基于网络药理学解析青蒿素治疗结直肠癌的分子机制

目的 基于网络药理学解析青蒿素治疗结直肠癌的分子机制。方法 通过TCMSP、OMIM等数据库对青蒿素的作用靶点及结直肠癌的疾病靶点进行检索筛选,将药物成分靶点与疾病靶点取交集,采用STRING数据库、Cytoscape3.8.2软件及相关插件构建蛋白相互作用网络图,利用DAVID对核心靶点进行GO富集分析、KEGG通路富集分析。采用AutoDock Vina进行分子对接。结果 共筛选获得青蒿素活性成分22个,作用靶点499个,将药物成分靶点与青蒿素疾病靶点取交集共获得靶点12个,构建PPI网络,经拓扑及聚类分析后获得TP53、EGFR、CCND1、CDKN2A、AKT1和RB1等关键靶点。GO分析显示,青蒿素对结直肠癌的作用机制涉及从RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、蛋白质磷酸化、对雌激素的反应等过程。KEGG通路富集为Pathways in cancer通路等;分子对接结果显示,关键靶点TP53与活性成分青蒿素结合能为-4.0Kcal/mol;免疫浸润结果显示TP53表达与CD8⁺T Cell呈正相关。结论 青蒿素治疗结直肠癌具有多靶点、多通路的特点,可能通过关键靶点T...     

基于网络药理学和分子对接探讨西黄丸治疗结直肠癌作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接技术探讨西黄丸治疗结直肠癌的分子机制作用.方法 分别应用系统药理学数据库与分析平台计算系统TCMSP、Stitch数据库、Batman-TCM数据库、Tcmid数据库、Bindingdb数据库、Omim数据库、David数据库、GEO数据库等,分别进行结直肠癌疾病靶点预测及西黄丸药物靶点预...     

紫花牡荆素抗肿瘤作用机制的研究进展

多甲氧基黄酮类化合物紫花牡荆素是中国传统中草药蔓荆子的主要活性成分之一,具有抗炎、抗肿瘤等功效。本文归纳总结紫花牡荆素抗肿瘤作用机制的研究进展,以期为紫花牡荆素抗肿瘤的进一步开发利用提供一定参考。     

基于网络药理学及分子对接探讨华蟾素注射液治疗结直肠癌的分子机制

目的:基于网络药理学的方法研究华蟾素注射液治疗结直肠癌的分子机制,并采用分子对接实验进行验证。方法:通过Pubmed,Embase和CNKI数据库筛选华蟾素注射液成分,通过Swiss Target Prediction和STITCH数据库筛选成分靶点;通过TCGA数据库数据,运用R软件进行结直肠癌差异表达基因分析;华蟾素注射液靶基因与结直肠癌差异表达基因取交集后进行GO、KEGG、PPI分析,并运用Cytoscape 3.6软件筛选Hub基因; Auto Dock Vina用于分子对接验证。结果:共获得华蟾素注射液23个成分,共筛选413个靶基因;通过生物信息学方法获得TCGA结直肠癌数据差异表达基因5 672个;取交集后共获得75个基因。KEGG通路主要富集在“癌性通路”等; Hub基因包括SRC、STAT3、SIRT1、PTGS2、CDK4、PTK2、ITGB1、CDK2、ITGB2和PTGER4。分子对接实验证实所有Hub基因均与成分存在较低的分子对接能。结论:基于网络药理学和分子对接实验初步证明华蟾素注射液通过多靶点、多途径、多通路在结直肠癌的治疗中发挥重要作用,为临床中华蟾素...     

基于网络药理学与分子对接的丹皮酚治疗结直肠癌的分子机制研究

目的 基于网络药理学与分子对接探讨丹皮酚治疗结直肠癌的靶点与作用机制。方法 通过PubChem、SwissTargetPrediction和TargetNet数据库检索丹皮酚的药物靶点,使用Genecards、OMIM和TTD数据库检索结直肠癌的疾病靶点,通过Venny在线工具获得交集靶点。利用Metascape数据库完成交集靶点的基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组数据库（KEGG）信号通路富集分析。交集靶点经STRING数据库与Cytoscape软件分析其相互作用关系并筛选枢纽节点。采用LeDock与CB-Dock2软件完成丹皮酚与枢纽节点的分子对接,以筛选丹皮酚的核心药物靶点。结果 经筛选得到21个药物靶点。富集分析结果显示,丹皮酚发挥作用的分子机制涉及癌症通路、Ras信号和Rap1信号等通路,而其涉及的生物过程包括细胞对缺氧的反应以及调控激酶活性等。蛋白质-蛋白质相互作用分析发现9个靶点为蛋白质相互作用的枢纽。分子对接结果显示,丹皮酚和枢纽节点中的SRC、EP300、MMP9具有最高亲和力,提示SRC、EP300以及MMP9可能是丹皮酚治疗结直肠癌的核心靶点。结论 丹...     

