基于UPLC-MS/MS 和网络药理学、分子动力学探讨红芪免疫调节机制

目的 基于UPLC-MS/MS、网络药理学方法预测红芪免疫调节的核心靶点及作用通路,通过分子对接、分子动力学技术对网络药理学结果进行验证,探讨红芪入血成分免疫调节的作用机制。方法 基于UPLC-MS/MS技术定性定量红芪入血成分;通过TCMSP、本草组鉴数据库筛选红芪入血成分对应靶点;以DisGeNET、OMIM、TTD、MalaCards数据库获取免疫相关疾病靶点;构建“红芪入血成分-免疫相关疾病”网络;进行GO、KEGG富集分析,绘制PPI网络;应用分子对接、分子动力学技术进行验证。结果 UPLC-MS/MS法共鉴定8个原型入血成分,协同作用于101个靶点,参与免疫反应、基因表达的正调控、受体结合、细胞因子活性等538个生物学过程,涉及HIF-1、Toll样受体、JAK-STAT、T细胞受体、PI3K-Akt、FoxO等116条信号通路。核心靶点为MAPK14、PTGS2、MMP9、PPARG、CCND1等。分子对接结果显示,芒柄花素、毛蕊异黄酮与MAPK14的对接结合活性较高,分子动力学模拟进一步验证了芒柄花素、毛蕊异黄酮与MAPK14的结合具有较好的结构稳定性及结合亲和力。结论...     

基于网络药理学探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制

目的:本研究基于网络药理学和分子对接方法探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索四逆散中中药的活性成分与作用靶点,利用GeenCard、OMIM数据库搜索功能性消化不良的疾病靶点,利用R语言取得药物与疾病的共同靶点,通过Cytoscape3.7.2构建药物-疾病靶点网络,利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,通过DAVID进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过Autodock Tools 1.5.6对核心靶点和核心成分进行对接验证。结果:共筛选出四逆散活性成分144个,有效作用靶点223个,药物疾病共同靶点152个。PPI网络发现AKT1、IL-6、MARK、JUN、STAT3等可能是四逆散治疗功能性消化不良的关键靶点。GO功能富集发现了795个GO条目,KEGG通路富集分析共筛选出作用通路127条,主要富集基因数量较大的通路有PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等。分子对接验证显示核心靶点和核心成分有较强的结合活性。结论:四逆散中的有效成分主要通过AKT1、IL-6、MARK、JUN、STAT3等靶点调节多条信号通路从而发挥治疗功能性消化不良的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芩主要活性成分和作用靶点，通过OMIM、GeneCards、TTD及DrugBank等数据库筛选糖尿病和阿尔茨海默病的主要靶点，构建活性成分-靶点网络；利用STRING 11.0进行蛋白质互作分析，构建PPI网络以筛选重要靶点；运用Metascape库对关键交集靶点进行GO和KEGG富集分析；利用Cytoscape 3.7.2将分析得到的重要靶点和通路构建药物成分-疾病靶点-通路网络；进一步对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 筛选出黄芩重要活性成分有汉黄芩素、黄芩素、金合欢素、降穿心莲黄酮等，PPI网络中关键交集靶点61个，核心靶点有AKT1、IL-6、MAPK14、TNF、PRKCA、VEGFA等。GO富集分析得到细胞组成101条，分子功能76条，生物过程1 413条；KEGG通路富集分析得到258条，主要涉及AGE-RAGE信号介导的糖尿病并发症通路、IL-17、MAPK、TNF、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。分子对接结果可知，汉黄芩素、金合欢素、黄芩素、红...     

基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨

目的：采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMANTCM）筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果：银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A～D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS...     

