23S rRNA基因在临床常见致病菌检测中的应用

目的　根据临床常见致病菌 2 3SrRNA基因序列的差异 ,建立可初步鉴别革兰阴性菌和革兰阳性菌的分子生物学方法。方法　分析常见细菌的 2 3SrRNA基因序列 ,设计相应引物。采用多重PCR扩增标准菌株及临床分离株 2 3SrRNA基因 ,并根据电泳结果作出初步分类。结果　革兰阴性菌株均出现 1条DNA电泳条带(约为 35 0bp) ,而革兰阳性菌株则出现 2条电泳条带 (约为 2 5 0和 4 0 0bp)。 6 0株临床分离菌经PCR扩增、电泳后 ,电泳分析结果与常规鉴定结果符合率达 10 0 %。结论　 2 3SrRNA基因检测用于细菌初步分类鉴定 ,具有快速、灵敏、准确的特点 ,可为细菌感染的实验室诊断提供客观依据     

小儿常见感染菌16S—23S rRNA基因区间的分子生物学研究

目的：探讨聚合酶链反应（PCR）加限制性内切酶片段长度多态性（RFLP）分析在细菌rDNA区间检测中的应用。方法：以16S－23S RNA基因区间为靶序列,设计引物,选择合适的内切酶,采用PCR法加RFLP法检测标准菌株及临床菌株的rDNA区间。结果：26株不同的标准菌株经PCR扩增后,分别出现一条带,两条带,三条带及多条带的不同DNA图谱,敏感性试验可检出2．5CFU的细菌,与人类基因组DNA,真菌及病毒无交叉反应,其中14种菌经一步PCR扩增即可区分,另12种菌除肺炎克雷伯氏菌与坚韧肠球菌经Hinf I或Alu I酶切后仍不能区分外,其余经其中一内切酶酶切后均能区分,32例血培养阳性标本均扩增出与相应标准菌株相一致的图谱。结论：16S－22S rRNA区间基因PCR．扩增加RFLP技术检测细菌rDNA区间,具有特异,敏感,快速,准确的特点,为细菌感染的病原诊断提供新的科学依据。     

16S rRNA基因检测在支原体鉴定中的应用

支原体是能在无生命的培养基中生长的最小原核细胞型微生物。目前对支原体感染的实验室诊断方法主要是分离培养和血清学检测,但两种方法均存在一定的缺陷。随着对支原     

慢性前列腺炎患者前列腺液细菌16S rRNA基因的检测

目的通过采用聚合酶链反应(PCR)技术对慢性前列腺炎患者前列腺液中细菌16S rRNA基因检测,探讨PCR方法诊断慢性前列腺炎细菌学病因的价值。方法收集102例慢性前列腺炎患者的前列腺液进行细菌培养,同时采用PCR法检测前列腺液中细菌16S rRNA基因,并测定和分析所得片段的DNA序列。对培养结果与PCR法检测结果进行了比较。结果102份前列腺液标本中,细菌培养法18例阳性,84例阴性,阳性率17.7%;PCR法71例阳性,31例阴性,阳性率69.6%。细菌培养法与PCR法检测结果比较,其差异有统计学意义(P<0.05)。测序结果显示DNA序列与GenBank公布的16S rRNA基因序列具有很高的同源性。结论PCR技术对慢性前列腺炎的临床诊断具有重要意义。     

用PCR技术检测常见致病菌的临床应用

摘要： 以聚合酶链反应（PCR）为基础的分子检测技术具有特异性强、灵敏度高、操作简便、耗时短的特点,此技术已越来越多地应用于致病菌的临床检测。大肠埃希菌（Escherichia coli）、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)、金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）、沙门菌属（Salmonella）、志贺菌属（Shigella）等细菌是临床较为常见的致病菌,往往对患者造成严重的危害。本文主要讨论了PCR技术对以上常见致病菌检测的临床应用研究状况,并展望了应用前景。     

23S rRNA基因在常见病原菌鉴定中的应用

目的建立基于23S rRNA基因的一种常见病原菌菌种鉴定的分子生物学方法。方法使用地高辛标记的通用引物扩增常见病原菌的23S rRNA基因，并在尼龙膜上固定根据扩增产物序列设计的菌种特异性探针，根据反向杂交结果判断病原菌种类。选取临床分离获得的菌株验证该方法的有效性。结果通用引物可特异性扩增细菌23S rRNA。应用该方法可鉴定金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、肺炎链球菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、绿脓假单胞菌、嗜麦芽窄食单胞菌和洋葱伯克霍尔德菌。检测临床标本结果显示，与常规培养方法的符合率为99％。结论该方法可用于常见病原菌的鉴定。     

