胃癌表型与5p15.33位点等位基因丢失相关性研究

目的 探讨胃癌5p15．33区微卫星标记杂合性缺失（LOH）与临床病理学表型的相关性。方法 抽提80例胃癌标本及其配对正常胃黏膜中基因组DNA，应用4个微卫星标记对5p15．33区进行LOH检测并与Lauren分型等临床病理学指标分析。结果 有76例临床信息齐全病例纳入统计分析。5p15．33区4个微卫星标记平均信息性病例比例为71．05％。其中31．58％（24／76）病例至少一个位点检测到LOH，以D5S2849位点LOH频率最高（37．25％）。5p15．33位点LOH以肠型胃癌多见（P〈0．01），与年龄、性别、部位、肿瘤大小、TNM分期及有无淋巴结转移无明显关系。结论 5p15．33区可能存在控制胃癌形态学表型的候选抑癌基因，但该基因可能不是决定其他临床表型的主要基因。     

散发性胆管癌患者染色体3p21.3区段微卫星位点不稳定性分析

目的研究散发性胆管癌患者染色体3p21．3区段的微卫星不稳定性（MSI）及杂合性缺失（LOH），探讨染色体3p21．3区段遗传不稳定性与散发性胆管癌发生发展的关系，定位该区段上散发性胆管癌相关肿瘤基因。方法用聚合酶链反应一单链构象多态性分析（PCR—SSCP）方法检测24例散发性胆管癌患者染色体3p21．3区段上D3S1568、D3S1621、D3S1578和D3S1289四个微卫星位点的MSI和LOH发生率，分析其与临床病理因素之间的关系。结果24例散发性胆管癌组织中，4个微卫星位点的MSI和LOH平均发生率分别为7．23％和15．63％。其中D3S1621位点的LOH最高（45．83％，11／24），并与TNM分期、是否伴有局部／淋巴结转移相关（P〈0．05）。结论染色体3p21．3区段133S1621位点高频率杂合性缺失，提示3p21．3区段定位有散发性胆管癌的候选抑癌基因，并在散发性胆管癌的发生发展过程中发挥重要作用。     

原发性胃癌中DCC抑癌基因杂合性丢失的研究

目的：探讨原发性胃癌组织中结直肠癌缺失基因（deleted in colorectal carcinoma.DCC)杂合性丢失（loss of heterozygosity,LOH)的情况及其与胃癌临床病理学间的关系。方法：用多聚酶链反应－单链构相多态性（PCR－SSCP）银染法分析49例原发性胃癌组织中DCC的杂合性丢失。结果：D18S484位点发生LOH的频率为26．6％（12／45），D18S487为23．9％（11／46），DCC发生LOH的频率为36．7％（18／49）。36．8％（7／19）的肠型胃癌发生DCC LOH，24．0％（6／25）的弥漫型胃癌发生DCC LOH，而100％（5／5）的混合型胃癌为DCC LOH（P＜0．05）。在淋巴结有转移的胃癌中，52％（13／25）的原发性胃癌发生DCC LOH，无转移者中为20．8％（5／24）（P＜0．05）；发生远处转移者，原发性胃癌DCC LOH为100％（3／3），而无转移者为32．6％（15／46）（P＜0．05）；在TNM Ⅲ、Ⅳ期中DCC LOH为50．0％（12／24），有高于TNM I、Ⅱ期（24％，6／25）的趋势（P＝0．059）。DCC LOH与病人的性别、年龄、肿瘤发生部位、大小、组织学分级均无统计学意义（P＞0．05）。结论：DCC的杂合性丢失可能在胃癌的发展和转移中起重要作用，是胃癌发展后期的重要分子事件。     

