基于分子对接模拟预测复方脑脉通治疗缺血性脑卒中的物质基础

目的:运用分子对接技术虚拟筛选复方脑脉通的活性分子,探索复方脑脉通的有效物质基础。方法:选取与脑缺血有关的42个关键蛋白靶标,采用分子对接技术对前期实验得到的能在大鼠血中被辨识和发现的复方脑脉通中的22个化合物进行联合筛选研究,并采用Cytoscape 3.2.1软件建立多成分-蛋白靶标网络模型。结果:通过分子对接虚拟筛选治疗缺血性脑中风的活性小分子,其中有11个小分子与12个以上的靶标蛋白存在相互作用。结论:基于分子对接的虚拟筛选方法可用来寻找脑脉通中治疗脑缺血的活性成分,这些小分子在复方脑脉通调控脑缺血的多个发病环节起到至关重要的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨金银花-连翘药对治疗川崎病的机制

目的基于网络药理学与分子对接技术探讨“金银花-连翘”（Jinyinhua-Lianqiao,JYH-LQ）药对治疗川 崎病的主要活性成分与潜在分子机制。方法利用TCMSP 数据库筛选“金银花-连翘”药对的主要活性成分及 其作用靶标,其中TCMSP 数据库中没有靶点信息的化合物应用SwissTargetPrediction 数据库进行靶标预测补 充。通过OMIM、DRUGBANK、GeneCards 以及Disgenet 数据库查找与川崎病相关的靶标,建立川崎病相关靶 标数据集,与“金银花-连翘”药对潜在作用靶标取交集。利用STRING 数据库和Cytoscape 软件构建“金银 花-连翘”药对-川崎病的交集靶标的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络图,并利用Cytoscape 软件的插件 Cytohubba 筛选出PPI 网络中的核心基因。利用DAVID 数据库对“金银花-连翘”药对-川崎病的交集靶标进行 GO 功能和KEGG 通路富集分析。使用Autodock 软件进行分子对接验证。结果“金银花-连翘”药对中共筛选 出42 个主要活性成分,282 个潜在作用靶标。共得到川崎病相关靶标1 127 个,其中75 个川崎病相关靶标是 “金银花-连翘”药对的潜在作用靶标,涉及36 个活性成分。IL-6、TNF、PTGS2 等17 个靶标被进一步筛选为 “金银花-连翘”药对-川崎病的交集靶标的PPI 网络图中的核心基因。KEGG 富集分析显示,“金银花-连翘” 药对-川崎病的交集靶标主要富集于TNF 信号通路等,进而构建“金银花-连翘药对-活性成分-川崎病靶标-通 路”网络图。分子对接结果显示,“金银花-连翘”药对的核心活性成分槲皮素、芦丁、山柰酚、汉黄芩素以及 β-胡萝卜素可以对富集于TNF 信号通路中的11 个核心基因（IL-6、TNF、PTGS2、MMP9、AKT1、CASP3、 CCL2、ICAM1、MAPK8、IL-1β 以及MAPK1）发挥调控作用。结论研究结果表明,“金银花-连翘”药对治 疗川崎病具有多成分、多途径、多靶点作用的特点,涉及抗炎、抗血小板等多个作用,为其治疗川崎病的物质 基础和分子机制研究提供了新的线索,也为其临床应用提供了一定的依据。     

基于网络药理学及分子对接研究健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝的分子作用机制

目的通过网络药理学及分子对接技术探讨健脾化浊调脂颗粒(国家专利号ZL 201510430075.8)治疗非酒精性脂肪肝的具体分子机制。方法通过中国知网、TCMSP、BATMAN-TCM 3个数据库对健脾化浊调脂颗粒主要成分及潜在作用靶点进行收集。从DisGeNET数据库中寻找与非酒精性脂肪肝相关的疾病基因与潜在靶点进行映射,得出健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝最终作用靶标。将最终靶标输入STRING数据库得出"蛋白-蛋白"相互作用关系,并用Cytoscape软件进行可视化。输入DAVID数据库进行KEGG PATHWAY富集,得出其可能作用的分子机制并构建"活性成分-靶标-作用通路"网络图。将"蛋白-蛋白"互作图中排名前5位靶标蛋白与君药进行分子对接,以验证其治疗作用。结果通过网络药理学预测后发现,健脾化浊调脂颗粒中有117个有效成分可用于治疗NAFLD,其中涉及113个靶基因及包括AMPK、PPAR、FOXO、胰岛素抵抗等18个信号通路。通过分子对接发现,5个靶标蛋白与君药结合性较好。结论从分子对接技术揭示了健脾化浊调脂颗粒有直接治疗非酒精性脂肪肝的作用,从网络药理学角度初步揭示了其治疗非酒精性脂肪的分子机制,为后续的研究提供了基础。     