23S rRNA通用引物的设计及在气性坏疽快速检测中的应用

目的 设计23S rRNA通用引物并将其用于气性坏疽快速检测基因芯片.方法 (1)设计23S rRNA通用引物,并对气性坏疽的主要致病菌进行聚合酶链反应(PCR)扩增.(2)对外伤感染中常见其他微生物进行检测.(3)测定该通用引物PCR的灵敏度.结果 (1)设计出1对23S rRNA通用引物,该通用引物对气性坏疽主要病...     

血液细菌16S rRNA基因检测的诊断价值

目的探索快速可靠的检测细菌感染的新方法。方法用PCR技术扩增实验室保留株10株的16SrRNA基因,以乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人类基因组DNA为对照,检测该方法的特异性;采用10倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结果对所测细菌株均获得475bp扩增产物,而与乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人基因组DNA无交叉反应;PCR最低能检测1.5×104/L大肠埃希氏菌。结论16SrRN基因PCR检测细菌感染的方法具有特异性、快速性和敏感性高等特点。     

16S-23S rRNA基因间区在快速鉴定病原菌中的应用进展

分子诊断的方法因具有高度敏感性和特异性，在快速鉴定病原菌中起着越来越重要的作用。16S-23S rRNA间区因存在序列和长度的变异为病原菌的基因诊断提供了一个有力工具。本文就其结构特点和在病原菌鉴定中的应用作一综述。     

PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对常见食源性感染致病菌23S rDNA基因的鉴定

目的 探讨应用PCR-RFLP和PCR-SSCP进行食源性感染常见致病菌鉴定的可行性。方法 选择细菌23 S rDNA基因作为靶基因,设计合适的通用引物进行PCR扩增,对13种食源性感染常见致病菌扩增产物的酶切片段进行RFLP和SSCP分析：结果通用引物可以扩增出13种食源性感染常见致病菌的23 S rDNA基因,Hpn Ⅱ酶切产物的RFLP分析表明,不同种属的致病菌表现出不同的RFLP图谱;SSCP分析表明,13种食源性感染常见致病菌SSCP图谱变异性更大,不利于种属间鉴别,但有利于种内的鉴定。结论 运用PCR-RFLP和PCR-SSCP可以进行食源性感染常见致病菌的鉴定诊断、     

16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组DNA,运用16SrRNA、16S-23SrRNA基因进行PCR扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心（NCBI）上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的19种临床血流感染常见细菌中,16SrRNA基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA成功鉴定17种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论16S-23SrRNA基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

常见分枝杆菌种内不同株之间16S rRNA基因和16S-23SrRNA ITS序列分析结果的比较

目的 针对常见分枝杆菌不同株对其基因序列进行分析,比较分析结果.方法 利用16S rRNA Gene和16S-23S rRNAITS(转录间隔区序列)分析法分别对97株共7种DSMZ/ATCC引进的常见分枝杆菌进行种内不同株之间基因差异性分析,对比两种分型结果的异同.结果 16S rRNA基因可将13株草分枝杆菌分为3...     

儿童肺炎支原体23S rRNA基因位点突变检测分析

目的了解儿童肺炎支原体(MP)大环内酯类耐药基因(23SrRNA)位点突变,以及与临床资料的相关性。方法收集该院354份肺炎患儿的呼吸道标本,采用实时荧光定量PCR法检测MP及23SrRNA位点突变(A2063G或/和A2064G)情况,并将MP阳性患儿分成位点突变组和未突变组,比较两组之间的临床资料。结果 354份呼吸道标本中,166份检测为MP阳性(46.9%),且135份MP阳性标本中存在23SrRNA基因位点突变(阳性检出率81.3%),31份未检测到23SrRNA基因位点突变。分析突变组和非突变组的临床资料发现两组在年龄和性别方面比较差异无统计学意义(P0.05),但突变组的重症肺炎和肺外并发症发生率高于未突变组(P0.05),且平均住院时间和平均发热时间均较未突变组长(P0.05)。结论 MP 23SrRNA基因位点突变的较高检出率提示MP对大环内酯类耐药率较高,这为临床MP的感染、治疗提供一定的参考依据。     

