应高度关注新型冠状病毒变异株奥密克戎

目前,新型冠状病毒在全球流行,已经出现多种流行变异株,给社会带来巨大危害.2021年11月26日,世界卫生组织将B.1.1.529变异株列为"关切变异株",用希腊字母Omicron表示,这也是全球第五种"关切变异株".奥密克戎变异株已经在南非、美国和英国等国广泛流行,引起人们高度关注.本文就奥密克戎变异株的发现与流行、...     

2022年河南省安阳市本土新型冠状病毒奥密克戎变异株基因组特征

目的 分析安阳市本土新型冠状病毒（新冠病毒,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株基因组特征,为掌握安阳市新冠病毒感染的变异变迁特点提供科学依据。方法 通过对2022年11月安阳市报告的13例本土新冠病毒感染病例咽拭子样本进行三代纳米孔测序,获得全基因组序列,应用在线分析平台,判断病毒型别;利用MEGA 11.0软件进行序列比对和分析,构建系统进化树,鉴定特异性变异位点,分析病毒的分子学特征。结果 13株新冠病毒均为Omicron变异株,基因组序列长度分别为29 615 nt～29 752 nt,覆盖度为99.1%～99.7%,共有103个核苷酸突变位点,94个氨基酸突变位点,突变位点分布在新冠病毒的8个基因编码区、5’端非编码区和3’端非编码区;其中S蛋白的突变对新冠病毒变异的影响最大,R346T和C1243F是BF.7.14在S蛋白上特有的氨基酸变异位点,T883I是BA.5.2.49特有的氨基酸变异位点,Q241K是DY.2特有的氨基酸变异位点。13条序列在Pangolin数据库上的分型分别为DY.2、BA.5.2.49和BF.7.14,Nextclade进化分析...     

河南省某定点医院356例14岁以上新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者临床特征

目的 分析新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者的临床特点，为疫情防控和患者诊疗提供参考依据。方法 纳入2022年1月12日至2月22日全程在安阳市第五人民医院住院的大于14岁、有完整病历资料的356例奥密克戎变异株感染者，收集其临床表现和血常规检测资料，分析其临床特点。结果 356例感染者，平均年龄(28.00±16.18)岁，男性150例，女性206例。15～20岁感染者中女性占51.12%，低于20岁以上女性占比的69.17%(χ²=13.11,P<0.05)。轻型和普通型分别为256例(71.91%)和100例(28.09%)，无重症和死亡。临床表现以上呼吸道症状和低到中等度发热为主，咽干咽痛、咳嗽、鼻塞流涕和发热分别为57.02%、37.08%、35.39%和26.40%。普通型病例发热占38.00%，高于轻型病例的21.88%(χ²=9.62,P<0.05)。42例(11.80%)病例外周血白细胞低于正常值，30例(8.43%)淋巴细胞低于正常值。轻型病例外周血白细胞值为(3.18±0.29)×10⁹/...     

一起由新型冠状病毒奥密克戎BA.2.76变异株引起的暴发疫情特征分析

目的 分析2022年9月四川省遂宁市发生的一起新型冠状病毒肺炎本土疫情特征，为遂宁市的疫情防控提供参考依据。方法 收集本次疫情相关资料，对感染者的流行病学特征进行描述性分析。结果 本起疫情持续15 d，共报告205例感染者，男性85例，女性120例，年龄中位数M(P25,P75)为52(34.5,60)岁；无症状感染者90例，确诊病例115例（轻型106例、普通型3例、重型4例、危重型2例），无死亡病例报告。病毒基因测序为奥密克戎变异株BA.2.76，未完成新冠疫苗加强免疫组患重症的比例为2.44%，高于完成新冠疫苗加强免疫组的0.49%；未完成新冠疫苗加强免疫组首次核酸阳性ORF1ab靶标为25.10、N靶标Ct值中位数为25.10，均低于完成新冠疫苗加强免疫组的29.30和28.45。结论随着防控措施的落实，疫情得到快速有效控制。新冠疫苗加强免疫可以有效降低感染者体内病毒载量，减少重症病例的发生。     

新型冠状病毒疫苗对奥密克戎变异株免疫保护效果研究进展

新型冠状病毒（新冠病毒）奥密克戎变异株自2021年11月被发现后,快速地在世界各地广泛传播,目前已成为全球新冠病毒传播的主要流行毒株。在奥密克戎变异株大流行的背景下,以新冠病毒原型株为基础构建的新型冠状病毒疫苗（新冠病毒疫苗）对奥密克戎变异株感染的免疫保护效果成为了全球关注的焦点,许多学者围绕不同类型新冠病毒疫苗及不同免疫策略开展了新冠病毒疫苗对奥密克戎变异株免疫保护效果的研究,以观察疫苗对奥密克戎变异株感染的保护作用。本文系统地概述了2021年11月1日 — 2022年7月26日发表的关于新冠病毒疫苗对奥密克戎变异株免疫学效果和保护效果的研究报道,为新冠病毒疫苗接种策略的优化调整及其研发等公共卫生决策提供参考依据。     

