长链非编码RNA LINC00152在结肠癌组织中的表达及临床意义

目的探讨长链非编码RNA LINC00152在结肠癌组织中的原位表达情况及其临床意义。方法用微阵列显著性分析(significance analysis of microarrays,SAM)软件分析下载于NCBI GEO数据库的基因芯片GSE33113数据,筛选结肠癌中差异表达的lncRNA;原位杂交法检测LINC00152在115例结肠癌及其癌旁组织中的表达状况;分析LINC00152阳性率与结肠癌临床病理参数的关系,并用受试者工作曲线(receiver operating characteristics,ROC)评估其作为肿瘤转移、预后预测分子标志物的潜在应用价值。结果 SAM软件分析基因芯片数据发现,结肠癌组织中共有65个lncRNA差异表达(P均0.01),其中上调lncRNA(倍数变化2)6个,下调lncRNA(倍数变化0.5)59个;原位杂交结果显示,LINC00152在结肠癌和癌旁组织中的阳性率分别为63.48%(73/115)和9.57%(11/115),两者差异有统计学意义(χ2=72.091,P0.05)。临床Ⅰ期、Ⅱ期结肠癌组织中LINC00152的阳性率(27.78%和45.28%)明显低于Ⅲ~Ⅳ期(77.27%),差异有统计学意义(χ2分别为10.234和13.411,P0.05),发生淋巴结转移的结肠癌组织中LINC00152的阳性率(81.13%)明显高于非淋巴结转移者(48.39%),差异有统计学意义(χ2=13.215,P0.05)。LINC00152对结肠癌患者淋巴结转移诊断的ROC曲线下面积(AUCROC)为0.771(95%CI:0.588~0.834,P0.01),当cut off值为3.1时,其敏感性为72.1%、特异性为65.4%、约登指数为0.375。结论LINC00152在结肠癌组织中表达增高,且与临床分期和淋巴结转移有关,可能作为结肠癌转移评估的分子标志物。     

基于生物信息学筛选与铁死亡有关的非小细胞肺癌EGFR-TKIs耐药DEGs

目的 基于生物信息学筛选与铁死亡有关的非小细胞肺癌(NSCLC)表皮生长因子受体(EGFR)-酪氨酸激酶抑制剂(TKIs)耐药差异表达基因(DEGs)。方法 从基因表达综合数据库(GEO)中选取NSCLC EGFR-TKIs耐药的细胞测序基因集GSE117846,从中筛选P<0.05且|log₂FC|≥1(FC表示变化倍数)的DEGs。利用FerrDb数据库获取铁死亡相关基因。采用jvenn对从GSE117846数据集中筛选得到的DEGs与从FerrDb数据库中获取的铁死亡相关基因取交集。对交集基因进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。采用Cytoscape软件中的Cytohubba插件计算交集基因的评分,取评分前10的基因用于Hub基因的筛选。利用ULCAN和GEPIA2数据库分析Hub基因在NSCLC中的表达及对患者生存预后的影响。通过实时荧光定量PCR(qPCR)检测Hub基因mRNA在NSCLC患者癌组织和癌旁组织及体外细胞中的相对表达水平,验证生物信息学的分析结果。...     

长链非编码RNA TMEVPG1在原发性免疫性血小板减少症患者预后评估中的价值

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA) TMEVPG1在原发性免疫性血小板减少症(ITP)患者预后评估中的价值。方法 选取126例ITP患者作为研究组,根据ITP患者预后情况分为预后不良组31例和预后良好组95例,另选取同期体检的125例健康者作为对照组。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)测定lncRNA TMEVPG1相对表达量;采用Pearson法分析ITP患者lncRNA TMEVPG1与血小板计数、干扰素-γ(IFN-γ)、白细胞介素(IL)-2、IL-4、IL-10的相关性;采用COX回归分析探讨影响ITP患者预后的有关因素。结果 与对照组比较,研究组患者lncRNA TMEVPG1水平降低,差异有统计学意义(P<0.05);预后不良组患者lncRNA TMEVPG1水平低于预后良好组,差异有统计学意义(P<0.05)。lncRNA TMEVPG1与血小板计数、IL-4、IL-10呈正相关,与IFN-γ、IL-2呈负相关(P<0.05); lncRNA TMEVPG1降低是ITP患者预后不良的独立危险因素(P<0.05)。结论 LncRNA ...     

