广州市2019年H3N2流感病毒分子流行特征分析

目的 对广州市2019年不同来源的H3N2流感病毒进行基因测序,分析H3N2流感病毒的进化变异特点。方法 对广州市2019年门诊监测、暴发疫情、住院重症病例等不同标本来源的H3N2流感病毒进行分离并对其血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因进行测序,运用DNA Star 7.1、Mega 6.0软件分析病毒的变异和进化特点。结果 2019年广州市H3N2流感表现为流行期Ⅰ（2019年1-8月）和流行期Ⅱ（2019年11-12月）2个流行高峰。男性和女性的H3N2流感病毒阳性率分别为13.46%（703/5 221）和11.50%（510/4 435）,差异有统计学意义（χ²=8.43,P=0.00）。10~20岁年龄组H3N2流感病毒阳性率最高（25.18%,665/2 641）,各年龄组阳性率差异有统计学意义。测序发现,不同标本来源的毒株高度同源,亲缘关系相近,属于3C.2a.1分支。根据流行时间和进化特点,进一步划分为Group 1~3共3个小进化分支,Group 1分支流行于流行期Ⅰ、Group 3分支流行于流行期Ⅱ,Group 2分支为2个流行期过度的进化分支,流行期Ⅱ的病毒由流行期Ⅰ的病毒进化而来,且不同分支存在基因重组的现象。在疫苗选择压力下,Group 1~3分支逐渐出现HA抗原位点突变,导致新的抗原漂移。HA抗原位点变异主要发生A和B区,Group 1分支和Group 3分支受体结合位点变异发生在前壁和后壁,Group 2~3分支在HA抗原位点A区缺失2个糖基化位点。结论 2019年广州市H3N2流感病毒的遗传变异包括位点突变和基因重组。在疫苗免疫压力下H3N2流感病毒发生快速的进化变异,抗原位点变异逐渐累积,进而出现新的抗原漂移。应对H3N2流感病毒分子流行特点进行持续监测。     

2017 – 2018年广州市H3N2流感病毒流行及血凝素基因分子特征分析

  目的   通过对H3N2流感病毒进行全基因组序列基因特征分析,为H3N2流感的科学防控提供研究数据。  方法   选取2019年广东省广州市13株H3N2流感病毒进行全基因组序列测定,通过生物信息学软件分析各基因特征。  结果   各基因核苷酸同源性最低为94 %,最高为100 %,差异最大为NA基因（94 %～100 %）,差异最小为PA基因（98.9 %～100 %）。各基因核苷酸位点变异率最高为NA基因（8.37 %）,最低为PA基因（2.14 %）,不同基因核苷酸变异率差异具有统计学意义（χ² = 123.503,P = 0.000）。各基因均与疫苗株A/HONG KONG/2671/2019（H3N2）归属于同一进化分支,且来源于门诊监测毒株与暴发疫情毒株进化起源相同。根据流行时间的不同,HA、PB2、PB1、NP、M、NS基因可以继续划分为Group 1 – 3 三个小分支,Group 1 分支流行于2019年1 — 8月,Group 2 分支流行于2019年11 — 12月,Group 3 分支同时包含2019年1 — 8月和2019年11 — 12月流行期的毒株。  结论   2019年广州H3N2流感病毒与疫苗株位属于同一进化分支,不同来源毒株具有相同的进化起源。但全基因组在进化特点、同源性、分子变异率等方面存在基因多样性差异。     

宁夏H3N2流感病毒血凝素基因分子特征分析

目的 了解2014-2020年宁夏H3N2流感病毒血凝素(Haemagglutimin,HA)基因变异情况,为宁夏的流感防控提供科学依据.方法 选取2014-2020年宁夏分离的30株H3N2流感毒株,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析.结果 与疫苗株A/Te...     

2013-2017年河南省H3N2亚型流感病毒流行特征分析

目的 分析河南省2013-2017年H3N2亚型流感病毒流行特征,为流感防控策略的制定提供依据。方法 采集河南省22家流感监测哨点医院的流感样病例(Influenza like illness,ILI)咽拭子标本,进行荧光定量PCR检测和病毒分离,对H3N2亚型流感病毒检测阳性标本进行统计分析。结果 河南省2013-2017年共检测62 307例ILI病例标本,其中H3N2亚型流感病毒核酸检测阳性4 791例,四个监测年度H3N2亚型阳性占流感总阳性的率分别为14.9%、95.68%、12.36%、76.57%,男女发病率差异无统计学意义;有三个监测年度不同年龄组的H3N2感染率差异有统计学意义;H3N2亚型流感病毒感染人群职业分布以散居儿童(24.73%-35.41%)、托幼儿童(21.94%-30.17%)、学生(16.77%-27.66%)检出人数最多;各个监测年度各市核酸阳性率和病毒分离率不同;H3N2病毒分离株以低血凝滴度(1〖DK〗∶16)二代细胞分离毒株为主(62.33%)。结论 2河南省H3N2亚型流感病毒呈年度周期性流行,是近些年流感流行的的主要型别,儿童和学生是H3N2亚型流感防控的重点人群,且该病毒在细胞中不易培养,呈低滴度高代数特点,应加强病毒分离工作。     

