中国汉族人群HLA新等位基因DRB1＊112802的确认

目的 识别确认中国汉族人群中的HLA新等位基因.方法 使用FLOW-SSO对骨髓库样本进行常规分型,发现一份样本DRB1位点的分型结果为DRB1*09,1109.用PCR-SBT方法对该样本进行确认,发现在外显子2有1个位置与数据库不相符.用组特异性引物分别扩增DRB1*09及DRB1*11基因,对外显子2进行双向测序,发现一个与DRB1*1128序列相近的新等位基因.分析该等位基因与DRB1*1128序列的差异.用EB病毒感染外周血B淋巴细胞,建立该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系.结果 该等位基因与DRB1*1128相比在外显子2有1个碱基的改变,碱基189A→G,导致密码子34 Q (CAA)→Q(CAG),该氨基酸是同义突变.成功建立了该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系.结论 该等位基因为新的HLA-DRB1等位基因,该基因序列已提交Genbank,注册号为FJ870104,已于2009年4月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*112802(上报编号HWS10006282).     

一个无效新等位基因C*01∶37N的鉴定及其序列分析

目的 鉴定中国汉族人群中新发现的一个HLA-C无效等位基因,并对国际上业已公布的HLA-C无效等位基因的突变情况进行分析.方法 采用分子克隆和单倍体测序的方法,鉴定1例HLA-C基因测序分型结果异常样本的分子生物学基础.结果 检出了一个C*01新变异等位基因,其序列与C*01∶02∶01最相近,但存在编码区nt 363 G＞A点突变,位于第三外显子的第97密码子由TGG直接变成终止密码子TGA,导致一个无效等位基因,其序列提交国际GenBank(序列号:GU592508)和IMGT/HLADatabase(HWS10010188).结论 该无效等位基因已被世界卫生组织(WHO)HLA因子命名委员会正式命名为C*01∶37N.

Abstract：

Objective To identify a novel HLA-C null allele in a Chinese Han individual and characterize the nucleotides mutations of HLA-C null alleles reported currently. Methods The molecular basis of a sample with inconclusive sequencing result was clarified by traditional cloning and haplotype sequencing. Results A novel HLA-C * 01 variant allele was identified. Its sequence was very similar to allele C * 01∶02∶01. There was a single nucleotide mutation at the coding sequence nt 363 G＞ A (codon 97TGG＞TGA) in exon 3. The genomic sequence of this novel allele was submitted to GenBank with the accession number GU592508 and the IMGT/HLA Database (HWS10010188). Conclusions The novel variant null allele has been officially named C * 01∶37N by the WHO Nomenclature Committee for factors of the HLA System.     

人类白细胞抗原新等位基因A＊2636的确认

背景:目前中华骨髓库主要采用分辨率较高的聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法检测人类白细胞抗原HLA-A、B、DRB1,该方法在高分辨率的同时,有些检测结果难以一次性确定,可采用DNA测序技术确认.目的:识别和确认一个人类白细胞抗原新等位基因.设计、时间及地点:以DNA为观察对象的开放性实验.常规初检聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法于2007 11在河南省红十字血液中心中华骨髓库河南分库人类白细胞抗原组织配型实验室完成,测序实验于2008-02在戴诺生物技术(北京)有限公司人类白细胞抗原实验室完成.材料:中国造血干细胞捐献者初检结果可疑为新基因的重采血样5 mL.方法:采用聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法进行常规人类白细胞抗原分型,发现A位点反应格局异常,提示有2个无法解释的假阳性探针反应(10FP、88FP)和1个假阴性探针反应(56FN)、不能正常判读给出确切结果时,采用DNA测序技术测定人类白细胞抗原A位点外显子2,3,4(Exon2,3,4)的核苷酸序列,并与已知相近等位基因进行序列对比分析.主要观察指标:测序结果与已知人类白细胞抗原等位基因序列的比较分析.结果:聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法基因分析结果显示,受检者人类白细胞抗原基因分型为A*02xx,26xx(10 FP、88FP 58FN),B·15(75),55xx,DRB1 08xx,11xx,A位点反应格局异常,提示有2个无法解释假阳性反应(10 FP、88FP),有1个似阴性探针反应(58FN),不能指定为任何人类白细胞抗原A位点等位基因.对本例人类白细胞抗原A基因第2,3,4外显子双向之直接测序结果分析显示:A*02010101,A*260101 292 S/C.分析测序结果峰图,292位置应为C,分析软什提示该基因改变在A*26new一侧.该序列与人类白细胞抗原A*260101进行比对,同源性99%,在第2外显子区域292位碱基发生了G→C,74位的密码了GAC>CAC最终导致了氨基酸的改变,即天冬氨酸(Asp)→组氨酸(His).结论:该序列为A位点的一个新等位基因,已在GenBank注册(注册号EU785343),并于2008-04被WHO-HLA因子命名委员会正式命名为A*2636.(HWS10005530).     

