苦水玫瑰ITS及ITS2序列分析与鉴别

目的:对苦水玫瑰、平阴玫瑰、月季、金边玫瑰、法兰西玫瑰进行DNA条形码序列比对,对苦水玫瑰予以鉴别。方法:对样本的细胞核基因内转录间隔区(ITS)和ITS2片段进行聚合酶链式反应(PCR)扩增并双向测序,所得序列经Codon Code Aligner 3.7.1软件拼接后,用MEGA 5.0软件进行序列的分析比对,采用邻接法(NJ)构建系统聚类树。结果:ITS引物扩增产物中大部分样品的测序结果双峰严重,无法有效拼接,可用数据量低,含不确定性碱基比例高,因此未对该部分数据进行分析;平阴玫瑰与对照药材均可获得高质量的ITS2序列,且序列完全一致,苦水玫瑰的ITS2序列(序列6和8)与平阴玫瑰及玫瑰对照药材相比存在1～2个变异位点,月季、法兰西玫瑰与平阴玫瑰及玫瑰对照药材相比存在≥2个变异位点。结论:利用ITS2序列能够有效区分苦水玫瑰及其他同属物种样品。     

瑞香狼毒的ITS及ITS2序列分析与鉴别研究

目的:探索瑞香狼毒的分子生物学鉴定方法。方法:对瑞香科的14份瑞香狼毒样品和大戟科的2份狼毒大戟样品的细胞核基因ITS和ITS2片段进行PCR扩增并双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,用MEGA 5.0软件进行相关数据分析,采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统树进行聚类分析。结果:ITS及ITS2序列能够有效的区分瑞香狼毒和狼毒大戟。结论:该研究建立了瑞香狼毒的分子生物学鉴定方法,可为瑞香狼毒的准确鉴定提供参考。     

远志属7种药用植物ITS1和ITS2序列分析

目的采用ITS序列进行远志属7种药用植物的分子鉴定。方法通过测定远志Polygala tenuifolia、卵叶远志P.sibirica、瓜子金P.japonica、华南远志P.glomerata、蓼叶远志P.persicariifolia、肾果小扁豆P.furcata和小花远志P.arvensis的ITS1、ITS2序列,借助Clustal X、MEGA 3.1软件比较和分析ITS1、ITS2的序列特征。结果远志属7种药用植物ITS1长度为279~291 bp,ITS2的长度为211~219 bp,变异位点232个,信息位点53个;远志与卵叶远志的遗传距离最小,华南远志与肾果小扁豆遗传距离最大,亲缘关系最远。结论远志属7种药用植物的ITS1、ITS2序列可作为分子鉴定的依据。     

党参药材及其混伪品的ITS/ITS2条形码鉴定研究

为简便有效地鉴定党参药材及其混伪品并验证ITS/ITS2 序列作为DNA 条形码鉴定药材的稳定性和准确性,本研究选用党参药材及其混伪品作为研究对象,对33 份药材样本提取基因组DNA,通过PCR 扩增ITS 序列,采用比对法、最小距离法对序列鉴定能力进行评估。通过序列比对,分析变异位点信息确定不同的单倍型并计算种内和种间K2P 距离。ITS2 序列采用基于隐马尔可夫模型的HMMer（Hidden Markov Model）注释方法获得。结果表明,党参药材3 个基原物种ITS 序列长度为654-655 bp,ITS2 序列长度均为239 bp,ITS/ITS2 序列种内平均K2P 遗传距离均远小于其与混伪品的种间平均K2P 遗传距离,因此ITS/ITS2 序列作为DNA 条形码能稳定、准确鉴别党参药材及其混伪品,为其鉴定提供新的技术手段。     

基于ITS和ITS2序列的药用石斛DNA条形码鉴定研究

目的 探讨内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）和内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)片段作为DNA条形码鉴别我国41种药用石斛种类的可行性。方法 通过PCR扩增测序结合GenBank公共序列筛选分别获得我国41种药用石斛的核基因ITS和ITS2序列433条和410条,以Kimura-2-parameter(K2P)模型计算种间和种内遗传距离,以邻接法（neighbor-joining,NJ）构建系统发育树,并对ITS2二级结构进行预测分析。结果 基于遗传距离和NJ树分析结果均显示,ITS和ITS2作为DNA条形码可分别有效区分待测的30和31种药用石斛,物种鉴定效率分别为73.2%和75.6%。联合系统发育树和ITS2序列二级结构分析,药用石斛种类的鉴定效率可提升至87.8%。结论 ITS2作为DNA条形码对药用石斛的物种分辨率优于ITS,物种取样数量可显著影响DNA条形码对药用石斛的物种鉴定效率。结果丰富了我国石斛属植物的DNA条形码数据库,为保障药用石斛种质资源和药用安全提供了科学基础和技术...     

