应用SELDI-TOF-MS技术初步建立结直肠癌分类树模型

目的:分析结直肠癌期患者血清蛋白质组变化, 初步建立结直肠癌期分类树模型.方法:将335例血清样本(其中结直肠癌患者169例, 健康人166例)随机分为训练组和测试组, 将血清样本加至IMAC30-Cu2+蛋白芯片,利用SELDI-TOF-MS得到血清蛋白质谱, 利用Biomarker Wizard软件进行蛋白峰值鉴定和聚类. 利用Biomarker Pattern以训练组建立由1个差异蛋白组成的结直肠癌期分类树模型, 以测试组进行独立样本的双盲验证. 另外, 应用电化学发光免疫测定法检测测试组血清样本CEA.结果:软件识别了59个质峰, 其中由质荷比为5765的蛋白构成的分类树模型可以有效鉴别结直肠癌患者与正常人, 灵敏度和特异度分别是98.81%及100.00%, 经双盲验证其灵敏度,特异度及阳性预测值分别是97.65%, 98.80%及98.81%. CEA的灵敏度及特异度低于SELDI分类树模型( P<0.05).结论:SELDI-TOF-MS检测得到的血清蛋白质组分类树模型可以准确的鉴别结直肠癌患者与正常人, 对结直肠癌的筛查有重要的意义.     

遗传性非息肉病性结直肠癌血清的蛋白质组学

目的:研究遗传性非息肉病性结直肠癌(HNPCC)与散发性结直肠癌患者术前血清蛋白质的表达差异,以期发现可用于HNPCC诊断的生物学指标.方法:应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术结合蛋白质芯片分别检测20例HNPCC和25例散发性结直肠癌患者术前血清蛋白质组分.将获得的蛋白质谱采用美国C...     

SELDI-TOF-MS联合蛋白质组学实验数据库对结直肠癌血清标志物的鉴定

目的:探讨表面增强激光解析离子化飞行时间质谱仪(SELDI-TOF-MS)联合蛋白质组学实验数据库方法研究结直肠癌患者血清标志物的可行性.方法:应用SELDI-TOF-MS对169例结直肠癌患者与83例正常人血清进行了蛋白质谱检测.通过Biomarker WizardTM与BiomarkerPatternsTM软件分析发现差异蛋白,建立结直肠癌诊断模型;用蛋白质组学实验数据库检索鉴定出有意义的差异蛋白,并用ELISA法对结直肠癌患者及正常人血清样本中差异蛋白表达进行验证.结果:发现34种差异蛋白,以质荷比(m/z)为2873,3163,6121,7778的4种差异蛋白组成的分类树诊断模型.在学习模式下其诊断结直肠癌的灵敏度为91.57%,特异度为90.53%:在测试模式下分别为82.25%.80.72%.其中m/z为7778的蛋白峰强度在结直肠癌患者血清中明显高于正常人(p<0.01),数据库检索结果提示该蛋白为血小板因子4(PF4).ELISA法测定结直肠癌患者血清PF4水平显著高于正常人(p<0.01),其灵敏度及特异度分别为61.1%,76.9%.结论:SELDI-TOF-MS联合蛋白质组学实验数据库的方法简便可行.可为蛋白芯片研究提供新思路;PF4(m/z=7778)在结直肠癌患者血清中明显升高,是结直肠癌患者新的血清学标志物.     

应用SELDI-TOF-MS技术建立肝癌筛选血清蛋白质指纹图谱模型

目的:建立肝癌筛选血清蛋白质指纹图谱模型．方法:用表面加强激光解析电离飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)及WCX2蛋白芯片获得新发肝癌、肝硬化患者和正常人血清的蛋白质指纹图谱,用计算机软件进行比较分析,建立肝癌的筛选模型．结果:肝癌患者与健康对照组血清蛋白质指纹图谱之间有5个标志蛋白(4477,8943,5181, 8617,13 761 Da)在肝癌患者血清中高表达,肝癌患者与肝硬化患者血清蛋白质指纹图谱之间2个标志蛋白(4477,13 761 Da)在肝癌患者血清中高表达,1个标志蛋白(4097 Da)在肝癌患者血清中低表达．SELDI-TOF-MS技术的特异性(60／60,100％);敏感度(18／20,90％)．分析系统筛选出4477,8943,13 761,4097 Da标志蛋白建立的肝癌诊断模型．结论:建立的血清蛋白质指纹图谱模型能够区分肝癌与非肝癌患者,SELDI-TOF-MS在肝癌的诊断及肿瘤特异性蛋白质生物标志分子的筛选等方面具有一定价值．     

