肝癌细胞中HLA I类重链基因表达与启动子区域甲基化的相关性

目的:研究肝癌细胞株中DNA甲基化与HLAI类分子异常表达的相关性。方法:应用MSP技术对相关细胞系的HLA I类分子重链A、B、C位点启动子区域CpG岛的甲基化状态进行分析,Real-time PCR检测HLAI类分子重链mRNA水平的表达情况,Western blot检测RNA干扰后HLAI类分子重链表达情况。结果:在8株肝癌细胞系中HLA I类分子重链A、C位点启动子区域CpG岛存在甲基化;将启动子区域的DNA甲基化与相关基因表达数据相比较显示二者没有关联性;在RNA干扰DNA甲基化转移酶3a或3b的肝癌细胞系SMMC7721中,比较基因干扰前后HLA I类分子重链蛋白表达无显著变化。结论:在研究的肝癌细胞系中DNA甲基化没有参与调控肝癌中HLA I类分子的异常表达。     

ASPP2基因启动子区DNA甲基化及转录因子DNA结合位点的干湿研究

对p53凋亡刺激蛋白2 (ASPP2)基因启动子区进行了甲基化及转录因子结合位点(TFBS) 的生物信息学分析及实验研究.结果表明,在该基因近端启动子区存在一个长1391bp的CpG岛,且此区域中包含19个转录因子的37个结合位点,其中有13个转录因子的结合位点含有CpG;甲基化预测发现在含CpG的23个TFBS中有18个位点的CpG易发生甲基化.由此推断ASPP2是典型的多因子调控的CpG岛基因,CpG岛的异常甲基化将影响转录因子结合,导致ASPP2基因表达下调.通过对人肝癌细胞株HepG和人成纤维细胞HFL-1的ASPP2基因启动子CpG岛中含4个E2F结合位点区域的甲基化实验检测,证明这种推断是正确的.这一研究说明,对重要基因启动子区DNA甲基化及TFBS的生物信息学研究可为相关的实验研究提供指南,对促进基因表达的表观遗传调控研究具有重要意义.     

双重复合糖基转移酶的ABO基因启动子CpG岛甲基化

背景：在ABO血型抗原的研究中,绝大多数样本是相同的ABO基因表达出正常的相同的ABH抗原。但有一定数量的样本表现出具有相同分子遗传背景但表达出来的抗原强度却随着家系\个体不同而有所差异,说明了ABO血型中复杂的表达调控机制。分析一类罕见的双重复合型标本的ABO血型血清学与基因背景情况,深入表观遗传学的研究,有利于部分揭示ABO基因表达机制。 目的：探讨双重复合型ABO糖基转移酶表达相关的ABO基因启动子CpG岛甲基化水平与ABH抗原表达的关系。 方法：6例经血型血清学定为CisAB或B(A)型的标本,进行ABO基因编码区全长序列和启动子序列的测定,采用重亚硫酸盐处理法检测ABO基因启动子CpG岛甲基化程度。 结果与结论：6例双重复合AB型的标本中,在B101等位基因基础上存在nt803C > G突变的2个CisAB05/B(A)06等位基因,在ABO启动子CpG岛区域两者在nt-33(30%)、nt+27(50%)、nt+49(50%)具有甲基化差异;在A101等位基因序列的基础上存在nt803C > G突变的2个CisAB01等位基因,在ABO启动子CpG岛区域两者在nt-26(10%)位置有甲基化差异;在B101等位基因基础上存在nt640A > G突变的2个B(A)04等位基因ABO启动子CpG岛,在nt-33(10%)、nt+16(50%)、nt+57(60%)、nt+59(60%)、nt+68(60%)和nt+74(60%)位有甲基化差异。全部的6例标本ABO基因启动子区域DNA序列无任何突变异常。结果提示在相同的ABO遗传基因背景下,ABO基因启动子CpG岛区域某些位点甲基化可能影响ABH抗原在红细胞膜表面的表达。     

