肾透明细胞癌hsa-miR-193a的生物信息学分析及靶基因预测

目的：分析肾癌组织中miR-193a的表达情况,预测其靶基因,探讨其参与恶性肿瘤调控的分子机制。方法：利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库,分析miR-193a在肾透明细胞癌组织与正常组织之间的表达差异。利用Kaplan-Meier plotter数据库,对存在差异表达miR-193a的肾透明细胞癌患者进行生存分析。采用TargetScan7.2、miRDB、PicTar和miRTarBase进行靶基因预测,利用metascape网络在线分析数据库对hsa-miR-193a-3p的靶基因集合进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果：miR-193a在肾透明细胞癌等多种肿瘤中表达上调,且其表达量与患者总生存时间存在显著负相关。hsa-miR-193a-3p靶基因GO功能主要包括发育过程、细胞成分组织或生物发生、生物过程的正负调节、节律过程等,KEGG信号通路主要富集在肾细胞癌、PI3K-Akt信号通路等方面。结论：hsa-miR-193a-3p可能通过调控多个靶基因参与肾透明细胞癌发生发展相关信号通路的调节,是一个非常具有研究价值的生物学靶标。     

miR-4472的靶基因预测及生物信息学分析

目的应用生物信息学分析方法预测miR-4472的靶基因及信号通路。方法利用miRBase数据库分析miR-4472的物种保守性;利用Targetscan、miRDB数据库进行靶基因预测,再用DAVID数据库将miR-4472的预测靶基因集合进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）生物通路富集分析。结果miR-4472预测的交集靶基因共378个。GO分析结果显示,miR-4472的靶基因主要参与转录的正负调节、细胞凋亡、蛋白质磷酸化等生物过程（均P＜0.01）。KEGG信号通路分析结果显示,miR-4472的靶基因显著富集于PI3K-Akt信号通路、胰高血糖素相关信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号传导通路、醛固酮的合成和分泌相关信号通路（均P＜0.05）。结论miR-4472靶基因富集的信号通路均与新生儿缺氧缺血性脑病密切相关,尤其是P13K/AKt信号通路。     

哮喘相关的miR-201-3p靶基因的预测及生物信息学分析

目的:预测并分析miR-201-3p的靶基因。方法:利用miRanda、miRDB、miRWalk和Targetscan等4个数据库在线预测miR-201-3p的靶基因,对获得的靶基因用Cytoscape软件中的Bi NGO插件进行Gene Ontology(GO)分类及KEGG数据库的信号转导通路富集分析。结果:共预测获得1082个靶基因。经GO分析这些靶基因后,共得到涉及245条生物学进程,主要包括细胞进程、生物学调节和生物学进程调节等;分子功能包括蛋白质异源二聚体活化和I-SMAD蛋白结合等。KEGG富集分析发现这些靶基因主要参与MAPK信号通路、T细胞受体信号通路、Wnt信号通路、趋化因子信号通路等与炎症有关的信号通路。结论:成功预测了miR-201-3p的靶基因,部分靶基因可能参与了哮喘气道炎症和气道重塑。     

miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析

目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究miR-144/451基因簇的上游转录因子及下游靶基因间的多个反馈和前反馈环路,对参与miR-144/451基因簇调控环路的基因进行功能聚类分析,绘制miR-144/451基因簇的核心调控网络图。结果 miR-144/451基因簇与其上游转录因子GATA1有17个共调控的靶基因,与生物体蛋白磷酸化、性腺发育、上皮细胞分化、葡萄糖代谢等生化学过程密切相关,并参与胰岛素信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、Toll样受体信号通路、ErbB信号通路及黄体酮调节卵细胞成熟等体内重要生理过程。结论对miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析有助于理解其在细胞发育、细胞周期调控和肿瘤发生过程中的作用机制,为后续实验提供了理论依据。     

