2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流感病毒流行特征和进化分析

目的 了解2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流行性感冒(流感)流行分布及基因进化情况.方法 根据湖北省流感病原学监测数据,分析2017-2020年甲型H3N2亚型流感病毒流行分布情况,按年度分布和地域分布的原则选取2017-2020年各市级流感监测网络实验室送检的该亚型流感病毒共38株进行测序,获得病毒HA和N...     

2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型HA和NA基因的分子特征分析

目的探讨2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的分子特征,为甲型流感病毒H3N2亚型的防控提供科学依据。方法从全球共享禽流感数据库(GISAID)中获得我国2016~2017年分离的525株甲型流感病毒H3N2亚型病毒和13株H3N2亚型参考株的HA和NA基因序列。应用MEGA 6.0软件分析HA和NA的分子进化特征、氨基酸位点和耐药位点的变异情况。结果进化树分析显示13株参考株之间HA和NA氨基酸的同源性均为96.9%~99.1%。2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的病毒株HA和NA氨基酸序列之间同源性均为96.3%~100%,HA和NA的优势亚分支均为3C.2a.1,相当一部分毒株分型不够明确。HA氨基酸变异分析显示9株发生N121E突变,103株发生N121K的突变且主要来源于2017年的香港毒株;182株发生G/R142K突变;A/Hong_Kong/3079/2017-HA和A/Guangdong-Chengguan/1383/2017-HA均发生A128I突变;NA蛋白仅3株(A/Hunan-Suxian/1980/2016-NA、A/Hunan-Yuhua/11799/2016-NA和A/Ningxia-Yuanzhou/1657/2016-NA)发现H275Y耐药位点突变。结论 2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的HA和NA蛋白与参考株间存在一定的差异,优势亚型均为3C.2a.1;与病毒的毒力及药物相关的部分关键氨基酸位点发生变异。应密切关注H3N2病毒的分子特征,为其防控提供参考。     

新型甲型H7N9禽流感病毒HA与NA的进化分析

摘要：目的：研究2013年甲型H7N9流感病毒血凝素（HA）与神经氨酸酶（NA）的基因进化特征,探讨该病毒的遗传变异和分子特性。 方法：收集GenBank中已登录的禽流感病毒基因相关参考序列,利用生物信息学软件DNAMAN和MEGA 4.0对HA和NA基因序列进行进化分析,并利用Phymol 软件进行同源建模。 结果：2013年甲型H7N9流感病毒HA与NA的氨基酸序列与国际/国内参考毒株的同源性为95.7%~99.8%。同源建模发现该毒株HA的氨基酸序列发生了Q226L突变,NA上也发生了R294K和69 5N del氨基酸突变。 结论：新型甲型H7N9流感病毒的HA和NA基因序列与我国江浙地区和部分东亚国家的H7N9禽流感病毒参考株具有高度的同源性,该毒株HA与NA蛋白氨基酸序列发生的变异,可能是病毒致病性改变的原因之一。     

2009~2012年杭州地区甲型H1N1流感病毒HA与NA基因的进化分析

摘要：目的：研究杭州地区2009年至2012年甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）与神经氨酸酶（NA）的基因进化特征,分析该病毒的遗传变异和抗原的分子水平转变。 方法：用RT-PCR分别扩增甲型H1N1流感病毒HA基因和NA基因片段并进行测序,用DNAMAN和MEGA 4.0生物信息学软件对HA和NA基因序列进行进化分析。 结果：建立的RT-PCR可成功检测HA(C)、HA(D)和NA基因,遗传进化分析结果表明,杭州地区甲型H1N1流感病毒的HA与NA氨基酸序列的亲缘系数与WHO推荐的病毒株及国内代表株的同源性均为98.9%~100%;三维构象结果表明,HA编码的蛋白质有5个位点发生改变,而NA编码的蛋白质仅发生2个位点改变。 结论：2009年至2011年杭州地区甲型H1N1流感病毒HA和NA基因序列与世界范围内流行的病毒参考株具有高度同源性,但HA与NA蛋白质表位存在某些氨基酸位点的改变。     