核不均一核糖核蛋白C在肺腺癌中的表达及对临床预后预测价值

目的探讨核不均一核糖核蛋白C(HNRNPC)在肺腺癌(LUAD)中的表达及对临床预后的意义。 方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)及临床蛋白质组肿瘤分析协作组(CPTAC)公共数据库,收集535例LUAD患者的临床病理资料、HNRNPC mRNA表达数据及111例LUAD患者HNRNPC蛋白表达数据,通过基因型-组织表达数据库(GETx)收集288例健康人肺组织HNRNPC mRNA表达数据。以HNRNPC mRNA中位数值为界值,将LUAD患者分为高表达组和低表达组,利用R语言比较LUAD组织与正常肺组织HNRNPC mRNA及蛋白水平的差异,分析HNRNPC mRNA高低表达与患者临床病理特征及预后的关系。运用受试者工作特征(ROC)曲线分析HNRNPC表达对LUAD的诊断价值;通过基因集富集分析(GSEA)HNRNPC调控的相关信号通路。 结果HNRNPC mRNA在LUAD组织中的表达明显高于正常组织,差异具有统计学意义(均P<0.01);LUAD组织中HNRNPC蛋白水平也显著上调(P<0.05)。HNRNPC表达水平与LUAD患者吸烟史、临床分期、T分期、远处转移有关(均P<0.05)。Log-rank检验结果显示,HNRNPC高表达组LUAD患者中位生存期(42.3个月)明显低于低表达组患者(59.9个月),差异具有统计学意义(P<0.01)。多因素Cox回归分析显示,淋巴结转移和HNRNPC mRNA表达水平是LUAD患者预后的独立影响因素。ROC曲线示HNRNPC mRNA表达水平对诊断LUAD具有一定的预测效能,AUC为0.843,95%CI：0.817~0.869。GSEA功能富集分析示Ras相似物GTP酶(Rho GTPases)途径、TP53信号途径、DNA损伤修复、细胞周期及M期调控在HNRNPC高表达组明显富集。 结论HNRNPC在LUAD组织中表达显著上调,高表达患者预后不良,HNRNPC可能是评估LUAD患者诊断与预后的新的潜在生物学分子标志物。     

长链非编码RNA AC002454.1在急性白血病患儿中的表达及临床意义

目的:研究长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)在急性白血病(acute leukemia, AL)患儿和骨髓正常的其它血液病患儿(作为对照)标本中的表达谱的差异,筛选与AL患儿相关的lnc RNA,探讨lnc RNA AC002454.1在AL患儿中的表达及临床意义。方法:采用Microarray基因芯片技术对初诊AL儿童和对照儿童骨髓细胞的lnc RNA进行统计分析。选取差异表达显著的lnc RNA 97个,对急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia, ALL)患儿(21例)、急性髓细胞白血病(acute myelocytic leukemia, AML)患儿(22例)和对照儿童(21例)样本采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术进行验证并比较。并选择其中差异最大的lncRNA AC002454.1分析其相对表达量与临床指标的关系。结果:经Microarray基因芯片检测,ALL患儿差异表达的lncRNA 1 884个、AML患儿差异表达的lncRNA 4 289个。采用qRT-PCR对异常表达lncRNA进行验证的结果显示, ALL组中表达显著上调9例、AML组中表达显著上调12例,其中AC002454.1在ALL、AML患儿表达差异最显著(P0.05,P0.01)。AC002454.1的相对表达量在初诊ALL免疫分型T系与B系中有显著差异(P0.01)、ALL和AML组有显著差异(P0.05), AC002454.1相对表达量在患儿性别、年龄、初诊时WBC计数、染色体、融合基因、危险度分层之间无显著差异(P值均 0.05)。结论:用长链非编码RNA芯片分析获得了AL患儿的lncRNA表达谱,AC002454.1在AL患儿中异常高表达,其表达量与AL患儿的免疫分型及判断患者预后有一定相关性。     

