基于“脑-肠轴”理论及网络药理学的黄连治疗慢性肠炎、失眠、抑郁症异病同治的作用机制探讨

目的 基于“脑-肠轴”理论,通过网络药理学和分子对接法,分析黄连治疗慢性肠炎、失眠、抑郁症异病同治的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取黄连的活性成分及相关靶点,检索GeneCards、OMIM、Drugbank数据库预测慢性肠炎、失眠、抑郁症的相关靶点。通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白质相互作用（PPI）网络,通过网络拓扑参数预测核心靶点,利用Metascape平台对核心靶点进行基因本体（GO）注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后利用分子对接验证核心成分及核心靶点的结合能力。结果 筛选得到黄连活性化合物9种,主要活性成分包括槲皮素、氢化小檗碱、小檗浸碱、黄藤素、小檗碱;活性成分靶点与慢性肠炎、失眠、抑郁症的交集靶点38个,核心靶点19个,其中IL-6、IL-1β、AKT1、TNF、FOS等靶点度值较高。GO和KEGG分析表明核心靶点主要通过AGE-RAGE、IL-17、TNF等多条信号通路发挥调节作用,核心成分及核心靶点分子对接显示出良好的结合活性。结论 慢性肠炎、失眠、抑郁症3者虽为不同疾病,但通过“脑-肠轴”互为联系。网络药理学分析显示黄连通过多组分、多靶点、多通路的药理作用治疗慢性肠炎、失眠及抑郁症。     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗乳腺癌的机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗乳腺癌的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查询三七的有效成分及作用靶点,通过Dis GeNET平台查询乳腺癌靶点。对药物作用靶点和疾病靶点的交集进行蛋白质相互作用网络(PPI)分析、基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 筛选出三七有效成分8种包括槲皮素、人参皂苷rh2和β-谷甾醇等,与其相对应的靶点有182个。乳腺癌相关靶点539个,药物与疾病交集靶点54个。PPI分析得出肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B1(AKT1)和雌激素受体1(ESR1)等可能是三七治疗乳腺癌的核心靶点。三七核心成分均能与上述核心靶点有较好的结合活性。GO富集分析和KEGG富集分析显示,三七通过518个GO条目、128条通路发挥乳腺癌的治疗作用。结论三七通过多种有效成分、多靶点、多通路发挥乳腺癌的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选菟丝子的化合物和有效靶点;使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测IR的相关靶点,并利用Uniprot数据库转换成相应的基因名称;选取Cytoscape软件构建菟丝子—活性成分—靶点网络关系图、String数据库构建靶点蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络;利用David数据库进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制柱状图和气泡图;使用Autodocktools软件对活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 获得菟丝子的关键化合物10个、药物靶点207个、疾病靶点1 279个、交集靶点122个,得到JUN、AKT1、TP53、RELA、MAPK1和TNF 6个PPI网络核心分子,网络药理学结果提示菟丝子可能通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路和FoxO信号通路等121条信号通路参与调控IR。分子对接结果显示,菟丝子中活性成分槲皮素、苦参碱、β-谷甾醇与核心靶点JUN、TP53、MAPK1和RELA间存在结合位点。...     

基于网络药理学探讨黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的作用机制

目的 基于网络药理学的方法探讨黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选出黄芩、荆芥的活性成分及其靶点;通过GeneCards数据库筛选激素依赖性皮炎的潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图;将整合后的黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并通过R语言软件对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 黄芩主要活性成分31种,其对应靶点53个;荆芥主要活性成分9种,其对应靶点93个。激素依赖性皮炎相关靶点2 262个。三者共同靶点25个。PPI网络分析黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎主要靶点有B淋巴细胞瘤-2基因（BCL-2）、白细胞介素6(IL-6)、缺氧诱导因子（HIF-1α）、血管内皮细胞生长因子A(VEGFA)等。GO功能富集分析得到GO条目1 202个,KEGG通路富集分析得到信号通路112条,其中磷脂酰肌醇-3激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)信号通路及缺氧诱导因子1α(HIF-1α)信号通路为重要通路。结论 黄芩-荆芥药对治疗...     