2009年甲型H1N1流感的病原学及临床特征

2009年甲型H1N1流感暴发并在全世界范围内流行,相关问题也逐渐成为研究热点,据目前资料显示该病毒的HA基因衍生于1918年的流感病毒,而其他的基因片段包括了人、禽类及欧亚猪流感病毒.在临床表现上,甲型H1N1流感与季节性流感相似,目前,该病毒尚对NA抑制剂敏感.作为甲型H1N1流感的第一急救者,急诊医师应对该病的病原学、临床表现、流行病学、治疗及预防等各方面提高认知.     

2007—2017年中国甲型H3N2流感病毒HA基因特征分析

摘要：目的：回顾性分析2007—2017年我国人感染季节性甲型H3N2流感病毒血凝素（hemagglutinin, HA）的分子特征,为我国甲型H3N2流感病毒的防控和疫苗的研发提供科学依据。 方法：从全球共享禽流感数据库（the global initiative on sharing avian influenza data, GISAID）中下载中国2007—2017年人感染季节性甲型流感病毒H3N2亚型毒株HA基因序列,利用MEGA7.0生物学信息软件分析其HA的分子特征。 结果：2007—2017年,中国甲型流感病毒H3N2亚型共1 991例,总体上病毒株数呈逐渐递增趋势。HA序列分析表明,甲型H3N2流感病毒的亚型存在多样性且多种亚型共存,3C.2a.1系的病毒株自2010年起逐年增多,2016年起成为最主要的流行优势株。1系、2系、3A系、3B系、3C.1系、3C.2系、3C.2a系、3C.2a.1系、3C.3系、3C.3a系和3C.3b系的同源性分别为94.0%～100.0%、96.7%～100.0%、94.3%～100.0%、94.9%～100.0%、94.6%～100.0%、95.4%～100.0%、95.1%～100.0%、93.3%～100.0%、97.5%～100.0%、95.3%～100.0%和94.6%～100.0%。HA蛋白关键位点N121K、G/R142K出现变异,268株发生N121K突变且主要来源于2017年的毒株,358株发生G/R142K突变且主要来源于2016年和2017年的毒株。 结论：甲型H3N2流感病毒的亚型存在多样性,多种亚型共存且不同年份间的优势流行株存在差异,这些将有助于疫苗的研发和疾病的防控。     

分子技术在流感病毒诊断中的应用

流感病毒(influenza virus)属于正黏病毒科,根据病毒内部蛋白抗原性的不同分为甲(A)、乙(B)、丙(C)三型.根据病毒表面结构蛋白血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)抗原性的不同,又将A型流感分为不同的血清亚型,已发现有15种HA亚型(H1～H15)和9种NA亚型(N1～N9)     

科普知识

1 猪流感概述 猪流感病毒（swine influenza virus,SIV）是猪群中一种可引起地方性流行性感冒的正黏液病毒（orthomyxoviruses）。目前在实验室里所分离出来的病毒,多被辨识为C型流感病毒,或者是A型流感病毒的亚种之一。电子显微镜下的A型流感病毒猪流感有很多个不同的品种,有H1N1、H1N2、H3N1、H3N2和H2N3亚型的甲型流感病毒都能导致猪流感的感染。     