原发性免疫性血小板减少症患者外周血细胞miRNA差异表达分析

本研究通过建立原发性免疫性血小板减少症(ITP)外周血细胞微小RNA(miRNA)表达谱,探讨miRNA在ITP患者和正常健康对照者外周血细胞中的表达差异。应用Exqion miRCURYTM芯片分析ITP患者和正常对照者外周血白细胞miRNA差异表达;分层聚类分析ITP患者和正常对照者之间miRNA表达谱的差异;应用实时PCR方法对表达差异miRNA进行验证。结果表明,在ITP患者与正常对照者外周血白细胞间有159个差异表达的miRNA,其中79个表达显著上调,80个表达显著下调。分层聚类分析显示,ITP存在特异性miRNA表达谱。实时PCR检测结果与芯片分析结果一致。结论:ITP患者外周血细胞存在miRNA表达异常,提示miRNA表达变化可能参与了ITP的发病。     

再生障碍性贫血骨髓微环境脂肪化相关lncRNA的筛选与鉴定

目的:系统筛选与鉴定再生障碍性贫血(再障,AA)骨髓微环境脂肪化相关的长非编码RNA(lncRNA)。方法:通过生物信息学分析ChIPBase中PPARγ和C/EBPα的ChIP-Seq数据,筛选PPARγ和C/EBPα共转录调控的候选lncRNA,并在骨髓间充质干细胞(BM-MSC)的体外成脂分化模型、敲低PPARγ和C/EBPα表达的BM-MSC以及临床再障BM-MSC样本中通过qRT-PCR验证候选lncRNA的表达。结果:qRT-PCR检测结果显示,成脂分化转录因子PPARγ和C/EBPα在再障来源BM-MSC中均显著高表达,敲低二者表达可以显著抑制再障BM-MSC的成脂分化能力;PPARγ和C/EBPα以结合位点依赖性的方式转录调控LINC01230启动子活性;与对照相比,LINC01230在再障BM-MSC中异常高表达。结论:PPARγ和C/EBPα在再障BM-MSC中异常表达,可能通过转录激活LINC01230促进再障BM-MSC成脂分化,并在一定程度上介导再障骨髓微环境脂肪化的发生。     

类风湿关节炎患者滑膜组织lncRNA表达及基于CeRNA网络的生物信息学分析

目的:通过生物信息学分析来识别类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)滑膜组织病变进展相关的差异表达基因。方法:通过NCBI GEO数据库获取GSE55235和GSE55457的基因表达谱。采用Perl语言对下载的数据进行样本数据合并及基因重注释;采用R语言进行批次矫正及差异分析,根据差异长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络及进行GO富集分析和KEGG通路分析;使用cytoHubba插件筛选Hub基因,分析与差异LncRNA的相关性。结果:分析显示与正常滑膜组织对比,RA患者滑膜组织143个mRNA、3个lncRNA存在明显差异表达。根据差异基因构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络,网络由2个LncRNA节点,16个miRNA节点、17个mRNA节点以及44个边组成。GO功能富集分析主要集中在细胞死亡的正调控、成纤维细胞增殖的调节、免疫应答调节细胞表面受体信号通路等功能。KEGG通路分析显示35条通路被富集,其中涉及IL-17代谢通路、MAPK信号通路、WNT信号通路、TNF信号通路等。其中Hub基因MYC,CDKN1A,JUN,FOS与LncRNA MEG3在RA滑膜组织中均呈低表达,且lncRNA MEG3与MYC,CDKN1A,JUN,FOS表达具有相关性。结论:通过生物信息学网络分析,lncRNA MEG3可能作为ceRNA在RA的疾病发展中发挥着重要作用,为RA提供一些新的候选诊断生物标志物或潜在的治疗靶点。     

