因检测中的敏感性与特异性分析

目的评价巢式PCR联合焦磷酸测序法在乙型肝炎病毒(HBV)耐药基因检测中的敏感与特异性。方法选取rtM204I(ATT)突变型和rtM204(ATG)未突变型质粒,按照不同比例混合后,采用巢式PCR联合焦磷酸测序法对突变位点进行检测,并与常规PCR焦磷酸测序法进行比较,对两种方法的线性及一致性进行分析;选取不同病毒载量临床标本,采用巢式PCR焦磷酸测序法检测耐药突变位点,并与巢式PCR Sanger测序法进行比较,对两种方法的敏感性及特异性进行分析。结果常规PCR焦磷酸测序和巢式PCR焦磷酸测序结果拟合曲线R2>0.99,P<0.05,线性模型有显著性意义。分别将常规PCR焦磷酸测序和巢式PCR焦磷酸测序结果与预测值的差值进行分析,巢式PCR能够较常规PCR更好的反映实际值,在90%比例处优于常规PCR。临床75例患者标本巢式PCR Sanger测序与巢式PCR联合焦磷酸测序结果灵敏性比较提示,Sanger测序的灵敏性为92%,巢式PCR联合焦磷酸测序的灵敏性达到100%,差异有统计学意义(P<0.01)。对于不同病毒拷贝数标本的灵敏性不同,其差异主要表现在低浓度组(HBV DNA≤3log10 copies/ml),Sanger测序的灵敏性为78%,而焦磷酸测序的灵敏性可以达到100%,差异有统计学意义(P<0.01)。阴性对照,两种方法均未检出HBV病毒,两种方法的特异性均较好。结论巢式PCR联合焦磷酸测序的方法监测乙肝病毒变异同巢式PCR联合sanger测序相比,有更好的灵敏性,尤其是在低病毒拷贝数时,差异明显,这对于临床提早发现耐药突变株,指导临床及时更换用药有重要意义。     

O1群和O139群霍乱弧菌荧光PCR快速检测方法的建立

目的建立检测O1群和O139群霍乱弧菌的实时荧光聚合酶链反应（荧光PCR）方法,并进行优化和评价。方法根据O1群和O139群霍乱孤菌O抗原编码基因设计探针和引物,建立同时检测霍乱孤菌O1群和O139群的荧光PCR方法,并对体系中的引物、Mg^2＋、dNTP和Taq酶进行优化,然后对建立的方法进行特异性、灵敏性、重复性的评价,并进行224份河口水样本的检测。结果建立了检测O1群和O139群霍乱弧菌的双重荧光PCR方法。对非O1群和O139群霍乱孤菌无扩增反应,敏感度比常规分离培养高。结论以O抗原编码基因为目标检测片段建立了O1群和O139群霍乱孤菌双重荧光PCR检测方法,可用于疑似霍乱弧菌感染的样本常规分离前的快速筛查。     

FQ-PCR和ELISA法检测生殖器疱疹病毒抗原检测结果比较

本文对FQ-PCR和ELISA法检测生殖器疱疹病毒抗原的检测结果进行比较,为临床诊断治疗提供参考。分析邢台市第三医院皮肤性病科2015~2017年诊治的生殖器疱疹60例患者临床资料。采用酶联免疫吸附测定法(ELISA法)和荧光定量PCR法(FQ-PCR)检测样本中单纯疱疹病毒,检测结果不一致的样本采用单纯疱疹病毒通用引物分析。结果显示60例样本中FQ-PCR法检测阳性为46例,占76.7%,ELISA法检测阳性为48例,占80.0%,检测结果不一致样本为6例,占10.0%;1例FQ-PCR法阳性而ELISA法阴性样本经第二次检测后为阴性,3例ELISA法检测阳性而FQ-PCR法检测阴性样本经第二次检测后阳性为2例,阴性为1例;FQ-PCR法的敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别为92.4%、96.3%、93.7%和94.5%,而ELISA法的上述指标分别为94.4%、96.3%、93.8%和95.8%。因此,ELISA法检测生殖器疱疹病毒抗原敏感性和特异性高,值得临床推广。     

胶体金免疫层析法快速检测血培养肠杆菌目细菌碳青霉烯酶的对比研究

目的 评估胶体金免疫层析法快速检测血培养肠杆菌目细菌碳青霉烯酶。方法 收集西安交通大学第二附属医院血培养79株肠杆菌目细菌,其中碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌57株和碳青霉烯类敏感肠杆菌目细菌22株,按照NG-Test CARBA 5试剂盒说明书检测待测菌株五种主要碳青霉烯酶[klebsiella pneumoniae carbapenemase(KPC)、new delhi metallo-β-lactamase(NDM)、verona integron-encoded metallo-β-lactamase(VIM)、imipenemase metallo-β-lactamase(IMP)、oxacillinase48(OXA)-48]。碳青霉烯酶基因经PCR测序确认。结果 57株血培养碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌,NG-Test Carba 5在15 min内检测到KPC、NDM、IMP、KPC+NDM和NDM+IMP,其敏感度和特异度分别为100%和100%。金山川碳青霉烯酶耐药检测试剂检测到KPC、NDM、IMP、KPC+NDM和NDM+IMP的敏感度和特异度分别为94.74%和1...     

