基于网络药理学探究当归补血汤治疗肺纤维化的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接研究当归补血汤治疗肺纤维化的有效成分及其作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索当归补血汤的活性成分及其对应靶点,分别运用GeneCards数据库和DisGeNET数据库搜索肺纤维化相关靶点,将药物有效分成分和疾病靶点取交集得到核心靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-成分-疾病-靶点网络,使用R语言ClusteProfiler程序包对核心靶点分别行GO富集分析和KEGG通路富集分析,对KEGG通路构建药物-成分-靶点-通路图,用Autodock Vina对核心靶点和药物活性成分行分子对接验证,预测二者之间的相互作用。结果：获得当归补血汤中22种有效活性成分,115个潜在靶点,其中与肺纤维化密切相关的重要成分为β-谷甾醇和槲皮素,核心靶点BCL2、CHRM3、PLAU、HSP90AA1和PRKCA,通过GO功能富集分析和KEGG代谢通路富集分析发现,这些核心靶点主要参与PI3K-Akt信号通路等。通过分子对接验证表明部分活性成分与核心靶点之间具有良好的结合性。结论：系统阐述了当归补血汤治疗肺纤维化的潜在药理机制,...     

基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病中的作用

目的 基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法 用TCMSP数据库筛选人参的有效成分和其对应的靶点,并用Cytoscape-v3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络。用OMMI数据库和GeneCards数据库筛选DN的疾病靶点,并与人参有效成分对应的靶点取交集靶点。将交集靶点分别输入STRING和DAVID数据库构建PPI网络、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后将筛选得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 筛选得到人参的有效成分22种,对应的靶点116个,其中作用于DN的靶点63个;药物-成分-靶点网络显示,人参的核心成分有山奈酚和β-谷甾醇;PPI网络发现人参治疗DN的核心靶点为PTGS2、IL-1β、TNF-α、AKT1、PPARG、CASP3、NOS3和NFKBIA;GO生物功能富集分析得到生物过程(BP)条目377个,细胞组分(CC)条目42个,分子功能(MF)条目62个;KEGG通路富集分析得到135条通路,主要包括脂质与动脉粥样硬化、弓形虫、癌症信号通路和AGE-RAGE信号通路等。分子对接发现山萘酚与PTGS2、IL-1β、...     

六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变网络药理学与分子对接分析

目的 基于网络药理学研究六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy,DR)的潜在机制并利用分子对接进行验证。方法 通过TCMSP数据库平台筛选六味地黄丸的有效成分以及相关靶点,通过疾病数据库(GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库)获取DR相关靶标并预测六味地黄丸治疗DR的潜在靶点。通过STRING网站和Cytoscape3.7.2软件绘制“复方活性成分-交集靶点”网络结构,同时建立PPI网络模型并找到关键靶点。对六味地黄丸治疗DR的靶标进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后采用AutoDock软件实现分子对接。结果 (1)获得六味地黄丸活性成分69个,有效成分靶点蛋白203个,DR相关基因3326个,交集靶点121个,核心靶标13个。(2)与DR治疗相关的生物学进程(biological process,BP)包括对脂多糖、氧化应激、化学应激的反应等,KEGG富集分析提示关键的通路涵盖AGE-RAGE、PI3K-Akt、HIF-1信号通路等。(3)分子对接显示槲皮素、薯蓣皂苷、山柰酚、β...     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.     

基于网络药理学和分子对接探讨土茯苓-车前子干预尿酸性肾病作用机制

目的 通过网络药理学方法和分子对接研究土茯苓-车前子干预尿酸性肾病的可能机制。方法 使用TCMSP数据库筛选土茯苓-车前子化学成分及作用靶点,利用GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选尿酸性肾病相关靶点,获取药物-疾病交集靶点,利用STRING11.0数据库构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分-靶点网络,利用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用AMDock1.0软件对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得土茯苓活性成分15个,车前子9个,活性成分与尿酸性肾病交集靶点59个,核心靶点有IL6、TNF、PPARG、TP53等。GO功能分析得到生物过程238个,细胞组分39个,分子功能46个;KEGG通路富集分析得到84条通路,包括AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路等。分子对接结果显示,主要活性成分与核心靶点之间有较强亲和力。结论 土茯苓-车前子干预尿酸性肾病与调节肝、肾细胞相关细胞因子,激活AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路,影响肝、肾细胞生物活性有关。     

