基于网络药理学研究枳实治疗糖尿病的作用机制

目的 应用网络药理学初步研究枳实治疗糖尿病的活性成分及其作用机制.方法 初步筛选枳实的活性成分及其相应的作用靶点[中药系统药理学数据库(TCMSP)],收集糖尿病疾病靶点[GeneCards和OMIM数据库],取枳实与糖尿病交集靶点作为研究对象.构建枳实-活性成分-作用靶点-糖尿病的宏观网络图[Cytoscape软...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨枳实治疗肝内胆汁淤积的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨枳实治疗肝内胆汁淤积的有效活性成分及其潜在作用机制,并对枳实黄酮类粗提物治疗胆汁淤积的药效进行验证。方法:从TCMSP数据库和中国知网文献中检索出枳实的有效活性成分并收集其靶点;通过GeneCards和OMIM数据库收集肝内胆汁淤积相关的疾病靶点,将与药物靶点重复的靶点作为潜在靶点,使用Cytoscape构建“药物-有效成分-靶点-疾病”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络(PPI);借助Metascape数据库进行GO富集与KEGG通路富集分析,最后利用AutoDock vina进行分子对接进行初步验证。观察枳实黄酮粗提物对胆汁淤积大鼠谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、总胆汁酸(TBA)、总胆红素(TBIL)、直接胆红素(DBIL)和碱性磷酸酶(ALP)指标的影响。结果:筛选得到35个活性成分,相关潜在靶点161个,疾病靶点1 248个,枳实治疗肝内胆汁淤积潜在靶点87个,主要作用于AKT1、TP53、TNF、CASP3、VEGFA、IL6、HIF1A等19个核心靶点,这些共同作用靶点富集于4 405个生物过程和246条信号通路...     

基于网络药理学探讨枳实薤白桂枝汤治疗肺栓塞的作用机制

目的:基于网络药理学方法对枳实薤白桂枝汤进行研究,探讨其治疗肺栓塞的作用机制.方法:根据药物成分的体内过程[吸收(absorption)、分布(distribution)、代谢(metabolism)及排泄(excretion),ADME]属性,通过中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese...     

基于网络药理学和分子对接研究枳实薤白桂枝汤治疗心血管疾病的作用机制

摘要：目的:探究复方枳实薤白桂枝汤治疗心血管疾病的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选枳实薤白桂枝汤的有效成分及靶点基因;通过基因卡片（Gene Cards）和在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库筛选疾病的靶点基因,将药物有效成分靶标与疾病靶标映射;采用Cytoscape 3.7.1构建药物-成分-靶点-疾病关系图,寻找关键作用成分。运用STRING数据库,得到蛋白互作核心基因。将关键作用成分与核心基因中的前3个做分子对接。利用Bioconductor进行基因本体（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:筛选枳实薤白桂枝汤的有效成分61个,药物-疾病共同作用靶点104个; Cytoscape 3.7.1网络得到候选化合物47个,蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络中核心基因为丝裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）、淀粉样前体蛋白（APP）、表皮生长因子受体（EGFR）,分子对接香蜂草苷、新橙皮苷、菠菜甾醇与核心靶点具有较强的亲和能力,涉及前列腺癌（prostate cancer）、乙型肝炎（Hepatitis B）、流体剪切力及动脉硬化（gluid shear stress and atherosclerosis）、糖尿病并发症中的糖化终末产物及其受体信号通路（AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications）等通路发挥治疗心血管疾病作用。结论:枳实薤白桂枝汤以多成分、多基因、多通路的复杂形式发挥其药效作用,为心血管疾病药物的开发提供理论依据。     

基于网络药理学探讨山慈菇-皂角刺药对治疗肺癌的作用机制

目的:基于网络药理学的研究方法,探讨山慈菇-皂角刺药对治疗肺癌的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台检索山慈菇和皂角刺的药物活性成分,收集其作用靶点,通过Uniprot数据库将收集的靶点进行"蛋白-基因名"转换;对于肺癌疾病的靶点,通过人类孟德尔遗传综合数据库、GeneCards数据库筛选与肺癌相关的基因...     

基于网络药理学及分子对接探讨柴胡-当归药对治疗乳腺增生的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探索柴胡-当归药对治疗乳腺增生的潜在作用机制.方法 基于网络药理学,通过TCMSP、UniProt等数据库检索获得柴胡-当归药对的活性成分及其对应靶点蛋白.在Genecards数据库检索乳腺增生相关靶点,利用Draw Venn Diagram在线作图网站获得其与柴胡-当归作...     

