贵州省2014-2017年H7N9禽流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 分析2014－2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因的分子特征和感染风险。方法 对2014－2017年贵州省获取的18例确诊人感染H7N9病例和6份环境样本分离的H7N9病毒株的HA和NA基因进行扩增,运用生物信息学软件解析其变异和遗传进化。结果 2014－2015年贵州省2株毒株与WHO推荐的A/Shanghai/2/2013和A/Anhui/1/2013疫苗株HA和NA基因的同源性最高,分别为98.8%～99.2%和99.2%;2016年2株和2017年14株与A/Hunan/02650/2016疫苗株同源性最高,分别为98.2%～99.3%和97.6%～98.8%;2017年其余6株与A/Guangdong/17SF003/2016疫苗株同源性最高,为99.1%～99.4%和98.9%～99.3%。所有毒株均属于长江三角洲分支,但主要聚集为3个次分支。2017年贵州省西部有6株毒株（含2例人感染病例毒株）裂解位点存在插入突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,具备高致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合关键位点存在A134V、G186V和Q226L突变,NA蛋白颈区“QISNT”均缺失,毒株A/Guizhou-Danzhai/18980/2017发生耐药突变R294K,9株毒株NA蛋白糖基化位点发生NCS42NCT突变。结论 2014－2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因存在遗传差异,关键位点的变异增强了病毒对人体的易感性和毒力,部分毒株发生耐药突变,其感染与致病风险增加。     

广西禽流感H5N1亚型病毒HA基因序列分析

目的了解广西禽流感H5N1亚型病毒的基因特性.方法2011年在广西农贸市场采集污水、笼具涂抹、粪便标本,经H5亚型特异实时荧光定量PCR方法(Real-time fluorescence quantitative RT-PCR)检测,阳性样本进行病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因扩增后对产物直接测序,测序结果与已知参考毒株进行序列比对及系统进化分析.结果对阳性样本病毒HA基因测序获得6份HA序列,均分布在进化分支2.3.2的Ⅱ-1分支下.广西的6序列无论是氨基酸还是核苷酸的都是高度同源的,其核苷酸同源性在99.5%~100%,氨基酸同源性在99.5%~99.8%;序列测定的结果同时表明无论是受体特异性还是连接肽都是禽源的.结论2011年广西农贸市场流行的禽流感H5N1亚型病毒主要以进化分支2.3.2Ⅱ-1为主,均为禽源性的病毒.     

安徽省2013-2018年活禽市场H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因遗传特征

目的  分析2013年-2018年安徽省外环境中H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIVs)血凝素(hemagglutinin, HA)基因变异特征。 方法  将所有安徽省禽流感外环境监测点搜集的H9N2亚型核酸阳性样本接种鸡胚分离病毒,病毒RNA逆转录为cDNA后用特异性引物进行扩增,聚合酶链式反应产物通过基因测序后获得HA基因序列,应用分子生物学软件进行分析;使用DATAMONKEY在线服务器进行基因选择压力分析,并使用SWISS-MODLE软件构建分子突变三维构象。 结果  获得33株H9N2 AIVs属于h9.4.2.5进化分支,受体结合位点183、226和227位置分别突变为N、L和M,189和190位置存在多样性;2015年以后分离的毒株均携带6个糖基化位点;选择压力分析得出160位置承受较大的正向选择压力,至少呈现7种空间构象。 结论  安徽省外环境中存在的H9N2亚型AIVs具有感染哺乳动物的分子特征并具备抗原漂移能力,需密切关注该病毒的分子变异特征。     

2016年6月至2017年4月辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 本文对2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因遗传进化特征分析。方法 使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对选取的4株H7N9禽流感病毒株HA和NA基因进行扩增并测序,用生物信息学软件分析其基因进化变异特征。结果 2016年6月至2017年4月辽宁省4株毒株的HA和NA基因与WHO最新推荐的A/Hunan/02650/2016疫苗株的同源性最高,其HA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为99.3%~99.6%,99.8%~100%;NA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为97.7%~99.7%;98.3%~99.6%。本省所有毒株均属长江三角洲谱系,但主要聚集在两个次分支。4株病毒HA蛋白裂解位点333-342氨基酸序列均为PEIPKGR↓GLF,在338-339位点无连续的多个氨基酸插入(KRTA),属于低致病性禽流感病毒分子特征。HA受体结合位点均出现S138A、G186V、Q226L、T221P氨基酸的突变,NA茎部区均出现“QISNT”缺失,且NA蛋白上相关耐药位点上的氨基酸并未发生突变,3株毒株NA蛋白上糖基化位点第42位发生氨基酸序列NCSH→NCTH突变。结论 2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因关键位点氨基酸发生突变,使病毒具有双受体结合特性以及毒力增强。     