基于网络药理学的血必净注射液治疗急性肺损伤作用机制研究

目的预测血必净注射液抗急性肺损伤主要活性成分的作用靶点,探索其"多成分-多靶点-多通路"的复杂网络调节机制。方法针对血必净注射液中38个主要活性成分,利用反向分子对接技术预测活性成分的作用靶点,并与通过文献挖掘及多种数据库检索得到的急性肺损伤疾病相关靶点进行比对;采用Cytoscape软件构建蛋白互作网络并进行拓扑分析,筛选血必净注射液抗急性肺损伤的关键靶点,借助DAVID数据库对得到的关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路注释分析。结果网络分析结果显示,血必净注射液中38个化合物直接或间接作用于143个关键靶点,共涉及71个生物学过程、29种细胞组分、40种分子功能及25条KEGG通路(P0.05,FDR0.05),说明血必净注射液主要通过对基因调控、蛋白合成、炎症反应等过程的调节和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)等信号通路的干预发挥抗急性肺损伤作用。结论血必净注射液发挥抗急性肺损伤的作用体现了中药多成分、多靶点、多途径的协同作用特点,为深入阐明血必净注射液治疗急性肺损伤的作用机制提供了重要的科学依据。     

基于网络药理学探析生血补髓汤预测骨质疏松症的分子作用机制

目的 基于网络药理学方法探析生血补髓汤预测骨质疏松症的分子作用机制。方法 通过TCMSP和TCMID数据库检索生血补髓汤的活性成分和对应靶点；通过GEO DataSets数据库获取骨质疏松症GSE84500和GSE35958疾病芯片并合并数据；将生血补髓汤对应靶点与疾病差异基因取交集，获得生血补髓汤防治骨质疏松症预测靶点；利用Cytoscape 3.8.1软件构建“中药-疾病”可视化调控网络。交集基因导入STRING 11.0平台获得PPI网络，利用CytoNCA进行PPI拓扑分析。利用R语言对交集基因进行GO和KEGG富集分析。利用Dycharts平台绘制KEGG通路分类占比饼图。利用Cytoscape 3.8.1软件构建“成分-靶点-通路”可视化调控网络。结果 筛选得到生血补髓汤活性成分87个，包括槲皮素、木犀草素、山奈酚等；交集基因97个，PPI拓扑分析核心基因17个，包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-6(IL-6)、转录因子AP-1(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等。GO富集分析共得到条目1 645条；KEGG富集分析得到通路115条，主要涉及脂质...     

基于UPLC-Q-TOF-MS结合网络药理学与实验验证探讨四君子汤治疗阿尔茨海默病的作用机制

采用超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)联用技术分析灌胃给药后四君子汤提取液在大鼠体内的入血成分,并结合网络药理学、分子对接和实验验证研究四君子汤治疗阿尔茨海默病的作用机制。根据一级质谱和二级质谱信息,结合文献和数据库数据,对四君子汤入血成分进行指认。基于这些成分结合PharmMapper、OMIM、DisGeNET、GeneCards和TTD数据库筛选四君子汤入血成分治疗阿尔茨海默病的潜在作用靶点,经网络药理学预测运用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络;通过DAVID数据库实现京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)信号通路和基因本体论(Gene Ontology, GO)功能富集分析;Cytoscape 3.9.0软件进行可视化分析,最后使用AutoDock Vina和PyMOL软件对相关入血成分与核心靶点进行分子对接。最后依据KEGG通路分析结果,选择PI3K/Akt信号通路进行动物实验验证。结果显示,...     

基于网络药理学探讨七方胃痛颗粒干预胃癌的分子作用机制

目的运用网络药理学和分子对接技术分析七方胃痛颗粒干预胃癌的潜在作用机制。方法运用TCMSP、TCMID和Swiss Target Prediction数据库筛选七方胃痛颗粒的药物化学成分及相关靶点, 采用GeneCards、OMIM数据库筛选胃癌作用靶点, 并获得药物-疾病共同靶点, 上传至STRING数据库, 构建蛋白相互作用关系(PPI)网络, 得到关键靶点, 在Oncomine肿瘤数据库中分析关键靶点与胃癌的相关性。通过Cytoscape软件构建药物-疾病调控网络, 采用Cytoscape软件的CluoGO插件和R语言对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。通过分子对接验证药物分子和靶分子结合的可能性。结果获得七方胃痛颗粒的药物化学成分168个, 胃癌作用靶点2 803个, 药物-疾病共同靶点49个。药物-疾病调控网络中度值较高的化学成分为β-谷甾醇、芒柄花素、豆甾醇等。PPI网络中关键靶点为MAPK8、FOS、AR等, GO富集分析集中于凋亡信号通路中线粒体外膜通透性的正调控等, KEGG富集分析显著富集在细胞凋亡通路等。分子对接结果显示药物分子与靶分子结合性好、构象稳定。结论七...     