食管鳞癌中miRNA-mRNA调控网络的构建和信号通路分析

目的:构建食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)中miRNA-mRNA的调控网络,对候选基因进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,为ESCC发生发展的分子机制研究提供一定的理论指导。方法:从GEO数据库中筛选ESCC组织中的差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DE miRNA)和差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并用在线数据库预测调控DE miRNA的靶基因。对DE miRNA的靶基因及DEGs取交集得到候选基因,使用DAVID在线数据库对其进行GO富集分析和KEGG分析,并运用GEPIA网站进行生存分析。结果:筛选出4个DE miRNA(miR-34c-5p、miR-944、miR-133b、miR-139-5p),分析DE miRNA在ESCC组织和正常食管组织中的表达情况。候选...     

hsa-miR-126的靶基因预测及功能分析

目的 检测hsa-miR-126在各个组织器官中的表达情况,通过生物信息学预测hsa-miR-126的靶基因,进一步分析其可能功能,为研究hsa-miR-126的功能和机制奠定基础.方法 通过miRGator v3.0数据库查看hsa-miR-126在各个组织器官中的表达丰度情况;应用TargetScan、DIANA-microT-CDS及miRanda预测hsa-miR-126的靶基因;将预测所得靶基因和已证实的靶基因交集组成的基因集合分别进行功能富集分析（GO analysis）和信号转导通路富集分析,分析hsa-miR-126的可能功能.结果 hsa-miR-126在胃肠道,心脏,肾脏,肝胆系统,肺,干细胞,睾丸,胸腺,甲状腺,子宫中表达丰度较高;结合已被证实靶基因得到40个候选靶基因;靶基因主要参与细胞迁移调控以及腺体发育相关生物过程,涉及数个癌症通路和与癌症发生相关的信号通路,以及神经营养因子信号通路,ErbB信号通路,趋化因子信号通路和VEGF信号通路等.结论 hsa-miR-126预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,与肿瘤和血管性疾病密切相关,生物信息预测结果为今后的研究奠定了基础。     

肺腺癌患者miR-126-5p的差异性表达及其作用机制预测

目的探讨肺腺癌患者miR-126-5p的表达差异性及其在患者临床预后中的价值,基于生物信息学方法,分析其作用机制。 方法检索STARBASE数据库,分析肺腺癌组织和正常肺组织中miR-126-5p表达水平差异。使用Kaplan-Meier Plotter在线网站 分析肺腺癌患者生存预后,绘制癌组织miR-126-5p不同表达水平患者的生存曲线。利用STARBASE数据库预测miR-126-5p 作用的靶基因,在线网站分析靶基因的表达水平及对预后的影响。使用qPCR法检测30例健康对照组及30例肺腺癌患者外周 血清mir-126-5p表达水平。结果STARBASE数据库检索结果提示正常肺组织中miR-126-5p高表达,肺腺癌组织中miR-126-5p 低表达,Kaplan-Meier Plotter在线大数据分析提示肺腺癌组织中miR-126-5p高表达的患者生存预后优于低表达者（HR=0.68, P=0.015）。miR-126-5p预测结合靶基因BRCC3 mRNA 3’UTR区,二者表达量呈负相关（r=-0.197,P<0.05）;与正常组织相比, BRCC3 在肺腺癌患者中呈现高表达,与患者不良预后相关（HR=1.39,P<0.05）。对照组血清中miR-126-5p 高于肺腺癌患者 （1.23±0.21 vs 0.63±0.12,P<0.05）。结论肺腺癌组织中miR-126-5p 表达水平低于正常肺组织,肺腺癌患者外周血清中miR- 126-5p表达水平低于正常人,miR-126-5p高表达患者预后较好,低表达患者预后较差。通过生物信息学预测,miR-126-5p可能 通过调控BRCC3发挥抑癌作用。     

