基于健脾法和网络药理学探讨“茯苓-白术”药对治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的:基于健脾法,借助网络药理学探讨“茯苓-白术”药对(FB)治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。方法:通过TCMSP与Swiss Target Prediction数据库获取茯苓与白术的活性成分及作用靶点,利用GeneCards和DisGeNET数据库检索NAFLD相关靶点,将上述交集靶点输入STRING数据库,从而获取蛋白质互作关系网络。运用DAVID6.7数据库进行GO与KEGG富集分析,Cytoscape 3.7.2软件构建“药对成分-异常靶点-通路”网络图,AutoVina软件进行分子对接。结果:共得到20个活性成分,206个潜在靶点、2 088个疾病靶点,88个交集靶点。GO富集主要涉及类固醇激素介导的信号通路、RNA聚合酶Ⅱ对转录的正调控、细胞对缺氧的反应等,KEGG主要与胰岛素信号通路、PPAR信号通道和胰岛素抵抗等相关。网络分析结果表明,FB治疗NAFLD的核心成分为齿孔酸、多孔菌酸C、茯苓酸C、去氢齿孔酸,核心靶点为TNF、MAPK3、PIK3CA、NR1H3。分子对接结果显示核心靶点与核心成分的结合能均小于≤-5.0 kcal/mol,展现出较好的亲和...     

基于网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化的机制

目的]利用网络药理学及分子对接技术探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化(As)的作用机制。 [方法]借助TCMSP数据库获得当归补血汤的活性成分,使用Swiss Target Prediction平台预测其潜在作用靶点。应用GeneCards及DisGeNET数据库筛选As靶点,并将活性成分预测靶点与疾病靶点取交集获得关键交集靶点。采用STRING平台构建交集靶点PPI互作网络,Cytoscape软件网络拓扑分析筛选潜在关键靶点。再次使用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点,并找到核心活性成分。通过Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,最后通过分子对接,进一步明确其发挥治疗效用的成分与靶点作用机制。 [结果]筛选当归补血汤活性成分共19个,预测靶点204个,疾病靶点5 213个,筛选得到治疗As的交集靶点176个,排名前5位的核心靶点为Akt1、JUN、TP53、TNF、IL-6。GO和KEGG富集分析主要指向氧化应激反应、转录调节复合物等功能,参与的信号转导主要包括FoxO信号通路、JAK-STAT信号通路、IL-17信号通路等。分子对接结果显示5个活性成分及5个重要核心靶点对接结合能均小于－5 kJ/mol,提示其受体蛋白与配体小分子之间结合稳定,数值越低,结合稳定性越高,且结合能排名前5位的包含β谷固醇与槲皮素两种活性成分,其中活性成分β谷固醇与TNF结合能最低,为－10.52 kJ/mol,说明β谷固醇与槲皮素两种中药有效成分可能在治疗动脉粥样硬化性疾病中起重要作用。 [结论]当归补血汤中槲皮素、β谷固醇等核心活性成分可能通过作用于Akt1、JUN、TP53、TNF、IL-6等核心靶点,调节炎症反应、脂质代谢和其他相关通路,从而发挥治疗As的作用。     

