T淋巴细胞活化衔接子及其调控因子在支气管哮喘患者T淋巴细胞中的表达

目的 探讨T淋巴细胞活化衔接子(LAT)及其上游调控因子(Syk、Lck和ZAP-70)在支气管哮喘(简称哮喘)患者外周血T淋巴细胞中的转录表达水平是否存在异常.方法 对20例哮喘患者(哮喘组)及20例非特应症对照者(对照组)采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法检测外周静脉血T淋巴细胞的LAT及Lck、Syk和ZAP-70 mRNA的表达,有关LAT基因转录的结果通过实时定量RT-PCR法进行验证.统计学处理采用SPSS 11.5软件.数据以-x±s表示.组间比较采用t检验.结果 哮喘组患者外周血T淋巴细胞LAT基因的mRNA表达水平为0.54±0.14,对照组为0.72±0.17,两组比较差异有统计学意义(t=3.11,P＜0.01);实时定量RT-PCR法(0.0065±0.0066)证实哮喘患者外周血T淋巴细胞LAT转录水平较对照组(0.0124±0.0045)下调(t=0.0022,P＜0.01).20例哮喘患者Lek和ZAP-70基因mRNA表达水平分别为0.71±0.16、1.05±0.41,对照组分别为0.53±0.17、0.82±0.27.两组比较差异有统计学意义(t值分别为3.18、2.10,P分别＜0.01、＜0.05);哮喘患者Syk基因mRNA表达水平为1.16±0.42,对照组为1.24±0.34,两组间Syk基因转录水平比较差异无统计学意义(t=0.22,P＞0.05).结论 哮喘患者外周血T淋巴细胞LAT基因转录水平下调可能与上游调控因子Lck和ZAP-70基因转录水平上调有关,LAT及上游调控因子Lck和ZAP-70转录水平异常可能是哮喘发病机制之一.     

大鼠Pten和Runx3基因5’端非编码区序列的生物信息学分析

目的分析大鼠Pten和Runx3基因5’端非编码区（5’-UTR）序列的CpG岛、启动子及其转录因子结合位点。方法通过NCBI获得大鼠Pten和Runx3基因全长序列及转录本,采用Blast中的可读框比对外显子、内显子及上游5’-UTR信息,所获得ATG上游2kb、下游1kb序列分别应用CpGislandsearcher软件、CpGPlot工具、Methprimer2．0工具预测CpG岛,NNPP工具、Promoterscan工具、FirstEF工具预测启动子,Madspector、Match、Con—site预测启动子区域转录结合位点。结果大鼠Pten基因和Runx3基因属于CpG岛关联基因,启动子可能分别位于-1253～-684bp和-690～-121bp,Pten和Runx3基因在109和94种转录因子结合位点中,被≥2种软件共同预测有结合位点的转录因子分别有6和9种。结论初步获得大鼠Pten和Runx3基因5’-UTR序列的生物学信息,为进一步基因调控甲基化实验验证奠定了基础。     

线粒体融合基因2启动子的生物信息学研究

目的 线粒体融合基因2是一个新发现的负调控血管平滑肌细胞增殖的基因,在原发性高血压患者血管平滑肌细胞中低表达,但其调控机制还不明确.本研究通过生物信息学方法研究线粒体融合基因2的转录和调控机制.方法 通过使用在线软件,对线粒体融合基因2上游5’端的启动子分布、转录因子及其结合位点、CpG岛、TATA box分析、保守区域等进行分析.同时对该区SNP的分布及其功能进行研究.结果 线粒体融合基因2上游5 '端存在5个启动子,但是起核心作用的可能只有2个;有2个保守区域,存在69个转录因子结合位点,后者主要与炎症反应、氧化应激、细胞增殖与分化和MAPK、STAT信号传导通路相关;一个CpG岛;15个TATA box,有8个处于-2000 bp以内;32个SNP位点,其中9个处于核心启动子区,5个可能会影响线粒体融合基因2的转录.结论 线粒体融合基因2上游5 '端-400 bp以内可能存在着核心启动子,该启动子区存在着一些重要的与线粒体融合基因2功能相关的转录因子.同时,启动子区存在的大量SNP可能会影响基因的转录调控.     

