H2-B1基因转染小鼠内皮细胞对其免疫原性的影响

目的 转染pEGFP-N1-H2B1质粒载体至小鼠血管内皮细胞(VEC),观察导入H2-B1基因后VEC免疫原性的变化,探讨借鉴母胎免疫耐受模型诱导心脏移植术后免疫耐受的机制.方法 以未处理的VEC为对照,采用流式细胞仪和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术分别于转染H2-B1基因后24、48、72 h检测质粒转染效率以及H2-B1基因的mRNA相对表达量;将同源小鼠外周血单个核细胞(PBMC)和VEC按100:1和10:1两种不同效靶比混合,观察PBMC对靶细胞杀伤活性的变化.结果 H2-B1基因组H2-B1基因在VEC中的mRNA表达量明显高于对照组(0.5mg/L组,P<0.05;1.0 mg/L组,P<0.01).H2-B1基因转染48 h后,当效靶比为100:1时,与对照组细胞毒性14.29%比较,0.5 mg/L基因组细胞毒性为4.28%,提示转染H2-B1基因组PBMC对VEC的毒性作用明显降低(P<0.05).结论 H2-B1基因可能具有免疫调节功能,可降低VEC的免疫原性,抑制PBMC对VEC的杀伤活性,诱导免疫耐受.     

H2-B1基因转染小鼠内皮细胞对其免疫原性的影响

目的 转染pEGFP-N1-H2B1质粒载体至小鼠血管内皮细胞(VEC),观察导入H2-B1基因后VEC免疫原性的变化,探讨借鉴母胎免疫耐受模型诱导心脏移植术后免疫耐受的机制.方法 以未处理的VEC为对照,采用流式细胞仪和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术分别于转染H2-B1基因后24、48、72 h检测质粒转染效率以及H2-B1基因的mRNA相对表达量;将同源小鼠外周血单个核细胞(PBMC)和VEC按100:1和10:1两种不同效靶比混合,观察PBMC对靶细胞杀伤活性的变化.结果 H2-B1基因组H2-B1基因在VEC中的mRNA表达量明显高于对照组(0.5mg/L组,P<0.05;1.0 mg/L组,P<0.01).H2-B1基因转染48 h后,当效靶比为100:1时,与对照组细胞毒性14.29%比较,0.5 mg/L基因组细胞毒性为4.28%,提示转染H2-B1基因组PBMC对VEC的毒性作用明显降低(P<0.05).结论 H2-B1基因可能具有免疫调节功能,可降低VEC的免疫原性,抑制PBMC对VEC的杀伤活性,诱导免疫耐受.     

H2-B1基因转染小鼠内皮细胞对其免疫原性的影响

目的 转染pEGFP-N1-H2B1质粒载体至小鼠血管内皮细胞(VEC),观察导入H2-B1基因后VEC免疫原性的变化,探讨借鉴母胎免疫耐受模型诱导心脏移植术后免疫耐受的机制.方法 以未处理的VEC为对照,采用流式细胞仪和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术分别于转染H2-B1基因后24、48、72 h检测质粒转染效率以及H2-B1基因的mRNA相对表达量;将同源小鼠外周血单个核细胞(PBMC)和VEC按100:1和10:1两种不同效靶比混合,观察PBMC对靶细胞杀伤活性的变化.结果 H2-B1基因组H2-B1基因在VEC中的mRNA表达量明显高于对照组(0.5mg/L组,P<0.05;1.0 mg/L组,P<0.01).H2-B1基因转染48 h后,当效靶比为100:1时,与对照组细胞毒性14.29%比较,0.5 mg/L基因组细胞毒性为4.28%,提示转染H2-B1基因组PBMC对VEC的毒性作用明显降低(P<0.05).结论 H2-B1基因可能具有免疫调节功能,可降低VEC的免疫原性,抑制PBMC对VEC的杀伤活性,诱导免疫耐受.     

