全外显子测序技术诊断Sheldon Hall综合征

目的：应用全外显子测序技术（whole exome sequencing,WES）辅助临床诊断2例远端关节弯曲Sheldon Hall综合征家系,为患者遗传咨询和产前诊断提供依据。方法：收集临床资料,提取患者及家系成员外周血基因组DNA,采用外显子捕获技术进行检测,结合生物信息学软件及数据库进行分析,根据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG,2015）标准对检测出的变异进行致病性判定,结合患者临床表型寻找致病基因及位点,最后经Sanger测序法对致病位点进行验证。结果：家系中2例患者TNNI2基因第8号外显子均存在杂合突变（c.525_c.527delGAA,p. 176delK）,为常染色体显性遗传,生物信息学分析为致病性突变,Sanger测序验证结果与外显子捕获测序结果一致。结论：应用全外显子测序技术对远端关节挛缩畸形的患者进行诊断,明确致病原因,为家系遗传咨询和产前诊断提供指导。     

CDAN1基因突变导致的胎儿期非免疫性水肿的家系遗传学分析

目的 对一例因不明原因胎儿期水肿的流产组织进行临床和遗传学分析,为该家系产前诊断以及遗传咨询提供可靠的理论依据。方法 采集孕妇外周血进行血常规、Rh血型和TORCH检测。采集羊水细胞用于细胞培养和G显带核型分析。提取胎儿引产组织基因组DNA行全基因组拷贝数变异测序;采用Agilent's SureSelect XT Human All Exon V6进行文库制备和外显子捕获,并使用Illumina NovaSeq 6000 对胎儿及其家系成员 DNA 行全外显子组测序（trios-WES）,并利用SIFT、I-mutant2、PolyPhen-2 及PROVEAN生物信息学软件对变异位点进行蛋白功能预测。利用Alpha Fold 2和PyMOL软件对CDAN1的结构进行建模和可视化分析;用Sanger测序对先证者及家系成员进行突变检测和验证。结果 胎儿17周超声提示胎儿全身皮下广泛水肿,右侧胸腔大量积液,肝脾增大,胎盘增厚,心包缺损。染色体核型分析检测和染色体拷贝数变异测序结果均正常;全外显子组测序显示CDAN1基因：c.2140C>T（p.Arg714Trp）和c.1264_1265delCT（p.Leu422Glyfs*16）复合杂合突变,分别来自先证者父亲和母亲,生物信息学预测为可能致病性突变,对应的疾病为先天性红细胞生成障碍性贫血1型。结论 全外显子组测序结果显示,该胎儿为先天性红细胞生成障碍性贫血（CDAN1基因突变）导致的胎儿期非免疫性水肿,其中CDAN1基因c.1264_1265delCT为首次报道的突变。     

肝豆状核变性的ATP7B基因变异分析及产前诊断

目的 对肝豆状核变性家系行遗传学分析,明确该家系的遗传病因.方法 对家系中肝豆状核变性先证者行全外显子测序分析,Sanger测序对先证者及父母筛出的可疑致病变异进行验证,该父母孕育的二胎胎儿行羊水穿刺,行产前基因诊断.结果 发现先证者存在ATP7B基因复合杂合变异,即NM_000053.3:c.2333G＞T(p.Arg778Leu)错义杂合变异和NM_000053.3:c.208delC(p.Gln70Serfs* 4)缺失移码变异;其中,c.2333G＞T错义杂合变异来源于父亲,为数据库已经报道的变异;c.208delC缺失移码变异来源于母亲,暂未见报道.先证者母亲孕20周,行胎儿产前基因诊断,发现胎儿仅携带来源于母亲的ATP7B基因c.208delC移码杂合变异,c.2333位点为野生型,胎儿和先证者基因型不同,预测胎儿不会出现和先证者一样的肝豆状核变性的临床表型.结论 该肝豆状核变性先证者临床表型异常是由ATP7B基因复合杂合变异所致,为生二胎先证者父母的遗传咨询和产前诊断提供了理论依据.     

