利用基因组数据对长爪沙鼠微卫星位点的筛选与优化

目的利用基因组数据筛选更多有效的长爪沙鼠微卫星位点用于近交系和封闭群遗传质量分析,丰富长爪沙鼠遗传数据。方法通过对长爪沙鼠全基因组测序结果分析,选出符合微卫星标准的重复序列357个,根据每个位点的侧翼序列设计并合成相应引物。提取长爪沙鼠基因组DNA进行PCR扩增,经引物序列和PCR条件优化以及凝胶电泳实验分析,对成功扩增的位点通过不同近交系和封闭群长爪沙鼠进行验证和优化,筛选出适于遗传质量分析的位点。结果在357个微卫星位点引物中,135个位点引物成功扩增PCR产物。分析结果显示,其中10个位点可以将长爪沙鼠脑缺血和糖尿病模型近交系区分开。在12只封闭群长爪沙鼠中,23个位点呈现出多态性。结论成功筛选出了135个长爪沙鼠微卫星位点,部分位点可用于近交系和封闭群长爪沙鼠遗传质量分析。     

大、小鼠微卫星引物对长爪沙鼠的扩增

目的从长爪沙鼠近缘物种的微卫星位点中筛选长爪沙鼠微卫星位点。方法选取了62个大、小鼠的微卫星位点对长爪沙鼠基因组DNA进行PCR扩增筛选。结果8个微卫星位点具有稳定扩增带，其中有6个位点杂合，4个位点具有多态性。结论大、小鼠微卫星位点部分与长爪沙鼠具有同源性，可以从大、小鼠的微卫星位点中筛选长爪沙鼠的微卫星位点。     

种间转移扩增法筛选长爪沙鼠微卫星位点

目的筛选长爪沙鼠新的微卫星位点,为长爪沙鼠遗传分析提供遗传标记物。方法从GenBank中随机选取小鼠微卫星位点引物536对,用这些引物对长爪沙鼠基因组DNA扩增,将阳性目的条带进行序列分析,找出符合微卫星序列特征的短串联重复序列。结果 536对小鼠微卫星引物在长爪沙鼠基因组中扩增出了313个阳性条带,经序列分析,确定130个长爪沙鼠微卫星位点;其中完美型位点占80.77%(105/130),不完美型位点占19.23%(25/130),与小鼠同源性为24.3%(130/536)。将筛选出的微卫星位点在GenBank中注册,注册号从GU562694到GU562823。结论小鼠和沙鼠的微卫星位点具有较高的同源性,用小鼠的微卫星位点引物直接扩增长爪沙鼠基因组DNA可有效地筛选出长爪沙鼠微卫星位点。     

微卫星DNA与生化标记分析对长爪沙鼠群体遗传分析的比较

目的比较生化标记和微卫星DNA标记方法对长爪沙鼠群体遗传分析的可靠性。方法应用27个生化位点和13个微卫星DNA位点,采用已建立的生化标记和微卫星DNA标记分析方法对国内2个长爪沙鼠群体进行遗传分析,计算并比较两种方法测得的各群体遗传参数。结果生化基因位点中有13个位点在整体中呈现遗传多态性,多态率为48.1%;微卫星位点中有11个位点在整体中表现出多态性,多态率均为84.6%。两种方法测得的平均有效等位基因数趋于一致,微卫星DNA的多态位点百分率和平均杂合度均明显高于生化标记方法。但生化标记和微卫星DNA检测对两个长爪沙鼠群体的遗传多样性差异反映一致,所反映的群体平衡状况也基本一致。结论生化标记分析和微卫星DNA方法均可较好地反映长爪沙鼠群体遗传结构。     

浙江省实验动物中心长爪沙鼠群体遗传状况分析

目的 探讨浙江实验动物中心长爪沙鼠群体的遗传状况。方法 应用生化基因位点遗传检测方法，测定初始和生物净化长爪沙鼠群体27个生化位点等位基因的分布。结果 2个长爪沙鼠群体均具有丰富的遗传多样性；生物净化群体与初始群体比较有17．86％的基因丢失率，但尚未出现明显的遗传分化现象（FST〈0．05）。结论 群体均偏离了哈迪-温伯格平衡（P〈0．05）。     