基于网络药理学的菟丝子-枸杞子药对治疗卵巢早衰的作用机制研究

目的:探讨菟丝子-枸杞子药对治疗卵巢早衰的潜在作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GenenCards和OMIM数据库获得菟丝子-枸杞子药对活性成分及卵巢早衰的相关靶点,利用Venn在线工具筛选两者的交集基因,并采用Cytoscape 3.7.0软件构建活性成分-靶点网络和靶点间蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库对交集基因进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路富集分析,最终构建活性成分-靶点-关键通路网络。结果:筛选出菟丝子-枸杞子药对活性成分42个,成分及疾病靶点231、1 913个,节点度值排名靠前的化合物有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、黄豆黄素、豆甾醇和芝麻素等。活性成分靶点与卵巢早衰疾病靶点的交集基因共149个,交集基因的PPI网络共包含节点149个、边2 970条,平均节点度值为39.9,平均介数值为0.005 4。GO分析结果显示,上述交集基因的分子功能主要包括蛋白结合、酶结合等,生物过程主要涉及促进RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、促进DNA转录等,细胞组分主要包括细胞核、细胞质等,信号通路主要涉及癌症信号通路、乙型肝...     

采用网络药理学研究黄芪-葶苈子药对治疗心力衰竭的作用机制

目的:探索黄芪-葶苈子药对治疗心力衰竭的可能作用机制。方法:采用网络药理学方法。基于类药性和口服生物利用度,通过中药系统药理学数据库分析平台、GeneCards和OMIM数据库、反向分子对接服务器,筛选出黄芪-葶苈子药对治疗慢性心力衰竭的活性成分,并预测其作用靶标;采用Cytoscape 3.6.0软件绘制出黄芪-葶苈子药对的活性成分-慢性心力衰竭作用靶标网络;通过STRING数据库制作靶标相互作用网络,筛选连接度排名前5的靶标,在分子对接服务器中进行分子对接;最后在生物学信息注释数据库中进行基因本体(GO)生物过程分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:本研究共预测得到28个活性成分,其中黄芪20个、葶苈子12个,包括山柰酚、槲皮素等,有4个成分为二者共有;得到活性成分的作用靶标92个,包括热休克蛋白90α(HSP90AA1)、酪氨酸蛋白激酶SRC基因等;GO生物过程结果显示与线粒体电子传递、线粒体内膜、胞质溶胶、胞外体、线粒体基质、药物反应等相关,KEGG通路富集分析结果显示主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、转化生长因子(TGF)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)信号通路、环磷酸腺苷(c AMP)信号通路、蛋白激酶B信号通路、细胞外信号调节激酶1(EPK1)信号通路、核转录因子κB(NF-κB)信号通路等方面。结论:黄芪-葶苈子药对可通过上述HSP90AA1、SRC等多靶点及线粒体电子传递、MAPK信号通路等多通路来治疗慢性心力衰竭;本研究为进一步深入探讨该药对作用的物质基础以及作用机制提供了参考。     

基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制

目的 基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)的潜在分子作用靶点及机制。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库对紫苏子—杏仁药对的有效活性成分进行筛选,并采用SwissTargetPrediction网站进行靶点预测。采用GeneCards数据库检索CVA相关靶点,借助Venny 2.1.0获取交集靶点,对交集靶点分别运用Cytoscape 3.9.1软件和STRING数据库构建主要活性成分—潜在治疗靶基因网络图和PPI蛋白互作网络,并筛选出关键有效活性成分和核心靶蛋白,通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能及KEGG通路的富集分析。结果 筛选出紫苏子—杏仁药对有效成分19个,与CVA相关靶点224个,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、SRC、MAPK3、EGFR、JUN、PTGS2、HSP90AA1、ESR1。GO功能富集分析显示分子功能165个、细胞组分79个、生物过程630个。KEGG通路富集分析显示得到信号通路155条,主要涉及cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症通路、化学致癌—受体激活通路、神经活性配体—受体相...     

