何首乌实时荧光定量PCR内参基因筛选

为筛选适宜何首乌Polygonum multiflorum不同组织基因表达分析的内参基因,从何首乌转录组数据中选取Actin,GAP-DH,SAND,PP2A,TIP41常用的5个候选内参基因,设计特异性引物.通过实时荧光定量PCR,利用geNorm,NormFinder,BestKesper,Delta CT以及Re...     

黄草乌实时荧光定量PCR内参基因的筛选

筛选合适的内参基因是应用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析基因表达的前提.为黄草乌Aconitum vilmori-nianum中基因表达分析研究提供可靠的内参基因,基于黄草乌转录组数据,筛选出19个候选内参基因(ACT1、ACTT2、ACT3、aTUB1、aTUB2、bTUB、18S rRNA、UBQ、eI...     

沙氏鹿茸草实时荧光定量PCR内参基因筛选

沙氏鹿茸草是玄参科鹿茸草属半寄生植物,主要分布在我国江西,福建,广东等地,是中药"炎宁颗粒"的重要原料之一。目前关于沙氏鹿茸草的研究报道主要集中在种质资源,化学成分,药理药效等方面,在分子生物学及功能基因组方面的研究基础还很薄弱,目前尚无沙氏鹿茸草相关内参基因的研究报道。为了筛选沙氏鹿茸草中稳定表达的内参基因,保证基因表达结果的可靠性,该研究以沙氏鹿茸草为材料,采用实时荧光定量PCR技术对来自沙氏鹿茸草转录组数据的6个内参基因(UBQ,GAPDH,AP-2,ACT,TUB,CYP)在不同土壤含水量及接种丛枝菌根Rhizophagus irregularis条件下的表达水平进行检测,并结合GeNorm, NormFinder和Bestkeeper软件综合评价6个内参基因的稳定性。结果表明,6个内参基因在不同处理下的表达稳定性具有明显差异,其中TUB,GAPDH的分析结果接近且表达最稳定,而ACT的表达最不稳定。研究结果为今后沙氏鹿茸草寄生和品质形成过程中的基因表达分析提供参考。     

艾Artemisia argyi实时荧光定量PCR内参基因筛选

艾叶是中国传统中药,在药用和灸用产品的市场需求日益增加,具有重要的药用价值和经济价值.筛选稳定可靠的qRT-PCR内参基因是开展艾的基因表达差异分析研究的必要前提.该研究从艾的转录组数据中选取Aain、18s、EF-1α、GAPDH、SAND、PAL、TUA、TUB8个常用的内参基因作为候选基因,利用实时荧光定量技术(...     

巴戟天实时荧光定量PCR内参基因的选择

目的选择合适的内参基因,用于巴戟天不同组织和不同处理的叶中目标基因表达量的分析检测。方法以巴戟天不同组织和不同处理的叶为材料,根据巴戟天转录组数据,选择甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、细胞色素P450(cytochrome P450,CYP)、微管蛋白α(tubulinalpha,TUA)和肌动蛋白(Actin)基因等10个内参基因作为候选基因。利用实时荧光定量技术,并结合geNorm、NormFinder和BestKeeper等软件分析内参基因的表达稳定性,从而筛选出巴戟天不同组织和不同处理叶中表达稳定的内参基因。选择合适的内参基因对巴戟天的1-脱氧木酮糖-5磷酸合成酶(DXS)和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)基因在不同组织和不同处理的叶中相对表达量进行分析。结果内参基因GAPDH和泛素(UBQ)在巴戟天不同组织中表达最稳定,GAPDH+UBQ的双内参组合能够更加准确地分析目的基因在巴戟天不同组织的相对表达量,而在不同处理的叶中GAPDH和Actin表达稳定性最好,选择GAPDH+Actin的双内参组合可以确保目的基因相对分析表达结果的可靠性。在巴戟天不同组织中,DXS目的基因的相对表达量为根<茎<叶,DXR的相对表达量为茎<根<叶。在巴戟天不同处理的叶中,DXS和DXR基因的相对表达量相对于未处理的叶(CK)都有所提高。结论筛选得到的稳定内参基因为后续巴戟天相关基因表达研究奠定基础,使用2个稳定内参的组合对目的基因进行均一化处理有利于提高目的基因表达分析的准确性。     