一例GNB1基因突变致神经发育障碍患儿的临床及基因突变分析

目的：应用全外显子测序技术（whole exome sequencing, WES）对患有语言运动发育迟缓及严重智力障碍的患儿及其父母进行分析,探讨基因水平的遗传学病因并明确临床诊断,进一步指导妊娠。方法：提取患儿及其父母外周血DNA,采用外显子捕获结合高通量测序技术进行检测。根据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG, 2015）标准对患儿及父母检测出的变异进行致病性判定,结合患儿表型寻找致病基因及位点。利用Sanger测序法对致病位点进行验证。结果：患儿GNB1基因第7号外显子c.346 G>A (p.G116S)位点杂合错义突变为致病位点,患儿父母该位点均为野生型,此变异为患儿的新发突变。Sanger测序验证结果与外显子捕获测序结果一致。患儿为常染色体显性智力低下42型（Autosomal dominant mental retardation-42, MRD42）患者。结论：应用全外显子测序技术可对语言运动发育迟缓伴严重智力低下的患儿进行诊断,明确了该患儿的致病原因,有助于家系的遗传咨询并为再生育提供指导。     

GNB1基因突变致神经发育障碍患儿的临床及基因突变分析

目的：应用全外显子测序技术（whole exome sequencing,WES）对患有语言运动发育迟缓及严重智力障碍的患儿及其父母进行分析,探讨基因水平的遗传学病因并明确临床诊断,进一步指导妊娠。方法：提取患儿及其父母外周血DNA,采用外显子捕获结合高通量测序技术进行检测。根据美国医学遗传学与基因组学学会标准对患儿及父母检测出的变异进行致病性判定,结合患儿表型寻找致病基因及位点。利用Sanger测序法对致病位点进行验证。结果：患儿GNB1基因第7号外显子c.346 G>A（p.G116S）位点杂合错义突变为致病位点,患儿父母该位点均为野生型,此变异为患儿的新发突变。Sanger测序验证结果与外显子捕获测序结果一致。患儿为常染色体显性智力低下42型（autosomal dominant mental retardation?42,MRD42）患者。结论：应用全外显子测序技术对语言运动发育迟缓伴严重智力低下的患儿进行诊断,可明确患儿的致病原因,有助于家系的遗传咨询并为再生育提供指导。     

一个Ellis-van Creveld综合征家系的遗传分析及产前诊断

目的:对1个多发畸形胎儿的家系进行遗传学分析,为临床遗传咨询和产前诊断提供依据。方法:对1例孕中期发现胎儿多发畸形的孕妇进行产前三维系统超声检查;抽取羊水,进行染色体G显带核型分析和高通量测序;采集孕妇及其配偶的血样,应用Sanger测序技术验证基因的变异位点。结果:产前超声提示胎儿完全型心内膜垫缺损、胎儿多发畸形等。高通量测序结果显示胎儿的EVC2基因NM＿147127:c.519+1G>C剪接位点杂合变异和EVC2基因NM＿147127:c.903delG(p.phe302fs)缺失移码杂合变异;Sanger测序显示胎儿的母亲EVC2基因NM＿147127:c.519+1G>C剪接位点杂合变异,父亲EVC2基因NM＿147127:c.903delG(p.phe302fs)缺失移码杂合变异;胎儿EVC2基因的两个变异分别源自其父母。结合遗传学分析和产前超声结果,该家系确诊为Ellis-van Creveld综合征(EVC)。结论:EVC2基因NM＿147127:c.519+1G>C剪接位点杂合变异和EVC2基因NM＿147127:c.903delG(p.phe302...     