miR-486-3p与甲状腺乳头状癌关系的生物信息学研究

目的采用生物信息学方法分析miR-486-3p靶基因在甲状腺乳头状癌（PTC）中的差异表达情况及临床意义。方法根据肿瘤基因图谱中PTC肿瘤样本及配对样本的表达数据筛选miR-486-3p差异表达基因，使用ClusterProfilerR包对差异表达基因进行GO和KEGG注释，ggplot2R包绘制GO二级分类柱形图及KEGG注释统计图，将预测miR-486-3p靶基因并与差异表达基因取交集，采用SurvivalR包对样本进行生存分析，绘制Kaplan-Meier生存曲线。结果共筛选出99个差异表达基因，其中74个基因上调，25个基因下调，差异表达的基因多与细胞组织结构、形态发育、ERK1/2通路等功能调控相关，主要涉及病毒感染、细胞周期、泛素化、蛋白水解、p53信号通路、细胞衰老等通路。miR-486-3p低表达的PTC患者总生存率低于高表达的患者（P＜0.05）。结论miR-486-3p可在PTC中参与调节肿瘤细胞的生物学功能，且低表达miR-486-3p的PTC患者预后不良，提示miR-486-3p或作为抑癌基因及生物标志物在PTC发生、发展中起重要作用。     

姜黄素干预肾上腺皮质癌SW-13细胞的miRNA调控机制

目的 探讨姜黄素干预肾上腺皮质癌SW-13细胞的miRNA调控机制。方法 将肾上腺皮质癌SW-13细胞分为对照组和姜黄素干预组,分别加入基础培养基2 mL、50μmol/L姜黄素溶液2 mL,干预24 h后提取总RNA用于小RNA文库构建和测序。将获得的序列进行miRNA注释和新miRNA预测后,筛选差异性表达的miRNA;对差异性表达的miRNA进行靶基因预测,对靶基因进行功能和通路富集分析。使用实时荧光定量PCR鉴定部分差异性表达miRNA的表达量。结果 共筛选出44个差异性表达的miRNA,包括21个表达上调的miRNA和23个表达下调的miRNA,其中预测有靶基因且有功能的miRNA共9个。功能富集分析结果显示,靶基因主要富集在细胞增殖、细胞迁移、细胞分化和凋亡等生物学过程;通路富集分析结果显示,靶基因主要富集在癌症途径、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、内质网应激信号通路、细胞周期和凋亡途径等。实时荧光定量PCR结果提示,miR-184、miR-490-3p、miR-766-3p、miR-200b-3p、miR-200c-3p和miR-3622a-5p的表达量与小RNA测序数据结果...     

miR-9在宫颈癌组织中的表达及其靶基因的预测和生物信息学分析

目的：探讨宫颈癌组织中miR-9表达,并对靶基因进行预测及生物信息学分析,为深入研究miR-9的调控机制及生物学功能提供理论依据。方法应用miRNAs芯片检测宫颈癌组织及正常宫颈组织中miRNAs表达,利用生物学软件对其中上调较明显的miR-9进行靶基因预测,同时利用基因芯片技术筛选转染miR-9后宫颈癌Hela细胞中差异表达的基因,将两者预测靶基因的交集作为miR-9的靶基因进行GO富集分析和生物通路富集分析。结果与正常宫颈组织比较,宫颈癌组织中有15个miRNAs表达为上调,10个miRNAs表达为下调,其中上调较明显的是miR-21和miR-9,下调较明显的是miR-376a和miR-218。芯片所示的miR-9调控的下调基因与软件预测的靶基因交集中共有148个基因,miR-9的预测靶基因富集在细胞内的生物学调控、合成和代谢等生物学过程以及转录调控和蛋白结合等分子功能上,其信号通路富集于调节肌动蛋白细胞骨架、脂质代谢和细胞黏附通路。结论 miR-9在宫颈癌组织中高表达,miR-9预测的靶基因富集于多个生物学功能和生物学过程及与肿瘤相关的信号通路。     

miR-21、miR-182、miR-382在非小细胞肺癌中的临床意义及益气除痰法的干预作用

[目的]分析miR-21、miR-182、miR-382基因对肺癌进展的影响及益气除痰法的干预作用.[方法]应用生存分析在线软件Kaplan-Meier plotter分析miR-21、miR-182、miR-382对肺癌预后的影响,应用功能富集分析工具FunRich数据库对miR-21、miR-182、miR-382...     