利用双重PCR.技术研究长爪沙鼠的微卫星结构

目的 为了建立快速检测长爪沙鼠群体遗传多样性的方法及获得Z:ZCLA长爪沙鼠封闭群现用微卫星位点的结构.方法 利用17个微卫星位点(9个来自长爪沙鼠,8个来自大小鼠)进行了PCR反应体系及反应条件的优化,组合了6组双重PCR及两个复合式点样,用上述8个组合对普通级z:ZCLA长爪沙鼠封闭群43、44、45三个世代核心群各.100只种鼠进行遗传检测.结果 三个世代的300只种鼠的检测结果表明,9个长爪沙鼠位点均为微卫星,其中7个位点为完全型的微卫星,1个为复合型,1个为不完全型,多态性主要表现在核心序列的重复;来自大小鼠的8个微卫星位点,有7个在z:ZCLA长爪沙鼠核心群中得到有效扩增,只有3个位点在三个世代中均有出现,对测序结果分析后发现,其核心序列均为小卫星.结论 来自长爪沙鼠的位点,无论结构还是遗传方式均符合微卫星遗传标记的特点,可用作检测长爪沙鼠的群体遗传多样性.     

ZCLA长爪沙鼠微卫星标记遗传多样性的初步观察

用长爪沙鼠9个微卫星DNA标记研究了Z：ZCLA长爪沙鼠的遗传多态性，结果表明，Z：ZCLA长爪沙鼠除在第1个位点上只有一个等位基因外，其它位点上均有2～4等位基因，平均等位基因数2．6。     

未净化Z:ZCLA长爪沙鼠封闭群繁育及遗传稳定性分析

目的 分析未净化Z:ZCLA长爪沙鼠封闭群繁育和生长指标,并利用直接测序法分析其遗传稳定性.方法 随机选择40对Z:ZCLA长爪沙鼠,记录其繁殖胎次、产子数等指标,分析其仔鼠的生长发育情况.遗传稳定性分析选择Z:ZCLA长爪沙鼠非同胞、非亲代个体33只,提取肝脏基因组DNA,PCR扩增D-Loop序列,产物纯化后双向测序,测序结果与Z:ZCLA长爪沙鼠标准序列比对.结果 Z:ZCLA长爪沙鼠每胎产仔7只,胎间隔多在20～60d间,雄性体重高于雌性.遗传稳定性分析检测发现33只Z:ZCLA长爪沙鼠序列与标准序列完全一致.结论 Z:ZCLA长爪沙鼠群体内未发现遗传多态性,说明该群体具有较好的遗传稳定性.     

ZCLA长爪沙鼠微卫星标记遗传多样性的初步观察

用长爪沙鼠9个微卫星DNA标记研究了Z：ZCLA长爪沙鼠的遗传多态性，结果表明，Z：ZCLA长爪沙鼠除在第1个位点上只有一个等位基因外，其它位点上均有24等位基因，平均等位基因数2．6。     

野生与人工驯养长爪沙鼠群体遗传结构比较分析

目的探索野生与人工驯养的长爪沙鼠群体遗传状况。方法采用12个微卫星引物,对银川与呼和浩特地区捕获的野生长爪沙鼠群体和首都医科大学人工驯养20余年的长爪沙鼠群体的遗传结构进行比较分析。结果12个微卫星位点中有等位基因29个,3个群体的平均等位基因数分别为2.4167、2.2500、2.2500,平均有效等位基因数分别为1.7505、1.7195、1.6968;有11个微卫星位点呈现多态,多态位点百分率分别为91.67%、83.33%、83.33%,香隆指数分别为0.6239、0.5962、0.5591;平均观测杂合度分别为0.5231、0.5051、0.4825,平均期望杂合度分别为0.4008、0.3882、0.3655;银川和首医群体之间的遗传距离最大,为0.1033;呼和浩特和首医群体之间的距离最小,为0.0592。结论3个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态,3个群体之间及与总体之间的遗传结构差异无显著性（P〉0.05）。     

