北京市2010年-2011年儿童甲型H3N2流感病毒神经氨酸酶基因进化和耐药性位点分析

目的:了解2010年9月1日-2011年8月31日期间北京市儿童甲型H3N2病毒的神经氨酸酶基因进化和耐药性位点情况。方法:采集儿童流感样病例标本,分离与鉴定流感病毒。选取14株甲型H3N2流感毒株进行神经氨酸酶(NA)基因的扩增和序列测定。并对NA的基因变异、进化特点和耐药性位点进行分析。结果:共分离64株甲型H3N2毒株。序列分析发现2010年-2011年毒株NA抗原决定簇氨基酸位点发生变异。进化树分析结果显示NA基因进化为不同的两支。毒株NA耐药性位点无变异。结论:北京市2010年-2011年儿童甲型H3N2流感毒株NA基因呈现两个不同的进化分支,基因特性有明显改变,尚未有耐药位点变异。     

新冠疫情大流行期间广州市H3N2流感病毒分子流行特征分析

分析新型冠状病毒疫情(新冠疫情)大流行期间广州市H3N2流感病毒分子变异特征。收集流感监测哨点医院流感样病例样本, 进行病毒分离和全基因组高通量测序。结果显示, 新冠疫情大流行期间广州市在2022年第二季度出现了一次H3N2流感流行高峰(阳性率为52.23%), 流行强度和持续时间均高于2019年H3N2流感流行期。2022年流行株HA基因和NA基因均属于3C.2a1b.2a.1a.1分支, 与2019年冬季的H3N2流行株进化分支(Group-3 毒株3C.2a1b.1a)不同。2022年流行株抗原位点变异主要发生在C区I48T位, HA蛋白受体结合位点与疫苗株一致。大部分流行株在HA蛋白上带有13个糖基化位点, 一起暴发疫情分离株发生24-NST处糖基化位点的缺失。综上, 新冠疫情大流行期间, 引起广州市2022年H3N2流感流行的病毒株属于新衍生进化分支, 进化起源上并非由2019年广州市毒株直接传播进化而来。     

吉林省2018-2020年甲型H3N2亚型流感病毒耐药基因分析

目的掌握2018-2020年吉林省内H3N2亚型流感流行株对金刚烷胺类药物以及神经氨酸酶抑制剂类药物的耐药情况,为流感的临床治疗及预防控制提供参考依据。方法选取甲型H3N2亚型流感毒株34株,对M2和NA基因进行PCR扩增,测序后对耐药位点进行分析。结果 2018-2020年吉林省分离到流感毒株981株,其中甲型流感病毒毒株934株,乙型流感毒株47株。在分离到的甲型流感病毒毒株中,57.49%为H1N1pdm亚型毒株,39.61%为H3N2亚型毒株。对34株H3N2亚型流感病毒测序结果显示M2基因S31N耐药位点上发生了突变;在NA耐药相关基因位点E119V、Q136K、D151A、I222V、H274Y、R292K、N294S均未发生突变。结论吉林省2018-2020年以甲型流感流行为主。34株甲型H3N2亚型流感病毒均对金刚烷胺类药物耐药,但仍对神经氨酸酶抑制剂敏感。     

2008—2009年南宁市人季节性H1N1流感病毒神经氨酸酶潜在的抗原位点和抑制剂耐药位点分析

目的了解2008—2009年南宁市人季节性H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化特征,探讨NA基因潜在的抗原位点和活性位点(抑制剂耐药性位点)变异规律。方法提取2008—2009年20株H1N1流感病毒RNA,采用RT-PCR扩增病毒NA基因后进行序列测定,通过CTLPred软件预测NA基因上潜在的抗原位点,并对NA分子进化和其重要功能位点的遗传变异进行分析。结果将20株H1N1流感病毒毒株与北半球疫苗推荐株A/Solomon/3/2006和A/Bris-bane/59/2007构建进化树,NA进化树共分成3个类群,10株2008年H1N1流感病毒毒株聚集成分支Ⅱ,10株2009年毒株与疫苗株A/Brisbane/59/2007聚集成分支Ⅰ,A/Solomon/3/2006则独立形成1个分支(Ⅲ)。2008年毒株抗原位点替换频率较高,相对于A/Solomon/3/2006氨基酸替换分布在不同的3个区域的3个位点,分别是N64H、Y100H、L367I;2009年度的毒株抗原决定簇位点相对保守。在已知NA的酶活性位点中,2009年所有毒株均在275位点发生了H>Y的突变,而这种变异在2008年的毒株中未有出现。结论 A/Solomon/3/2006落后于2008年毒株,A/Brisbane/59/2007对应的疫苗在2009年能起到较好的保护作用;大量H275Y耐药株的出现提示在流感病毒监测中应密切关注其耐药位点的变异。     

