基于网络药理学和分子对接方法探讨络石藤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨络石藤（Chinese Starjasmine Stem）治疗类风湿关节炎（RA）的可能机制。方法 首先利用数据库检索中药“络石藤”的化学成分,并通过TCMSP平台的DL（类药性指数）和OB（药物口服生物利用度）划定范围,从该药物成分中进一步筛选其中的有效活性成分。再通过Genecards、OMIM数据库获取尽可能全面的RA靶点基因,从而确定药物与疾病可能存在的交集靶点,以此构建络石藤中活性成分与类风湿关节炎靶点的关系网络,筛选治疗疾病的核心靶点。最后,对络石藤治疗RA的潜在作用靶点进行富集分析,同时对核心靶点及其结合性良好的活性成分进行分子对接。结果 最终筛选得到络石藤9个活性成分,其中包括木犀草素、植物甾醇、伊博格碱等;涉及67个RA相关靶点,核心靶点包括RB1、MAPK1、AKT1、JUN、IL6、RELA等;分子对接显示络石藤某些活性成分与RA核心靶点具有较好的结合活性。结论 络石藤可以作用于疾病核心靶点,发挥抗炎、调节免疫功能及调控细胞凋亡等作用。     

基于网络药理学探究加味甘草附子汤治疗类风湿关节炎的作用机制

利用网络药理学方法预测加味甘草附子汤(modified Gan Cao Fu Zi Decoction, GCFZ)治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的作用机制,通过动物实验验证分析结果并探讨GCFZ的药效学效果。首先利用TCMID、SymMap、HERB、STITCH和GEO数据库获取GCFZ治疗RA的靶基因,共筛选得到RA差异表达基因1 250个, GCFZ靶点基因534个,交集基因83个。随后通过GO和KEGG数据库对交集基因进行功能富集分析,发现GCFZ及其活性成分主要通过细胞因子通路发挥作用,其中趋化因子信号通路、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)信号通路富集基因数较多。接着使用Cytoscape3.8.0软件构建药物-靶点-疾病网络并筛选到TNF、趋化因子8 (C-X-C chemokine ligand 8, CXCL8)、趋化因子10 (C-X-C chemokine ligand 10, CXCL10)、趋化因子配体5(C-Cchemokineligand5,CCL5)、趋化因子2(C-X-Cchem...     

基于网络药理学研究蒙药复方三子汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学研究蒙药复方三子汤治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索三子汤组方中药物的活性成分,通过UniProt数据库进行靶点预测;通过人类基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）获取RA疾病的相关靶点;绘制韦恩图并获取三子汤活性成分与RA的共同靶点;基于String数据库构建药物疾病共同靶点的蛋白相互作用（PPI）网络;采用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络,应用网络分析仪（NetworkAnalyzer）工具进行拓扑分析筛选三子汤发挥治疗RA作用的重要活性成分及核心靶点;对相关靶点进行基因本体（GO）生物功能分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析研究三子汤治疗RA的作用机制。结果 从三子汤中共筛选出32个活性成分及201个相关靶点;得到三子汤治疗RA的靶点97个;通过网络拓扑分析得出三子汤发挥治疗RA作用的重要靶点基因主要有IL-6、TNF、AKT1、VEGFA、IL-1β等,重要活性成分有槲皮素、山柰酚、鞣花酸、β-谷甾醇等;GO生...     

基于网络药理学的金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的：探讨金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的活性成分及可能的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台、DisGeNET及GeneCards等数据库获取金藤清痹颗粒中的化学成分和类风湿关节炎相关靶点。将二者交集靶点导入STRING数据库进行分析,接着使用Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、金藤清痹颗粒成分靶点网络图及药物-成分-靶点-通路网络图等。通过R软件对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDockTools软件对金藤清痹颗粒中的活性成分与其对应的关键靶点进行分子对接验证。结果：筛选得到金藤清痹颗粒中153个化合物,399个化合物相关靶点,131个交集靶点。根据网络拓扑学参数筛选得到关键靶点,分别为蛋白激酶B1(Akt1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、白细胞介素6(IL-6)、肉瘤基因(SRC)、雌激素受体1(ESR1)、缺氧诱导因子1(HIF1)和氨基末端蛋白激酶(JUN)。对PPI网络分析得到151条KEGG通路和2 567条GO功能条目;GO条目...     