基于网络药理学解析百里醌治疗炎性肠病相关结直肠癌的分子机制

目的 探讨百里醌治疗炎性肠病相关结直肠癌可能的分子机制.方法 运用PharmMapper、SwissTar-getPrediction、STITCH、GEO、TTD、OMIM、GeneCards数据库预测百里醌靶向治疗炎性肠病相关结直肠癌的共同靶点.采用STRING和Cytoscape软件构建PPI网络图,用DAVID...     

基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点,利用药物靶标数据库、OMIM^?、GeneCards^?数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用靶点与结直肠癌的相关靶点取交集,获得共同靶点。将有效活性成分和共同靶点导入Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络。针对共同靶点,使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Metascape线上软件进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选出9个地榆有效活性成分,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。获得地榆有效活性成分的作用靶点154个和结直肠癌相关靶点1 908个,取交集后获得共同靶点94个。PPI网络显示,地榆治疗结直肠癌的关键作用靶点包括肿瘤蛋白p53、苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、Caspase-3、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。GO功能富集分析结果显示,地榆...     

紫花牡荆素体内抗炎作用的研究

目的:探讨中药蔓荆子中主要成分紫花牡荆素的抗炎作用。方法:通过急性抗炎模型——二甲苯致小鼠耳廓肿胀实验、鸡蛋清致大鼠足跖肿胀实验以及腹腔注射0.7%醋酸致小鼠腹腔毛细血管通透性增高的实验,观察紫花牡荆素的抗炎作用。结果:紫花牡荆素对二甲苯所致小鼠耳廊肿胀、鸡蛋清所致大鼠足肿胀以及醋酸所致小鼠毛细血管通透性增加均有明显的抑制作用。结论:紫花牡荆素具有明显的体内抗炎作用,为蔓荆子抗炎作用的有效成分。     

基于网络药理学及分子对接探讨痛泻要方治疗结直肠癌的作用机制

目的:预测痛泻要方治疗结直肠癌(colorectal cancer,CRC)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选痛泻要方的活性化合物和靶点,MalaCards数据库以Colorectal cancer为关键词检索提取CRC作用靶点,二者经映射去重后合并交集靶点.在DAVID 6.8数据库中对交集靶点进行GO功...     

基于网络药理学的乌梅抗结直肠癌机制研究

目的:基于网络药理学方法分析乌梅治疗结直肠癌的关键靶点以及作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选乌梅的有效成分、潜在靶点,运用GeneCards、DisGeNET数据库搜集结直肠癌的疾病靶点,借助Cytoscape3.7.2软件构建"药物成分-靶点"网络,使用STRING数据库绘制PPI网络,利用DAVID数据库对关...     

紫花牡荆素诱导肝癌Hep G2细胞分化

目的:研究紫花牡荆素诱导人肝癌Hep G2细胞分化作用.方法:体外培养人肝癌Hep G2细胞,采用瑞氏-姬姆萨染色显微镜下测量细胞核质比,放射免疫法检测细胞上清液甲胎蛋白(AFP)水平,酶促反应试剂盒检测细胞碱性磷酸酶(ALP)和γ-谷胺酰转肽酶(γ-GT)的活性;Diamond stone分光光度法测定细胞酪氨酸α-...     

基于黄芩汤治疗结直肠癌作用机制的网络药理学和分子对接分析

目的：通过网络药理学和分子对接技术分析黄芩汤治疗结直肠癌（CRC）的潜在作用靶点,阐明其相关分子机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）构建黄芩汤活性成分和作用靶点数据集,通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传（OMIM）、药物遗传学和药物基因组学知识库（PharmGKB）等数据库构建CRC疾病相关靶点数据集。利用R软件、Cytoscape软件和STRING数据库构建药物-疾病靶点交集、黄芩汤中药复方调控网络和蛋白-蛋白互作（PPI）网络。利用R软件和Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用AutoDock和PyMol软件进行分子对接验证,评估配受体结合情况。结果：筛选黄芩汤有效活性成分136个,黄芩汤治疗CRC的潜在靶点242个,核心靶点18个,基于信号通路分析获得CRC密切相关核心关键靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、原癌基因FOS、肿瘤蛋白P53 (TP53)和原癌基因MYC。GO功能富集分析,主要参与多种细胞应激反应的生物过程。KE...     

