北京市2018—2019年献血筛查发现的HIV-1毒株分子特征研究

目的 分析北京市献血者中筛查出的人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者流行毒株及分子传播特征,为献血人群的艾滋病防治工作提供数据。方法 对2018—2019年献血筛查HIV-1阳性而报废的血液样本118份,针对病毒pol区部分片段进行基因扩增和测序,运用系统进化分析技术构建贝叶斯（Bayesian inference, BI）和最大似然（Maximum Likelihood, ML）系统进化树,确定HIV毒株亚型,并与从NCBI数据库下载来自中国各省份的23 823条HIV-1序列应用HyPhy2.2.4与Cytoscape3.7.2软件构建分子传播网络。结果 从收集HIV-1阳性报废血液样本成功获得pol区基因序列118条,系统进化分析显示,主要亚型为CRF01_AE 54份（占45.8%）和CRF07_BC 48份（占40.7%）。CRF01_AE中的Cluster 4和Cluster 5簇和CRF07_BC的MSM簇,所占比例分别为25.4%（30/118）、20.3%（24/118）和34.7%（41/118）。在0.5%基因距离阈值下,共有14条序列与数据库中序列发生关联;进入分子网络中HIV-1毒株亚型包括CRF01_AE（6例）、CRF07_BC（6例）、B（1例）和CRF67_01B（1例）。献血人群中的HIV感染者在分子网络中与12个省的HIV感染人群病毒序列相关联,重点关联的依次为来源于北京、上海、深圳三个大城市MSM人群的感染毒株。结论 北京市献血者筛查出的主要HIV-1流行毒株为CRF01_AE和CRF07_BC,在MSM人群占据优势的CRF01_AE Cluster 4、CRF01_AE Cluster 5和CRF07_BC MSM簇,在献血筛查HIV-1阳性人群中同样属于主要流行簇。分子网络分析未发现该人群中大规模的聚集性传播,进入分子网络的毒株主要与北京、上海、深圳三个大城市来源于MSM人群感染毒株相关联。提示强化献血人群健康教育,有效阻断有高危行为的MSM人群参与献血。     

江苏省2006年新发现感染者的HIV-1分子流行病学研究

目的:了解人类免疫缺陷病毒在江苏省的亚型分布特点,初步探讨传播途径与病毒亚型间的关系.方法:收集2006年新发现HIV-1者的流行病学资料;用EDTA-K3抗凝的全血,提取病毒RNA,用逆转录巢式PCR扩增env基因的C2-V3区和gag基因.先用ClustalX对所得序列和参考株序列进行比对,然后用MEGA3.1构建进化树和亚型分析.结果:江苏省共发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B、C、CRF02_AG、A1 7种亚型,其中主要流行的亚型是CRF01_AE,占31.6%(24/76);其次为CRF07_BC,占25%(19/76);B亚型占19.7%(15/76).在异性性传播途径中,共发现CRF07_BC、B、CRF01_AE、C、CRF08_BC5种亚型,其中CRF07_BC、B、CRF01_AE分别占32.6%、23.3%、20.9%.在同性性传播途径中,共存在CRF01_AE、CRF07_BC、B、CRF08_BC 4种亚型,主要流行株均为CRF01_AE,占63.6%.在静脉吸毒者中,共发现CRF07_BC、B、CRF01_AE、A1、CRF02_AG 5种亚型,CRF01_AE是该类人群的主要流行株,占58.4%.结论:流行于江苏省的HIV-1亚型种类较多;除CRF02_AG和A1亚型外,其余5种亚型均存在于性传播途径中;经性传播途径感染HIV-1可能是我省HIV-1亚型日趋复杂化的主要原因.     

深圳市2010年HIV-1分子流行病学调查

目的了解2010年艾滋病病毒-1型（HIV-1）毒株亚型在深圳市的流行情况,为预防和控制HIV在本市的流行提供有价值的资料。方法收集2010年深圳市HIV-1确认为阳性的样本150例,应用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）技术,对该样本膜蛋白基因（env基因）和核心蛋白（gag基因）进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果共有128份样本获得分型结果,其中CRF01_AE重组株占63.3%（81/128）,B’亚型占14.1%（18/128）,CRF07_BC重组株占13.3%（17/128）,CRF08_BC重组株占7.0%（9/128）,C亚型占0.8%（1/128）,A1亚型占1.6%（2/128）;CRF01_AE重组株以吸毒传播、异性性传播和同性性传播为主,分别占其感染人群的23.5%、45.7%和30.9%,CRF07_BC、CRF08_BC重组株以异性性传播和同性性传播为主,分别占各感染人群的41.2%、58.8%和66.7%、33.3%%,B’亚型主要分布在性传播、献/输血和母婴传播人群。本文首次在吸毒人群中发现A1亚型。结论 2010年深圳市的HIV-1是以CRF01_AE重组株、B’亚型、CRF07_BC和CRF08_BC重组株为主要流行毒株,也存在A1和C亚型;CRF01_AE重组株是各传播途径人群中的主要流行株,并且CRF01_AE重组株在各人群中所占的比例高于国内其他地区。     