2009-2017年烟台地区甲型(H1N1)pdm09流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 分析2009-2017年烟台地区甲型（H1N1）pdm09流感病毒流行情况及神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进化特征。方法 收集2009年8月~2017年8月烟台地区两家哨点医院流感样病例咽试子标本10 236份,狗肾细胞（Madin-Darby canine kidney cell,MDCK）分离流感病毒,血凝抑制实验进行病毒分型。选取甲型（H1N1）pdm09流感毒株43株,扩增NA基因全序列并测序,应用分子生物学软件分析其遗传变异特征。结果 系统发生分析表明大部分烟台分离株属于2、7、6C、6B.1和6B.2基因型;NA蛋白分子多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株相比,6、7基因型增加了44位糖基化位点;6B.1和6B.2基因亚型,减少了386位糖基化位点;运用固定效应似然比模型和内部固定效应似然比模型发现34和386两个正向选择压力位点,NA蛋白酶活性中心位点及周围辅助位点均未发生变异。结论 2009-2017年烟台地区甲型（H1N1）pdm09流感病毒NA基因持续发生变异,仍对神经氨酸酶抑制剂敏感,未来仍应加强流感流行状况和病原基因特征监测。     

甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 探讨2009年山东省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、精基化位点变异情况.方法 对山东省分离的20株甲型H1N1流感病毒的NA基因序列,用MEGA 4.0软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析.结果 山东省2009年9月-2010年1月分离的20株甲型H1N1流感病毒NA基因的同源性均>99.2%,其中有4株的同源性为100%;与疫苗株[A-California-07-2009(H1N1)]、国内推荐株[A-Sichuan-SWL1-2009(H1N1)]的同源性分别为99.1%～99.5%和99.1%～99.6%;有13个神经氨酸酶基因的氨基酸发生了替换,为21、23、25、42、43、60、76、94、106、122、248、307和351位;未发生神经氨酸酶蛋白275位H-Y的替换.结论 山东省分离的甲型H1N1流感病毒NA基因高度保守,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点以及糖基化位点均高度保守;所有测定样本均未发生对达菲类药物的耐药性突变.     

输入性甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因变异分析

目的分析口岸输入性甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因特征及变异趋势,及早发现变异株。方法选取广东口岸入境人员中检出的64份输入性甲型H1N1流感阳性样本,对其病毒NA基因进行核苷酸序列测定。与2009年甲型H1N1流感代表株A/California/04/2009/H1N1的NA基因序列进行对比,对甲型H1N1流感病毒的NA基因进化树、核苷酸序列同源性、氨基酸序列的变异及蛋白分子结构变化等进行分析。结果 NA基因进化树分为3个分支,其中2009年、2010年病毒聚集成簇位于分支1,2011年病毒则与部分2010年检出的病毒位于较远距离的分支2和3。检出的1例病毒NA氨基酸的抗原决定簇上发生Y155H的变异,部分病毒NA蛋白在42位点上新增了一个糖基化位点,在68、386位点出现了糖基化位点的缺失。氨基酸G41R、V106I、V241I、N248D、I365T、N369K等位点的变异较为显著,但未见耐奥司他韦病毒的出现。结论甲型H1N1流感病毒NA基因已发生一定程度的变异。随着突变的不断积累,病毒极可能会通过改变其抗原性和耐药性,从而引起新的流行。     

2016年盐城市1例人感染H7N9禽流感病毒HA、NA基因变异分析

目的 了解盐城市禽流感H7N9病毒株HA基因和NA基因分子进化特征,为更好预防和治疗人感染禽流感H7N9病例提供科学依据。方法 通过荧光定量PCR方法对标本进行流感病毒分型检测,对禽流感H7N9病毒荧光PCR阳性的标本,采用一步法RT-PCR方法对H7N9病毒HA基因和NA基因全长编码区进行扩增,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 盐城市禽流感H7N9病毒株HA基因和NA基因有着独特的进化方式,A/JSYC/1/2016(H7N9)病毒株HA裂解位点附近氨基酸序列为PEIPKGR/GL,属于低致病性禽流感病毒。HA基因编码蛋白受体结合位点出现了G186V、Q226L氨基酸位点的变化,增强了病毒对人的感染能力,NA基因编码蛋白主要可能的神经氨酸酶抑制剂耐药位点未发生E120G、R153K、H276Y、R294K的变异。结论 2016年盐城市禽流感H7N9病毒株HA基因和NA基因处于基因点突变的抗原漂移变化中,某些变异位点具备了感染人的某些分子特征。     