党参微卫星引物筛选及群体遗传多样性研究

目的 利用筛选的党参多态性微卫星引物进行党参群体遗传多样性研究。方法 利用磁珠富集法分离党参核基因组微卫星引物,并选取党参4个野生居群48个样品进行遗传多样性分析。结果 筛选出了10个能成功扩增党参样品的微卫星引物;这些引物扩增产物的等位基因数目为5～14个,观察杂合度范围为0.446～0.833,期望杂合度范围为0.697～0.895;使用4个党参近缘物种（轮叶党参、球花党参、鸡蛋参和长叶党参）进行引物通用性检测,发现有5对引物（Cpi01、Cpi04、Cpi06、Cpi07和Cpi08）能同时在4个物种中成功扩增。结论 筛选出的多态性微卫星引物能用于党参的遗传多样性和群体遗传结构研究,同时也能够用于党参属其他近缘物种的群体遗传学研究。     

中华鳖两个地理种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对中华鳖2个不同地理种群(淮河群体、台湾群体)的群体遗传多样性进行分析研究.从32个ISSR引物中筛选出8个引物对2个中华鳖群体37个个体进行扩增,获得77个重复性好且谱带清晰的扩增位点,其中多态性位点47个,多态位点百分率为61.04％;2个群体的多态位点比例分别为59.57％和51.06％.Nei基因多样性分别为0.165 7和0.1524,Shannon信息指数分别为0.2164和0.1977.淮河群体的遗传多样性略高于台湾群体,群体间遗传距离为0.083 7.UPGMA聚类分析显示37个个体聚成两个类群.分析结果表明2个中华鳖群体的遗传多样性相对贫乏,2个养殖群体经过较多世代的人工选育与繁殖可能形成了趋于稳定的独立遗传结构.     

用DNA指纹技术分析Z:ZCLA长爪沙鼠的遗传质量

目的探讨清洁级Z：ZCLA长爪沙鼠遗传组成和遗传质量。方法用重组33．6小卫星探针对清洁级Z：ZCLA长爪沙鼠核心群的20个个体进行Southern blotting检测。结果在7～15kb的分子范围内，该品系所有个体产生5～6务分子杂交条带；其中在8～9kb位置上，某些个体的分子标记呈多态性变化，其余位置的标记无多态性，经统计，该品系核心群的个体间相似系数约为0．95。结论该群体的多态性不够高，可能与因群体样本含量较小有关。     

酢浆草遗传多样性的ISSR分析

目的 探讨酢浆草种质资源遗传多样性,为酢浆草遗传差异的评定及优良种质资源的筛选提供分子水平的参考依据.方法 采用简单序列重复区间(ISSR)分子标记技术对酢浆草18个居群36个样本及红花酢浆草2个居群4个样本进行遗传多样性分析.结果 从59条ISSR引物中筛选出10条引物用于PCR扩增,共扩增出89条DNA条带,其中多态性条带78条,占87.64%,平均每个引物扩增条带的数目为8.9条.利用POPGENE1.32和NTSYS-pc软件分析得出40个样本的平均有效等位基因数为1.3888,平均Nei''s基因多样性指数为0.3493,平均Shannon信息指数为0.2252;UPGMA聚类结果,在遗传相似性系数0.6558处把供试的40个样本分为4大类.结论 本研究选用的酢浆草样本遗传多样性比较丰富,酢浆草与红花酢浆草的ISSR遗传多样性差异较明显.     

黄芩群体不同形态变异类型遗传多样性的AFLP分析

目的研究黄芩群体形态变异类型的遗传多样性。方法采用扩增片段长度多态性(AFLP)技术,对人工栽培群体的8个形态变异类型黄芩进行多态性分析。结果通过筛选得到9对AFLP引物组合,共扩增出2 834个DNA条带,多态性条带为1332个,多态性位点平均为47.8%。聚类分析结果表明,8个形态变异类型黄芩划分为4类。其中,绿茎、小叶、少分枝和紫色花类型与普通类型各自聚为一类,绿茎、大叶、少分枝和淡紫色花类型与紫红茎、大叶、少分枝和紫色花类型聚为一类,绿茎、小叶、多分枝和淡紫色花类型,绿茎、大叶、多分枝和紫色花类型,绿茎、小叶、多分枝和淡紫色花类型与紫红茎、小叶、多分枝和紫色花类型聚为一类。结论人工栽培群体黄芩形态变异类型间存在较高多态性,遗传多样性较丰富。     

