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1.
利用网络药理学和分子对接技术从整体层面阐释黄精治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的作用机制。通过中药化学成分数据库(TCMD)和中药系统药理学数据库(TCMSP)收集黄精化学成分并利用PharmaDB、Swiss TargetPrediction预测其作用靶点集,借助OMIM、DisGeNET及NCBI基因数据库检索AS相关靶点集。取两靶点集交集获取黄精治疗AS的潜在作用靶点,基于STRING平台构建交集靶点相互作用网络并在Cytoscape中进行可视化分析。根据拓扑参数筛选黄精治疗AS的关键靶点,采用Clue GO对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。最后利用Discovery Studio 4.0对关键靶点进行分子对接验证。结果筛选获得45个黄精活性成分和51个黄精治疗AS的潜在作用靶点,拓扑分析结果包含的5个关键靶点为血清白蛋白、丝裂原活化蛋白激酶3、丝裂原活化蛋白激酶1、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src和基质金属蛋白酶-9。GO富集分析得到131个GO条目,主要涉及类固醇激素受体的活性、细胞对类固醇激素刺激的反应和磷脂酰肌醇-3激酶信号通路等生命过程。KEG...  相似文献   

2.
目的:运用网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach、Pharm Mapper数据库挖掘黄芪的活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选鼻炎相关靶点,将两者靶点取交集,得到黄芪治疗鼻炎的预测靶点;运用Cytoscape软件构建可视化“活性成分-靶点”网络;应用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络(PPI);使用R软件对靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape软件构建可视化“通路-靶点”网络;通过vina软件将筛选的主要活性成分与核心靶点进行结果验证。结果:筛选得到黄芪相关活性成分16个,涉及靶点147个,其中主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、异鼠李素等,关键靶点包括TP53、AKT1、TNF、IL-6、VEGFA等;GO功能富集分析共得到2385条生物过程(BP),75条细胞组分(CC),140条分子功能(MF);KEGG通路富集分析共得到166条信号通路,涉及动脉粥样硬...  相似文献   

3.
目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨雷公藤干预结肠癌的作用机制。方法 雷公藤组分化学成分信息通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库,其化学成分预测的靶点分别通过PubChem和SwissTargetPrediction获得,结肠癌的相关靶点收集源于GeneCards等数据库,应用Venny2.1取两者交集;将交集靶点基因上传至蛋白质相互作用(STRING)数据库,把结果数据导入至Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络并筛选核心靶点基因。使用Cytoscape软件将相关网络关系可视化,成分与疾病共同靶点经过DAVID数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因组数据库(KEGG)富集分析,采用Cytoscape软件进行“药物-活性成分-共同靶点”网络的构建与分析。进一步筛选重要化学成分与疾病靶点进行分子对接预测。采用PyMOL软件对核心活性成分与核心靶点基因进行分子对接验证。结果 雷公藤的有效化学成分能够达到50种左右,有546个靶点,将重复项和未检索到的靶点成分删除后,实现对290个靶点蛋白与15种活性成分关系信息的高效获取。结肠癌靶点共3229个,关联调控...  相似文献   

4.
目的:采用网络药理学和分子对接初步揭示生地黄活血化瘀作用机制。方法:基于文献检索构建生地黄化学成分数据库,采用PharmMapper预测可能的作用靶标;从MeSH、OMIM和Genecards数据库收集血栓靶标,采用Cytoscape构建生地黄活血化瘀的“成分-靶点-疾病”网络;采用Network Analyzer进行网络拓扑分析,筛选生地黄主要活性成分及作用靶标;采用DAVID数据库对生地黄活血化瘀作用靶点进行基因本体(GO)分析和KEGG通路富集分析,以探索生地黄活血化瘀的作用机制;最后通过分子对接验证活性化合物与关键靶点之间的相互作用。结果:共收集生地黄化学成分136个,网络筛选出活性成分11个,其中9个为环烯醚萜苷类成分。生地黄靶点共184个,筛选出活血化瘀关键靶点28个。生地黄发挥活血化瘀功效主要涉及信号转导、蛋白质磷酸化等生物过程,主要通过调节PI3K-Akt信号通路、甲状腺激素信号通路等。梓醇可能通过PI3K及Akt活性下调实现活血化瘀作用。结论:生地黄发挥活血化瘀作用具有多成分、多靶点、多通路的特点。  相似文献   