染色体杂合性缺失在肝细胞癌根治术后预后预测中的价值

目的 通过生存分析探讨染色体杂合性缺失(LOH)在肝细胞癌(HCC)患者根治术后预后预测中的价值.方法 选取1 p、8p、17p、4q、13q及16q共6条染色体上24个具有高度多态性的微卫星标记,对1999年1月至2000年5月225例行根治术的HCC石蜡标本应用微切割技术,获取纯净肿瘤DNA进行LOH检测,并分析LOH与HCC患者根治术后5年总体生存(OS)、无瘤生存(DFS)的关系.结果 LOH在检测的染色体位点上发生明显.在单因素分析中,D8S298位点LOH的患者根治术后5年OS、DFS率皆明显低于无LOH的患者[(39±6)比(54±5),P＜0.05;(36±7)比(60±6),P＜0.01].同样,在D1S199基因位点,LOH患者术后5年OS、DFS率亦显著低于无LOH者[(28±7)比(55±5),P＜0.01;(29±8)比(53±5),P＜0.05].在其他22个检测位点,未发现LOH与HCC术后生存相关.在多因素分析中,Cox比例风险模型显示D8S298、D1S199位点LOH分别是HCC患者根治术后DFS、OS较差的独立因素(P均＜0.05).结论 D8S298、D1S199位点LOH有可能分别成为HCC患者根治术后预测转移复发及总体生存的分子标记.     

乳腺癌及癌前病变3号染色体短臂杂合性缺失的研究

目的研究乳腺癌及癌前病变中3号染色体短臂（3p）杂合性缺失（loss of heterozygosity,LOH）的发生情况。方法采用聚合酶链式反应及硝酸银染色等方法检测41例原发性乳腺癌及12例癌前病变中3p的11个微卫星位点LOH发生情况;用免疫组化方法检测40例乳腺癌中雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）、脆性组氨酸三联体（fragile histidine triad,FHIT）及人类MutL基因的同源基因（human MutL homologue,hMLH1）的表达情况。结果97％乳腺癌患者发生3p的LOH,检出率较高的位点是D3S1295（53．1％）、D3S1029（43．6％）和D3S1038（52．5％）,分别位于3p14、3021-p22和3p25。D3S1038位点LOH及hMLH1蛋白表达与部分临床病理学参数相关（P〈0．05）。D3S1295的LOH与FHIT蛋白表达负相关（P〈0．05）。癌前病变患者3pLOH发生率为41．7％,检出率较高的位点是D3S1295（27．3％）和D3S1029（16．7％）。最小共同丢失区位于3p14-p25。结论3p14-p25区段可能有与乳腺癌发生发展相关并影响乳腺癌生物学行为的候选抑癌基因,基因的部分缺失可影响其蛋白的表达。     

应用染色体8p微卫星杂合性缺失标记观察同一肝细胞癌结节内部不同肿瘤细胞群克隆差异

目的用染色体8p微卫星的杂合性缺失（LOH）作为肿瘤的遗传性标记，对同一肝细胞癌结节内部不同肿瘤细胞群是否有克隆差异进行研究。方法在10例肝细胞癌患者，同一肿瘤结节内部不同颜色质地的部分作为不同的细胞群，手工辅助显微切割获取较纯的肿瘤细胞，抽提肿瘤细胞DNA；选取5个染色体8p微卫星位点D8S277、D8S254、D8S258、D8S298、D8S1771，进行微卫星LOH的检测。结果在10例肝细胞癌患者，7例检测出8p微卫星的LOH，3例未检测出8p微卫星的LOH。6例患者在同一肿瘤结节的内部不同肿瘤细胞群之间出现微卫星位点LOH类型的差异，1例患者3个肿瘤细胞群的LOH类型相同。结论在同一肝细胞癌结节的内部，不同的肿瘤细胞群之间存在克隆差异，这种差异说明不同的肿瘤细胞群可能有不同的克隆来源，从而为观察同一肿瘤内不同肿瘤细胞群的生物学特性提供依据。     

