2018—2021年长沙地区自然人群隐匿性乙型肝炎病毒感染状况及S区变异分析

目的 ：了解长沙地区2018—2021年自然人群隐匿性乙型肝炎病毒（occult hepatitis B virus infection,OBI感染状况,探讨HBV基因型分布特征及S区氨基酸变异特点。方法 ：收集2018年9月—2021年12月长沙地区血清样本共68,513份,分析OBI流行病学特征;将确诊OBI样本进行血清学和高敏病毒载量检测,采用巢式PCR对其S区基因扩增并测序,使用MEGA6.0软件进行HBV基因分型及S区氨基酸突变分析。结果 ：68,513份样本中共检出27例OBI样本,OBI感染率为0.039%;长沙地区不同年龄人群的OBI感染率不同,其中41～79岁年龄组OBI感染率最高;发现5种血清学模式,抗HBc阳性率为88.90%;HBV-DNA核酸定量范围（9～191）IU/mL,（中位数值19 IU/mL）;8例样本扩增出S区序列,基因型均为B型,均在HBsAg主要亲水区（major hydrophilic region,MHR）发生氨基酸突变,且集中在“a”抗原决定簇区域。结论 ：2018—2021年长沙地区自然人群中OBI感染率偏低,HBV基因型主要是B型。H...     

一种新的HBV DNA rtA181T耐药突变检测方法

目的:通过巢式PCR及特异引物,建立一种新的乙肝病毒(HBV) DNA rtA181T耐药突变的PCR直接扩增检测方法?方法:巢式PCR方法第1轮扩增HBV DNA 逆转录酶rt活性域片段,第2轮PCR上游引物3′末端碱基设计为与HBV DNA rtA181T突变碱基相同的碱基,扩增出的目的基因片段,即为突变片段?利用该方法,本文检测了43例HBV DNA rtA181T变异标本,分析该方法检测的灵敏性;并比较分析低拷贝HBV DNA水平与高拷贝HBV DNA水平下,该方法与PCR-Sanger测序法检测HBV DNA rtA181T突变的一致性?结果:产物经测序证实,突变检测引物巢式PCR法能扩增出HBV DNA rtA181T耐药突变?在HBV DNA水平为24 U/?滋L?rtA181T突变株含量低至10%时,该方法仍能较好检测出rtA181T变异片段?对43例不同拷贝水平的HBV DNA rtA181T耐药变异临床标本检测显示,该方法检测灵敏性达100%,常规PCR-Sanger测序灵敏性为74%,差异有统计学意义(P < 0.05)?结论:基于巢式PCR及突变引物为基础的HBV DNA rtA181T耐药突变PCR直接检测法能较好地检测HBV DNA rtA181T耐药变异发生;对HBV DNA低拷贝水平下的rtA181T耐药变异检测,该方法灵敏性优于Sanger测序法,且有较好的特异性?这对早期发现HBV DNA耐药突变?及时更改抗HBV治疗策略具有重要临床指导意义?     

PCR直接测序法在脓肿分枝杆菌鉴定中的应用

目的探讨聚合酶链式反应（Polymerase chain reaction,PCR）与DNA测序技术鉴定脓肿分枝杆菌的效果。方法利用细菌16S r RNA基因通用引物PCR扩增疑似分枝杆菌的16S r RNA基因的DNA片段并进行DNA测序分析。DNA测序获得序列经生物信息学比对分析获得相关分枝杆菌的信息;针对相关分枝杆菌分别设计非同源区域特异性引物对1 500 bp的克隆DNA片段扩增验证。结果细菌16S r RNA基因通用引物扩增获得约1 500 bp的DNA片段,但DNA测序仅获得其中部分DNA序列约296 bp;部分DNA序列经生物信息学比对分析后获得四种同源性高达98%的分枝杆菌信息,并且四种分枝杆菌的特异性引物对1 500 bp的克隆产物进行扩增后仅在脓肿分枝杆菌中获得特异性PCR产物。结论疑似结核患者体内的抗酸染色阳性菌为非结核分枝杆菌中的脓肿结核分枝杆菌,并且PCR直接测序法可快速鉴定细菌的种属。     