某新冠定点救治医院新型冠状病毒奥密克戎变异株环境污染调查

 目的 评估新型冠状病毒奥密克戎变异株对病区公共环境及医务人员个人防护用品的污染情况。方法 对某新冠定点救治医院病区公共区域、脱卸区域和个人防护用品进行采样,采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测新型冠状病毒核酸并报告Ct值,分析个人防护用品新型冠状病毒阳性相关因素。结果 共采集病区公共区域环境标本100份,病区公共区域环境新型冠状病毒核酸检测总阳性率为30.00%,脱卸区电梯地面、走廊公共区域地面、脱卸电梯按钮新型冠状病毒核酸检测阳性率最高,分别为60.00%、60.00%、40.00%。一脱区和二脱区新型冠状病毒核酸检出率分别为18.33%、1.67%。48.33%的工作人员个人防护用品检出新型冠状病毒核酸,其中外层鞋套鞋底、外层手套和防护服检出率最高,分别为35.00%、21.67%、8.33%。单因素分析结果显示医生岗位和高风险操作医务人员个人防护用品新型冠状病毒核酸检测阳性率高(均P<0.05)。结论 新型冠状病毒奥密克戎变异株对病区公共环境、一脱区和个人防护用品可造成不同程度污染,做好个人防护和定期环境清洁消毒,可以降低医务人员感染风险。     

上海某方舱医院新型冠状病毒 奥密克戎变异株感染者流行病学特征分析

[摘要]　目的　探讨上海某方舱医院新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者的发病情况及流行病学特征。方法　以2022年4月9日—5月5日上海国家会展中心方舱医院收治的新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者为研究对象,对感染者年龄、性别、地区、疫苗接种等疫情数据进行流行病学特征分析。结果　122 151例新型冠状病毒感染者均为奥密克戎变异株BA.2或BA.2.2亚型感染,其流行病学特征结果显示：患者男女比例为1.51:1;平均年龄为（44.91±15.38）岁;0～17岁、18～30岁、31～60岁和≥61岁感染者分别占4.74%、20.80%、62.52%和11.94%;无症状感染者占80.80%,轻型患者占19.20%;平均住院时间为（7.00±2.77）d;未接种和完成1、2和3次疫苗接种的感染者分别占20.30%、3.18%、31.30%和45.22%,其中≥61岁且完成3次疫苗接种的感染者仅占10.10%。结论　各个年龄段人群对于新型冠状病毒奥密克戎变异株普遍易感。无症状感染者是本次疫情的主体人群,临床症状不典型,早期隐匿传播,积极加强核酸检测是早期发现疫情的必要手段。     

新型冠状病毒奥密克戎亚型感染临床随访研究

【目的】观察无症状和轻症奥密克戎变异株感染患者的病毒转阴时间和转阴持续时间。【方法】收集2022年4月9日—5月20日在国家会展中心(上海)方舱医院第三分院5F-B区收治的感染奥密克戎变异株新型冠状病毒(COVID-19)的244例患者临床资料。分析患者的人口统计学和临床数据信息。主要观察结果为COVID-19核酸转阴时间。采用单因素和多因素Cox风险模型确定核酸转阴时间的独立危险因素。【结果】新型冠状病毒RNA转阴持续时间中位数为9 d(7～12 d)。患者确诊感染后的第5、7、10和14天内核酸阳性的患者分别占68.4%、47.1%、20.1%和5.7%。Kaplan-Meier曲线显示,高血压患者的核酸转阴时间中位数为12 d(10～14 d),而非高血压患者为9 d(7～11 d),年龄≥60岁患者为11 d(9～13 d),<60岁患者为9 d(7～11 d)。多变量Cox回归分析显示,仅高血压是核酸转阴的相关因素(RR=1.60;95%CI:1.03～2.49,P=0.036)。【结论】奥密克戎亚型感染的无症状或轻症患者中20.1%在感染10 d时仍会出现病毒核酸阳性...     