江西省2009-2011年新型甲型H1N1流感病毒耐药性分析

目的分析江西省2009-2011年甲型H1N1流感病毒M2以及NA基因的特点,掌握其耐药情况,为临床治疗和疾病控制提供参考。方法从江西省流感监测网中随机选择19株甲型H1N1流感病毒,经核酸提取和one-step RT-PCR扩增M以及NA基因片段,双向序列测定,采用DNAStar5.0和Mage4.0序列分析软件分析M2以及NA基因特征以及耐药性位点。结果 19株毒株M2基因发生了S31N的突变;仅A/JiangxiDonghu/SWL11171/2009(H1)株的NA蛋白发生了E119Q替换,其他毒株NA蛋白催化活性位点和辅助位点均未发生氨基酸替换。结论 19株毒株均对金刚烷胺类药物耐药,几乎都对流感病毒神经氨酸酶抑制剂药物敏感,但仍应加强对流感病毒的耐药性监测。     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

2016年6月至2017年4月辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 本文对2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因遗传进化特征分析。方法 使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对选取的4株H7N9禽流感病毒株HA和NA基因进行扩增并测序,用生物信息学软件分析其基因进化变异特征。结果 2016年6月至2017年4月辽宁省4株毒株的HA和NA基因与WHO最新推荐的A/Hunan/02650/2016疫苗株的同源性最高,其HA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为99.3%~99.6%,99.8%~100%;NA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为97.7%~99.7%;98.3%~99.6%。本省所有毒株均属长江三角洲谱系,但主要聚集在两个次分支。4株病毒HA蛋白裂解位点333-342氨基酸序列均为PEIPKGR↓GLF,在338-339位点无连续的多个氨基酸插入(KRTA),属于低致病性禽流感病毒分子特征。HA受体结合位点均出现S138A、G186V、Q226L、T221P氨基酸的突变,NA茎部区均出现“QISNT”缺失,且NA蛋白上相关耐药位点上的氨基酸并未发生突变,3株毒株NA蛋白上糖基化位点第42位发生氨基酸序列NCSH→NCTH突变。结论 2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因关键位点氨基酸发生突变,使病毒具有双受体结合特性以及毒力增强。     

广州市甲型H1N1流感病毒的持续进化变异监测

目的 通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据.方法 对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点.结果2017-2019年广州市H1...     

人感染高致病性H5N6禽流感病毒表面糖蛋白分子进化特征

目的对19例人感染高致病性H5N6禽流感病毒的血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)蛋白进行分子进化分析。方法运用下一代测序平台对病毒分离物进行全基因组测序,从美国国家生物技术信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)和全球流感序列数据库(global initiative on sharing avian influenza data,GISAID)下载参考序列,利用Blasts、Mega 6.1及Clustal X 2.1等软件进行序列分析。结果2014-2018年中国共发生23例人感染H5N6禽流感病毒病例。对19个病例的H5N6病毒的HA和NA基因进行进化分析。HA进化分析显示病毒都属于Clade 2.3.4.4,其中涉及17个病例的病毒属于Group C;首例H5N6病例毒株(A/Sichuan/26221/2014)属于Group D;福建一个病例(A/Fujian-Sanyuan/21099/2017)属于Group B。所有19个病例的病毒HA蛋白的裂解位点含有多个碱性氨基酸。所有病毒的HA蛋白的受体结合位点226~228位氨基酸是QS(R)G(氨基酸排序以H3-HA为准),理论上对禽类受体α2-3半乳糖苷唾液酸(SAα2-3Gal)有嗜性。18病例病毒的HA蛋白发生了T160A的突变,导致在158N位点失去糖基化。除了A/Sichuan/26221/2014外,18个病例的病毒NA蛋白在58~68位缺失了10个氨基酸。9个病例的病毒PB2蛋白发生E627K突变。结论2014-2018年间中国人感染H5N6病毒进化活跃,具有明显的基因多样性,需要加强对病毒分子进化的监测。     

2014-2017年云南省流感病原体监测结果分析

目的 分析云南省流感病原体的监测结果,为流感防控工作提供科学依据。方法 对2014-2017年云南省流感样病例监测资料及病毒分离鉴定结果信息进行描述分析。结果 2014-2017年云南省ILI%呈逐渐下降趋势。2014-2017年全省共检测流感样病例标本86080份,共分离得到流感毒株4356株,阳性率为5.06%,由高至低依次为季H3(1343株,1.56%),By(1068株,1.24%),新甲H1(993株,1.15%),Bv(929株,1.08%),季H1(21株,0.02%),H7(1株,0.0012%),H9(1株,0.0012%)。云南省的流感以春冬季高峰明显,偶有夏季小高峰出现。不同年龄组的流感病毒阳性率不同,具有统计学差异(x2=117.45,P＜0.01),其中5~岁年龄组阳性率最高(6.40%)。文山地区分离的流感毒株的阳性率在各地州(市)中是最高的,占10.94%。结论 2014-2017年云南省流感活动强度逐渐降低,不同亚型流感病毒交替流行,各年龄人群和各地区间流行强度、优势毒株不同。     

