基于网络药理学和分子对接探讨疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制

[目的] 探讨疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制。[方法] 在中药系统药理数据库（TCMSP）筛选疏风止痉方12味中药活性成分,并预测作用靶点;运用GeneCards、OMIM数据库获取耐药性癫痫相关基因,获得DRE相关靶点;利用R4.0.0语言筛选药物和疾病的交集靶点,借助String数据库构建靶点蛋白互作网络;通过Cytoscape 3.7.2软件构建中药-化学成分-疾病靶点网络;使用R语言进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用Cytoscape软件构建KEGG关系网络;最后通过AutoDock Vina对重要化合物作分子对接验证。[结果] 得到潜在作用靶点165个,筛选出槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、柚皮素5个主要化学成分,7个核心靶点PT－GS2、HSP90AA1、ESR1、AR、MAPK1、AKT1、MAPK3,基因富集分析得到2 584条GO功能条目和171条KEGG通路。分子对接结果表明疏风止痉方中主要活性成分与核心作用靶点具有良好的结合活性。[结论] 该研究初步揭示了疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制,主要是通过抗病毒、抑制炎症、神经保护等作用起到协同增效作用,为临床合理应用提供了理论依据。     

基于网络药理学与分子对接技术的石菖蒲治疗癫痫作用机制研究＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲抗癫痫的有效成分及作用机制。方法 运用中药系统药理数据库及分析平台检索石菖蒲有效成分及主要靶点，通过GeneCards数据库收集癫痫疾病的相关潜在作用靶点，运用Cytoscape.3.7.1和 String绘制石菖蒲-癫痫靶点互作关系图，运用Metascape数据库进行GO和KEGG信号通路富集分析。运用AutoDock Vina 1.1.2软件对石菖蒲主要有效成分与癫痫相关靶标进行分子对接验证；通过构建戊四唑诱导的癫痫模型初步评价石菖蒲提取物及潜在有效成分的抗癫痫作用。结果 由 TCMSP 筛选得到4个有效成分及76个主要靶点。癫痫疾病以“Score”大于1.5分进行筛选得到3685个靶标。GO富集分析得到BP条目10个，细胞CC条目9个，MF条目10个（P<0.01），主要涉及核受体活性、离子通道活性、激素结合、神经递质受体活性、蛋白激酶活性、钙调蛋白结合等。KEGG 富集得到14条通路，主要涉及c型凝集素受体信号通路、雌激素信号通路、Ca²⁺信号通路、逆行内源性大麻素信号通路等。分子对接结果显示，桉脂素、山奈酚和8-异戊烯基山奈酚与癫痫关键靶标GABRA2、PPARG等具有良好的结合活性。动物实验结果表明，石菖蒲水提取物及主要潜在有效成分桉脂素和山奈酚在PTZ致小鼠癫痫模型上显示出较好的抗癫痫活性。结论 本研究通过动物实验验证了石菖蒲提取物和潜在有效成分的抗癫痫活性，并且运用网络药理学和分子对接技术探讨了其抗癫痫作用机制，发现石菖蒲可通过多个成分如桉脂素、山奈酚、8-异戊烯基山奈酚，多靶点如GABA_A、PPARG等，多条通路如雌激素信号通路、钙信号通路对机体产生协调效应从而抑制癫痫的发作。该研究提示石菖蒲治疗癫痫具有多成分、多靶点、多通路特点，为石菖蒲的进一步研究提供数据支撑。     