成都市2009年流感病毒H3N2亚型血凝素基因分析

[目的]了解某市流行的H3N2流感病毒分子生物学特征、进化情况,及其血凝素基因与猪流感病毒血凝素基因的关系。[方法]对该市分离的2009年H3N2亚型流感病毒40株血凝素基因进行逆转录-聚合酶链(RT-PCR)扩增,然后测序,分析该市流感病毒H3N2亚型的核酸序列和氨基酸序列,与2009年疫苗推荐株及四川省猪流感病毒基因序列比对分析。[结果]该市2009年流感病毒H3N2亚型的流行株,与2009年的疫苗株比较,碱基同源性为99.5%,抗原性有一定的差异,但不是重组变异病毒,其流行强度有限。与A/swine//Sichuan/1/2006(H3N2)比较,同源性为94.4%,说明人源流感病毒A/H3N2与猪源流感病毒A/H3N2具有一定的同源性,但抗原决定簇区和受体结合位点具有差异,在种间互相流行的可能性较低。[结论]该市流感A/H3N2流行株虽然有一定的变异,但没有大流行的预警提示出现。长期监测具有必要性。     

2017年深圳地区A/H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征

目的  了解深圳市2017年上半年流行的甲型H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征,为预测流感病毒流行和变异提供科学依据。 方法  利用DNAStar、MEGA 7.0等生物信息学软件对研究分离的40株H3N2流感病毒的HA和NA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,构建分子进化树,分析基因特征和变异情况。 结果  深圳分离株的同源性均达到97.8%~100.0%,位于亚洲北美人源分支。与世界卫生组织（World Health Organization,WHO）推荐的疫苗株A/Switzerland/9715293/2013（H3N2）和A/Hong Kong/4801/2014（H3N2）相比,有较高的序列相似性;与当年疫苗株对比发现,HA发生6个抗原位点和2个受体结合位点的改变,NA出现第151位酶活性位点的改变;HA和NA的潜在N-糖基化位点在数量和位置上也发生变化。 结论  深圳市2017年上半年甲型H3N2亚型流感病毒在流行过程中尚未发生明显变异,目前推荐的疫苗株仍对深圳地区人群有一定保护作用,HA和NA多个氨基酸位点的变异提示仍需加强H3N2亚型流感病毒分子水平的动态监测。     

2010-2013年中山市流感病毒(H3N2)血凝素基因特征分析

目的研究中山市2010-2013年流行的H3N2亚型流感病毒的血凝素基因特征,分析其基因变异情况。方法选取2010-2013年中山市流行的H3N2亚型流感病毒6株,用MDCK细胞分离病毒,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA基因并测定序列,利用BLASTn对序列进行相似性检索,分析其与疫苗株,不同年份、区域流行株的进化变异情况。结果共分离鉴定到6株H3N2亚型流感病毒,其中2株为2010年流行株,2株为2012年流行株,2株为2013年流行株。各年流行株与其他国家或地区当年大部分流行株在一个分支上,其进化距离随着进化时间变长而变远。2012年流行株相对2010年流行株在HA1区发生12个氨基酸位点变异,有3个位于B、C区。2013年流行株相对2012年流行株发生4个氨基酸位点变异,有2个位于A区。2012年、2013年流行株相对于疫苗株分别发生6、8个氨基酸位点变异,分别有2、4个位于A、B、C区。受体结合位点未发生变异。结论中山市H3N2亚型流感病毒流行株在年度之间存在一定变异程度,进化距离随着进化时间变长而变远,相对于疫苗株也存在一定程度上的变异。     

