基于网络药理学的大柴胡汤治疗2型糖尿病的作用机制研究

目的 基于网络药理学方法明确大柴胡汤治疗2型糖尿病(T2DM)的潜在活性成分、作用靶点和信号通路,探讨其治疗T2DM的作用机制.方法 采用TCMSP数据库筛选并获得大柴胡汤潜在活性成分和作用靶点,并与通过GeneCards和OMIM数据库检索获得的T2DM相关靶点进行映射,获得大柴胡汤治疗T2DM的潜在作用靶点;结合S...     

基于网络药理学的中药来源灭螺药物相关靶点筛选

目的 基于网络药理学筛选中药来源潜在植物灭螺药相关靶点,并探索其灭螺机制。方法 通过回顾性文献分析筛选具有灭螺活性的中药并对其灭螺效果进行综合梳理,基于网络药理学方法通过中药系统药理学数据库与分析平台、UniProt数据库和文献挖掘获得各类中药活性成分及相应潜在靶点。采用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-相关靶点网络图,利用Metascape数据库对关键靶点进行京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 文献分析中共筛选出27种中药来源灭螺药物,归为14类。网络药理学分析获得活性成分190种,药物-活性成分-相关靶点网络中贡献度较高的活性成分包括槲皮素、乙酸亚油醇、木犀草素、β-胡萝卜素、(24S)-乙基胆甾-5,22,25-反-3β-醇、原阿片碱、牛蒡子苷等;筛选出相应潜在靶点181个,KEGG通路富集分析发现这些靶点主要定位于神经活性配体-受体相互作用、脂肪细胞脂解调控、心肌细胞的肾上腺素能信号等16条通路。结论 本研究初步展示了27种灭螺药物的多成分、多靶点、多通路作用机制,筛选的关键组分可望为后续灭螺药物分离、纯化及药理研究奠定基础,筛选的关键靶点和...     

基于网络药理学探讨麝香通心滴丸治疗心力衰竭的潜在机制

目的应用网络药理学方法分析麝香通心滴丸治疗心力衰竭的潜在机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药综合数据库(TCMID)筛选麝香通心滴丸潜在的活性成分与靶点,通过GeneCards数据库检索心力衰竭相关的靶点,采用STRING数据库构建共有靶点的蛋白互作网络,最后应用R Studio的clusterProfiler包进行基因本体(GO)与京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果根据口服生物利用度(OB)≥30%且类药性(DL)≥0.18为标准筛选出化合物92个有效成分。从GeneCards数据库中获得13194个与心力衰竭相关的靶基因,有效成分靶点与疾病靶点共筛选出140个共有基因。这些基因主要参与细胞对药物的反应、循环系统血管过程、对类固醇激素的反应、管径的调节、血管直径的调节等生物学过程。分子功能主要包括神经递质受体活性、G蛋白偶联氨受体活性、突触后神经递质受体活性、肾上腺素能受体活性等。活性物质主要作用于神经活动配体-受体相互作用、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、人巨细胞病毒感染等通路。结论麝香通心滴丸中的有效成分可能通过调节血管直径、改变激素作用、改善代谢等机制对心力衰竭产生治疗作用。     

基于加权基因共表达网络的复方红豆杉胶囊治疗肺腺癌有效成分及作用机制分析

目的 基于加权基因共表达网络(WGCNA)分析复方红豆杉胶囊治疗肺腺癌(LUAD)的有效成分及作用机制.方法 使用TCMSP数据库、BATMAN数据库筛选复方红豆杉胶囊的活性成分及治疗靶点;使用TCGA数据库及GEO数据库对LUAD的表达谱数据进行WGCNA分析,筛选LUAD的共表达模块.将复方红豆衫胶囊活性成分治疗靶...     

