PCR及Real-time PCR评价细菌DNA提取方法

目的:比较几种不同的细菌DNA提取方法,建立一种适于PCR和Real-time PCR的细菌DNA提取方法.方法:分别用蛋白酶K法、碱裂解法、Chelex-100 NP40、Chelex-100 TritonX-100法和水煮法提取同种浓度大肠杆菌DNA,测定OD260/280;用不同方法提取不同浓度的大肠杆菌DNA,进行PCR和实时荧光定量PCR扩增,比较灵敏度.结果:5种方法提取细菌DNA,其中Chelex-100 NP40 法纯度(OD260/280=1.79±0.03)最高,此方法所提取的DNA产物进行PCR及Real-time PCR扩增未见假阳性及假阴性,其灵敏度为10个/ml细菌浓度.结论:Chelex-100 NP40的细菌DNA提取方法纯度及灵敏度高,且适应于PCR及Real-time PCR.     

套式PCR检测细菌16SrRNA基因

目的　应用套式PCR建立快速检查方法来检测血液中是否含有细菌。方法　采用细菌 1 6SrRNA基因通用引物 ,通过套式PCR方法对细菌进行扩增 ,并对其灵敏度、特异性作一评价。结果　临床常见细菌扩增反应为阳性 ,其他病原微生物及人类基因组DNA为阴性。结论　本法具有敏感、快速、特异、准确的优点 ,是一种可靠的实验手段     

改良的降落PCR与普通PCR结果比较

目的：设计并验证一改良的降落PCR(MTD—PCR)程序。方法：自盐藻bardawi1中提取基因组DNA作为PCR模板，使用TaqDNA聚合酶及pfu DNA聚合酶，运用普通PCR和MTD—PCR程序，扩增胡萝卜素生物合成相关基因(cbr)上游启动子序列，并电泳比较PCR扩增产物的特异性。结果：使用普通Taq酶进行PCR，普通PCR程序产生200bp，500bp和1272bp的3条带，而MTD—PCR程序仅克隆出1272bp的特异带；利用高保真的pfu DNA聚合酶作PCR，在MTD—PCR泳道中也仅有1272bpl条带，而普通PCR除了产生1272bp的特异带外，还出现1条500bp的非特异带。结论：无论使用普通Taq酶或高保真酶pfu，改良的MT—PCR程序均明显提高PCR的特异性，提示它可用于克隆普通PCR难以克隆的基因片段，或在假阳性难以去除的情况下提高PCR的特异性。     

荧光定量PCR检测土拨鼠肝炎病毒核酸方法的建立

目的建立土拨鼠肝炎病毒(woodchuck hepatitis virus,WHV)核酸的荧光定量PCR(Real-time PCR)检测方法,应用于土拨鼠肝炎病毒模型的研究。方法分别根据土拨鼠肝炎病毒核心抗原(WHcAg)和表面抗原(WHsAg)的DNA序列设计13对扩增引物,从中筛选无非特异性扩增及引物二聚体且灵敏度高的引物,用于土拨鼠血清中WHV DNA的Real-time PCR检测。建立感染土拨鼠肝炎病毒的土拨鼠血清中WHV核酸的Real-timePCR检测方法。结果根据WHsAg基因的5’端设计的一对引物WHVSF1与WHVSR1,检测灵敏度可达1×101拷贝/μL,病毒拷贝数与Real-time PCR Ct值的标准曲线的R2值为0.997,且电泳未见明显非特异性条带及引物二聚体。结论建立了土拨鼠血清中WHV DNA的Real-time PCR检测方法,该方法为进一步研究土拨鼠肝炎病毒模型奠定了基础。     

PCR技术检测RH株弓形虫组织内感染的实验研究

目的：建立敏感，特异的聚合酶链反应（PCR），以检测组织内弓形虫感染。方法：优化PCR反应关键步骤的条件。以相同的B1引物扩增相近的病原体判断其特异性，扩增倍比稀释的DNA检测其灵敏度，并以PCR法检测实验鼠肝，血中DNA的动态变化。结果与免疫组化法进行比较。评价其检测生物学样本的可行性。结果：实验建立的PCR技术的灵敏度能达到检测出一个虫体的DNA，且特异性强，不扩增鼠DNA，人DNA，隐孢子虫，卡氏肺孢子虫，鼠疟原虫的DNA，检测实验感染小鼠血，肝脏样本，在感染后2天，3只鼠血样本PCR结果阳性，3只小鼠肝标本2只阳性；感染后3天至濒死前后有小鼠检测结果均阳性；血样本阳性检出率100%（11/11），肝脏组织样本阳性检出率81.8%(9/11)。结论：PCR方法是一种敏感，特异快速的诊断方法，可用于诊断血和肝脏组织内的弓形虫。     