青天葵实时荧光定量PCR内参基因的选择

目的 筛选合适的内参基因用于青天葵实时荧光定量PCR分析的校正.方法 以毛唇芋兰3个组织(叶片、叶柄和球茎)为材料,利用实时荧光定量PCR技术探讨18S rRNA、actin、ubiquitin、EF-lα和β-tubulin 5个常用内参基因在毛唇芋兰不同组织中表达差异.利用GeNorm和NormFinder软件比较各内参基因的Ct值,以分析他们在青天葵3个组织的表达稳定性.结果 5个内参基因的表达稳定性各异,GeNorm软件分析结果表明,稳定性β-tubulin=EF-lα＞ubiquitin＞actin＞ 18S rRNA;NormFinder软件结果显示β-tubulin稳定性最好,EF-1α次之,18S rRNA则最差.两个不同软件分析结果一致.结论 β-tubulin可作为毛唇芋兰不同组织中基因表达差异分析的校正内参基因.     

绞股蓝实时荧光定量PCR内参基因筛选和验证北大核心

目的:筛选适宜绞股蓝不同组织表达分析的内参基因,掌握绞股蓝皂苷生物合成关键酶基因GpFPS在绞股蓝不同组织中的表达特性。方法:基于绞股蓝转录组数据,以10个内参基因作为候选基因,采用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder分析绞股蓝不同组织中10个候选内参基因的稳定性。利用实时荧光定量PCR技术,筛选出符合要求的内参基因,并实测基因GpFPS在绞股蓝不同组织中的表达情况。结果:候选内参基因在绞股蓝不同组织中的表达稳定性由高到低排序为PP2A、CYP、eIF4α、Actin、EF1α、TIP、18S、GAPDH、UBQ10、TUB6。GpFPS基因表达量在不同组织中由高到低分别是:嫩叶、老叶、花、卷须、成熟果、茎或根、幼果。结论:适合于绞股蓝不同组织基因表达分析的内参基因是PP2A和CYP,通过验证分析,该内参基因的可靠性强,为进一步研究绞股蓝皂苷生物合成相关基因的功能积累了必备的实验基础。     

川赤芍实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证

川赤芍与芍药共同作为《中国药典》著名药材赤芍的基原植物,具有重要的药用价值,且在花卉市场的潜力巨大。筛选稳定可靠的内参基因是开展川赤芍分子研究的必要前提。该研究从川赤芍的转录组数据中选取Actin和GAPDH 2个内参基因作为候选基因,利用实时荧光定量技术(qRT-PCR)检测2个候选基因在川赤芍的不同组织(韧皮部、木质部、茎、叶、叶柄、子房)和不同生长时期(萌动期、开花期、休眠期)的表达水平,然后利用geNorm、NormFinder、BestKeeper、ΔCT和RefFinder综合分析2个内参基因表达的稳定性,结果表明Actin和GAPDH在川赤芍不同组织和不同生长时期中的表达模式均稳定。该研究进一步检测川赤芍转录组数据中8个基因(Pv-TPS01、Pv-TPS02、Pv-CYP01、Pv-CYP02、Pv-CYP03、Pv-BAHD01、Pv-UGT01、Pv-UGT02)在不同组织中的表达水平,结果表明,以Actin和GAPDH分别作为内参基因,8个基因在川赤芍不同组织部位的表达趋势均一致,验证了Actin和GAPDH作为川赤芍内参基因的可靠性。综上,该研究发现Actin和...     