2010年广州市甲型H1N1流感病毒分离株NA基因变异分析

目的比较2010年从广州市分离到的甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因与2009年中国大陆甲型H1N1流感病毒NA基因的变异情况,为甲型H1N1流感的监测和防控提供参考资料。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状患者的咽拭子标本,用甲型H1N1流感病毒特异性引物进行聚合酶链反应(PCR)检测,扩增分离到的甲型H1N1流感病毒NA基因片段,测序后与2009年的H1N1毒株进行比对和进化分析,并用生物信息学方法对耐药位点和糖基化位点进行分析。结果共收集1 194份咽拭子标本,检测到甲型流感病毒阳性327份,其中H1N1流感病毒6株,与2009年分离的甲型H1N1流感病毒相比,有16个位点发生了有义突变,3个位点和NA活性相关,其中222位氨基酸的变异位于NA活性位点上。结论成功扩增了2010年广州市6株甲型H1N1流感病毒株NA基因并测序,未发现H275Y耐药位点的变异。3毒株在NA活性位点222位、228位和425位等氨基酸位点处发生了变异,需继续加强监测。     

儿童甲型H1N1流行性感冒四例的护理体会

甲型H1N1流行性感冒（简称流感）是一种传染性很强的呼吸系统疾病,在全球范围内广泛传播,世界各国都对其高度重视。人群对甲型H1N1流感病毒普遍易感,发病以青壮年居多,儿童是甲型H1N1流感病毒感染的高危人群之一。我院于2009年7月收住4例儿童甲型H1N1流感,经过精心治疗和护理,患儿均康复出院,现将护理体会介绍如下。     

双重荧光定量RT-PCR快速检测甲型和甲型H1N1流感病毒

目的建立双重荧光RT-PCR快速检测方法,用于甲型和甲型H1N1流感病毒的同时检测和鉴别诊断。方法针对甲型流感病毒M基因和甲型H1N1流感病毒NA基因的保守区序列分别设计特异性引物和Taqman探针,建立优化双重荧光RT-PCR反应体系,评价所建双重RT-PCR反应体系的特异性、敏感性和稳定性,并应用于疑似流感或甲型H1N1流感含漱液标本检测。结果该方法对甲型、甲型H1N1流感病毒检测具有高度特异性,检出限分别为0.01 TCID50和0.1 TCID50,具有较好的稳定性。可从疑似流感或甲型H1N1流感患者含漱液中直接检测到流感病毒核酸。结论本研究建立的双重荧光定量RT-PCR可以同时准确检测甲型和甲型H1N1流感病毒,灵敏度高,稳定性好,是一种快速检测流感病毒的新方法。     

中医药在甲型流感方面的研究应用进展

2009年3月，墨西哥和美国等地先后暴发人感染猪流感，至6月中旬中国内地报告确诊病例已经超过200例。此病毒为甲型流感病毒、H1N1、亚型猪流感病毒株。该毒株包含有猪流感、禽流感和人流感3种流感病毒的基因片段。该病毒通过空气、飞沫和体液接触传播，潜伏期一般1～7d左右，普遍易感，以青壮年为主。自2009年春季以来，甲型H1N1流感（以下简称“甲流”）在我国内地出现广泛传播，     

2013-2015年浙江地区新型甲型H1N1流行性感冒的流行病学和临床特征调查

摘要：目的：调查2013-2015年浙江地区哨点医院监测的新型甲型H1N1流行性感冒（简称流感）的临床特征及其流行病学特征。 方法：对2013-2015年浙江地区8家哨点医院纳入的符合急性呼吸道感染的患者进行流行病学和临床特征调查,采集研究对象呼吸道标本进行流感病毒检测,分析新型甲型H1N1流感病毒阳性组与阴性组的临床和流行病学特征。 结果：8家哨点医院共纳入7 602例急性呼吸道感染患者,其中,实验室确诊新型甲型H1N1流感779例（10.2%）,新型甲型H1N1流感患者中位年龄为51岁,115例（33.6%）患有至少1种慢性基础性疾病,新型甲型H1N1流感中哮喘比例（2.6%）高于流感病毒阴性患者（0.6%）,差异有统计学意义（χ²=12.706,P<0.01）。新型甲型H1N1流感中恶心、呕吐所占比例高于流感病毒阴性患者,排痰性咳嗽、腹泻所占比例低于流感病毒阴性患者。新型甲型H1N1流感患者的白细胞计数和中性粒细胞计数均低于流感病毒阴性组,差异均有统计学意义（P<0.05）。 结论：浙江地区人感染新型甲型H1N1流感的高发期为每年的冬春季节,其他时间呈散发。新型甲型H1N1流感的临床症状与非流感患者相比较无特异表现。     