基于分子对接与网络药理学探讨苏黄止咳胶囊治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制

目的：通过分子对接与网络药理学技术,深度发掘苏黄止咳胶囊主要活性成分,明确其作用靶点与信号通路,分析其治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)多靶点、多通路的干预作用机制,阐明苏黄止咳胶囊(SH)的药效物质基础及作用机制。方法：依托于网络药理学技术与分子对接技术,从SH中筛选活性化合物,并对其通路进行分析。结果：筛选得到75个活性化合物,其中麻黄与前胡所含化合物占比最多,各为16种,其余依此为紫苏子13种、枇杷叶11种、五味子7种、牛蒡子5种、地龙4种、紫苏叶3种。共得到CVA相关靶点429个,共得到相关通路316条,其中涉及相关疾病信号通路2条,与炎症相关通路4条,肺损伤保护通路1条。结论：本文初步探讨了SH的主要活性活性成分、相关靶点及涉及通路,预测其治疗CVA的药效物质基础及其作用机制,为后续处方二次开发优化及临床治疗CVA的疗效评价指标提供参考与物质基础。     

整合转录组学与网络药理学探讨黄芪-白术药对治疗慢性阻塞性肺疾病的机制

目的探讨黄芪-白术药对治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的潜在关键机制。方法利用化合物-基因相互作用关系、类药性与口服生物利用度,对来源于TCMID数据库的黄芪-白术药对成分进行筛选,获得治疗COPD的潜在成分,并通过追溯植物来源确定特征成分。潜在成分的靶标来源于COPD转录组中的差异表达基因与候选靶标(已知靶标和预测靶标)的交集。网络拓扑分析确定靶标的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络中的核心靶标。对核心靶点进行功能富集分析以确定靶标的关键机制。通过分子对接验证核心机制。结果筛选出8个改善COPD的潜在中药成分,靶向4个核心靶标(CCL2、IL-1β、NQO1、CYP1B1)。功能富集分析显示核心靶标功能表现在炎症反应、氧化应激反应、血管新生3个方面。分子对接结果显示特征成分(黄芪甲苷、白术内酯Ⅰ)与IL-1β抑制剂穿心莲内酯结合IL-1β的模式相似。结论黄芪-白术药对围绕IL-1β发挥改善炎症反应、氧化应激反应、血管新生的作用,是治疗COPD的潜在关键机制。     

基于网络药理学和分子对接研究麻黄-五味子药对治疗肺纤维化的作用机制

目的：研究麻黄-五味子药对治疗肺纤维化的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台及文献补充收集麻黄-五味子的化学成分，利用Swiss Target Prediction平台预测成分相关靶标；采用MalaCards、TTD、OMIM及PharmGKB数据库收集肺纤维化相关靶蛋白，并与成分靶标比对，筛选潜在治疗疾病的交集靶标，进行京都基因和基因组数据库代谢通路富集和基因本体论生物功能分析，构建成分-靶标-通路网络。采用分子对接法验证该药对潜在活性成分与核心靶蛋白的相互作用。结果：从麻黄-五味子中共筛选得到62个活性成分对应1 022个靶标；与肺纤维化疾病匹配后得到37个共有靶标，涉及趋化因子受体、肿瘤坏死因子、基质金属蛋白酶等靶标，以及肿瘤坏死因子信号通路、缺氧诱导因子1信号通路、松弛素信号通路等相关通路。分子对接结果表明麻黄-五味子药对中的活性成分与关键靶标蛋白具有较强的结合能力。结论：麻黄-五味子药对治疗肺纤维化具有多靶标、多通路协同作用的特点。     