散发性结直肠癌1号染色体等位基因杂合缺失精细定位研究

目的抑癌基因的杂合缺失（LOH）被认为是结直肠癌形成的通路之一。本实验通过对1号染色体1p36．33～36．31、1q31．1～32、1区域进行杂合缺失精细定位分析，以发现更精确的高频杂合缺失区域。方法在1p36．33～36．31、1q31．1～32．1区域分别选择7个、6个荧光标记微卫星引物与83例结直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应（PCR）反应。产物在电泳后进行LOH分析。LOH结果与临床病理参数之间的关系比较采用X^2检验。结果1p36．33～36．31区域平均杂合缺失率是31．47％，以D1S243位点最高，为47．22％（34／72），最低是D1S1347，为7．35％（5／68）。存在两个高频杂合缺失区域：D1S243位点（1p36．33）以及D1S468-D1S2660区域（1p36．32～36．31）。1q31．1～32．1区域平均杂合缺失率是22．98％，以D1S2622位点最高，为36．73％（18／49），最低是D1S412，为16．42％（11／67）。更精确的缺失范围定位在D1S413和D1S2622之间（1q31．3—32．1），大约2cm的遗传距离范围内。1p36．33～36．31、1q31．1～32．1区域各位点的杂合缺失率与性别、年龄、肿瘤大小、生长方式以及Dukes分期无显著相关。提示该区域上的杂合缺失现象普遍存在于各种类型的散发性结直肠癌中。结论1号染色体上存在3个高频杂合缺失区域，D1S243位点（1cm）、D1S468和D1S2660位点之间（3cm）以及D1S413和D1S2622之间（2cm），提示在这些区域存在与结直肠癌相关的抑癌基因。     

肝细胞癌微卫星不稳定和杂合性缺失分析

目的 通过检测肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)微卫星不稳定（microsatellite instability,MSI)和杂合性缺失（loss of heterozygosity,LOH)发生频率,探讨上述遗传学改变与HCC临床病理的关系。方法 选择5个微卫星多态性标记对32例HCC进行了MSI与LOH分析。结果 32例HCC中有14例出现MSI,其中有6例出现2个位点MSI,后者癌肿转移率明显低于其他的组（P＝0．001）,在所检5个位点中D1S484和TP53 MSI发生频率最高,而D9S1604昨D8S555遗传学改变多为LOH且发生频率较低。结论 MSI是部分HCC发生、发展进程中一个重要的遗传改变,尤其在在无癌肿转移的肿瘤中。D1S484和TP53是HCC中对MSI敏感的检测位点。     

抑癌基因微卫星杂合性丢失在膀胱癌诊断中的应用

目的探讨抑癌基因p16、p53、VHL的微卫星（MS）DNA杂合性丢失（LOH）的发生率与膀胱移行细胞癌（TCC）临床分期、病理分级的关系。方法随机提取50例膀胱TCC组织标本DNA,并取50例癌旁正常膀胱黏膜作对照；提取40例患者尿液标本DNA,取位于p16、p53、VHL的6个微卫星位点引物行PCR扩增,8％变性聚丙烯酰胺电泳,银染结果检测杂合性丢失与TCC分期、分级的关系。结果50例TCC标本中,6个微卫星位点中至少1个位点LOH阳性者45例（90．0％）；40例尿液标本中,以上位点至少1个位点LOH阳性者35例（87．5％）,尿脱落细胞组织学检查阳性者25例（62．5％）,主要见于中、晚期肿瘤。p16、p53、VHL基因6个微卫星位点中,LOH阳性率由高到低分别为D9s259（76．3％）、D9s270（65．7％）、D17s786（50．0％）、D3s1284（41．7％）、D3s1038（41．2％）、D17s379（40．5％）。D9s259、D9s270、D3s1038、D17s786的LOH阳性率与TCC分期、分级无关,D3s1284、D17s379主要见于高分期、分级肿瘤。结论TCC组织标本和尿液标本抑癌基因微卫星位点LOH检测是一项新颖、高敏感的方法,D9s259、D9s270、D3s1038、D17s786可用于膀胱肿瘤的早期诊断,D3s1284、D17s379可作为膀胱肿瘤判断预后的指标。     