基于网络药理学及分子对接探讨“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探索“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的潜在作用机制。方法 基于网络药理学,通过TCMSP、UniProt等数据库检索获得“柴胡-当归”药对的活性成分及其对应靶点蛋白。在Genecards数据库检索乳腺增生相关靶点,利用Draw Venn Diagram在线作图网站获得其与“柴胡-当归”作用靶点的交集基因。通过Cytoscape 3.6.0软件及STRING数据库构建药对-活性成分-作用靶点-疾病网络和靶点间蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,根据度值大小筛选出排名前5的靶蛋白,并利用RCSB PDB数据库、Autodock Vina 1.1.2等软件预测其与“柴胡-当归”药对活性成分的结合活性。采用RStudio软件对交集基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最终构建活性成分-关键靶点-关键通路网络。结果 数据库中筛选获得药对活性成分共18种;其中活性成分的靶点与乳腺增生疾病的交集基因共150个,根据度值排名大小获得5个核心靶标,包括蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。经分子对接分析发现,“柴胡-当归”药对的活性成分与核心靶标结合能力较强。结论 “柴胡-当归”药对的主要活性成分可能通过调节蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等核心靶点,参与调控白介素-7(IL-7)信号通路、内分泌耐药、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等途径,发挥对乳腺增生的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探索“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的潜在作用机制。方法 基于网络药理学,通过TCMSP、UniProt等数据库检索获得“柴胡-当归”药对的活性成分及其对应靶点蛋白。在Genecards数据库检索乳腺增生相关靶点,利用Draw Venn Diagram在线作图网站获得其与“柴胡-当归”作用靶点的交集基因。通过Cytoscape 3.6.0软件及STRING数据库构建药对-活性成分-作用靶点-疾病网络和靶点间蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,根据度值大小筛选出排名前5的靶蛋白,并利用RCSB PDB数据库、Autodock Vina 1.1.2等软件预测其与“柴胡-当归”药对活性成分的结合活性。采用RStudio软件对交集基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最终构建活性成分-关键靶点-关键通路网络。结果 数据库中筛选获得药对活性成分共18种;其中活性成分的靶点与乳腺增生疾病的交集基因共150个,根据度值排名大小获得5个核心靶标,包括蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。经分子对接分析发现,“柴胡-当归”药对的活性成分与核心靶标结合能力较强。结论 “柴胡-当归”药对的主要活性成分可能通过调节蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等核心靶点,参与调控白介素-7（IL-7）信号通路、内分泌耐药、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、缺氧诱导因子1（HIF-1）信号通路等途径,发挥对乳腺增生的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接探究吴氏侗药烧伤油治疗烧烫伤的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨吴氏侗药烧伤油治疗烧烫伤的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库中检索吴氏侗药烧烫伤油的相关活性成分和作用靶点,使用人类孟德尔遗传病数据库（MOIM）、人类基因综合分析数据库（GeneCards）数据库查找与烧烫伤相关的靶点,利用String、DAVID、Metascape数据库和Cytoscape3.9.0软件对治疗烧烫伤的共同靶点构建蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）,并对潜在靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,最后采用SYBYL-X2.0进行分子对接验证。结果:筛选出吴氏侗药烧烫伤油治疗烧烫伤共涉及141个有效成分和160个共同靶点;GO功能富集提示治疗烧烫伤的生物学过程主要与药物反应、凋亡过程的负调控、凋亡过程、对脂多糖的反应、老化、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、积极调控一氧化氮生物合成过程等有关;KEGG通路分析主要涉及癌症通路、乙型肝炎、糖尿病并发症中的晚期糖基化产物（AG）E-晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、癌症中的蛋白多糖等通路信息;分子对接验证结果显示吴氏侗药烧伤油能与“成分-疾病-靶点网络”中自由度排名前3个靶点丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、TNF、白细胞介素6（IL-6）具有较好的亲和性。结论:通过网络药理学证实了吴氏侗药烧烫伤油多途径、多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了吴氏侗药烧烫伤油治疗烧烫伤可能具有的作用机制,为其之后进行药物活性成分研究验证奠定理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗乳腺癌的机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗乳腺癌的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查询三七的有效成分及作用靶点,通过Dis GeNET平台查询乳腺癌靶点。对药物作用靶点和疾病靶点的交集进行蛋白质相互作用网络(PPI)分析、基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 筛选出三七有效成分8种包括槲皮素、人参皂苷rh2和β-谷甾醇等,与其相对应的靶点有182个。乳腺癌相关靶点539个,药物与疾病交集靶点54个。PPI分析得出肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B1(AKT1)和雌激素受体1(ESR1)等可能是三七治疗乳腺癌的核心靶点。三七核心成分均能与上述核心靶点有较好的结合活性。GO富集分析和KEGG富集分析显示,三七通过518个GO条目、128条通路发挥乳腺癌的治疗作用。结论三七通过多种有效成分、多靶点、多通路发挥乳腺癌的治疗作用。     

基于网络药理学-分子对接的生地黄活血化瘀作用机制研究

目的：采用网络药理学和分子对接初步揭示生地黄活血化瘀作用机制。方法：基于文献检索构建生地黄化学成分数据库,采用PharmMapper预测可能的作用靶标;从MeSH、OMIM和Genecards数据库收集血栓靶标,采用Cytoscape构建生地黄活血化瘀的“成分-靶点-疾病”网络;采用Network Analyzer进行网络拓扑分析,筛选生地黄主要活性成分及作用靶标;采用DAVID数据库对生地黄活血化瘀作用靶点进行基因本体（GO）分析和KEGG通路富集分析,以探索生地黄活血化瘀的作用机制;最后通过分子对接验证活性化合物与关键靶点之间的相互作用。结果：共收集生地黄化学成分136个,网络筛选出活性成分11个,其中9个为环烯醚萜苷类成分。生地黄靶点共184个,筛选出活血化瘀关键靶点28个。生地黄发挥活血化瘀功效主要涉及信号转导、蛋白质磷酸化等生物过程,主要通过调节PI3K-Akt信号通路、甲状腺激素信号通路等。梓醇可能通过PI3K及Akt活性下调实现活血化瘀作用。结论：生地黄发挥活血化瘀作用具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的作用机制