基于网络药理学及分子对接技术分析艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接技术对艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制进行初步探讨。方法：从TCMSP 及TCM Database@Taiwan 数据库中收集和分析艾迪注射液的有效化学成分，在TCMSP 和Swiss Target Prediction 网站预测作用靶点，在GeneCards、DisGeNET、OMIM 和TTD 数据库中检索鼻咽癌的相关靶点。绘制艾迪注射液治疗鼻咽癌的活性成分—靶点网络图，运用拓扑学方法筛选其核心化学成分。将二者交集靶点在STRING 数据库和Metascape 数据库分别进行蛋白质互作分析、GO 富集及KEGG 富集分析。最后运用Auto Dock软件对核心活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果：经筛选整理得到艾迪注射液有63 种活性成分和对应的852 个靶点，鼻咽癌有1989 个潜在靶点，其中二者共同靶点有308 个。应用GO 数据库功能富集分析得到310 个GO条目,应用KEGG 数据库富集筛选得到198 条有关通路，其中包含PI3K/AKT 信号通路、HIF-1α信号通路、TNF 信号通路等已报道与鼻咽癌相关的通路。分子对接结果显示，艾迪注射液的核心化学成分（quercetin、kaempferol、isorhamnetin、7-O-methylisomucronulatol 及Jaranol）对SRC、STAT3、MAPK1、PIK3R1 及RELA 蛋白具有良好的亲和力。结论：对艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制进行了初步探索，并对其药效物质基础进行了预测，为进一步明确艾迪注射液治疗鼻咽癌的有效成分和作用机制提供依据。     

基于网络药理学研究抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变的潜在机制

目的 利用网络药理学及分子对接技术分析抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变的作用机制。方法通过TCMSP、HERB数据库筛选出抵当芪桂汤的有效成分;使用UniProt数据库下载相关基因靶点。通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGKB、DrugBank数据库筛选出糖尿病周围神经病变的基因靶点;取抵当芪桂汤药物成分与糖尿病周围神经病变的交集靶点,根据交集靶点进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）代谢通路分析;通过分子对接实验进行验证。结果 筛选得到抵当芪桂汤有效化合物123个,药物与疾病的交集靶点214个,通过网络图分析得到抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变有效药物成分为槲皮素（quercetin）、熊果酸（ursolic acid）、D-甘露醇（D-mannitol）、山柰酚（kaempferol）等,有效基因靶点为SRC、STAT3、MAPK3、PIK3CA、MAPK1和AKT1等,主要涉及通路为PI3K-AKT信号通路、脂质和动脉粥样硬化、MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症、内分泌抵抗、HIF-1信号通路等;分子对接结果表明：槲...     

基于网络药理学和分子对接技术的理中汤治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨理中汤治疗腹泻型肠易激综合征（IBS-D）的潜在分子机制。方法 通过TCMSP数据库获取理中汤主要化学成分及其作用靶标,从GeneCards数据库获取IBS-D疾病靶标,采用R软件处理疾病症与理中汤有效成分靶标,绘制韦恩图。通过Cytoscape 3.7.1软件联合STRING数据库构建蛋白互作（PPI）网络,对交集靶标进行GO和KEGG富集分析,使用Vina软件对核心靶标及有效成分进用分子对接验证。结果 筛选得出药物疾病共同靶点155个,通过PPI网络的拓扑分析出度值前五的靶蛋白c-Jun氨基末端激酶（JUN）、信号传导及转录激活蛋白3(STAT3)、雌激素受体1(ESR1)、蛋白激酶1(AKT1)和白细胞介素（IL）-1β;GO和KEGG通路富集分析表明,理中汤可能作用于IL-17、癌症相关、糖尿病并发症中AGE-RAGE、动脉粥样硬化、TNF等相关信号通路,可通过减少病理损伤、炎症和氧化应激反应,从而减轻IBS-D。分子对接显示,活性化合物与筛选出的靶标之间具有良好的结合能力。结论 理中汤通过多成分、多靶点、多途径的相互作用,以及调节炎症反应...     