散发性结直肠癌患者18号染色体高频杂合缺失的研究

目的：探讨散发性结直肠癌患者18号染色体上抑癌基因相关的杂合缺失（LOH）情况，并探索新的抑癌基因位点。方法：对83例散发性结直肠癌患者基因组DNA用14个不同荧光标记的高度多态性微卫生引物，扩增相应的微卫星位点，平均距离为10厘摩（centi-morgan,cM）。用ABI PRISM377测序仪进行基因扫描，统计各位点杂合缺失率。结果：在12个获得有效数据的微卫星位点中，平均杂合缺失率为36．78％,18p中最高为D18S53（38．09％），18q中最高为D18S474（55．74％）。4位患者的18号染色体所有杂合位点都存在缺失，30位患者的杂合缺失位点不少于50％（平均6个／人）；缺失位点少于50％的有53人（平均1个／人）。结论：结直肠癌患者18号染色体存在高频的LOH，并以整体缺失为特点。存在高频LOH的区域定位有转化生长因子（TGF）信号传导相关基因、结直肠癌缺失基因（DCC）、Rb结合蛋白8(RbBP8），特别是TGF信号传导相关基因MADH2、4、转化生长因子－β1反应元件（TGF－β1）等的缺失可能对结直肠癌的发生有重要影响。18p也有存在未知抑癌基因的可能。     

Comprehensive loss of heterozygosity analysis and identification of a novel hotspot at 3p21 in salivary gland neoplasms.

OBJECTIVES: We sought to assess loss of heterozygosity (LOH) profiles of 3p, 6q, 8q, 10q, 12q, 13q, and 17p and to identify the tumor suppressor genes involved in salivary gland neoplasms. STUDY DESIGN: LOH analysis was performed using 26 microsatellite markers by polymerase chain reaction-polyacrylamide gel electrophoresis method in 20 benign and 6 malignant salivary gland tumors. RESULTS: Overall, LOH was detected in at least one informative locus in 18 of 20 (90%) of benign tumors and in all of 6 cases of malignant tumors. High LOH frequencies were revealed at the loci D3S1307 (22%, 3p26), D3S966 (41%, 3p21), D6S255 (27%, 6q25), D8S166 (25%, 8q12), D8S199 (21%, 8q24), and D10S1765 (28%, 10q23) in benign tumors, defining the hotspot regions for putative tumor suppressor genes. CONCLUSIONS AND SIGNIFICANCE: The hotspot regions defined by the present study suggest that new tumor suppressor genes related to the development of salivary gland tumors may reside at several chromosomal loci, including loci at 3p, 6q, 8q and 10q.     

Loss of heterozygosity analysis identifies genetic abnormalities in mycosis fungoides and specific loci associated with disease progression

Mycosis fungoides (MF) exhibits a variety of underlying molecular defects. Loss of heterozygosity (LOH) is a technique used to detect chromosomal imbalances in neoplastic disorders using archival tissue. We analyzed skin biopsies of MF in different stages for the presence of LOH at specific loci to evaluate underlying genetic aberrations involved in MF and its progression. Twenty-five skin biopsies (15 plaque stage and 10 tumor stage) from 19 patients were evaluated. LOH was examined at 1p22 (D1S2766), 9p21 [IFNA, p15 (D9S1748), p16 (D9S171)], 10q23 [PTEN (D10S185, D10S541, D10S2491)], and 17p13 [p53 (TP53)]. Abnormal lymphocytes were microdissected from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue sections. Sixteen of the 25 (64%) specimens evaluated had at least one abnormal LOH locus and LOH was identified in 7 of 15 (47%) plaque and in 9 of 10 (90%) tumor stage lesions, respectively. All 3 patients with sequential biopsies (plaque followed by tumor lesions) had additional LOH abnormalities in tumor specimens compared with plaque stage lesions. LOH most frequently involved chromosome 10, including 7 of 10 (70%) tumor stage lesions. Loss of multiple alleles was only identified in tumor stage cases, with 3 tumors undergoing allelic losses at 3 separate loci. Our results suggest that LOH studies are a robust method for evaluating genetic abnormalities in MF. Tumor stage lesions manifest increasing allelic losses compared with plaque stage. Further, in this series, several loci associated with the tumor suppressor gene PTEN on chromosome 10 appear to be associated with progression from plaque to tumor stage.     