5-羟色胺转运体基因启动子区CpG岛甲基化状态与精神分裂症Ⅰ型和Ⅱ型的关联

目的:探讨5-羟色胺转运体(5-HTT)基因启动子区CpG岛甲基化状态与精神分裂症Ⅰ型和Ⅱ型的关联。方法:运用特异性甲基检测PCR和直接测序法对62例精神分裂症Ⅰ型患者、38例Ⅱ型患者和50例健康被试5-HTT基因启动子区CpG岛甲基化状态进行检测。结果:三组5-HTT基因启动子区CpG岛甲基化阳性率无显著性差异;精神分裂症Ⅰ型患者5-HTT基因启动子区CpG岛内位点甲基化率显著高于精神分裂症Ⅱ型患者和健康被试组。结论:5-HTT基因启动子区CpG岛内位点高甲基化可能是精神分裂症Ⅰ型的发病机制之一。     

肼苯哒嗪对宫颈癌细胞系APC基因异常甲基化的影响

目的检测宫颈癌细胞系HeLa、CaSki和SiHa中结肠腺瘤性息肉病基因(APC)启动子区CpG岛甲基化状态;探索肼苯哒嗪(Hyd)能否作为去甲基化药物恢复APC表达。方法应用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)检测细胞系中APC启动子区CpG岛甲基化情况;Hyd处理后,RT-PCR检测APCmRNA表达。结果APC启动子区CpG岛在HeLa细胞中被甲基化,在CaSki细胞中半甲基化,在SiHa细胞中无甲基化;一定浓度Hyd处理HeLa、CaSki细胞后,检测到APCmRNA表达。结论HeLa、CaSki细胞系APC表达沉默与APC启动子区甲基化有关;Hyd能作为去甲基化药物诱导APC表达。     

乳腺癌发生模型MCF10 抑癌基因NOEY2启动子区甲基化及mRNA表达

DNA甲基化是常见的表观遗传学变化。越来越多的证据表明,抑癌基因启动子区CpG岛甲基化可使其转录沉默,从而解除其抑癌作用,导致肿瘤的发生和发展。NOEY2是近年来发现的抑癌基因,表达于正常乳腺导管上皮细胞和卵巢生发上皮细胞,但在乳腺癌和卵巢癌细胞中表达显著减少或不表达。在本实验中检测乳腺癌发生模型MCF10中不同阶段的细胞系NOEY2基因启动子区CpG岛Ⅰ甲基化状态,并与mRNA表达水平进行比较,以研究乳腺癌的发生机制和早期诊断。     

乳腺癌发生过程中NOEY2基因启动子区甲基化及mRNA表达

目的 探讨乳腺癌发生过程中抑癌基因NOEY2启动子区甲基化状态及其对mRNA表达的影响。方法 应用甲基化特异性PCR及双亚硫酸钠基因测序技术检测MCF10模型中乳腺增生细胞系MCF10A、癌前细胞系MCF10AT、导管内癌细胞系MCFIODCIS．com、浸润癌细胞系MCF10CA1a、MCF10CA1d、MCF10CA1h及正常乳腺组织中NOEY2基因启动子区CpG岛Ⅰ甲基化状态,然后用RT-PCR和实时PCR技术检测上述样品的mRNA表达水平。结果 MCF10模型的增生细胞系、癌前细胞系、导管内癌细胞系、浸润癌细胞系均发生该基因启动子区CpG岛Ⅰ高度甲基化;与正常乳腺组织相比,上述细胞系mRNA表达显著减少。结论 NOEY2基因启动子区高度甲基化及相应的mRNA表达减少是乳腺癌发生过程中的早期事件,与乳腺癌发生有关,可能成为早期诊断乳腺癌的潜在分子生物学标记。     