山茱萸药材及其混伪品的ITS／ITS2序列鉴定研究

利用DNA条形码技术准确快速鉴定山茱萸药材及其混伪品。方法：提取山莱萸及其混伪品的基因组DNA,利用PCR技术扩增它们的ITS序列。所得序列经双向测序后用CodonCode AlignerV3．5．4软件进行拼接和质量评估,用MEGAV5．0计算种内、种间的遗传距离,构建NJ（邻接）树鉴定山茱萸药材及其混伪品。结果：山茱萸药材的ITS序列长度均为659bp,种内变异较小,平均K2P遗传距离为O．005,远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离0．357。不同来源的山茱萸药材ITS2序列无变异,长度均为250bp,其与混伪品的种间平均K2P遗传距离为0．571。ITS／ITS2序列的NJ系统聚类树和BLAST比对结果均可明显区分山茱萸药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论：ITS／ITS2序列可准确有效鉴定山茱萸药材,为临床安全用药奠定了基础,也为其它药材的分子鉴定提供了新的思路。     

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??OBJECTIVE To identify 93 samples of Ilex asprella(Hook. et Arn.) Champ. ex Benth. and its related species based on ITS2 barcode. METHODS The total genomic DNAs were extracted and the ITS2 regions were amplified and sequenced. The genetic distances were computed using MEGA5.0 in accordance with the Kimura 2-parameter (K2P) model. The neighbor-joining (NJ) phylogenetic tree and BLAST method were used to assess the efficiency of sequence identification. RESULTS The length of ITS2 sequence of I. asprella was 241 bp and the average GC content was 63.4%. The intra-specific genetic distances of I. asprella were 0-0.030 and the minimum inter-specific of I. asprella and its closely related species was 0.043. Furthermore, I.asprella formed into a single branch with high bootstrap value in NJ tree. The identification efficiency of ITS2 barcode using BLAST was 100%. CONCLUSION The ITS2 region can accurately and stably distinguish I.asprella from its closely related species and adulterants.It provides a new method to ensure the clinical safety of traditional Chinese medicines.     

阳春砂的ITS序列分析

目的：用ITS全序列鉴别各地产阳春砂及常见伪品。方法：从各地产阳春砂及常见伪品绿壳砂和海南砂中提取总DNA，以核基因组通用引物ITS为引物进行扩增，扩增产物经纯化后，用PCR产物直接法进行测序。结果：各样品的ITS序列总长度均为626bp，其中ITS－1序列长度为248bp,5.8S序列长度为155bp，ITS－2序列长度为223bp；6个阳春砂和绿壳砂的ITS－2序列完全一致，各样品的5．8S序列完全一致，在ITS-1可各样品却有不同的碱基位点。结论：ITS－1序列可对阳春砂的道地性作出鉴别，明显区分其伪品。     

密脉鹅掌柴居群的ITS1和ITS2分子鉴定研究

目的对密脉鹅掌柴3个居群内的ITS区DNA序列进行生物信息分析。方法采用ITS区特异引物ITS4/ITS5对密脉鹅掌柴3个居群进行PCR扩增并测序。结果密脉鹅掌柴的ITS区全序列总长为658bp,其中ITS1、5.8S和ITS2序列长度分别为223bp、164bp和223bp。在ITS1、ITS2片段上,3个居群的密脉鹅掌柴种间K2P最小遗传距离均大于种内K2P最大遗传距离,NJ系统发育树也显示3个居群的密脉鹅掌柴均可与Genbank数据库中鹅掌柴属17个外源种植物鉴别开,其中ITS2和ITS1序列上分别具有2个和1个有效鉴别位点。结论 ITS1和ITS2序列均适用于密脉鹅掌柴的DNA条形码,且ITS2比ITS1更适合密脉鹅掌柴的分子鉴定。     

药用植物种质资源ITS序列研究进展

ITS(internal transcribed spacer)序列分析已成为近年来国际上植物多样性研究的热点,并在药用植物种质资源研究中得到广泛的应用。但由于相关研究成果众多,一定程度上也阻碍了该方面的科研工作。针对这种情况,对ITS序列分析的优缺点、技术流程、数据分析方法及其在药用植物品种鉴定、分类、亲缘关系确定、遗传多样性分析等方面的应用情况进行详细的综述,同时对其未来的发展前景进行了展望,以期能使国内药用植物学工作者对此有更多的了解和认识。     