基于网络药理学探讨附子理中汤治疗非酒精性脂肪性肝病作用机制

目的:运用网络药理学方法分析附子理中汤(FZLZD)治疗非酒精性脂肪肝性病(NAFLD)的潜在作用机制。方法:检索TCMSP数据库筛选出FZLZD药物活性成分及作用靶点,并借助Uniprot平台进行靶点蛋白规范化处理。检索GeneCards与OMIM数据库得到NAFLD靶点基因,进一步获取药物和疾病共有靶点,即为FZLZD治疗NAFLD的潜在靶点基因。利用Cytoscape 3.7.2绘制药物活性成分-靶点-疾病网络图,利用Cytoscape 3.7.2结合String数据库构建蛋白互作(PPI)网络,利用Metascape数据库对共有靶点进行GO和KEGG富集分析。结果:最终筛选出80种药物活性成分、43个潜在作用靶点;富集分析获取808个生物学过程及25条与NAFLD相关信号通路。结论:FZLZD通过多成分-多靶点-多信号通路协同调控NAFLD。     

基于网络药理学探讨柴胡干预帕金森病的作用机制

目的 通过网络药理学技术分析柴胡干预帕金森病（PD）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出柴胡的有效成分和潜在作用靶点,并通过ChemMapper网站补充柴胡成分靶点信息,利用人类基因数据库（GeneCards）和在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）筛选出PD相关的靶点,基于在线软件Venny分析获得柴胡与PD的共同靶点,并使用Cytoscape软件构建“柴胡有效成分—靶点”网络图,应用STRING数据库构建蛋白相互作用（PPI）网络图,并对共同靶点进行PPI网络拓扑分析,筛选出核心靶点。利用Rstudio软件对共同靶点进行GO分析及KEGG通路富集分析,各取前20位进行可视化构建。最后通过Cytoscape软件构建KEGG通路关系网络图。结果 从数据库中筛选出柴胡17个有效成分和746个对应靶点,与PD共同的靶点有172个,其中核心靶点28个。乙酸芳樟酯、黄芩苷、茵陈黄酮、山柰酚、柴胡皂苷、槲皮素、豆甾醇等为柴胡主要有效成分。核心靶点包括AKT1、INS、TNF、CASP3、IL-6、TP53、VEGFA等。GO富集分析主要涉及基因表达、MAP激酶活...     

基于网络药理学及分子对接探讨黄柏调控铁死亡治疗类风湿关节炎的作用机制

目的基于网络药理学分析黄柏通过铁死亡途径治疗类风湿关节炎(RA)的可能作用机制。方法通过TCMSP数据库、Herb数据库筛选黄柏的主要活性成分及其对应的靶点蛋白, 并使用Uniprot数据库将靶点蛋白名称转化为基因ID。在GenCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库中获取RA疾病靶点。利用FerrDb数据库收集铁死亡在激动物、抑制物和标志物3方面的基因。然后, 利用Venny平台获取黄柏活性成分靶点基因、RA靶点基因和铁死亡相关基因的交集基因, 并使用Cytoscape 3.9.1软件绘制"活性成分-靶点-RA-铁死亡"网络图。使用String和DAVID数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用PyMOL、AutoDock Vina软件和RCSB PDB数据库对活性成分与关键基因进行分子对接。结果共筛选出11个黄柏活性成分(槲皮素、β-谷固醇、苦楝酮、烛毒素A、黄柏呈、掌叶大黄二蒽酮A、黄连宁、鬃毛酮、Kihadalactone A、尼洛替星、豆甾醇)和34个交集基因(PTGS2、...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选四妙勇安汤的药物有效活性成分及作用靶点,应用全球蛋白质资源(UniProt)数据库对基因标准化处理。通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库检索冠心病的有关靶点,将药物有效活性成分靶点与冠心病的相关靶点进行映射,取交集即为四妙勇安汤治疗冠心病的潜在靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建四妙勇安汤治疗冠心病的“药物-成分-疾病-靶点”网络图,运用生物分子功能注释系统(STRING)数据库及Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,并筛选核心靶点。利用DAVID数据库对得到的交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用AutoDock及PyMOL等软件进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共得到四妙勇安汤治疗冠心病的活性成分127个、相关靶点137个、交集靶点120个。四妙勇安汤治疗冠心病的生物过程涉及对缺氧的反应、一氧化氮生物合成过程的...     