两个汉族Brugada综合征核心家系SCN5A基因单核苷酸多态性分析及新突变检测

目的研究两个汉族Brugada综合征家系成员相关基因SCN5A外显子的突变情况,探讨相关基因SCN5A外显子在新疆汉、哈、维族健康人群中的单核苷酸多态性（SNP）。方法已明确诊断为Brugada综合征的2位汉族患者及其家系成员共27人作为研究对象,同时纳入246例（汉族75人,哈族68人,维吾尔族103人）健康人群作为对照,采用聚合酶链反应（PCR）进行外显子序列扩增,双脱氧末端中止法进行核酸序列检测,测序结果经核酸序列比对软件（DNAMAN）比对、在线基因序列筛查（http：//genome.ucsc.edu/及http：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/）检测相关基因SCN5A外显子的突变情况,运用统计学软件分析目标基因SNP。结果在2个已明确诊断为Brugada综合征患者SCN5A基因的7号外显子上发现了一个突变位点（T909-）,在2个Brugada综合征家系其余7名家族成员中同样发现了该突变位点,健康对照人群中共有29人存在T909-突变。通过比对筛查,T909-突变在SNP数据库中尚没有记录,且T909-在2个Brugada综合征家系及健康汉族人群基因型频率和等位基因频率分布有显著性差异（P〈0.05）,在汉族、哈族、维吾尔族健康人群中基因型频率分布及等位基因频率分布无显著性差异（P〉0.05）。结论 T909-可能是Brugada综合征患者SCN5A基因一个新的突变位点,该突变位点多态性在汉族、哈族、维吾尔族健康人群中分布可能无差异。     

色素上皮衍生因子启动子区基因多态性与糖尿病微血管病变的关系

目的观察色素上皮衍生因子（PEDF）启动子区单核苷酸多态性（SNP）与糖尿病微血管病变的关系。方法将271例T2DM患者分为无糖尿病微血管病变组105例,合并糖尿病微血管并发症组166例,分析PEDF基因启动子区rs12150053T／C及rs12948385G／A的基因型和等位基因频率。结果两个SNPs位点等位基因频率均有统计学差异（P〈0．05）,rs12948385位点基因型频率也有统计学差异（P〈0．05）。结论PEDF启动子区多态性位点可能是我国北方汉族人群糖尿病微血管病变发病的危险因素之一。     

急性脑梗死患者IL-18基因启动子607C／A、137G／C位点多态性观察

目的观察急性脑梗死患者白细胞介素18（IL-18）基因启动子607C／A和137G／C位点单核苷酸多态性（SNP）。方法采用型特异性引物聚合酶链反应（PCR-SSP）技术检测98例脑梗死患者（观察组）和100例健康对照者（对照组）血清IL-18基因启动子607C／A和137G／C位点多态性。结果两组607C／A位点基因型CC、CA和AA的频率及等位基因频率相比P均〉0．05。观察组组137G／C位点GG型频率显著高于对照组,GC型的频率显著低于对照组（P〈0．05）,两组等位基因频率的分布也有显著性差异（P〈0．05）。结论急性脑梗死患者IL-18基因启动子607C／A位点SNP与脑梗死无关,137G／C位点携带等位基因C可能有预防急性脑梗死的作用。     

IL-18启动子区-137G/C和-607C/A位点多态性与结核病易感性关系——Meta分析

目的 应用Meta分析探讨IL-18基因启动子区单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）等位基因位点-137和 -607与结核病易感性的关系。方法 收集采用序列特异性引物聚合酶链反应（PCR-SSP）及测序技术检测SNP位点-137和 -607的研究,在严格的质量评价基础上,通过统计学方法应用Review Manager 5.0软件进行了Meta分析。入选文献标准：(1)关于IL-18启动子区SNP -137 G/C和(或) -607 C/A与结核易感性关联的病例-对照研究;（2）对照组基因分布符合Hardy-Weinberg（H-W）遗传平衡定律;（3）原始资料完整;（4）文献中提供基因型频率或等位基因频率;（5）纳入文献语言为中文或英文;（6）多态性检测方法通过PCR-SSP及测序技术或SNaPshot SNP分型方法。文献排除标准：（1）重复报告的研究;（2）数据不清或等位基因不清的文献;（3）基于家系的研究;（4）对照组基因分布没有进行H-W遗传平衡检验的研究。结果 IL-18启动子区SNP -607 C/A位点研究6项,患者695例,正常对照879例;SNP -137 G/C位点研究5项,患者594例,正常对照781例。结核病组IL-18启动子区等位基因-137 G和 -607 C与对照组相比,等位基因-137 C和 -607 A的合并OR值分别为1.41（95% CI为1.15～1.74,P=0.001）和0.93（95% CI为0.81～1.08,P=0.36）。结论 IL-18启动子区SNP位点-137 G/C与结核病易感性相关联,提示IL-18启动子SNP（-137）是结核病的易感位点之一; SNP位点-607 C/A与结核病易感性之间关联无统计学意义。     