一对两次发生胎儿骨骼发育异常夫妇的遗传学分析

目的 筛查一对夫妇发生两次胎儿骨骼发育畸形的致病性基因变异。方法 在经过遗传咨询，取得知情同意后，利用夫妻外周血及第二次妊娠胎儿样本，提取基因组DNA。应用全外显子测序技术对基因组中外显子及剪切区域进行深度测序分析，对疑似致病变异利用Sanger测序验证候选基因的突变位点。结果 胎儿样本携带ALPL c.1120G>A(p.Val374Met)和c.648+1G>A的2个位点突变，为复合杂合突变。其中ALPL c.1120G>A(p.Val374Met)遗传自母亲，c.648+1G>A遗传自父亲，2个突变均为致病突变。结论 ALPL基因的复合杂合突变可能是胎儿发育异常的致病原因。对于B超提示骨骼发育异常的胎儿，通过全外显子测序和Sanger测序可以明确致病原因，为夫妻的再生育提供依据。     

高胰岛素血症/高氨血症综合征一家系的遗传学研究

目的 分析高胰岛素血症/高氨血症(HI/HA)综合征一家系的临床和遗传学特征。方法 采集先证者及其父母外周血行全外显子组及DNA拷贝数变异测序分析,初步确定候选致病基因,并通过Sanger测序在先证者及其父母、祖母中对突变位点进行验证。结果 先证者因抽搐就诊,发现低血糖,其父亲和祖母同样有低血糖发作症状。先证者及其父亲、祖母在GLUD1基因11号外显子均存在c.1466C>T,p.P489L(p.Pro489Leu)杂合错义突变。结论 GLUD1[c.1466C>T(p.P489L)]错义突变为该家系的致病原因,该突变在中国HI/HA综合征家系中首次发现。     

淋巴水肿-双行睫综合征一家系遗传学及临床表型分析

目的: 探讨一个淋巴水肿-双行睫综合征家系的遗传学原因。方法: 提取先证者（胎儿流产物）DNA行全外显子组测序,初步确定候选致病基因。收集先证者父母及其他家系共8位成员的外周血,通过PCR扩增及Sanger测序等行基因突变检测,并分析其与表型的相关性。结果: 先证者、母亲、外婆、舅舅、外舅公临床表现为双行睫或下肢静脉曲张,均存在FOXC2：c.595dupC杂合移码突变,其他无临床表型的受检者不存在该突变。结论: FOXC2基因c.595dupC杂合突变是该家系的遗传学病因,可导致常染色体显性遗传淋巴水肿-双行睫综合征,孕期表现为胎儿颈部透明带增厚、胎儿水肿,存在自愈可能。     

UBA5基因突变致早发性癫痫性脑病临床特征与遗传学分析

目的 探讨早发癫痫性脑病(EOEE)患者的临床特征和基因突变情况,为疾病诊断提供依据。方法 应用二代测序技术对1例早发癫痫性脑病患者的外周血标本进行全外显子组测序(WES)检测,发现可疑致病位点后利用Sanger测序对患者及其父母进行验证分析。结果 本次检出UBA5基因c.214C>T(p.R72C)杂合变异(NM＿024818)和c.1141＿1144delTCTG杂合变异(NM＿024818),均提示为疑似致病性变异。结论 UBA5基因突变引起的早发性癫痫性脑病非常罕见,UBA5基因可能是早发性癫痫性脑病患者的致病原因,为早发癫痫性脑病遗传咨询提供了依据。     

CLN6基因复合杂合突变导致神经元蜡样脂褐质沉积症一家系遗传学研究

目的: 探讨一个常染色体隐性遗传神经元蜡样脂褐质沉积症（NCL）家系的遗传学原因。方法: 应用目标区捕获高通量靶向测序对先证者进行候选基因突变筛查,并通过PCR测序在先证者及其父母中对突变位点进行验证;RT-PCR及TA克隆测序考察上述两种突变是否影响剪接。结果: 测序结果显示先证者存在CLN6：c.486+2T>C和c.486+4A>T复合杂合突变,分别来自父母双方。RT-PCR及TA克隆测序提示两种突变均可导致两种异常剪接。结论: CLN6：c.486+2T>C和c.486+4A>T复合杂合突变很可能为该NCL家系患者的遗传学病因,新突变基因丰富了CLN6基因突变谱。     