基于TCGA 数据对60 岁以上不同分层急性髓系白血病患者相关lncRNA 的基因信息学分析

目的　通过对肿瘤基因组图谱（the concet genome atlas,TCGA）的相关数据进行分析,以得到长链非编码 RNA （long non-coding RNA,lncRNA）及其下游靶分子,对60 岁以上急性髓系白血病 （acute myeloid leukemia, AML）人群预后影响的相关信息。方法　将TCGA 数据库中60 岁以上AML 患者样本,根据美国国立综合癌症网络 （NCCN）指南分为高危AML 和低中危AML 两组。通过R 软件中的“edgeR”筛选得出差异表达的lncRNA / miRNA / mRNA。再利用R 软件中的“survival”包对在高危AML 与低中危AML 中存在差异表达的lncRNA 进行生存分析,并 构建相互竞争的内源性RNA（ceRNA）网络。结果　根据TCGA 数据库中的 lncRNA / miRNA / mRNA 表达数据, 综合 分析得出10 个经典lncRNA（AC009154.1, AC011124.1, AC093627.2, AC144450.1, AL035691.1, AL355974.2, AL441943.2, LINC00703, LINC01612 和AC103702.2）与60 岁以上AML 患者预后具有显著的相关性,并得到了与这些lncRNA 相关 的ceRNA 网络。此外,还进行了两者之间存在差异表达的mRNAs 基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基 因组百科全书（KEGG）通路分析。结论　可以通过干预这些lncRNA 的表达,影响高龄AML 患者预后,从而延缓或 控制高龄AML 患者病情的发展。     

胸腔积液lncRNA BLACAT1及lncRNA CASC9水平对肺腺癌的诊断价值邢贞泉，赵光强△,李柳霞

目的 探讨胸腔积液长链非编码RNA膀胱癌相关转录本1(lncRNA BLACAT1)及长链非编码RNA癌症易感性候选物9(lncRNA CASC9)表达对肺腺癌的诊断价值。方法 选择2021年1月至2022年12月该院收治的96例肺腺癌合并胸腔积液患者作为肺腺癌组,并选择同期收治的肺部良性病变合并胸腔积液患者82例作为对照组,采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测两组患者胸腔积液lncRNA BLACAT1及lncRNA CASC9的表达,建立受试者工作特征(ROC)曲线分析其对肺腺癌的诊断价值。结果 肺腺癌组胸腔积液lncRNA BLACAT1、lncRNA CASC9相对表达水平明显高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。lncRNA BLACAT1表达与肺腺癌患者临床分期、淋巴结转移、分化程度有关,lncRNACASC9表达与患者临床分期、分化程度有关(P<0.05);胸腔积液lncRNA BLACAT1、lncRNA CASC9联合鉴别诊断肺腺癌模型：Logit(P)=1.933×lncRNA BLACAT1+0.448×lncRNA CASC9-3.987。...     

lncRNA LINC00460和ADAR1表达与乳腺癌预后的关系及其诊断价值

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)LINC00460和RNA特异性腺苷脱氨酶1(ADAR1)表达水平与乳腺癌预后的关系及其诊断价值.方法 回顾性收集2019年5月至2020年5月同济大学附属第一妇婴保健院收治的86例乳腺癌患者的乳腺组织和癌旁组织.采用qRT-PCR法测定乳腺癌组织和癌旁组织中LINC00460...     