血红素加氧酶—1与缺血性脑损害的基础研究

游由２８个碱基对组成,在５’端启动子上游还有４个诱导物的结合点：即转录因子ＳＰ１（ｃｈｗａｎｇｅｒｓｃｈａｆｔｓ－ｐｒｏｔｅｉｎ１）结合位点３个拷贝、转录因子ＧＣＮ４（ｇｅｎｅｒａｌｃｏｎｔｒｏｌｎｏｎｄｅｒｐｒｅｓｓｉｖｅｐｒｏｔｅｉｎ４）结合位点２个拷贝（控制氨基酸代谢）、热休克蛋白转录因子结合位点及金属调控转录因子结合位点。此外,在一个高密度的组氨酸残基区还有一个血红素结合位点。ＨＯ－１基因的转录首先表现在转录区上游的许多启动子与相应的诱导物（如血红素、金属锌原卟啉、热休克、脑缺血及应激反…     

人端粒酶逆转录酶基因5＇调控区单核苷酸多态性与肺癌易感性的相关性研究

目的 探讨人端粒酶逆转录酶（hTERT）基因5＇调控区单核苷酸多态性（SNP）与肺癌发生易感性的关系.方法 选取2011年1月至2012年12月兰州大学第二医院病理组织学确诊的新发肺癌患者154例,男116例,女38例;平均年龄（57.3±11.6）岁;其中腺癌45例（29.2％）,鳞癌55例（35.7％）,小细胞癌54例（35.1％）.选择同期在该院体检中心性别、年龄匹配的健康体检者222名作为对照,男174名,女48名,平均年龄（56.4±8.4）岁.采用ABI Prism SNaPshot方法,检测hTERT基因8个SNP位点（rs2735846、rs2735948、rs62329683、rs2736106、rs3888705、rs2736108、rs2736109和rs2735940）基因型,对SNP位点进行Hardy-Weiberg平衡检验,并计算各SNP位点等位基因频率及OR值.结果 除rs2736106外,7个hTERT基因5＇SNP位点的基因型分布均符合Hardy-Weiberg平衡.其中rs2735846位点CG＋CC基因型与GG基因型（即显性遗传模式）在病例组和对照组中具有显著的统计学差异（P ＜0.05）.结论 hTERT基因rs2735846多态性与肺癌易感性有显著相关性,其等位基因C是肺癌的易感基因.     

广西壮族人Caveolin-3基因多态性与2型糖尿病的关系

目的探讨广西壮族人Caveolin-3基因外显子单核苷酸多态性（SNP）与2型糖尿病（T2DM）的关系。方法选择24例T2DM（T2DM组）患者及10例正常对照者（对照组）,应用PCR法对两组广西壮族人Caveolin-3基因外显子SNP进行PCR扩增后测序。结果 Caveolin-3基因第2外显子非编码区有2个位点发生突变,分别是12842 A→G和12715 A→T。2位点的等位基因频率在糖尿病组和正常对照组存在统计学差异（P〈0.05）。12842A→G和12715 A→T位点有三种联合基因型（AT、GT、GA）,其中AT、GA型的分布频率在两组中比较P〈0.05。结论 Caveolin-3基因12842 A→G和12715 A→T位点突变可能与T2DM的发病有关。     

SH2 domain containing leukocyte phosphoprotein of 76-kDa (SLP-76) feedback regulation of ZAP-70 microclustering

T cell receptor (TCR) signaling involves CD4/CD8-p56lck recruitment of ZAP-70 to the TCR receptor, ZAP-70 phosphorylation of LAT that is followed by LAT recruitment of the GADS-SLP-76 complex. Back regulation of ZAP-70 by SLP-76 has not been documented. In this paper, we show that anti-CD3 induced ZAP-70 cluster formation is significantly reduced in the absence of SLP-76 (i.e., J14 cells) and in the presence of a mutant of SLP-76 (4KE) in Jurkat and primary T cells. Both the number of cells with clusters and the number of clusters per cell were reduced. This effect was not mediated by SLP-76 SH2 domain binding to ZAP-70 because SLP-76 failed to precipitate ZAP-70 and an inactivating SH2 domain mutation (i.e., R448L) on SLP-76 4KE did not reverse the inhibition of ZAP-70 clustering. Mutation of R448 on WT SLP-76 still supported ZAP-70 clustering. Intriguingly, by contrast, LAT clustering occurred normally in the absence of SLP-76, or the presence of 4KE SLP-76 indicating that this transmembrane adaptor can operate independently of ZAP-70-GADS-SLP-76. Our findings reconfigure the TCR signaling pathway by showing SLP-76 back-regulation of ZAP-70, an event that could ensure that signaling components are in balance for optimal T cell activation.     