睾丸组织中的TSP50启动子甲基化差异的研究

目的:检测不同组织中TSP50启动子区域的甲基化状态,研究其表达的机制。方法:分离、纯化鼠睾丸中的精原细胞、精母细胞和精子,分别提取人的睾丸组织、Ntera-2细胞、鼠精原细胞、精母细胞和精子的基因组DNA,用重亚硫酸盐处理基因组DNA,PCR扩增人和鼠的TSP50的启动子CpG岛区域,电泳,提纯,连接于质粒中,转导入细胞中,扩增,提取,纯化质粒,测序。结果:人睾丸组织甲基化水平较低,Ntera-2细胞处于较高水平。鼠的精原细胞和精子细胞甲基化水平较高,精母细胞甲基化水平较低。结论:TSP50启动子区域甲基化位点的甲基化水平调控TSP50蛋白的表达。     

DNA错配修复基因甲基化在肝细胞癌发生发展中的作用

目的探讨DNA错配修复基因(MMR)hMLH1,hMSH2和hMSH3甲基化在肝细胞癌(HCC)发生发展中的作用。方法采用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)法对38例新鲜HCC组织,相应非肿瘤肝组织,2例正常的捐肝组织及6种肝癌细胞系的hMLH1,hMSH2和hMSH3基因启动子CpG岛甲基化进行检测;培养6种肝癌细胞系,MSP法检测加入5-aza-2‘-deoxycytidine前后hMSH2基因在HCC中的甲基化状态改变;逆转录．聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测加入5-aza-2’-deoxycytidine前后hMSH2在肝癌细胞株中的mRNA表达改变。结果HCC标本中13．2％(5／38)发生了hMLH1启动子甲基化,68．4％(26／38)发生了hMSH2启动子甲基化;相应的非肿瘤肝组织中hMLH1,hMSH2启动子甲基化阳性率分别为2．6％(1／38),55．3％(21／38);2例正常肝组织中未发现甲基化;6株肝癌细胞系中有5株发生了hMSH2启动子甲基化,而未发现有MLH1启动子甲基化。所有标本中均未发现有hMSH3启动子甲基化。5-aza-2‘-deoxycytidine处理细胞株后,可部分或完全逆转hMSH2启动子甲基化,各细胞株的mRNA均有不同程度的表达增加。结论hMSH3基因启动子CpG岛甲基化与HCC的发生发展关系不大。hMSH2基因甲基化与mRNA表达密切相关,是基因表达调节的一种重要方式。hMLH1和hMSH2基因启动子CpG岛的高甲基化在HCC中是一个常见的基因改变,DNA错配修复基因尤其是hMSH2基因启动子甲基化在HCC的发生中起了重要作用,是早期事件,其可能为临床诊断HCC提供新的检测指标。     

山姜素通过促进IL-6启动子CpG岛区域胞嘧啶甲基化并抑制表达

目的 通过检测山姜素对鼠巨噬细胞(RAW246.7)IL-6启动子部位CpG岛二核苷酸甲基化修饰状态及IL-6合成的影响,揭示诱导甲基化修饰是山姜素调控炎症分子表达的重要机制。方法 RAW246.7按照不同干预分为对照组、山姜素组(终质量浓度分别为100、200、500μg/ml以及1 mg/ml)、山姜素+GW9662组以及山姜素+DNMT3A(DNA甲基转移酶3A)SiRNA组,孵育96 h后经亚硫酸氢钠处理。亚硫酸氢盐测序PCR分析IL-6启动子序列碱基信息,甲基化PCR分析以上序列中CpG二核苷酸甲基化修饰状态,Western blot法检测RAW246.7核内PPAR以及DNMT3A含量,ELISA法检测IL-6表达水平。结果经Cpgplot数据库确认鼠巨噬细胞IL-6转录起始点上游300～1 300 bp部位存在典型CpG岛,山姜素可呈剂量依赖性促进该岛内CpG二核苷酸甲基化修饰。山姜素可促进核内DNMT3A合成,GW9662可阻断促进作用,而干扰DNMT3A不影响PPAR表达;另外,GW9662以及DNMT3A干扰均可完全逆转山姜素对甲基化修饰的促进;但GW9662更明显恢复了IL-6的合成。结论山姜素可通过PPAR/DNMT3A通路促进RAW246.7IL-6启动子CpG岛内CpG二核苷酸甲基化修饰,从而抑制IL-6表达。     