PCR法与荧光定量PCR法在人巨细胞病毒检测中的作用比较

目的 比较常规PCR法与荧光定量RCR（RQ-PCR）法在人巨细胞病毒（HCMV）检测中的作用,寻找更适合于HCMV检测的方法。方法 构建携带CMV-DNA的标准质粒,利用常规PCR技术及FQ-PCR技术分别对不同稀释度的标准质粒进行检测。结果 FQ-PCR法对HCMV,标准质粒检测的灵敏度及线性范围均显著高于常规RCR法。结论 RCP法比常规PCR法更适合HCMV病毒的检测。     

涂片、培养和实时荧光定量PCR检测在妇科的临床应用

目的：比较涂片革兰染色、培养和实时荧光定量PCR（FQ-PCR）检测妇科性病淋球菌感染的临床应用价值,寻找一种快速而敏感的淋球菌检测方法。方法：同时用涂片革兰染色、培养和FQ-PCR检测临床疑诊淋病123例女性阴道标本中的淋球菌,以培养法为“金标准”,将另外两种方法与之比较,分别计算其敏感性、特异性、阳性预期值和阴性预期值。结果：涂片检出率为76．4％、培养法检出率为66．7％、FQ-PCR检出率为69．9％;经配对计数资料Х^2检验,FQ-PCR与培养法的检出率比较差异无显著性（P〉0．05）。涂片法和FQ-PCR法的敏感性、特异性、阳性预期值和阴性预期值分别为94．2％、66．7％、87．2％、82.8％和97．6％、89．7％、95．3％、94．6％。结论：FQ-PCR检测淋球菌,可弥补涂片法较粗糙、培养法耗时长的缺点。FQ-PCR具有准确快速,敏感性和特异性较高的特点,是一种具有临床应用价值的淋球菌快速定量检测方法。     

两种PCR方法检测感染家兔血液中弓形虫DNA的动态比较

目的:对比两种方法检测感染家兔血液中弓形虫基因动态检测结果。方法:用RH株弓形虫感染雄性家兔16只,在感染前后耳缘静脉采集血液标本。用荧光定量PCR(Fluorescence Quantitiative PCR,FQ-PCR)和普通PCR分别检测血液标本中虫体DNA基因片段。结果:FQ-PCR检测,其总阳性率为64.42%。感染家兔血液中虫体密度高峰期在感染后1～3 wk左右,其后长期维持在较低水平;普通PCR检测感染家兔总阳性率为45%。感染后第1wk检出率仅22%,高峰期维持在感染后2～4 wk,检出率约为60%左右。其后检出率下降为25%左右并一直维持。结论:两种PCR检测方法有相同的动态检出效果,采用血液作为样品进行弓形虫PCR检测时其最佳检测时间为感染后1～4 wk,其后检出率逐渐下降。     

Real-time PCR与常规PCR在Q热立克体检测中的比较

目的比较与评价Real-time PCR与常规PCR,寻求适合于Q热患者早期诊断的方法。方法应用Taq Man探针定量PCR、SYBR Green染料定量PCR、巢式PCR和普通PCR四种方法分别对T-A克隆的Q热立克次体基因htp AB片断进行灵敏性、特异性和重复性检测及评价。结果 Taq Man PCR方法的灵敏度分别为SYBR Green PCR、巢式PCR和普通PCR的10倍、10倍和100倍。重复性测试Taq Man法Ct变异系数CV:0.2%~3.0%,SYBR Green法的CV:0.3%~6.0%。Taq Man和SYBR Green PCR均耗时约1h,巢式PCR耗时约2.5h,普通PCR耗时约1.5h。四种方法检测25种相关病原菌结果均为阴性。结论 Taq Man探针定量PCR方法具有很好的特异性、灵敏性、重复性和可操作性,可用于Q热患者临床早期诊断。     

快速检测肺炎链球菌recA、ply及16SrRNA基因的多重降落PCR方法建立及应用

目的：建立快速检测肺炎链球菌recA,ply及16SrRNA基因的多重降落PCR方法并应用。方法：设计肺炎链球菌的特异基因recA,ply及其菌属保守序列16SrRNA基因的引物,建立多重降落PCR的反应体系及条件,通过该方法检测13株标准菌株的基因以判定recA、ply、16SrRNA基因的检测特异性;并通过对不同稀释度肺炎链球菌DNA的检测判定该方法的灵敏度。最后,应用多重降落PCR方法检测98份痰标本的肺炎链球菌,并与细胞培养法进行比较。结果：建立的多重降落PCR方法检测肺炎链球菌的特异性达100％,灵敏度达5pg／μL,该方法对98份痰标本中肺炎链球菌的检测结果与细胞培养法一致。结论：成功建立检测肺炎链球菌的多重降落PCR方法,灵敏度高,特异性强,可用于临床标本肺炎链球菌的快速检测。