膀胱癌关键基因及通路的生物信息学分析

目的:运用生物信息学技术对膀胱癌基因表达谱分析获取差异基因及其相关信号通路。方法:利用生物信息学技术及相关工具对GSE13507、GSE7476、GSE40355、癌症基因图谱计划(TCGA)数据库中膀胱癌基因表达序列数据集行差异表达分析并获取共同差异基因379个,使用STRING数据库、Cytoscape软件获取蛋白...     

骨质疏松症关键基因的筛选及生物信息学分析

目的通过生物信息学的方式筛选骨质疏松症关键基因,并进一步分析其与骨质疏松症的联系及作用机制。 方法从公共基因表达数据库下载基因表达谱数据集,通过R软件筛选差异表达基因并进行功能与通路分析。使用在线工具String构建蛋白质互作网络,导入cytoscape软件筛选关键基因并构建集簇模块。 结果共筛选出1 334个差异表达基因,其中上调基因722个,下调基因612个。GO分析显示功能主要富集在细胞外基质结构成分,信号受体激活剂活性,跨膜转运蛋白结合及细胞因子结合等方面。KEGG通路富集中显示差异基因主要参与PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Rap1信号通路以及Ras信号通路等通路。根据蛋白质互作网络筛选出AKT1、EGF、VEGFA、PROM1、TP53、NES、CD21、SNAI1、FGF13、LIF共十个关键基因,以及一个集簇模块。 结论筛选并分析了关键基因与集簇模块的功能、作用及其与骨质疏松可能存在的联系,为揭示骨质疏松症潜在的的分子机制和药物靶点提供新的思路。     

糖尿病肾病相关基因的生物信息学分析

目的:从基因层面对糖尿病肾病发病机制进行探讨,为糖尿病肾病的诊断及治疗提供新的思路.方法:从NCBI网站的GEO数据库中下载芯片数据,利用BRB-ArrayTools筛选出差异表达基因,运用GATHER及STRING软件对差异表达基因进行GO本体分析,KEGG通路分析及蛋白相互作用网络分析,Cytoscape软件计算节...     

一个低丰度表达胃癌下调新基因的克隆及意义

目的从成功建立的用于筛选胃癌下调新基因的抑制消减杂交cDNA文库中克隆新基因片段,并行马拉松末端扩增;检测新基因在胃癌及正常胃黏膜组织中的表达,分析该基因与胃癌的相关性。方法随机挑选860个阳性克隆测序,寻找新基因片段。RACEcDNA马拉松末端快速扩增。新基因行Northern印记杂交,并在25例胃癌黏膜与正常胃黏膜RNA进行新基因半定量RT-PCR。新基因行生物信息的分析。结果筛选到一233bp的新基因片段(拷贝数1/860),经cDNA末端快速扩增,得到了长度802bp的新基因。命名为GDDM,被国际GenBank收录,收录号:AF494508。它在胃癌中的表达明显下调(GDDM/!-actin36.919±6.290vs4.496±0.637,P<0.01)。染色体定位4q31.1。结论克隆到一胃癌下调低丰度表达新基因GDDM,它可能参与胃癌的发生发展。     

酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析

目的 筛选酒精性肝炎（AH）的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。 方法  采用基因表达综合数据库（GEO）中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）获取关键基因。对筛选的关键基因进行基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）功能富集分析,蛋白质相互作用（PPI）分析,免疫浸润分析,构建信使RNA（mRNA）-微小RNA（miRNA）网络,进行酒精性肝病不同分期的自噬相关关键基因的表达差异分析,并进一步通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（RT-qPCR）在AH患者和小鼠肝脏组织中验证。 结果  本研究筛选得到了11个与AH自噬相关的基因（EEF1A2、CFTR、SOX4、TREM2、CTHRC1、HSPB8、TUBB3、PRKAA2、RNASE1、MTCL1、HGF）,均为上调基因。在AH患者和小鼠肝脏组织中,SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2在AH组中的相对表达量均高于对照组。 结论  SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2可能是AH潜在的生物标志物和治疗靶点。     

应用生物信息学分析筛选肝细胞癌关键基因及表达验证

目的 通过对肝细胞癌关键基因的筛选从而探讨其在肝细胞癌中的临床意义及可能的潜在机制.方法 从GEO数据库中获取肝细胞癌基因芯片,通过GEO2R在线工具及Venn图筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用生物学信息注释数据库(DAVID)进行GO分析和KEGG通路分...     

