基于网络药理学分析镇肝平喘方治疗支气管哮喘的作用机制

目的 运用网络药理学方法分析镇肝平喘方治疗支气管哮喘的作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCMGeneDIT数据库及国家人口与健康科学数据共享平台,获取镇肝平喘方候选化合物及其对应靶点;通过OMIM、Drugbank、疗效药靶数据库(TTD)、全球批准药物(GAD)数据库、PharmGK...     

基于网络药理学探讨猫爪草异病同治的作用机制

目的 基于网络药理学探讨猫爪草对肿瘤和肺结核异病同治的作用机制.方法 运用中药系统药理学分析数据库(TCMSP)筛选猫爪草化合物,并结合Swiss target prediction数据库进行靶点预测,通过Uniprot数据库进行靶点名称校正,采用GeneCard数据库、DisGeNET数据库搜集肿瘤、肺结核相关疾病靶...     

基于网络药理学和分子对接对当归饮子治疗特应性皮炎的作用机制研究

目的:运用网络药理学方法筛选当归饮子的活性成分,预测其治疗特应性皮炎(AD)潜在的作用靶点及信号通路.方法:从中药系统药理分析平台(TCMSP)、化学专业数据库及文献资料中获取当归饮子的化学成分,运用TCMSP筛选有效成分及作用靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD数据库检索AD的相关靶点,借助Unip...     

桑寄生治疗骨性关节炎作用机制的网络药理学研究

目的:运用网络药理学相关理论知识探究桑寄生治疗骨性关节炎的作用机制.方法:通过中药成分数据库及疾病数据库对桑寄生治疗骨性关节炎、保护骨性关节炎患者关节软骨的靶点因子进行筛选,对筛选靶点进行基因本体论(GO)分析与京都基因和基因组数据库(KEGG)通路分析,从而获得对信号通路的预测分析.结果:桑寄生治疗骨性关节炎药物作用...     

基于咽肾相关理论探讨金银花治疗IgA肾病作用机制的网络药理学研究

目的 基于咽肾相关理论运用网络药理学研究探讨金银花治疗IgA肾病(IgAN)的关键靶点及作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出金银花的有效活性成分及潜在靶标,通过Genescard、OMIM数据库搜集IgA肾病的疾病靶标,并运用Uniprot数据库查询靶点蛋白相对应的基因名称.利用Cyt...     

基于网络药理学探究甘草查尔酮A抗鼻咽癌的潜在靶点和作用机制

目的:运用网络药理学的方法预测甘草查尔酮A(LCA)抗鼻咽癌的潜在作用靶点及作用机制.方法:通过PubChem平台获得LCA的3D结构,并用Swiss Target Prediction数据库筛选出LCA靶点以及Uniprot数据库进行靶点蛋白和基因信息校正,得到相应的基因名称数据库.通过人类基因组注释数据库(gene...     

基于网络药理学和分子对接探讨解毒通利方治疗肝纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方法探讨解毒通利方治疗肝纤维化(HF)的可能作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)获得解毒通利方所有有效活性成分,通过TCMSP数据库将这些有效活性成分进行成分靶点预测,并与GeneCards数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库中HF疾病基因相关靶点使用R语言软件取交集,从而获得解毒通利方治疗HF的靶点;通过STRING绘制交集靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白;利用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药—关键化合物—核心靶点”网络;运用R语言软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测核心靶点的作用机制。最后,应用分子对接技术,将关键有效活性成分和PPI中核心蛋白进行分子对接。结果 共筛选解毒通利方药物活性化合物172种,作用靶点4 068个,构建PPI网络,运用“CytoNCA”插件筛选出IL6、AKT1、STAT1、RELA、MYC、FOS、STAT3、MAPK1、CCND1等19个核心蛋白...     

别旁茶总苷抗溃疡性结肠炎的网络药理学与分子对接研究

目的 基于网络药理学与分子对接的方法探讨瑶药别旁茶总苷(BPC)治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制.方法 BPC来源于课题组前期研究,运用Pubchem数据库结合Swiss target prediction数据库预测BPC靶点,GeneCard、DisGeNET数据库搜集UC疾病相关靶点,VENNY 2.1取交集靶点...     

