数字PCR检测尿液循环DNA甲基化的方法学性能评价

目的 基于尿液中的谷胱甘肽硫转移酶P1(glutathione S-transferase pi-1,GSTP1)基因,对微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测循环DNA甲基化的方法学进行性能评价。方法 根据甲基化检测试剂盒相关IVD产品的注册指南,主要从引物探针特异性、灵敏度、批内精密度、批间精密度、准确度5个方面对数字PCR检测尿液循环DNA甲基化进行性能评价。结果 GSTP1基因仅在前列腺癌样本中生成明显阳性微滴,在胃癌、肝癌、肾细胞癌、肺癌、膀胱癌、尿道癌、结直肠癌和胰腺癌中不生成阳性微滴,引物探针特异性良好;GSTP1基因的检测限为0.1ng/孔,当DNA输入量大于等于0.1ng/孔时,DNA甲基化情况都可以被检测到,灵敏度较好;批内精密度变异系数均小于6.25%,批间精密度变异系数均小于8.33%,符合CLSI参考文件的标准,表示精密度良好;通过比较数字PCR与荧光定量PCR(Methylight)检测前列腺癌尿液样本GSTP1甲基化情况,相关系数为0.9949,表明两种方法相关性较好,证明数字PCR准确度良好。结论 数字PCR检测尿液循...     

GSTP1在前列腺癌组织中的表达及其甲基化检测

目的寻找前列腺癌患者血清中的生物标志物,为临床前列腺癌的早期无创性诊断提供依据。方法采用免疫组化SP染色法检测前列腺癌组织中GSTP1表达;运用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)方法检测前列腺癌患者癌组织和相应血清GSTP1基因启动子区5’端CpG岛甲基化程度。结果免疫组化结果:GSTP1在88例前列腺癌组仅有2例呈阳性反应且均为石蜡包埋标本;49例前列腺增生组均为阳性反应,其中38例呈现为强阳性反应。MSP检测结果:38例新鲜前列腺癌组织中,GSTP1基因高甲基化29例,此29例相应血清GSTP1基因高甲基化28例。对照组19例前列腺增生标本和对应的血清均没有检测到GSTP1基因甲基化。结论前列腺癌组织中GSTP1基因的表达与其启动子区甲基化程度呈负相关。前列腺癌患者的组织和血清中GSTP1甲基化检测结果相一致,检测血清中GSTP1的甲基化程度可反应癌组织中GSTP1基因的表达的情况。     

10个肺癌相关基因多重甲基化特异性PCR检测方法的建立

目的建立10个肺癌相关基因的多重甲基化特异性聚合酶链反应(PCR)检测方法并运用于临床标本的检测。方法选取19例肺癌患者病灶组织标本,患者中男性16例,女性3例;平均年龄57.3岁。1例肺部良性病变患者组织标本为男性,年龄52岁。通过质粒构建及甲基化转移酶和亚硫酸盐修饰制备10个基因的甲基化和非甲基化标准品。通过选择甲基化特异性引物来识别甲基化模板,挑选10对甲基化特异性引物并平均分成2组,经最佳聚合酶及最佳退火温度的选择,建立多重甲基化特异性PCR体系,并应用于19例肺癌组织的检测,计算10个基因的甲基化率。结果在成功构建10个基因的甲基化和非甲基化标准品的基础上,建立了它们的多重甲基化特异性PCR检测方法。临床标本检测结果显示10个肺癌相关基因的甲基化率分别为p16INK4A 92%,H-cadherin 89%,E-cadherin和DAPK 76%,TIMP-3 63%,RARβ50%,MGMT 39%,RASSF1A 21%,GSTP1 11%,hMLH1 0%。2次实验结果重复性较好。结论这种分2组多重甲基化特异性PCR的方法能一次性检测10个基因甲基化状态,可以应用于临床标本的检测。     

SHMT1基因启动子甲基化与缺血性卒中相关

目的探究丝氨酸羟甲基转移酶(SHMT1)基因甲基化与缺血性卒中的关系。方法采用甲基化特异性实时定量PCR测定290名健康对照组和141例缺血性卒中病例组(卒中组)的SHMT1甲基化水平。结果卒中组SHMT1甲基化水平为24.87%(16.97～35.46)高于对照组的6.58%(2.43～15.14)(P<0.05)。在调整相关危险因素后,SHMT1甲基化是卒中的危险因素(OR=1.051, 95%CI=1.034～1.068)。受试者工作特征曲线下面积为0.804,95%CI=0.760～0.849 (P<0.01)。在对照组发现尿酸与SHMT1甲基化相关(r_s=0.17,P<0.01),在卒中组发现三酰甘油与SHMT1甲基化相关(r_s=0.18,P<0.05)。SHMT1甲基化表达与mRNA的表达呈负相关(r=-0.472,P<0.01)。结论缺血性卒中患者中SHMT1基因启动子呈高甲基化状态,SHMT1低表达,且SHMT1高甲基化是卒中的危险因素。     