新型MGB探针特异性检测变形链球菌

目的:设计一种新型TaqManMGB探针,利用实时荧光定量PCR检测变形链球菌,提高PCR法检测变形链球菌的特异性,减少检测的假阳性。方法:提取6种不同链球属细菌的DNA,分别进行巢式PCR和TaqManMGB实时荧光定量PCR,比较两种PCR方法检测变形链球菌的特异性。巢式PCR第1轮扩增的引物是细菌16S rRNA基因通用引物,第2轮扩增使用变形链球菌16S rRNA基因可变区序列的特异性引物。TaqManMGB实时荧光定量PCR的引物与第2轮巢式PCR特异性引物相同,设计的MGB探针序列与变形链球菌16S rRNA基因中特异性序列相匹配,不与其他细菌的基因序列匹配。将变形链球菌标准株的DNA样本从2.5 mg/L至0.16μg/L按5倍梯度稀释,制备出实时荧光定量PCR的标准曲线。结果:变形链球菌和格氏链球菌在巢式PCR中均扩增出282 bp的DNA片段,出现假阳性结果。TaqManMGB实时荧光定量PCR能定量检出变形链球菌标准株和临床株,不检出其他链球菌,比巢式PCR特异性更好。TaqManMGB实时荧光定量PCR对变形链球菌DNA的最低检出浓度为20μg/L。结论:本研究设计出一种针对变形链球菌的TaqManMGB探针,建立利用TaqManMGB实时荧光定量PCR特异性检测口腔中变形链球菌的方法。     

浙江省农村自然人群隐匿性乙型肝炎病毒感染（OBI）情况及进化特征分析

 【摘要】目的 了解浙江省德清县农村一般人群隐匿性及实际乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染情况及病毒株S基因的分子特征。方法 采用多级抽样方法进行横断面调查,在取得调查对象知情同意的基础上采集调查表信息并采血。采用Epidata 3.2软件录入调查表信息,双录入并核对;采用SPSS 18.0软件进行数据分析;对所有样品进行乙型肝炎表面抗原（hepatitis B surface antigen,HBsAg) ELISA检测及病毒载量real time PCR测定,并对HBsAg检测阳性或病毒载量测定阳性的标本进行后续HBV S基因PCR扩增和测序;采用MEGA 5.0软件对测得序列进行进化分析。结果 共调查对象1 720例,调查人群中HBsAg阳性者共162例,隐匿性乙型肝炎病毒感染(occult hepatitis B virus infection,OBI)者共4例,实际HBV感染率为9.65% (166/1 720),OBI感染率为2.57‰ (4/1 558)。显性和隐匿性病毒株病毒载量中位数及四分位数范围分别为866 (425,12 500)IU/mL和314 (216,677.5)IU/mL,前者显著高于后者。HBsAg阳性血清样本扩增得到71株显性病毒株S基因序列,HBsAg阴性血清样本扩增得到4株OBI病毒株S基因序列。OBI病毒株均为C基因型,adrq+血清型。显性HBV病毒株54株为B基因型,其中有2例标本为adw3血清型,其余52例均为adw2血清型;余17株为C基因型,adrq+血清型。OBI病毒株中C基因型的比例显著高于显性HBV病毒株中C基因型的比例。B基因型显性病毒株发生I104F、L109V、I110L、S113T、T126I、P127T、Q129R、M133L、F134L、P135A、T140A、K141I、T143M/S、V159A、Y161F、A166G和R169P突变,C基因型显性病毒株发生I126S、I126T及F158S突变。OBI病毒株发生Q129R、I126T、 M133T及F161Y突变。结论 浙江省德清县一般人群存在一定比例的OBI感染,OBI感染病毒载量较低,OBI病毒株存在氨基酸突变,C基因型为其可能的优势基因型,需重视OBI预防问题。     

猴D型反转录病毒巢式PCR检测方法的建立

目的建立SRV-1巢式PCR检测方法并进行初步应用。方法针对SRV-1env基因的保守区序列,设计特异性引物,以感染SRV-1 Raji细胞提取出的含有前病毒DNA的基因组DNA为模板,进行巢式PCR反应。扩增产物测序后与GenBank报道的序列进行同源比对。将DNA样本进行10倍梯度稀释,以检测巢式PCR反应的灵敏度。使用该方法对正常Raji细胞以及感染SIV、STLV的外周血淋巴细胞DNA样本进行扩增,检测该方法的特异性。用建立的巢式PCR方法检测40份储存猴血标本。结果使用巢式PCR扩增出的特异片段经测序分析,结果证实与GenBank报道的序列一致。所建立的巢式PCR检测法检测限度可达1.5×10-3ng/μL,而且方法特异。用此方法检测40份猴血标本,未检测到阳性标本。结论初步建立SRV-1的巢式PCR检测方法,该方法灵敏、特异,为SRV-1的检测提供了一个快速、有效的手段。     