胃癌患者血清LINC00978表达及其临床意义

目的检测胃癌患者血清中LINC00978表达水平,评估其表达水平与临床病理参数的关系,并探讨其临床诊断价值。方法实时荧光定量RT-PCR检测LINC00978在胃癌细胞、体检健康者、胃良性疾病及胃癌患者血清中的表达水平,分析其与胃癌患者临床病理参数的相关性,并用ROC曲线分析其诊断效能。结果 LINC00978在人胃癌细胞系MGC-803中的表达水平(18.88±1.15)明显高于胃黏膜上皮细胞(1.00±0.03),差异有统计学意义(t=-21.926,P0.05)。LINC00978在胃癌患者血清中的平均含量[3.525(1.385,8.954)]较胃良性疾病患者[0.419(0.258,1.369)]和体检健康者[0.814(0.351,2.510)]均明显升高(Z值分别为-4.834和-4.686;P均0.01),且与淋巴结转移、浸润深度和TNM分期相关(r分别为0.448、0.369和0.383,P均0.01);胃癌患者术后血清中LINC00978的表达水平[0.17(0.15,0.39)]较术前[0.98(0.59,1.61)]明显降低(Z=-5.731,P0.01)。与体检健康者相比,LINC00978在胃良性疾病患者血清中表达差异无统计学意义(Z=-1.693,P0.05)。胃癌患者血清LINC00978的ROC曲线下面积(AUCROC)为0.807,95%可信区间(CI)为0.723~0.882,当cut-off值为1.806时,其诊断胃癌的敏感性为71.4%,特异性为75.9%。结论 LINC00978在胃癌患者血清中呈高表达,且与淋巴结转移、浸润深度和TNM分期相关,有望成为潜在的胃癌诊断的生物学标志物。     

基于内源性竞争性网络的Ⅰ型、Ⅱ型子宫内膜癌关键长非编码RNA和微小RNA分析

目的基于内源性竞争性网络分析可用于子宫内膜癌(EC)分型及诊治的潜在生物标志物。方法从TCGA数据库中总结EC差异表达的基因,筛选出32个基因来构建内源性竞争性网络。采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组数据库(KEGG)富集分析、相关性分析、生存分析及GEO数据集验证,进一步筛选关键基因。结果Ⅰ型EC和Ⅱ型EC之间存在59个差异表达的长非编码RNA(lncRNA)、51个差异表达的微小RNA(miRNA)和843个差异表达的mRNA。在此基础上,建立了内源性竞争性网络,进一步筛选出与EC分型及预后相关的关键基因。在TCGA数据库中,LINC00667、miR-34c、miR-449a、miR-449b和TMCC3均与EC患者生存率相关,LINC00667和TMCC3表达越高,患者生存率越低,而miR-34c、miR-449a、miR-449b表达越高,患者生存率越高。Pearson相关分析结果显示,LINC00667与TMCC3呈正相关(P0.001)。EC患者中LINC00667高表达与EC的病理分型、分化程度和国际妇产科联盟(FIGO)分期有关(P0.05),与年龄无关(P0.05)。TMCC3高表达与EC的病理分型、年龄和分化程度有关(P0.05),与FIGO分期无关(P0.05)。miR-34c、miR-449a、miR-449b低表达与EC的病理分型、分化程度和FIGO分期有关(P0.05),与年龄无关(P0.05)。结论 LINC00667-miR-34c/miR-449a/miR-449b-TMCC3是Ⅰ型和Ⅱ型EC内源性竞争性网络中的关键基因,且均具有良好的预后评估价值。     

脓毒症患者外周血中lncRNA和miRNA表达谱及功能分析

目的本研究利用二代测序(next-generation sequencing, NGS)技术, 对脓毒症患者外周血液进行测序分析, 探讨非编码小RNA(microRNA, miRNA)和长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)的差异表达及其功能网络。方法本研究采集2021年6月至9月在盐城市第一人民医院招募的重症医学科7例泌尿系统感染的脓毒症患者和3例健康职工志愿者的全血进行NGS分析, 筛选差异表达的mRNA、lncRNA和miRNA, 并对差异表达进行生物信息学分析(差异倍数FC>2, P<0.01)。本研究筛选并下载GEO数据库中4个脓毒症患者基因组数据集, 筛选共同差异表达基因, 对筛选基因进行京都基因组百科全书分析。使用Cytoscape 3.7.0进行构建miRNA-mRNA和IncRNA-miRNA-mRNA网络。结果差异表达mRNAs主要富集于炎症反应相关通路。131个差异基因显著富集在PD-1/PD-L1信号通路, 发现调控PD-1/PD-L1信号通路的TLR2、LAT和CD247等靶基因, 以及参与调控的miRNA(hsa...     