一起奥密克戎变异株引起的新型冠状病毒感染本土疫情流行特征与传播动力学分析

目的 分析云南省边境某县一起由奥密克戎变异株（BA. 2）引起的新型冠状病毒感染（新冠）本土疫情的流行特征及传播动力情况，为今后新冠疫情防控策略制定提供参考依据。方法 收集2022年4月8—25日云南省边境某县报告新冠阳性病例的个案信息和流行病学调查资料，采用描述流行病学方法及传染病传播动力学方法进行分析。结果 本次疫情共报告202例病例，经测序为奥密克戎变异株BA. 2；男女性别比1∶1.6，各年龄段、不同疫苗接种史的人群均有发病；出现51个家庭聚集性发病；潜伏期（2.38±2.20） d，代间距（2.85±2.11） d；实时再生数（Rt）最高时达到4.76 (95%CI:3.37～6.39)，但在实施防控措施约9 d后，Rt迅速下降至1以内，与防控效果相呼应。结论 奥密克戎变异株的潜伏期短、代际传播时间短、传播隐匿且速度快、容易造成聚集性发病，防控部门应进行早期疫情研判和采取有效的防控措施，对及时、快速地控制住疫情态势发展具有至关重要的作用。     

新冠病毒奥密克戎变异株的特点与防控措施

自2021年11月新型冠状病毒奥密克戎变异株出现以来,几个月内迅速席卷全球。世界各国都出现了以奥密克戎为主要流行毒株的新一轮疫情,我国香港、深圳、上海等城市也未能幸免。奥密克戎刺突蛋白含有大量突变,具有强大的免疫逃逸能力,对现有的疫苗和抗体相关治疗造成了巨大的威胁。虽然奥密克戎变异株引起的疾病症状较轻,但由于其超高的传播率,全球卫生系统均承受了巨大的压力。本文就奥密克戎变异株的病原学特征、变异来源、传播特征、流行现状及防治措施等方面进行综述,以期为科学防控提供参考。     

四川省首起由新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.2.12.1引起的本土疫情流行特征及其溯源分析

目的 对四川省首起由新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.2.12.1引起的本土聚集性疫情进行系统分析，对于了解新变异株的特性具有重要意义；对其感染来源及传播链进行调查分析，为新型冠状病毒肺炎及其他传染病疫情的溯源调查和防控提供参考。方法 收集、录入、整理四川省2022年7月15日至7月25日新型冠状病毒肺炎本土病例的流行病学调查报告、实验室检测结果、大数据追踪的轨迹信息及其他疫情相关数据，进行统计和图表绘制，分析其流行特征、实时再生数Rt值及其趋势、感染途径、病例间传播关系等，判定首例病例及其感染来源。结果 本次疫情共报告本土病例149例，涉及3市16区县，50～59岁组最多（42/149,28.19%），离退人员（34/149,22.82%）居多。确诊病例中87.5%为轻症病例，多数表现为咽痛/咽痒、发热、咳嗽/咳痰、乏力和头痛等症状。病毒基因测序结果属于奥密克戎变异株BA.2.12.1（即BG.2进化分支），是一起新毒株引入引发的本土疫情。平均潜伏期为3 d，共5代病例，平均代间距为2 d；病例呈现家庭、工作场所、公共场所聚集性。推测的首例病例有境外人员密切接触史，发病时间最早，是引发...     

新型冠状病毒奥密克戎变异株临床特征和防控对策

奥密克戎(Omicron)变异株为新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的最新变体,自发现后在全球引起广泛传播。该变异株具有传染力强、传播速度快,短距离内引起广泛传播等特性,同时具有疫苗逃逸能力。了解病毒的临床特点及流行现状,并进行针对性预防是控制疫情的重要措施。本研究将对Omicron的流行现状、传播特征、致病机制、临床特征、疫苗的有效性和防控措施进行综述,以期为COVID-19的疫情防控提供参考。     

山东省新型冠状病毒奥密克戎变异株阳性感染者疾病严重程度影响因素分析

目的 探讨新型冠状病毒(以下简称新冠病毒)奥密克戎变异株感染者的疾病严重程度及其影响因素,为制定针对性防控措施提供科学依据。方法 回顾性收集2022年1月1日-5月30日山东省部分地市新冠病毒肺炎定点医院收治的奥密克戎变异株感染者资料,按疾病严重程度进行临床分型,分析不同年龄、核酸转阴时间、住院时间、接种新冠病毒疫苗剂次感染者的疾病严重程度差异。采用多因素二元logistic回归分析奥密克戎变异株感染者疾病严重程度的影响因素。结果 共纳入新冠病毒奥密克戎变异株感染者573名,临床分型包括无症状感染者315人(55.0%)、轻型感染者214人(37.3%)、普通型感染者44人(7.7%)、重型感染者0人(0%)。已进行疫苗加强接种397人(69.3%),未进行加强接种176人(30.7%)。573名感染者中,83.6%(479/573)的感染者年龄集中在18～69岁年龄段。不同年龄段感染者的疾病严重程度差异有统计学意义(χ²=17.775,P<0.01),不同核酸转阴时间感染者的疾病严重程度差异有统计学意义(χ²=13.693,P<...     