不同产地大黄ITS序列分析

目的:建立不同产地大黄的分子系统学基础,为大黄的基源鉴定和品质评价提供分子依据。方法:采用PCR技术获得ITS基因,进行测序,经软件进行统计分析,计算各样本间的遗传距离并建立系统树。结果:大黄ITS序列G+C含量较高,达66.55%～68.49%,8个样品ITS(包括5.8s)序列的长度范围为562～568。所有样品5.8srDNA高度一致,除DH5样品有两个位点的碱基转换外,其余无碱基差异。结论:ITS序列特征可以作为大黄种间鉴别的有效分子标记,药用大黄在属内与其它种关系较远。     

基于ITS序列鉴别石斛类药材

获得高质量的DNA是中药石斛分子鉴别的关键所在。研究比较DNA提取方法(试剂盒提取、CTAB法),从石斛类药材中提取可用于PCR扩增的基因组DNA,基于ITS序列分析进行药材基原鉴别。结果表明,采用改良CTAB法(大量提取),从22批石斛类药材中富集并提取到基因组DNA,通过克隆测序获得ITS序列,同研究积累的石斛属植物ITS序列资料与Genbank序列数据库进行比对分析,根据序列相似性程度从12批黄草药材中鉴定石斛14种,近似种5种;从10批枫斗中鉴定石斛6种,近似种3种。该方法弥补了传统生药学鉴定方法在石斛类药材鉴别上的局限性,具有一定的应用前景。     

应用ITS2条形码鉴定中药材麻黄

目的:应用ITS2条形码快速、准确地鉴定中药材麻黄,为其用药安全、有效提供保障。方法:提取麻黄药材及其同属密切相关种的DNA、扩增ITS2序列并测序,采用软件CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,并进行质量控制。应用MEGA5.0软件计算种内种间Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离。应用相似性搜索法、最近距离法进行鉴定分析,并构建NJ系统聚类树直观反映鉴定结果。结果:麻黄药材基原物种种内K2P遗传距离分布于0～0.002,基原物种与其他密切相关种之间的K2P遗传距离分布于0.004～0.034;几种鉴定方法分析结果表明ITS2序列能将麻黄药材与其他密切相关种鉴别开。结论:ITS2条形码适用于鉴别中药材麻黄,进一步验证了DNA条形码技术鉴定中药材的有效性。     

MEDICINAL VESICULATION THERAPY AND ITS CLINICAL APPLICATION

Ｍｅｄｉｃｉｎａｌｖｅｓｉｃｕｌａｔｉｏｎ ,ａｌｓｏｋｎｏｗｎａｓｃｏｌｄｍｏｘｉｂｕｓｔｉｏｎ ,ｗｈｉｃｈｈａｓｂｅｅｎｄｅｖｅｌｏｐｅｄｉｎｔｏｔｈｅａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｄｒｕｇａｔｔｈｅａｃｕｐｕｏｉｎｔｉｎｍｏｄｅｒｎｔｉｍｅｓ,ｒｅｆｅｒｓｔｏｔｈｅｔｈｅｒａｐｙｉｎｗｈｉｃｈｃｅｒｔａｉｎｄｒｕｇ(ｓ)ｉｓ(ａｒｅ) ｐｌａｃｅｄｏｖｅｒａｎａｃｕｐｏｉｎｔｔｏｉｎｄｕｃｅｂｌｉｓｔｅｒｓｏｒｔｏｃａｕｓｅｌｏｃａｌｃｏｎｇｅｓｔｉｏｎｆｏｒｔｈｅｒａｐｅｕ ｔｉｃｐｕｒｐｏｓｅ.Ｉｔ…     

川乌与草乌的ITS序列分析

 目的比较川乌、草乌及市场流通的混淆种类的内转录间隔区(ITS)序列,分析该片段在乌头类药材的DNA分子鉴别中的意义。方法利用PCR扩增和ABI377自动测序。结果川乌、草乌及其混淆种类之间在内转录间隔区(ITS)序列特征、碱基频率和遗传距离等方面都存在一定差异。结论ITS序列可准确鉴定川乌和草乌,以及草乌与其混淆种类,该方法更具简单性和实用性。     