WCX磁珠联合MALDI-TOF-MS技术在结直肠癌诊断中的应用

目的:比较结直肠癌与正常人血清蛋白质谱的变化,筛选特异性蛋白标志物,建立结直肠癌诊断分类树模型.方法:收集血清样本133例(其中结直肠癌67例,正常人66例),随机分为建模组和验证组.运用弱阳离子纳米磁珠(magnetic bead-weak cation exchange,MB-WCX)联合基质辅助激光解吸离子飞行质谱(matrix-assistedlaser desorption/ionization time-of-flight massspectrometry,MALDI-TOF-MS),建立结直肠癌与正常人血清蛋白质谱.用Flex Analysis2.4软件收集数据,应用ClinproTools2.2软件对建模组34例结直肠癌和33例正常人血清差异蛋白质谱进行定量分析,应用Genetic Algorithm算法建立结直肠癌诊断模型,应用所获取的诊断模型对验证组样本(33例结直肠癌和33例正常人)进行分类诊断,以评价诊断模型的诊断价值.结果:通过比较分析结直肠癌与正常人血清蛋白质谱,发现共有33个差异蛋白峰(P<0.05),其中在结直肠癌中表达上调25个,表达下调8个.利用其中5个差异峰(Mr分别为759,3316,4645,4248,2645Dr)建立诊断模型,获得了94.12%(32/34)敏感性和96.97%(32/33)的特异性,经独立样本双盲验证,其灵敏度为93.94%(31/33),特异度为96.97%(32/33).结论:基于磁珠分离和MALDI-TOF-MS技术能直接检测出结直肠癌患者血清差异表达蛋白,建立的诊断模型具有较高的敏感性和特异性,对提高结直肠癌的诊断具有一定的临床意义.     

结直肠癌与其他恶性肿瘤血清低分子差异蛋白的比较

目的:通过结直肠癌与其他常见恶性肿瘤血清低分子差异蛋白的分析,探讨其对结直肠癌的诊断特异性.方法:收集结直肠癌(68例)、其他恶性肿瘤(乳腺癌、胃癌、食管癌、肝癌、肺癌及肾癌各25例)血清标本共218份,应用表面增强激光解吸/电离-飞行时间-质谱检测其蛋白质指纹谱.用Biomarker Wizard软件分析结直肠癌与其他恶性肿瘤患者血清中的低分子差异蛋白后,分别作出受试者工作特征(ROC)诊断曲线.再选取ROC曲线下面积(AUC)>0.8的蛋白,建立Fisher判别模型.结果:结直肠癌与其他恶性肿瘤相比,血清中有12种蛋白相对高表达,102种蛋白相对低表达.ROC曲线显示,有75种蛋白AUC>0.5,其中8911、8919、8964、11726、14049、14139 M/Z的蛋白AUC>0.8.用这6种蛋白建立的Fisher判别模型,鉴别结直肠癌的敏感性88.2%,特异性93.3%,准确率91.7%.结论:结直肠癌与其他恶性肿瘤相比,血清中存在明显差异表达的低分子蛋白,对结直肠癌具有诊断特异性,值得进一步研究.     