广州市2起由新型冠状病毒奥密克戎变异株引起的本地疫情流行病学参数研究

目的 本研究旨在估计广州市2起由新型冠状病毒（新冠病毒）奥密克戎变异株（BA.2）引起的本地疫情的潜伏期、序列间隔和基本再生数（R₀）等流行病学参数,探索不同场所聚集性对R₀的影响,为奥密克戎变异株疫情防控提供科学依据。方法 收集2022年4-5月广州市2起新冠病毒奥密克戎变异株本地疫情病例数据,使用Weibull、Gamma和lognormal分布对奥密克戎变异株本地疫情的潜伏期、序列间隔分布进行估计,采用指数增长法和极大似然法估计R₀。结果 两起疫情中位潜伏期为2.94（95%CI：2.52~3.38）d;中位序列间隔为3.32（95%CI：2.89~3.81）d。小型场所聚集性疫情R₀为4.40（95%CI：3.95~4.85）,机场聚集性疫情R₀为11.35（95%CI：11.02~11.67）。结论 广州市2起由新冠病毒奥密克戎变异株引起的本地疫情潜伏期较德尔塔变异株明显缩短。场所聚集程度越高,R₀越大,传播速度越快,易呈现暴发疫情,应及时调整防控策略。     

中山市一起奥密克戎变异株新冠感染聚集性疫情调查

目的 对中山市2022年一起奥密克戎(Omicron)变异株新冠感染聚集性疫情及关联个案开展调查，理清传播链、了解个案暴露与传染期，为疫情处置提供依据。方法 收集该起疫情报告个案及关联个案发病时间、初筛阳性时间、暴露史等信息，用Drawin软件绘制传播链图；针对单次暴露传播案例，描述个案暴露时间和二代传播发生时间的间隔。结果该起疫情首发个案发病前7 d均在中山市三角镇，基因测序提示为奥密克戎变异株BA.2.2进化分支，与采样时间2022年6月来自香港地区的序列最相近，推测本起疫情可能为香港地区输入；疫情累计报告65例，其中中山市29例、外省市36例，所有个案均在同一条传播链。疫情于7月9日发现，首例7月3日发病，疫情在中山市持续15 d,传播5～6代，6 d实现社会面清零；疫情集中在7个家庭，家庭以外的传播场所包括奶茶店、医疗机构、餐厅和网约车等。2例阳性个案通过医疗机构、网约车和餐厅同时空传播给12个人，两代个案暴露时间差中位数68 h(40～123 h)。结论 面对源头不清晰的本土聚集性疫情，中山市快速响应，75.9%的个案在管控人群中发现；病毒传播链被快速阻断，未发生大规模社区传...     

新冠病毒变异株奥密克戎的变异特点及对免疫学特性的影响

  目的   分析奥密克戎变异株流行期浙江省老年新型冠状病毒肺炎（COVID-19）本土感染者流行特征,为完善老年人群本土奥密克戎疫情防控工作提供依据。  方法   通过中国疾病预防控制信息系统收集2022年3月1日 — 4月30日浙江省 ≥ 60岁COVID-19本土感染者个案资料,结合现场流行病学调查信息,统计描述感染者的流行特征以及临床症状严重程度。  结果  共报告 ≥ 60岁COVID-19本土感染者163例,其中确诊病例82例,占50.31 %;无症状感染者81例,占49.69 %。确诊病例中轻型69例,占84.15 %;普通型13例,占15.85 %;无重型/危重型及死亡病例报告。感染者男女比为0.92 : 1;年龄最小60岁,最大95岁,中位年龄68岁;职业以非社会就业人员为主,共113例,占69.33 %;75例患有基础性疾病,占46.01 %;93例完成新冠病毒疫苗加强免疫接种,占57.06 %;发现方式以集中隔离为主,共114例,占69.94 %。与无心脑血管疾病组相比,心脑血管疾病组普通型（以无症状感染者为参照）构成比更高（P = 0.008）;与未完成新冠病毒加强免疫接种组相比,加强免疫接种组普通型（分别以无症状感染者、轻型为参照）构成比更低（P = 0.015;P = 0.012）。  结论   推进老年人新冠病毒疫苗加强接种以及加快研制更具针对性的奥密克戎疫苗具有重要意义;奥密克戎变异株流行期老年感染者总体症状较轻,仍需关注其病情变化,并应重视老年人日常社区生活和职业相关疫情风险环节,提高疫情早期发现和管控能力。     