基于网络药理学探讨钩藤-桑寄生治疗原发性高血压的作用机制

目的:基于网络药理学探讨钩藤-桑寄生治疗原发性高血压的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选出钩藤、桑寄生药对的药物活性成分及作用靶点。利用基因名片数据库(GeneCards)及DisGeNET数据库筛选原发性高血压的疾病靶点。利用韦恩平台(Venny)取活性成分作用靶点和疾病靶点交集,得到共同靶点。通过Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络。通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape CentisCape 2.2插件提取核心靶点进行分析,并构建“有效成分-核心靶点”网络图。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并将富集结果可视化。结果:共筛选出钩藤-桑寄生的活性成分32个,作用于原发性高血压的主要靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素(IL)-6、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等;主要集中于晚期糖基化终末产物(AGE)/糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、脂质与动脉粥样...     

基于网络药理学探讨左归丸“补肾生髓成肝”的疗效机制

目的:利用网络药理学方法探讨左归丸"补肾生髓成肝"的疗效机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选左归丸的药效活性成分和潜在作用靶点,利用生物学信息注释数据库(DAVID)和KEGG通路数据库(KEGG PATHWAY Database)分析靶点基因功能分类及其涉及的信号通路。利用蛋白质相互作用数据库(STRING Database)构建靶点基因编码蛋白质的相互作用网络模型。结果:通过TCMSP和BATMAN-TCM筛选左归丸药效活性成分65个、潜在靶点基因351个,靶点基因功能包括药物反应、乙醇应答、凋亡过程及正负调控、细胞增殖及正负调控、衰老、信号转导、基因转录调控等生物学过程,涉及癌症相关通路、乙型肝炎、前列腺癌、HIF-1信号通路、TNF信号通路等32条信号通路,根据蛋白质相互作用关系确定45个左归丸药效活性成分关键靶点。结论:左归丸"补肾生髓成肝"的疗效机制可能是其药效活性成分通过靶基因-信号通路网络调节药物、乙醇及病毒因素等引起的肝组织应答,动态调节肝组织细胞增殖/凋亡,多层次、多途径实现减轻组织损伤、优化肝脏再生修复。     

基于网络药理学的痰火方治疗缺血性卒中机制研究

目的 基于网络药理学方法研究痰火方治疗缺血性卒中的相关机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中国科学院上海有机化学研究所化学数据库等平台获取痰火方中黄连、大黄、连翘、竹叶、胆南星的化学成分,根据化合物的吸收、分布、代谢、排泄(ADME)筛选出有效活性成分,并检索文献予以补充;在Swiss Tar...     

基于网络药理学探讨红花-黄芪治疗原发性胆汁性胆管炎的可能性

目的:利用网络药理学方法探讨红花-黄芪治疗原发性胆汁性胆管炎的可能性。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台搜索“红花”、“黄芪”得到其有效成分及作用靶点,利用GeneCards数据库和OMIM数据库获取原发性胆汁性胆管炎的疾病靶点。将红花、黄芪的作用靶点与原发性胆汁性胆管炎的靶基因取交集得到共同的靶基因,利用Cytoscape3.8.0绘制红花-黄芪与原发性胆汁性胆管炎的成分-靶点网络图;利用String平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。结果:筛选得到红花-黄芪与原发性胆汁性胆管炎的交集靶基因81个,以槲皮素、木犀草素和山萘酚3种有效成分作用靶点较多,主要作用于疾病的前列腺素-环氧合酶1、丝氨酸蛋白酶1和雄激素受体等靶点,蛋白互作网络分析主要核心靶点有白蛋白、白介素6和丝裂原活化蛋白激酶8,主要涉及DNA结合转录激活因子活性/RNA聚合酶Ⅱ特异性的生物过程,主要涉及前列腺癌、乙型肝炎和卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染等信号通路。结论:基于网络药理学分析显示红花-黄芪可能通过多成分、多靶点、多途径达到治疗原发性胆汁性胆管炎的作用。     

基于网络药理学的血必清注射液治疗新型冠状病毒感染合并心肌炎的作用机制研究

目的 基于网络药理学探索血必清注射液作用于新型冠状病毒感染合并心肌炎的主要活性成分及作用机制.方法 利用TCMSP数据库对血必清注射液的主要活性成分及其靶点筛选,再运用GeneCards数据库和OMIM数据库筛选新型冠状病毒感染合并心肌炎的相关靶点,最后对药物靶点和疾病靶点进行Venn分析,得到血必清注射液作用于新型冠...     