5.
目的 应用网络药理学与分子对接的方法阐明异钩藤碱抗肺纤维化的作用机制。方法 使用Swiss Target Prediction、DisGeNET等数据库预测异钩藤碱和肺纤维化的潜在靶点。通过拓扑分析筛选核心靶点,并对其进行基因本体论(GO)功能和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。对筛选出的关键靶点进行分子对接实验验证结合活性。结果 靶点预测得到100个异钩藤碱和肺纤维化共同作用靶点,GO功能分析表明调节炎症反应、正向调节成纤维细胞增殖等多种生物过程参与肺损伤后的纤维化进程;得到了MAPK1、MAPK3、EGFR、VEGFA、PI3KCA、PI3KCD、AKT1、TNF等8个异钩藤碱治疗肺纤维化的预测靶点和以PI3K-Akt信号通路为主的潜在作用途径。分子对接结果表明异钩藤碱可以与选定的8个靶点进行结合。结论 异钩藤碱可以通过调节肺纤维化的某些生物过程,介导以PI3K-Akt信号通路为主的途径发挥肺损伤后的保护作用,为后续开展异钩藤碱抗肺纤维化的实验研究提供理论依据。  相似文献   

6.
7.
目的 借助网络药理学联合分子对接技术,探究牵牛子抗肿瘤作用的潜在药效物质基础、作用靶点以及作用机制。方法 利用TCMSP平台获得牵牛子活性成分及其对应的靶点;整合与肿瘤相关的疾病靶点,与药物靶点取交集获得药物作用于肿瘤的靶点;使用STRING数据库得到PPI网络图;使用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析以及KEGG富集分析;应用Cytoscape 3.8.2软件构建牵牛子活性成分-肿瘤靶点-作用通路网络图;应用AutoDock vina 1.1.2脚本对预测结果进行对接验证。结果 脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、8-异戊烯基山柰酚等可能为牵牛子发挥抗肿瘤作用的核心药效成分;PPI网络显示CASP3、JUN、ESR1等为关键作用靶点;通路分析显示肿瘤靶点主要富集于雌激素信号通路、甲状腺激素信号通路、p53信号通路等;分子对接结果显示:牵牛子的核心药效成分与关键肿瘤靶点具有较好的结合能力。结论 初步探究了牵牛子抗肿瘤作用的潜在药效物质基础、作用靶点及作用机制,为牵牛子治疗肿瘤的临床应用以及抗肿瘤药物研发提供科学依据。  相似文献   

8.
目的 研究麝香保心丸治疗动脉粥样硬化的作用机制,为临床长期应用提供理论依据。方法 利用TCMSP、TCMID、ETCM和BATMAN数据库对麝香保心丸有效成分及靶点进行收集与筛选;利用GeneCards、OMIM、TCMSP、DrugBank和DisGeNet对动脉粥样硬化相关靶点进行收集与筛选;构建药物-化合物-靶点网络和靶点相互作用网络;通过MetaScape平台对麝香保心丸治疗动脉粥样硬化相关靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 筛选出麝香保心丸对动脉粥样硬化潜在治疗成分114个,对应175个靶点。网络分析结果表明,麝香保心丸主要活性成分为鹅去氧胆酸、熊去氧胆酸、肉桂醛和人参皂苷Rb1等入血成分。通路富集结果显示,麝香保心丸抗动脉粥样硬化的作用机制与调节免疫、炎症和代谢相关。结论 麝香保心丸的活性成分可作用于ALB、INS、AKT1、ACTB、TNF、IL-6等靶点,调节多条通路实现对动脉粥样硬化的治疗作用。  相似文献   

9.
目的 采用网络药理学和分子对接的方式探究金莲花抗流感病毒的关键活性成分和潜在作用机制。方法 从TCMSP数据库和文献中检索主要成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测潜在靶点;以Influenza为关键词在Genecard和DisGeNET数据库检索疾病靶点;利用Venny2.1.0获取交集靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病网络”;此外利用String平台进行PPI分析,DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析;利用Sybyl-X软件进行分子对接验证。结果 一共筛选了18个活性成分其中β-谷甾醇、柳穿鱼黄素、原金莲酸、槲皮素、芹菜素为关键成分,筛选得到10个关键靶点;GO分析结果主要与炎症反应生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与TNF信号通路、HIF-1信号通路、Toll样信号通路有关。结论 金莲花治疗流感具“多成分-多靶点-多通路”协同调节的特点,为进一步研究金莲花抗击流感病毒的作用机制提供了一定的理论支撑,也为后续研究拓宽了思路。  相似文献   