2017-2018年广州市甲型H1N1流感病毒耐药基因变异监测

目的 对广州市流感监测人群呼吸道标本进行甲型H1N1流感病毒分离和测序,并对耐药基因突变和遗传进化特征进行分析。方法 2017年1月-2018年3月,对4家流感监测医院的5831份监测标本进行甲型H1N1流感病毒核酸检测,将阳性标本接种MDCK细胞进行流感病毒分离和测序,应用DNA Star7.1软件和MEGA 4.0软件对耐药基因进行测序分析。结果 5831份监测标本中检出甲型H1N1核酸阳性标本222份,检出率为3.81%,其中分离甲型H1N1流感病毒61株,分离率为1.05%。有2株病毒分离株出现了H274Y突变,突变率为3.28%。所有病毒分离株均发生了S31N突变,突变率为100%,同时另有2株出现V27A突变,突变率为3.28%。部分2017年毒株和2018年毒株已形成于A/Michigan/45/2015疫苗株分支之外的另一独立小分支。结论 2017年广州市流感监测病例中监测到2株H1N1流感病毒分离株为奥司他韦耐药突变株,且该耐药株均位于当前疫苗株流行分支以外的独立分支,有必要对广州市甲型H1N1流感病毒进行持续监测。     

广州市2014-2019年H5亚型禽流感病毒流行与基因遗传特征分析

目的 分析广州市H5亚型禽流感病毒流行特点及基因进化和变异特征,为禽流感的防控提供依据。方法 对2014-2019年广州市禽类市场外环境标本进行禽流感病毒核酸检测并分析H5亚型流行情况,随机选取48份（46份来源于环境和2份来源于病例）H5阳性标本进行HA和NA基因测序,应用生物信息学软件分析分子遗传特征。结果 2014-2019年监测的52 284份环境标本中,检出H5亚型阳性标本1 094份,阳性率为2.09%。遗传进化分析显示,HA基因属于Clade 2.3.4.4.C分支,NA基因主要归属于欧亚谱系H6N6进化分支,HA和NA基因的进化以时间聚类为特点,相近年份流行株聚成一个进化分支。分子特征显示,48份毒株裂解位点呈现高致病性分子特点,受体结合位点仍为禽源受体,但普遍发生S123P、S133A和T156A倾向结合人源受体的位点突变。抗原位点变异主要出现在B、E区,并表现时间分布的特点,同一年份流行株常发生与上一年份流行株不同的抗原位点变异。2017年开始所有毒株出现由氨基酸缺失导致的糖基化位点的增加（140-NHT）。结论 广州市禽类市场外环境H5亚型禽流感病毒长期流行,且阳性率占比逐渐升高。测序分析提示,广州市H5亚型禽流感病毒为Clade 2.3.4.4.C分支H5N6高致病性病毒,并且持续进化和变异,特别是普遍出现与人源受体结合能力增强的突变,需加强监测。     

2017年深圳地区A/H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征

  目的  了解深圳市2017年上半年流行的甲型H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征,为预测流感病毒流行和变异提供科学依据。  方法  利用DNAStar、MEGA 7.0等生物信息学软件对研究分离的40株H3N2流感病毒的HA和NA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,构建分子进化树,分析基因特征和变异情况。  结果  深圳分离株的同源性均达到97.8%~100.0%,位于亚洲北美人源分支。与世界卫生组织（World Health Organization,WHO）推荐的疫苗株A/Switzerland/9715293/2013（H3N2）和A/Hong Kong/4801/2014（H3N2）相比,有较高的序列相似性;与当年疫苗株对比发现,HA发生6个抗原位点和2个受体结合位点的改变,NA出现第151位酶活性位点的改变;HA和NA的潜在N-糖基化位点在数量和位置上也发生变化。  结论  深圳市2017年上半年甲型H3N2亚型流感病毒在流行过程中尚未发生明显变异,目前推荐的疫苗株仍对深圳地区人群有一定保护作用,HA和NA多个氨基酸位点的变异提示仍需加强H3N2亚型流感病毒分子水平的动态监测。