基于网络药理学及分子对接研究六味醒神颗粒治疗肝性脑病的分子作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨六味醒神颗粒治疗肝性脑病的具体分子机制。方法:从中国知网、TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM 4个数据库对六味醒神颗粒主要成分及潜在作用靶点进行收集,并与肝性脑病相关基因进行映射,得出其治疗该病最终作用靶标,构建PPI网络并进行可视化。利用DAVID数据库进行KEGG Pathway富集并构建"活性成分-靶标-作用通路"图。将PPI中排名前5的靶标与君药进行分子对接,以验证其治疗作用。结果:研究得到243个有效成分,241个靶基因及34个信号通路。分子对接表明5个靶标蛋白与君药结合性较好。结论:从分子对接技术揭示了六味醒神颗粒有直接治疗肝性脑病的作用,从网络药理学角度初步揭示了其治疗肝性脑病的分子机制,为后续的研究提供了基础。     

温经汤治疗原发性痛经的网络药理学作用机制＊

目的 本文将通过网络药理学结合分子对接对温经汤治疗原发性痛经作用机制进行预测。方法 利用TCMSP、TCMID及BATMAN-TCM数据库，收集温经汤活性成分并预测其作用靶标。通过GeneCards数据库、OMIM数据库筛选原发性痛经的靶标，并运用R软件获取疾病交集靶标，绘制韦恩图。运用Cytoscape软件构建温经汤治疗原发性痛经的成分-靶标网络图，通过STRING数据库构建PPI靶标蛋白互作网络，并进行核心靶标的GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。通过Autodock Vina软件对药物活性成分与疾病核心靶标进行分子对接验证。结果 筛选得到温经汤治疗原发性痛经的124个活性成分和31个药物-疾病共同靶标，并推断其作用机制可能与介导HIF-1、TNF、PI3K-Akt等105条信号通路相关。槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性成分与PTGS1、ESR1、PGR等核心靶标对接结果良好。结论 温经汤活性成分可能通过发挥镇痛、抗炎、调节激素水平、缓解平滑肌痉挛和改善缺氧状态等药理作用来治疗原发性痛经。     

基于网络药理学和分子对接探讨龟鹿二仙胶治疗少、弱精子症作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接探讨龟鹿二仙胶治疗少、弱精子症（AS）的物质基础及作用机制。方法 运用TCMSP数据库筛选龟鹿二仙胶中枸杞子、人参的活性成分及靶标，检索文献及BATMAN-TCM、DrugBank、ETCM、化学专业数据库获取鹿角胶、龟板胶活性成分及靶标；运用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD、DisGeNET数据库筛选AS靶标；运用R语言软件映射得到龟鹿二仙胶治疗AS靶标，运用Cytoscape平台构建龟鹿二仙胶-药物活性成分-靶标及龟鹿二仙胶-药物活性成分-靶标-AS间的互作网络图；运用STRING平台构建治疗靶标间互作网络图；运用ClueGo插件对治疗靶标行GO生物功能分析，R语言软件行KEGG通路富集分析；并运用ZINC、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物有效活性成分与关键靶标作分子对接。结果 从龟鹿二仙胶中共获得83个有效活性成分，得到53个龟鹿二仙胶治疗AS的潜在靶标，这些靶标主要涉及氧化应激、脂质沉积负调节等生物学过程，并主要富集在PI3K/Akt，HIF-1等信号通路上；分子对接验证显示对接得分 < -5 kcal·mol^-1占82.5%，即大部分靶标与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学及分子对接证实了龟鹿二仙胶多成分、多靶标、多途径的作用特点，预测了龟鹿二仙胶可能通过PI3K/Akt，HIF-1等途径，从而调控氧化应激、脂质代谢等生物学过程治疗AS的可能作用机制，为进一步研究其活性成分和作用机制提供理论依据。     

基于中药整合药理学平台分析黄连汤治疗胃炎的作用机制

目的:探讨黄连汤治疗胃炎的功效物质基础和可能的作用机制,为该复方的后续应用与研发提供参考。方法:利用中药整合药理学平台预测黄连汤治疗胃炎的主要活性成分和作用靶点,构建黄连汤成分靶标-疾病靶标网络,筛选关键节点进行通路富集分析,探索黄连汤多成分-多靶点-多通路治疗胃炎的可能作用机制。结果:黄连汤预测的175个活性成分与胃炎相关的538个关键靶标相互作用,通过趋化因子、雌激素和T细胞受体等信号通路参与幽门螺旋杆菌感染侵润、胃黏膜损伤、胃黏膜萎缩等胃炎发生与发展过程中病理环节的调控。结论:该研究初步揭示了黄连汤治疗胃炎的潜在活性成分及其可能的作用机制,为该方进一步的药效物质基础和作用机制实验研究提供了理论依据。