基于网络药理学与分子对接的蒺藜皂苷D抗肺纤维化的作用机制研究*

目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。     

基于网络药理学研究金银花在盆腔炎性疾病中的作用机制

目的：通过网络药理学方法研究金银花对于盆腔炎性疾病的有效活性成分、靶点和潜在分子机制。方法：TCMSP数据库筛选金银花的活性成分及作用靶点,GeneCards数据库检索出盆腔炎性疾病靶点,通过Drugbank和Uniprot数据库将靶点标准化后取交集;Cytoscape 3.9.0构建药物—成分—靶点网络,交集基因建立蛋白质相互作用网络,利用MCODE和Metascape数据库分析核心靶点基因,通过Metascape数据库对相关靶点GO生物富集分析和KEGG通路分析,体外测金银花对金黄色葡萄球菌的最小抑菌浓度。结果：筛选到金银花119个有效靶点和盆腔炎性疾病相关的疾病靶点1 038个,两者共同靶点有62个;PPI网络中核心基因有APP、NTRK1、TP53、EGFR、ESR1。GO富集分析主要涉及丝氨酸水解酶活性、磷酸酶的结合、丝氨酸肽链内切酶活性、蛋白酶结合;KEGG通路富集分析结果显示,共同靶点可通过细胞流体切应力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE细胞传导通路和IL-17细胞传导通路等多条信号通路发挥作用;体外抑菌实验表明金银花在6.25 mg/mL及以上浓度对金黄色葡萄球菌具有明显...     

基于数据挖掘和网络药理学研究中药免疫增强剂的作用机制及用药规律

目的 采用数据挖掘的方法探究复方专利处方中用于增强免疫力的中药配伍规律,并运用网络药理学、分子对接技术分析其中核心药物的潜在作用机制。方法 挖掘国家知识产权局中药增强免疫力的复方专利数据,进行中药频次、关联规则以及复杂网络分析,并筛选出核心药物。利用TCMSP平台筛选核心药物活性成分并进行靶点预测,于疾病数据库OMIM、DrugBank、GeneCards、Uniprot筛选免疫力相关靶点,获取核心中药与免疫力的交集靶点;对交集靶点进行蛋白互作(PPI)分析和基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用分子对接技术对药物活性成分、关键靶点进行验证。结果 分析中药复方专利得出5味核心药物：黄芪、人参、枸杞子、茯苓、当归,有效活性成分对应靶点214个,1 784个免疫力相关靶点,交集靶点55个,关键作用靶点有RELA、TNF、TP53、IL-6。GO分析结果显示主要调控对细菌起源分子的反应、对脂多糖的反应、对生物刺激的反应等。KEGG通路160条,主要涉及脂质与动脉粥样硬化、南美洲锥虫病、TNF信号通路、癌症通路等多条信号通路。分子对接结果显示,槲皮素、山柰...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Batman-TCM数据库检索大补肾汤中的活性成分及对应靶点，通过DrugBank、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、GeneCards、PharmGkb和TTD数据库检索DN相关靶点；借助Cytoscape 3.7.2构建“中药-成分-靶点”网络图；运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；使用DAVID数据库将获取的核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；采用PyMol和AutoDock软件进行分子对接验证。结果 大补肾汤共筛选出活性成分124个，对应靶点238个；DN相关靶点740个，大补肾汤与DN疾病靶点映射共获取83个交集靶点，拓扑分析得到关键靶点24个。富集分析结果显示，涉及74个生物功能，46个细胞功能，92个分子功能；干预流体剪切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、脂质和动脉粥样硬化、癌症等...     

基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP和已发表文献筛选苓桂术甘汤方有效活性成分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(GeneMap)、DisGeNET数据库、人类基因数据库(Gencards)以及DrugBank数据库检索PCOS的靶点。利用Venny 2.1.0在线平台获取药物疾病交集靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-潜在靶点”网络图。通过STRING数据库构建PPI网络图。依托DAVID数据库对药物疾病交集靶点进行KEGG富集分析和GO的生物功能分析。借助Chem 3D、AutoDock Tools、Vina 1.1.2以及Pymol软件对药物关键活性成分和疾病的重要靶点进行分子对接。结果 共筛选出交集靶点348个,核心靶点11个,对应着4种中药的144个有效活性成分。通过GO分析得到1660条生物过程。KEGG富集分析得到187条信号通路。将药物关键活性成分及疾病关键靶点进行分子对接。结论 苓桂术甘汤中的关键成分通...     