深圳市HIV-1毒株的流行状况

目的了解深圳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株亚型及流行情况,分析其传染来源和传播规律。方法应用巢式聚合酶链反应技术,对122例在深圳市发现的HIV-1感染者外周血单个核细胞中的env基因和gag基因进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果122份样本中共存在CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC3种重组毒株以及B'、B、C3种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为45.1%(55/122)、31.1%(38/122)、6.6%(8/122)、14.8%(18/122)、1.6%(2/122)和0.8%(1/122)。CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC、B和B'亚型间的组内离散率分别为(4.455±1.478)%、(2.997±1.345)%、(4.380±2.024)%、(5.186±2.487)%和(4.869±2.638)%,与部分国内和国际参考株01AE.TH.90.CM240、97CNGX-9F、CN.97.C54A、B.US.83.JRFL、RL42核苷酸序列间的离散率分别为(5.228±0.823)%、(3.634±1.073)%、(4.233±1.119)%、(4.950±2.564)%、(5.795±2.198)%。CRF07_BC和CRF08_BC亚型以吸毒人群为主,CRF01_AE重组亚型以性途径和吸毒人群为主,B和B'亚型主要分布在静脉吸毒、性传播和献/输血人群。结论深圳地区有3种亚型和3种重组亚型HIV-1毒株流行,CRF01_AE、CRF08_BC重组亚型和B'亚型为主要流行毒株,CRF01_AE是性传播人群中的主要流行毒株,CRF08_BC和CRF01_AE是静脉吸毒人群中的主要流行毒株。     

一组分离自男男性行为人群HIV-1毒株的近似全长序列分析

目的对5名北京市男男性行为者体内人类免疫缺陷病毒-1（HIV-1）全基因组特征进行全面分析。方法采用淋巴细胞共培养法分离出病毒,并采用RT-PCR法扩增出其近似全长基因组,测序后对其基因序列特征进行深入分析。结果经系统进化和重组分析,分离出的5株病毒分属CRF07_BC、CRF01_AE和B亚型。病毒虽然分属不同亚型,但膜区糖基化位点的数目和分布位置都趋于保守,V3环顶端序列存在GPGR和GWGR两种形式,嗜性预测皆为M嗜性。结论男男性行为人群中HIV-1流行毒株存在CRF01_AE、CRF07_BC和B亚型。本研究获得的全长序列将为研究HIV-1各亚型在男男性行为人群中的传播和进化提供理论依据。     

广西钦州市2016—2018年新报告HIV感染者不同基因型首次CD4+T细胞计数分析

目的 分析钦州市2016—2018年新报告HIV感染者的HIV基因型构成,比较感染者不同HIV亚型亚簇的首次CD4⁺T淋巴细胞计数（CD4）,为艾滋病防控工作提供数据支持。方法 选取艾滋病综合防治信息系统中钦州市2016—2018年新发现HIV感染者,对感染者血浆进行病毒RNA提取、逆转录扩增、测序和亚型亚簇判定。采用Kruskal-Wails H秩和检验比较三种主要HIV亚型感染者的首次CD4,采用Wilcoxon秩和检验比较两种主要HIV亚簇感染者的首次CD4。结果 本次研究共纳入1 666例HIV感染者。CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC三种主要亚型的构成比分别是56.7%（945/1 666）、9.3%（155/1 666）和27.4%（457/1 666）,其首次CD4的中位数（四分位数间距）[M（P₂₅,P₇₅）]分别是146（37,308）、254（181,375）和218（112,348）个/μL。CRF01_AE (Cluster 1)和CRF01_AE (Cluster 2)亚簇的构成比分别是10.4%（174/1 666）和42.0%（700/1 666）,其首次CD4的M（P₂₅,P₇₅）分别是185（43,344）、128（34,293）个/μL,CRF01_AE (Cluster 2)毒株同国内和越南的参考株成簇。CRF01_AE感染者的首次CD4低于CRF07_BC和CRF08_BC感染者(Z=-6.32, P<0.05; Z=-6.05, P<0.05);CRF01_AE（Cluster 2）感染者首次CD4低于CRF01_AE（Cluster 1）感染者（Z=-1.98, P<0.05）。结论 2016—2018年钦州市新报告HIV感染者基因亚型中以CRF01_AE为主,其首次CD4低于其他亚型;该亚型中Cluster 2亚簇构成比最大,其首次CD4低于Cluster 1亚簇;以Cluster 2为代表的CRF01_AE基因型毒株在当地造成的艾滋病流行危害大。     