紫花牡荆素诱导人宫颈癌HeLa细胞凋亡

目的:观察紫花牡荆素(Casticin,CAS)诱导人宫颈癌HeLa细胞凋亡作用。方法:体外培养HeLa细胞。ELISA法测定细胞培养液组蛋白/DNA碎片。碘化丙啶(PI)染色流式细胞术(FCM)分析Sub-G1细胞百分率。ELISA法检测细胞Caspase-3活性。结果:CAS以浓度依赖方式增加HeLa细胞组蛋白/DNA碎片的渗漏(P<0.05),同时显著升高HeLa细胞Sub-G1百分率(P<0.05)。CAS以Caspase依赖方式激活HeLa细胞Caspase-3(P<0.05)。结论:CAS能有效诱导HeLa细胞凋亡。     

基于网络药理学探讨“防风-白术”抗结直肠癌作用机制

目的基于网络药理学方法探讨“防风-白术”两药配伍治疗结直肠癌的潜在靶点及作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(CMSP)数据库检索“防风-白术”的主要活性成分、作用靶点;借助GeneCards及在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库获得结直肠癌相关标靶点;运用Venny2.1.0绘制出防风-白术与结直肠癌的基因交集,并将交集基因导入STRING在线网站构建PPI网络;利用cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点(基因)网络;运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果最终得到35个有效成分-疾病交集靶点;主要信号通路有靶点基因富集的蛋白功能主要包括诱导细胞凋亡、抑制细胞增殖、调节免疫等;     

紫花牡荆素诱导人肝癌HepG2细胞凋亡的研究

目的 研究紫花牡荆素(Casticin)对肝癌HepG2细胞增殖抑制和凋亡诱导的作用,并探讨其作用机制.方法 用终浓度为0、0.5、1.0及2.0 μmol/L的Casticin作用于HepG2细胞,于12、24及48 h后采用MTT法检测细胞增殖抑制率;Hoechst33342核染色,观察细胞形态学变化;24 h后收集各组肝癌HepG2细胞,流式细胞术检测细胞周期及凋亡率;RT-PCR检测survivin mRNA表达.结果 MTT法检测显示,Casticin对肝癌HepG2细胞有增殖抑制作用,并存在浓度和时间依赖关系;Hoechst33342染色后,可见核染色质凝集,凋亡细胞呈致密浓染.与对照组相比,Casticin处理后凋亡细胞比例增加.Casticin作用24h后,细胞被阻滞于G2/M期,随药物质量浓度的增加,细胞凋亡率逐渐增加.RT-pCR结果 显示,Casticin下调肝癌HepG2细胞survivin mRNA表达.结论 Casticin在体外对肝癌HepG2细胞有明显的增殖抑制和凋亡诱导作用,初步推断Casticin诱发肝癌细胞凋亡的作用与其对survivin基因表达的抑制有关.     

基于网络药理学和生物信息分析研究土茯苓抑制结直肠癌的作用机制及实验验证

目的 通过网络药理学和生物信息分析土茯苓治疗结直肠癌的作用机制,并检测土茯苓核心成分豆甾醇对结直肠癌细胞增殖的影响。方法 在中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索土茯苓的活性化合物和作用靶点,在数据库Gene cards、OMIM查找结直肠癌的相关靶点,构建“药物-共同靶点-疾病”网络图。对于核心组分与结直肠癌的共同靶点,构建蛋白之间互作网络(PPI),完成GO、KEGG的富集分析。利用GEPIA和TIMER数据库分析潜在靶点在泛癌和正常组织中的差异性表达以及与免疫细胞浸润表达水平的相关性。针对主要化合物和核心靶点,利用Autodock软件进行分子对接,计算其结合能。使用MTT实验检测土茯苓核心成分豆甾醇对结直肠癌细胞增殖的影响。结果 将生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18作为筛选标准,最后筛选出土茯苓的活性化合物共有15种,作用靶点有369个;将高相关性作为标准,筛选出与结直肠癌高度关联的靶点一共有10 418个,药物与疾病之间的共同靶点一共有264个。GO富集分析包含1004条,KEGG富集分析包含142条。发现CASP3在结直肠癌和泛癌中皆为高表达,可作为预测结...     