病原性真菌PCR检测方法的建立

目的：建立一种快速、灵敏和特异的病原性真菌的检测方法。方法：选取真菌18S rRNA保守区的一对寡核苷酸序列作为通用引物,对10种真菌、3种常见细菌及80例临床标本进行PCR扩增。结果：所试10种真菌均能扩增出一条约400bp的DNA片段,而3种细菌则无此扩增条带。通过对80例临床标本的检测,证实PCR法和常规培养法结果基本一致。此外,对白色念珠菌检测的最低限为10pg的DNA。结论：PCR方法检测临床常见真菌有较高的灵敏性与特异性,有助于临床真菌感染性疾病的诊断与治疗。     

Chelex-100法快速提取革兰氏阳性杆菌基因组DNA

目的探索一种快速、高效提取革兰氏阳性杆菌基因组DNA的方法。方法采用Chelex-100法提取14株革兰氏阳性杆菌的基因组DNA,利用PCR技术扩增16SrRNA基因及4个单拷贝管家基因以评价提取核酸的质量。结果 Chelex-100法能够在20min内从革兰氏阳性杆菌中提取出基因组DNA,所提取的DNA可直接用于PCR扩增。所有菌株的16SrRNA基因及棒状乳杆菌的4个单拷贝管家基因均扩增成功,PCR产物经电泳检测目的条带清晰特异,与预期目的片段长度相符。结论 Chelex-100法具有快速、高效、安全、经济的特点,采用这种方法提取的革兰氏阳性杆菌的基因组DNA可直接作为PCR扩增的模板。     

粪便基因组DNA提取方法比较及在沙门菌定量PCR检测中的应用

目的 建立并优化1种可用于临床微生物检测的粪便微生物基因组DNA提取方法并应用于沙门菌定量PCR快速检测.方法 分别利用土壤微生物基因组DNA提取试剂盒法、微生物基因组DNA提取试剂盒法和本实验室改进酚/氯仿抽提法提取腹泻患者粪便基因组DNA,根据沙门氏菌16srDNA、 dT等基因或DNA功能区序列设计PCR引物,进行多基因定量PCR检测.结果 3种方法提取的基因组DNA均可进行有效的定量PCR扩增,采用所建立的多重PCR方法可特异鉴别粪便沙门氏菌.结论本研究改进的粪便基因组DNA提取方法及临床微生物的定量PCR检测可在较短的时间内实现对大量临床样品快速诊断,有一定应用前景.     

HBV C区基因克隆和PCR条件优化

目的 建立PCR优化条件和方法,探讨HBV C区基因在乙型肝炎PCR检测中的应用价值,为荧光定量PCR检测HBV摸索条件.方法 将HBV基因组导入DH5α大肠杆菌,SDS碱裂解法小量提取大肠杆菌阳性构建质粒DNA,设计合适引物对HBV C区基因进行PCR扩增,对PCR条件中的退火温度、Mg2＋浓度进行了优化,并比较三种不同Taq DNA聚合酶的灵敏度.结果 转化的大肠杆菌质粒DNA最佳退火温度为58℃,最佳Mg2＋浓度为1.5mM,同时确定天源公司的Biostar Taq DNA聚合酶灵敏度最高,扩增到10-6.结论 确立了HBV C区PCR的优化条件,将为后期进行荧光定量PCR检测HBV感染奠定基础以及为探索更有效的检测方法提供实验依据.     

淋球菌PCR诊断法的研究

目的：探讨检测淋球菌的有效方法。方法：用PCR方法诊断淋球菌，同时再检查其它5种细菌是否出现非特异性扩增，灵敏度最少可检出5个淋球菌，结果：PCR方法检查阳性120例，同时作淋球菌培养，出现阳性62例，细菌培养阳性占PCR阳性的51．67％，结论：PCR检测法具有特异，灵敏，快速等特点，同时检出率也高于细菌培养。     