UHPLC-TOF-MS结合网络药理学及实验验证研究交泰丸治疗抑郁症的作用机制

利用UHPLC-TOF-MS技术分析交泰丸在正常大鼠体内入血成分,通过网络药理学和动物实验研究交泰丸治疗抑郁症的作用机制。利用UHPLC-TOF-MS技术检测大鼠灌胃交泰丸后的入血成分,结合DisGeNET、SwissTargetPrediction等数据库筛选抑郁症与交泰丸入血成分的交集靶点,构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络。将关键靶点导入DAVID平台进行基因本体论(Gene Ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路注释,结合成分、靶点和通路,利用Cytoscape 3.9.1软件构建“成分-靶点-通路”网络,预测交泰丸治疗抑郁症的关键靶点及通路。建立大鼠慢性不可预知性温和应激(chronic unpredictable mild stress, CUMS)抑郁模型,进行行为学实验,ELISA法检测大鼠血清炎症因子和脑内神经递质水平,蛋白免疫印迹(Western blot)法检测大鼠海马组织中关键靶点表达。结...     

基于网络药理学与分子对接探索血必净治疗新型冠状病毒感染所致的ARDS的分子机制

目的:采用网络药理学和分子对接探索血必净治疗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致的急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的分子机制。方法:从数据库中筛选ARDS差异基因及血必净的有效活性成分和靶点,然后对二者的共同靶点进行基因本体(GO)富集分析及基因组百科全书(KEGG)通路分析,应用STRING平台构建蛋白互作(PPI)网络模型,利用Cytoscape软件构建中药-活性化学成分-靶点-疾病网络图、靶点-富集通路网络图以筛选出核心化合物、靶点以及通路,最后对核心靶点和化合物通过分子对接进行初步验证。结果:得到ARDS差异表达基因349个,在血必净中共有125个主要活性成分和1 447个预测靶点,筛选出7个核心化合物,6个药物-疾病共同靶点,16条富集信号通路。分子对接结果显示血必净中的核心化合物与ACE2、SARS-CoV-2 3CL水解酶、AKT1、MAPK14具有较好的结合活性。结论:血必净可能通过调控AKT1、MAPK14、ACE2、VEGF信号通路、色氨酸代谢、C型凝集素信号通路等多靶点、多途径发挥对SARS-CoV-2导致的ARDS的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接探究丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法:获取丹参、郁金的中药活性成分及其作用靶点,检索PCOS疾病相关靶点,将二者取交集后利用Cytoscape 372构建“药物-成分-共同靶点”网络。并将共同靶点导入string数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。再将共同靶点基因导入DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后根据活性成分、作用靶点的相关节点参数进行排序,使用AutoDock Tools将核心活性成分和筛选出的靶基因编码的蛋白进行分子对接。结果:丹参、郁金共筛选出潜在活性成分80个,其中木犀草素、丹参酮Ⅱa、β谷甾醇等19种为主要活性成分,活性成分的作用靶点共157个。PCOS疾病相关靶点1 847个,交集靶点为93个,PPI网络及拓扑学分析显示AKT1、TP53、IL6、VEGFA、MAPK3、MAPK1是丹参、郁金治疗PCOS的核心靶点。GO功能富集分析显示丹参-郁金主要参与RNA信号转导、酶的调控等生物过程,KEGG通路富集分析得到了癌症信号通路、PI3K/AKT、FoxO、HIF-1等20条相关性最高的通路。将核心靶点编码的蛋白作为靶点分别与对应的药物核心活性成分对接,结果良好。结论:通过网络药理学研究及分子对接验证,显示丹参-郁金可通过多靶点、多信号通路对PCOS的疾病发生及进展起到一定的治疗、干预作用。     