H9N2禽流感病毒研究进展

H9N2亚型禽流感病毒在世界范围内广泛存在,它是当前禽流感流行的主要型别之一,呈地方性流行、持续存在等特征,严重危害我国养禽业的发展,给养禽业造成巨大的经济损失,1998年我国曾发生的H9N2亚型流感病毒感染人的事件更引起了人们的关注。本文就禽流感病毒的相关分类、病原学特征以及H9N2亚型禽流感病毒的流行特点、疫苗制备和实验室检测等方面的研究进展进行了综述。     

长沙市家禽市场污水来源H9N2亚型禽流感病毒NS基因进化分析

目的对长沙市家禽市场污水来源的H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的非结构蛋白(Non-structural,NS)基因进行进化和分子特征分析,探讨其传播风险。方法从家禽市场收集1份H9N2AIV样本(C09055049)进行NS基因PCR扩增和TA克隆测序,测序结果利用Lasergene和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建。结果序列分析表明,NS基因核苷酸序列全长890bp,分别编码NS1(217个氨基酸)和NS2(121个氨基酸)两个蛋白,进化树显示本研究中的NS基因属于A等位基因群的A/Chicken/Shanghai/F/1998-like,起源于国内最早的分离株A/Chicken/Beijing/1/94;NS基因与进化树不同分支代表株氨基酸比对显示,NS1与A/Chicken/Shanghai/F/98同源性最高(96.3%),NS2与A/Chicken/Beijing/1/1994和A/Chicken/Shanghai/F/1998同源性最高(96.7%)。H9N2AIV的NS1蛋白第92位D氨基酸,且NS1蛋白C-端缺失13个氨基酸,表现为低致病性的分子特征。结论家禽市场污水来源的H9N2AIV的NS1蛋白缺乏高致病性及感染人的分子特征,传播至人的风险较小。     

H9N2禽流感病毒相关性新型人感染禽流感研究进展

2013年以来,中国出现人感染H7N9禽流感流行,疫情呈现出明显的季节性高发,随后局部地区出现人感染H10N8禽流感病例报告,两种病毒部分内部基因来自 H9N2禽流感病毒,且均存在受体结合特性差异和蛋白关键位点变异。但从流行情况来看,人感染H9N2和H10N8禽流感病例在人间均呈现高度散发,流行强度明显低于H7N9禽流感,未发生H7N9禽流感类似的家庭聚集性疫情。3种病毒产生流行病学差异的根本原因尚不明确,也不确定是否会再次重配产生新毒株引发新疫情。因此,应提高对新型禽流感病毒的认识,加强禽流感病毒的流行病学调查和病原学监测,以应对新型流感病毒可能引发的流感大流行。     

娄底市1例人感染H9N2禽流感病毒流行病学调查与基因序列分析

目的 对娄底市1例人感染甲型禽流感H9N2病毒病例的流行病学调查分析和基因序列分析,为今后禽流感的科学防治提供依据。方法 2023年2月10日对湖南省娄底市1例诊断为感染甲型禽流感H9N2病毒患者的密切及次密切接触者和当地活禽市场进行流行病学调查,并采集患者和密切及次密切接触者咽拭子进行基因序列分析。结果 除该病例外,与患者密切和次密切接触者核酸检测均为阴性。患者家庭住宅及周边鸡血样和环境样,经检测其禽类甲型流感病毒均为阴性,但周边活禽市场所采集检测到H9阳性。基因序列分析显示：HA基因序列与国内以往获得的人感染H9N2流行株的HA同源性为83.6%～98.5%,最接近ON856627/Fujiansiming/2021(H9N2)Human/HA,同源性为98.5%;NA基因序列与国内以往获得的人感染H9N2流行株的NA同源性为83.3%～95.5%。最接近MT875139/A Szuhou/2019(H9N2)Human/NA,同源性为95.5%。结论 患者感染甲型禽流感H9N2病毒与当地活禽市场存在禽类甲型流感病毒密切相关,今后可通过增加样本数量和采样频率来改进常规流感样疾病监测...     

2007-2008年吉林省H3N2亚型流感病毒HA1基因序列分析

目的了解2007-2008年间吉林省H3N2亚型流感病毒HA1基因的演变特征。方法采用MD-CK细胞分离培养流感病毒,提取病毒RNA,经逆转录和聚合酶链式反应扩增后测序。结果①2007-2008年吉林省流行的H3N2亚型流感毒株核苷酸同源性为98.9%～100%,与同期WHO推荐的疫苗株A/Wisconsin/67/05相比有10～14个氨基酸位点发生变化,并且在122位增加了一个糖基化位点;②长春市11月与12月分离的病毒株在进化树上处于不同的两个侧枝;③在同一流行高峰吉林省8个市州分离的流感病毒株在进化树上形成不同的两簇。结论2007-2008年吉林省流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的疫苗株A/Wisconsin/67/05相比已经发生一定变化;不同时间及市州流行的病毒株也有差异。     