基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

基于网络药理学研究血必净注射液治疗有机磷中毒的分子机制

目的 基于网络药理学探讨血必净注射液治疗有机磷中毒的分子机制。方法 通过TCMSP数据库查询并筛选出血必净注射液中5味中药的活性成分及靶点;检索GeneCards、OMIM数据库获取有机磷中毒相关靶点;利用Venny2.1统计复方成分与疾病的交集靶点制作韦恩图。采用Cytoscape3.7软件制作“活性成分-交集靶点”的网络框架图。将交集靶点导入String数据库后获得蛋白-蛋白相互作用网络图。通过DAVID数据库进行基因功能的基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并利用R-studio软件进行柱状图绘制。结果 共收集血必净注射液中活性成分125个,可作用于217个靶点,有机磷中毒的交集核心靶点69个。69个靶点主要作用于AKT1、ALB、CAT、CASP3、JUN、VEGFA等基因,调控IL-17信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路、肿瘤坏死因子信号通路等信号通路。结论 血必净注射液治疗有机磷中毒具有多成分、多靶点、多通路的特点,本研究为治疗有机磷中毒的潜在网络作用机制提供了新的线索。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学和分子对接探讨二至丸治疗更年期高血压的作用机制

目的采用网络药理学和分子对接的方法研究二至丸治疗更年期高血压的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选二至丸的有效成分及靶点,通过Uniprot数据库将靶点名称校正为标准的基因名。通过Gene Cards和Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)数据库检索更年期高血压的疾病靶点,通过韦恩图得到交集靶点。运用Cytoscape软件构建"药物-有效成分-交集靶点"网络,采用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,并进行聚类分析。运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape3.7.1软件构建"药物-成分-靶点-通路"图。通过Autodock vina软件对筛选的靶点和有效成分进行分子对接验证。结果经筛选得到二至丸中有效成分共23个,其靶点共192个,疾病靶点1189个,取交集后获得126个靶点。根据GO和KEGG富集分析,涉及的主要生物过程有细胞增殖和凋亡、对一氧化氮生成的正调控等,主要通路包括Toll样受体信号通路、TNF信号通路、NOD样受体信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示MAPK1、RELA、AKT1与槲皮素、木犀草素、山柰酚有较高的结合活性。结论二至丸中可能主要通过抗炎、抗氧化、抗平滑肌增殖等作用来改善血压水平。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清肺饮治疗支气管哮喘的作用机制

目的通过网络药理学及分子对接技术探究清肺饮治疗支气管哮喘的物质基础及分子作用机制。方法借助TCMSP检索清肺饮中麻黄、葛根、苦杏仁、知母、甘草、僵蚕、石膏的化学成分和作用靶点,在Genecards、OMIM数据库搜索关于哮喘疾病的靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.7.1构建药材-化合物-靶点网络,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建核心靶点的蛋白质-蛋白质互作网络,并通过DAVID对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,最后通过Autodock软件对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果清肺饮药材-化合物-靶点网络共含有活性成分133个,对应作用靶点121个;PPI蛋白互作网络结果筛选得到了14个核心靶点;GO富集分析得到GO条目252个,其中生物过程(BP)条目116个,细胞组成(CC)条目44个,分子功能(MF)条目92个,KEGG通路富集筛选得到79条信号通路。分子对接结果显示,豆甾醇、异鼠李素与哮喘潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清肺饮治疗支气管哮喘具有多成分...     

决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制的网络药理学分析与分子对接预测

目的：对决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制进行网络药理学分析与分子对接预测。方法：运用中医药系统药理学数据库及分析平台(TCMPS)数据库检索所需决明子有效药物成分,SwissTargetPrediction数据库获取其相关基因靶点。在DisGeNET数据库与GeneCards数据库中以关键字“Age-related macular degeneration”检索获得疾病相关基因。所有基因靶点在绘制Venn图筛选后,导入Cytoscape 3.8.0软件中构建决明子-化学活性成分-靶点可视化网络图谱。在STRING平台绘制蛋白质相互作用可视化网络,从DAVID在线数据库中获得GO生物功能富集分析与KEGG通路富集分析结果。计算机模拟关键蛋白靶点和药物成分的分子对接。结果：共检索到大黄酸、决明素等决明子有效活性成分9个,对应基因靶点208个,年龄相关性黄斑变性基因靶点1 977个,两者交集基因靶点75个;GO生物功能与KEGG通路富集分析分别得到518个条目与146条通路。结论：决明子可通过影响PI3K-Akt信号通路、脂质与动脉粥样硬化等通路作用于TP53、TNF、MYC等靶点治疗年...