ZAP-70 enhances IgM signaling independent of its kinase activity in chronic lymphocytic leukemia

We transduced chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells lacking ZAP-70 with vectors encoding ZAP-70 or various mutant forms of ZAP-70 and monitored the response of transduced CLL cells to treatment with F(ab)(2) anti-IgM (anti-mu). CLL cells made to express ZAP-70, a kinase-defective ZAP-70 (ZAP-70-KA(369)), or a ZAP-70 unable to bind c-Cbl (ZAP-YF(292)) experienced greater intracellular calcium flux and had greater increases in the levels of phosphorylated p72(Syk), B-cell linker protein (BLNK), and phospholipase C-gamma, and greater activation of the Ig accessory molecule CD79b in response to treatment with anti-mu than did mock-transfected CLL cells lacking ZAP-70. Transfection of CLL cells with vectors encoding truncated forms of ZAP-70 revealed that the SH2 domain, but not the SH1 domain, was necessary to enhance intracellular calcium flux in response to treatment with anti-mu. We conclude that ZAP-70 most likely acts as an adapter protein that facilitates B-cell receptor (BCR) signaling in CLL cells independent of its tyrosine kinase activity or its ability to interact with c-Cbl.     

ETS1基因多态性与原发性干燥综合征的相关性

目的 探讨ETS1基因单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）与汉族人群原发性干燥综合征（primary sjōgren＇s syndrome,pSS）遗传易感性是否相关.方法 提取261例pSS患者和597例健康对照者的全基因组DNA.使用Sequenom MassArray方法对ETS1基因上2个SNP位点（rs6590330和rs1128334）进行基因分型.分型结果使用PLINK 1.07软件进行统计分析.结果 rs6590330位点G/G、G/A、A/A基因型频率和G、A等位基因频率分布在pSS组和对照组间差异无统计学意义（均P〉0.05）.加性模型、显性模型、隐性模型下的分析显示,两组间差异仍无统计学意义（均P〉0.05）.将pSS患者按照性别及抗SSA和抗SSB抗体产生情况分组,分析仍未发现任何相关性.rs1128334分型成功率过低无法分析.结论 ETS1基因的SNP位点rs6590330与汉族人群pSS患者遗传易感性不相关.     

干扰素诱导抗病毒蛋白基因多态性与慢性丙型肝炎疗效相关性研究

目的探讨α-干扰素（IFN-α）诱导的黏病毒抵抗蛋白（MxA）和真核细胞起始因子调节区2（eIF-20α-reg2）基因的单核苷酸多态性（SNP）与慢性丙型肝炎（CHC）患者对IFN-α治疗应答的关系。方法前瞻性研究216例CHC患者，在接受IFN-α联合利巴韦林治疗48周，随访至停药后24周时，评价疗效[分为持续性应答（SVR）和非持续性应答（NSVR）]。应用多聚酶链反应（PCR）及限制性片段长度多态性（RFLP）法检测患者MxA启动子-88（G／T）、-123（C／A）及eIF-20α-reg2（MG）位点的SNP，并比较SNP与IFN疗效的关系。结果MxA 88位点：GT与GG型患者SVR（57．43％对34．21％）比较，差异有统计学意义（χ^2=9．37，P〈0．01）；TT与GG型患者SVR（66．67％对34．21％）比较，差异有统计学意义（χ^2=9．37，P〈0．01）。而GT与TT型患者SVR比较（57．43％对66．67％），差异无统计学意义（χ^2=1．00，P〉0．05）；MxA-123位点、eIF-20α-reg2位点基因型与IFN疗效比较：差异均无统计学意义（χ^2=4．87，P〉0．05；χ^2=1．66，P〉0．05）。多因素Logist回归分析结果显示：病毒载量（OR=3．178，95％CI：1．463～6．904，P=0．003）、干扰素种类（OR=3．117，95％CI：1．484～6．544，P=0．003）对SVR的独立影响具有统计学意义。MxA-88基因型（OR=1．470，95％CI：0．646～3．345，P=0．358）对SVR的独立影响无统计学意义。结论CHC患者MxA-88为TT或GT型者比GG型者对IFN-α应答好，但不是影响SVR的独立因素。     