非小细胞肺癌中窖蛋白1基因的蛋白表达和甲基化及其意义

目的 检测窖蛋白1(Car-1)在非小细胞肺癌(NSCLC)中的蛋白表达以及启动子的甲基化状况,探讨Cav-1基因在NSCLC中的作用及其临床意义.方法 应用免疫组织化学(sP法)和量子点Qd600染色检测123例NSCLC组织、17例良性病变肺组织中Cav一1蛋白表达和亚细胞定位.亚硫酸氢钠处理DNA,甲基化特异性PCR(MSP)检测Cav-1基因启动子区域的甲基化水平.结果 Cav-1蛋白在肺支气管黏膜上皮细胞、肺泡上皮细胞、毛细血管内皮细胞、成纤维细胞、平滑肌细胞的胞质和胞膜高表达.癌旁组织(对照)组和肺癌组中Cav-1蛋白的阳性率分别为17/17、43.1%(53/123),两组间差异有统计学意义(P=0.001);Cav-1蛋白在NSCLC不同的组织学类型(P=0.552)和分化程度(P=0.160)中差异均无统计学意义.Cav-1蛋白阳性率与NSCLC的TNM分期(P=0.001)以及淋巴结转移(P=0.001)均相关.在40例Cav-1蛋白表达为阴性的肺癌组织和12例癌旁肺组织,MSP法均未检测到Cav-1因启动子区域的甲基化.结论 Cav-1蛋白失表达的机制可能与启动子区是否甲基化无关.Cav-1蛋白高表达预示NSCLC恶化进展和高侵袭性.     

GSTP1和 PLCE1基因多态性与原发性食管癌的相关性研究

目的研究谷胱甘肽S转移酶P1(GSTP1)和磷脂酶Cε1(PLCE1)基因多态性对原发性食管癌易感性的影响及其与环境因素的交互作用。方法选取原发性食管癌患者和健康人群各162例为样本, 采集性别、年龄、烟酒史和食管癌家族史等信息, 并检测其GSTP1基因A105G位点和PLCE1基因rs3765524、rs2274223、rs3781264位点的单核苷酸多态性, 建立Logistic回归模型, 分析食管癌风险因素及各因素的交互作用。结果食管癌组吸烟史、食管癌家族史和热烫饮食人群占比高于对照组, 差异有统计学意义(P<0.05);条件Logistic回归分析显示吸烟、食管癌家族史和PLCE1 rs2274223 GG基因型为食管癌的风险因素(P<0.05), GSTP1 A105G AG/GG基因型是食管癌的保护因素(P<0.05);两因素交互模型中GSTP1 A105G AA和PLCE1 rs2274223 GG基因型均与吸烟具有交互作用, 食管癌患病风险分别升高83.6%和85.7%(P<0.05);GSTP1 A105G AA基因型、PLCE1 rs2274...     

甲基化特异性三重PCR检测FMR1基因突变的研究

目的探讨甲基化特异性三重PCR检测FMR1基因不同突变类型的价值。方法用甲基化特异性三重PCR方法检测了99例病人的FMR1基因,并用半巢式PCR和Southern印迹杂交方法进行比较。结果用甲基化特异性三重PCR检测出70例男性正常基因型、27例女性正常基因型,1例男性全突变基因型,1例女性前突变基因型,与半巢式PCR和Southern印迹杂交方法的检测结果相符。结论甲基化特异性三重PCR能准确检测FMR1突变的不同类型,适用于对脆性X综合征的临床筛查和诊断。     

乳腺癌和乳腺导管内增生性病变Notch1基因甲基化的检测及临床意义

目的 探讨Notch1基因甲基化与乳腺浸润性导管癌(IDC)及乳腺导管内增生性病变的相关性.方法 用基质辅助激光解析电离时间飞行质谱仪(MALDI-TOF MS)对89例乳腺IDC、20例导管原位癌(DCLS)、11例不典型导管增生(ADH)及20例普通型导管增生(UDH)组织进行Notch1基因甲基化的定量检测.采用...     

