2004-2021年内蒙古自治区乌兰察布市布鲁氏菌病流行病学及菌株分子特征分析

目的 对2004—2021年内蒙古自治区乌兰察布市人间布鲁氏菌病（布病）的流行特征进行分析,为制定该地区人间布病防控策略提供理论支持。方法 采用发病数、发病率和构成比等描述疫情。采用AMOS-聚合酶链式反应（PCR）和多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）对2016年该地区分离的菌株进行鉴定和基因分型。基于MLVA-16分型方法对本研究的菌株与国际布鲁氏菌MLVA数据库的羊种布鲁氏菌进行比较,调查菌株间的分子流行病学关联。结果 2004—2011年乌兰察布市人间布病呈现逐年增多态势,并在2011年到达流行顶峰,2012—2108年显著下降,但2019—2021年再次反弹。2004—2021年该地区共报告人间布病29 713例,年均报告1 650例,年均发病率为75.46/10万。乌兰察布市后山地区的流行情况高于前山地区。经AMOSPCR和MLVA-8两种分子方法鉴定表明,22株菌均为羊种布鲁氏菌,且属于东地中海血统。菌株间有较高的遗传相似性（80%～100%）,提示菌株来自单一的共同祖先。此外,来自本研究的20个株菌分别与先前该地区分离菌株和该地区之外的菌株形成完全相同的MLVA-...     

2015-2019年四川省布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究

目的 使用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)对四川省2015-2019年人间布鲁氏菌病(布病)分离菌株进行分型研究,为当地人间布病防控工作提供参考.方法 选用MLVA-16方法对四川省布鲁氏菌株进行分型实验,通过在线数据库对比MLVA-8型别,利用Bio Numerics对MLVA-16位点重复数进行聚类分析....     

2007-2020年上海市布鲁氏菌分离株分型方法研究

目的 对2007-2020年上海市人间布鲁氏菌分离株进行分子特征分析,了解菌株基因分型和聚类,为布鲁氏菌病(布病)的预防和控制提供依据.方法 收集2007-2020年上海市人感染布鲁氏菌临床分离株20株;采用生化方法和AMOS-PCR进行鉴定;运用多位点序列分型(MLST)、多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和...     

辽宁省1株犬种布鲁氏菌分离株的分子生物学鉴定

目的 对2010年辽宁省分离的1株疑似犬种布鲁氏菌进行生物型及分子生物学鉴定。 方法 采用布鲁氏菌常规鉴定分型方法,结合多重聚合酶链反应(PCR)和多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法。 结果 常规分型方法和MLVA方法鉴定该分离株为犬种布鲁氏菌。 结论 采用传统分型方法,同时结合MLVA方法对布鲁氏菌进行分型鉴定,可以增加鉴定工作的稳定性与正确性。但多重PCR结果也提示犬种布鲁氏菌与猪种布鲁氏菌的亲缘关系较近。     

新疆维吾尔自治区人间布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列分型研究

目的采用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）方法对新疆维吾尔自治区（新疆）分离的人间布鲁氏菌进行基因型分析。方法采用布鲁氏菌MLVA16-多色毛细管电泳分型方法,对2015年和2016年分离自新疆7个地（州、市）的24株人间布鲁氏菌临床分离株和3株布鲁氏菌标准菌株进行分型;利用BioNumerics（Version 7.5）软件构建菌株最小进化树,分析菌株间遗传关系。结果MLVA16分型可将不同种布鲁氏菌予以区分,24株临床分离株panel1、panel2A均为42型和108型,panel2B具有多态性;24株临床分离株被聚类为一个分支,与羊种布鲁氏菌聚类为一个大分支,个别不同地区分离株的亲缘关系较近。结论羊种3型布鲁氏菌是新疆人间布鲁氏菌病（布病）的主要流行菌株,MLVA16-多色毛细管电泳分型作为一种快速、可靠的基因分型方法,可为新疆人间布病传染源的溯源研究提供依据。     

多位点可变数目串联重复序列分型方法检测布鲁氏菌分型标准化操作方法的建立和应用

目的 建立常用布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的标准化方法及应用研究。 方法 选取16个位点,通过核酸提取、聚合酶链反应(PCR)、琼脂糖凝胶电泳、毛细管电泳等技术,结合BioNumerics(Version 5.0)软件,对16株布鲁氏菌标准菌株和不同地区分离的32株菌株进行分型。 结果 利用所建立的MLVA方法可以区分16株布鲁氏菌标准菌株,并可以将32株地方株区分为牛种和羊种两大类。 结论 初步建立了MLVA标准化方法,可以在种的水平鉴定布鲁氏菌,还可以追溯传染源,确定流行趋势。     

