亳州市2013年甲型H1N1流感病毒基因分析

目的分析亳州市2013年一所学校流感暴发疫情甲型H1N1流感病毒基因及抗原变异情况。方法从132名具有流感症状的学生当中随机采集10份标本,用Realtime RT-PCR方法鉴定甲型H1N1流感病毒,对阳性标本接种MDCK细胞,分离流感病毒,并对甲型H1N1流感病毒株进行血凝素（HA）作基因测序,分析基因及氨基酸位点变异情况。结果 10份标本中Realtime RT-PCR鉴定有8份为甲型H1N1流感病毒核酸阳性,病毒分离培养6份阳性,并对其进行基因测序,HA基因与疫苗株同源性为98.4%,HA基因氨基酸变异分析显示,有多个位点发生变异。结论此次暴发的甲型H1N1流感病毒的基因组HA序列与我国及其他国家的甲型H1N1流感病毒具有较高的同源性,HA基因氨基酸序列发生变异情况,需密切关注甲型H1N1的流行状况。     

内蒙古2009年流感病原监测及甲型H1N1流感血凝素基因分析

目的 探讨2009年流感流行病毒型别及亚型在内蒙古流感样患者中的流行情况及病毒型内血凝素(HA)基因变异情况.方法 采集流感样病例咽拭子标本,用Real-time PCR进行样本的检验,阳性标本进行鸡胚病毒分离培养,选取代表性毒株做病毒血凝素(HA)基因测序分析.结果 Real-time PCR方法共检测到阳性标本419份,其中甲型H1N1流感182份,占阳性样本总数的43.44％.对419份阳性样本全部进行鸡胚分离培养,获得阳性毒株162株,阳性分离率为38.66％.经鉴定甲型H1N1 155株,占阳性毒株的95.68％;甲型H1N1与季节性H3N2混合2株,季节性H3N2 4株,B型毒株1株.对其中3株甲型H1N1毒株进行HA测序后分析发现病毒分离株与参比毒株的HA基因序列具有高度同源性.结论 2009年在内蒙古地区流行的主要是甲型H1N1病毒,兼有其他亚型出现.甲型H1N1流感与当年的流行株无大的变异发生.     

泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的 了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析.结果 1 020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移.     

四川省甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析

目的 了解四川省甲型H1N1流感病毒的抗原性和血凝素(HA)基因的变异情况.方法 对四川省2009-2011年分离的流感病毒采用单项血凝抑制试验鉴定毒株型别,在此基础上选取分离自中国内地首发甲型H1N1流感病例、首起甲型H1N1流感疫情、甲型H1N1流感死亡病例以及哨点医院流感样病例标本的甲型H1N1流感病毒株共计11株,进行HA基因核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特征分析.结果 与中国代表株A/四川/SWL1/2009(H1N1)相比,2009-2011年四川省甲型H1N1流感毒株单项血凝抑制效价均无4倍以上差异,与疫苗株A/California/7/2009(H1N1)相比,HA氨基酸具有高度同源性(96.6％ ～99.4％).结论 四川省甲型H1N1流感病毒的HA基因特性和抗原性没有发生明显变异.     

2018-2019年宁夏甲型H1N1流感病毒血凝素基因组序列分析

目的 了解宁夏2018-2019流感监测年度流感病毒病原学检测情况,分析甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因特征。方法 采用real time RT-PCR方法对流感监测哨点医院采集的流感样病例（ILI）标本进行核酸检测;对阳性标本进行毒株分离;提取甲型H1N1毒株的RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果 宁夏流感网络实验室检测咽拭子标本共5214份,核酸检测阳性数为760份,其中甲型H1N1阳性数为485份,占总阳性数的63.82%,分离出甲型H1N1毒株 161株。宁夏分离毒株与疫苗株A/Califaoria/07/2009不在同一进化分支,同源性为92.6%~96.3%;与疫苗株A/Michigan/45/2015(H1N1)为同一进化分支,同源性为96.6%~98.1%。与疫苗株A/Califaoria/07/2009比较,抗原位点、受体结合位点及其他位点均有变异,除毒株 A/Ningxia_Xixia/SWL1176/2019(H1N1)第222位氨基酸发生D222G变异外,其他甲型H1N1流感毒株均未发生D222G变异。所有毒株增加糖基化位点162NQT,个别毒株糖基化位点增加2~3个。结论 宁夏2018 -2019年度流感优势毒株为甲型H1N1毒株。序列分析表明甲型H1N1病毒发生了不同程度的变异,在抗原特异性、毒力和感染性上有可能已经发生变化,需要及时更换疫苗株成分。     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