基于实时荧光定量PCR对镉处理下黄花蒿内参基因稳定性的分析

研究选取黄花蒿的Actin,18S rRNA,PAL,GAPDH,CPR作为候选内参基因,设计特异性引物,通过实时荧光定量PCR,利用geNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT以及RefFinder软件和方法对5种内参基因在不同浓度镉处理下黄花蒿叶片中的表达稳定性进行分析,为黄花蒿基因差异表达研究提供可靠的内参基因,确保黄花蒿基因表达分析结果的可靠性。结果表明在不同浓度镉处理下,黄花蒿叶片中候选内参基因的表达稳定性存在差异,综合分析得出候选内参基因表达稳定性顺序依次为Actin >18S rRNA >PAL >GAPDH >CPR。因此,在黄花蒿基因差异表达分析中,可以考虑选取Actin,18S rRNA,PAL作为内参基因,采用多内参校正结果。此外,研究还发现同浓度镉处理下黄花蒿叶片中的候选内参基因表达稳定性也存有差异,这说明即使在同一处理条件下也有必要进行内参基因的筛选。总之,该研究首次提供了在不同浓度镉处理下黄花蒿叶片中比较理想的内参基因,也为其他条件下黄花蒿的基因表达分析提供了参考。     

基于实时荧光定量PCR分析的北柴胡内参基因的筛选及验证

目的筛选出在北柴胡不同生长时期及不同器官中表达均稳定的内参基因并进行验证。方法利用实时荧光定量PCR获得18个候选内参基因所有Ct值,通过3种不同算法(Bestkeeper、Norm Finder、Ge Norm)的软件对内参基因稳定性进行分析,采用皮尔森相关系数(Pearson correlation coefficient)分析3个软件给出的稳定性排名结果。结果所有候选内参基因的Ct值相对宽泛,ADF1b、ADF5、ADF7、e IF2b和ACT2为最为合适的内参基因,而e IF6被认为稳定性最差的内参基因。3个软件计算结果均呈现显著性相关。结论采用实时荧光定量PCR结合3种不同算法进行北柴胡内参基因的筛选及验证是可行的。在北柴胡柴胡分子遗传研究中,发掘到的内参基因对目的基因进行均一化处理有助于提高目的基因表达分析的精确性及可信度。     

肉桂和大叶清化桂内参基因的筛选和验证

目的:筛选适用于肉桂和大叶清化桂不同部位进行实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)分析的稳定内参基因,为肉桂和大叶清化桂皮枝叶3个不同部位的基因表达分析提供稳定的内参基因.方法:以肉桂和大叶清化桂两种植物的皮、枝、叶等6个不同组织器官为实验材料,使用Real-time PCR技术对甘油醛-3-磷酸脱氢...     

当归实时荧光定量PCR内参基因筛选

目的 通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)筛选当归Angelica sinensis不同材料中稳定表达的内参基因。方法 以不同生长期、春化温度、组织部位以及抽薹/未抽薹植株为材料,对转录组数据库获得的13个候选内参基因和1个已报道的肌动蛋白基因的表达水平进行qRT-PCR检测,利用ge Norm、NormFinder、BestKeeper、?Ct和RefFinder等软件分析表达水平的稳定性。结果 不同材料中14个候选内参基因的稳定性存在显著差异,ACT7、UBC32、UBC26和UBC7分别为不同发育阶段、春化温度、组织部位和抽薹/未抽薹植株中最稳定的内参基因;EEF1G为所有样品中最稳定的内参基因,其次为RPL3和UBC26。结论 为进一步检测当归产量和品质形成过程中的基因表达提供重要参考。     