红花-牛膝治疗口腔黏膜下纤维化作用机制的网络药理学分析

目的 联合使用网络药理学和分子对接技术探究红花-牛膝的有效成分作用于口腔黏膜下纤维化(OSF)的治疗靶点。方法 通过网络药理学方法获得“红花”“牛膝”的有效成分及作用靶点,以及OSF的疾病靶点。利用STRING平台构建蛋白互作PPI网络图;对关键活性成分与核心靶点进行分子对接分析,并对交集靶点进行了GO和KEGG富集分析。结果 发现红花-牛膝作用于OSF的主要活性成分为木犀草素、黄芩苷、黄连素和黄连碱等;主要核心靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、低氧诱导因子1α(HIF-1α)等;主要涉及癌症中的蛋白多糖、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、白介素-17(IL-17)、C型凝集素受体等信号通路。分子对接结果亦表明活性分子与靶点基因均具备良好的结合力。结论 本研究结果提示红花-牛膝可能通过多活性成分、多靶点以及多种信号通路来治疗OSF。     

基于“胃脘痈”与“炎-癌链”理论治疗慢性萎缩性胃炎的机制分析

目的探讨黄连-蒲公英药对治疗慢性萎缩性胃炎阻断“炎-癌链”的可能机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库获取黄连-蒲公英药对的主要活性成分,并用Uniprot数据库矫正靶点,利用人类基因数据库(Gene Cards)筛选慢性萎缩性胃炎的疾病靶点,采用Venny 2.1软件将药物靶点和疾病靶点取交集,获得黄连-蒲公英治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape 3.8.2软件绘制蛋白相互作用网络(PPI),使用DAVID 6.8数据库进行潜在基因的基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并绘制中药-成分-靶点-通路图。结果最终得到黄连-蒲公英药对有效成分17个,交集基因63个,最主要的有效成分为槲皮素、巴马汀、七叶亭、黄连素等,PPI网络图中度值较高的靶点有白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、细胞肿瘤抗原53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素8(CXCL8)、转录因子AP-1(JUN)、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)、Caspase3、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、基质金属蛋白酶(MMP)-9、IL-10。GO富集分析共430个生物学过程;KEGG通路图中与慢性萎缩性胃炎密切相关的有:癌症的途径、TNF信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、细胞凋亡、癌症中的蛋白多糖、核转录因子(NF)-κB信号通路。结论基于“胃脘痈”理论的黄连-蒲公英药对治疗慢性萎缩性胃炎是通过多成分、多靶点、多通路共同阻断“炎-癌链”的进程。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨丹灯通脑软胶囊治疗中风的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨丹灯通脑软胶囊治疗中风的活性成分和作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台、中国台湾中医药资料库、BATMAN-TCM数据库以及文献,筛选丹灯通脑软胶囊相关成分,在成分靶点预测数据库中预测其作用靶点,结合药物与疾病数据库、人类孟德尔遗传综合数据库、治疗靶点数据库和DisGeNET数据库中得到的中风靶点构建网络,通过STRING数据库对共同靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,筛选关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Autodock Tools 1.5.7软件进行分子对接,预测核心成分和关键靶点间的结合活性。结果：共检索到丹灯通脑软胶囊相关成分161个,对应靶点856个,中风相关靶点234个,取交集得到86个共有靶点,构建PPI网络并进行拓扑学分析得到30个关键靶点,其富集分析得到2 712个GO功能进程和122条KEGG通路。分子对接结果显示,核心成分槲皮素、木犀草素可以与核心靶点前列腺素内过氧化物合酶2、蛋白激酶B、基质金属蛋白酶(MMP)9、半胱天冬酶-3和MMP...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨如意金黄散抗炎作用的分子机制