应用多位点串联重复序列分析方法鉴定布鲁氏菌变异株

目的 对常规的生物学鉴定方法无法准确分类的布鲁氏菌变异菌,采用多位点串联重复序列分析（MLVA）方法进行种型分类。 方法 39株经常规生物学方法鉴定为布鲁氏菌变异株,应用MLVA方法进行种型分类。 结果 39株菌株与粗糙型血清R凝集,可被Bk₂噬菌体裂解,Wb、Tb噬菌体不裂解,其生物型别不确定;9株菌株与血清A和M弱凝集,2株菌株与血清M弱凝集,其他28株菌株与血清A和M都不凝集;33株菌株可被粗糙型Iz噬菌体裂解,确定39株菌株为布鲁氏菌变异株。 应用16个位点串联重复序列分析,结合布鲁氏菌参考标准菌株,经聚类分析,39株菌中2株菌与牛种布鲁氏菌生物2和4型高度相似,37菌株与羊种布鲁氏菌生物3型高度相似。 结论 常规生物学鉴定方法与分子生物学分型方法的联合运用,可以更好地解决布鲁氏菌分离菌株的分类,尤其是适合布鲁氏菌变异菌株的鉴定。     

福建省长乐市80株结核分枝杆菌临床分离株可变数目串联重复序列基因分型研究

目的研究福建省长乐市结核分枝杆菌临床分离株的基因型构成、主要流行株及其相关传播流行特征。方法选择15个可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR),对来源于长乐市结核分枝杆菌的临床分离菌株DNA进行检测,检测结果使用Bio Numerics 5.0软件进行聚类分析。结果 80株结核分枝杆菌被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ7大基因群,以Ⅰ群为主,包含59(73.8%)个株菌;流动人口结核分枝杆菌基因群为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅶ、Ⅷ,常住人口为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅷ;流动人口与常住人口的结核分枝杆菌VNTR基因型存在一定差异,但均以Ⅰ群为主。Ⅰ群菌株耐药性与其他基因群的耐药性差异无显著统计学意义(P0.05)。结论初步明确长乐市结核分枝杆菌菌株有7大基因群,存在明显的基因多态性,以Ⅰ群流行为主,应加强此群菌株流行的监控。     

中国部分地区159株结核分枝杆菌临床分离株MLVA-19分型分析

目的初步了解中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株数目可变串联重复序列（variable number of tandem repeats,VNTRs)基因多态性特征。 方法采用多位点VNTRs分析（multiple loci VNTRS analysis, MLVA）技术,随机选取159株中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株,PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对结核分枝杆菌的19个VNTRs位点进行检测,用BioNumerics (Version 5.0) 软件进行结果分析,数据结果与国际MLVA数据库（http://minisatellites.u-psud.fr）比对,初步分析结核分枝杆菌DNA 多态性特征。结果159株菌株大致被分成4个主要的簇,其中73.8%的菌株为北京家族菌株,其次为H37Rv相似菌株及在数据库中没有比对结果的一簇,这一簇的MLVA特点是ETRD3,MIRU10、MIRU27、MIRU39、MIRU40及Mtub21位点结果为22221,与其他簇的菌株结果有比较明显的区别。可能是中国特有的菌株。另外发现与BCG相似的一簇。结论本次研究中的中国结核分枝杆菌具有明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为北京家族菌株,可能存在中国特异的VNTR基因型。BCG临床分离株的发现,提示BCG疫苗相关病例可能成为值得关注的卫生问题。     