IPS-1SNP在调控HBV感染后干扰素应答机制的研究

目的：探讨干扰素β启动子刺激因子1（IPS-1）不同单核苷酸多态性（SNP）基因型对HBV感染后干扰素应答作用机制。方法利用IPS-1野生型和rs17857295、rs7262903、rs7269320三种SNP基因型慢病毒表达载体,转染目的细胞HepG2、HepG2．2．15细胞,qPCR检测HBV感染和IPS-1不同SNP基因型对目的基因表达情况的影响,检测细胞转染后IFN-βmRNA表达水平,探讨IPS-1不同SNP基因型对HBV感染后细胞干扰素应答的机制。结果IPS-1rs17857295和rs7262903两种SNP基因型转染HepG2．2．15细胞后,IPS-1基因表达水平显著低于野生型转染组（451．77比712．53,498．71比712．53,P＜0．01）;但IFN-βmRNA表达水平显著高于野生型转染组（分别为5．33比0．98和3．59比0．98,P＜0．01）;rs7269320SNP基因型过表达后,IPS-1基因表达水平显著低于野生型转染组（290．63比712．53,P＜0．01）,但IFN-βmRNA表达水平无明显变化（0．74比0．98）。另外,rs17859295基因型分别转染HepG2和HepG2．2．15细胞后,后者IFN-βmRNA表达水平显著高于前者（5．33比2．25,P＜0．01）。结论IPS-1rs17857295和rs7262903两种SNP基因型HBV感染者,尤其rs17857295SNP基因型,清除病毒的能力可能强于野生型的感染者;而IPS-1野生型和rs7269320SNP基因型HBV感染者可能更易形成病毒感染的慢性化。     

飞行时间质谱与TaqMan探针技术在结核病易感性相关基因单核苷酸多态性筛选中的应用

目的 对比分析飞行时间质谱技术（MALDI-TOF）和TaqMan探针筛选与结核病易感性相关单核苷酸多态性（SNP）位点的结果,以及联合应用的方法学和效果评价.方法 选取2010年10月至2011年4月在深圳市第三人民医院收治并确诊的结核病患者400例为结核病组,对照组为同时期收集的健康体检者300名,利用MALDI-TOF对选取的7个SNP位点（rs2227476、rs1800795、rs56077270、rs1800797、rs2227484、rs2227472和rs2227473）同时进行基因分型,初步筛选易感SNP位点;与结核病易感相关的单个SNP位点,采用基于TaqMan探针技术的实时荧光定量PCR对同样的标本再进行基因分型,比较两种方法的准确性与敏感度;以rs2227473位点为实例对分型结果的基因频率进行分析,确定肺结核的易感SNP.结果 MALDI-TOF分型成功率为99.7％（698/700）,TaqMan探针技术为98.4％（689/700）;在基因分型过程中,MALDI-TOF与TaqMan探针方法对1例标本的分型结果不一致,经过对此分型结果进行了测序验证,MALDI-TOF的分型结果正确,MALDI-TOF在准确性和敏感度比TaqMan法稍高.位点rs2227473基因频率分析中,结核病组G等位基因频率（90.3％,722/800）明显高于对照组（82.5％,495/600）（x2=6.911,P=0.009）.结论 上述肺结核易感基因的筛选方法是可行的;实例分析中,将两种方法联合应用,发现了IL-22基因rs2227473位点等位基因G可能与肺结核发病相关,两位点中等位基因A可能为保护性基因.     

致心律失常性右心室心肌病患者桥粒斑蛋白基因突变和单核苷酸多态性检测

目的 调查致心律失常性右心室心肌病（ARVC）患者桥粒斑蛋白（DSP）基因突变和单核苷酸多态性（SNPs）发生率.方法 对初步诊断为ARVC的50例患者采用2010年新诊断标准予以重新评估.应用聚合酶链式反应（PCR）扩增DSP基因全部外显子片段并测序,病例组测序结果与198例正常对照组进行比对分析.结果 37例符合ARVC确诊病例,9例为临界诊断病例,另有4例为疑似诊断病例.确诊病例中有5例（14％）携带5种DSP基因突变,既往均未见报道,包括4种错义突变和1种无义突变,临界诊断与疑似诊断病例均未检出DSP基因突变.同时检出4个非同义SNPs位点,其等位基因频率在对照组和病例组间差异无统计学意义.结论 本组ARVC患者DSP基因突变检出率为14％,且均为新发现突变.DSP基因外显子区域的4个SNPs位点可能与ARVC的发病无相关性.