上海市闵行区甲型H1N1流感病毒株变异分析

目的:了解上海市闵行区人群中甲型H1N1流感病毒株基因特性及抗原变异情况,为甲型H1N1流感防控提供科学依据。方法:采集2009年8月-2011年3月闵行区哨点医院流感样患者鼻咽拭子标本,Real-time RT-PCR鉴定流感病毒亚型,犬肾细胞(MDCK)培养分离流感病毒,血凝抑制试验(HI)确定流感病毒型与亚型。对部分甲型H1N1流感病毒株进行血凝素(HA)、病毒聚合酶(PB2)片段全基因测序,分析基因和氨基酸位点变异情况。结果:闵行区于2009年8月-2010年3月发生第一波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例232例,占流感病例总数的54.33%。2010年12月-2011年3月发生第二波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例71例,占流感病例总数的62.83%。HA进化树分析发现,第二波分离的甲型H1N1流感毒株与大多数2009年第一波大流行分离毒株不位于同一主干上,说明HA基因发生了一定程度的变异;HA蛋白氨基酸位点分析显示,部分毒株在抗原决定位点上发生了变异。PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和701位点分别是谷氨酸和天冬氨酸,仍为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点,但第677位点出现E677G突变。结论:2011年冬春季闵行区人群中甲型H1N1流感流行毒株与2009年北美流行株比较已经有一定变异,出现了一些抗原漂移和适应性进化。     

安徽省早期甲型H1N1流感病毒的血凝素基因序列分析

目的检测、分析安徽省甲型H1N1流感早期病例的病毒血凝素（HA）基因的序列特征。方法RT-PCR方法扩增我省早期流感样病例的病毒核酸并对其HA基因序列进行分析比对。结果我省早期甲型H1N1流感病例的病毒HA基因与2009年全球流行的甲型H1N1流感病毒高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧洲和亚洲分离的A/H1N1猪流感和A/H1N1禽流感亲缘关系较远。结论我省早期流行的甲型H1N1流感毒株HA基因可能由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能并不敏感。     

2015-2017年盐城市甲型H3N2流感病毒HA1、NA基因分子特征

目的 从分子流行病学角度对盐城市2015-2017年流行的甲型H3N2流感病毒血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因的分子特征进行研究。方法 收集盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感爆发点采集的3 891例流感样病例标本进行核酸检测和病毒分离,从中筛选出20株经血凝抑制试验（hemagglutination inhibition,HI）验证为甲型H3N2亚型的毒株,采用反转录聚合酶链式反应方法扩增其HA1和NA基因并进行测序。结果 2015-2017年流行的20株甲型H3N2毒株HA1和NA基因各自分支的聚类关系基本一致。盐城市A/Jiangsu-YC/1474/2015、A/Jiangsu-YC/1725/2015两株分离株与疫苗株A/Switzerland/9715293/2013和A/Hongkong/4801/2014的进化距离较近,而其余18株分离株与国内部分省市相近年份毒株亲缘关系相近,并与疫苗株A/Switzerland/9715293/2013和A/Hongkong/4801/2014进化距离较远。该20株毒株HA1基因编码区抗原表位、受体结合位点和糖基化位点均发生了一定程度变异。从基因变异角度进行分析,疫苗株A/Switzerland/9715293/2013对盐城地区流感流行的保护效果要弱于疫苗株A/Hongkong/4801/2014。结论 2015-2017年盐城市流行的甲型H3N2毒株HA1和NA基因已逐渐发生变异,可能导致流感病毒发生实质性的抗原性漂移,降低与流感疫苗株的匹配度,减弱流感疫苗的保护作用。     

2018 - 2019年云南省昭通市A型流感病毒基因特征分析

目的 分析2018 - 2019年云南省昭通市新甲型H1N1、H3N2亚型流感病毒流行情况及基因进化特征,为流感防控提供科学依据。方法 收集2018年1月 - 2019年10月昭通地区哨点医院流感样病例咽拭子标本2 863份进行real - time RT–PCR检测,用狗肾传代细胞( Madin - Darby canine kidney cell,MDCK)对核酸阳性样本进行病毒分离,分离得到的流感毒株采用血凝抑制实验进行鉴定分型。最终选取43株新甲型H1N1亚型流感毒株,及15株H3N2亚型毒株进行全基因组测序,使用MEGA 5.2软件进行序列分析。结果 系统发生分析表明95.35%(41 / 43)昭通新甲型H1N1分离株属于6B.1A支系, 93.33%(14/15)H3N2分离株属于3C.2a1b支系。与参考株A／California／07／2009相比,新甲H1N1分离株HA蛋白有7处抗原位点和1处受体结合位点发生变异,H3N2分离株有5处抗原位点和4处受体结合位点发生变异。结论 2018 - 2019年昭通地区流行的新甲型H1N1和H3N2亚型流感病毒毒株与WHO推荐的当年北半球的疫苗组分匹配,但H3N2亚型与WHO推荐的2019 - 2020年H3亚型疫苗株发生偏离,需加强监测。     