基于血清药物化学和网络药理学的藏族药七十味珍珠丸安全性评价

采用血清药物化学和网络药理学探讨七十味珍珠丸入血活性成分抑制复方中佐太组分肝肾毒性的相关机制,为七十味珍珠丸的临床安全应用提供依据。通过色谱串联质谱(HPLC-MS/MS)鉴定小鼠七十味珍珠丸含药血清中的小分子化合物。综合运用TCMSP、HERB、PubChem、GeneCards、SuperPred等多个数据库,检索七十味珍珠丸入血活性成分,预测其作用靶点,并与数据库检索到的汞毒性肝肾损伤相关靶点交集比对,筛选出七十味珍珠丸抑制佐太组分潜在汞毒性的作用靶点。采用Cytoscape软件构建七十味珍珠丸入血活性成分-靶点网络,使用STRING数据库构建交集靶点蛋白蛋白互作(PPI)网络,通过DAVID数据库对靶点基因进行GO功能与KEGG通路富集分析,构建活性成分-靶点-通路网络,并筛选出关键成分和靶点进行分子对接验证。结果显示,七十味珍珠丸含药血清中共鉴定出活性成分44种,其中13种可能是原型药物成分,作用于肝肾汞毒性的潜在靶点70个。通过PPI网络拓扑分析,得到12个关键靶点基因(HSP90AA1、MAPK3、STAT3、EGFR、MAPK1、APP、MMP9、NOS3、PRKCA、...     

基于网络药理学的黄连干预2型糖尿病潜在靶点研究

目的:基于网络药理学方法研究黄连干预2型糖尿病的潜在作用靶点。方法:筛选出黄连中口服生物利用度大于30%和类药性大于0.18的化学成分作为候选药效成分,然后利用PharmMapper发现与药效成分匹配的生物大分子,构建成分-靶点网络。通过GeneGards数据库筛选与2型糖尿病相关的基因,构建疾病靶点PPI网络。合并成分-靶点网络、疾病靶点PPI网络和靶点-通路网络得到疾病-成分-靶点-通路PPI网络。通过网络分析发现黄连降糖作用的关键成分和潜在作用靶点。结果:研究得到11个药效成分和25个关键靶点,GO功能富集分析涉及到生物过程和分子功能两方面,KEGG通路富集分析发现5条相关通路。结论:SORD、HSD11B1、F2、MMP3、PTPN1、GSK3B、NR1H2、MAPK14等靶点可能是黄连干预2型糖尿病的潜在作用靶点。     

基于网络药理学与分子对接技术的金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎的潜在药效物质研究

目的探究金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索金花清感颗粒中11味药材所含化学成分与作用靶点。借助Uniprot数据库查询靶点对应基因,采用Cytoscape软件构建"药材-成分-靶点"网络,运用DAVID对相关靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。通过分子对接评价"药材-成分-靶点"网络中核心成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果金花清感颗粒"药材-成分-靶点"网络包含154个化合物和276个相关靶点,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等。GO功能富集分析得到278个条目,主要涉及ATP结合、转录因子活化、细胞凋亡进程调控等。KEGG通路富集得到127条信号通路,涉及TNF、PI3K/Akt及HIF-1等与肺损伤保护相关通路。分子对接显示金花清感颗粒中芒柄花黄素、豆甾醇、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素等核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的亲和作用较好。结论金花清感颗粒可能通过多成分结合SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2作用于PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等靶点调节相关信号通路,从而防治COVID-19。     