目的：通过数据挖掘,运用网络药理学方法探讨如意金黄散抗炎作用的分子机制。方法：利用GeneCards数据库获取炎症相关靶点,运用BATMAN-TCM数据库获取如意金黄散中药物的活性成分及其相对应的靶点;将疾病靶点和药物靶点取交集后,构建药物-成分-靶点调控网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用R软件进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用AutoDock Vina软件进行分子对接,验证结果的可靠性。结果：经过筛选共得到217个药物活性成分,159个炎症-如意金黄散交集基因,通过GO功能和KEGG通路富集分析得到2 051个GO条目和149条信号通路。如意金黄散可能是通过香芹酮、黄体酮和姜黄酮等多种酮类活性成分参与动脉粥样硬化信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、雌激素信号通路和肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多个途径作用于胰岛素、蛋白激酶B1、白蛋白、丝裂原激活的蛋白激酶1和TNF等多个关键靶点,从而发挥抗炎作用。分子对接结果显示,研究结果具有一定的可靠性。结论：本研究初步揭示了如意金黄散发挥抗炎作用的分子机制,为后...     

基于网络药理学及分子对接的五子衍宗丸治疗肝纤维化作用机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨补肾复方五子衍宗丸治疗肝纤维化的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmspsearch.php)数据库预测五子衍宗丸有效成分的靶点并通过Uniprot数据库进行靶点名称标准化;通过OMIM、Gene Cards、DisGeNET数据库收集肝纤维化靶点,通过韦恩图筛选活性成分靶点和疾病靶点基因的交集,获取五子衍宗丸治疗肝纤维化的潜在靶点;运用Cytoscape 3.9.0构建有效成分-靶点-肝纤维化网络,预测核心靶点,构建基于STRING平台的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用微生信平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDockTools软件,结合PPI网络及GO功能、KEGG通路分析,将核心靶点与有效成分进行对接验证。结果 获得五子衍宗丸活性成分84个,筛选出有效成分作用靶点179个,肝纤维化靶点798个,五子衍宗丸与肝纤维化交集靶点81个,经拓扑属性分析筛选得到五子衍宗丸26个活性成分、37个治疗肝纤维化关键靶点;根据“活性成分-靶点-通路”网络图,预测槲皮素、山柰酚、苦参碱、黄豆黄素为五子衍宗丸作用于肝纤维化的重要活性成分;RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL6)、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等为核心靶点。GO功能富集分析的生物学过程(BP)主要与RNA聚合酶II启动子转录的正调控、基因表达的正调控等关联;细胞组分(CC)主要与细胞外空间、细胞核等关系密切;分子功能(MF)主要与大分子复合物结合、蛋白激酶活性、RNA聚合酶II核心启动子近端序列特异性DNA结合等相关。五子衍宗丸治疗肝纤维化途径主要包括化学致癌-活性氧信号通路、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。核心成分槲皮素、山柰酚、苦参碱、黄豆黄素与核心作用靶点AKT1、TNF、IL6、VEGFA、CASP3等对接结合稳定,分子对接初步证明关键成分自发地与多个核心蛋白结合,可对多个关键靶点进行调控。结论 通过网络药理学及分子对接初步揭示补肾复方五子衍宗丸影响凋亡过程的正负调控、氧化应激、炎症因子、血管生成等反应过程,具有多成分、多靶点、多通路等作用特点,可为临床肝纤维化治疗中重视补肾法提供参考依据。     

基于生物信息学和分子对接分析栀子柏皮汤治疗炎症性肠病的作用机制

目的 基于生物信息学和分子对接,探讨栀子柏皮汤治疗炎症性肠病(Inflammatory bowel disease, IBD)的主要活性成分及作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform, TCMSP)和本草组鉴(HERB)数据库筛选“栀子”“甘草”“黄柏”三味药材的有效成分和作用靶点,构建“中药-成分-靶点”网络图。通过基因表达数据库(GEO)和DisGeNET数据库筛选炎症性肠病的相关基因,并用R软件进行数据分析和可视化。通过String平台构建药物和疾病交集靶点的蛋白互作网络(PPI),并利用Cytoscape的MCODE插件筛选核心靶点。使用DAVID平台对核心靶点进行GO和KEGG富集分析。使用AutoDock将核心靶点与活性成分进行分子对接。结果 栀子柏皮汤与炎症性肠病共同作用的目标靶点有13个,GO富集分析得到相关条目49个,KEGG通路富集得到35条信号通路。结论 初步探究了栀子柏皮汤治疗炎症性肠病的潜在靶点和相关通路,栀子柏皮汤中的槲皮素、小檗碱等活性...     