基于网络药理学探讨昆仙胶囊治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法,探讨昆仙胶囊治疗类风湿关节炎（RA）的分子靶点及可能的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）结合本草组鉴（HERB）检索昆仙胶囊所含中药的化学成分,并依据 TCMSP 数据库的口服生物利用度（OB）和类药性指数（DL）筛选出主要有效活性成分,并获取其对应的靶点。通过 Genecards数据库与OMIM数据库筛选出 RA 的靶点,利用 Venn图制作网站获取药物与疾病的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络;使用 String 数据库绘制靶蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape软件中的ClueGo功能对公共靶点进行GO富集分析和KEGG富集分析。结果 该研究共筛选出昆仙胶囊的有效活性成分81个,作用靶点913个,去除重复得到228个。从GeneCard数据库与OMIM数据库中获得RA的靶点4494个,通过交集获得公共靶点162个。揭示了槲皮素、木犀草素、山奈酚、β-谷甾醇及雷公藤甲素等5种成分是昆仙胶囊中的主要活性成分,AKT1、IL-10、STAT3、CASP8及CDKN1A可能是该药治疗RA的关键靶点。GO及KEGG富集分析结果显示,昆仙胶囊干预RA的作用机制主要与活性氧代谢过程的调控、激酶活性的调节、IL-17信号通路等有关,涉及感染、炎症及免疫的重要生物过程和信号通路。结论 本研究从网络药理学角度,初步探讨了昆仙胶囊治疗RA的物质基础和作用机制,提示了其多成分、多靶点、多途径的整体调节特点,为后续分子生物学实验研究提供了思路与依据。     

羌活胜湿汤治疗肩周炎35例疗效观察

目的:观察羌活胜湿汤对肩周炎的疗效。方法:将70例肩周炎患者随机分为治疗组和对照组,每组各35例。对照组行针刺治疗,治疗组行针刺结合羌活胜湿汤内服外敷治疗,2周为1个疗程,2组患者分别于治疗后进行总体疗效评价,并于治疗后第2周、4周、12周、24周进行目测类比评分(visual analogue scale,VAS)评估。结果:治疗组总体疗效高于对照组(P<0.05,治疗组VAS评分在治疗后第2、4、12、24周均有显著性差异(P<0.05,对照组第2、4周亦有显著性差异(P<0.05,但至第12、24周已无明显差异(P>0.05)。结论:羌活胜湿汤可改善肩周炎治疗的效果,能提高远期疗效。     

基于网络药理学及分子对接探讨青风藤治疗痛风性关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术探讨青风藤治疗痛风性关节炎的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,获取青风藤的活性成分,并通过SwissTarget Prediction数据库预测其靶点。使用GeneCards、OMIM、DisGenet、TTD数据库获取与痛风性关节炎相关的靶点,通过维恩图找到两者的共同靶点,并将其输入STRING平台和Cytoscape 3.9.1构建蛋白质相互作用（PPI）网络图。利用DAVID数据库对共同靶点进行基因本体（GO）生物学富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。借助AutoDockTools分子对接和可视化处理。结果 获得青风藤6种有效活性成分,药物与疾病靶点交集后获得84个关键靶点,PPI显示核心靶点有前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、过氧化物酶体增殖物激活受体G（PPARG）、转录因子AP-1（JUN）、Toll样受体4（TLR4）、一氧化氮合酶2（NOS2）等。KEGG通路分析,可能涉及了癌症通路、肿瘤坏死因子（TNF）、Th17细胞分化、核因子κB（NF-κB）通路、脂质和动脉粥样硬化通路等。分子对接结果显示,青风藤的主要活性成分青藤碱、β-谷甾醇、拉兹马宁碱、乌心石环氧内脂、千金藤啶碱与关键蛋白PPARG、NOS2、PTGS2、TLR4表现出良好的结合能力。结论 青风藤具有多成分、多靶点特性,通过多途径来缓解炎症反应,对治疗痛风急性关节炎的发作具有潜在的疗效。     

基于网络药理学和分子对接探讨复方风湿宁片治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学联合分子对接技术探讨复方风湿宁片治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss TargetPrediction数据库及文献报道收集复方风湿宁片的活性化学成分靶点,并使用GeneCards数据库检索类风湿关节炎的疾病靶点,将两者取交集,并通过绘制“复方风湿宁片–活性成分–靶点–通路–类风湿关节炎”网络图。对复方风湿宁片中的活性成分与类风湿关节炎靶点进行分子对接。结果 通过网络药理学分析得到复方风湿宁片中有34种活性化学成分,对应1059个靶点,与类风湿关节炎靶点交集356个。通过KEGG富集分析发现复方风湿宁片主要可能在肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、Th17细胞分化、T细胞受体信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路、Th1和Th2细胞分化、Janus激酶（JAK）-信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)信号通路、B细胞受体信号通路和类风湿性关节炎等通路上发挥治疗作用。蛋白激酶B(Akt1)、前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、丝裂原活化蛋白激酶1(...     