Gene analysis of HIV-1 gag gene in blood donors in Guangzhou.

目的 了解广州地区献血人群中人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)亚型的流行规律及其与国际参考株的同源性.方法 从32例经疾控中心用蛋白印迹法确认为HIV-1阳性的无偿献血者的血浆中提取核酸,用RT-PCR进行gag基因扩增,并对扩增产物进行测序和序列分析.结果 32例标本中有3种HIV-1亚型:14例(43.8%)为CRF01_AE重组亚型,其中12例与国际标准株01_AE.CN.2005.05GX156最接近,平均基因距离为0.043 54;2例与国际标准株01_AE.VN.1998.98VNBG6最接近,平均基因距离为0.056 00;13例(40.6%)为CRF07_BC重组亚型,与国际标准株07_BC.CN.2007.07CNBJ550最接近,平均基因距离为0.026 69;5例(15.6%)为01B型,与国际标准株01B.CN.2008.08CYM003最接近,平均基因距离为0.060 42.结论 广州地区献血人群中HIV-1亚型以CRF01_AE和CRF07_BC为主.     

深圳市528例HIV-1感染者的分子流行病学特征

目的 研究深圳市HIV-1病毒亚型、传播途径的分布特征,为艾滋病的整体防控工作提供帮助.方法 采集528例HIV-1病毒感染阳性病例的流行病学信息及标本,运用逆转录巢式聚合酶链反应方法对病毒基因进行扩增、测序,确定基因亚型,并进行统计分析.结果 528例HIV-1感染者中86.6％为性传播途径感染.528份样本中共发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF02_ AG等4种毒株及B、B’、C、A1等4种亚型,其中以CRF01_AE、CRF07_BC、B为主要流行毒株或亚型,其构成情况为54.5％(288/528)、25.0％(132/528)、9.3％(49/528).CRF01_AE在男男同性恋感染者、异性性途径感染者、吸毒感染者的构成比分别为51.2％、59.3％、66.0％.结论 深圳市HIV-1感染者以性传播途径为主.病毒型别呈现多样性特征,性传播、吸毒感染人群中以CRF01_AE为主要流行毒株,血液途径感染人群以B亚型为主要流行毒株.     

深圳市HIV-1主要流行株外膜蛋白V3环氨基酸变异分析

目的 了解深圳市HIV-1主要流行株膜蛋白V3环氨基酸变异情况。方法 收集深圳市1996—2010年HIV确认阳性样本389份,应用巢式聚合酶链反应（Nested-PCR）技术,对样本膜蛋白(Env)基因V3-V4区进行扩增,并对核苷酸序列进行测定,判定亚型结果。对获得的CRF01_AE、CRF_BC、B’和B重组株/亚型的核酸序列进行比对和翻译,分析其V3环氨基酸变异情况。结果 227例CRF01_AE重组株V3环顶端四肽主要为GPGQ(184/227,81.1%),199例(87.7%)可预测使用CCR5辅助受体,12例(5.3%)使用CXCR4辅助受体;55例CRF_BC重组株V3环顶端四肽主要为GPGQ(54/55,98.2%),50例(90.9%)可预测使用CCR5辅助受体,5例(9.1%)不能预测;49例B’亚型毒株V3环顶端四肽主要为GPGR(39/49,79.6%),25例(51.0%)可预测使用CCR5辅助受体,3例(6.1%)使用CXCR4辅助受体,21例(42.9%)不能预测;10例B亚型毒株V3环顶端四肽主要为GPGR(5/10,50.0%),8例(80.0%)可预测使用CCR5辅助受体,2例(20.0%)使用CXCR4辅助受体。CRF01_AE、CRF_BC、B’和B亚型毒株V3环净电荷数分别为3.29±0.97(n=227)、3.11±0.42(n=55)、3.73±0.93(n=49)和3.50±0.97(n=10)。结论 深圳市HIV-1 V3 环顶端四肽主要为GPGQ和GPGR,病毒辅助受体使用以及表型预测结果表明深圳市HIV-1的流行仍以复制速度较慢的非合胞体诱导型病毒为主。     