盐藻cbr基因启动子及其3''''-非翻译区序列的克隆

目的：克隆盐藻cbr基因启动子和3‘-非翻译9(3‘-UTR)片段。方法：设计2对引物，通过2轮巢式PCR反应，扩增cbr基因启动子，其中首轮PCR反应使用改良的降落PCR程序，第二轮巢式PCR反应的模板是第一轮PCR产物，使用普通PCR程序；cbr基因3‘-UTR片段的克隆采用一对引物，通过一般PCR程序得到。结果：通过巢式PCR得到长约1．1kb的cbr基因启动子片段，DNA测序结果表明碱基序列与文献记载完全相同，无任何碱基突变；克隆的长0．3kh的chr基因3‘-UTR片段经人工比较，与收录的序列吻合，无碱基突变。结论：利用普通Taq酶对用PCR方法克隆得到了盐藻胡萝卜素生物合成相天基因cbr的2个基因表达渊控序列；结合使用巢式PCR和改良降落PCR，可以非常有效地克隆具有复杂二级结构的DNA片段；通过两端人工添加的限制序列．将cbr基因启动子和3‘-UTR2个调控片段构建到同一个载体上，形成cbr基因表达盒，为构建转基因盐藻表达载体打下了基础。     

低载量隐匿性乙型肝炎病毒检测和序列分析

目的 对低载量隐匿性乙型肝炎病毒进行Q-PCR定量检测和BCP序列分析.方法 采用诺华公司NAT方法筛查35 332份献血者HBV DNA,有18例确认为HBsAg-/HBV DNA+,48例为可疑HBV DNA+血样,使用QPCR和Nested-PCR方法对48例可疑血样进行定量检测和BCP区域扩增和测序；并与野毒株BCP序列作比对分析.结果 从48例可疑HBV DNA+血样中成功应用Q-PCR定量检出HBV DNA阳性6例,均为隐匿性乙型肝炎(OBI),并获得6例BCP序列,发现在TA富含区的变异相对较多,1例样品发生缺失变异,6例OBI血样共有14个变异位点在BCP区域.结论 本方法能对可疑标本进行检测和定量,通过BCP区域的检测进行OBI的确认.     

用PCR结合甲基化特异PCR方法检测遗传性脆性X综合征

目的 建立一种快速、灵敏、廉价的实验室检测脆性X综合征(FXS)的方法.方法 检测130例样本的(CGG)n重复数.首先,PCR扩增脆性X智力低下基因Ⅰ(FMRⅠ)的(CGG)n重复序列;其次,进行甲基化特异性PCR (MS-PCR),对男性不能有效扩增和女性样本的基因组DNA进行亚硫酸氢钠脱氨基修饰,以修饰后的DNA为模板,用两套不同的引物对(甲基化特异性引物对和非甲基化特异性引物对)扩增FMRⅠ基因的(CGG)n重复序列区,PCR产物测序.结果 所有样本的(CGG)n重复数都在13～47之间;测序结果表明FMRⅠ基因中的非甲基化的C碱基转变为T碱基,甲基化的C碱基保持不变.结论 PCR结合MS-PCR方法可以同时检测FMRⅠ基因的 (CGG)n重复数和CpG岛的甲基化情况,为临床检测FXS提供了依据.     

引物浓度与退火温度不当导致巢式PCR非特异性扩增

目的 探索巢式PCR非特异性扩增的产生原冈及消除方法.方法 以巢式PER扩增乙型肝炎病毒(HBV)S gene为模型,分别使用小同退火温度组合与不同引物浓度组合进行巢式PCR扩增,观察并分析实验结果.结果 降低引物浓度或提高退火温度均可消除巢式PCR的非特异性扩增,但提高退火温度有可能影响反应的扩增效率,导致产物量下降甚至得不到产物.结论 巢式PCR发牛非特异性扩增时,可以提高退火温度或降低引物浓度对反应体系进行优化.     

湖州地区献血人群隐匿性乙型肝炎病毒感染的血清学特征及分子机制研究

正全球约有3亿人感染乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV),我国为HBV高流行区,HBV感染率约占33%~([1])。虽随乙肝疫苗接种的普及,HBV母婴传播减少,人群乙型肝炎表面抗原(hepatitis B surface antigen,HBs Ag)携带率降低,     