SELDI-TOF-MS技术在结直肠腺瘤血清蛋白质指纹图谱筛查模型建立中的应用

目的应用表面增强激光解吸/离子化飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术建立结直肠腺瘤（CRA）患者血清蛋白质指纹图谱筛查模型。方法随机选取CRA 42例、结直肠良性疾病（CBD）36例及正常人（HC）44例的血清标本组成建模组,应用SELDI-TOF-MS检测其蛋白质指纹谱,采用Biomarker Wizard及Biomarker Patterns软件分析建模组中各类人群血清中的差异蛋白后,建立CRA筛查最优分类树模型;另随机抽取血清标本70例（CRA及CBD各20例、HC 30例）组成测试组,盲法验证该模型对CRA的筛查效能。结果成功建立了结直肠腺瘤筛查分类树模型。测试模式下,该模型的诊断准确率87.70%、灵敏度71.43%、总特异度96.25%、阳性预测值90.91%。盲法验证该模型诊断准确率88.57%,灵敏度60.0%,总特异度100.0%,阳性预测值100.0%。结论应用SELDI-TOF-MS技术成功建立了CRA筛查模型,该模型敏感性与特异性较高。     

分类树模型法分析重症患者急性肾损伤的相关影响因素

目的利用分类树模型法分析重症患者急性肾损伤的相关影响因素,为临床预防急性肾损伤提供参考依据。方法选取2012-03~2014-01该院重症医学科住院的314例患者为研究对象。记录患者的相关临床资料,采用Exhaustive CHAID分类树模型法分析重症患者出现急性肾损伤的主要影响因素。结果分类树模型从34个候选变量中筛选出4个重要解释变量,分别是格拉斯哥昏迷评分、休克、使用羟乙基淀粉和血糖。结论采用分类树模型分析重症患者急性肾损伤主要相关影响因素是可行的。格拉斯哥昏迷评分、休克和血糖升高是重症患者急性肾损伤发生的危险因素。     

应用表面增强激光解析电离-飞行时间质谱对结肠癌组织蛋白质的初步分析

[目的]检测结肠癌组织与正常结肠黏膜组织中差异蛋白质的表达,寻找与结肠癌相关的肿瘤标记物.[方法]采用表面增强激光解析电离-飞行时间质谱仪（SELDI-TOF MS）对42例结肠癌组织及其配对的正常结肠黏膜组织进行蛋白质指纹图谱检测.[结果]结肠癌与正常对照共有38种蛋白质质谱峰强度差异有统计学意义（P＜0.01）,有分类意义的蛋白质有7种,质核比（M/Z）为M1678.47、M2182.19 、M3358.44的蛋白质在大肠癌组织中低表达,M/Z为M1688.43、M2718.72、M3241.60、M3893.13的蛋白质在大肠癌组织中高表达.[结论]利用SELDI-TOF MS技术筛选出的具有分类意义的7种蛋白质,有可能成为大肠癌诊断及预后判断的一组生物学指标.     

慢性阻塞性肺疾病的血清蛋白质组学研究

目的 利用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(surface-enhanced laser desorption ionizationtime-of-flight mass spectrometrv,SELDI-TOF-MS)技术研究慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)血清蛋白质指纹图谱.方法 应用SELDI-TOF-MS技术检测30例COPD患者和18名健康人血清蛋白质质谱,筛选出COPD血清差异蛋白.结果 COPD患者血清蛋白图谱与对照组相比,存在25个差异表达蛋白(P<0.05),包括9个高表达蛋白,其中质荷比为2 152、3 287、3 533、3 614、4 924、5 887、6 729的7个蛋白质其含量由对照组、COPD稳定期、COPD急性加重期依次升高(P<0.05);16个低表达蛋白,其中质荷比为4 313、4 380、8 634、8 765、8 842、13 878、14 086的7个蛋白质其含量由对照组、COPD稳定期、COPD急性加蕈期依次升高(P<0.05).经蛋白质数据库搜索,初步确立特定相对分子质量所对应的蛋白.结论 SELDI-TOF-MS技术为研究COPD提供了可行的技术平台,COPD患者血清和对照组血清中存在明显差异蛋白,这些差异蛋白可能与COPD的发生发展密切相关.     