基于生物信息学探讨祖卡木颗粒对急性肺损伤的保护机制

目的 应用系统生物信息学方法,构建祖卡木颗粒对急性肺损伤（ALI）的表征-基因-通路网络,并进行药效学实验验证,探讨其作用机制。方法 利用TCMSP及中国知网（CNKI）、万方数据知识服务平台、PubMed数据库搜集祖卡木颗粒中10种药物的活性成分和靶点,并通过SwissTargetPrediction数据库补充药物靶点。利用GeneCards、OMIM数据库获取ALI相关靶点,GEO数据库获取ALI差异表达基因,运用jvenn在线工具获取祖卡木颗粒抗ALI的潜在靶点。利用STRING数据库构建关键靶点的蛋白相互作用网络并进行可视化,通过DAVID数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。采用脂多糖诱导建立ALI大鼠模型,HE染色观察肺组织病理变化,RT-qPCR检测肺组织CD14、CD80、CD86 mRNA表达水平。结果 筛选得到祖卡木颗粒共174个活性成分和825个作用靶点,与ALI靶点有46个共同的差异基因;获得327条GO生物过程和137条相关信号通路,涉及TNF、IL-17、Toll样受体、NOD样受体信号通路。实验结果显示,祖卡木颗粒可显著减轻ALI大鼠肺组织损伤程度,...     

维药罗欧咳祖帕抗哮喘活性评价和作用机制研究

目的：通过药效学评价、网络药理学和分子对接等研究方法探讨维药罗欧咳祖帕(LKZP)治疗哮喘的潜在功效成分和作用机制。方法：采用卵蛋白(OVA)诱导的哮喘模型小鼠研究LKZP抗哮喘的活性；整理出文献中LKZP的化学成分，预测其符合Lipinski规则化合物的作用靶点，并与哮喘疾病靶点进行交集分析，从而确定LKZP抗哮喘的治疗靶点。采用String数据库构建治疗靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，确定该网络中的核心靶点，并利用DAVID平台对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析，采用Cytoscape软件构建成分-靶点-信号通路的网络，采用分子对接的方法计算关键活性成分与靶点之间的结合能。结果：LKZP中共有潜在的活性化合物136个和841个作用靶点，而其核心靶点共66个。网络拓扑结构分析表明，LOKZP的核心治疗靶点为MAPK1、EGFR、MAPK3、PIK3CA、AKT1、PIK3CB、PIK3CD、PIK3R1和PRKCA等，而其作用的信号通路主要包含与调节气道炎症相关的PI3K-AKT信号通路、ErbB信号通路和雌激素信号通路，以及与调节气道重塑相关的HIF-1信号通路、VEGF信号通路和钙信号通路。分子对接的结果表明关键活性成分与靶点之间能较强结合。结论：LKZP中的关键活性成分倍半萜类、黄酮类和苯丙素类成分通过多靶点和多通路的方式调节气道炎症和气道重塑，从而发挥治疗哮喘的作用。     

基于网络药理学探究王琦院士治疗精液不液化核心组方的作用机制及实验验证

目的：利用网络药理学和分子对接技术探究核心组方治疗精液不液化的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和Uniprot数据库对王琦院士的核心组方药物进行成分和靶点的处理收集,再借助Gene Cards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)对疾病靶点进行收集,与药物靶点取“药物-疾病”交集,获得核心靶点,使用String数据库绘制核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。运用R语言平台进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,构建核心组方“成分-靶点-疾病”通路图。对关键成分与核心靶点进行分子对接,最后通过造模和药物对大鼠进行干预后,利用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测各组大鼠前列腺中细胞因子水平,实时荧光定量-聚合酶链反应(RT-PCR)法检测IL-17mRNA的表达量,对核心作用靶点及信号通路进行动物实验验证。结果：核心组方中有活性成分29个,对应靶点194个,与疾病靶点交集靶点24个,关键成分有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等,核心靶点涉及肿瘤坏死因子(TNF)、纤溶酶原激活物抑制因子(SERPINE1)、白细胞介素...     