CHIKV Real-time PCR检测方法的建立及试剂盒研发

目的建立快速特异检测基孔肯雅病毒的Real-time PCR方法及试剂盒。方法根据发表在Genbank上15株基孔肯雅病毒基因序列全长,应用ClustalW2.0和DNAMAN8软件筛选出位于其E1基因上的种内保守种间特异的目的片段,并据此设计出最优引物。人工合成该基因片段并构建重组质粒,对重组质粒梯度稀释后,再利用SYBR Green I Real-time PCR的方法检测该特异基因的浓度,建立标准品曲线,用于临床上基孔肯雅病毒的早期诊断。结果琼脂糖凝胶电泳结果显示,标准品的PCR扩增产物的电泳条带长度与目标条带一致,测序结果显示与目标条带序列一致,说明引物与阳性质粒性能良好。经优化确定CHIKV荧光定量PCR反应体系中最佳的引物浓度为350 nmol/L,最佳的反应条件为：50 ℃ 2 min;95 ℃预变性2 min;以95 ℃ 15 s,60 ℃ 15 s,72 ℃ 1 min进行40个循环扩增,在72 ℃进行荧光采集。根据荧光定量PCR熔解曲线出现特异性单峰,并对黄病毒属成员登革病毒和寨卡病毒的检测为阴性,表明该检测方法特异性高;检测阈值达302 拷贝 ,显示敏感性好,重复试验的变异系数均小于0.1%,说明该实验设计稳定性良好。结论基于该方法的试剂盒具有特异性好、灵敏度高、重复性好、能够快速定量等优点,有利于临床上基孔肯雅病毒的早期诊断,具有良好的应用前景。     

肝、肾移植术后受者人巨细胞病毒巢式PCR检测

目的 探讨巢式PCR（Nest PCR)检测器官移植术后受体人巨细胞病毒（HCMV）DNA，并与传统ELISA法作方法学对照。方法 巢式PCR针对HCMV AD169株IEA基因设计内外两对引物，对59例肝、肾移植术后受体（肝移植27例、肾移植32例）血、尿标本进行HCMV DNA检测。分离血清作ELISA检测IgG、IgM。结果 血液Nest PCR阳性率肝移植62.9%，肾移植46.8%；ELISA法阳性率：IgG35.5%,IgM27.1%,IgG IgM18.6%，IgM阳性标本（16例）DNA检测皆为阳性，6例IgG、IgM皆阴性标本DNA检测仍为阳性。结论 巢式PCR是一种敏感特异、简便快速诊断HCVM感染的方法，灵敏度及特异性高于传统ELISA，能弥补ELISA的假阴性，更适用于临床检测器官移植术后HCMV感染。     

巴尔通体实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立灵敏、特异的SYBR—Green荧光定量PCR检测巴尔通体的方法,以用于巴尔通体的实验室快速诊断和自然疫源地的流行病学研究。方法利用离心柱法抽提鼠血中巴尔通体细菌基因组DNA,在荧光定量PCR检测仪上检测基因组中枸橼酸合酶gltA的Ct含量,结合熔解曲线的Tm值进行分析,建立实时荧光定量检测法。结果检测62份阳性菌株。Ct值小于30,Tm值在81—83℃范围内;检测309份鼠血抽提的基因组DNA样品,阳性128份,阳性率为38．19％。结论建立了检测巴尔通体枸橼酸合酶gltA的SYBR—Green荧光定量PCR方法,较常规培养法更快捷、简便、敏感,适合大面积调查巴尔通体在鼠群中的分布情况,为流行病学的深入研究提供科学依据,并可作为检测巴尔通体的技术储备。     

如何提高PCR检测的准确率

PCR是近年来发展起来的一种快速的特定DNA片断体外扩增的一种方法。广泛应用于传染病、遗传性疾病和血液病等。具有特异性强、灵敏度高、简便快速、样品取材范围广等特点。但是．由于PCR强大的扩增能力与检测的敏感性．极微量的污染即可导致假阳性、假阴性的产生。如何在检测中避免污染，提高实验的准确率呢?根据我室多年的实践，总结了几点     

转基因番茄中外源目的基因检测方法的筛选

目的用普通PCR和real-time PCR两种方法检测转基因番茄中的外源基因,通过优化条件建立一种灵敏、准确检测转基因番茄中外源基因的方法。方法以防龋用转基因番茄为实验材料,通过SDS和植物基因组DNA提取试剂盒两种方法提取植物总DNA,用普通PCR和real-time PCR检测转基因番茄中的外源目的基因。结果植物基因组DNA提取试剂盒提取样品在琼脂糖凝胶电泳图上出现单一条带,条带清楚无拖尾,而用SDS法检测时常会出现拖尾现象。用普通PCR法重复检测40株转基因番茄平均检出率为88.75%,出现假阴性结果,而用real-timePCR法检测相同样本未出现假阳性或假阴性结果,检出率为100%。结论植物基因组DNA提取试剂盒结合real-time PCR技术是检测转基因番茄中外源目的基因的一种准确、灵敏的方法。     