2型糖尿病肾病尿液蛋白质谱及诊断决策树模型的建立

收集72例2型糖尿病肾病患者、33例2型糖尿病不伴肾病患者和29例正常人晨尿上清，采用铜离子螯合表面芯片（IMAC3-Cu^2＋），经表面加强激光解吸电离-飞行时间质谱测定得到蛋白质指纹图谱。建立了诊断决策树模型。糖尿病肾病组与非糖尿病肾病组相比较，17个蛋白峰强度相差2倍以上且有统计学意义（P〈0．01），其中4个蛋白建立了DN诊断模型，盲法验证该模型敏感性86．67％（26／30），特异性85．00％（17／20）。     

应用SELDI-TOF-MS技术建立SLE患者血清蛋白质指纹图谱筛选模型

目的筛选系统性红斑狼疮（SLE）血清蛋白质指纹图谱模型,并探讨其意义。方法用表面加强激光解析电离飞行时间质谱（SEIDI-TOF-MS）技术获得SLE、类风湿关节炎患者（RA组）、健康人群（对照组）血清中的蛋白质谱,用计算机软件比较分析,建立SLE血清蛋白质指纹图谱筛选模型,并验证该模型诊断SLE的灵敏度和特异性。结果SLE组与非SLE组共有11种蛋白质表达有显著性差异;以其中4个蛋白质生物标志物（5 739 Da、10 832 Da、4 650 Da、15 797 Da）组建的筛选模型,经双盲法验证其灵敏度为84.4%,特异性为90.3%。结论应用SEIDI-TOF-MS技术建立的血清蛋白质指纹图谱模型在SLE的早期诊断中具有一定价值。     

SRXN1在老年结直肠癌中的功能分析及其相互作用蛋白的初步研究

目的 分析SRXN1 (sulfiredoxin 1,SRXN1)在老年结直肠癌(colorectal cancer,CRC)患者中的功能,筛选与其相互作用的蛋白。方法 利用生信网站,对老年CRC患者中SRXN1的表达情况和SRXN1与肿瘤信号通路的相关性进行分析。采用免疫共沉淀及质谱分析方法,鉴定SRXN1在CRC细胞中的相互作用蛋白。结果 生信分析发现老年CRC患者中SRXN1的mRNA水平升高(61~80岁,P=1.62E-12;81~100岁,P=1.72E-05),并且与预后不良密切相关。SRXN1在CRC中与多种肿瘤信号通路存在相关性。采用质谱分析筛选出可能与SRXN1相结合的新的蛋白75个,其中7个为CTLH (carboxy-terminal to LisH) E3泛素连接酶复合体的构成亚基。结论 SRXN1在老年患者CRC发生发展中发挥重要作用,可能是潜在的抗肿瘤分子靶标,并且可能与CTLH复合物存在较为紧密的功能联系。本研究为进一步阐明SRXN1在CRC中的功能提供参考,为老年CRC患者的靶向治疗提供科学依据。     

SELDI技术应用于肿瘤疗效监测的初步研究

目的应用表面增强的激光解吸电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术对卵巢癌及喉癌患者治疗前后血清进行疗效相关标志分子的筛选,评价此技术在肿瘤疗效监测方面的可行性。方法应用SELDI-TOF-MS技术分别对20例卵巢癌患者化疗前后及51例喉癌患者手术前后血清蛋白质指纹图谱进行分析,用Biomarker WizaM软件对结果进行统计学分析。结果卵巢癌患者化疗后血清中质荷比（m／z）4475的蛋白峰（14／20）较化疗前表达增高;喉癌患者术前血清高表达m／z13741蛋白峰,术后21例患者该蛋白表达降低,其中11例（11／21）术后m／z13741、m／z5192和m／z15100的蛋白峰表达均较术前显著下降（P〈0．01）。结论SELDI-TOF-MS技术能灵敏的检测肿瘤患者手术及化疗前后血清中的差异蛋白峰。该技术的微创、灵敏、微量等特点将可能在肿瘤疗效监测及肿瘤的个体化治疗研究中具有较好的应用前景。     

两种蛋白芯片筛选血清蛋白标志物的对比分析

目的 从CM10、IMAC3-Cu这两种芯片中选择适合应用于血清蛋白质指纹图谱研究的芯片种类.方法 选择慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者和健康人血清各13例,采用CM10、IMAC3-Cu两种蛋白芯片,经SELDI-TOF-MS技术对样本进行检测比较.结果 在2000-50000Da范围内,CM10和IMAC3-Cu芯片在各实验组捕获的有效蛋白峰数的差异均有统计学意义(P＜0.05).结论 CM10能得到更多慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者和健康人的有意义的蛋白峰值,能更好的应用于血清蛋白组学的实验研究.     