散发性结直肠癌22q13区域杂合缺失的精细定位分析

目的在染色体高频杂合缺失区22q13精细定位，以筛查可能与结直肠癌相关的肿瘤抑制基因。方法荧光标记的微卫星引物与83例结直肠癌的肿瘤和正常组织进行PCR反应。产物在ABI Prism 377自动荧光测序仪进行电泳、扫描以及杂合缺失分析。其结果与临床病理因素进行相关性检验。结果8个位点平均杂合缺失率为35．6％。发现两个高频缺失区域：一个在D22S1171和D22S274之间，约2．7厘摩（cM）；另一个在D22S1160和D22S1149位点之间，约1．8cM。D22S1171位点与肿瘤发生部位显著相关（P=0．020）；D22S114位点与肝转移显著相关（P=0．008）；D22S1160位点与淋巴结转移显著相关（P=0．016）；其余位点与临床病理因素无显著相关性（P〉0．05）。筛选发现ARHGAP8基因和PPARA基因可能是肿瘤抑制基因。结论散发性结直肠癌22q13区域存在两个高频杂合缺失区，分别约2．7cM及1．8cM。ARHGAP8基因和PPARA基因可能是22q13区域与散发性结直肠癌相关的肿瘤抑制基因。     

膀胱移行细胞癌9q的杂合性丢失及抑癌基因位点的定位

目的研究膀胱移行细胞癌的９号染色体长臂（９ｑ）杂合性丢失并对抑癌基因位点进行定位。方法通过应用２５对高密度多态性微小卫星标记经ＰＣＲ扩增，６％变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，检测膀胱移行细胞癌的９ｑ杂合性丢失，寻找膀胱移行细胞癌相关抑癌基因的位点。结果２５例病人约有９２％的肿瘤至少有一个以上位点的杂合性丢失，最常见的丢失区域为９ｑ１２～９ｑ２１、９ｑ２２和９ｑ３４，最常见的丢失位点是ＤＢＨ４４．０％、Ｄ９Ｓ１５２２７％、Ｄ９Ｓ１８１５２２７％、Ｄ９Ｓ１７６１２．０％、Ｄ９Ｓ１８３１１６．０％。绘制出膀胱移行细胞癌９ｑ杂合性丢失的染色体图谱，９ｑ杂合性丢失与肿瘤的分级、分期无相关性。结论膀胱移行细胞癌９ｑ的杂合性丢失是肿瘤发生的早期事件之一，在９ｑ３４的ＤＢＨ位点及其附近可能有与膀胱肿瘤相关的抑癌基因存在，并与肿瘤的发生有关。     

散发性结肠直肠癌肿瘤分化及转移相关基因杂合缺失分析

目的：探讨散发性结肠直肠癌患者2号染色体上可能的肿瘤转移相关基因位点。方法：以2号染色体上30个不同荧光标记的高度多态性微卫星引物对83例散发性结肠直肠癌患者基因组DNA扩增相应的微卫星位点,用ABI PRISM 377测序仪进行基因扫描,检测各位点杂合缺失率,比较与肿瘤分期、分化的关系。结果：24个位点获得有效数据,平均遗传距离为11厘摩（cM),杂合缺失率平均为15．16％,较高的有2个们点：D2S206（2q33-37)的32．08％和D2S364（2q24.2)、31．03％,其余位点的杂合缺失率均小于20．00％;D2S142（2q24.1)、D2S126（2q35)、D2S2211（2q24.2)、D2S305（2q23.3)的杂合缺失率随着肿瘤恶性程度的增加而增高,后2个位点间的缺失有相关性。结论：已知几个错配修复基因位点附近的微卫星位点并无高频杂合缺失发生,D2S2305（2q23.3)到D2S2211（2q24.2)之间区域为整体性缺失,此区域和D2S142（2q24.1)、D2S126（2q35)2个位点与肿瘤的恶性程度相关,提示存在未知的肿瘤分化和转换相关基因的可能。