大鼠发育期热性惊厥后海马microRNA差异表达谱的相关研究*

目的 通过microRNA （miRNA） 表达谱芯片分析并筛选大鼠发育期热性惊厥后脑损伤相关的 miRNA,探讨新的miRNA 在发育期热性惊厥后脑损伤中的作用,为热性惊厥的临床诊断和治疗开辟一条 新途径。方法 选取SPF 级野生型14 d 日龄SD 大鼠,通过经典热水浴连续处理7 d 诱导惊厥复制热性惊厥 模型,将反复惊厥的大鼠海马作为实验组,另选取健康大鼠海马作为对照组。利用大鼠miRNA 表达谱芯片 筛选两组海马组织差异表达miRNA（P <0.05,FC >1.5）,并利用生物信息学对芯片数据进行深入挖掘和分析; 通过实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）验证差异表达miRNA。结果 基于miRNA 表达谱芯片数据 分析,共获得31 个差异表达miRNA（P <0.05）,其中包括21 个上调miRNA,10 个下调miRNA。qRT-PCR 检 测结果与miRNA 表达谱芯片结果一致,证明芯片数据的可靠性;通过对所有差异表达miRNA 的靶基因GO 和Pathway 分析发现,显著富集的GO 主要包括基因转录、神经元分化、大脑及海马发育等（P <0.05）;显著富集 的Pathway 主要包括癌症相关FoxO 信号通路、PI3K/Akt 信号通路、多巴胺突触通路等（P <0.05）;miRNA 靶基 因数据库分析获得miR-148a-3p 相关靶基因186 个;差异miR-148a-3p 的靶基因GO 功能和Pathway 分析主 要涉及神经元保护、突触发生、大脑发育、FoxO 信号通路、PI3K/Akt 信号通路、Hippo 信号通路等（P <0.05）, 与神经免疫相关;miR-148a-3p 靶基因互作网络分析获得蛋白分子之间的相互关系;双荧光素酶实验表 明,NCOA1 是miR-148a-3p 调节的靶基因。结论 神经、免疫等多种相关因素可能在热性惊厥的发生、发展 中起非常重要的作用,为研究热性惊厥的发病机制提供新方向和新靶点。     

miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达及其靶基因预测的生物信息学分析

目的探讨miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miR-340在膀胱尿路上皮癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法采用miRNA芯片技术检测膀胱尿路上皮癌及正常膀胱黏膜组织中miRNA表达谱,用实时定量PCR法进行验证,挑选具有显著表达差异的miR-340为进一步研究对象,利用生物信息学方法,对miR-340的靶基因进行预测,并对其靶基因进行基因本体（GO）功能富集分析及KEGG信号转导通路富集分析。结果miRNA表达谱芯片、实时定量PCR法均提示miR-340在膀胱尿路上皮癌中较癌旁正常膀胱组织中表达明显降低。miR-340预测靶基因集合功能富集于细胞黏附（celladhesion）、生物黏附（biologicaladhesion）和细胞间黏附（cell-celladhesion）等,KEGG通路分析涉及癌通路（pathwaysincancer）和细胞周期通路（pathwaysincellcycle）等。结论miR-340在膀胱尿路上皮癌中呈低表达,miR-340预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。     