基于TCGA数据的女性不吸烟肺癌患者相关lncRNAs的筛选

目的通过对TCGA数据库中女性不吸烟肺癌患者相关基因测序数据进行分析,筛选差异表达的长链非编码RNA(lncRNAs)。方法下载TCGA中女性不吸烟肺癌患者的基因表达数据及相应的临床信息,利用R软件包对数据进行处理、整合和分析,筛选差异表达基因,并通过Survival包进行预后分析。结果筛选获得354个与女性不吸烟肺癌相关的差异表达lncRNAs,其中在肿瘤组织中降低表达的lncRNAs 45个,高表达的lncRNAs 309个,预后分析表明LINC01863的表达水平与女性不吸烟肺癌患者的预后呈正相关(P0.05),LINC02487、LINC01419和DSCAM-AS1的表达水平与患者的预后呈负相关(P0.05)。结论对TCGA中的高通量测序数据进行再分析筛选获得多个与女性不吸烟肺癌患者致病相关的lncRNAs,为女性不吸烟肺癌患者的诊断和预后评估提供了潜在的新靶标。     

新疆维吾尔族溃疡性结肠炎患者长链非编码RNA LINC00467表达特征与预后分析

目的探讨新疆维吾尔族溃疡性结肠炎(UC)患者长链非编码RNA(LncRNA)LINC00467表达特征与预后关系。方法回顾性分析2017年1月至2019年6月新疆医科大学第四附属医院收治的维吾尔族UC患者30例,其中活动期20例,缓解期10例。另选择2019年1月至2020年6月新疆医科大学第四附属医院维吾尔族健康人30例作为对照组。受试者均于结肠镜检查时,内镜直视下采用统一型号活检钳,取3块肠黏膜组织。采用荧光定量PCR测定LncRNA LINC00467表达。比较不同分期的UC患者LncRNA LINC00467表达;LncRNA LINC00467表达与UC患者临床特征的关系;比较不同预后的UC患者LncRNA LINC00467表达;采用Cox多因素分析影响预后危险因素。结果LncRNA LINC00467表达比较,活动期组(1.56±0.27)和缓解期组(0.89±0.21)高于对照组(0.34±0.08),活动期组(1.56±0.27)高于缓解期组(0.89±0.21),差异有统计学意义(P<0.05)。不同性别、年龄、病程和病变范围LncRNA LINC00467表达比较无统计学差异(P>0.05);LncRNA LINC00467表达比较,中度(1.30±0.25)和重度(1.67±0.24)高于(0.86±0.16)轻度,且重度(1.67±0.24)高于中度(1.30±0.25),差异有统计学意义(P<0.05)。随访末,预后良好21例,预后不良9例。预后不良组LncRNA LINC00467表达(2.42±0.48)高于预后良好组(0.63±0.12),差异有统计学意义(P<0.05)。经Cox多因素分析显示,疾病活动程度和LncRNA LINC00467表达为影响预后危险因素。结论新疆维吾尔族UC患者LncRNA LINC00467呈高表达,且随着病情加重及预后进展表达越高,及LncRNA LINC00467表达为影响危险因素。     

LINC00978在非小细胞肺癌中的临床价值和生物学作用

目的探究长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)LINC00978在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)中的表达变化及生物学功能,并初步探讨其作用机制。方法采用qRT-PCR检测NSCLC患者肿瘤组织与血清中LINC00978的表达水平。通过CCK-8、平板克隆、Transwell迁移和侵袭实验观察LINC00978敲减和过表达对A549细胞生物学功能的影响。采用流式细胞术、qRT-PCR和western blot探究LINC00978的作用机制。结果 LINC00978在NSCLC患者肿瘤组织(t=2.465,P0.05)和血清(t=8.781,P0.01)中呈高表达。LINC00978敲减抑制A549细胞增殖、迁移和侵袭能力(P均0.01),诱导G_1期阻滞以及细胞凋亡(P均0.01)。LINC00978敲减下调Cyclin D1和Bcl-2的表达而上调Bax的表达(P均0.05)。此外,LINC00978敲减抑制N-cadherin、Vimentin、Snail、Slug和Twist的表达而促进E-cadherin的表达(P均0.05)。LINC00978过表达则具有相反作用。结论 LINC00978在NSCLC中高表达,并促进NSCLC发生、发展,具有成为NSCLC诊断及治疗新靶点的潜能。     