10.
目的 为天麻素在临床用于抗偏头痛提供理论依据。方法 通过SwissTargetPrediction数据库获取天麻素的作用靶点,GeneCards数据库获取偏头痛的相关靶点,R 3.6.2软件获取天麻素抗偏头痛的靶点,将靶点输入String数据库构建蛋白互作网络,运用R 3.6.2软件对天麻素抗偏头痛靶点进行GO生物过程富集分析和KEGG通路富集分析,经Cytoscape 3.9.1软件构建靶点-通路网络。在AutoDock_vina 1.1.2分子模拟软件中进行分子对接,验证天麻素与关键靶点的结合力。结果 获取天麻素抗偏头痛的靶点50个。GO生物过程富集分析显示,富集P值较显著的生物过程为内肽酶活性、碳酸盐脱水酶活性、水裂解酶活性等。KEGG通路富集分析显示,富集P值较显著的信号通路为氮代谢(hsa00910)、脂质与动脉粥样硬化(hsa05417)等,其富集的靶点为碳酸酐酶(CA)、基质金属蛋白酶(MMP)、半胱氨酸天门冬氨酸特异性蛋白酶(CASP)等。分子对接结果显示,天麻素与CA1,CA9,MMP-9,CASP1靶点的对接结合能绝对值均高于7.5 kcal/mol。结论 天麻素通...  相似文献   

11.
目的 运用网络药理学和分子对接探讨涤痰汤作用于冠心病(CHD)的机制。方法 检索涤痰汤活性化合物,筛选CHD和正常人的差异基因,筛选疾病靶点。利用Cytoscape构建“中药-活性成分-基因靶点”网络图,将涤痰汤和CHD交集靶点构建相互作用网络图,进行分子对接生物活性验证。结果 涤痰汤治疗CHD的核心活性成分是柚皮素、槲皮素等,核心靶点有RELA、MAPK1等;涤痰汤治疗CHD的生物学通路主要依赖于MAPK信号、PI3K-AKT相关信号通路等,其功能主要为调节脂质代谢及调控细胞凋亡、炎症反应等,分子对接结果显示,活性成分与其靶点之间有较好的结合活性,β-谷甾醇与MAPK3的对接分数最高。结论 涤痰汤可通过多活性成分、多基因靶点、多通路治疗CHD,其网络药理学研究可为涤痰汤今后广泛使用提供理论支撑。  相似文献   

12.
目的 基于网络药理学和分子对接技术,探讨艾迪注射液治疗乳腺癌的活性成分和潜在作用机制.方法 通过中药系统药理分析平台(TCMSP)、中药综合数据库(TCMID)筛选及文献查找,收集中药黄芪、人参、斑蝥和刺五加的活性成分及对应靶点.从GeneCards、PharmGKb、OMIM、DrugBank和TTD数据库获得乳腺癌...  相似文献   

13.
目的 基于网络药理学和分子对接方法探究丹参对治疗重症急性胰腺炎(severe acute pancreatitis, SAP)的作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选出丹参的有效成分及靶点蛋白,应用Uniprot数据库将获取的靶点蛋白转换为靶基因。在OMIM、Gene Cards数据库中收集重症急性胰腺炎相关靶基因,利用Venny2.1.0分析得到药物及疾病的交集靶基因;将交集靶基因导入至STRING11.5数据库进行分析,并利用Cytoscape3.9.1软件构建蛋白相互作用网络(protein protein interaction, PPI),Network Analyzer分析丹参作用于重症急性胰腺炎的关键靶基因;通过Metascape进行富集分析,利用Cytoscape3.9.1软件构建药物成分-靶基因-通路图;借助AutoDock Tools 1.5.6、Pymol软件对药物活性成分与关键...  相似文献   