GSTM1、GSTT1缺失和GSTP1基因多态性与原发无精症的相关性研究

目的 探讨谷胱甘肽硫转移酶(glutathione S-transferase,GST)基因家族中GSTM1、GSTT1缺失和GSTP1多态性与汉族人群原发性无精子症的相关性.方法 采用病例对照研究的方法,应用多重PCR及PCR-限制性片段长度多态性技术检测236例汉族原发无精症患者和142名正常生育男性的GSTM1、GSTT1基因缺失和GSTP1基因(Ile/Val)多态性.结果 M1(-/-)和P1(Ile/Val或Val/Val)联合基因型在对照组中分布为24.65％(35/142),高于病例组的15.68％(37/236),差异有统计学意义(P=0.031);M1(-/-),T1(+/+)和P1(Ile/Val或Val/Val)联合基因型在对照组中分布为12.68％ (18/142),高于病例组的5.51％(13/236),差异有统计学意义(P=0.014).结论 M1(-/-)和P1(Ile/Val或Val/Val)联合基因型以及M1(-/-),T1(+/+)和P1(Ile/Val或Val/Val)联合基因型可能降低男性患无精症的风险.     

启动子DNA甲基化调节胃癌中PDX1基因表达

目的明确PDXl启动子DNA甲基化,探讨启动子甲基化对PDXl在胃癌中表达的调节作用。方法收集3例胃癌活检组织,免疫组化检测PDXl蛋白表达：吉西他滨处理3株胃癌细胞,RT—PCR检测不同药物剂量和作用时间下PDXlmRNA表达;构建PDXl报告基因,检测启动子活性及吉西他滨处理前后启动子活性的变化;甲基化特异性PCR（MSP）检测3株胃癌细胞和8对配对胃癌组织中PDXl启动子甲基化状态。结果免疫组化结果显示胃癌中PDXl表达低于正常胃黏膜;RT—PCR显示吉西他滨使PDXlmRNA重获表达,且随剂量和时间依赖性。F383有最强启动子活性,吉西他滨显著增加了PDXl启动子活性（P〈0．05）。F383在AGS、BCG823、SGC7901中呈DNA完全甲基化状态;87．5％的胃癌组织出现F383部分甲基化,12．5％出现完全甲基化。癌旁正常组织仅有37．5％出现F383部分甲基化,未出现完全甲基化,两者比较有显著性差异（P〈0．05）。结论PDXl启动子存在DNA高甲基化,抑制了胃癌中PDXl的表达。     

食管鳞癌组织中TIG1基因甲基化及其mRNA表达的研究

 目的：探讨他扎罗汀诱导基因1（tazarotene-induced gene-1, TIG1）基因甲基化及表达与食管鳞癌发生、发展的关系。方法：采用甲基化特异性PCR检测43例食管鳞癌组织、20例癌旁组织和15例正常组织中TIG1基因甲基化状态;实时荧光定量PCR法法检测TIG1 mRNA的表达。结果：食管鳞癌组织TIG1基因启动子甲基化率为25.6%（11/43）,癌旁组织5.0%（1/20）,正常组织中未检测到其甲基化,差异有统计学意义（P<0.05）;其甲基化水平与患者性别、年龄、肿瘤生长部位和分化程度无关（P>0.05）,但与患者TNM分期（P<0.01）及淋巴结转移（P<0.05）有关。鳞癌组织TIG1 mRNA显著低于癌旁组织（P<0.05）及正常组织（P<0.01）,甲基化组织TIGI mRNA表达显著低于非甲基化组织（P<0.01）。结论：甲基化可能是食管鳞癌中TIG1基因失活的重要机制,与患者病理分期及淋巴结转移有关。     

RNAi沉默DNMT1基因对胰腺癌细胞ppENK甲基化状态的影响

目的观察RNA干扰(RNA interference,RNAi)沉默DNMT1基因的表达对胰腺癌Panc-1细胞的前脑啡肽原(preproen-kephalin,ppENK)基因甲基化状态的影响。方法采用针对DNMT1的Stealth核糖核苷酸干扰(siRNA)胰腺癌细胞,观察DN-MT1信使核糖核酸(mRNA)及DNMT1蛋白的表达;甲基化特异性PCR反应(MSP)检测不同处理组ppENK的甲基化状态。结果 Stealth RNAi转染到胰腺癌细胞Panc-1中48 h后,siRNA-3转染组的mRNA相对表达量和比率分别为0.116和32.9%,与空白对照组(0.352,100%)、脂质体对照组(0.346,98.2%)、RNAi阴性对照组(0.339,96.3%)相比差异有统计学意义(F=2.107 E4,P=0.000 1),转染组的mRNA相对抑制率为67.1%。siRNA-3转染组DNMT1蛋白相对表达量和比率分别为0.179和32.9%,与空白对照组(0.547,100%)、脂质体对照组(0.520,95%)、RNAi阴性对照组(0.535,97%)相比差异有统计学意义(F=2.195 E5,P=0.000 1)。于100 bp和96 bp处可见ppENK基因特异性条带,呈现部分去甲基化状态的特点。结论 DNMT1靶向的Stealth RNA瞬时转染到胰腺癌细胞Panc-1中可明显沉默DNMT1的基因和蛋白的表达,逆转抑癌基因ppENK的高甲基化状态,为胰腺癌的基因治疗提供相关的理论依据。     