杭州市2013~2014年流感暴发流行期甲型流感病毒H3N2亚型基因特性分析

目的分析杭州2013~2014年冬春季流感暴发期间流行的甲型流感病毒H3N2亚型的分子特性。方法选取H3N2阳性标本提取病毒RNA,PCR扩增全基因组并测序,构建血凝素(HA)及神经氨酸酶(NA)分子进化树,对H3N2亚型的病毒进化进行分析。结果 6个代表株中H3N2未发生片段间的重配。以WHO推荐流感疫苗株A/TEXAS/50/2012为参考,HA1蛋白主要抗原决定区发生N145S氨基酸替换,并有其他多个位点的突变。病毒基质蛋白(M2)的金刚烷胺耐药位点全为S31N,神经氨酸酶抑制剂耐药位点未发生突变。结论 H3N2亚型甲型流感病毒HA1蛋白的氨基酸变异与2013~2014年杭州地区暴发流行有关。另外,病毒已出现对金刚烷胺的耐药突变,而对神经氨酸酶未发生耐药突变。     

甲型H1N1流行性感冒28例流行病学和临床分析

目的：探讨甲型H1N1流行性感冒（流感）的流行病学、临床特征和防治方法。方法：对28例甲型H1N1流感确诊病例的临床资料进行分析。结果与结论：28例中,输入性病例15例,2代病例8例,3代病例4例,4代病例1例,以发热、咽痛、干咳为主要症状,以咽部充血和扁桃体肿大为主要体征,肺部体征不明显;咽拭子甲型H1N1流感病毒核酸检测均阳性。均收入隔离病房,予奥司他韦及对症支持治疗。28例的体温恢复正常时间为0～5（3）d,咽拭子甲型H1N1流感病毒核酸转阴时间2～9（4）d,住院时间4～12（6）d。甲型H1N1流感病毒具有较高的传染性,甲型H1N1流感病毒株毒力较弱,表现较温和,加强对确诊病例、密切接触者的隔离及易感人群的预防控制是防止疫情进一步扩散的关键。     

荧光定量PCR反应监测发热患者甲型H1N1流感病毒感染

目的通过荧光定量PCR反应监测发热患者甲型H1N1流感病毒感染情况,探讨该方法在流行性感冒检测诊断中的意义。方法采用WHO推荐的荧光定量PCR方法对3361例发热患者咽拭子标本进行病毒核酸检测,确定甲型H1N1流感感染患者。结果共检测有流感样症状患者2156例,甲型流感病毒核酸阳性1176例,阳性率35.0%,其中甲型H1N1流感病毒核酸阳性599例,阳性率17.8%。14岁以下儿童甲型H1N1流感病毒核酸阳性283例,占甲型H1N1流感病毒核酸阳性总数的47.2%。结论实时荧光定量PCR反应快速、准确,适用于H1N1流感病毒感染的早期诊断并可作为监测手段在临床广泛开展,为控制疫情的蔓延发挥了重要作用。     