14.
曹阳洋  徐旭  李文 《中国药事》2024,38(6):653-664
目的:采用网络药理学和分子对接技术挖掘清肺解毒汤(QFJDT)治疗肺纤维化(PF)的作用机制。方法:通过TCMSP 数据库,获取QFJDT的配方活性成分,利用Swiss Target Prediction数据平台对靶标进行预测。使用 GeneCards数据库收集PF相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。进而使用Cytoscape3.6.1绘制“药物-成分-基因-疾病”网络图、构建蛋白互作网络(PPI),并筛选出核心靶标。最后对潜在作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,建立成分-靶点-通路网络,并对关键靶点进行核心化合物分子对接。结果:从TCMSP 中获取QFJDT有效活性成分280个,靶点4571个;从GeneCards数据库获取PF相关基因5149个;通过构建“药物-成分-基因-疾病”网络获得QFJDT治疗PF的关键靶点224个;通过GO富集分析发现QFJDT治疗PF与3340个生物过程有关,包括抗氧化反应、对活性氧的反应等。KEGG 富集涉及164条信号通路,表明QFJDT主要通过糖尿病并发症中的AGEs-RAGE信号通路等发挥治疗PF的作用,最后以花生四烯酸5-脂氧合酶靶蛋白与QFJDT中15 个主要活性成分进行分子对接,发现橘皮素、香豆酚C、山奈酚等多个成分均表现出较好的亲和力,表明其与PF已知靶标有直接作用关系。结论:QFJDT包含多个与PF有抑制作用的药效成分,可通过多成分多靶标协同起效的作用机制发挥药效,本文可进一步为研究QFJDT治疗PF的药效物质基础及作用靶点提供参考。  相似文献   

15.
目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨淫羊藿抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP数据库获取淫羊藿的活性成分以及相对应的靶点,利用Genecards、OMIM数据库获取疾病靶点,绘制药物-疾病韦恩图,获得其共同靶点;利用 Cytoscape 3.8.2 软件构建“淫羊藿活性成分-疾病靶点”网络可视化关系图;利用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2 软件构建蛋白相互作用网络,并进行网络拓扑分析;利用R x64 4.0.5软件,对相关靶点进行GO和KEGG富集分析,了解淫羊藿抗肿瘤可能的生物过程及其通路;最后利用SYBYL 2.0软件分子对接进行半柔性对接反向验证。结果 筛选出淫羊藿活性成分23个,靶点193个;疾病相关靶点8 169个,活性成分与疾病两者共同靶点173个;蛋白互作网络显示TP53、AKT1、JUN、CASP3等靶点基因在淫羊藿抗肿瘤的生物网络中起重要作用;潜在作用靶点涉及2 592条生物学功能、176条通路。分子对接结果显示淫羊藿活性化合物与多个疾病关键靶点具有较高结合能力,对接评分较高的为淫羊藿苷与CASP3靶点蛋白。结论 淫羊藿抗肿瘤具有多靶点和多通路的潜在作用机制,为其进一步研究提供参考。  相似文献   

16.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探究白藜芦醇治疗前列腺癌的潜在作用机制。方法 通过TCMSP、HERB、Drugbank等9个药物靶点数据库检索并收集白藜芦醇的作用靶点;利用DisGeNET、GeneCards、OMIM等6个疾病靶点数据库获得前列腺癌的相应靶点;利用Venny 2.1.0平台获得药物和疾病的交集靶点,然后利用String数据库和Cytoscape 3.9.1软件的Centiscape 2.2插件进行拓扑分析,进一步筛选得到白藜芦醇抗前列腺的作用靶点;再次利用String数据库和Cytoscape 3.9.1软件进行网络的拓扑分析,筛选出核心靶点并绘制蛋白相互作用(PPI)图;利用David数据库进行基因本体论(GO)与京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并使用Rstudio软件对其结果进行可视化;使用AutoDoc 1.5.7软件对白藜芦醇与核心靶点进行分子对接;利用UALCAN数据库验证核心靶基因在前列腺癌组织中的表达情况。结果 共收集到585个白藜芦醇作用靶点和5 331个前列腺癌相关靶点,其中交集靶点441个,进一步筛选后得到白藜芦醇抗前列腺的作用靶点67个,其中核心靶点有肿瘤抑制因子p53(TP53)、蛋白激酶B1(Akt1)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、雌激素受体1(ESR1)、转录因子Jun(JUN)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、连环蛋白β1(CTNNB1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1);KEGG富集分析主要得到糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、催乳素信号通路等;分子对接结果显示,白藜芦醇和核心靶点之间均具有良好的结合性;核心基因表达量验证结果表明,TP53Akt1在前列腺癌组织中表达量较高,STAT3ESR1CTNNB1MAPK1则表达量较低。结论 白藜芦醇可能通过TP53、Akt1、STAT3、ESR1、JUN等靶点调节AGE-RAGE、PI3K/Akt等信号通路发挥抗前列腺癌的作用。  相似文献   