体外同期放疗 化疗抵抗结直肠癌细胞模型的建立及其mRNA表达谱的变化探讨

目的构建体外同期放疗、化疗抵抗结直肠癌细胞模型,探讨其mRNA表达谱的变化。方法模拟临床高剂量疗法获到HCT116同期放疗、化疗后残癌细胞株(HCT116 colorectal cancer radiation resistance cell,HCT116 CRR),应用mRNA芯片比较模型细胞与其野生型细胞的mRNA表达谱的变化情况,初步筛选与结直肠癌同期放疗、化疗抵抗相关的mRNA。结果成功构建HCT116 CRR细胞株,与野生型HCT116细胞相比,mRNA芯片共检测出变化差异在2倍以上的mRNA共3832条(13.88%)。其中,2倍以上上调的共1847条;2倍以上下调的共1985条;10倍以上上调的共35条;10倍以上下调的共50条。结论与其野生型HCT116细胞相比,HCT116 CRR细胞株的mRNA表达谱发生显著变化,差异性表达的mRNA可能参与了结直肠癌放疗、化疗抵抗产生的分子调节过程。     

大鼠胰腺上皮内瘤变和胰腺癌模型血清蛋白质谱的差异表达

目的:利用表面增强激光解析离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF MS)技术,分析由7,12-二甲基苯并蒽(DMBA)诱导建立的大鼠胰腺上皮内瘤变(PanIN)和胰腺癌(PC)模型血清蛋白质谱的差异表达.方法:40只♂清洁级SD大鼠为模型组,DMBA胰腺局部种植建立PanIN和PC模型,根据PanIN标准进行病理学分级.26只♂清洁级SD大鼠为正常对照组.采用SELDI-TOF MS和铜离子鳌合芯片(IMAC-Cu2 芯片)检测大鼠血清蛋白质谱, Biomarker Wizard 3.0软件分析比较对照组、PanIN组和PC组之间的差异表达蛋白.结果:DMBA胰腺局部种植后共获得PC 11例,PanIN 18例.与对照组比较, PanIN组和PC组表达强度显著上调(P<0.001)的蛋白质峰有19个,显著下调(P<0.001)的蛋白质峰有11个;其中质荷比分别为5835.2、4087.3、4786.5、4800.5、3932.2、5765.9、5924.8、5001.9、3913.7的9个蛋白质峰表达强度在对照组、PanIN组和PC组呈逐级递增趋势, 质荷比分别为1096.9、1478.9、8572.9、1007.1的4个蛋白质峰表达强度呈逐级递减趋势.结论:与正常大鼠比较,PanIN和PC模型大鼠血清蛋白质谱表达发生显著变化,这些差异表达蛋白质在胰腺癌中的作用值得进一步深入研究.     

COMPASS-CAT风险评估模型对结直肠癌患者静脉血栓栓塞症的风险预测价值

目的 探讨COMPASS-CAT风险评估模型以及新预测模型对结直肠癌患者静脉血栓栓塞症(venous thromboembolism, VTE)的风险预测价值。方法 收集2019年9月至2021年6月在苏北人民医院肿瘤科住院治疗的结直肠癌患者,其中被确诊为VTE的71例患者作为VTE组,并选择同期入院的142例非VTE患者作为非VTE组。依据COMPASS-CAT评估模型对两组患者进行评分和危险度分级,比较两组患者的一般临床资料、评分情况等,采用Logistic回归模型分析影响VTE发生的危险因素,并尝试构建一种更为有效的预测模型用于临床。结果 VTE组在血红蛋白≥100 g/L、肠梗阻病史、D-二聚体≥0.55 mg/L、COMPASS-CAT评分≥7分的比例均高于非VTE组,差异有统计学意义(P<0.05)。多因素分析显示：D-二聚体≥0.55 mg/L和COMPASS-CAT评分≥7分均是影响VTE发生的高风险因素(P<0.05)。在COMPASS-CAT预测模型基础上,纳入D-二聚体≥0.55 mg/L构建新的预测模型。COMPASS-CAT模型和新构建的COMPA...