长爪沙鼠生化基因位点检测方法的建立

为建立长爪沙鼠生化基因位点检测方法，应用蛋白质及同功酶醋酸纤膜电泳法，对长爪沙鼠的生化基因位点进行了筛选，并摸索了长爪沙鼠同工酶和蛋白质的电泳条件。结果共筛选出适合长爪沙鼠常规遗传检测的生化基因位点28个，确定了适当的电泳时间、电压和靶器官。该方法可为长爪沙鼠的遗传质量分析提供有效手段。     

新疆药用桑树9个栽培群体的RAPD分析

目的 从DNA分子水平上分析新疆药用桑树资源9个栽培群体的遗传关系。方法 从100个随机引物中筛选出10个引物，用这10个引物做RAPD扩增，应用NTSYS软件对扩增结果进行聚类分析。结果 共扩增出108个位点。其中多态性位点91个，多态比例为84．26％，各群体间存在较明显的遗传分化。另外，获得药桑的8个特异位点。结论 RAPD分析结果与新疆药用桑树资源植物的遗传关系的传统划分是基本一致的。     

长爪沙鼠载脂蛋白E4外显子的克隆初报

目的克隆并获得长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因E4外显子的序列。方法根据Genbank中的相关序列,用自行设计的引物,通过常规的RT-PCR方法,从长爪沙鼠肝脏中克隆及测序得到所需要的基因序列。结果长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因E4外显子长约987bp,经比较发现最终测序的结果与大小鼠ApoE基因的同源性达到了73％-74％,与人ApoE基因的同源性达到了62％,与猪、牛ApoE基因的同源性达到了60％以上,与非人灵长类ApoE基因的同源性达到了57％,用DNAstar进行编码氨基酸预测,基因共编码263个氨基酸,已向genbank提交,登录号码EU780067。结论利用基因进化的保守性通过PCR方法可以得到长爪沙鼠载脂蛋白E4基因的序列,本实验为筛选长爪沙鼠高脂血症模型的遗传多样性标记,为培育长爪沙鼠的血脂代谢新品系打下基础。     

长爪沙鼠载脂蛋白E4外显子的克隆初报

目的 克隆并获得长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因E4外显子的序列.方法 根据Genbank中的相关序列,用自行设计的引物,通过常规的RT-PCR方法,从长爪沙鼠肝脏中克隆及测序得到所需要的基因序列.结果 长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因E4外显子长约987 bp,经比较发现最终测序的结果与大小鼠ApoE基因的同源性达到了73%～74%,与人ApoE基因的同源性达到了62%,与猪、牛ApoE基因的同源性达到了60%以上,与非人灵长类ApoE基因的同源性达到了57%,用DNAstar进行编码氨基酸预测,基因共编码263个氨基酸,已向genbank提交,登录号码EU780067.结论 利用基因进化的保守性通过PCR方法可以得到长爪沙鼠载脂蛋白E4基因的序列,本实验为筛选长爪沙鼠高脂血症模型的遗传多样性标记,为培育长爪沙鼠的血脂代谢新品系打下基础.     

长爪沙鼠与实验大小鼠RAPD图谱比较研究

目的比较长爪沙鼠与实验大、小鼠的RAPD图谱，为实验室日常鉴别动物品种品系提供一种分子生物学方法。方法提取基因组DNA（封闭群沙鼠、近交系小鼠BALB／c和C57BL／6、封闭群小鼠KM、近交系大鼠F344和BN以及封闭群大鼠SD），用6条随机引物对其进行PCR扩增。结果在6条随机引物中，p1、p2、p3、p4和p6这5条引物扩增的条带差异较为明显，表现为不同的RAPD图谱。结论RAPD方法可用于鉴定长爪沙鼠与实验大小鼠的差异。