消炎膏外用干预血栓性浅静脉炎作用机制网络药理学研究

目的:利用网络药理学研究方法预测消炎膏外用干预血栓性浅静脉炎的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)挖掘消炎膏组成药物的入血成分及作用靶点,通过DisGeNET、基因卡片(GeneCards)、人类在线孟德尔遗传平台等数据库筛选出血栓性浅静脉炎的相关靶点.运用Cytoscape3.7.1软件构...     

百部治疗结核病的网络药理学分子机制研究

目的 基于网络药理学研究百部治疗结核病的药物成分,预测作用靶点,并探讨其潜在的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)收集百部的药物成分及相应作用靶点;运用STRING数据库与Cytoscape软件构建“药物成分-作用靶点”网络和作用靶点间的关系网络;通过ClueGO对靶点的基因本体(GO)及通路进行富集...     

网络药理学视角下泻心汤对胃溃疡的作用机制

目的：通过网络药理学方法，以“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络使泻心汤治疗胃溃疡的作用机制得以具体化、精准化、可视化展示，为进一步探讨泻心汤治疗胃溃疡作用机理奠定基础。方法：在TCMSP数据库中检索泻心汤的有效成分和作用靶点，在Uniprot数据库中检索药物靶点所对应的人类基因；在GeneCards数据库中检索胃溃疡的疾病靶点；使用韦恩图获取有效成分与疾病的共有靶点；在String数据库中进行蛋白相互作用（PPI）数据分析，在Cytoscape 3.7.1中进行PPI可视化分析；使用Metascape数据库实现GO功能、KEGG通路富集分析，使用在线网络作图工具绘制高级气泡图。在Cytoscape 3.7.1中制作“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络图。结果：泻心汤有63个有效成分、228个作用靶点，与胃溃疡有109个交集靶点，获得1 803个GO条目、176条KEGG富集通路。结论：泻心汤通过槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、芦荟大黄素等有效成分调控AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA等核心靶点，以及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等主要通路，发挥抗炎、抑酸、抗幽门螺杆菌、保护胃粘膜、防癌抑癌等作用，对胃溃疡起到治疗目的。     

基于网络药理学探讨补中益气汤治疗糖尿病胃轻瘫的作用机制

目的基于网络药理学方法探讨补中益气汤治疗糖尿病胃轻瘫(DGP)的作用机制。方法利用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库获取补中益气汤的活性成分和作用靶点。从GEO数据库、DisGeNET数据库、GenCLiP 3数据库、GeneCards数据库以及TTD数据库收集DGP相关基因。将补中益气汤作用靶点和DGP相关基因取交集,得到补中益气汤治疗DGP的潜在靶点。利用Cytoscape3.7.1软件构建中药活性成分-DGP靶点网络。运用STRING数据库分析交集基因所编码蛋白之间的相互作用,利用Cytoscape3.7.1软件对结果进行可视化。利用Cytoscape3.7.1软件中的ClueGO插件、CluePedia插件分别对交集靶点基因进行基因分类(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及可视化。结果筛选得到补中益气汤的185个活性成分,作用于130个DGP靶点基因,其中关键靶点10个,包括胰岛素(INS)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白介素-6(IL6)、内皮型一氧化氮合成酶(NOS3)和肾上腺素能受体(AR)等。GO和KEGG通路富集分析显示,补中益气汤可能通过抑制凋亡、自噬、氧化应激、炎症反应,调节胰岛素、血糖水平,改善胃肠道平滑肌细胞和Cajal间质细胞损伤,以影响DGP的发生发展。结论本研究初步揭示了补中益气汤可能通过多成分-多靶点-多通路治疗DGP的作用机制。     

壮肾固精方治疗IgA肾病的网络药理学机制

[目的]基于网络药理学预测壮肾固精方治疗IgA肾病的作用机制,为后续相关实验研究提供理论基础.[方法]通过TCMSP数据库和TCMID数据库获得壮肾固精方的有效化学成分和作用靶点,通过OMIM数据库、GeneCards数据库及PharmGkb数据库获得IgA肾病的相关基因,取交集后得到壮肾固精方和IgA肾病的核心基因....     