革兰阴性菌中16SrRNA甲基化酶基因的检测

目的 了解大连2所医院临床分离革兰阴性菌中介导高水平氨基糖苷类抗生素耐药的16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtB的流行情况,并研究其耐药机制.方法 收集临床分离的耐阿米卡星的革兰阴性杆菌134株.PCR法筛选2种甲基化酶基因armA及rmtB;PCR产物进行测序.质粒提取、接合试验及转化试验确定armA及rmtB基因定位.琼脂稀释法测定阳性菌株、结合子和转化产物对阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素3种氨基糖苷抗生素的MIC值.结果 134株耐药菌株中,21株鲍曼不动杆菌检出armA基因,5株大肠埃希菌和5株肺炎克雷伯菌检出rmtB基因.质粒抽提试验及接合试验rmtB阳性菌获得成功.接合子及转化产物DH5a(pMDarmA)均获得高水平耐氨基糖苷类抗生素的特性. 结论 大连2所医院检测到16S rRNA甲基化酶基因armA和rmtB阳性菌株.armA基因存在于鲍曼不动杆菌中;rmtB基因位于大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌的质粒上.armA和rmtB可以导致细菌对氨基糖苷类抗生素的高水平耐药.     

Simple multiplex real-time PCR for rapid detection of common 16S rRNA methyltransferase genes

We have developed a real-time multiplex PCR assay to detect the three most common 16S rRNA methyltransferase genes (armA, rmtB and rmtC), which encode problematic high-level resistance to all clinically-relevant aminoglycoside antibiotics. All results were consistent with published conventional PCR assays and these genes still appear rare in Australia.     

PCR primers targeting the 16S rRNA gene for the specific detection of streptomycetes

Streptomycetes are filamentous actinobacteria commonly found in soil and biotechnically important, but they also have adverse effects on human health. In this work, two primer pairs, StrepB/StrepE and StrepB/StrepF combined with Bst YI restriction endonuclease digestion, targeting the 16S rRNA gene of streptomycetes were designed. The specificity of the primers was determined by polymerase chain reaction (PCR) amplification from Streptomyces strains and near relatives. All streptomycetes tested positive and non-streptomycetes were not amplified except three strains that, however, gave Bst YI restriction endonuclease digestion results distinct from streptomycetes. Moreover, both primer pairs gave an amplification product of the expected size only when Streptomyces VTT E-99-1334 DNA was present in the template DNA mixture isolated from six bacterial and three fungal strains. The primers were further successfully used to amplify from DNA isolated from two soil and two building material samples. The 40 sequenced amplification products obtained with the primer pair StrepB/StrepE showed greater than 96.1% similarity to streptomycete 16S rRNA sequences. Seventy PCR amplification products obtained with the primers StrepB/StrepF were analysed by sequencing and restriction analysis. All 54 PCR products having >95.7% similarity to streptomycete sequences were cleaved with Bst YI. No false-positive results were achieved. Both primer sets proved to be specific for streptomycetes, and applicable for the detection of streptomycetes in environmental samples.     

A novel RT-PCR for the detection of Helicobacter pylori and identification of clarithromycin resistance mediated by mutations in the 23S rRNA gene

In this study we evaluated the commercially available LightMix® RT-PCR assay for Helicobacter pylori detection and identification of clarithromycin (CLR) resistance in culture and clinical specimens (gastric biopsies and stool). The H. pylori LightMix® RT-PCR detects a 97 bp long fragment of the 23S rRNA gene and allows the identification of 3 distinct point mutations conferring CLR resistance via melting curve analysis. The performance of the H. pylori LightMix® RT-PCR was evaluated using a set of 60 H. pylori strains showing phenotypical CLR susceptibility or CLR resistance (Minimum inhibitory concentrations from 0.016 to 256 mg/L). We found high concordance (95%) between phenotypical CLR resistance screening by E-Test® and the Lightmix® RT-PCR. Discrepant results were verified by sequencing of the 23S rRNA gene that always confirmed the results obtained by Lightmix® RT-PCR. Furthermore, H. pylori was detected in clinical biopsy and stool specimens by Lightmix® RT-PCR that identified the correct H. pylori genotype. The LightMix® RT-PCR is an accurate, sensitive and easy to use test for H. pylori and CLR resistance detection and can therefore be readily implemented in any diagnostic laboratory.