多发性内分泌肿瘤1型6例及其家系研究

目的:分析6例多发性内分泌肿瘤1型(MEN1)患者及其家系成员的临床特点,研究MEN1基因突变特征?方法:收集患者及家系成员的临床资料,提取6例患者及其各自家系成员(共13例)外周血DNA,对MEN1基因编码区9个外显子进行PCR扩增,产物直接测序?结果:家系1中2例患者和2例家系成员MEN1基因第10外显子存在杂合突变c.1378C>T,家系2中1例患者MEN1基因第2外显子存在杂合突变c.80C>G,家系3中先证者及其母亲MEN1基因第9外显子存在杂合突变c.1225T>C,其余人员均未发现突变?其中MEN1基因突变c.80C>G和c.1225T>C为新发现的突变类型,c.1378C>T为已知突变类型?结论:MEN1基因突变分析有助于MEN 1患者早期诊断及其亲属的筛查?本研究发现2种新的MEN1突变类型能增加研究者对于MEN1遗传学特征的认识?     

联合氧化磷酸化缺陷症1型一家系临床表型及GFM1基因突变分析

目的: 分析一个联合氧化磷酸化缺陷症1型家系的临床表型及遗传学特点,明确其遗传学病因。方法: 对先证者父母外周血DNA行全外显子组测序,对先证者（已故）干血斑标本、胎儿（先证者弟弟）羊水和先证者父母亲外周血行Sanger验证。结果: 全外显子组测序和Sanger测序显示,先证者及其弟弟均为GFM1基因c.688G>A（p.G230S）与c.1576C>T（p.R526X）复合杂合突变,其中c.1576C>T系首次报道。先证者及其弟弟出生后均出现代谢性酸中毒、高乳酸血症、肝功能异常、喂养困难、小头畸形、生长发育落后、癫痫等临床表现,均在婴儿早期死亡。结论: GFM1基因c.688G>A与c.1576C>T复合杂合突变是导致该家系联合氧化磷酸化缺陷症1型的遗传学原因。     

荧光PCR熔解曲线法检测广东韶关地区G6PD缺乏症基因突变

目的:采用荧光PCR熔解曲线法检测广东韶关地区G6PD缺乏基因突变,获得基因突变谱并进行方法学应用评价.方法:采用荧光PCR熔解曲线法试剂盒对613例G6PD缺乏症表型筛查阳性样本,分两管检测中国人群常见的12种G6PD基因突变(95A>G、383T>C、392G>T、487G>A、517T>C、592C>T、871G>A、1004C>A、1024C>T、1360C>T、1376G>T、1388G>A).结果:613例标本中检出基因突变536例(男性365例,女171例,占87.44%),其中:1388G>A突变210例(占37.30%),1376G>T突变213例(占37.83%),95A>G突变55例(占9.77%),871G>A突变49例(占8.70%),1024C>T突变18例(占3.20%),1004C>A突变2例(占0.35%),1360C>T突变4例(占0.71%),383T>C突变1例(占0.18%),392G>T突变10例(占1.78%),517T>C突变1例(占0.18%),没有发现487G>A、592C>T突变类型.另外,女性双重杂合或纯合突变分布情况为:1388G>A纯合突变7例,1376G>T纯合突变4例,871G>A纯合突变1例,1388G>A/1376G>T杂合突变4例,1388G>A/871G>A杂合突变2例,1388G>A/95A>G杂合突变1例,1376G>T/1024C>T杂合突变1例,1376G>T/95A>G杂合突变1例,1376G>T/392G>T杂合突变2例.结论:1388G>A,1376G>T,95A>G,871G>A,1024C>T,1004C>A,1360C>T,383T>C,392G>T,517T>C是韶关地区最常见的基因突变类型,与已报道的中国南方人群突变谱相近;荧光PCR熔解曲线法G6PD缺乏症基因结果准确,可广泛应用于临床基因检测.     