CYP1A1和GSTM1基因多态性与BPDE-DNA加合物的关系及其对肺癌的影响

目的 分析代谢酶基因细胞色素氧化酶P450(cytochrome P450,CYP450)1A1与谷胱苷肽硫转移酶M1(glutathione S-transferase μ1,GSTM1)的多态性和二羟环氧苯并芘(benzo A-pyrene-diolepoxide,BPDE)-DNA加合物之间的关系,并探讨其对肺癌发病的影响.方法 用病例-对照方法收集200例原发性肺癌患者的流行病学调查资料及外周血样本,采用限制性片段长度多态性-PCR法检测血中CYP1A1、GSTM1基因多态性,应用竞争性酶联免疫吸附法检测BPDE-DNA加合物浓度.结果 CYP1A1变异型吸烟者、GSTM1缺失型吸烟者患肺癌风险升高,OR值分别为2.406(1. 321～4. 382)和2.755(1.470～5.163).肺癌患者BPDE-DNA加合物浓度高于对照人群,且肺癌吸烟者加合物浓度明显高于肺癌不吸烟者(P=0.0252);GSTM1缺失型个体DNA加合物水平高于5.0加合物/108核苷酸时,患肺癌的风险升高(OR=1.988,95％ CI:1.011～3.912);CYP1A1变异型吸烟者形成高水平DNA加合物的风险明显高于CYP1A1野生型不吸烟者(P=0.0459); GSTM1缺失型吸烟者形成高水平DNA加合物的风险高于GSTM1功能型不吸烟者(OR=2.432,95％ CI:1.072～4.517).结论 GSTM1缺失型个体DNA加合物水平高更容易增加肺癌危险性;CYP1A1变异型吸烟者、GSTM1缺失型吸烟者更容易形成高水平的DNA加合物,对肺癌的发生可能有重要影响.     

UHRF1基因在甲基化调控与血管新生中的作用

近年来大量研究证实泛素样含植物同源结构域和环指结构域1(ubiquitin-like with PHD and RING finger domains 1,UHRFl)是一种与肿瘤发生相关的核蛋白基因,在表观遗传修饰过程中具有重要的调控作用,尤其是在DNA甲基化与组蛋白甲基化的调控方面。UHRF1由于其特有的结构域,在细胞生物学功能调控中起到非常重要的作用,如细胞增殖、周期和凋亡等。另外,在多种肿瘤组织和细胞中异常高表达的UHRF1可能与肿瘤血管新生密切相关。本文主要综述UHRF1对DNA甲基化及组蛋白甲基化的调控作用,并探讨了UHRF1在血管新生过程中可能发挥的表观遗传学调控作用。     

卵巢癌患者血液中RASSF1A基因甲基化的检测及其意义

目的 探讨循环肿瘤DNA中RASSF1A基因的甲基化及其与卵巢癌的关系。方法 应用甲基化特异性PCR（MSP）方法,对51名正常健康人、51例卵巢癌患者和51例卵巢良性肿瘤患者循环DNARASSF1A基因的甲基化进行了检测。结果 51名正常健康人和51例卵巢良性肿瘤患者循环DNARASSF1A基因甲基化的发生率均为0;51例卵巢癌患者循环肿瘤DNARASSF1A甲基化的发生率为43．1％（22／51,P〈0．05）。RASSF1A甲基化与卵巢癌组织学类型无明显相关性（P〉0.05）。临床Ⅰ期和Ⅱ期循环肿瘤DNARASSF1A基因甲基化的发生率明显低于临床Ⅲ期和Ⅳ期（P〈0．05）;高和中分化组RASSF1A基因甲基化的发生率低于低分化组（P〈0．05）。结论 RASSF1A基因甲基化在卵巢癌的发生和发展过程中起重要作用。卵巢癌患者的循环肿瘤DNA中可以检测到RASSF1A基因的甲基化,与卵巢癌的临床分期和组织学分级有关。循环肿瘤DNA中RASSF1A甲基化的检测有助于卵巢癌的诊断和预后判定。     