基于基因表达综合数据库和网络药理学探讨香参丸治疗溃疡性结肠炎的分子机制

目的采用生物信息学和网络药理学分析香参丸对溃疡性结肠炎( UC)的分子机制。方法 2023年 1―5月通过中药系统药理学数据库与分析平台( TCMSP)收集香参丸的有效成分及其相关靶点,利用基因表达综合( GEO)数据库筛选 UC相关靶点,将香参丸与 UC的交集靶点信息上传至 STRING并通过 Cytoscape 3.7.2可视化蛋白质相互作用( PPI)网络。使用 Metascape数据库进行 KEGG与 GO通路富集分析并预测香参丸作用 UC的相关通路,并绘制“中药 -成分 -疾病 -靶点 -通路”网络,利用 Autodock进行分子对接。结果结果显示共筛选得到香参丸主要成分 136个、靶点 243个, UC相关靶点 1 750个,香参丸与 UC交集靶点 37个,筛选出关键成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等,关键靶点如 NOS2、PPARG、IL1B、MMP2以及 ICAM1等。分子对接结果提示核心成分与核心靶点结合稳定,平均最低结合能为 .5.598 6 kCal/mol。KEGG与 GO通路富集分析显示香参丸参与多种分子功能和生物过程,其涉及的主要通路有 TNF信号通路、 Toll样受体信号通路、 HIF-1信号通路以及 MAPK信号通路等。结论香参丸可通过多靶点、多通路改善 UC症状,其主要成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等可能通过 TNF信号通路、 Toll样受体信号通路、 HIF-1信号通路以及 MAPK信号通路等作用于 NOS2、PPARG、IL1B、 MMP2等关键靶点。     

基于网络药理学的急支糖浆治疗咳嗽的作用机制研究及实验验证

目的 运用网络药理学的方法挖掘中药复方急支糖浆治疗咳嗽的有效成分、关键靶点以及潜在作用通路。方法 分别利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Genecards数据库筛选急支糖浆的活性成分作用靶点和咳嗽的疾病靶点,两者靶点取交集后利用Cytoscape软件构建成分-靶点网络,String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络,拓扑分析获取关键靶点和成分。通过David数据库进行基因本体论（GO）生物学功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。通过分子对接技术进一步佐证网络药理学结果的可靠性,通过小鼠咳嗽模型进行实验验证。结果 急支糖浆中共筛选出活性成分163种,可干预咳嗽相关靶点154个,GO富集586个,KEGG通路119条。其中,槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等可能为急支糖浆治疗咳嗽的关键成分,CXCL8、MAPK8、STAT3、TNF等为潜在靶点,GO富集分析的生物功能涉及到细胞增殖、血管生成、炎症反应等,KEGG通路富集分析涉及到TNF、PI3K-Akt、FoxO、HIF-1等信号通路。超过90%的分子对接结果均具有一定的结合活性。使用流式细胞术、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、酶联免疫吸附（ELISA）的方法验证了急支糖浆对咳嗽小鼠淋巴细胞分化、炎症因子和部分关键靶点表达的影响。结论 急支糖浆治疗咳嗽的作用机制是通过多种活性成分作用于多靶点、多通路产生了调控炎症过程、调节免疫功能、促进细胞增殖、修复受损机体等综合效果,该结果为进一步研究急支糖浆有效成分和作用机制奠定基础。     