基于网络药理学和分子对接探讨蒙药额尔敦-乌日勒治疗癫痫的潜在作用机制

利用网络药理学筛选额尔敦-乌日勒抗癫痫的作用靶点及潜在作用机制,为临床治疗癫痫提供理论依据。从有关文献中确定额尔敦-乌日勒的有效成分,采用TCMSP数据库筛选出额尔敦-乌日勒的有效活性成分及靶标;通过TTD、OMIM数据库筛选癫痫的预测靶点,将两者靶点进行映射交集,利用STRING数据库构建蛋白互作网络图并筛选出47个核心靶点;再通过AmiGO2平台进行GO (Gene Ontology)生物过程和KEGG信号通路富集分析,利用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-关键靶点-通路网络图,分子对接显示木犀草素、3-甲基环十五烷酮对MAOA、MMP9、EGFR等具有较强的亲和力。网络药理学研究提示,额尔敦-乌日勒通过降低表皮生长因子(EGF)的mRNA表达,促进癫痫凋亡因子表达和增强脑内抑制性神经递质的表达,通过多途径抑制脑内神经元的同步化放电,从而达到治疗癫痫的目的。通过探讨蒙药额尔敦-乌日勒治疗癫痫多靶点多通路的作用特点,为额尔敦-乌日勒治疗癫痫的下一步研究及临床应用提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制.通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点.使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台绘制PP...     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...     

基于网络药理学与分子对接探讨紫苏预防心血管疾病的作用机制

目的：从网络药理学探讨中药紫苏预防心血管疾病的作用机制。方法：运用网络药理学的研究方法,通过中药系统药理学与数据库分析平台（TCMSP）、GeneCards数据库和OMIM数据库初步筛选紫苏及心血管疾病作用靶点;用Venny 2.1制作韦恩图得到紫苏与心血管疾病交集靶点作为研究对象;通过STRING数据库构建交集靶点间的蛋白互作网络,获得核心作用靶点,并利用Cytoscape 3.8.2软件绘制可视化图;运用微生信在线平台对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock Tools软件对活性成分和关键靶点进行分子对接,并用Pymol软件进行可视化分析。结果：共筛选得到紫苏有效成分41种及其作用靶点94个,心血管疾病相关靶点15 138个,交集靶点89个。GO富集分析得到936个生物过程（BP）条目,59个细胞组成（CC）条目,85个分子功能（MF）条目。KEGG富集分析得到144条与心血管疾病显著相关的通路。结论：紫苏治疗心血管疾病的作用机制可能是通过芹黄素、β-胡萝卜素、木犀草素、β-谷甾醇作用于CCND1、CASP3、CTNNB1、MYC、HIF1A、VE...     

基于网络药理学及分子对接探讨八珍汤抗疲劳的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨八珍汤抗疲劳的药理机制,为八珍汤抗疲劳的临床应用提供理论依据。方法：筛选八珍汤药物的活性成分及靶点,查找疲劳相关基因,确定八珍汤抗疲劳靶点,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将预测靶点最多的活性成分与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中节点最大的靶点进行分子对接。结果：共筛选出143个有效活性成分,作用于133个疲劳靶点,八珍汤抗疲劳的核心基因主要有白细胞介素-1β(IL-1β)、趋化因子8(CXCL8)等47个。中药-疾病靶点涉及的GO功能分析中,生物过程主要集中在对无机物的反应、脂多糖的反应、炎症反应等;分子功能主要集中在激酶结合、DNA结合转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等;细胞组分主要集中在膜筏、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、囊腔等。KEGG通路富集分析主要富集在包括癌症通路、糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、甘草酮a和β谷甾醇与核心靶点结合性较好,结合能均<0 kcal/mol。结论：八珍汤抗疲劳的机制...     

基于网络药理学和分子对接探讨逍遥散抗抑郁的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术深入研究逍遥散抗抑郁的机制,为临床诊断与治疗提供理论上的依据。方法：首先使用TCMSP检索柴胡、当归、白芍、白术、茯苓、甘草、干姜、薄荷的主要活性成分,并筛选出口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18的中药作用靶点,再使用GeneCards、Pharm Gkb、TTD、DrugBank等数据库系统筛选出抑郁症的有关靶点,并获取交集基因,将抑郁症的相关基因与逍遥散的有效活性成分进行交集,最后使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0应用软件查找PPI网络系统核心,构建“中药-疾病-靶点”通路,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后运用Pymol软件对逍遥散的有效活性成分与抑郁症疾病靶点进行分子对接。结果：获得逍遥散有效活性成分161种;逍遥散抗抑郁靶点2588个,其中核心靶点6个;GO生物过程2247条,KEGG通路179条。分子对接结果显示,逍遥散中柚皮素、利可查尔酮、木犀草素、槲皮素均能较好地与抑郁症靶蛋白结合。结论：逍遥散抗抑郁的潜在药理学机制及其活性化合物...     