微囊化猪胰岛的免疫原性研究

目的 经过体外实验,明确微囊化新生猪胰岛样细胞团（ＩＣＣ）的免疫原性。方法 通过胰岛－淋巴细胞混合培养（ＭＬＩＣ）后的淋巴细胞转化试验。以游离的新生猪ＩＣＣ和空微囊为对照,比较微囊ＩＣＣ组与对照组的淋巴细胞转化值。结果 微囊ＩＣＣ组淋巴细胞转化值显著低于游离ＩＣＣ组（Ｐ〈０．０５）,但明显高于空囊组（Ｐ〈０．０５）。结论 微囊包裹后的新生猪ＩＣＣ的免疫原性比游离的新生猪ＩＣＣ的免疫原性显著降低。提     

内皮素A受体拮抗剂BQ123对前列腺癌PC-3M细胞增殖与凋亡的影响

目的:观察内皮素A受体拮抗剂BQ123对转移性前列腺癌(PCa)PC-3M细胞株增殖与凋亡的影响,初步探讨内皮素A受体拮抗剂对转移性PCa细胞的体外抗肿瘤效应。方法:实验分为两组,对照组为PC-3M细胞及含灭活小牛血清的F12/RMPI1640培养液;实验组为PC-3M细胞加入等量的1μmol/LBQ123。采用四甲基偶氮唑蓝(MTT)比色法、划痕损伤实验、细胞迁移实验观察BQ123对人PCaPC-3M细胞株增殖的抑制效应,利用Annexin V-FITC/PI染色和流式细胞术检测BQ123诱导PC-3M细胞凋亡的作用及其与细胞周期的关系。结果:MTT比色法结果显示BQ123随着作用时间的增加,对PC-3M的抑制率分别为24h22.32%、48h44.88%和72h64.47%,表现出良好的时效关系(P<0.05),划痕损伤实验结果提示:实验组PC-3M细胞的迁移距离分别为12h(103.42±75.63)μm、24h(243.75±121.53)μm和48h(422.07±36.01)μm,均低于对照组的12h(162.93±19.87)μm、24h(317.19±43.19)μm和48h(692.74±40.84)μm(P<0.05)。细胞迁移实验中实验组穿入下室的PC-3M细胞为(79.2±9.58)个,亦明显少于对照组的(92.6±5.94)个(P<0.05);Annexin V-FITC/PI双染色法的结果显示对照组PC-3M细胞凋亡率为(9.38±1.37)%,实验组PC-3M细胞凋亡率为(15.03±0.93)%,差异有统计学意义(P<0.05),细胞周期实验的结果显示实验组各期细胞比例与对照组相比差异不显著(P>0.05)。结论:BQ123对PCaPC-3M细胞株的生长、迁移和侵袭能力均有明显的抑制作用,且可以诱导PC-3M细胞凋亡,可为PCa治疗的研究提供一种新的思路。     

BQ123对肺移植早期缺血再灌注损伤保护作用的实验研究

目的　研究内源性内皮素（ Ｅ Ｔ）１ 对肺移植早期缺血再灌注损伤的影响及 Ｅ Ｔ Ａ 受体阻断剂 Ｂ Ｑ１２３ 对其病理过程的保护作用。方法　以家犬（ 保存８ 小时） 左肺移植模型观察缺血再灌注。损伤过程中内源性 Ｅ Ｔ１ 产生及 Ｂ Ｑ１２３ 对其血流动力学、肺功能的作用。结果　 Ｂ Ｑ１２３ 组和对照组的平均动脉压、左房压、中心静脉压及组织形态学差异无显著性; Ｂ Ｑ１２３ 组平均肺动脉压、肺血管阻力指数及血清 Ｅ Ｔ１ 浓度明显低于对照组（ Ｐ ＜ ０ ．０１） ,心脏指数、动脉血氧分压明显高于对照组（ Ｐ ＜ ０ ．０１） ,而动脉二氧化碳分压明显低于对照组（ Ｐ ＜ ０ ．０１） ; Ｂ Ｑ１２３ 组肺组织含水百分比明显低于对照组（ Ｐ ＜０ ．０１） 。结论　 Ｂ Ｑ１２３ 对肺移植早期出现的缺血再灌注损伤具有保护作用。     