奥密克戎变异株流行形势下医疗机构感染防控策略探讨

目的 通过奥密克戎变异株流行形势下医疗机构感染防控策略探讨,为发现阳性病例和混采检测阳性、院内发现密切接触者等人员、急诊患者出现阳性病例、医院工作人员出现阳性病例等特殊情景下应急处置工作提供导则。方法 复盘山东省本轮新冠肺炎疫情流行以来各地卫生健康行政管理部门和医疗机构的应对行为与政策举措,总结应急处置过程和暴露的短板,探讨应对策略。结果 建立健全区域性、系统性医院感控应急预案体系,树立医疗机构感控意识和提升组织管理能力、风险管控能力、个人防护能力,制定医疗机构感染防控的应急处置指引。结论 本次奥密克戎变异株流行形势下医疗机构感染防控策略探讨,暴露出医疗机构疫情防控中的短板和弱项。应整合与组织资源的能力和医疗服务保障能力,推动医院感染精准防控,做好人力短缺调配,保障重点科室服务延续性,实现协调联动、协同治理。     

奥密克戎变异株感染所致新型冠状病毒感染疾病新生儿的临床特征分析

目的 探讨奥密克戎(Omicron)变异株流行期间,Omicron感染所致新型冠状病毒感染疾病(COVID-19)新生儿的临床特征。方法 选择2022年12月20日至2023年1月16日四川大学华西第二医院新生儿隔离病房收治的63例Omicron变异株感染所致COVID-19新生儿的临床资料为研究对象。回顾性分析其流行病学史、临床表现、实验室检查、影像学表现、治疗及转归等临床特征。本研究遵循的程序符合四川大学华西第二医院伦理委员会规定,通过该医院伦理委员会的审批与同意(审批文号：2022-069)。结果 对本组63例Omicron变异株感染所致COVID-19新生儿的临床分析结果如下。(1)一般临床资料：男性患儿为30例,女性为33例;84.1%(53/63)患儿有与Omicron变异株确诊或疑似患者的密切接触史;COVID-19新生儿的临床分型为轻/中型者占比为76.2%(48/63),4.8%(3/63)为重型,19.0%(12/63)为无症状感染者;主要表现为发热(65.1%,41/63),呼吸系统症状(63.5%,40/63),消化系统症状(46.0%,29/63)。(2)实验...     

一例境外输入新型冠状病毒奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组特征分析

目的 分析1例境外输入新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组序列分子特征。方法 对1例境外输入SARS-CoV-2感染者进行核酸检测和全基因组测序，利用生物信息学软件进行分型、同源性分析、氨基酸位点变异分析、磷酸化位点分析和构建进化树等。结果 获得1条长29 609 bp的SARS-CoV-2全基因序列，在进化树上位于B.1.1.529进化分支BA.2.3进化小枝。与wuhan-hu-1相比，共发生71个核苷酸位点变异和27个核苷酸位点缺失；62个氨基酸位点发生变异或缺失，其中S蛋白和N蛋白变异或缺失位点最多，分别发生31个和7个。结论 加强境外归国人员SARS-CoV-2的核酸检测和全基因组测序，有利于防控由境外输入引起的新型冠状病毒感染暴发。     

293例非重症型新型冠状病毒奥密克戎毒株感染患者感染特征及阳性持续时间分析

目的 分析非重症型新型冠状病毒奥密克戎毒株感染患者的感染特征及阳性持续时间的影响因素。方法 收集2022年7月1-23日宿州定点医院确诊的293例非重症型新型冠状病毒奥密克戎毒株感染者的诊断及治疗资料,并对患者进行问卷调查,对患者资料及问卷调查资料进行分析。采用Kaplan-Meier曲线及Log-rank检验或Breslow检验评价不同年龄、不同新型冠状病毒疫苗接种针数、不同中医证型及不同基础病数患者阳性持续时间的差异,采用多因素Cox风险回归分析核酸阳性持续时间的影响因素。结果 293例新型冠状病毒奥密克戎毒株感染患者中,未发热115例(39.2%),发热178例(60.8%)。核酸阳性持续时间7～10 d的患者有98例。不同年龄、疫苗接种情况、基础病、中医证型、初期症状、发热患者的核酸阳性持续时间差异有统计学意义(F分别为4.941、7.560、15.703、11.738、11.025、19.597、11.470,P<0.05)。多因素Cox风险回归分析发现,年龄(HR=0.638,95%CI:0.464～0.878)、接种新型冠状病毒疫苗数(HR=1.416,95%CI:...