乌蔹莓对溃疡性结肠炎治疗靶点及机制研究：网络药理学研究

[目的]采取网络药理学与分子对接技术探究乌蔹莓治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的潜在靶点及机制。[方法]从TCMSP数据库中筛选出乌蔹莓有效活性成分,获得其药物靶标,通过GeneCards数据库、NCBI基因数据及OMIM数据库检索UC疾病相关靶点。将乌蔹莓活性化合物相关靶点与UC疾病靶点互相映射得到交集靶点,作为乌蔹莓治疗UC的潜在靶点。运用R 3.6.3软件及相应程序包对交集靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。通过MCODE分析进行基因簇的分析以及核心靶点的筛选,通过Cytoscape3.8.0软件和String数据库构建乌蔹莓的潜在活性成分-潜在基因-通路网络和PPI网络。最后进行分子对接验证。[结果]共得到5种活性成分,54个药物靶标基因简称,2 304个UC相关靶点,75个乌蔹莓-UC交集靶点和交集靶点对应的5个潜在活性成分。GO功能富集分析得到包括生物过程(BP)1 684个,细胞组成(CC)40个和分子功能(MF)81个。KEGG功能富集分析得到79条通路,结果提示缺氧诱导因子HIF-1信号通路、p53信号通路、细胞凋亡、PI3...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的应用网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法在中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索五苓散主要成分及对应靶点;检索GeneCards、TTD、DrugBank、DisGeNET数据库,筛选CHF相关靶点;取疾病与药物交集靶点,构建韦恩图;应用Cytoscape 3.8.0软件建立五苓散药物-活性成分-靶点网络及药物成分-交集靶点网络,获得关键化合物;应用STRING平台构建交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)的网络图,分析网络图得到关键靶点;应用Metascape数据库对交集基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取主要靶点蛋白及关键化合物,应用CB-Dock平台进行分子对接验证。结果通过口服生物利用度(OB)及生物活性分子类药性(DL)筛选得到五苓散共有46个活性成分,共涉及63个作用靶点,与CHF重合的靶点有36个,得到谷甾醇、3β-乙酰氧基-白术酮、二氢槲皮素等10个关键化合物,NOS3、CASP3、PTGS2等10个关键靶点。GO分析得到与循环系统、细胞膜成分及蛋白质相关的注释条目。KEGG通路富集通路主要包括AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,五苓散关键化合物与新型利尿剂托伐普坦,与治疗靶点均具有良好结合活性。结论五苓散包括多个活性成分,作用于多个靶点,通过抑制细胞凋亡、氧化应激、心肌重构、炎症通路等多种机制作用于CHF,体现了中药治疗疾病多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学及分子对接探讨灵芝的免疫调节机制

［摘要］　目的　通过网络药理学及分子对接探讨灵芝调控免疫功能的作用机制。方法　通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索和筛选灵芝有效成分,使用Swiss Target Prediction数据库预测其潜在作用靶点。从GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB、TDD数据库中获取免疫调控相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用String平台构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白。利用R软件进行GO富集分析和KEGG通路分析。通过分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果　共获取灵芝活性成分43个,作用靶点499个,免疫相关靶点12 454个,药物与疾病的交集靶点483个。KEGG通路分析显示交集基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、蛋白多糖与癌症等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要参与脂质代谢过程的调节、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白有较好的结合活性。结论　研究构建的灵芝“成分-靶点-通路-疾病”网络,一定程度上揭示了灵芝多成分、多靶点的复杂作用机制,为灵芝的临床应用和产品开发提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参抗放射性心肌纤维化的机制

目的:采用网络药理学和分子对接探讨丹参抗放射性心肌纤维化的分子机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)进行药物成分和相应靶点筛选,疾病靶点通过基因名片数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和治疗靶点数据库(TTD)获得,在Venny 2.1.0平台上提取二者共同靶点。运用STRING数据库与Cytoscype 3.9.1软件建立蛋白互作(PPI)网络,对PPI网络行拓扑学分析得到的核心靶点导入Metascape数据库进行功能富集分析,经Cytoscype 3.9.1软件构建“活性成分-核心靶点-信号通路”网络。最后,利用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接验证,可视化由PyMOL 2.2.0软件完成。结果:共获取药物活性成分59种,相应靶点137个,疾病靶点3 042个,交集靶点100个。PPI网络拓扑学分析所得的蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白p53(TP53)等22个核心靶点,主要通过TNF信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路、丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)信号通路等途径发挥功能,与...     