野生铁皮石斛rDNA ITS序列分析

目的:测定和分析不同产地野生铁皮石斛样品的rDNA ITS序列,探讨利用ITS序列推测铁皮石斛样品产地来源的可行性。方法:提取总基因组DNA,使用通用引物ITS5F/ITS4R进行PCR扩增,产物经电泳检测、纯化和测序后用Sequin 11.0提交GenBank。用Bioedit 7.0中的Clustal W对GenBank中包括本研究提交的11条在内的所有33条铁皮石斛的ITS序列进行多重序列比对,随后以金钗石斛和密花石豆兰为外群,用邻接法构建NJ系统发育树。结果:从所有测定的ITS序列中选择11条提交GenBank,获得登录号JF803235-JF803245。所有铁皮石斛经比对后共发现645个同源位点,9个信息位点(ITS1区3个,5.8 S区4个,ITS2区2个)。系统发育分析发现,金钗石斛和密花石豆兰位于树的基部,另外32条铁皮石斛共同形成单个大的分支,未发现产地来源与系统树的拓扑结构之间存在对应关系。结论:由于缺乏完善的铁皮石斛标准品及其DNA参考序列的提交标准,同时单个ITS序列仅能提供有限的系统发育信息位点,因此通过ITS序列分析的方法推测铁皮石斛样品的产地来源目前尚不具有可行性。     

应用ITS2条形码鉴定中药材地黄

目的：应用ITS2 条形码序列准确、快速鉴定中药材地黄及其同属密切相关种,以确保该药材的质量及临床用药安全。方法：PCR 扩增产物测序后所得序列经质量分析和拼接,计算地黄及其同属物种的种内、种间K2P 遗传距离,基于K2P 模型构建NJ 树,对地黄药材进行鉴定。结果：地黄药材ITS2 序列长度为231 bp,种内变异较小,平均K2P 遗传距离为0.000 4,地黄药材及其同属密切相关种的种间平均K2P 遗传距离为0.031 2,种间最小K2P 遗传距离大于地黄药材种内的最大K2P 遗传距离。利用构建的NJ 树可以明显鉴定中药材地黄。结论：ITS2 作为条形码可以有效鉴定中药材地黄及其同属的密切相关种,为保障地黄药材的临床安全用药奠定了基础。     

不同产地何首乌的ITS序列研究

目的研究不同产地何首乌的ITS片段遗传差异性,分析该片段在何首乌道地性的DNA分子鉴别和野生资源品种的鉴定及种质资源研究中的意义。方法从来自不同原产地的何首乌中提取总DNA,以核基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约648bp,其中ITS1长度为195bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为189bp。序列间共有17个变异位点。结论ITS序列可对何首乌的道地性做出鉴别,对野生资源品种的鉴定具有较好的分辨性。     

甘肃不同产地当归ITS序列分析

目的建立甘肃产当归功效的分子系统学基础,为甘肃产当归“道地性”提供分子依据。方法采用PCR技术获得ITS基因,进行测序,经软件进行统计分析,计算各样本间的遗传距离。结果甘肃岷、漳两县当归ITS序列差异极小,在0．0000-0．0083之间,岷县5个样品与漳县DG9号样品在586位都为C,589位都为T,而漳县其他3个样品在这2个位点分别为T和G。结论ITS序列特征可以作为当归种间鉴别的有效分子标记,当归ITS序列第586位和589位2个位点碱基可能成为“岷当归”的碱基鉴别位点。     

中国不同地区绞股蓝ITS序列分析

目的 比较中国不同地区绞股蓝的nrDNA ITS碱基序列的差异,以期分析绞股蓝的地理分布与ITS基因型的相关性,为我国不同地区绞股蓝的鉴别提供分子依据.方法 PCR克隆测序,MegAlign(DNASTAR)软件对序列进行对位排列,PAUP4.0b10软件进行系统发育分析,构建最大简约树.结果 绞股蓝ITS区长度为658～659 bp,变异位点为8.48%,信息位点为2.72%.不同地区的样品在碱基的量、信息位点的碱基位置和遗传距离等方面存在一些差异.系统发育分析表明ITS基因型与绞股蓝的地理分布具有一定的相关性,但也有部分不一致,可能主要是因为纹股蓝种内复杂的倍性.结论 ITS序列可作为中国不同地区绞股蓝的一种良好的分子标记,而要确定不同地区的绞股蓝合理的亲缘关系还需要结合其他方面的证据.