2018-2022年内蒙古自治区呼伦贝尔市阿荣旗人间布鲁氏菌病流行病学和病原学特征分析

目的 分析内蒙古自治区呼伦贝尔市阿荣旗2018—2022年间布鲁氏菌病（布病）的流行特征,为制定有针对性的防控策略提供科学依据。方法 采用描述流行病学分析方法,用发病数、发病率等流行病学指标对2003—2022年间阿荣旗人间布病地区、时间分布特点进行分析。同时,对该地区人间布病的病原菌进行分离培养、种型鉴定及多位点序列分型（MLST）分型。结果 2018—2022年间,阿荣旗报告本地布病病例1 554例,年平均发病率为115.13/10万,病例数及发病率逐年波动,2019年布病发病人数最多（466例）;春夏季为报告病例高峰期;全旗12个乡镇均有布病病例报告,多分布在六合镇（281例）;男女性别比为2.12∶1;病例主要集中在年龄为30～55岁（占比67.89%）;职业以农民为主（占比86.81%）。分析数据表明,该地区人间布病呈现明显的季节性,30～55岁农民多发,应开展针对性的监测干预。2022年从9例患者中分离获得布鲁氏菌,生化鉴定结果显示9株菌均为羊种布鲁氏菌,其中2株羊1型、4株羊2型、2株羊3型、1株变异株;MLST分型显示7株MLST 8型、1株MLST 12型、1株由于g...     

内蒙古地区结核分枝杆菌串联重复序列基因多态性分析

目的 了解内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株的串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)基因多态性和VNTR基因型构成,及不同VNTR位点在该地区结核分枝杆菌基因分型中的应用。 方法 从内蒙古自治区结核病防治研究所收集临床分离的结核分枝杆菌菌株及其病例背景资料,采用多位点串联重复序列分析(MLVA)对收集的菌株进行22个VNTR 位点分析,计算Hunter-Gaston 指数(HGDI),分析各个位点的分辨率, 同时用BioNumerics 软件对VNTR结果进行聚类分析。且统计学分析民族与主要基因型间的关系。 结果 372株菌共分为308个基因型,47簇,261个独特基因型,成簇率为17.20%。22个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点VNTR3820(HGDI 0.838)的分型分辨能力最高,MIRU23(HGDI 0.068)和MIRU27(HGDI 0.083)分型分辨能力较差。随着VNTR 位点的增加,分型的分辨能力也有所提高。Ⅰ群基因型菌株与民族易感性的分析表明,汉族与蒙古族间Ⅰ群基因型菌株分布差异无统计学意义(χ2=0.337, P=0.561>0.05)。 结论 内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,不同VNTR位点在内蒙古地区结核分枝杆菌中具有不同的分辨能力。且Ⅰ群基因型为该地区主要流行株,而Ⅰ群基因型菌株与民族易感性间无关联。     

基于基因组序列的副溶血弧菌两种分型方法比较研究

目的 比较基于全基因组测序(WGS)SNP的分型方案和多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方案用于我国副溶血弧菌分子分型的能力,并分析两种方法的优缺点及适用情况.方法 选取我国分离的56株副溶血弧菌,使用6个数目可变串联重复序列(VNTR)位点的MLVA方案和基于全基因组序列SNP的方案对这些菌株进行分子分型分析,通...     

2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较

  目的  比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据。  方法  采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点可变数目重复序列分析（MLVA）、规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）、多位点序列分型（MLST）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（WGS-SNP）对2008 — 2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。 以辛普森多样性指数（DI）为指征,比较单一方法及方法联用的分型能力差异。  结果  PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时,其DI值均＜0.9,PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上,WGS-SNP的DI 值最高,可达0.971。  结论  对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP,在缺乏基因组分析能力的情况下,推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。     

沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析

目的应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征。方法抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）。结果药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率最高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素（头孢噻肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋）均未产生耐药性。PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sal16位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别。结论分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发。目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化。     

产志贺毒素大肠埃希菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析

目的 探讨多位点可变数目串联重复序列分析[multiple-locus VNTR (variable-number tandem repeats) analysis,MLVA]分型方法对产志贺毒素大肠埃希菌分离株的分型效果,初步了解菌株分子流行病学特征。 方法 采用7个VNTR位点对70株产志贺毒素大肠埃希菌分离株进行分析,并根据多态性位点的重复数目利用BioNumerics软件进行聚类分析。 结果 70株菌株被分为46种MLVA型别,O157与非O157菌株可分为A、B两个明显不同的群。除少部分菌株外,不同宿主来源、志贺毒素型别及血清型的非O157菌株与MLVA型别存在较好的相关性。 结论 7个VNTR位点的MLVA分型方案对于产志贺毒素大肠埃希菌的菌株分型、暴发溯源等具有一定的参考价值,但仍需进一步完善。     