基于网络药理学探究灵宝护心丹治疗急性心肌梗死的潜在机制

目的利用网络药理学和分子模拟对接的方法探究灵宝护心丹治疗急性心肌梗死(AMI)的分子机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、中医综合数据库(TCMID)获得灵宝护心丹所含9味中药相关活性化合物和作用靶点;通过人类基因数据库Gene Cards获得AMI相关基因,利用String 11.0数据库获得目标基因;利用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶标网络,根据拓扑学参数筛选灵宝护心丹治疗AMI的核心靶点;利用Cytoscape 3.7.2插件ClueGO+Cluepedia对疾病和药物交集靶点进行基因本体(GO)生物学过程富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路注释分析。结果灵宝护心丹化合物-AMI靶点网络包含57个疾病靶点和104个活性化合物,核心靶点包括叉头转录因子(FoxO1)、沉默信息调节因子1(Sirt1)、CASP3、白介素-6(IL-6)、AKT1、SOD2、Bcl2等。GO功能富集得到73个条目;KEGG富集到111个通路,并且被分类为16个具有统计学意义的亚组,主要涉及FoxO信号通路、HIF-1信号通路、凋亡信号通路、NF-κB信号通路等。使用GeneMANIA数据库构建核心靶标蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并对其进行生物学功能分析。利用分子对接模拟软件Autodock Vina 1.1.2,对关键药效分子与核心靶标进行配体-受体对接模拟计算。结论基于网络药理学预测灵宝护心丹治疗AMI的潜在分子机制,为进一步研究其药效和作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学与分子对接技术探究加味泽泻汤治疗梅尼埃病的作用机制

目的:探讨加味泽泻汤治疗梅尼埃病的潜在作用机制。方法:从TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM平台中收集加味泽泻汤组方中药物的活性成分及靶点,经标准化处理后利用Cytoscape软件绘制加味泽泻汤活性成分-靶点网络图并分析其核心成分;从GeneCards、OMIM、DisGeNET及CTD疾病数据库中收集梅尼埃病相关的疾病靶点,从而得到药物-疾病共有靶点,筛选出加味泽泻汤治疗梅尼埃病的潜在作用靶点并绘制药物活性成分-疾病靶点网络图;筛选提取加味泽泻汤和梅尼埃病的交集网络制作药物-疾病互作网络,通过计算相关属性值得到核心靶点,利用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并可视化。最后使用分子对接技术对加味泽泻汤核心活性成分与核心靶点对接并进行可视化处理。结果:经过筛选共得到加味泽泻汤药物活性成分39个,相关靶点144个;梅尼埃病疾病相关靶点1 556个,其中,有药物-疾病共同靶点44个,通过富集分析及筛选,得到排名靠前的GO功能条目及KEGG信号通路。分子对接得到4个关键化合物和3个核心靶点,具有较好的结合性,验...     

基于网络药理学和分子对接探讨苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术，探究苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病(AD)的活性成分和潜在作用机制。方法 通过文献搜集苗药黑骨藤的化学成分，利用中药系统药理学数据库(TCMSP)和Swiss ADME数据库筛选黑骨藤的主要活性成分，采用Swiss Target Prediction和SEA数据库预测活性成分的作用靶点。通过GeneCards、OMIM数据库检索AD相关靶点，经Venny2.1.0获取成分-疾病交集靶点，结合STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件对交集靶点进行蛋白互作(PPI)网络分析。再借助HIPLOT数据库对交集靶点进行基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。最后，利用AutoDock Tools1.5.6软件将潜在成分与核心靶点进行分子对接。结果 苗药黑骨藤的活性成分共24个，对应靶点574个，1 513个AD靶点，交集靶点159个；GO分析得到2 661条生物过程，587条分子功能，311条细胞成分；KEGG分析得到AD主要参与神经退行性疾病-多发性疾病途径、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、癌症中的蛋白多糖等相关通路。分子对接结...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的主要化合物成分及复杂作用机制。方法:通过HERB数据库、SwissADME平台检索并筛选三参通脉合剂的潜在活性化合物,通过SwissTargetPrediction平台预测作用靶点。通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、DrugBank及TTD数据库检索并筛选冠心病相关靶点。取药物预测靶点与疾病相关靶点的交集,将交集靶点导入Cytoscape 3.9.1构建“中药-成分-靶点”网络;导入STRING 11.5数据库构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过Cytoscape 3.9.1、CytoNCA插件进行拓扑分析。通过Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Tools 1.5.7、AutoDock Vina 1.1.2等进行分子对接分析。结果:共筛选得到三参通脉合剂365个活性成分,可能作用于320个冠心病相关靶点。根据“中药-成分-靶点”网络、PPI网络及相关文献筛选5个关键靶点与11个主要活性成分进行分...     