17.
目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨枳实治疗肝内胆汁淤积的有效活性成分及其潜在作用机制,并对枳实黄酮类粗提物治疗胆汁淤积的药效进行验证。方法:从TCMSP数据库和中国知网文献中检索出枳实的有效活性成分并收集其靶点;通过GeneCards和OMIM数据库收集肝内胆汁淤积相关的疾病靶点,将与药物靶点重复的靶点作为潜在靶点,使用Cytoscape构建“药物-有效成分-靶点-疾病”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络(PPI);借助Metascape数据库进行GO富集与KEGG通路富集分析,最后利用AutoDock vina进行分子对接进行初步验证。观察枳实黄酮粗提物对胆汁淤积大鼠谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、总胆汁酸(TBA)、总胆红素(TBIL)、直接胆红素(DBIL)和碱性磷酸酶(ALP)指标的影响。结果:筛选得到35个活性成分,相关潜在靶点161个,疾病靶点1 248个,枳实治疗肝内胆汁淤积潜在靶点87个,主要作用于AKT1、TP53、TNF、CASP3、VEGFA、IL6、HIF1A等19个核心靶点,这些共同作用靶点富集于4 405个生物过程和246条信号通路...  相似文献   

18.
目的 通过网络药理学方法研究蓝布正治疗心血管疾病的潜力。方法 通过文献检索的方法收集蓝布正中的主要化学成分,利用PubChem、Swiss Target Prediction、TargetNet等数据库查找化学成分的作用靶点,用CTD数据库筛选与疾病相关的潜在靶点;运用STRING分析靶点蛋白的互作关系;通过DAVID数据库进行靶点蛋白的基因功能与通路分析;采用Cytoscape软件进行网络的构建与分析;在RCSB PDB数据库中检索获取相关靶标的晶体结构,借助AutoDock软件,将成分与靶标蛋白进行分子对接验证。结果 本研究共收集到蓝布正的有效成分58个,可作用于201个靶点,其中涉及到心血管疾病的靶点有73个。共发现了6个与心血管疾病最相关的通路,即花生四烯酸代谢、NF-κB信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗信号通路、钙信号通路和VEGF信号通路。结论 本研究发现蓝布正主要通过炎症反应、胰岛素抵抗和调节血管生成等途径发挥治疗心血管疾病的作用,为其治疗心血管疾病的研究方向和临床应用提供科学依据。  相似文献   

19.
摘要:目的:采用网络药理学方法研究冬虫夏草治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法:在TCMSP和Sym Map数据库中检索并筛选冬虫夏草活性成分,利用Target Net数据库和PharmMapper平台预测活性成分的靶点。借助Gene Cards和CTD数据库预测DN相关靶点,并和活性成分对应靶点取交集得到冬虫夏草治疗DN的潜在作用靶点,通过富集分析探索其作用机制。在String数据库中分析潜在作用靶点的蛋白相互作用(PPI),并借助Cytoscape构建可视化网络,进行网络拓扑分析筛选核心靶点。最后,对核心靶点与其对应成分进行分子对接验证。结果:筛选得到冬虫夏草活性成分17个,对应237个靶点,将其与232个DN相关靶点取交集得到32个潜在作用靶点。其中核心靶点为丝裂原激活蛋白激酶1(MAPK1)、丝裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)和胱天蛋白酶3(CASP3),分子对接结果显示其与对应成分之间的结合活性较好。基因本体论(GO)富集得到39条生物过程(P<0.01),主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对胰岛素刺激的反应等。京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集得到49条通路(P<0.01),主要包括催乳素信号通路、叉头框转录因子O亚型(Fox O)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、胰岛素抵抗、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等。结论:冬虫夏草可能通过抗足细胞凋亡、降低胰岛素抵抗发挥治疗DN的作用,还需进一步实验验证。  相似文献   

20.
目的:预测黄芪对溃疡性结肠炎(UC)的可能作用靶点与机制,为临床应用黄芪治疗UC的后续研究提供参考.方法:经中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)和UniProt KB数据库检索黄芪的活性成分及其对应靶点基因,经Gene Cards数据库检索UC疾病相关靶点基因,借助Venny 2.1.0在线作图工具获取黄芪与UC...  相似文献   

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