一例罕见AB类孟买血型的鉴定分析

目的：对一例AB类孟买血型的先证者进行血型血清学鉴定和分子生物学机制研究。方法：采用血型血清学技术分别对先证者红细胞上ABH抗原、唾液中ABH血型物质、红细胞上Lewis抗原及血浆中红细胞不规则抗体进行检测;采用PCR技术分别扩增先证者ABO基因第6、第7外显子及FUT1、FUT2基因全部编码区域,PCR产物纯化后直接测序,通过Chromas软件与人类红细胞血型基因数据库进行基因序列比对,查找突变位点。结果：血清学实验结果表明,先证者红细胞上检到弱A抗原、Leb抗原,未检到B抗原、H抗原及Lea抗原,唾液中检到A、B、H血型物质,血浆中检到IgM类抗HI抗体。DNA测序结果显示先证者ABO基因型为*A1.02/*B.01;FUT1基因存在c.551＿552delAG杂合缺失突变及c.881＿882delTT杂合缺失突变,FUT2基因存在c.357C>T纯合多态性。结论：FUT1基因双杂合缺失突变是导致先证者为AB类孟买血型的主要原因。     

一例β-地中海贫血病例中罕见基因突变的鉴定

目的 对海口市人民医院血液科一例47岁男性经临床检查存在贫血、脾大等症状的疑似β地中海贫血的先证者进行病因确诊,并对其家系成员进一步研究分析。方法 采用血常规、脾脏B超、血红蛋白电泳、跨越断点PCR （Gap-PCR）和高通量测序（next generation sequencing, NGS）技术对先证者和5名家系成员进行检测,评估他们贫血、脾脏肿大和基因突变等方面的情况,采用Sanger测序法对高通量测序所检测出的基因突变进行验证,并通过家系连锁分析确定所检测基因突变的遗传方式。结果 先证者同时检测出HBB:c.2T>G和HBB:c.-113A>G两种突变,其中HBB:c.2T>G为常见β突变,HBB:c.-113A>G为新的突变,其母亲及儿子均检出HBB:c.-113A>G杂合突变,其女儿检出HBB:c.2T>G杂合突变,除先证者外其他家系成员并未表现出明显的地贫症状。结论 HBB:c.2T>G杂合复合HBB:c.-113A>G杂合突变会加重β地贫的临床表现,进而表现出脾大症状,该基因突变的发现,丰富了地贫基因突变数据库。全面的检测技术应用于地贫常规检测对临床病人的病因确诊、治疗和遗传咨询都具有重要意义。     

GJB2基因在湖南地区非综合征耳聋患者中的突变分析

目的：为明确湖南地区人群中非综合征性耳聋(NSHL)患者发病的遗传学基础,分析患者间隙连接蛋白2(GJB2)基因突变的情况,并探索其发病的分子机制。方法：经过详细的病史询问和临床检查,收集符合要求、无亲缘关系的NSHL患者140例。PCR扩增患者GJB2基因的编码序列全长,纯化回收扩增产物,直接双向测序,用DNAStar软件分析测序结果,统计患者GJB2基因突变情况。设计1对错配引物并酶切以证实该新发现的突变。结果：在140名无亲缘关系的NSHL患者中,共有56例检测到GJB2基因突变,检出率达40%（56/140）;其中29例患者发现2个GJB2等位基因突变,另27例患者只有1个GJB2等位基因突变,等位基因突变率为30.4%（85/280）。总共发现10种不同的碱基变异,包括7种致病突变和3种多态。7种致病突变分别是无义突变c.139G>T,移码突变c.176_191del16和c.235delC,错义突变c.109G>A,c.344T>G,c.550C>T和c.571T>C。c.344T>G是1个新报道的错义突变。最常见的突变是c.235delC, 共有27名患者检测到该突变,达19.3%（27/140）。c.109G>A突变频率仅次于c.235delC, 有25名患者检测到该突变,检出率达17.9%（25/140）。结论：GJB2突变是导致湖南地区人群NSHL的最常见的基因突变,其c.235delC突变是湖南地区人群NSHL最常见的突变类型,发现1个GJB2基因的世界首次报道的新突变c.344T>G（F115C）。     