基于网络药理学与分子对接探讨失笑散治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨失笑散治疗冠心病的作用机制。方法:收集TCMSP及BATMAN-TCM、HERB数据库,分别检索蒲黄和五灵脂的化学成分及靶点,运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-活性成分-潜在靶点网络图。通过GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选冠心病相关的靶点。利用Venny图获取疾病-药物交集靶点,并将其上传至STRING数据库,进一步通过Cytoscape 3.9.0软件绘制核心蛋白-蛋白互作(PPI)网络图。采用Metascape平台对交集靶点进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用AutoDockTools-1.5.7软件对核心成分与核心靶点进行分子对接,采用PyMOL软件进行可视化。结果:经筛选后获得失笑散核心成分为槲皮素、山柰酚、异鼠李素等;核心靶点包括蛋白激酶B(AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(p53)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)等。KEGG通路富集的主要通路为环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。分子对接验证显示：多数核心成分与核心靶点具有...     

基于网络药理学和分子对接探讨养心氏片抗心肌纤维化的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接探讨养心氏片抗心肌纤维化的作用机制。方法:通过中医药系统药理学平台(TCMSP)检索养心氏片中13味中药的活性成分;运用基因名片数据库(GeneCards)、药物遗传学与药物基因组学知识库(PharmGKB)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank数据库及治疗靶点数据库(TTD)检索获得心肌纤维化相关靶点;将养心氏片活性成分靶点和疾病靶点取交集,运用Cytoscape 3.8.0软件绘制“药物-活性成分-靶点”网络图;将交集靶点上传至STRING平台进行蛋白相互作用(PPI)网络分析;运用R软件对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用AutoDock Vina 1.1.2对养心氏片的核心成分与核心靶点进行分子对接验证。结果:养心氏片通过β-谷甾醇、山柰酚、槲皮素等核心成分作用于表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体(ESR1)、白介素1B(IL1B)等核心靶点,可调节心肌纤维化中晚期糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体(AGE/RAGE)信号通路、低氧诱导因子(HIF-1)信号通...     

半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎作用机制的网络药理学分析北大核心CSCD

目的为了探究半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎作用机制,应用网络药理学方法分析半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎(HAG)的主要活性化合物、潜在靶点和相关通路。方法运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)对半夏泻心汤药物活性化合物及药物作用靶点基因进行筛选。通过GeneCards数据库和OMIM数据库收集HAG疾病相关靶点,对药物作用靶点及疾病相关靶点进行韦恩分析,确定药物作用潜在靶点;应用Cytoscape 3.6.1软件以及String数据库分别构建"药物-化合物-潜在靶点"相互作用网络及蛋白相互作用(PPI)网络图。运用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)功能,京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果终筛选出槲皮素、山柰酚和汉黄芩素等150种药物活性化合物,涉及SATA3、TP53、MAPK1等109个潜在靶点以及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、FoxO信号通路等96条作用通路。结论半夏泻心汤治疗HAG通过多成分、多靶点、多途径发挥其抑菌、抗炎、调控癌症进展的作用。     