基于网络药理学和分子对接的芪黄通秘软胶囊治疗便秘的作用机制研究

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨芪黄通秘软胶囊治疗便秘的作用机制。方法：依托中药系统药理学数据库与分析平台、TCM Database@Taiwan等数据库,检索芪黄通秘软胶囊中11味中药的化学成分及其靶点,构建成分-靶点网络,通过DrugBank、GeneCards等数据库检索便秘相关靶点,依托STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用R语言进行结果可视化,将药物关键化学成分与核心靶点导入AutoDockTools 1.5.7软件计算其结合能并进行分子对接。结果：共筛选出124个化学成分和113个疾病靶点,槲皮素、山柰酚等成分在网络中处于关键地位;PPI网络中度值排序居前3位的蛋白分别为蛋白激酶B1、肿瘤蛋白p53和表皮生长因子受体;GO功能富集分析结果显示,102个条目中,有55个涉及生物过程,31个涉及分子功能,16个涉及细胞组分;KEGG通路富集分析结果显示,115个通路主要集中在内分泌耐药、丝裂原激活的蛋白激酶信号通路上;分子对接结合...     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

基于网络药理学的肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭作用机制研究

目的采用网络药理学方法,科学阐释肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭(CRF)的作用机制。方法通过TCMSP数据库获取肾康注射液的活性成分、潜在药物靶点,通过OMIM、TTD、GeneCards数据库获得CRF的相关靶点,并结合相关软件进行网络药理学分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、基因本体(GO)分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。结果从TCMSP数据库共筛选得到肾康注射液活性成分96个,包括槲皮素、山柰酚、木犀草素等核心成分,涉及相关基因靶点244个。PPI网络涉及93个药物靶点,度值排名前10的核心靶点分别是AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53、MAPK1、CASP3、EGF、MMP9、EGFR。GO功能分析共获得710个条目(P<0.05),KEGG通路富集得到112条信号通路(P<0.05),包括PI3K-Akt、TNF、HIF-1等信号通路。结论肾康注射液治疗CRF是多成分、多靶点、多通路的综合效应。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝茯苓丸治疗子宫肌瘤的分子作用机制

目的 通过网络药理学分析和分子对接技术来探讨桂枝茯苓丸治疗子宫肌瘤的分子靶点和机制。方法 通过TCMSP平台筛选桂枝茯苓丸的有效成分及相关靶点,从GEO数据库中获得子宫肌瘤疾病差异基因,并通过Perl软件获取差异基因;交叉基因经过构建蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;将筛选出的关键活性成分和靶基因利用AutoDock软件进行分子对接,选择最佳结合靶标进行分子对接。结果 共筛选出92个活性化合物,其中活性成分槲皮素、山柰酚、黄芩苷、豆甾醇、β谷甾醇被确定为关联靶标最高的活性成分,获得交叉基因41个,其中PTGS2、PGR、NR3C2、GRIA2等为关联活性成分数量最多的靶标基因。通过拓扑分析,发现30个强关联蛋白,有11个靶点为中药的核心预测靶点。细胞组分（CC）共富集17个条目,分子功能（MF）共富集32个条目,生物过程（BP）共富集501个条目;KEGG通路富集共富集52个条信号通路,主要为基因在流体剪切应力与动脉粥样硬化、化学致癌–受体激活、脂质与动脉粥样硬化等通路。分子对接结果表明,桂枝茯苓丸的关键成分具有与目的基...     

基于网络药理学和分子对接研究丹芎活血片治疗骨性关节炎的机制

目的 基于网络药理学探讨丹芎活血片治疗骨性关节炎的机制.方法 采用数据库及文献筛选丹芎活血片的化合物和靶点、骨性关节炎的基因,映射共同靶点.以Cytoscape 3.7.2构建蛋白质-蛋白质交互(PPI)网络,在DAVID V6.8数据库中进行基因本体(G0)和京都基因与基因组百科全书途径富集(KEGG)分析,构建"成分-靶点-通路"网络,对关键成分进行分子对接.结果 获得成分50个和疾病基因774个,GO功能331个和KEGG通路61条.分子对接结果显示,有效成分为阿魏酸、芥子酸、山柰酚、姜黄素等,关键靶点为STAT3、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)和JUN等,KEGG涉及癌症、乙型肝炎、核因子κB(NF-κB)、PI3K-Akt和JAK-STAT等信号通路.结论 丹芎活血片可能通过VEGFA、JUN的表达和PI3K/Akt信号通路治疗骨性关节炎.     