直肠癌放疗敏感性相关miR-93-5p靶基因的预测及其临床意义

目的探索miR-93-5p调控直肠癌放疗敏感性的分子基础,挖掘靶基因并探讨其参与直肠癌发生发展的可能机制及临床意义。方法从GEO数据库中收集与放疗疗效相关的直肠癌临床数据集,利用limma.R包计算出与放疗敏感性相关的差异表达基因。在多个microRNA靶基因预测数据库中预测miR-93-5p的靶基因。通过对差异表达基因集与靶基因取交集得到PLS1基因。以PLS1的表达水平进行患者的生存分析和基因集富集分析(Gene set enrichment analysis),挖掘PLS1的潜在临床意义及其分子机制。结果PLS1基因高表达患者的预后明显差于低表达患者(P=0.01)。结论在直肠癌中PLS1基因高表达是一种预后不良因子,可以作为预测患者预后的有效生物标志物。     

基于网络药理学及分子对接探究大黄-三七-蒲黄治疗脑出血的作用机制

目的:在活血化瘀理论指导下,运用网络药理学及分子对接方法研究大黄-三七-蒲黄治疗ICH的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、UniPort数据库获取大黄-三七-蒲黄活性成分及靶点蛋白,利用GEO数据库获得GSE24265芯片基因表达谱,运用R软件筛选ICH疾病差异基因,并获取药物与ICH交集靶点。运用Cytoscape软件与STRING数据库获得与靶点相关有效成分及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R Cluster Profiler对交集基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用Cytoscape软件构建“药物有效成分-靶基因-KEGG网络”,获得药物核心成分及作用靶点。运用GSEA进一步富集核心靶点作用途径。运用Autodock软件分子对接以验证核心成分、靶点的结合活性。结果:筛选获得大黄-三七-蒲黄治疗ICH的核心成分为槲皮素、人参皂苷Rh2、芦荟大黄素等;核心靶点为白细胞介素1β(IL-1β)、白细胞介素6(IL-6)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、趋化因子配体2(CCL2)。核心靶点共同富集于NOD样受...     

基于网络药理学探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗COPD的作用机制

目的 利用网络药理学方法及分子对接技术探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的相关作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中获取瓜蒌薤白半夏汤的主要化学成分及对应靶点,在人类基因数据库(GeneCards)、药物银行(DrugBank)及人类孟德尔遗传数据库(OMIM)中获取COPD的治疗靶点;获取交集基因后,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点网络关系图;利用蛋白质相互作用数据库(STRING)建立蛋白互作网络(PPI),并利用Cytoscape软件中CytoNCA插件进行拓扑分析筛选核心靶点;利用R语言软件进行基因本体论(GO)生物学功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并绘制条形图;最后通过Autodock软件进行活性成分和核心靶点分子对接验证。结果 瓜蒌薤白半夏汤共筛选出30个活性成分和411个潜在靶点,共获得COPD潜在治疗靶点2 366个,二者交集靶点共139个;PPI核心网络计算出丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)3、MAPK1、JUN、TP53、FOS、雌激素受体α(ESR1)等14个核心靶点;GO富集分析生物学...     

“黄芪-丹参-山楂”治疗2型糖尿病合并非酒精性脂肪性肝病的作用机制研究

目的:挖掘中药治疗2型糖尿病(T2DM)合并非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的核心用药，利用网络药理学和分子对接技术探索和验证“黄芪-丹参-山楂”治疗T2DM合并NAFLD的作用机制。方法:全面检索中药治疗T2DM合并NAFLD的病案报道、临床研究等文献，利用中医传承计算平台分析得出核心药组；通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、文献查找药物活性成分，借助Pubchem网站、Swiss ADME平台筛选成分，并通过Swiss Target Prediction平台预测活性成分的作用靶点；通过Genecards数据库搜索T2DM、NAFLD的靶点；将疾病和药物靶点取交集后得到疗效相关靶点，并上传至STRING平台，借助Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络并筛选核心靶点；利用DAVID平台对治疗相关靶点进行基因富集分析；使用Auto Dock Tools软件进行分子对接验证网络药理学结论的准确性。结果:“黄芪-丹参-山楂”是针对T2DM合并NAFLD的核心药组，三药的活性成分共50种，核心成分是槲皮素、山奈酚、咖啡酸、亚麻酸、木犀草素等，疗效相关靶点107个，其中核心靶...     