2014-2017年云南省流感病原体监测结果分析

目的 分析云南省流感病原体的监测结果,为流感防控工作提供科学依据。方法 对2014-2017年云南省流感样病例监测资料及病毒分离鉴定结果信息进行描述分析。结果 2014-2017年云南省ILI%呈逐渐下降趋势。2014-2017年全省共检测流感样病例标本86080份,共分离得到流感毒株4356株,阳性率为5.06%,由高至低依次为季H3(1343株,1.56%),By(1068株,1.24%),新甲H1(993株,1.15%),Bv(929株,1.08%),季H1(21株,0.02%),H7(1株,0.0012%),H9(1株,0.0012%)。云南省的流感以春冬季高峰明显,偶有夏季小高峰出现。不同年龄组的流感病毒阳性率不同,具有统计学差异(x2=117.45,P＜0.01),其中5~岁年龄组阳性率最高(6.40%)。文山地区分离的流感毒株的阳性率在各地州(市)中是最高的,占10.94%。结论 2014-2017年云南省流感活动强度逐渐降低,不同亚型流感病毒交替流行,各年龄人群和各地区间流行强度、优势毒株不同。     

2009年山东省四起甲型H1N1流行性感冒样病例暴发疫情病原学分析

目的 通过对2009年山东省济宁市4起流行性感冒(简称流感)样病例暴发疫情进行病原学分离鉴定,以及对血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)特性分析,研究其基因变异情况.方法 采集4起流感样病例暴发疫情中发热患者的鼻咽拭子标本34份,采用逆转录实时PCR(realtime RT-PCR)方法进行核酸检测,对阳性标本开展病毒分离,并对分离的甲型H1N1流感病毒的HA、NA基因序列进行测序.利用DNAStar软件对序列进行同源性分析,利用Mega 4.0软件进行基因进化分析和氨基酸进化分析.与WHO推荐的疫苗株及国内代表株进行对比.结果 在34份鼻咽拭子标本中,17份甲型H1N1流感病毒阳性,11份标本分离培养出了甲型H1N1流感病毒.将其中的7株进行HA基因和NA基因测序,HA、NA基因的同源性分别为98.4%～99.6%、99.2%～100.0%.与WHO推荐的疫苗株及国内代表株相比,有11个HA基因的氨基酸发生替换,分别为38、40、56、90、100、145、172、173、220、303及338位,其中38、40和303位位于抗原决定簇C区,172和173位位于抗原决定簇D区,56位位于抗原决定簇E区,同时40位为糖基化位点;有7个NA基因的氨基酸发生了替换,为80、106、241、248、351、369和386位,386位为糖基化位点;未发生神经氨酸酶蛋白275位H-Y的替换.结论 山东省甲型H1N1流感暴发流行株HA基因和NA基因均具有高度同源性,HA蛋白和NA蛋白均存在不同程度的氨基酸替换,部分流行株抗原决定簇和糖基化位点发生改变.     

青海省流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测青海省2007～2008年度季节性流感病毒型与亚型分布,了解2007～2008年度部分A/H3N2分离株血凝素(HA)基因变异情况.方法 采集监测哨点医院流感样病例的鼻咽双拭子标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2007～2008年度部分H3亚型流感病毒进行HA基因测序,分析HA基因变异情况.结果 2007～2008年度在哨点医院送检标本中共分离到144株流感病毒,其中124株为A/H3N2,B型20株,型与亚型有明显分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,青海省6株分离株与2008、2009年部分省份分离株及江西同期分离株接近,与WHO 2008～2009年度疫苗推荐株相近.结论 WHO推荐的2006～2007年度疫苗株A/Hiroshima/52/2005滞后于在我省流行的流感病毒毒株.     

广州市甲型H1N1流感病毒的持续进化变异监测

目的 通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据.方法 对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点.结果2017-2019年广州市H1...     

云南省2006～2010年流感监测结果分析

目的 探讨2006～2010年云南省流感的流行特征,为制定流感防制策略提供科学依据.方法 对2006～2010年云南省流感监测的流感样病例(ILI)监测资料、实验室检测结果、暴发疫情信息进行分析.结果 2006～2010年,全省哨点医院共报告的ILI％平均为3.56％,流行高峰为9月～次年3月.采集标本23 618份,分离毒株785株,阳性率3.32％,优势株为B型(288株,36.69％).2009～2010年检出哨点医院核酸阳性标本2 394份,核酸阳性率为14.57％,主要型别为新甲H1N1型(1 599份,66.80％).2006～2010年全省共报告流感暴发疫情139起,均发生在中小学校.暴发疫情高峰发生在3～4月(63起,45.32％)和9月(37起,26.62％).采集标本3 952份,分离病毒314株,阳性率7.95％,优势株为B型(229株,72.93％).2009～2010年检出暴发疫情核酸阳性标本1 408份,核酸阳性率为42.84％,主要型别为新甲H1N1型(869份,61.72％).结论 2006～2010年,云南省哨点医院和暴发疫情监测结果基本吻合,出现春季和秋季两个流感流行高峰,不同型别的毒株表现出交替占优势的特征,暴发疫情均发生在中小学校.     