KIR3 DL1启动子区域 CpG 岛甲基化对抗原表达的影响

目的：探索KIR3DL1启动子区域CpG岛甲基化对抗原表达的影响。方法选择抗原高表达KIR3DL1倡01502和低表达KIR3DL1倡005样本,分别测定启动子区域碱基序列和启动子区CpG岛甲基化程度。对携带有KIR3DL1倡01502、KIR3DL1倡005的NK细胞分别采用5-aza进行去甲基化处理,利用流式细胞仪检测KIR3DL1抗原。结果 KIR3DL1倡01502和KIR3DL1倡005启动子区域－65和－269位存在碱基差异,这导致它们的启动子区域有两个不同的CpG岛。 KIR3DL1倡01502启动子区CpG岛高度甲基化,去甲基化后相应的细胞表面抗原表达显著增加。而携带KIR3DL1倡005的细胞去甲基化处理后,抗原表达没有明显变化。结论 KIR3DL1倡01502启动子区域CpG岛甲基化影响抗原的表达,但是不同抗原表达模式的KIR3DL1等位基因可能存在不同的调控机制。     

卵巢癌细胞中OY-TES-1基因启动子CpG位点甲基化状态分析

目的:了解卵巢癌SKOV3细胞中OY-TES-1启动子区域CpG位点的甲基化状态.方法:运用免疫细胞化学法检测SKOV3细胞中OY-TES-1蛋白表达;通过硫化测序PCR法,分析SKOV3细胞中OY-TES-1启动子区域CpG位点的甲基化状态,并与睾丸组织相比较.结果:免疫细胞化学法检测结果显示,SKOV3细胞中OY-TES-1蛋白呈阳性反应;在检测的OY-TES-1启动子区域(转录起始点-127 bp～+110 bp,含24个CpG位点)中,CpG位点的甲基化频率为80.21％,其甲基化状态明显高于睾丸组织.结论:SKOV3细胞中OY-TES-1启动子CpG位点处于高甲基化状态,进一步可探讨甲基化抑制剂氮杂脱氧胞嘧啶对OY-TES-1甲基化状态及其表达水平的影响.     

一例ABO血型系统B抗原减弱表达的分子机制

目的 研究1例B抗原减弱献血者的血清学特性和抗原减弱的分子机制.方法 应用单克隆抗体检测献血者红细胞ABO血型抗原,标准A、B、O红细胞检测其血清中的ABO抗体,并检测其血清转移酶活性.采用聚合酶链反应技术扩增ABO基因全部外显子序列和5′端非编码区序列并进行测序分析,应用逆转录-PCR和克隆测序技术分析献血者ABO cDNA转录剪接情况,采用重亚硫酸盐转化直接测序法分析ABO基因启动子区CpG岛甲基化水平.结果 献血者血清学表现为B抗原明显减弱,血清中无抗-B抗体,B转移酶活性降低.基因型为B101/O01,全部外显子序列和拼接接受位点碱基无任何突变.5′端非编码区序列多态性符合B101/O01的特征,启动子、增强子、负调控序列和微卫星重复序列未发现异常.献血者存在ABO基因全长cDNA转录本,未发现新的转录剪接体.与正常对照标本比较,在启动子区CpG岛内发现启动子附近有多个特异性半甲基化位点.结论 启动子区CpG岛中的甲基化位点可能是引起B抗原弱表达的原因.     