吉林省2018-2020年甲型H3N2亚型流感病毒耐药基因分析

目的掌握2018-2020年吉林省内H3N2亚型流感流行株对金刚烷胺类药物以及神经氨酸酶抑制剂类药物的耐药情况,为流感的临床治疗及预防控制提供参考依据。方法选取甲型H3N2亚型流感毒株34株,对M2和NA基因进行PCR扩增,测序后对耐药位点进行分析。结果 2018-2020年吉林省分离到流感毒株981株,其中甲型流感病毒毒株934株,乙型流感毒株47株。在分离到的甲型流感病毒毒株中,57.49%为H1N1pdm亚型毒株,39.61%为H3N2亚型毒株。对34株H3N2亚型流感病毒测序结果显示M2基因S31N耐药位点上发生了突变;在NA耐药相关基因位点E119V、Q136K、D151A、I222V、H274Y、R292K、N294S均未发生突变。结论吉林省2018-2020年以甲型流感流行为主。34株甲型H3N2亚型流感病毒均对金刚烷胺类药物耐药,但仍对神经氨酸酶抑制剂敏感。     

2017-2018年广州市甲型H1N1流感病毒耐药基因变异监测

目的 对广州市流感监测人群呼吸道标本进行甲型H1N1流感病毒分离和测序,并对耐药基因突变和遗传进化特征进行分析。方法 2017年1月-2018年3月,对4家流感监测医院的5831份监测标本进行甲型H1N1流感病毒核酸检测,将阳性标本接种MDCK细胞进行流感病毒分离和测序,应用DNA Star7.1软件和MEGA 4.0软件对耐药基因进行测序分析。结果 5831份监测标本中检出甲型H1N1核酸阳性标本222份,检出率为3.81%,其中分离甲型H1N1流感病毒61株,分离率为1.05%。有2株病毒分离株出现了H274Y突变,突变率为3.28%。所有病毒分离株均发生了S31N突变,突变率为100%,同时另有2株出现V27A突变,突变率为3.28%。部分2017年毒株和2018年毒株已形成于A/Michigan/45/2015疫苗株分支之外的另一独立小分支。结论 2017年广州市流感监测病例中监测到2株H1N1流感病毒分离株为奥司他韦耐药突变株,且该耐药株均位于当前疫苗株流行分支以外的独立分支,有必要对广州市甲型H1N1流感病毒进行持续监测。     

2014—2016年镇江市甲型H3N2流感病毒HA和NA基因遗传进化研究

目的对2014—2016年镇江市甲型H3N2流感病毒的HA和NA基因进行分子流行病学分析,了解其进化特征。方法收集2014—2016年镇江市流感样病例咽拭子标本,对核酸检测鉴定为阳性的标本进行病毒分离;随机抽取13株经血凝抑制试验(HI)鉴定确认为甲型H3N2亚型毒株,用特异性的引物扩增其HA和NA基因,进行序列分析。对分离株和疫苗株、参比毒株的核苷酸、氨基酸同源性进行分析,对其抗原表位、耐药位点和糖基化位点进行分析。结果 2014—2016年镇江市共采集9 532份流感样标本,流感病毒阳性检出率为11.77%,3年分别为11.23%、13.82%和10.61%,差异有统计学意义(χ~2=16.602,P0.001)。甲型H3N2亚型为最主要的亚型(占43.76%),其次为乙型BY型(占35.65%);除2015年乙型BY亚型为主(占70.13%),2014年、2016年均以甲型H3N2亚型为主(分别占48.30%、54.80%)。与北半球疫苗株A/Texas/50/2012(2013—2015)及A/Switzerland/9715293/2013(2015—2016)比对,选取的13株甲型H3N2镇江分离株的HA和NA基因核苷酸、氨基酸的同源性均≥97.4%,与北半球疫苗株HA和NA基因核苷酸、氨基酸的同源性均≥94.8%。13株镇江分离H3N2毒株主要分为4个进化分支。13株均未出现主要抗原位点氨基酸序列缺失,存在Y94H、A128T、S138A、G142R等散点性突变。与M2、NA蛋白相关的耐药位点未发现变异;3株糖基化位点发生D329N氨基酸替换。结论甲型H3N2亚型流感病毒是镇江市优势流行亚型。主要抗原位点、耐药位点均未发现重要突变,糖基化位点相对保守,仍应继续加强监测。     

广州市甲型H1N1流感病毒的持续进化变异监测

目的  通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据。 方法  对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase, NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点。 结果  2017-2019年广州市H1N1流行株HA和NA基因均聚为一簇,提示具有相同进化起源。2019年分离株依次由2017年分离株经2018年分离株过度进化而来,呈现较为明显的时间进化趋势。HA基因持续变异的抗原位点主要分布在91、181、202位,其中2018年H1N1流行株HA蛋白抗原位点的变异具有较为明显的多样性。2017和2019年流行株中有3株病毒发生NA蛋白H274Y神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。 结论  广州市2017-2019年H1N1流行株与同年度疫苗株的匹配性较好,但病毒基因在持续进化和变异,在抗原位点和耐药位点上不同流行年份表现基因多态性。     