多重PCR检测HBV和HCV方法的建立

目的:建立可同时检测血清HBVDNA和HCVRNA的多重PCR。方法:利用已知的基因序列设计了对于不同亚型HBV保守的C基因区的一对引物HBV-P623及对于不同亚型HCV高度保守的位于5’端非编码区(5’-NCR)的两对引物HCV-P289和HCV-P174,扩增经基因释放剂(Genereleaser)处理的HBV和HCV阳性血清。结果:多重引物、逆转录套式PCR反应体系可同时扩增HBV DNA和HCV RNA,分别在623bp和174bp处出现特异DNA扩增带。该反应体系具有较高的特异和敏感性,受检血清中仅含有10fgHBV DNA和5CID HCV RNA即可检出。血清标本不需要提取核酸,可直接进行PCR。用此体系检测30例输血后病人血清,其中15例为HBV感染,8例为HCV感染,7例为阴性。结论:多重PCR检测HBV及HCV的方法具有简便性和实用性。     

一种HBV DNA 定量检测试剂的准确性分析

目的 评价一种新型HBV DNA 定量检测试剂的准确性。方法 将第3 代HBV DNA WHO 国 际标准品稀释为6 种不同梯度浓度样本,8.5×105、8.5×104、8.5×103、8.5×102、85 及42.5 IU/ml,用待评价 试剂careHBV PCR Assay V3.0 检测,并对实测值和理论值进行相关性分析;以Cobas Taqman HBV V2.0 为参 比试剂,用careHBV PCR Assay V3.0 检测93 份HBV 感染者标本和30 份健康者标本HBV DNA 含量,并对2 种试剂定量检测结果进行相关性和一致性分析;采用巢式PCR 扩增漏检标本的HBV S 区,直接测序法测定 其基因型。结果 careHBV PCR Assay V3.0 检测WHO 国际标准品的实测值和理论值具有线性相关;2 种定 量试剂检测93 份HBV 感染者标本结果均阳性共68 份,检测结果呈线性相关,差异无统计学意义（P >0.05）, 但careHBV PCR Assay V3.0 检测值相对偏低;careHBV PCR Assay V3.0 检测有14 份标本漏检,其中13 份标 本Cobas Taqman HBV V2.0 检测结果位于30 ～ 2 000 IU/ml 间;对1 份漏检标本的基因型检测结果为C 型。 结论 careHBV PCR Assay V3.0 与Cobas Taqman HBV V2.0 试剂检测结果有较好的相关性,但对基因型C 型 的标本可能存在漏检现象。     

鸭乙型肝炎病毒核酸荧光定量PCR方法的建立及应用

目的：建立鸭乙型肝炎病毒核酸(DHBV DNA)荧光定量的方法。方法：根据DHBV DNAS基因区的序列设计扩增所需3条引物，通过偶联反应用AmpliSensor荧光信号标记半巢式引物，经过前期不对称扩增、半巢式扩增及在线检测建立DHBV DNA阳性标准品QPCR的标准曲线，并将70份鸭血清分别用荧光定量PCR方法和地高辛标记的DHBV DNA探针斑点杂交的方法检测，比较结果的相关性。结果：DHBV DNA阳性标准品经过30次循环后，扩增产物经2％琼脂糖凝胶电泳检测，可以看出有180bp、70bp两个片段，与设计的片段大小相符，扩增产物的浓度与标准品的起始浓度成正比，扩增指数的数值大小与该循环时己合成的扩增产物的量成正比，起始浓度的大小与要合成的一定扩增产物的量所需的循环次数成反比。用荧定量PCR方法和斑点杂交的方法检测血清中DHBV DNA的结果有良好的相关性(r＝0．97，P＜0.01，ν＝58)。结论：荧光定量PCR方法可作为检测DHBV DNA含量的一个重要手段。     

儿童感染的乙型肝炎病毒S基因的分子特征

目的初步调查儿童感染的乙型肝炎病毒表面抗原的基因特征。方法收集10名HBV感染的儿童血清标本,抽提血清中的HBV DNA,采用PCR扩增HBV S基因并测序,利用Genotyping软件对PCR产物序列进行分型,并分析HBV S基因的突变情况。结果 10份血清标本中,扩增出HBV S基因并成功测序6份,其余4份扩增阴性不满足测序要求。6份PCR产物所测序列标本经Genotyping比对后,均属于B型,与NCBI收录的参考序列AF100309同源性最高;5例是adw,1例是ayw。HBV S基因中编码a抗原决定簇的核苷酸序列突变点分别为G529A、T531C、C534A、T562A、T581A、A589C。编码a抗原决定簇的氨基酸序列突变点分别为I126T、P127T、S143T、G145A。核苷酸突变点G529A、T562A不引起编码a抗原决定簇的氨基酸序列突变,为无义突变。而其他4点突变均可引起编码a抗原决定簇相应氨基酸序列发生改变。结论所调查儿童主要感染B基因型HBV;其感染的HBV S抗原a决定簇的氨基酸序列出现I126T、P127T、S143T、G145A的突变,可能是逃避乙肝疫苗诱导的免疫保护的一种...     