基于网络药理学和分子对接探讨续断治疗骨质疏松性骨折作用机制

目的：运用网络药理学及分子对接技术探讨续断治疗骨质疏松性骨折（OPF） 的作用机制。方 法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 筛选续断具有高活性的潜在有效成分,通过GeneCards 和OMIM 数据库筛选OPF 的相关靶标,运用Metascape 数据库对OPF 相关靶标进行映射,确定续断对OPF 的 可能靶标。利用Cytoscape 软件搭建续断治疗OPF 的药物-成分-疾病-靶点网络;通过STRING 平台构建蛋白 质互作网络;利用David 数据库提供的续断相关靶标进行基因本体论（GO） 和京都基因和基因组百科全 书（KEGG） 通路富集分析;最后通过分子对接验证核心靶点和续断活性成分的结合能力。结果：续断治疗 OPF 的主要活性成分主要有龙胆碱（Gentisin）、β-谷甾醇（β-sitosterol）、谷甾醇（Sitosterol）、（E,E）-3,5-二 邻咖啡酰奎宁酸（[ E,E）-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid]和林生续断苷Ⅲ-qt（SylvestrosideⅢ-qt）等成分,其作用 于半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、β2-肾上腺素受体基因（ADRB2）、Bcl-2 相关X 蛋白（BAX）、B 淋巴 细胞瘤-2 基因（BCL2）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8（CASP8）、雌激素受体2（ESR2）、半胱氨酸天冬氨酸蛋 白酶9（CASP9）、二肽基肽酶-4（DPP4）、糖原合成酶激酶3（GSK3β）、异常凝血酶原（F2） 等靶点。续断 能够通过参与转录调控和细胞凋亡执行阶段的半胱氨酸型内肽酶、G 蛋白偶联胺受体、缩氨酸酶活性等生物过 程,调控癌症通路、弓形体病、卡波西肉瘤相关的疱疹病毒感染、乙型肝炎、大肠癌、小细胞肺癌脂质与动脉 粥样硬化、雌激素信号通路来发挥治疗OPF 的作用。分子对接结果显示,续断的活性成分（E,E） -3,5-二邻 咖啡酰奎宁酸、龙胆碱、威岩仙皂苷A_qt、β-谷甾醇与CASP3、ADRB2、CASP8 有较好的亲和力。结论：续 断可通过直接作用骨代谢相关途径和参与调节上下游多个信号通路对OPF 进行治疗,CASP3 及癌症通路可能 是其治疗OPF 的关键靶点及通路。     

基于网络药理学和分子对接研究三仁汤治疗肺癌的分子机制

目的：采用网络药理学方法筛选三仁汤君药药对（SRJMP）的活性成分及核心靶点,探讨三仁汤君药药对治疗肺癌的作用机制。方法：依托中药系统药理学分析平台（TCMSP）,检索三仁汤 3 味中药相关的所有化学成分及预测作用靶点,采用STRING 数据库与 Cytoscape 软件构建“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白互作网络,通过 ClusterProfiler、ClueGO、DAVID 数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集。把候选作用靶点映射在 KEGG 通路图上分析结果,最后应用 AutoDock 软件进行分子对接。结果：共筛选出 40 个活性成分和 222 个相应蛋白靶点。首要分析核心靶点47 个,GO 分析共包含 117 条富集结果,KEGG 通路富集筛选出 30 条通路。结论：通过网络药理学验证了 SRJMP 多成分、多靶点、多通路的特点,其可能是通过调控免疫细胞分化,肿瘤相关信号通路以及干预细胞代谢过程,达到抗肿瘤作用。     

