基于ITS2条形码序列的山豆根基原植物及其混伪品的DNA分子鉴定

山豆根是我国常用中药材,对山豆根基原植物及其易混伪品进行DNA分子鉴定研究具有重要意义。本文对5科9属38个物种84份山豆根基原植物及其混伪品样品的ITS2序列进行序列变异分析、K-2p遗传距离比较及NJ系统发育聚类树构建。结果表明所研究山豆根基原植物样品种内ITS2序列无变异,与其同属密切相关物种的ITS2序列变异位点为102个,平均K-2p遗传距离为0.072,与其他混伪品的ITS2序列变异位点为200个,平均K-2p遗传距离为0.594。山豆根基原植物在NJ系统发育聚类树上聚为一支,支持率为98。因此,ITS2作为DNA条形码序列能够有效的区分山豆根基原植物及其混伪品,为山豆根药材及其混伪品的鉴定提供基础。     

基于ITS2序列的市售木通药材及其混伪品的分子鉴定

目的 建立基于核糖体内部转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列的木通药材DNA条形码鉴定方法,对市售木通药材进行物种分析。方法 收集河北、安徽、贵州等地的样品总计45份,其中木通药材及其混伪品的原植物样品18份,市售木通药材样品27份。通过提取DNA、聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增、双向测序获得ITS2序列,基于邻接（neighbor joining,NJ）系统发育树和单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNP）位点进行物种鉴定分析。结果 基于木通药材及其混伪品原植物ITS2序列构建的NJ树分析结果表明,木通药材正品及其混伪品在NJ树上聚为独立的分支,木通药材正品及其混伪品在NJ树上可明确区分;基于NJ树对27份市售木通药材的物种分析表明,市售样品中仅有4份为正品木通,2份为小木通,21份为粗齿铁线莲,正品率为14.8%。结论 基于ITS2序列的DNA条形码技术可以准确区分中药材木通及其混伪品,市售木通药材物种较混乱。     

苍耳子药材及其混伪品ITS2 序列鉴定研究

目的：应用ITS2 序列快速并准确地鉴定中药材苍耳子,为其药材质量、用药安全提供保障。方法：提取苍耳子药材及其混伪品的基因组DNA、扩增ITS2 序列并测序,采用软件CodonCode Aligner V 4. 2 对测序峰图进行校对拼接,并对峰图进行质量控制。应用MEGA 5.0 软件计算种内种间Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,构建邻接（NJ）系统聚类树。结果：苍耳子药材基原物种种内K2P 遗传距离为0,药材基原物种与其他混伪品的K2P 遗传距离分布于0.009~0.542;NJ 树结果显示苍耳子药材与其混伪品均可明显区分。结论：ITS2 序列适用于中药材苍耳子及其混伪品鉴别,进一步验证了DNA 条形码技术鉴定中药材的有效性。     

应用DNA条形码ITS2序列对市售药材黄柏的鉴定研究

目的：应用DNA条形码ITS2序列鉴定市售黄柏药材及其混伪品,保障药材质量及用药安全。方法：对90份药材及其基原植物样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增ITS2序列并进行双向测序,运用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对拼接,去除低质量区和引物区,得到ITS2序列,运用MEGA 6.1对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果：90份实验样品均能提取到DNA,其DNA经PCR扩增、测序,序列拼接剪切后均能得到高质量ITS2序列。川黄柏和关黄柏基原物种黄皮树和黄檗的种内最大K2P遗传距离分别为0.018和0.004,均远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离（0.051和0.056）;NJ树结果显示川黄柏和关黄柏聚为一支,其混伪品各自聚为一支。结论：基于ITS2序列的DNA条形码技术可准确、有效地鉴定市售黄柏药材及其混伪品,为其市场监管及用药安全提供了一种高效的技术方法。     

中药材半夏及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

目的：采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为规范中药材半夏的市场流通,保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法：对半夏及其混伪品共59份样品,通过DNA提取及聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用邻接（NJ）法构建NJ系统聚类树。采用相似性搜索法、最小距离法、NJ 树法考察ITS2序列的鉴定能力。结果：半夏药材的ITS2序列长度为251 bp,应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定半夏药材及其混伪品;半夏种内最大K2P距离小于半夏与混伪品间的最小K2P距离;NJ树显示半夏药材可与其混伪品明显分开。结论：ITS2序列能准确、稳定鉴定中药材半夏药材及其混伪品。     