基于网络药理学及实验研究探讨臭椿皮散治疗结直肠癌的潜在机制

目的：基于网络药理学和细胞实验探讨中药复方臭椿皮散（Chouchunpi San,CCPS）治疗结直肠癌的潜在机制。方法：通过网络药理学筛选臭椿皮散作用靶点和结直肠癌靶点,构建蛋白质互作（protein-protein interaction networks,PPI）网络,预测臭椿皮散可能的作用靶点,通过富集分析预测臭椿皮散抗结直肠癌的作用途径;CCK-8法检测臭椿皮散对结直肠癌细胞活性的影响;使用不同浓度臭椿皮散处理结直肠癌细胞,流式实验检测细胞凋亡情况;划痕实验检测结直肠癌细胞迁移能力; Western blot检测STAT3蛋白的表达。结果：通过多个数据库检索到臭椿皮散的117个活性成分,920个潜在靶点,787个药物与疾病交集靶点。PPI网络分析得到STAT3、MAPK1、AKT1、MYC等核心靶点,GO功能富集和KEGG通路分析结果显示臭椿皮散主要参与对细胞凋亡、氧化应激反应等生物学过程,参与的通路涉及癌症通路,如AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示STAT3与其对应的化合物licochalcone A有较好的结合能力。细胞实验显示臭椿皮散抑制结直肠癌细胞活性,降低细胞迁移能力,促进结直肠癌细胞凋亡。Western blot结果显示,经不同浓度臭椿皮散处理后,细胞中STAT3蛋白表达显著下降,且呈浓度依赖性。结论：臭椿皮散治疗结直肠癌具有多成分、多靶点、多通路的作用机制,臭椿皮散明显抑制结直肠癌细胞的活性及迁移能力,其作用机制可能与靶向降低STAT3蛋白水平有关。     

基于网络药理学与分子对接的欧前胡素治疗宫颈癌的作用机制

目的 探讨欧前胡素治疗宫颈癌的活性成分和作用机制。方法 通过使用网络药理学筛选欧前胡素药用成分和疾病宫颈癌靶点并进行相关的分子对接技术验证。中草药系统药理平台查找欧前胡素的有效成分和作用靶点,采用OMIM和GeneCards数据库,对宫颈癌相关的目标基因进行交叉筛选,Cytoscape软件分析宫颈癌和欧前胡素的共同靶点,String数据库分析并建构PPI网络分析,Rstudo 4.0软件分析并绘图,DAVID生物信息数据库统计,GO富集、KEGG富集分析。分子对接使用AutoDock分析。结果 PPI网络结果显示TERT、ESR1、PTGS2、PGR、PPARG、CA9、ESR2、AR、CASP9、ALPL、CLK1可能为欧前胡素和宫颈癌的核心靶点。GO富集得到26个生物过程,KEGG富集得到6条主要通路,包括Chemical cancer receptor activation、Estrogen、Breast cancer、VEGF、Prolactin等信号通路。分子对接结果显示LYS-243、ARG-240和GLU-272等化合物能与宫颈癌的核心靶点有良好的结合力。结论 欧前胡素可...     

基于网络药理学与分子对接探讨紫草素治疗乙型病毒性肝炎的作用机制*

目的: 通过网络药理学方法系统化探究紫草素治疗乙型病毒性肝炎的功效网络,并用分子对接技术进行验证。方法: 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶标分析网站(Pharm Mapper)获取紫草素的有效化合物及作用靶点,利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)、基因疾病关联数据库(DisGeNET)、毒性与基因比较数据库(CTD)获取乙型病毒性肝炎的疾病靶点,经靶点映射获取紫草素与乙肝的共同作用靶点,通过STRING数据库获取靶点之间的关系信息,应用Cytoscape 3.8.2做可视化处理,并通过R语言进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用AutoDockTools完成分子对接。结果: 共获得AKT丝氨酸/苏氨酸激酶 1 (AKT1)、血清白蛋白(ALB)以及非受体酪氨酸激酶(原癌基因SRC),丝裂原活化蛋白激酶1 (MAPK1)、表皮生长因子受体(EGFR)等63个作用靶点,经GO富集分析得到1 779个生物学过程、41个细胞组分、108个分子功能,经KEGG富集分析得到79条相关通路,其中主要与PI3K/Akt通路密切相关。分子对接显示靶蛋白与主要化学成分结合能较强,结合力好。结论: 紫草素以多靶点、多通路的特点实现抗乙肝的作用,为后期实验验证提供依据。     

穿心莲治疗肺炎网络药理学分子机制研究

目的 采用网络药理学方法研究穿心莲治疗肺炎的作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对穿心莲的成分及靶点进行收集,通过比较毒物基因组学数据库(CTD)对肺炎的疾病靶点进行收集,并把收集到的药物靶点与疾病靶点进行匹配;使用Cytoscape建立药物成分-靶点网络图和靶点蛋白网络图;基于Clue...