BQ123与L-arginine在肝脏缺血再灌注损伤中的作用研究

目的：探讨肝脏缺血再灌注损伤的机制及BQ123或（和）L－arginine能否有效改善肝脏缺血再灌注损伤。方法：在大鼠肝脏缺血再灌注损伤模型基础上,对组织形态学、肝脏酶学、透明质酸、血浆内皮素及免疫组织化学染色情况进行观测。结果：肝脏缺血再灌注损伤时,血肝酶、透明质酶、血浆内皮素水平均显著增高,再灌注前使用BQ123或（和）L-arginine的肝脏,其组织结构及功能损伤均显著减轻。结论：肝脏缺血再灌注损伤与肝脏微循环改善有关,若能在肝脏再灌注前使用BQ123或（和）L－arginine,可有效改善肝脏微循环,从而减轻肝缺血再灌注损伤。     

乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白结合蛋白1基因的克隆及生物信息学分析

目的 克隆乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白(MHBs)结合蛋白1(MBP1)基因,构建其真核表达载体并应用生物信息学技术初步探讨其结构及功能.方法 应用PCR技术从HepG2细胞提取的cDNA扩增MBP1基因,选用pGEM-T载体进行TA克隆,通过PCR及限制性酶切分析及测序进行鉴定,并应用生物信息学初步分析其物理化学性质、蛋白质结构域、功能及染色体定位.结果 成功从HepG2细胞提取并逆转录的cDNA扩增出MBP1基因,其编码区为201个核苷酸(nt),编码产物由66个氨基酸残基(aa)组成,进行GenBank同源序列搜寻发现其与已知基因序列和蛋白序列之间无显著同源性,属于未知功能的新基因,并成功进行TA克隆,经酶切和测序验证正确后亚克隆至pcDNATM3.1/myc-His A真核表达载体,生物信息学分析此基因位于第12号染色体,其编码产物分子量为16645.7,理论 pI为 5.33,半衰期为4.4 h(体外哺乳类网状细胞),属于不稳定蛋白,疏水指数较高,含潜在的2个螺旋区域和1个β折叠,预测其可能包含2个蛋白激酶C磷酸化作用位点、2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点和2个N-豆蔻酰化位点并推测其可能具有不紧密的球蛋白结构,具有信号肽及2个跨膜结构域.结论 发现并成功克隆了乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白结合蛋白1(MBP1)基因,为以后研究此基因的生物学功能及其在HBV损害肝细胞等方面的具体作用提供了新线索.     

1700001O22RIK基因在小鼠睾丸的特异表达及生物信息学分析

目的:研究1700001O22RIK(RIKEN c DNA 1700001O22)基因在小鼠睾丸的表达特征,结合生物信息学分析初步探讨其功能。方法:通过分析小鼠基因表达谱芯片,发现1700001O22RIK基因特异性表达于睾丸组织。采用RT-PCR、实时PCR、Western印迹及免疫组化等方法分析该基因在成年C57BL/6J小鼠各组织中的表达特征,以及不同发育阶段小鼠的睾丸组织中的表达变化。利用生物信息学软件对该基因进行相关生物信息学分析。结果:1700001O22RIK基因在小鼠睾丸组织中呈现特异性表达,表达水平具有年龄依赖性,在成年期表达最强;1700001O22RIK蛋白在成年小鼠睾丸组织中主要定位于精原细胞、精母细胞及圆形精子细胞。经生物信息学分析,1700001O22RIK基因编码蛋白氨基酸序列在人和小鼠具有高度同源性,提示该基因在哺乳动物进化过程中十分保守。结论:1700001O22RIK属于睾丸特异性基因,主要表达于生精小管的精原细胞、精母细胞及圆形精子细胞,提示其可能参与精子发生的调节。     