HLA新等位基因HLA-A~* 33:39的序列分析及鉴定

目的人类白细胞抗原(HLA)新等位基因HLA-A*33∶39的序列分析及鉴定。方法利用多聚酶链反应—基于测序的分型(PCR-SBT)技术鉴定HLA新等位基因。结果发现1个与A*33∶03∶01序列相近的未知等位基因,实验结果表明其在A*33∶03∶01第4外显子649位G>A,其突变造成A*33∶03∶01氨基酸序列中192位的丙氨酸(A)>苏氨酸(T)。结论此为HLA-A位点的1个新等位基因,2010年10月被世界卫生组织HLA命名委员会命名为HLA-A*33∶0339。     

HLA新等位基因A*3018的序列分析和确认

为了识别和确认中国汉族人群中的HLA新等位基因,使用PCR-SSP、FLOW-SSO以及PCR-SBT等HLA分型技术,发现样本A位点的杂合结果A*240201,300101在外显子2有3个位置与数据库不相符。用组特异性引物分别扩增A*24及A*30基因,对外显子2、3、4进行双向测序,发现1个与A*300101序列相近的新等位基因。分析该等位基因与A*300101序列的差异。用EB病毒感染外周血B淋巴细胞,建立该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系。结果表明:该基因与A*300101相比在外显子2有3个碱基的改变,碱基121A→C、123T→C导致密码子17AGT->CGC,17S(丝氨酸)→R(精氨酸);碱基126A→G导致密码子18GGA→GGG,18G(甘氨酸)→G(甘氨酸),该氨基酸是同义突变。成功建立了该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系,该基因序列已提交GenBank,编号为DQ872509。结论:该等位基因为新的HLA-A等位基因,已于2006年8月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*3018(上报编号HWS10004039)。     

中国西北汉族人群HLA-A~* 02等位基因的分布特点

目的研究西北汉族人群HLA-A* 02等位基因的分布特点。方法对760份健康无血缘关系的西北汉族人群HLA-A* 02等位基因进行高分辨基因分型,计算HLA-A* 02各等位基因构成比并与其他不同地区人群进行比较。结果 760份样本中,检出9种HLA-A* 02等位基因,以A* 0201(48.86%)为优势等位基因,A* 0207(22.72%)和A* 0206(15.91%)比较常见,纯合子主要为A* 0201/A* 0201,杂合子主要为A* 0201/A* 0207。结论西北汉族人群HLA-A*02等位基因的分布特点比较接近北方汉族人群,但具有其自身分布特点。     

基因测序鉴定新等位基因HLA-A*11:01:37

目的 鉴定1个中国汉族人群中发现的HLA-A新等位基因.方法 应用双链亢接测序分型技术对中华骨髓库志愿捐献者进行常规HLA高分辨分型,发现1份样本HLA-A位点有1个碱基错配,采用单链DNA测序进行新等位基因鉴定.结果 确认1个等位基因序列未曾报道过,与同源性最高的HLA-A*11:01:01相比,该等位基因393位碱基由G变为A,导致107位密码子由GGG变为GGA,编码氨基酸未改变,仍为甘氨酸(Gly).结论 鉴定了1个新的HLA-A等位基因,2012年1月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*11:01:37,Genbank注册号为JN209962.     

HLA新等位基因A＊9217家系调查分析

背景：目前所发现的HLA等位基因是在人类进化过程中,为了适应某种外界环境过程中逐渐产生的,新近产生而不曾被人们发现的为新等位基因,这些新的等位基因产生诱因千变万化,在诱发因素消除之后这些突变是否持续存在,尚需进一步观察。目的：采用DNA测序技术确认聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸分型检测中的可疑结果,确认新的HLA等位基因,分析新等位基因HLA-A＊9217（WHO注册号：WHS10004629）的遗传方式。设计、时间及地点：以DNA为观察对象的开放性试验。其中常规初检聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法于2007-11在河南省红十字血液中心中华骨髓库河南分库人类白细胞抗原组织配型实验室完成,测序实验于2008-02在戴诺生物技术（北京）有限公司人类白细胞抗原实验室完成。材料：中华骨髓库志愿捐献者（编号：371xxxxx）及其直系3代亲属血样,受试者共9人在实验室逐个登记,采集静脉血5mL,EDTA抗凝。方法：用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸流式荧光微珠HLA分型方法、SBT测序分型方法,对A＊9217携带者家庭成员进行中低分辨,DNA测序高分辨检测分析,血清学方法检测ABO,MN,Rh血型系统,分析新基因的发现及遗传方式。主要观察指标：HLA新等位基因A＊9217携带者A位点外显子3序列对比。结果：通过受检者HLA分型结果和红细胞系统ABO,MN,Rh血型分析,先证者A＊9217应来自父方,但父方并没有检出A＊9217,而是检出了与之序列相近的A＊020301,与A＊9217在处显子3有3处碱基改变391T〉G,414C〉G,418T〉G,A＊9217携带者的2个孩子均检出A＊9217。结论：新基因A＊9217先证者父方产生突变所致,该突变能正常遗传给后代,该基因是否能稳定遗传下去有待进一步观察研究。     