凉茶药材鸡蛋花及其混伪品的DNA条形码鉴定

该研究应用ITS2序列作为DNA条形码鉴定凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,共收集48份药材和基原植物样本,提取基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,经CodonCode Aligner拼接注释获得序列,然后应用MEGA5.0比对ITS2序列,计算种内和种间遗传距离,构建系统进化NJ树进行鉴定。结果表明,鸡蛋花ITS2序列长度为244 bp,种内遗传距离为0~0.016 6,远小于其与混伪物种间的遗传距离0.320 8~0.650 4,NJ树结果显示鸡蛋花与其混伪品均可准确区分。因此,应用ITS2条形码能够准确、有效地鉴别凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,为鸡蛋花药材的鉴定提供了一种新的分子手段,为其使用安全提供了有力保障。     

基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材基因识别

目的：应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法。方法：收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20条相关近缘混伪品序列,建立以上物种和混伪品的DNA条形码鉴定方法;将从市场上收集的11份禹州漏芦和20份漏芦药材的ITS2序列与以上序列进行比对分析和构建系统NJ树。结果：禹州漏芦两个基原物种的序列主导单倍型相同;禹州漏芦和漏芦药材基原物种最大K2P距离均小于其与混伪品的种间最小K2P距离;系统NJ树分析均能准确区分禹州漏芦和漏芦药材与各自混伪品。药材检测结果表明,11份禹州漏芦中10份为正品,1份为伪品;20份漏芦中2份为正品,18份为伪品。结论：本研究建立了基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材DNA 条形码鉴定方法,可用于快速鉴别禹州漏芦和漏芦药材真伪。     

基于ITS2 序列鉴定南北葶苈子药材及其混伪品

目的：利用ITS2 序列对多基原药材葶苈子及其混伪品进行分子鉴定,以保证药材质量及临床疗效。方法：提取46 份葶苈子药材及其混伪品的DNA,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2 序列并双向测序,应用CodonCode Aligner v 4.25 对测序峰图进行校对拼接,并去除低质量序列及引物区,得到ITS2 序列。用MEGA 6.0 软件计算物种种内和种间Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,分析变异位点并构建邻接（NJ）系统聚类树,综合应用相似性搜索法、最近距离法以及NJ 系统发育树等进行鉴定分析。结果：葶苈子的基原植物播娘蒿和独行菜的种内最大K2P 遗传距离分别为0.021 和0.010,均小于其与混伪品之间的种间最小K2P 遗传距离;NJ 树结果显示播娘蒿和独行菜各自聚为一支,表现出良好的单系性,均可与混伪品明显区分开。结论：以上几种鉴定方法分析结果表明,ITS2 序列能准确鉴别南北葶苈子药材与混伪品,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。     

基于ITS2序列鉴别中药材钩藤及其同属近缘混伪品

目的应用ITS2序列鉴定多基原药材钩藤及其同属近缘混伪品,确保临床用药准确、安全。方法收集钩藤药材基原物种实验材料16份,采用改良后的CTAB法提取总DNA,通过PCR扩增、测序、序列拼接和注释后获得各自的ITS2序列并进行相似性比对验证,结合NCBI下载的同属相关物种ITS2序列64条,基于MEGA 6.0进行序列分析,比较钩藤药材各基原物种的序列差异,计算种内及种间Kimura 2-Parameter(K2P)距离,以邻接(NJ)法构建系统发育树。综合应用相似性搜索法、最近距离法以及NJ树对钩藤药材及同属混伪品进行鉴定分析。结果钩藤药材各基原物种ITS2序列长度为220-221 bp,各基原物种种内最大K2P距离均小于与同属其他物种的种间最小K2P距离,系统NJ树不仅能准确将钩藤药材基原物种区分开,更能将该属在我国分布的绝大多数物种区分开。结论该研究建立了基于ITS2序列的多基原药材钩藤DNA条形码鉴定技术方法,能够成功用于钩藤药材真伪鉴定,为临床准确用药提供依据。     

基于ITS2条形码的两面针药材及其混伪品的鉴别

目的 利用ITS2条形码鉴别两面针药材及其混伪品,为两面针药材鉴定提供新方法.方法 采用PCR法扩增ITS2(转录第二间隔区)序列,双向测序后运用CodonCode Aligner、MEGA软件进行数据处理,构建系统聚类树(NJ树).结果 两面针药材及其混伪品基因组DNA降解明显,但不影响ITS2条形码的PCR扩增和测序,ITS2条形码序列分析表明种内与种间遗传距离具有较大差异,基于ITS2条形码构建NJ树可鉴别两面针药材及其混伪品.结论 ITS2条形码适用于两面针药材及其混伪品的鉴别,为两面针药材快速、准确鉴定提供新方法;为两面针基原研究提供重要的分子鉴定证据;同时为DNA条形码技术应用于其他根、茎类中药材的鉴定提供了示范作用.