芬兰型先天性肾病综合征1例报道

男性患儿,出生5+ d,因“发现尿蛋白明显升高5+ d”入院。患儿系36+4周早产儿,产时伴羊水Ⅲ°胎粪污染、胎盘增大,生后即发现蛋白尿、低蛋白血症、进行性加重的水肿;全外显子基因检测提示患儿存在NPHS1的2个杂合突变位点,c.3325C>T（p.Arg1109*）和c.2479C>T（p.Arg827*）复杂杂合突变,诊断为芬兰型先天性肾病综合征（congenital nephrotic syndrome of the Finnish type, CNF）,其中c.2479C>T（p.Arg827*）基因突变位点国内未见报道。本次报道的c.2479C>T突变基因对国内CNF基因突变谱进行了扩充,原因不明的先天性肾病综合征（congenital nephrotic syndrome, CNS）建议早期行基因检测,CNS的早期诊断对预后评估、遗传咨询及临床管理具有重要意义。     

Ⅳ型胶原α5链基因突变致奥尔波特综合征两家系遗传学分析

目的: 分析奥尔波特（Alport）综合征的遗传学特征。方法: 对原因不明的反复尿检异常的2名先证者进行基于高通量测序技术的全外显子组测序,通过基因突变的致病性、孟德尔遗传规律和临床表型的综合分析,筛选出致病的基因突变,最后通过Sanger测序在家系成员中验证基因突变。结果: 两个家系中分别鉴定出COL4A5基因上的2个杂合性剪接位点突变：c.2147-2A > T（IVS27）和c.646-2A > G（IVS11）（NM_033380）,且这2个杂合突变分别与2个家系的患病成员呈现共分离关联。结论: Alport综合征主要通过女性直系患者遗传,临床上可以通过有效的遗传咨询进行产前诊断。     

40 例肉碱缺乏症新生儿的生化和遗传学特征

目的： 原发性肉碱缺乏症(primary carnitine deficiency,PCD)是一种罕见的可致新生儿死亡的脂肪酸代 谢紊乱性疾病。本研究对新生儿足跟血行串联质谱分析筛查出的肉碱缺乏儿,进一步行血肉碱水平分析及SLC22A5 基因检测,为PCD的早期诊断提供依据,同时探索血肉碱水平与SLC22A5 基因型的关系。方法： 收集新生儿血串联 质谱筛查游离肉碱(free carnitine,C0)值<10 μmol/L 的40 例患儿为研究对象,用Sanger 测序方法对PCD的致病基因 SLC22A5 基因进行检测,分析肉碱水平、基因检测结果及两者的关系。结果： 共检出SLC22A5 基因变异15 种(42 个), 包括11 种致病或可能致病变异和4 种意义不明变异。发现c. 288delG(p.G96fsX33), c. 744_745insTCG(p. M258_L259insS),c.752A>G(p.Y251C),c.495C>A(p.R165E),c.1298T>C(p.M433T)5 种新突变。在40 例串联质谱初 筛肉碱缺乏的患儿中,14 例被确诊为PCD,包括SLC22A5 基因纯合突变2 例,复合杂合突变12 例;14 例检出1 个 SLC22A5 基因突变;12 例未检出SLC22A5 基因突变。确诊为PCD的患儿初筛C0 值为(4.95±1.62) μmol/L,复查C0 值 为(3.90±1.33) μmol/L;未检出突变的患儿初筛C0 值为(7.04±2.05) μmol/L,复查C0 值为(8.02±2.87) μmol/L,确诊为 PCD的患儿与未检出突变患儿的初筛及复查C0 值差异均有统计学意义(均P<0.05);检出截短突变的患儿与未检出截 短突变的患儿初筛C0 值差异有统计学意义(P=0.022)。结论： 发现的5 种新突变丰富了SLC22A5 基因突变谱;新生儿 足跟血串联质谱初筛C0 值<5 μmol/L 与SLC22A5 基因纯合或复合杂合突变型具有更强的相关性;具有截短突变的患 儿较不含截短突变患儿的C0值可能更低。