尿嘧啶DNA糖苷酶防止PCR产物污染及其对核酸杂交的影响

目的 采用PCR微板核酸杂交ELISA技术分析尿嘧啶DNA糖苷酶（UNG/UDG）防止PCR产物污染及其对PCR扩增效率的影响,探讨在不同A/T含量的微生物中含尿嘧啶的PCR产物对核酸杂交的影响。方法 以3组dUTP含量不同的PCR产物作模板,抗污染组用UNG处理,直接进行再次扩增。用微板核酸杂交ELISA检测第二次PCR扩增的结果。 结果 抗污染组中以含dUTP的PCR产物作模板,结果为阴性;而以不含dUTP的PCR产物作模板,结果为阳性。非抗污染组全部为阳性。对3组PCR产物再进行核酸杂交无明显差别,且在一定温度内,3组具有同样的稳定性。 结论 UNG能有效降解含dUTP的PCR产物,使之不能作为模板再次扩增,可以有效地防止PCR产物的污染。含有尿嘧啶的PCR产物对寡核苷酸探针的杂交无影响。     

Alu-PCR检测人肝癌细胞株PLC/PRF/5基因组中乙型肝炎病毒DNA的整合

目的 应用Alu-PCR方法检测人肝癌细胞株PLC/PRF/5 基因组中乙型肝炎病毒(HBV)DNA的整合。 方法 提取经培养扩增的人肝癌细胞株PLC/PRF/5 基因组DNA,根据Alu-PCR方法经过3轮PCR反应扩增潜在的HBV DNA和人基因组DNA整合片段。琼脂糖凝胶电泳观察PCR 扩增产物片段,切取并纯化整合阳性的电泳条带,对纯化产物进行核酸测序,得到整合片段的核苷酸序列。 结果 经琼脂糖凝胶电泳检测,用Alu-PCR方法能够从PLC/PRF/5 细胞株中扩增得到4条HBV DNA整合序列,经测序后与比对其中3条整合序列能够定位于人染色体03p21.31、05p15.33、12q13.12~q14.1。 结论 Alu-PCR可以准确测定肝细胞中HBV DNA的整合,为研究HBV DNA在肝细胞中的整合研究提供了一个简单、经济的方法。     

Nested real-time quantitative polymerase chain reaction assay

Background  Successful treatment of hepatitis B can be achieved only if the template for hepatitis B virus (HBV) DNA replication, the covalently closed circular HBV DNA (cccDNA) can be completely cleared. To date, detecting cccDNA remains clinically challenging. The purpose of this study was to develop a nested real-time quantitative polymerase chain reaction (PCR) assay for detecting HBV cccDNA in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and bone marrow mononuclear cells (MMNCs).

Methods  Based on the structural differences between HBV cccDNA and HBV relaxed circular DNA (rcDNA), two pairs of primers were synthesized as well as a downstream TaqMan probe. Blood and bone marrow samples were collected from hepatitis B patients and healthy controls. To remove rcDNA, samples were incubated with mung bean nuclease and the resultant purified HBV cccDNA was then amplified by nested real-time fluorescence quantitative PCR. The cccDNA levels were calculated using a positive standard.

Results  The nested real-time fluorescence quantitative PCR method for HBV cccDNA was successful, with a linear range of 3.0×10² copies/ml to 3.9×l0⁸ copies/ml. Of the 25 PBMC samples and 7 MMNC samples obtained from chronic hepatitis B or liver cirrhosis patients, 3 MMNC samples and 9 PBMC samples were positive for HBV cccDNA, while all of the 21 PBMC samples from healthy controls were negative.

Conclusion  The nested real-time fluorescence quantitative PCR may be used as an important tool for detecting cccDNA in hepatitis B patients.

     

全自动(定量PCR)基因扩增诊断仪配套定量试剂的研制

目的 研究一种能用于仪器操作的灵敏、快速、特异的定量试剂。方法 使用一个生物素标记的上游引物,对HBV DNA及其竞争模板DNA进行不对称PCR扩增,使扩增出的单链带有生物素,并可结合在固定有链亲合素的微孔板的表面,用标有辣根过氧化物酶的待测模板探针和竞争模板探针分别与两个微孔中固定的相应单链PCR产物杂交,而后加底物显色,测定吸光度进行分级定量分析。结果 该定量方法可以检测10拷贝数的模板,而且对简单处理的标本适应性强;以分级定量的形式定量时,具有良好的重复性。结论 该试剂适用于仪器操作,可对临床血清中HBV DNA进行分级定量分析。