EC—SOD基因甲基化与脑梗死的相关性北大核心CSCD

目的研究细胞外超氧化物歧化酶（extracellular superoxide dismutase,EC-SOD）基因的甲基化状态与脑梗死的相关性。方法入选83例脑梗死患者和94名对照者,根据颅脑磁共振结果记录患者梗死灶的大小,并评估颅内动脉的硬化程度,进行NIHSS评分及Barthel指数评定。应用甲基化特异性PCR检测外周血EC—SOD基因的甲基化状态,并分析其与脑梗死的相关性。结果脑梗死组EC-SOD基因启动子区甲基化检出率（30．1％）较对照组低（53．2％）,差异有统计学意义（P〈0．05）。以梗死灶直径4cm为界,大面积脑梗死患者甲基化检出率（0）低于小面积脑梗死患者（39．1％）,差异有统计学意义（P〈0．05）。57例患者行颅脑MRA检查,无脑动脉硬化、轻度脑动脉硬化、中度脑动脉硬化、重度脑动脉硬化患者的EC—SOD基因的甲基化检出率有下降趋势（分别为45．5％、42．9％、23．8％、14．3％）,但差异无统计学意义（P〉0．05）。脑梗死组中,甲基化程度高者的NIHSS评分较低,差异有统计学意义（P〈0．05）;而Barthel指数较高,但差异无统计学意义（P〉0．05）。结论脑梗死患者EC—SOD基因甲基化程度较正常对照低,其程度与患者梗死灶大小、脑动脉硬化程度及神经功能缺损严重程度相关。     

结直肠腺瘤中DNMT3B表达及RASSF1A甲基化分析

目的探讨DNA甲基转移酶的表达及抑癌基因RASSF1A的甲基化及两者表达与较大结直肠腺瘤(colorectal adenoma,CA)的关系。方法选取20对直径≥10 mm的CA患者组织及对应瘤旁组织作为对照,分别使用Real-time PCR和Western blot技术检测DNMT1、DNMT3A和DNMT3B mRNA和蛋白表达变化,应用亚硫酸氢盐限制性酶切分析(COBRA)技术分析重复序列LINE-1甲基化水平,应用甲基化特异性PCR(MS-PCR)技术分析抑癌基因RASSF1A的甲基化水平。结果与对照组相比,CA中DNMT3B的mRNA和蛋白水平升高,DNMT3B的活性显著升高。CA组织中LINE-1甲基化水平降低,肿瘤抑制基因RASSF1A的启动子甲基化水平升高,且表达降低。结论 DNMT3B过表达可能在CA的发生、发展中起重要作用,具体机制可能与降低整体甲基化水平和升高抑癌基因RASSF1A甲基化水平有关。     

牛瑟氏泰勒虫病PCR诊断方法的建立

为建立一种快速、敏感的牛瑟氏泰勒虫病诊断方法,本实验分离提取牛瑟氏泰勒虫全血基因组DNA,并设计一对编码牛瑟氏泰勒虫32 kDa (P32) 主要表面蛋白基因的引物,进行PCR扩增,预期扩增的片段为875 bp.并对该实验进行特异性、敏感性及临床检测实验.结果成功扩增出了长为875 bp的基因片段,且具有高特异性和很好...     

宁夏回族动脉粥样硬化患者外周血LCAT基因DNA甲基化与血脂水平的关系

目的探讨宁夏回族动脉粥样硬化(AS)患者外周血中卵磷脂胆固醇酰基转移酶(LCAT)基因启动子区甲基化水平及与血脂的关系。方法选择经颈部多普勒超声确诊的AS患者35例及正常者42例作为对照组,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测外周血LCAT mRNA的表达,巢式降落式甲基化特异性PCR(nt-MSP)检测外周血LCAT基因DNA启动子区甲基化程度,全自动生化分析仪检测血脂水平。结果 AS组血清TC、TG和LDL水平显著高于对照组(P0.001,P0.001,P0.05);HDL水平低于对照组;与对照组相比,AS组外周血LCAT mRNA表达降低了61.2%(P0.01),同时LCAT基因甲基化程度升高了1.3倍(P0.05)。结论回族AS患者外周血中LCAT DNA高甲基化与AS的发生发展和血脂变化相关。