昆明地区流感病毒血凝素的蛋白质结构分析

目的 对从昆明地区分离10株流感病毒的血凝素(HA)基因进行蛋白质结构分析,与WHO推荐株进行比较,分析其异同.方法 从流感病毒中提取RNA,进行RT-PCR扩增血凝素基因,对扩增产物测序进行蛋白质结构分析.结果 蛋白质结构分析表明A/Kunming/01/2008(H1N1),A/Kunming/07/2008(H1N1)测出的序列大部分位于HA1,包括一小部分HA2和WHO 2007-2008年推荐株EU 100724.1对比,主要是第226位点不同,分别被Arg和Gln取代;A/Kunming/02/2008(H3N2)、A/Kunming/04/ 2008(H3N2)和WHO2007-2008年推荐株CY034116.1相比,变异位点为154 Asp→Asn,188 Gln→His,218 Val→Gly,248 Asn→Asp,255 Ile→Val,均位于蛋白表面,但对蛋白的结构没有产生大的影响;B/Kunming/10/2008和B/Kunming/09/2008有3点突变,分别为221Ala-Ile、281 Arg-Gly、550 Asp-Ile,但未引起蛋白质表面形状和电荷的变化;另外4株(两株H1N1和两株B型)与推荐株基本一致.结论 两株A(H1N1)与推荐株EU 100724.1的抗原性基本一致,另外两株A(H1N1)与流行株代表株的同源性相对前两株要略低,HA基因已有位点发生突变;两株A(H3N2)与分离年代较近的全国流感病毒流行株代表株同源性较高,高氨基酸的突变只有一个,突变对蛋白的结构没有产生大的影响;4株B型毒株属于Victoria系和国外地区及近年国内流行株代表株同源性相对较低,存在地区差异和抗原性差异,有必要对毒株的变异加强监测.     

2010-2012年长沙市流感流行情况及B型流感病毒基因特性分析

目的分析2010-2012年长沙市流感流行情况,并探讨B型流感病毒分离株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子流行病学特征。方法采集长沙市流感网络监测哨点医院及暴发点流感样病例(ILI)咽拭子样本,狗肾传代细胞(MDCK)进行病毒分离,血凝和血凝抑制实验进行型别和亚型鉴定;提取B型流感病毒核酸,一步法RT-PCR扩增HA和NA基因片段,双向测定扩增产物核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列进行分析。结果 2010-2012年间,长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,流行高峰为冬春季。3年间共分离到B型流感病毒78株,其中79.5%为Victoria系,20.5%为Yamagata系,以Victoria系为主。与WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,HA基因的同源性在87.2%~98.4%之间,NA基因的同源性在94.5%~97.5%之间。氨基酸序列分析发现,与疫苗株相比,HA蛋白主要存在单个氨基酸的突变;种系进化分析发现,所有毒株HA和NA蛋白位于相应的谱系内,无抗原重排发生。结论 2010-2012年间长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,B型流感病毒HA基因出现抗原漂移,但无重组毒株的出现。     

2013-2018年济源市流感流行特征分析

目的 分析2013-2018年济源市流感病毒流行特征,为济源市流感防控提供依据。方法 对济源市人民医院采集的流感样病例(influenza like illness,ILI)咽拭子标本进行荧光PCR检测,对监测结果进行统计分析。结果 2013-2018年济源市报告ILI病例18491例,ILI比例为1.8%,呈逐年上升趋势,各监测年度和各年龄组的ILI比例差异均有统计学意义。共采集3512例ILI病例标本,检测出流感病毒核酸阳性878例,总阳性率为25%,2017-2018监测年度阳性率最高,为42,23%。2013-2014和2017-2018监测年度的优势毒株为B型和甲型H1N1亚型,2014-2015和2016-2017监测年度为H3N2亚型,2015-2016监测年度为B型,共检测出212例甲型H1N1、314例H3N2、349例B型和3例混合型流感病毒阳性。5个监测年度均为冬季流行高峰,2015-2016监测年度还出现了夏季流行高峰。结论 济源市不同年度流感流行株交替出现,每年元旦达到流行最高峰,15岁以下儿童是流感防控的主要人群,应加强对此人群的流感防控措施。