WHO HLA命名委员会命名的新等位基因HLA-A*24:327序列分析及确认

目的 发现一个人类白细胞抗原(HLA)-A新等位基因并对其核苷酸序列进行分析及确认。方法 采用序列特异性寡核苷酸探针技术(SSO)对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)陕西分库入库数据进行HLA常规检测,针对罕见结果进一步选择多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)和组序列特异性引物(GSSP)进行确证试验,明确突变位点。结果 SSO分型结果显示为罕见等位基因,经PCR-SBT复核无完全匹配结果,提示疑似新等位基因,经GSSP确证发现该基因与同源基因HLA-B*24:02:01:01相比,在第3外显子544位置发生碱基变异由G>A,该突变造成氨基酸序列158位由丙氨酸(GCC)变成苏氨酸(ACC)。结论 确认了一个新的HLA-A等位基因,2015年12月31日被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-A*24:327。     

HLA新等位基因DRB103:80的鉴定及其序列分析

本研究旨在分析鉴定中国人群HLA—DR位点1个新等位基因。应用LuminexPCR—SSO流式分型技术发现1例罕见等位基因组合样本,应用PCR-测序分型（sequence—basedtyping,SBT）及单等位基因特异性测序分型技术进行鉴定分析。结果表明,该样本DR位点1个等位基因序列与同源性最高的DRB1＊03：06等位基因相比,其第2外显子第239位核苷酸碱基由C→G,结果导致相应51位密码子编码的苏氨酸变为精氨酸。结论：确定了该样本含有1个HLA-DRB1新等位基因。该等位基因被WHOHLA因子命名委员会正式命名为DRB1＊03：80．     

中国南方汉族人群中一个常见型新等位基因HLA-C~*08:22的基因频率调查和分析

本研究调查南方汉族人群中1个常见型的HLA新等位基因C*08:22的基因频率。对163份南方汉族无血缘关系个体血样进行常规的HLA-C基因第2、第3和第4外显子测序分型;对所检出的32份带有C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本,进一步增加HLA-C基因的第5和第6外显子测序。在C*08:22被发现和获得WHOHLA因子命名委员会认可前,对40例被鉴定携带C*08:01:01等位基因的无血缘关系供/受者进行HLA-C基因外显子2-6再测序。所有的序列均导入Assign 3.5 SBT软件,分析等位基因型。结果表明,32份无血缘关系个体检出C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本中,发现3例样本鉴定为C*08:22,南方汉族无血缘关系个体中C*08:22的基因频率为0.92%。回顾性分析以往40例携带C*08:01:01等位基因的无血缘关系供/受者对发现,其中2对供/受者实际为C*08:22。结论:C*08:22在南方汉族中为常见型的HLA等位基因,当测序分型出现C*08:01:01/08:22模棱两可的结果时,不能轻易视为罕见型等位基因而错误地排除。     

首例HLA-B新等位基因HLA-B＊15：124的核苷酸序列分析

本研究探讨人类白细胞抗原（human leukocyte antigen,HLA）新等位基因HLA-B＊15：124的核苷酸序列及其分子机制。采用商用试剂盒抽提标本基因组DNA,利用HLA-B组特异性引物PCR扩增先证者HLA-B基因的第2,3和4外显子,经酶法纯化扩增产物后进行第2,3和4外显子双向测序分析。结果表明：先证者标本组特异性引物扩增测序得到2个等位基因,其中1个等位基因为B＊40：03,另1个为新发现的等位基因,与最接近的B＊15：52等位基因序列相比,新的等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同,第499位A→T和第512位G→T,这导致氨基酸第143位Thr→Ser和第147位Trp→Leu。结论：新的等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同。该等位基因序列已递交GenBank（EF187276）,并作为1个首次发现的HLA-B位点的等位基因,已经被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊15：124。     

B亚型中Bx新等位基因的鉴定

目的对ABO血型中B亚型分子遗传背景的研究,发现并鉴定ABO新等位基因。方法对5份血型血清学鉴定为B亚型的样本,采用PCR-SSP、ABO基因第6及第7外显子直接测序方法进行基因定型;并对目的B亚型样本进行RT-PCR、巢式PCR扩增、测序,分析其cDNA结构的差异。结果5份血清学为B亚型的样本中,血清学鉴定为Bx的个体发现了一个新的B等位基因。该等位基因与B101等位基因相比,差异仅在于第7外显子的B基因序列中nt721位C>T突变。其余4份B亚型样本的ABO基因第6、7外显子都未发现新的点突变。结论首次在中国汉族人中发现一个721C>T新变异的B等位基因,该等位基因nt721位由C转变为T,241位氨基酸由精氨酸转变为色氨酸,可导致糖基转移酶活性的降低,表明ABO基因的第241位氨基酸对决定糖基转移酶活性是至关重要的。     

中国彝族人群p表型家系分析及新A4GALT等位基因鉴定

目的 研究一个彝族家系P1Pk血型系统中罕见p表型的分子遗传机制.方法 对34例家系成员样本进行血型血清学鉴定;红细胞稀有血型基因分型采用荧光定量PCR法;同时采用Sanger测序法分析α1,4-半乳糖基转移酶(α-1,4-galactosyltransferase,A4GALT)基因和β1,3-N乙酰半乳糖胺转移酶(...