基于网络药理学探究黄芪-白术药对治疗骨质疏松性骨折的作用机制

目的:基于网络药理学探讨黄芪-白术药对治疗骨质疏松性骨折(osteoporotic fracture, OPF)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪、白术的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选OPF的作用靶点,进而筛选黄芪、白术与OPF的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:基于TCMSP数据库筛选黄芪-白术治疗OPF的活性成分19个和交集靶点115个;GO功能富集分析得到条目568个,其中生物过程条目433个、细胞组成条目43个、分子功能条目92个;KEGG通路富集分析得出条目111个,主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE、IL-17、TNF、前列腺癌、Toll样受体、HIF-1、NF-κB等信号通路。结论:黄芪-白术药对可能通过调控TNF、NF-κB、HIF-1等信号通路,发挥调控炎症反应以及破骨细胞和成骨细胞的内在平衡作用,从而对OPF产生治疗作用。     

基于网络药理学探讨沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制

目的 从药物、疾病、靶点角度研究沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制,为进一步实验验证提供理论基础.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中医药综合数据库(TCMID)收集沙参麦冬汤药物有效成分,导入PubChem数据库获取有效成分结构,将结构导入Swiss TargetPrediction数据库进行靶点预测...     

基于系统药理学探讨消癌解毒方防治结直肠腺瘤性息肉癌变机制

目的:探讨消癌解毒方防治结直肠腺瘤性息肉癌变的潜在机制.方法:运用中药系统药理学数据库收集消癌解毒方所含化合物对应的相关靶点;使用OMIM、TTD、PharmGkb、DiGSeE数据库,分别检索与肠腺瘤(Colorectal Adenoma)、肠癌(Colorectal cancer)相关的疾病靶点;使用Cytosca...     

基于网络药理学和生物信息学的长春新碱治疗乳腺癌分子机制研究

<正>乳腺癌是发生在乳腺腺上皮组织的恶性肿瘤。根据肿瘤的分期和患者身体状况,可采用手术、化疗、内分泌治疗、靶向治疗及中医药辅助治疗等多种手段,而化疗方案中常用药物有蒽环类、紫杉醇类以及长春新碱等。长春新碱(vincristine,VCR)治疗乳腺癌具有较好的临床疗效^[1-3]。本文基于网络药理学和生物信息学方法,通过相关数据库筛选VCR治疗乳腺癌的靶点,分析其生物学功能和作用信号通路,从而探讨VCR治疗乳腺癌的分子作用机制。     

基于网络药理学探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎作用机制

目的 运用网络药理学方法探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎的作用机制,使中药在防治类风湿关节炎中发挥更大的临床作用.方法 通过检索中药系统药理学数据库(TCMSP)获得独活寄生汤方药中各味药物的有效活性成分及相关靶点,类风湿关节炎的疾病数据通过OMIM和Genecards数据库获取,运用R×64 3.6.1软件绘制药物-疾...     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学的人参白虎汤治疗糖尿病药效机制研究

目的利用网络药理学的方法对人参白虎汤在治疗糖尿病的过程中药效机制进行研究。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中得到人参白虎汤中知母、甘草和人参的化学成分和药物靶点,在BATMAN-TCM中得到粳米的化学成分和药物靶点,在HTDocking中得到石膏的靶点;利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),人类基因数据库(GeneCards)筛选糖尿病的相关靶点;运用Cytoscape 3.7.1构建“化合物—靶点—基因”网络;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果构建出化合物靶点网络,蛋白质相互作用网络,对核心蛋白进行基因本体功能分析和通路分析。结论本实验利用网络药理学对人参白虎汤和其治疗的糖尿病进行了分析,探究其共性作用机制及高频共性靶点,高频共性基因,高频共性GO功能和高频共性KEGG通路等,为人参白虎汤用于糖尿病的治疗提供理论参考。