某院耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLVA基因分型及流行状况研究

目的通过构建适合临床实验室常规应用的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株同源性多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法,建立昆明地区临床分离MRSA菌株的MLVA基因分型基础数据库,分析医院MRSA感染流行情况。方法收集昆明市第一人民医院临床微生物室2010年10月至2013年12月分离的111株MRSA菌株,对7个可变数目串联重复序列(VNTR)位点进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和产物电泳分析,归类各菌株的基因型别。结果 VNTR09-01位点测序结果显示9bp的重复子,重复规律性不强、易突变;111株分离株被分为25个基因型别(A~Y),其中G、A、B为主要型别,分别占47.7%、13.5%、8.1%;呼吸内科、神经外科、重症监护室(ICU)和乳腺科存在MRSA集中流行趋势。结论 MLVA分型方法可推广应用于本研究中7个VNTR位点多态性检测,部分科室存在MRSA同源菌集中流行情况,值得高度关注。     

2016-2019年江苏省南京市人感染副溶血弧菌分子特征分析

  目的  了解江苏省南京市副溶血弧菌临床分离株的分子特征,为其防控提供参考。  方法  收集2016—2019年从腹泻和食物中毒患者分离的副溶血弧菌临床分离株并进行血清型分型,运用聚合酶链式反应（PCR）方法检测菌株的tlh、tdh、trh、toxRS/new、ORF8五种毒力基因,采用多位点序列分型（MLST）对菌株进行分子分型分析。  结果  2016—2019年共收集93株临床分离株,菌株优势血清型为O3∶K6（65/93,69.9%）,均携带tlh基因,73株属于tdh+trh- toxRS/new+的大流行菌群,非大流行菌群菌株中有5株为tdh-trh-非致病株。 共检出13个ST型,以ST3为主（68/93,73.1%）。  结论  南京地区副溶血弧菌以O3∶K6、ST3型大流行菌群菌株为主,非大流行菌群、非致病株并存。     

无乳链球菌分子流行病学研究进展

无乳链球菌(Streptococcus agalactiae),20 世纪30 年代由Rebecca Lancefield 分离自患牛乳腺炎的奶牛而得名,因其具有兰氏B 组抗原,又称被称为B 族链球菌(Group B Streptococcus).《伯杰氏细菌鉴定手册》将其描述为革兰染色阳性、触酶阴性的兼性厌氧菌,呈球...     

深圳地区致泻性大肠埃希菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方法的研究

目的通过比较多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方法,探索更优的致泻性大肠埃希菌（DEC）的快速溯源方法。方法本研究采用筛选的可变数目串联重复序列（VNTR）位点,对DEC菌株进行MLVA分型,并将该方法与金标准PFGE进行比较评估。结果PFGE分型方法将58株DEC分为43种带型,其中3种带型成簇,多样性指数（DI）值为0.965。 MLVA分型方法将58株菌分为42种带型,4种型别成簇,DI值为0.955。 此外,2种方法对2起暴发菌株的分型结果一致。结论MLVA方法与PFGE方法对深圳地区的58株DEC菌株的分型能力差异无统计学意义,但MLVA具有快速、简便、通量高的特点,使得MLVA优于PFGE分型方法,在疾病监测、疾病暴发调查中将会发挥重要的应用价值。     

广东省珠海市两种常见沙门菌血清型的分子分型分析

目的 研究珠海市沙门菌1,4,［5］,12:i:–和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据。 方法 用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方案与欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方案,对从腹泻病例分离的121株鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,［5］,12:i:–进行PFGE和MLVA分型。 结果 药敏试验结果显示,鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,［5］,12:i:–的多重耐药株分别为45株（45/51,88.24%）和51株（51/70,72.86%）,2种菌多重耐药率差异有统计学意义（χ2＝4.256,P＝0.039）,两者的耐药率＞50.00%的抗生素分别是氨苄西林、四环素、复方磺胺甲恶唑和氯霉素。 121株沙门菌经PFGE分型后获得88个型别,2种菌株间没有明显聚类特征,但鼠伤寒沙门菌的型别更为分散,优势型别PT15的11株菌包含了2种血清型。 MLVA分型结果显示5个位点中以STTR5和STTR6的重复数变化最多,分别是11和14个重复数,STTR9和STTR3次之,95.87%的菌株在STTR10p位点无扩增产物。 经MLVA分型后获得50个型别,优势型别为MT18和MT10,分别有23株和11株菌,均包含了2种血清型,经构建最小生成树分析发现91.74%（111株）菌株分布在Ⅰ群。 结论 珠海市2种菌株的多重耐药率较高,分子分型型别多样,但鼠伤寒沙门菌型别更为分散,两者遗传特征相似。