脆性X综合征FMR1基因CpG岛的甲基化程度分析

目的 建立用甲基化敏感性限制性内切酶定量聚合酶链反应(methylation-sensitiverestriction enzymes-based quantitative PCR,MSRE-qPCR)分析FMR1基因CpG岛甲基化程度的方法,并探讨其对脆性X综合征的诊断价值.方法 以常规PCR初筛存在FMR1基因5′(CGG)n异常扩增的30例智力低下男童和20名母亲作为研究对象,用Eag Ⅰ酶消化DNA样品,针对FMR1基因CpG岛设计引物,定量PCR扩增Eag Ⅰ酶切前、后DNA,用2-△△Ct法计算CpG岛甲基化程度;以Southern印迹杂交确诊的3例患儿和正常体检男、女各30例DNA样品为质控样本,从而建立优化的MSRE-qPCR方法.结果 确立了正常甲基化、部分异常甲基化、全甲基化的区间值,并明确30例常规PCR初筛异常患儿中3例存在部分甲基化,27例为全甲基化,其中3例经Southern印迹杂交验证;13例母亲处于正常甲基化,7例存在异常甲基化.结论 MSRE-qPCR可以对FMR1基因CpG岛的甲基化程度进行快速可靠分析,为脆性X综合征的分子诊断提供新的策略.     

肺癌患者RASSF1A启动子甲基化状态及其基因表达水平

目的探讨肺癌RAS相关区域家族1A(RASSF1A)启动子CpG岛甲基化状态和基因表达水平与肺癌发生的关系。方法用甲基化特异性PCR检测RASSF1A启动子CpG岛甲基化状态,实时定量PCR检测RASSF1A mRNA的表达水平。结果在肺癌组织中RASSF1A启动子甲基化频率为53.33%(24/45),在正常肺组织中发生甲基化的频率为13.04%(3/23)(P<0.05)。正常肺组织中RASSF1A mRNA全部表达,肺癌组织中表达缺失率为28.89%(13/45),且表达量低于正常肺组织(P<0.05);不同年龄、性别、肿瘤大小、恶性程度、肿瘤分类中其表达量无显著差异;RASSF1A甲基化与其mRNA表达水平下降密切相关。结论肺癌中RASSF1A基因启动子甲基化频率明显升高,其表达普遍下调或缺失,提示RASSF1A启动子甲基化在肺癌发生、发展中起一定作用。     

肠道肿瘤组织中C-erbB2基因启动子区CpG岛甲基化状态的分析

目的：探讨肠道肿瘤中致癌基因C-erbB2启动子区CpG岛的甲基化状态。方法收集经病理确诊的40例肠癌患者甲醛固定的肠道肿瘤组织及相应癌旁组织各40份;采用甲基化特异聚合酶链反应(MSP)检测C-erbB2基因启动子区CpG岛甲基化状态。结果肠道肿瘤组织中C-erbB2基因启动子区CpG岛甲基化率(52.5%)低于癌旁组织中存在的甲基化率(75.0%),两者之间差异有统计学意义(<0.05);肿瘤不同分期和有无淋巴结转移组间C-erbB2基因启动子区CpG岛甲基化率差异无统计学意义。结论所检标本显示肠道肿瘤组织与癌旁组织间C-erbB2基因启动子区CpG岛甲基化率差异有统计学意义,提示C-erbB2低甲基化可能是C-erbB2蛋白高表达和肠癌发生的原因之一。     