天津地区2005年甲1亚型流感病毒HA1区基因特性分析

目的 了解天津地区夏季一起小学校流感样暴发疫情中分离出2株甲1亚型流感病毒株HA1基因变异情况。方法MDCK细胞和鸡胚双腔法分离流感病毒，收获病毒液提取病毒的RNA，进行RT—PCR，扩增产物纯化后测序，用DNASTAR软件进行序列分析。结果新分离株HA1基因长度为325个氨基酸，与国际疫苗株A／NewCaledonia／20／99相比氨基酸同源性高于98％，氨基酸替换位点有5个，其中165位位于抗原决定簇Cal区。结论天津地区新分离甲1亚型流感病毒抗原性发生进一步漂移，但变异程度不大。     

深圳市2005-2007年H3N2亚型流行性感冒病毒流行病学和分子变异特征

目的 探讨深圳市2005-2007年季节性流行性感冒(简称流感)流行病学特征和甲3亚型流感病毒可能的分子变异.方法 对深圳市2005-2007年流感监测网络(由9所医院、6个区和市疾病预防控制中心共16个主要机构组成)的运行质量进行控制,按周统计分析主要监测医院流感样病例占就诊者的百分比(ILI百分比),并采集流感样病例鼻咽拭子进行流感病毒分离鉴定,对分离到的毒株提取病毒RNA,用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增血凝素基因重链区(HAI区)基因片段,产物纯化后测序并进行核苷酸相似性、基因进化树和氨基酸变异分析.结果 深圳市2005-2007年流感活动水平在各年间有所波动,呈现夏季高峰,2006和2007年5-7月为流行高峰期.2005-2007年流感病毒的分离率分别为4.78%(114/2385)、5.77%(212/3674)和12.12%(343/2831),分离毒株数多少与ILI百分比的季节波动相关,按周分离率与ILI百分比的变化趋势基本一致.2005和2006年甲3亚型所占比例分别为25.46%(28/114)和2.83%(6/212),而2007年成为优势毒株,占62.68%(215/343).甲3亚型病毒HA1区序列进化树分析发现,虽然进化树的主干基本按照毒株分离的时间先后发展,与不同年度WHO推荐的疫苗株先后一致,但2005-2007年的主要流感毒株共分为5个分支,2005-2006年毒株在第Ⅰ～Ⅲ分支,2007年4-6月和5-12月形成2个分支,与同期WHO推荐的疫苗株不在一个进化分支,深圳甲3亚型流感病毒的变化较早,出现疫苗株滞后现象.所有毒株未见HA1区序列缺失和插入,受体结合位点和二硫键位点氨基酸也显保守,一些位点出现了不同属性氨基酸的置换,并导致个别潜在的糖基化位点的丢失或增加,但尚不能判定为新变种.结论 深圳市可能属于我国流感病毒变异较早的地区之一,甲3亚型流感病毒在人群中呈活跃状态;常规季节性流感监测与病毒分子变异分析结合,能为毒株的演变及其流行病学意义提供及时、重要的信息.     

河北省甲3亚型流感病毒流行株对金刚烷胺耐药性分析

目的 分析河北省2004-2008年流感流行期甲3亚型流感病毒流行株对金刚烷胺的耐药情况,为流感的临床治疗用药提供科学依据.方法 选取河北省流感监测实验室分离的136株甲3亚型流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR扩增流感病毒M2基因片段,纯化产物进行核苷酸序列测定,用生物信息软件分析其与耐药有关的氨基酸位点.结果 136株甲3亚型流感病毒分离株中,128株M2蛋白跨膜区耐药位点的氨基酸被置换,显示对金刚烷胺耐药率为94.12%.128株耐药株中,3株发生了V27A置换,占2.34%,125株发生了S31N置换,占97.66%,在这125株中有5株同时发生了V27I和S31N 位点置换,占4.00%,3株同时发生了A29T和S31N位点置换,占2.40%.2004-2008年4个流行期甲3亚型流感病毒耐药率分别为78.95%(30/38)、100.00%(2/2)、100.00%(89/89)和100.00%(7/7).结论 自2005-2006年流感流行期以来,河北省甲3亚型流感病毒流行株对金刚烷胺的耐药率达到100.00%,提示不应该继续使用金刚烷胺类药物预防或治疗流感.