宫颈癌相关差异表达基因的筛选及预后价值分析

目的通过分析GEO数据库中的基因芯片数据,筛选宫颈癌相关的差异表达基因。方法从GEO数据库中下载宫颈癌相关基因表达数据集GSE9750和GSE63514,利用GEO2R工具筛选差异表达基因;利用DAVID在线工具进行GO和KEGG富集途径分析;利用GSE7803、GSE39001和TCGA中的数据对结果进行验证。结果共筛选出176个宫颈癌相关差异表达基因,包括上调基因41个,下调基因135个;INHBA基因在宫颈癌组织中高表达,且与患者的总生存期(HR=2.5,P0.01)和无病生存期呈负相关(HR=2.7,P0.01)。结论通过分析GEO中的基因芯片数据获得多个宫颈癌发病相关的基因,INHBA基因可作为患者的诊断及预后评估的潜在新分子标记。     

OSCC组织特征性lncRNA表达谱及lncRNA CCAT2在口腔鳞状细胞癌发生发展中的作用

目的分析口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织特征性长链非编码RNA(lncRNA)表达谱及lncRNA结肠癌相关转录子2(CCAT2)在疾病发生发展中的作用。方法回顾性将十堰市太和医院收治的73例OSCC患者作为研究对象,取其癌组织与癌旁正常组织,通过高通量lncRNA芯片对其lncRNA表达情况进行测定,对OSCC组织特征性lncRNA表达谱进行分析,进而利用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-q PCR)法对其癌组织与癌旁正常组织CCAT2表达水平进行测定,进而分析CCAT2表达与OSCC临床病理特征的相关性。结果共检出lncRNA差异表达1 697个,在芯片lncRNA总数中占5.55%(1 697/30 586);其中,呈现表达下降754个,表达升高943个;共有21个lncRNA差异表达倍数至少为10倍,其中表达下降的lncRNA9个,表达升高的lncRNA12个。RT-q PCR检测结果发现,在OSCC癌组织中,ENST00000458468与UCAl表达较癌旁正常口腔黏膜组织显著升高(P0.01)。OSCC癌组织中CCAT2表达量较癌旁正常组织明显升高(P0.01)。不同肿瘤分化程度与TNM分期的OSCC患者CCAT2表达量的比较,均存在显著差异(P0.01);其中,低分化、Ⅲ~Ⅳ期的患者CCAT2表达量较中/高分化、Ⅰ~Ⅱ期者显著升高(P0.01)。而CCAT2表达量与性别、年龄、肿瘤大小、肿瘤部位及颈淋巴结转移均无显著相关性(P0.05)。结论在OSCC癌组织中,诸多lncRNA出现表达异常,其中CCAT2在OSCC肿瘤组织中的表达量增多,提示可能参与OSCC的病理过程。     

肺结核患者外周血单个核细胞中lncRNA NEAT1的检测及临床意义

目的探讨肺结核患者外周血单个核细胞(PBMC)中长链非编码RNA(lncRNA)核富含丰富的转录本1(NEAT1)的表达及其临床意义。方法采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)技术检测65例肺结核病患者(结核组)及30例健康体检者(健康对照组)PBMC中lncRNA NEAT1的表达量,分析其与结核病发生发展以及转归的相关性。结果 RT-PCR检测结果显示lncRNA NEAT1在肺结核患者PBMC中的相对表达水平是健康对照组的4.90±0.72倍,差异有统计学意义(P0.01)。LncRNA NEAT1在初治和复治病例中表达差异无统计学意义(P0.05);lncRNA NEAT1在肺部有无空洞及空洞数量分组之间表达差异有统计学意义(P0.05),即lncRNA NEAT1随空洞累及范围的增加而升高。肺结核患者PBMC中lncRNA NEAT1表达量随着治疗时间逐渐下降,恢复至正常水平。结论肺结核患者PBMC中lncRNA NEAT1表达升高,且与肺结核的发展和转归有关,监测PBMC中lncRNA NEAT1表达或可以评估结核病患者预后情况。