基于网络药理学及分子对接探讨生姜治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨生姜治疗类风湿关节炎（RA）的可能分子作用机制。方法 通过TCMSP平台筛选生姜主要活性成分，利用UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行转化为基因名，经Cytoscape 3.8.2软件构建网络图；在GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库中检索“rheumatoid arthritis”，获取RA疾病靶点，制作韦恩图获取生姜药物成分和RA共同靶点，并进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体论（GO）功能富集及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。利用分子对接技术预测有效成分与靶点的潜在结合活性。结果 获取生姜5个成分及55个潜在靶点，RA疾病4 836个相关靶点，生姜与RA共同靶点26个，PPI网络中自由度靠前的3个靶点基因为前列素内环氧化物合成酶2（PTGS2）、转录因子AP-1（JUN）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（CASP3），GO功能富集分析和KEGG通路分析分别得到185个结果和59条信号通路。结论 生姜治疗RA具有多成分、多靶点效应，并涉及多条信号通路，这可能通过PTGS2、JUN、CASP3等靶点调控炎症反应、免疫调节作用治疗RA。     

基于网络药理学和分子对接探讨小柴胡汤治疗慢性肾小球肾炎的机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探讨小柴胡汤治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的作用机制.方法 本研究通过TCMSP等数据库及文献检索小柴胡汤中组方药材的活性成分及靶点,利用GeneCards、OMIM和PharmGkb等数据库获取CGN疾病靶点,应用R语言筛选出小柴胡汤治...     

基于网络药理学和分子对接探究涤痰汤治疗冠心病的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接探讨涤痰汤作用于冠心病（CHD）的机制。方法 检索涤痰汤活性化合物,筛选CHD和正常人的差异基因,筛选疾病靶点。利用Cytoscape构建“中药-活性成分-基因靶点”网络图,将涤痰汤和CHD交集靶点构建相互作用网络图,进行分子对接生物活性验证。结果 涤痰汤治疗CHD的核心活性成分是柚皮素、槲皮素等,核心靶点有RELA、MAPK1等;涤痰汤治疗CHD的生物学通路主要依赖于MAPK信号、PI3K-AKT相关信号通路等,其功能主要为调节脂质代谢及调控细胞凋亡、炎症反应等,分子对接结果显示,活性成分与其靶点之间有较好的结合活性,β-谷甾醇与MAPK3的对接分数最高。结论 涤痰汤可通过多活性成分、多基因靶点、多通路治疗CHD,其网络药理学研究可为涤痰汤今后广泛使用提供理论支撑。     

基于网络药理学和分子对接探讨漆赛尔桑当松汤治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨藏药漆赛尔桑当松汤治疗类风湿性关节炎的抗炎机制。方法：通过前期研究结果并将结果导入PubChem数据库和Swiss-Target-Prediction数据库收集漆赛尔桑当松汤药物的活性成分和作用靶点。通过Gene Cards等疾病数据库获取类风湿性关节炎的相关基因,将两者放入Venny中提取交集并导入STRING数据库构建PPI网络。使用Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后,将核心靶点与活性化合物进行分子对接。结果：筛选出74个漆赛尔桑当松汤的有效化学成分,检索出769个基因靶点,疾病数据库得到疾病靶点302个,两者取交集后共得到59个共同靶点。PPI网络显示类风湿性关节炎可能与TNF、VEGFA、CXCL8、TLR4等核心基因相关。GO和KEGG分析显示,漆赛尔桑当松汤治疗类风湿性关节炎主要涉及细胞因子产生的正向调节和细胞迁移的正向调节。信号通路主要包括MAPK、PI3K-Akt和C型凝集素受体信号通路。分子对接结果显示Abelmanihotols B、Abelmanihotols C和Rhamnocitrin与TLR4和...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于网络药理学探讨黄柏-透骨草治疗类风湿关节炎的机制