基于网络药理学与分子对接探索血必净治疗新型冠状病毒感染所致的ARDS的分子机制

目的:采用网络药理学和分子对接探索血必净治疗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致的急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的分子机制。方法:从数据库中筛选ARDS差异基因及血必净的有效活性成分和靶点,然后对二者的共同靶点进行基因本体(GO)富集分析及基因组百科全书(KEGG)通路分析,应用STRING平台构建蛋白互作(PPI)网络模型,利用Cytoscape软件构建中药-活性化学成分-靶点-疾病网络图、靶点-富集通路网络图以筛选出核心化合物、靶点以及通路,最后对核心靶点和化合物通过分子对接进行初步验证。结果:得到ARDS差异表达基因349个,在血必净中共有125个主要活性成分和1 447个预测靶点,筛选出7个核心化合物,6个药物-疾病共同靶点,16条富集信号通路。分子对接结果显示血必净中的核心化合物与ACE2、SARS-CoV-2 3CL水解酶、AKT1、MAPK14具有较好的结合活性。结论:血必净可能通过调控AKT1、MAPK14、ACE2、VEGF信号通路、色氨酸代谢、C型凝集素信号通路等多靶点、多途径发挥对SARS-CoV-2导致的ARDS的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨尿C 方治疗IgA 肾病作用机制

目的：通过网络药理学探讨尿C 方治疗IgA 肾病（IgAN） 的关键成分和作用机制。方法：通过中 药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、PubChem、Swiss ADEM 和SwissTargetPrediction 获得尿C 方作用 靶点;应用Cytoscape 3.9.1 软件构建“药物-成分-靶点”相互作用网络;通过GeneCards、OMIM 和DisGeNET 平台获得IgAN 作用靶点;通过Venn 2.1 制作韦恩图获得尿C 方和IgAN 之间的交叉靶点并进行鉴定和可视 化,并利用STRING 数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）;借助DAVID 数据库对交集靶点进行GO 和KEGG 富集分析并运用微生信在线平台对交集靶点进行GO 和KEGG 富集分析可视化;使用Autodock Vina 软件进行分子对接验证,并利用PyMol 软件得出对接结果。结果：共筛选得到尿C 方有效成分70 种及对应 1 363 个作用靶点,其中确定了10 个关键活性成分。IgAN 相关靶点1 593 个,除重复项后获得823 个疾病靶 点,交集靶点111 个。GO 富集分析得到706 个BP 条目,63 个CC 条目,123 个MF 条目。KEGG 富集分析得 到161 条与IgAN 显著相关的通路。分子对接结果表明,核心活性成分与核心靶点之间存在较强的结合活性。 结论：尿C 方治疗IgAN 的作用机制可能是通过槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、黄芩素等调控AGE-RAGE 信号 通路、IL-17 信号通路、脂质和动脉粥样硬化等发挥治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接方法分析川贝母治疗肺炎的分子机制

目的：运用网络药理学分析方法和分子对接分析方法,分析川贝母治疗肺炎的分子机制,为后续研究提供理论依据。方法：根据已发表的文献和数据库及ADEM参数筛选川贝母的有效成分,在Swiss Target Prediction,Similarity ensemble approach等数据库上查找川贝母所有有效成分的靶点,在DisgeNet、GeneCards等数据库中查找肺炎的治疗靶点,通过韦恩图求靶点的交集即为川贝母治疗肺炎的治疗靶点,通过String数据库构建治疗靶点PPI网络图,运用Cytoscape3.8.0自带应用程序CytoNCA筛选出综合集中性前五的靶点即为川贝母治疗肺炎的核心靶点,在Metascape网站上进行靶点基因GO富集和KEGG通路富集,应用Cytoscape3.8.0构建有效成分和治疗肺炎靶点网络图,应用Discovery studio 2019中的Cdocker对选定有效成分和核心靶点进行分子对接。结果：共筛选出59种有效成分,包括生物碱类物质22种,有机酸类物质20种,核苷类物质8种,其他类物质9种,韦恩图筛选出100个川贝母治疗肺炎的靶点,经过集中性筛选选出川贝...     

基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的：采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络数据库(STRING)构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等相关靶点起...     