基于网络药理学与分子对接技术的益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤的潜在机制分析

目的探讨益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤的活性成分及其潜在作用机制。方法通过TCMSP、TCMID数据库及文献检索查找黄芪、重楼、黄连3味中药的活性成分及作用靶点;利用Genecards、OMIM、TTD数据库获取骨肉瘤相关靶基因;对药物靶点和疾病靶点取交集,运用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-靶点-疾病网络";通过String数据库获取益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤相关蛋白相互作用网络(PPI),利用Network Analyzer工具进行拓扑学分析;利用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock Vina软件将化合物与骨肉瘤相关蛋白进行分子对接。结果筛选得到益气散瘀解毒方中的共49种活性成分,关键活性成分共23个,治疗骨肉瘤的潜在靶点93个;PPI网络分析得出益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤的17个关键靶点蛋白,涉及Akt1、MAPK1、PTGS2和VEGFA等。GO功能富集分析得到GO条目1 720个(P0.05),其中生物过程(BP)条目1 583个,细胞组成(CC)条目30个,分子功能(MF)条目107个。KEGG通路富集筛选得到112条信号通路(P0.05),涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,山柰酚、黄连素和槲皮素与骨肉瘤的Akt1、MAPK1蛋白具有较强的亲和力。结论益气散瘀解毒方中的活性成分可能通过作用于Akt1、MAPK1等靶点,调节多条信号通路,进而起到治疗骨肉瘤的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术研究五达颗粒治疗胃肠动力障碍的分子机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术研究分析五达颗粒治疗胃肠动力障碍（Gastrointestinal motility disorder,GMD）的分子机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）收集五达颗粒有效成分及其作用靶点,GeneCards与OMIM数据库收集胃肠动力障碍相关靶点,Cytoscape软件构建“成分-靶点”网络,STRING数据库构建靶点蛋白PPI网络,所获关键靶点行GO生物功能注释及KEGG通路分析,五达颗粒核心活性成分及胃肠动力障碍关键靶点用AutoDockTools软件行分子对接。结果：“成分-靶点”网络显示五达颗粒核心活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇及山奈酚;PPI网络显示JUN、IL-6及FOS等蛋白作用显著;GO功能富集为信号转导、炎症反应及免疫反应等;KEGG通路富集在TNF及IL-17等信号通路;分子对接结果显示核心活性成分与关键靶点均有较好的结合活性。结论：五达颗粒治疗GMD的作用机制可能是槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇及山奈酚作用于JUN、IL-6及FOS以调节信号转导、炎症反应及免疫反应。     

地黄饮子“异病同治”阿尔茨海默病和帕金森病网络药理学及分子对接研究

目的采用网络药理学方法及分子对接技术探究地黄饮子治疗阿尔茨海默病(AD)和帕金森病(PD)的共同药效物质基础及作用机制,为其"异病同治"提供依据。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中国知识资源总库(CNKI)检索地黄饮子组方药物有效成分,并通过SwissADME进行筛选,结合Swiss TargetPrediction、UniProt数据库得到药物靶点,利用GeneCards、OMIM、TTD数据库分别得到AD、PD相关疾病靶点,使用Cytoscape3.8.0构建疾病-药物-成分-靶点网络;将药物靶点与疾病靶点的交集靶点通过STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape3.8.0的Bi NGO、Clue GO插件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将疾病-药物-成分-靶点网络的关键成分与交集靶点PPI网络关键靶点进行分子对接。结果筛选得到地黄饮子有效成分127种(重复成分10种),相关药物靶点926个;AD疾病靶点4 523个,PD疾病靶点3 733个;药物与AD、PD直接相关的交集靶点分别为653、466个;地黄饮子治疗AD的信号通路主要有TNF信号通路、神经营养信号通路、雌激素信号通路等,治疗PD的信号通路主要有TNF信号通路、神经营养信号通路、甲状腺激素信号通路等;关键靶点与关键成分分子对接大多可形成稳定结构。结论地黄饮子主要通过干预TNF信号通路和神经营养信号通路治疗AD/PD,地黄饮子"异病同治"AD和PD有其共同作用机制。