PCR检测人巨细胞病毒感染的研究

目的：建立快速简便的聚合酶链反应(PCR)方法检测入巨细胞病毒(HCMV—DNA)。方法：根据国外文献报道的HCMV基因序列,利用计算机辅助设计并选出一对寡核苷酸引物,扩增片段为370hp。结果：在370bp处出现DNA扩增带者为HCMV—DNA阳性。结论：PCR技术检测HCMV—DNA敏感、特异,有望应用于临床作为HCMV感染的早期诊断方法。     

临床研究3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙型肝炎患者血清中HBV DNA的比较

目的 比较3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙型肝炎患者血清中乙型肝炎病毒(HBV) DNA的灵敏度和特异度,初步探讨其用于HBV DNA检测的临床价值.方法 用3种免核酸提取PCR试剂盒分别检测30例慢性乙型肝炎患者及30例阴性参比血清标本中的HBV DNA,以荧光定量PCR结果为标准,比较3种试剂检测灵敏度和特异度.结果 3种试剂盒的HBV DNA阳性检出率分别为93.3%(28/30)、96.7%(29/30)、100%(30/30);3种试剂检测HBV阴性的特异度均为100%;3种试剂检测灵敏度A公司为103 IU/mL,B、C公司均为102 IU/mL.结论 使用免核酸提取PCR试剂检测HBV快速、简便、高效,可用于临床HBV DNA快速检测.     

猴D型反转录病毒巢式PCR检测方法的建立

目的建立SRV-1巢式PCR检测方法并进行初步应用。方法针对SRV-1env基因的保守区序列,设计特异性引物,以感染SRV-1 Raji细胞提取出的含有前病毒DNA的基因组DNA为模板,进行巢式PCR反应。扩增产物测序后与GenBank报道的序列进行同源比对。将DNA样本进行10倍梯度稀释,以检测巢式PCR反应的灵敏度。使用该方法对正常Raji细胞以及感染SIV、STLV的外周血淋巴细胞DNA样本进行扩增,检测该方法的特异性。用建立的巢式PCR方法检测40份储存猴血标本。结果使用巢式PCR扩增出的特异片段经测序分析,结果证实与GenBank报道的序列一致。所建立的巢式PCR检测法检测限度可达1.5×10-3ng/μL,而且方法特异。用此方法检测40份猴血标本,未检测到阳性标本。结论初步建立SRV-1的巢式PCR检测方法,该方法灵敏、特异,为SRV-1的检测提供了一个快速、有效的手段。     

建立PCR方法检测日本血吸虫感染性钉螺

目的建立灵敏及特异的PCR方法检测日本血吸虫感染性钉螺。方法根据日本血吸虫18S-rRNA基因,设计1对引物,建立检测日本血吸虫感染性钉螺的PCR方法。测定PCR扩增产物的DNA序列,并进行PCR方法的灵敏性、交叉反应以及群体检测试验。结果PCR扩增日本血吸虫感染性钉螺,得到了与靶DNA位置相同的产物,测序长度为469bp,与靶DNA相同且序列一致,并将序列登陆Genbank,注册号:DQ442999。扩增阴性钉螺无产物出现。灵敏性试验提示,PCR方法可以检测出日本血吸虫毛蚴DNA的最低浓度为40pg/μl;交叉反应试验显示,该方法不能扩增出被单尾尾蚴感染的钉螺DNA;群体检测试验表明,PCR方法可以检测出被感染钉螺提取DNA的最高稀释度为1:640。结论初步建立检测日本血吸虫感染性钉螺的PCR方法,灵敏、特异且具有良好的群体检测效果。     

PCR结合斑点杂交诊断肺结核

[[摘要] 目的 评价PCR结合斑点杂交诊断肺结核的临床应用价值。方法 应用PCR方法扩增呼吸道标本中结核分枝杆菌IS6110内的一段长度为188bpDNA片段,分别用地高辛随机引物标记DNA探针斑点杂交（PCR-斑点杂交）和琼脂糖凝胶电泳（PCR-电泳）检测扩增的PCR产物,通过比较,明确PCR-斑点杂交诊断肺结核是否优于PCR-电泳。肺结核的诊断以呼吸道标本结核分枝杆菌培养阳性作为诊断金标准。结果 PCR-斑点杂交方法检测临床可疑肺结核患者298例呼吸道标本（痰液246例,诱导痰52例）结果显示其诊断肺结核总的灵敏度90.6%,特异度93.8%, 而PCR-电泳方法总的灵敏度84.0%,特异度94.3%,经McNemar 检验,P〈0.05。结论 PCR结合斑点杂交能快速、敏感诊断肺结核,有助于临床及时治疗。 [关键词] 结核分枝杆菌; 肺结核; PCR 斑点杂交; 分子生物学诊断; DNA探针