基于网络药理学及分子对接研究金珍滴眼液治疗干眼作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接研究金珍滴眼液治疗干眼的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中药综合数据库（TCMID）筛选出金珍滴眼液的所有化学成分及作用靶点;通过人类基因数据库（GeneCards）、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）筛选出干眼的相关靶点;使用RGUI软件绘制韦恩图,得到金珍滴眼液治疗干眼的潜在靶点,利用STRING数据库和合Cytoscape软件构建蛋白互作网络;利用RGUI软件ClusterProfiler库进行GO功能和KEGG富集分析;使用AutoDockTools和Vina软件对关键靶点和活性成分进行分子对接,使用Pymol软件绘制对接结果。结果：金珍滴眼液中共挖掘出治疗干眼的主要活性成分34种,药物和疾病共同靶点221个。治疗干眼的重要靶点涉及AKT1、TP53、HSP90AA1、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6 (IL-6)、表皮生长因子受体（EGFR）等,主要作用于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、白细胞介素-17 (IL-17)信号通路、MAPK信号通路、表皮生长因子受体...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨泽泻治疗动脉粥样硬化作用机制

目的：利用网络药理学及分子对接技术探讨泽泻治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、Swiss Target Prediction数据库筛选泽泻的活性成分及相关靶点。利用Gene Cards、OMIM、TTD等数据库检索动脉粥样硬化疾病相关靶点,最后得到泽泻与动脉粥样硬化的共同靶点,并进行GO生物进程及KEGG通路富集分析,应用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。结果：泽泻的10个主要活性成分和327个潜在靶点,可能通过调节磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）、白细胞介素（IL）、表皮生长因子等相关蛋白及PI3K-Akt、IL-17、AGE-RAGE等信号通路影响脂质代谢、类固醇代谢、炎症反应,分子对接验证结果提示泽泻醇B、泽泻醇C、泽泻醇A与核心靶点蛋白结合活性更显著。结论：泽泻通过调节脂质代谢、抗炎、抗氧化应激、调节内皮功能等反应发挥抗动脉粥样硬化的作用,为临床应用提供了药理依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桔梗治疗非小细胞肺癌分子机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨桔梗治疗非小细胞肺癌（NSCLC） 的分子机制。方 法：通过中药系统药理学数据库与分析平台数据库（TCMSP） 获得桔梗的化学成分，通过Pharmmapper 和 Swiss Target Prediction 数据库筛选出桔梗的活性成分靶点，在TTD、DrugBank 数据库中获得与NSCLC 相关的 疾病靶点，通过STRING 数据库进行蛋白-蛋白相互作用（PPI） 分析，采用CytoScape 3.9.1 软件构建PPI 网 络，通过DAVID 数据库对桔梗治疗NSCLC 的作用靶点进行基因本体论（GO） 和京都基因与基因组百科全 书（KEGG） 通路富集分析，通过CytoScape 3.9.1 软件构建“成分-靶点-信号”通路网络，利用分子对接验证 桔梗活性成分与核心靶点的结合能力，通过qPCR 技术对核心靶点的基因相对表达量进行体外实验验证。结 果：筛选得到桔梗7 个潜在活性成分，获得35 个桔梗治疗NSCLC 的靶点，通过PPI 网络分析并根据 度（Degree） 值得到6 个核心靶点。GO 功能富集分析得到94 条与生物过程相关条目、26 条与分子功能相关 条目、47 条与细胞组分相关条目，KEGG 通路富集分析得到癌症通路、表皮生长因子受体（EGFR） 酪氨酸激 酶抑制剂耐药性等42 条通路。分子对接结果表明，花旗松素与前列腺素内过氧化合物酶2（PTGS2）、木犀草 素与P-糖蛋白（ABCB1） 和PTGS2、刺槐素与EGFR 等有较好的对接活性。给药24 h 后，与空白对照组相 比，桔梗提取物低剂量组A549 细胞活性下降（P＜0.05），桔梗提取物高剂量组A549 细胞活性低于桔梗提取 物低剂量组（P＜0.05）。qPCR 实验结果显示，与空白对照组相比，桔梗提取物低剂量组A549 细胞中 ABCB1、EGFR、PTGS2 mRNA 表达量均降低（P＜0.05），桔梗提取物高剂量组A549 细胞中ABCB1、EGFR、 PTGS2 mRNA 表达量均低于桔梗提取物低剂量组（P＜0.05）。结论：桔梗的多种活性成分可能通过抑制 ABCB1、EGFR 及PTGS2 等的表达调控癌症通路、EGFR 酪氨酸激酶抑制剂耐药性等信号通路，以治疗 NSCLC。桔梗提取物改善NSCLC 可能存在一定的剂量依赖性。     