广西柳州1998—2018年新发现HIV阳性者基因亚型亚簇变化

目的 了解广西柳州1998—2018年新发现HIV阳性者基因亚型亚簇变化情况。方法 选取HIV阳性者,采集全血标本进行DNA提取、pol基因区扩增、测序和判定亚型。采用趋势卡方检验分析不同时间段亚型亚簇变化情况。结果 自2007年起检测发现CRF01_AE 的cluster 3和cluster 4两个亚簇,自2010年起检测发现CRF55_01B亚型。广西柳州地区流行的亚型、亚簇种类在增加。1998—2006年、2007—2009年、2010—2014年和2015—2018年这四个时间段,CRF01_AE亚型的构成比分别为95.3%（346/363）、96.7%（734/759）、94.8%（1 536/1 620）和88.0%（499/567）;CRF01_AE亚型cluster 1的构成比分别为93.4%（339/363）、91.8%（697/759）、89.3%（1 447/1 620）和79.5%（451/567）,趋势卡方检验表明CRF01_AE亚型和cluster 1感染者的构成比呈下降趋势（P<0.01）。CRF55_01B亚型在2010—2014年和2015—2018年分别发现为7和12人。结论 CRF01_AE为广西柳州市的主要流行亚型,但该亚型感染者的构成比有下降趋势;该地区CRF01_AE亚型中亚簇和HIV亚型种类的增加,提示可能存在新的HIV毒株传入。     

深圳市龙岗区新确证HIV/AIDS病例的亚型分布及耐药分析

目的 了解深圳市龙岗区新增确证艾滋病病毒感染者（HIV）/艾滋病病人（AIDS）的流行病学特征、HIV-1亚型分布及耐药株流行状况,为当地的艾滋病防控提供参考依据。方法 对深圳市龙岗区2016—2019年新报告HIV/AIDS病例开展流行病学横断面研究,按年分层随机抽取432例HIV/AIDS患者血清并提取病毒RNA,一步法逆转录PCR和巢式PCR法扩增HIV-1 pol区基因并测序,以邻接法（Neighbor-Joining method, NJ）构建系统进化树鉴定亚型,通过美国斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药分析。结果 研究对象1 519例中男性占比最高（88.61%,1 346/1 519）,广东省以外户籍居多（66.16%,1 005/1 519）,同性传播比例多于异性传播,54.58%(829/1 519)新增病例的CD4+T淋巴细胞≥350个/μL。成功获得368份pol基因序列,共发现11种HIV-1基因亚型及17例独特重组型（URF）,优势亚型为CRF01＿AE和CRF07＿BC,其他包括CRF55＿01B、B亚型、CRF08＿BC、CRF 59＿01B,C亚型、G亚...     

南宁市静脉注射吸毒人群HIV-1基因亚型及耐药性分析

目的 了解南宁市静脉注射吸毒人群（IDUs）中HIV-1流行基因亚型及其耐药性,为辖区艾滋病防治策略制定提供科学依据。方法 收集2017年南宁市静脉注射吸毒人员HIV感染者血浆样本总共68份,提取病毒核糖核酸(RNA),通过巢式PCR对HIV pol基因片段进行扩增测序,构建系统进化树进行基因分型,并将序列提交至美国斯坦福大学HIV耐药数据库分析,利用pol基因测序结果分析HIV-1亚型和耐药性情况。结果 68份血浆样本中巢式PCR成功扩增基因片段62份,系统进化分析显示检出3种HIV-1重组基因亚型, CRF_01-AE亚型占72.6% (45/62)、CRF_07-BC亚型占12.9% (8/62)、CRF_08-BC亚型占14.5% (9/62) ,CRF01_AE 型为主要流行亚型。χ²检验分析显示在性别、年龄、民族、婚姻4个人口学特征中62份样本HIV-1亚型组成差异无统计学意义（P>0.05）。62份样本中3例CRF_08-BC亚型发现T69S耐药突变,1例CRF_01-AE亚型发现L210W突变,1例CRF_07-BC亚型发现A71V突变。结论 南宁市IDUs人群HIV-1感染者中至少存在3种HIV-1基因亚型流行,CRF_01-AE重组型为优势流行株,研究中出现的耐药突变位点为低度耐药突变位点,应密切监视其流行趋势。     