基于网络药理学探讨瓜蒌-薤白药对治疗冠心病心绞痛的作用机制

目的 基于网络药理学研究探讨瓜蒌-薤白药对治疗冠心病心绞痛的作用机制。方法 在中药系统药理学技术平台(TCMSP)中根据口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18筛选出瓜蒌、薤白的活性成分及作用靶点,构建有效化学成分-靶点基因网络,通过GeneCards数据库,检索出冠心病心绞痛相关靶点基因,对两种靶点基因取交集,构建韦恩图,并将其导入Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并筛选出核心网络,运用R语言及DAVID数据平台对获得的交集靶点基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,获得KEGG关系网络。结果 从TCMSP中检索出瓜蒌、薤白活性成分20个,对应靶点基因183个,心绞痛相关疾病靶点基因1 890个。得到药物与疾病的共同靶点基因132个,共同靶点基因富集分析发现了1 987个生物过程和158条信号通路,主要涉及炎症反应、调节代谢、保护心肌、改善细胞缺氧等。结论 瓜蒌-薤白药对通过多成分、多靶点调控多通路,从而治疗冠心病心绞痛。     

基于网络药理学的赤芍治疗动脉粥样硬化作用机制研究

目的采用网络药理学方法探讨赤芍治疗动脉粥样硬化(AS)的物质基础和作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索赤芍的化学成分和作用靶点;在人类基因数据库(GeneCards)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)中搜索AS靶点;使用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并利用DisGeNET数据库对作用靶点类型进行归属;采用Cytoscape 3.7.1软件构建赤芍-活性成分-抗动脉粥样硬化靶点网络;利用Metascape平台对靶基因进行基因功能注释(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果通过口服生物利用度(OB)和生物活性分子的类药性(DL)参数筛选得到赤芍29个潜在活性成分,共涉及41个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分有12个,与疾病有关的靶点有36个。主要通过调控细胞凋亡、白介素-17(IL-17)信号通路、流体剪切应力(FSS)与AS、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、甲状腺激素信号通路、p53信号通路、Toll样受体(TLR4)信号通路及磷酸肌醇3-激酶(PI3K)-Akt信号通路等多种途径发挥抗AS作用。结论网络药理学分析显示,赤芍通过多成分、多靶点、受途径共同发挥抗AS作用,有助于进一步了解赤芍的药理学作用机制,证实了网络药理学方法可以作为从整体角度揭示中医药作用机制的有效工具。     

基于网络药理学探讨人参-钩藤药对治疗原发性高血压的作用机制

目的基于网络药理学探究人参-钩藤药对治疗原发性高血压有效成分的靶基因及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)中药数据库检索人参-钩藤药对的化学成分和靶基因,以生物利用度(OB)>30%和类药性(DL)>0.18为条件筛选药对的潜在有效成分,并通过TCMSP数据库预测药对的潜在靶点。运用Uniprot数据库寻找到潜在靶点相对应的人类基因名称,通过GeneCards数据库检索原发性高血压的疾病靶点,与药对的潜在靶点相映射,绘制韦恩图,将映射找到的有效成分的靶基因导入Cytoscape 3.7.2构建疾病-药对-成分-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白互作网络图选出核心靶标,最后将人参-钩藤药对治疗原发性高血压的有效靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共获得人参-钩藤药对46个有效成分和176个有效靶点。GO分析发现,主要途径有调控核受体活性、转录因子活性、肾上腺素能受体活性、类固醇激素受体活性、G蛋白偶联胺受体活性等。KEGG通路富集分析发现,主要通路为丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。结论人参-钩藤药对通过多种靶点、多种途径、多种信号通路协同发挥治疗原发性高血压的作用,为进一步药物作用机制的研究提供理论基础,并为指导临床提供依据。