多个GEO芯片联合分析筛选鼻咽癌易感基因

目的：筛选鼻咽癌的关键基因，探讨鼻咽癌发病机制。方法：从公共基因芯片数据库（GEO）搜索有关鼻咽癌表达的数据，联合R语言分析鼻咽癌组织与正常鼻咽组织差异表达的基因；利用基因本体（GO）数据库和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路数据库对差异表达的基因进行富集和功能注释。基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络，分析其关键基因簇及网络节点。结果：共纳入3套鼻咽癌基因芯片数据，选出在≥3个数据集中有交集的差异表达基因116个，其中上调基因69个，下调基因47个。差异表达基因GO富集分析发现细胞分裂异常、蛋白结合改变，纺锤体装配异常、细胞外泌体功能改变与鼻咽癌发生发展相关；鼻咽癌组织细胞内部分信号通路发生显著改变，包括DNA修复、细胞外基质受体相互作用、细胞周期、小细胞肺癌、人T细胞白血病病毒1感染等。蛋白质相互作用网络提示存在3个重要的基因簇及4个关键基因。结论：利用生物信息学方法能有效筛选目标基因和信号通路，为鼻咽癌的治疗提供新的策略。     

miR-182-5p在阿尔兹海默病的表达及生物信息学分析

目的探究miR-182-5p在阿尔兹海默病（AD）病人血清中的表达水平,并采用生物信息学方法对其进行靶基因预测及功能分析。方法从GEO数据库获取AD相关miRNAs芯片数据集GSE104514,利用GEO2R在线工具分析差异表达的miRNAs,选择差异最大的miR-182-5p进行深入研究。收集AD病人28例（AD组）及健康者15名（对照组）,应用实时荧光定量聚合酶链反应法检测血清中miR-182-5p的表达水平。通过miRBase数据库分析miR-182-5p在不同物种间的保守性;运用miRcode、miRDB、miRWalk和Target Scan数据库预测miR-182-5p靶基因,并取交集靶基因;应用DAVID和KOBAS数据库对miR-182-5p靶基因进行GO功能及KEGG信号通路富集分析。结果AD小鼠脑组织的miR-182-5p表达明显高于野生型小鼠（P < 0.05）,AD病人血清中的miR-182-5p表达量（2.022±1.225）明显高于对照组（0.486±0.442）（P < 0.01）;保守性分析显示miR-182-5p成熟体序列在不同物种间高度保守;在线数据库预测获得miR-182-5p潜在的交集靶基因共23个。GO富集结果显示,miR-182-5p靶基因主要参与于锌离子的结合、生物过程的负调控、杂环类化合物的结合、主要代谢过程的调节、GTPase的活性、膜的内在成分的组成、大脑的发育、部分细胞形态的发生、转移酶的活性、信号的调节、泛素结合酶的结合、耳蜗的发育、组蛋白H4-K16的乙酰化作用、咽系统的发育、神经元演化方向的规范、大脑皮层细胞的迁移、大脑皮层细胞的放射状定向迁移等多个生物学过程。KEGG分析结果显示,miR-182-5p靶基因主要参与肾集合管的酸分泌、醚脂类代谢、志贺菌病、细胞的黏附、细菌侵袭上皮细胞等5条信号通路。结论miR-182-5p在AD病人血清中高表达,其可能通过多条信号通路参与AD的发展过程。     