辽宁省阜新市抗病毒治疗患者HIV-1 DNA耐药情况及亚型分析

目的 了解阜新市已接受HAART患者HIV耐药株的发生及基因亚型分布情况。方法 采集全血标本进行白细胞富集和前病毒DNA提取,巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因并测序,使用MEGA以及斯坦福大学HIV耐药数据库等工具对序列信息进行分析。结果 在112份全血标本中获得101例有效基因序列,CRF01_AE亚型占84.16%(85/101),CRF07_BC 亚型占8.91%(9/101),B亚型占3.96%(4/101),CRF65_cpx亚型占1.98%(2/101),G亚型0.99%(1/101);耐药分析显示27例患者发生耐药位点突变,其中,19例对核苷类逆转录酶抑制剂耐药,主要耐药突变位点为M184I/V,14例对非核苷类逆转录酶抑制剂耐药,主要耐药突变位点为G190S,对两类逆转录酶抑制剂同时耐药的样本有6例,尚未出现蛋白酶抑制剂耐药突变患者;治疗时间以及基线CD4水平的差异对耐药突变具有统计学意义。结论 阜新市HIV-1存在5种亚型,CRF01_AE为主要流行亚型;耐药情况的研究为更科学有效地指导艾滋病防治工作提供参考依据,应继续加强耐药监测,掌握基线数据,严防耐药株的流行。     

辽宁省99例人类免疫缺陷病毒1感染者gag-pol区基因序列分析

目的 研究辽宁省人类免疫缺陷病毒／艾滋病（HIV／AIDS）患者gag-pol区的基因序列特征。方法采集辽宁省99例HIV-1感染者外周静脉血,提取前病毒DNA,经巢式PCR方法扩增gag—pol区2．6kb片段,与HIVS序列数据库中亚型参考序列共同构建系统进化树以区分亚型,并计算gag—pol区不同编码区域的基因离散率和Ks／Ka比值。结果 在辽宁省99例HIV-1感染者中发现A、B’、B、C、G5种亚型,循环重组型CRF01_AE、CRF03_AB、CRF06_cpx、CRF07_BC、CRF08_BC5种循环重组型和循环重组型间的重组ICR07／08。以B’亚型最多见,其次为CRF01_AE。在gag—pol区内,p17区、p2-p6区基因离散率高于p24区、蛋白酶及逆转录酶编码区。但B亚型p24区基因离散率处于较高水平。CRF07_BC和CRF08_BC在gag-pol各区基因离散率及同义替换、错义替换普遍处于较低水平。各亚型毒株的p2-p6区的Ks／Ka值最低,其均值〈1,而CRF01_AE毒株RT区的Ks／Ka值高达10．45。结论 辽宁省流行的HIV-1 gag—pol区亚型十分复杂。p24、蛋白酶及逆转录酶编码区是更为保守的区域。B亚型毒株的p24区承受较大的正向选择压力,CRF01_AE毒株RT区承受了较大的负向选择压力。CRF07_BC和CRF08_BC传入辽宁省的时间较短,奠基者效应明显。     

HIV-1B’亚型及CRF07_BC重组毒株感染者中和反应特征分析

目的探讨我国主要流行的HIV～1B’和CRF07-BC重组毒株感染者中和反应特征。方法采用基于Env假病毒的以表达CD4及CCR5／CXCR4的TZM-bl细胞系为靶细胞的中和抗体测定方法,测定40例感染时间在3年左右的HIV—CRF07-BC重组毒株感染者及31例感染时间在10年以上的HIV-1B’亚型毒株感染者血浆对11株包括B（4株）、CRF07BC（3株）、CRF01-AE（3株）及中和敏感毒株（1株）Env假病毒的中和反应,并分析感染者血浆的中和宽度和中和强度。结果B’亚型毒株感染者在中和宽度及亚型交叉中和强度方面均高于感染时间相对较短的CRF07BC重组毒株感染者,B’亚型感染者对CRF01-AE亚型病毒的中和活性显著高于CRF07-BC重组型感染者：而CRF07-BC重组型感染者对同亚型病毒的中和强度则显著高于B’亚型感染者。结论HIV-1感染者中和抗体宽度以及对异源病毒的中和活性与感染时间正相关,适度的病毒抗原刺激有助于广谱中和活性的产生。