胚胎干细胞分化为表皮样干细胞基因启动子区差异甲化研究

 目的： 用全基因组甲基化芯片探讨可能参与小鼠胚胎干细胞(ESCs)分化为表皮样细胞(ELCs)的基因DNA甲基化调控机制。方法： 利用人羊膜建立体外诱导体系,将小鼠ESCs诱导定向分化为ELCs,分别取未分化的ESCs和诱导分化后的ELCs进行芯片分析,利用甲基化免疫共沉淀技术将每组染色质DNA的甲基化片段共沉淀下来,和本底对照 (input)分别标记Cy3和Cy5荧光,一同上样于Roche NimbleGen高密度(2.1M,芯片覆盖22 425个启动子)甲基化芯片,启动子区采用UCSC数据库进行注释,启动子覆盖转录起始位点上游8 200 bp、下游3 000 bp,通过对这些启动子区甲基化谱的分析,筛选出甲基化调控可能与ESCs向ELCs定向分化相关的基因。结果： 小鼠ESCs和ELCs 两组细胞在基因组水平上有17 500个启动子存在甲基化,其中有3 435个启动子发生甲基化差异变化,高CpG岛的启动子有894个发生差异甲基化,中度CpG岛的启动子有974个发生差异甲基化,低CpG岛的启动子有1 567个发生差异甲基化。结论： 在ESCs向ELCs定向分化的过程中,众多的基因启动子区发生了甲基化程度的变化,说明细胞分化是一个复杂的表观遗传学事件。这些基因启动子的差异甲基化在ESCs向ELCs定向分化过程中所起的作用及其机制尚有待进一步的功能学研究阐明。     

5-aza-2dC诱导白血病细胞分化及对Annexin A1/A2表达和甲基化状态的影响

目的：观察甲基化转移酶抑制剂5-杂氮-2’-脱氧胞苷(5-aza-2’-deoxycitydine, 5-aza-2dC)对人急性髓系白血病细胞系HL-60细胞分化及对膜联蛋白A1/A2(Annexin A1/A2)表达和甲基化状态的影响。 方法：瑞氏染色和流式细胞术检测5-aza-2dC对HL-60细胞分化的影响;RT-PCR法检测药物处理HL-60细胞前后Annexin A1和A2基因mRNA的表达水平;甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)检测药物处理HL-60细胞前后Annexin A1和A2基因启动子区域CpG岛的甲基化水平。 结果：5-aza-2dC处理后HL-60细胞的髓系分化抗原CD11b的表达增强,细胞向成熟分化,且在0.5 μmol/L时其促分化作用最明显;Annexin A1和A2基因在HL-60细胞中低表达,0.5 μmol/L 5-aza-2dC处理HL-60细胞72 h后,Annexin A1和A2基因mRNA表达水平明显上调,而其启动子区域CpG岛甲基化水平明显降低。结论：5-aza-2dC具有促进白血病细胞分化的作用,Annexin A1和A2基因启动子去甲基化可能与5-aza-2dC诱导白血病细胞分化有关。     

结直肠癌中相关基因甲基化改变的研究进展

研究表明DNA甲基化致基因表达异常是引发肿瘤发生、发展的重要机制,在结直肠癌中普遍存在启动子区CpG岛甲基化现象.该文主要就与结直肠癌发生、发展相关的hMLH1、MGMT、RUNX3、β-catenin和CDX2基因甲基化情况做简要介绍.     

黑色素瘤细胞OCM-1A中DNA甲基化对HLA-G分子表达的影响

目的探讨黑色素瘤细胞OCM-1A中表观遗传因素DNA甲基化对HLA-G分子表达的影响.方法利用DNA甲基化抑制剂5-aza-2＇-deoxycytidine（ADC）处理HLA-G阴性黑色素瘤细胞OCM-1A,检测经不同浓度、不同时间的ADC处理后HLA-G基因及蛋白表达的变化.序列测定分析ADC处理前后HLA-G基因启动子区220bp片段的甲基化水平,RT-PCR检测HLA-GmRNA水平的变化,Western blot检测细胞HLA-G分子合成总量以及FACS检测细胞表面HLA-G分子的表达水平.结果HLA-G阴性黑色素瘤细胞OCM-1A经ADC处理后,HLA-G基因启动子区的CpG甲基化程度明显降低,诱导HLA-G基因转录,HLA-G分子获得表达.HLA-G基因及蛋白的表达水平与处理时间相关,随着处理时间的延长,HLA-G表达量上升.结论OCM-1A细胞中,HLA-G基因的表达调控受DNA甲基化影响,ADC对HLA-G的表达调控具有时相性.