半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎作用机制的网络药理学分析

目的为了探究半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎作用机制,应用网络药理学方法分析半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎(HAG)的主要活性化合物、潜在靶点和相关通路。方法运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)对半夏泻心汤药物活性化合物及药物作用靶点基因进行筛选。通过GeneCards数据库和OMIM数据库收集HAG疾病相关靶点,对药物作用靶点及疾病相关靶点进行韦恩分析,确定药物作用潜在靶点;应用Cytoscape 3.6.1软件以及String数据库分别构建"药物-化合物-潜在靶点"相互作用网络及蛋白相互作用(PPI)网络图。运用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)功能,京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果终筛选出槲皮素、山柰酚和汉黄芩素等150种药物活性化合物,涉及SATA3、TP53、MAPK1等109个潜在靶点以及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、FoxO信号通路等96条作用通路。结论半夏泻心汤治疗HAG通过多成分、多靶点、多途径发挥其抑菌、抗炎、调控癌症进展的作用。     

基于网络药理学及分子对接研究石菖蒲-郁金药对治疗冠心病合并焦虑/抑郁的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接研究石菖蒲-郁金药对治疗冠心病合并焦虑/抑郁的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、GeneCards数据库筛选药物活性成分、靶点及疾病靶点,取两者交集靶点,使用Cytoscape软件绘制药对-活性成分-靶点网络图,通过STRING数据库绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,利用Metascape数据库进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用Autodock vina软件进行分子对接。结果 石菖蒲-郁金中筛选得到7个活性成分,与冠心病合并焦虑/抑郁的交集靶点共100个。主要活性成分为山奈酚、柚皮素、β-谷甾醇等,PPI网络发现视黄醇类Ⅹ受体α(RXRA)、蛋白激酶B(AKT)1、丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK)3、转录因子AP-1(JUN)、MAPK1等可能是石菖蒲-郁金治疗冠心病合并焦虑/抑郁的关键靶点。GO和KEGG富集分析显示,生物过程主要涉及调节细胞对转化生长因子β刺激的反应、细胞周期相变的负调控等,信号通路主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-AKT、肿瘤坏死因子(TNF)等。分子对...     

基于网络药理学探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗COPD的作用机制

目的 利用网络药理学方法及分子对接技术探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的相关作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中获取瓜蒌薤白半夏汤的主要化学成分及对应靶点,在人类基因数据库(GeneCards)、药物银行(DrugBank)及人类孟德尔遗传数据库(OMIM)中获取COPD的治疗靶点;获取交集基因后,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点网络关系图;利用蛋白质相互作用数据库(STRING)建立蛋白互作网络(PPI),并利用Cytoscape软件中CytoNCA插件进行拓扑分析筛选核心靶点;利用R语言软件进行基因本体论(GO)生物学功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并绘制条形图;最后通过Autodock软件进行活性成分和核心靶点分子对接验证。结果 瓜蒌薤白半夏汤共筛选出30个活性成分和411个潜在靶点,共获得COPD潜在治疗靶点2 366个,二者交集靶点共139个;PPI核心网络计算出丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)3、MAPK1、JUN、TP53、FOS、雌激素受体α(ESR1)等14个核心靶点;GO富集分析生物学...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨清解化攻方治疗重症急性胰腺炎的作用机制

［摘要］　目的　基于网络药理学和分子对接技术探讨清解化攻方治疗重症急性胰腺炎（SAP）的作用机制。方法　应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索清解化攻方的活性成分和作用靶点,通过Cytoscape构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图,借助DAVID数据库和R软件对药物疾病交集基因进行GO和KEGG富集分析,利用Autodock Vina软件进行分子对接。结果　共筛选出清解化攻方的202个药物活性成分和225个潜在靶点,其中210个靶点与SAP相关。靶点通路富集分析结果显示,清解化攻方可能作用于炎性因子、细胞凋亡等途径发挥作用。分子对接结果显示,清解化攻方的主要活性成分与关键靶点具有良好的结合活性。结论　清解化攻方可能通过P53信号通路、PI3K-AKT信号通路等多途径发挥抗炎、调控细胞凋亡、改善能量代谢等作用。     