基于文献挖掘的增生性瘢痕相关基因的生物信息学分析

目的 比较增生性瘢痕(hypertrophic scar,HS)与正常皮肤的基因表达差异,从分子水平揭示HS的发病机制,为其临床防治提供新思路.方法 利用PubMed公共数据库文献挖掘HS与正常皮肤的差异表达基因,确定HS相关基因,并进行蛋白-蛋白相互作用网络、生物学通路、GeneOntology(基因本体)和功能注释聚类等生物信息学分析.结果 筛选HS相关基因55个(上调基因46个,下调基因9个).51个基因构成蛋白-蛋白相互作用网络,其中上调基因TGFB1、FN1、JUN、COL1A1、CTGF、VEGFA、FOS、COL3A1、IGF1、IL4、PELO、SMAD2、TIMP1、PCNA、ITGA4和下调基因ITGB1和DCN为此网络中心节点.HS相关基因参与黏着斑形成、整合素信号转导和肿瘤相关等生物学通路.并在细胞表面受体介导和胞内信号转导、组织发育与形态发生、细胞凋亡与增殖、大分子合成与代谢等生物过程,钙离子结合、双链DNA结合、启动子结合、肝素结合和促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)激活等分子功能中起着重要作用.功能注释聚类显示,HS相关基因多与表皮组织发育,血管生成,以及细胞凋亡调控有关.结论 TGFB1、FN1、JUN等关键基因,以及表皮组织发育,血管生成,以及细胞外基质-整合素-黏着斑相关的生物学通路、生物学过程和分子功能在HS的发生发展中可能起着重要作用,对其进一步分析有利于揭示HS的发病机制,并为临床治疗提供新的靶点.     

1700008O03Rik基因在小鼠睾丸中的表达特征及生物信息学分析

目的:研究1700008O03Rik(RIKEN cDNA 1700008O03)基因在B6小鼠睾丸中从出生到性成熟过程的表达特征,并初步探讨其参与调控小鼠精子发生的作用。方法:小鼠基因表达谱芯片筛选得到睾丸特异性基因1700008O03Rik,本研究采用反转录PCR、实时定量PCR、Western印迹、免疫组化及免疫荧光等实验方法,检测1700008O03Rik基因在小鼠睾丸发育中的表达特征,并用生物信息学方法作相关分析。结果:1700008O03Rik基因在小鼠睾丸中高表达,且呈鼠龄依赖性增加;免疫组化结果表明其主要表达于长形精子胞浆。生物信息学分析结果显示人和小鼠的1700008O03Rik蛋白序列高度同源,进化树分析结果表明从低等哺乳动物到高等哺乳动物1700008O03Rik蛋白均高度保守。结论:1700008O03Rik为小鼠睾丸高表达基因,且主要表达于长形精子胞浆,其可能参与调控小鼠精子的成熟过程。     

人脑胶质瘤中全长新基因PPIL3的获得及染色体定位和表达谱分析

目的运用基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因，并对其中一条基因进行研究。方法抽提正常成人脑组织与人脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针，经杂交、洗涤后，通过计算机观察两者表达谱的差异情况，对6811705克隆子进行Northern blot，逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR），染色体定位和生物信息学分析。结果通过4次基因芯片筛选，获得15条与胶质瘤相关的新基因，经Northern blot证实6811705基因在人正常脑组织中低表达，而在人脑胶质瘤中高表达。PPIL3基因位于染色体2q33区段的STS marker stSG2762和SHGC-3074之间。BLASTn和BLASTx分析显示，它们编码蛋白与线虫Cyp-10蛋白同源性分别为52％和72％。cDNA序列分析发现这两上克隆是同一个基因[命名为eyelophilin-like gene（PPIL3）]的两个不同的剪切体（PPIL3a和PPIL3b）。结论基因芯片筛选正常脑组织与人脑胶质瘤差异表达的基因具有样品用量少，高质量，高速度，高敏感等特性。6811705基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。