基于网络药理学和分子对接探讨龟鹿二仙胶治疗少、弱精子症作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接探讨龟鹿二仙胶治疗少、弱精子症（AS）的物质基础及作用机制。方法 运用TCMSP数据库筛选龟鹿二仙胶中枸杞子、人参的活性成分及靶标，检索文献及BATMAN-TCM、DrugBank、ETCM、化学专业数据库获取鹿角胶、龟板胶活性成分及靶标；运用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD、DisGeNET数据库筛选AS靶标；运用R语言软件映射得到龟鹿二仙胶治疗AS靶标，运用Cytoscape平台构建龟鹿二仙胶-药物活性成分-靶标及龟鹿二仙胶-药物活性成分-靶标-AS间的互作网络图；运用STRING平台构建治疗靶标间互作网络图；运用ClueGo插件对治疗靶标行GO生物功能分析，R语言软件行KEGG通路富集分析；并运用ZINC、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物有效活性成分与关键靶标作分子对接。结果 从龟鹿二仙胶中共获得83个有效活性成分，得到53个龟鹿二仙胶治疗AS的潜在靶标，这些靶标主要涉及氧化应激、脂质沉积负调节等生物学过程，并主要富集在PI3K/Akt，HIF-1等信号通路上；分子对接验证显示对接得分 < -5 kcal·mol^-1占82.5%，即大部分靶标与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学及分子对接证实了龟鹿二仙胶多成分、多靶标、多途径的作用特点，预测了龟鹿二仙胶可能通过PI3K/Akt，HIF-1等途径，从而调控氧化应激、脂质代谢等生物学过程治疗AS的可能作用机制，为进一步研究其活性成分和作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接对金丝桃苷抗肝癌作用机制

目的 采用网络药理学的方法,对金丝桃苷抗肝癌的作用机制进行探讨。方法 使用过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、药物基因相互作用数据库（DGIdb）、毒性与基因比较数据库（CTD）及SwissTargetPrediction数据库预测金丝桃苷的作用靶点。利用基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传病数据库（OMIM）等5个数据库,获得肝癌疾病相关靶点。二者取交集,即金丝桃苷抗肝癌作用靶点。采用在线注释及可视化整合分析工具（DAVID v2021q4）进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。Cytoscape 3.6.1软件构建作用靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选出核心作用靶点,并对金丝桃苷与核心作用靶点亲和力进行分子对接验证。细胞活力实验观察金丝桃苷抗肝癌的作用;划痕实验观察金丝桃苷对肝癌细胞迁移的作用;实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）、蛋白免疫印迹法（Western blot）检测金丝桃苷对关键靶基因胱天蛋白酶-3（Caspase-3）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）mRNA及蛋白表达的影响。结果 共获得金丝桃苷抗肝癌的相关基因45个,并筛选出核心靶基因6个。KEGG途径分析富集的信号通路包括凋亡信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路及癌症信号通路等。分子对接显示核心靶基因Caspase-3、TNF、雌激素受体1（ESR1）、MAPK3、过氧化氢酶（CAT）及环加氧酶2（PTGS2）与金丝桃苷亲和力较好,尤其与Caspase-3与MAPK3具有强烈的结合活性。另外细胞实验显示,与空白组比较金丝桃苷能减低肝癌细胞活力（P<0.05）,抑制肝癌细胞迁移,同时升高Caspase-3 mRNA表达（P<0.05）,降低MAPK3 mRNA表达（P<0.05）。结论 金丝桃苷抗肝癌作用通过影响Caspase-3、TNF、ESR1、MAPK3、CAT、PTGS2等核心靶点,共同干预凋亡信号通路、TNF信号通路及癌症信号通路等,以达到抗肝癌的作用。