基于网络药理学探析5种经典方剂治疗肝细胞癌的作用机制

目的运用网络药理学及分子对接技术探究逍遥散合四君子汤、茵陈蒿汤、龙胆泻肝汤合下瘀血汤、五皮饮合四君子汤、一贯煎治疗肝细胞癌的作用机制。方法运用TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM、TCM-MESH等数据库筛选中药有效成分并预测其作用靶点,通过TTD、Drugbank、Disgenet、Liverome、OncoDB. HCC、GEO等数据库挖掘肝癌相关靶点;将药物和疾病靶点进行映射获得交集靶点,通过可视化软件Cytoscape3.7. 1构建核心成分-交集靶点网络以及蛋白相互作用网络,筛选核心成分及关键基因并在GEPIA数据库进行生存分析,将筛选出的活性成分和关键基因导入DockThor在线网站进行分子对接。此外,利用David数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析以及基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果经过筛选去重获得5种经典方剂活性成分分别为110、19、154、121、51个,药物作用靶点分别为7426、1435、9544、6619、2427个。筛选去重后获得肝癌疾病靶点4001个。5种方剂经典方剂的成分靶点与肝癌疾病靶点的交集靶点分别为260、169、276、242、192个,共同Hub基因在GEPIA在线网站生存分析结果为PIK3CA、SRC、MAPK1、MAPK3(P值均0.05)、AKT1(P 0.05)。5种方剂共同活性成分是槲皮素,其中3种经典方剂(逍遥散合四君子汤、龙胆泻肝汤合下瘀血汤、五皮饮合四君子汤)的共同活性成分是异补骨脂黄酮、Kanzonol W。分子对接结果从总体趋势来看3种成分与PIK3CA、SRC结合能力相对较好。GO富集分析显示这些靶点共同参与对药物的反应、蛋白质磷酸化、炎症反应、血管生成等生物学过程。KEGG富集分析显示共同参与的通路为癌症通路、PI3K-AKT通路、MAPK通路、Ras通路、HIF-1通路、乙型肝炎通路、丙型肝炎通路。结论槲皮素、异补骨脂黄酮和Kanzonol W抗肝癌具有多靶点、多通路的潜在作用机制。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选四妙勇安汤的药物有效活性成分及作用靶点,应用全球蛋白质资源(UniProt)数据库对基因标准化处理。通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库检索冠心病的有关靶点,将药物有效活性成分靶点与冠心病的相关靶点进行映射,取交集即为四妙勇安汤治疗冠心病的潜在靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建四妙勇安汤治疗冠心病的“药物-成分-疾病-靶点”网络图,运用生物分子功能注释系统(STRING)数据库及Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,并筛选核心靶点。利用DAVID数据库对得到的交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用AutoDock及PyMOL等软件进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共得到四妙勇安汤治疗冠心病的活性成分127个、相关靶点137个、交集靶点120个。四妙勇安汤治疗冠心病的生物过程涉及对缺氧的反应、一氧化氮生物合成过程的...     

基于网络药理学和分子对接探讨巴戟天抗动脉粥样硬化的靶点及信号通路

[目的]应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及小分子药物靶点预测在线平台(Swiss Target Prediction)和疾病基因组数据库,结合分子对接技术,预测巴戟天抗动脉粥样硬化(As)的靶点及信号通路。[方法]通过中药网络药理学数据库及小分子药物靶点预测在线平台挖掘巴戟天的有效成分及其所对应的靶点,利用GeneCards、OMIM、Disgenet、UniProt收集并筛选As相关的疾病基因靶点,获取交集基因,将其导入String 11.5数据库中,构建疾病-药物蛋白互作分析(String-PPI)网络图,利用Cytoscape 3.9.1软件对关键靶点网络进行可视化;此外,运用Metascape网络在线平台进行GO、KEGG富集挖掘出其抗As的分子靶点,并通过KEGG数据库绘制通路图。最后,使用Autodock vina 1.1.2软件对核心化合物及核心靶点基因进行分子对接验证。[结果]通过以上数据库共收集得到包括β-谷甾醇和蒽醌在内的17个有效药物化合物、73个核心靶点和1 450个关键疾病基因;取交集后得到巴戟天治疗As的35个核心基因;经String-PPI...