目的：运用网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的分子作用机制。方法：通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach、Pharm Mapper数据库挖掘黄芪的活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选鼻炎相关靶点,将两者靶点取交集,得到黄芪治疗鼻炎的预测靶点;运用Cytoscape软件构建可视化“活性成分-靶点”网络;应用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络（PPI）;使用R软件对靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape软件构建可视化“通路-靶点”网络;通过vina软件将筛选的主要活性成分与核心靶点进行结果验证。结果：筛选得到黄芪相关活性成分16个,涉及靶点147个,其中主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、异鼠李素等,关键靶点包括TP53、AKT1、TNF、IL-6、VEGFA等;GO功能富集分析共得到2385条生物过程（BP）,75条细胞组分（CC）,140条分子功能（MF）;KEGG通路富集分析共得到166条信号通路,涉及动脉粥样硬...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气开秘方治疗便秘的作用靶点及效应机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术研究益气开秘方治疗便秘的作用靶点及效应机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台收集筛选益气开秘方中组方药材的有效活性成分及对应靶点,利用GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD及DrugBank数据库获取疾病靶点;利用R软件4.1.1筛选成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库（version 11.5）和Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质–蛋白质相互作用（PPI）网络;运用R软件4.1.1进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 益气开秘方主要包含68个活性成分,活性成分对应靶点170个;便秘疾病靶点共1 586个;益气开秘方与便秘的交集靶点基因共68个。PPI分析出核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、MAPK3、蛋白激酶B1(AKT1)等;GO功能注释得到生物学过程条目1 825条（如衰老、平滑肌细胞增殖、肽基-丝氨酸...     

基于网络药理学和分子对接探讨金莲花抗流感病毒作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方式探究金莲花抗流感病毒的关键活性成分和潜在作用机制。方法 从TCMSP数据库和文献中检索主要成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测潜在靶点;以Influenza为关键词在Genecard和DisGeNET数据库检索疾病靶点;利用Venny2.1.0获取交集靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病网络”;此外利用String平台进行PPI分析,DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析;利用Sybyl-X软件进行分子对接验证。结果 一共筛选了18个活性成分其中β-谷甾醇、柳穿鱼黄素、原金莲酸、槲皮素、芹菜素为关键成分,筛选得到10个关键靶点;GO分析结果主要与炎症反应生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与TNF信号通路、HIF-1信号通路、Toll样信号通路有关。结论 金莲花治疗流感具“多成分-多靶点-多通路”协同调节的特点,为进一步研究金莲花抗击流感病毒的作用机制提供了一定的理论支撑,也为后续研究拓宽了思路。     

基于网络药理学和分子对接探讨慈丹胶囊治疗肝癌的作用机制

目的 用网络药理学和分子对接方法探索慈丹胶囊治疗肝癌的潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台及相关文献收集慈丹胶囊的活性成分和作用靶标,并用Cytoscape-3.8.0软件构建中药组分-活性成分-关键靶点网络图。用基因名片数据库筛选肝癌的潜在靶点信息。基于蛋白质相互作用数据库构建慈丹胶囊和肝癌交集靶点蛋白的互作网络图。用注释、可视化和集成发现数据库将交集靶点进行基因本体生物过程富集分析和京都基因与基因百科全书信号通路富集分析。通过分子对接考察关键活性成分与潜在靶点蛋白的作用方式。结果 慈丹胶囊可能通过槲皮素、山柰酚、木犀草素等59个主要活性成分作用于肿瘤抑制蛋白p53、肌动蛋白、丝/苏氨酸蛋白激酶1等127个关键靶点,进而调控癌症相关通路、磷脂酰肌醇3激酶-丝/苏氨酸激酶通路等肿瘤相关信号通路,诱导细胞周期阻滞和凋亡,从而达到治疗肝癌的目的。分子对接结果显示,慈丹胶囊中主要活性成分能够与多个度值较高的关键核心靶点很好地结合,进而可能对靶点蛋白产生激活或抑制作用。结论 慈丹胶囊治疗肝癌的潜在作用机制具有多成分、多靶点、多通路的作用特点。