miR-17~92基因簇在宫颈癌、子宫内膜癌与卵巢癌多种细胞系中的表达及意义

 目的检测宫颈癌、子宫内膜癌与卵巢癌多种细胞系中miR-17~92基因簇的表达,初步探讨miR-17~92基因簇与妇科肿瘤发生的关系。方法利用实时定量PCR方法配对检测Hela/Siha、Ishikawa/HEC-1A、HO-8910/HO-8910PM、SKOV3/SKOV3-TR30/SKOV3-DDP、COC1/COC1-DDP和CAOV3、OVCAR3中miR-17~92基因簇的表达水平;应用miRWalk数据库、miR2Subpath数据库和KEGGpathway功能聚类分析miR-17~92基因簇调控的靶基因及参与的与肿瘤相关的信号通路。结果与人脐静脉血管内皮细胞系ECV-304相比,miR-17~92基因簇在宫颈癌细胞系Hela与Siha中均呈下调表达（F=9.86,P<0.001）;在子宫内膜癌细胞系Ishikawa与HEC-1A中均呈上调表达（F=10.35,P<0.005）;与人正常卵巢细胞系IOSE386相比,miR-17~92基因簇在卵巢癌细胞系HO-8910、HO-8910PM、COC1、COC1/DDP、CAOV3、OVCAR3、SKOV3、SKOV3-TR30、SKOV3/DDP均呈上调表达（F=12.64,P<0.001）。预测得出miR-17~92基因簇的靶基因为ABCA1、ARHGAP21、BAP1、C10orf46、CCND1、CD4等共30个;通过miR2Subpath数据库富集分析得出miR-17~92基因簇参与的生物学过程共8个,KEGGpathway分析得出miR-17~92基因簇参与的信号通路共11条。结论miR-17~92基因簇在宫颈癌、子宫内膜癌与卵巢癌多种细胞系中表达,且在生物学行为不同的同一肿瘤细胞系中存在差异表达。miR-17~92基因簇可能通过相关的靶基因和信号通路参与宫颈癌、子宫内膜癌与卵巢癌的发生、发展并影响其生物学行为。     

宫颈鳞状细胞癌组织中miRNA差异性表达及其靶基因作为诊断标志物的意义

目的: 采用生物信息学方法研究宫颈鳞状细胞癌(CESC)组织中差异性表达的miRNA并预测其靶基因,以期找到影响CESC发生发展及可用于肿瘤标志物的miRNA。 方法: 癌症基因组图谱 (TCGA)数据库中下载3例CESC组织及3例配对正常组织,用统计学方法对差异性表达的基因及miRNA进行筛选,通过靶基因预测网站对差异性表达的miRNA进行靶基因预测,运用KEGG数据库分析靶基因参与的肿瘤相关信号通路。 结果: 与同源正常组织比较,CESC组织有18个miRNA和1180个基因有差异性表达(P<0.05),其中有15个miRNA和411个基因上调,3个miRNA和770个基因下调,采用靶基因预测网站有7个miRNA与预测到的靶基因呈负向调控关系,6个上调miRNA的靶基因下调,1个下调miRNA的靶基因上调,靶基因集中在Wnt、MAPK、P53和cAMP等肿瘤相关信号通路。 结论: 差异性表达的miRNA包括hsa-miR-27a、hsa-miR-148b、hsa-miR-185、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b、hsa-miR-221和hsa-mir-133b,差异性表达的miRNA及其靶基因在CESC的发生发展过程中起重要作用,有可能成为诊断CESC的肿瘤标志物。     

菟丝子—黄芪治疗骨质疏松症的网络药理学机制研究

【目的】运用网络药理学方法探讨菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的作用机制。【方法】首先采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和GeneCards数据库,分别筛选菟丝子、黄芪的中药活性成分,中药靶标及骨质疏松症的疾病靶标,将中药靶标一一映射到疾病靶标,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾病-靶标调控网络。其次通过构建中药-疾病靶标的蛋白互作网络和条形图,筛选核心靶标。最后将中药-疾病靶标进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出中药-疾病靶标涉及的功能和信号通路。【结果】筛选得到菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的21个有效成分和127个中药-疾病靶标,中药-疾病靶标涉及的GO功能主要包括转录激活活性、转录因子活性、辅因子结合、核受体活性、类固醇激素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合、类固醇结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括前列腺癌信号通路、糖尿病并发症的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、动脉粥样硬化信号通路、结直肠癌信号通路、乙肝信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、小细胞肺癌信号通路、内分泌失调信号通路、细胞凋亡信号通路、乳腺癌信号通路等。【结论】运用网络药理学研究方法可预测出菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的主要活性成分、功能活动和信号通路。