基于网络药理学的金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的：探讨金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的活性成分及可能的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台、DisGeNET及GeneCards等数据库获取金藤清痹颗粒中的化学成分和类风湿关节炎相关靶点。将二者交集靶点导入STRING数据库进行分析,接着使用Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、金藤清痹颗粒成分靶点网络图及药物-成分-靶点-通路网络图等。通过R软件对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDockTools软件对金藤清痹颗粒中的活性成分与其对应的关键靶点进行分子对接验证。结果：筛选得到金藤清痹颗粒中153个化合物,399个化合物相关靶点,131个交集靶点。根据网络拓扑学参数筛选得到关键靶点,分别为蛋白激酶B1(Akt1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、白细胞介素6(IL-6)、肉瘤基因(SRC)、雌激素受体1(ESR1)、缺氧诱导因子1(HIF1)和氨基末端蛋白激酶(JUN)。对PPI网络分析得到151条KEGG通路和2 567条GO功能条目;GO条目...     

基于网络药理学和分子对接探究桂枝汤治疗新冠肺炎合并变应性鼻炎的有效成分和分子靶点

目的探究桂枝汤治疗COVID-19合并变应性鼻炎的有效成分和分子靶点。方法从TCMSP、GeneCards数据库中筛选与桂枝汤、变应性鼻炎、COVID-19相关的潜在靶点。通过Draw Venn Diagram网站、String数据库、Cytoscape软件得到药物和疾病的共有靶点,生成PPI网络及“中药-活性成分-靶点”网络,并根据度值筛选核心靶点及关键成分。运用Metascape、KEGG数据库进行GO和KEGG富集分析。利用分子对接证实核心靶点与关键成分之间的亲和力。结果共筛选出127个桂枝汤的有效成分,其中有108个成分可与52个共有靶点结合并发挥治疗作用。共有靶点主要富集在1523个GO条目及145条KEGG通路中。分子对接证实核心靶点能自发地与关键成分结合。结论桂枝汤主要通过黄酮类、植物甾醇类、酚类等活性成分与共有靶点(IL-6、TNF、MAPK3等)的结合,来参与病毒、免疫、炎症相关信号通路和生物细胞过程的调节,最终达到治疗COVID-19与变应性鼻炎的目的。     

结合网络药理学和分子对接探讨小儿消积止咳口服液治疗支原体肺炎的物质基础和潜在机制

目的 用网络药理学和分子对接的分析方法 ,探讨小儿消积止咳口服液治疗小儿支原体肺炎的功效网络与作用机制。方法 通过化学成分分析文献,获取小儿消积止咳口服液的主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的潜在靶点。支原体肺炎相关靶点来自GeneCards和Disgenet数据库。筛选出疾病和成分的交集靶点,通过STRING和Cytoscape软件分析了共享靶点之间的蛋白质相互作用关系。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）功能富集分析。通过分子对接技术,评估活性成分与核心靶点的结合活性。结果 共筛选得到小儿消积止咳口服液活性成分101个和813个成分的靶点,与306个支原体肺炎相关的靶点取交集,得到67个靶点。GO富集分析显示,相关靶点参与细胞凋亡、炎症、外来刺激等生物学过程发挥作用。KEGG富集分析显示,小儿消积止咳口服液治疗支原体肺炎的机制可能与肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、乙型肝炎、细胞凋亡等信号通路有关。通过蛋白质相互作用（PPI）网络筛选出8个核心靶点,其...