2015-2019年湖北省甲型H1N1流感病毒流行和进化分析

目的了解2015 — 2019年湖北省甲型H1N1流感病毒流行和进化特征、抗原表位和耐药位点突变情况。方法在中国流感监测信息系统下载流感病毒核酸检测阳性率并划分流行高峰,选取2015 — 2019年湖北省39株经实时荧光PCR检测阳性后病毒分离培养的甲型H1N1流感病毒株并测序,另在全球流感共享数据库下载13株湖北省毒株序列,采用生物信息学软件分析其进化簇分布、抗原表位和耐药突变位点,通过三维建模,分析其突变位点结构。结果2015 — 2019年湖北省甲型H1N1流感病毒每年流行高峰持续长达11～14周,流行强度逐年增加,在血凝素（HA）、神经氨酸酶（NA）进化树6B簇内进化出6B.1A到6B.1A7等多个分支,发现12处HA抗原表位突变位点和2处NA基因耐药位点,其中毒力标签D222G和耐药位点I223V三维模拟结构差异明显。结论2015 — 2019年甲型H1N1流感病毒流行强度不断提高,进化出多个分支簇,零星检出毒力标签和耐药突变位点,该分析有助于提高湖北省流感病毒流行病学和基因进化监测水平。     

甲型H1N1流感的胸部影像学诊断

甲型H1N1流感病毒携有北美和欧亚猪流感、禽流感和人流感3种流感病毒的核糖核酸(RNA)基因片段,是一种新型的流感病毒,该病毒传染性极强[1]。自2009年4月起甲型H1N1流感在世界范围内流行,至今已波及100余个国家,截止2009年12月22日,我国内地31个省市自治区累计报告9万余例甲型H1N1流感确诊病例,已死亡326例[2]。     

2009年美国甲型流感（H1N1）单价疫苗最新情况

2009年9月15日,有4家流感疫苗制造商获得美国食品药品管理局批准,采用他们新制造的2009年甲型流感（H1N1）单价流感疫苗,预防2009年流行的甲型流感病毒（H1N1）大流行。现已经得到了减毒活的和灭活的2009年甲型流感（H1N1）两种单价疫苗,每种含甲型毒株A/加利福尼亚/7/2009年（H1N1）pdm。2009年甲型流感（H1N1）单价疫苗或季节性流感疫苗都不含辅药。美国疾病预防控制中心免疫实施顾问委员会已经对2009年甲型流感（H1N1）单价疫苗的免疫最初目标人群提出建议,并发布了对其他人群努力扩大接种的指导方针。2009年甲型流感（H1N1）单价疫苗对年龄6个月至9岁的儿童应接种2剂量,间隔4周,年龄≥10岁者应接种1剂量。     

甲型H1N1流感死亡病例三株病毒分离株血凝素基因测序分析

目的 对长沙市3株甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因的来源和变异情况进行研究.方法 对长沙市的3例甲型H1N1流感死亡病例的鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离,利用WHO推荐的测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对3株甲型H1N1流感死亡病例病毒株[A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1 N1),A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)]HA基因进行测序,测序方法为末端标记循环法(Dye Terminator Cycle sequencing),测序结果提交至GenBank,并用ClustalX和Mega4.1软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树.结果 A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1N1)和A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)3株病毒株HA基因序列分别与甲型H1 N1流感病毒A/NewYork/3502/2009(H1N1),A/Shanghai/71T/2009(H1N1)和A/Chita/01/2009(H1N1)分离株高度同源,同源性为99%,与国内甲型H1N1流感病毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)核苷酸同源性在99.5%以上;进化树分析显示包括3株病毒株在内的甲型H1N1流感病毒与A/Swine/Indiana/P12439/00亲缘关系近,但与人季节性A流感病毒(H1N1)、禽流感亲缘关系较远.与A/Swine/Indiana/P12439/00 HA基因比较发现:3株病毒株HA基因分别有28、30、27个氨基酸发生变异,但3株病毒株在21个重要抗原位点中只有一个R53K氨基酸替换;对全球364条甲型H1N1流感病毒HA基因序列进行多重比对发现有119个非保守氨基酸位点,其中5个位于重要抗原位点.结论 3株病毒株和其他甲型H1N1流感病毒HA基因可能由北美猪流感病毒变异而来;3株病毒株HA基因与国内外甲型H1N1流感病毒高度同源,同全球绝大多数甲型H1N1流感病毒一样处于稳定状态.