H7N9禽流感病毒HA2基因真核表达与免疫原性初步研究

目的利用真核表达载体构建H7N9禽流感病毒血凝素刺突茎部(HA2)的真核表达质粒,在293F细胞中表达HA2蛋白,并初步探讨其免疫原性。方法根据pMD18-T-HA中的序列设计H7N9禽流感病毒HA2扩增引物,在下游引物中引入胰酶酶切位点;目的基因经特异性酶切位点克隆入自身带有Fc标签的pFUSE-IgG1-Fc1载体,构建重组质粒HA2-Fc;将重组质粒转染293F细胞,通过间接免疫荧荧光(IFA)和免疫印迹法(WB)鉴定HA2蛋白的表达和免疫原性。结果成功构建H7N9禽流感病毒HA2基因真核表达质粒HA2-Fc,并在293F细胞中表达出分子量大约为50kDa的重组蛋白。IFA和WB显示该蛋白与抗H7N9病毒鼠多抗具有良好的免疫反应。结论成功构建表达HA2亚单位的真核表达系统,重组蛋白具有较高的免疫原性,为筛选H7N9广谱疫苗候选分子、广谱中和抗体,及深入研究其致病机理和免疫机制奠定基础。     

2017年深圳地区A/H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征

目的  了解深圳市2017年上半年流行的甲型H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征,为预测流感病毒流行和变异提供科学依据。 方法  利用DNAStar、MEGA 7.0等生物信息学软件对研究分离的40株H3N2流感病毒的HA和NA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,构建分子进化树,分析基因特征和变异情况。 结果  深圳分离株的同源性均达到97.8%~100.0%,位于亚洲北美人源分支。与世界卫生组织（World Health Organization,WHO）推荐的疫苗株A/Switzerland/9715293/2013（H3N2）和A/Hong Kong/4801/2014（H3N2）相比,有较高的序列相似性;与当年疫苗株对比发现,HA发生6个抗原位点和2个受体结合位点的改变,NA出现第151位酶活性位点的改变;HA和NA的潜在N-糖基化位点在数量和位置上也发生变化。 结论  深圳市2017年上半年甲型H3N2亚型流感病毒在流行过程中尚未发生明显变异,目前推荐的疫苗株仍对深圳地区人群有一定保护作用,HA和NA多个氨基酸位点的变异提示仍需加强H3N2亚型流感病毒分子水平的动态监测。     

长沙市首例人感染H9N2禽流感病毒的分离及基因特征分析

2015年9月从来源于国家级流感样病例监测哨点医院的标本中分离出一株H9N2亚型禽流感病毒。为了了解病毒的来源、重组、变异及耐药等分子特征,本研究对这株病毒的神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和基质蛋白(Matrix protein,M)基因进行测序及序列特征分析。结果显示长沙市人感染H9N2毒株的NA基因与A/duck/jiangxi/20147/2013(H9N2)禽源关系最近,遗传进化分支属于欧亚系中A/Duck/Hong Kong/Y280/97(H9N2)分支。M基因与A/duck/wenzhou/YHQL64/2014 (H9N2)禽源关系最近,属于A/Quail/Hong Kong/G1/97(H9N2)分支。该病毒分离株的NA和M基因与2014年长沙市活禽环境中的H9N2病毒高度同源。影响NA蛋白功能的关键氨基酸位点相对保守,未产生与抗神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变;M2蛋白的第31位氨基酸由S突变为N导致病毒对金刚烷胺类药物耐药。因此,长沙市的人感染H9N2禽流感病毒有可能是来源于长沙市活禽环境中的H9N2病毒,它们是通过家禽贸易传播并发生病毒重配而产生。     

Monitoring Avian Influenza A(H7N9) Virus through National Influenza-like Illness Surveillance,China

In China during March 4–April 28, 2013, avian influenza A(H7N9) virus testing was performed on 20,739 specimens from patients with influenza-like illness in 10 provinces with confirmed human cases: 6 (0.03%) were positive, and increased numbers of unsubtypeable influenza-positive specimens were not seen. Careful monitoring and rapid characterization of influenza A(H7N9) and other influenza viruses remain critical.     

Reassortant Avian Influenza A(H5N1) Viruses with H9N2-PB1 Gene in Poultry,Bangladesh

Bangladesh has reported a high number of outbreaks of highly pathogenic avian influenza (HPAI) (H5N1) in poultry. We identified a natural reassortant HPAI (H5N1) virus containing a H9N2-PB1 gene in poultry in Bangladesh. Our findings highlight the risks for prolonged co-circulation of avian influenza viruses and the need to monitor their evolution.     

2009甲型H1N1流感病毒的血凝素和神经氨酰酶基因变异分析

目的探讨2009新型甲型流感病毒H1N1的血凝素和神经氨酰酶基因的进化规律。方法通过NCBI数据库下载最新收录的A/H1N1的基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version4.0(MEGA4.0)软件来排列和修剪流感病毒各段基因序列并构建进化树。结果不同地区分离到的2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素和神经氨酰酶编码基因均具有高度同源性,同一国别的亲缘关系更近,不同国别的亲缘关系稍远。结论说明此次新型甲型H1N1流行病毒来自同一传染源,且病毒到目前还没有变异。