狭叶柴胡内参基因筛选及皂苷合成关键酶基因组织表达分析

目的筛选适宜狭叶柴胡Bupleurum scorzonerifolium组织表达分析的内参基因,分析柴胡皂苷合成关键酶基因的组织表达模式。方法选取Actin、α-tubulin、β-tubulin、Cyclophilin、EF-1α5个常用的内参基因作为候选,分别使用Delta CT、Best Keeper、Norm Finder、ge Norm软件对各候选内参基因的稳定性进行评价,并对候选内参基因的稳定性进行验证,利用实时荧光定量PCR技术,以筛选得到的内参基因分析狭叶柴胡根、茎、叶、果中柴胡皂苷合成关键酶基因HMGR、IPPI、FPS、SS、β-AS基因的组织表达模式。结果候选内参基因平均表达稳定性由高到低排序为β-tubulinCyclophilinActinEF-1αα-tubulin,β-tubulin是狭叶柴胡基因组织表达分析的适宜内参基因。HMGR基因表达量由高到低为根茎/果叶,IPPI基因表达量由高到低为根茎果叶,FPS基因表达量由高到低为叶根茎果,SS基因表达量由高到低为叶果根茎,β-AS基因表达量高低为叶根果茎,其中HMGR与IPPI及FPS与β-AS基因的表达显著呈正相关(P0.05)。结论筛选得到了狭叶柴胡不同组织基因表达分析的最适内参基因为β-tubulin,为狭叶柴胡基因组织表达分析奠定方法学基础。柴胡皂苷合成关键酶基因有不同的组织表达模式,可能参与调控狭叶柴胡不同组织中柴胡皂苷合成与积累的流向。     

双重实时荧光PCR快速鉴别人参和西洋参＊

目的 建立一种能够快速鉴定人参和西洋参的双重实时荧光PCR方法。方法 通过对人参属及其近似种基因序列的分析比对，设计特异性的引物探针，建立双重实时荧光PCR检测方法。PCR反应体系为Premix Ex Taq （Probe qPCR） 10 μL，人参上下游引物各0.5 μL，西洋参上下游引物各0.3 μL，人参与西洋参特异性探针各0.4 μL，DNA模板2 μL，灭菌去离子水补至20 μL。反应条件为95℃预变性30 s；然后以95℃变性5 s，60℃退火延伸30 s进行40个循环。应用该方法测试了27份DNA样品，包括7份人参、6份西洋参、4份人参与西洋参混合样、10份其他人参属样品及其他常见中药材样品的DNA，以确定该方法的特异性。将人参与西洋参样品DNA混合后10倍稀释成不同浓度后进行检测，用以确定该方法的灵敏度。结果 人参及西洋参样品均在特定的荧光通道下出现典型的阳性扩增曲线，人参与西洋参混合样品均同时出现两条阳性扩增曲线，其它对照样品及空白对照均没有出现阳性扩增曲线。灵敏度检测结果显示该方法检测人参及西洋参的最低检测限均为2 pg DNA/反应。结论 本实验建立的双重实时荧光PCR方法能够同时快速、准确、灵敏地鉴别出人参和西洋参。     

不同罗汉果品种生育后期净光合速率变化的比较研究

目的:分析净光合速率(P_n)与罗汉果品质的关系.方法:以永青一号和野红一号2个生育后期的罗汉果品种为实验材料,采用CI-310便携式光合作用测定系统测生育后期的净光合速率;用HPLC测甜苷V.结果:永青一号的光补偿点低于野红一号,光饱和点相同.在整个生育后期永青一号的Pn、干果重和甜苷V含量均高于野红一号.结论:净光合速率可作为评价罗汉果品质的重要辅助指标.     

罗汉果内参基因筛选和3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶时空表达分析

目的筛选罗汉果Siraitia grosvenorii基因表达分析的内参基因,研究苷V生物合成关键酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)时空表达特性。方法克隆罗汉果看家基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、微管蛋白(α-tubulin)、肌动蛋白(β-actin)和泛素(UBQ5)的基因片段,评价了4个基因在不同部位(叶、茎和果)及果实发育不同时期的稳定性,筛选内参基因,分析HMGR的时空表达特性。结果 UBQ5表达最稳定,适宜作为内参基因;叶片的HMGR相对表达量较低,茎和果实相对表达量较高;果实不同发育时期,HMGR的相对表达量呈现先升高再降低然后再升高再降低的波动式变化,70 d后HMGR的相对表达量最高,然后依次是5、30、10、50 d。结论 UBQ5是适宜的内参基因。叶片、茎和果实中,HMGR的相对表达量差异明显。果实发育不同时期,HMGR的相对表达量呈波动式变化,与苷V合成积累变化规律相似。