目的采用网络药理学研究方法筛选黄柏-透骨草治疗类风湿关节炎(RA)的活性成分、作用靶点及通路,探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选黄柏-透骨草中口服生物利用度≥30%,类药性≥0.18,渗透性≥0.4的活性化合物。通过DisGeNET数据库筛选RA相关的疾病靶点,应用Cytoscape 3.7.1软件构建黄柏-透骨草治疗RA的成分-靶点-通路网络,采用String数据库构建蛋白质相互作用网络,利用DAVID数据库对靶点进行基因本体(GO)和基因功能(KEGG)富集分析。结果筛选出防己碱、小檗碱、槲皮素等10个药物核心成分,前列腺素G/H合成酶2、磷酸肌激酶、丝裂原活化蛋白激酶等13个关键靶点,共同靶点主要富集于正向调控蛋白磷酸化、肿瘤坏死因子(TNF)通路、 Toll样受体通路、血管内皮生长因子(VEGF)通路、缺氧诱导因子-1 (HIF-1)通路、PI3K/AKT信号通路等132个生物过程和89条信号通路。结论黄柏-透骨草对治疗RA具有多成分-多靶点-多途径的作用特点,作用机制可能与调节免疫细胞和滑膜成纤维细胞的异常增殖、降低炎症反应有关。     

基于网络药理学的青风藤治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的 应用网络药理学研究方法,探讨青风藤治疗类风湿关节炎(RA)的可能作用机制.方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选青风藤的化学成分,并依据TCMSP数据库的口服生物利用度(OB)和类药性指数(DL)筛选出主要有效活性成分.借助DRAR-CPI分子对接服务器得到有效活性成分的潜在作用靶点.通过Ge...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨沙棘治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:揭示沙棘治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制,为进一步探究沙棘治疗AD的药效物质基础提供理论参考。方法:通过TCMSP、Uniprot、GeneCards等数据库筛选沙棘活性成分、靶点及AD相关靶点基因;采用Cytoscope 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络图;通过STRING数据库制作靶点相互作用(PPI)网络,筛选度值较高的沙棘治疗AD的潜在靶点与沙棘活性成分进行分子对接;采用Clue GO插件对沙棘治疗AD的潜在靶点进行GO基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。取50只小鼠随机分为空白组、模型组[D-半乳糖120 mg/(kg·d)及AlCl₃溶液20 mg/(mL·d)]、阳性药物组[奥拉西坦260 mg/(kg·d)]、沙棘果油提取物组[1.6 g/(kg·d)]、沙棘多酚提取物组[1.6 g/(kg·d)],每组10只。各组小鼠分别灌胃相应药物的同时灌胃造模剂,空白组灌胃等体积蒸馏水,每天1次,连续给药60 d。通过Morris水迷宫实验测定各组小鼠学习记忆能力,采用酶联免疫吸附(ELISA)法检测小鼠海...     

基于网络药理学及分子对接研究桂芍葛芎汤治疗偏头痛的作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接方法探讨桂芍葛芎汤治疗偏头痛的作用机制。方法 采用TCMSP数据库中检索桂芍葛芎汤药物的相关活性成分,通过GeneCards数据库获取偏头痛的疾病靶点基因,采用Cytoscape构建桂芍葛芎汤-偏头痛-潜在靶点网络图。通过交互靶点基因本体（GO）和京都基因组与基因组百科全书通路（KEGG）富集分析研究桂芍葛芎汤和偏头痛的相关生物学过程和信号通路。将桂芍葛芎汤的关键活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 筛选出药物靶点958个,涉及活性成分共104个。偏头痛靶点3736个,桂芍葛芎汤治疗偏头痛的潜在作用靶点416个。桂芍葛芎汤治疗偏头痛的核心靶点基因为白蛋白（ALB）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6(IL-6)、苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、甘油醛3-磷酸脱氢酶（GAPDH）。神经活性配体-受体相互作用、血清素能突触、钙信号通路、环磷酸腺苷（cAMP）信号通路、癌症的途径等通络可能与桂芍葛芎汤防治偏头痛密切相关。通过分子对接验证表明部分活性成分与核心靶点之间具有良好的对接活性。结论 花旗松素、β-谷甾醇、谷甾醇、儿茶酚、过氧麦角甾醇等作为桂芍葛芎汤治...     

基于网络药理学和分子对接的大黄牡丹汤治疗炎症性肠病作用机制研究

目的:初步探讨大黄牡丹汤治疗炎症性肠病的作用机制.方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库及文献筛选大黄牡丹汤成分,通过Swiss target prediction数据库预测其靶点,与Genecards数据库中筛选的炎症性肠病靶点取交集,并在SRTING数据库进行蛋白互作关系分析,筛选关键靶点进行...     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗骨质疏松的分子机制

目的:探讨熊果酸治疗骨质疏松症(OP)的潜在分子机制.方法:运用中药系统药理学分析平台数据库、PubMed数据库、UniProt数据库筛选单体化合物熊果酸的作用靶点基因,借助GeneCards数据库检索OP相关靶点基因,并运用Venny 2.1在线作图工具获取成分-疾病的共有靶点基因;运用STRING数据库构建成分-疾...