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相似文献
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1.
目的 基于网络药理学和分子对接研究槲皮素治疗心力衰竭(HF)的分子机制。方法 利用TCMSP、PharmMapper、CTD和GeneCards数据库得到槲皮素和HF相关靶点,通过在线Venn网站得到槲皮素-HF交集靶点,构建蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.2得到槲皮素治疗HF的核心靶点。通过R包进行GO、KEGG通路富集分析,利用Auto Dock Vina进行分子对接。通过蛋白质免疫印迹检测槲皮素处理HF细胞模型的AKT1、Phospho-AKT(Ser473)、eNOS、MMP9和Caspase-3的蛋白水平。结果 分析得到80个槲皮素-HF交集靶点,槲皮素治疗HF核心靶点5个:AKT1、CASP3、MAPK1、MMP9和MAPK8。GO分析中,生物过程集中在对肽类激素的反应、磷脂酰肌醇介导的信号传导、脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和炎症反应的调节等。KEGG通路富集分析表明富集最显著的信号通路为:脂质与动脉粥样硬化通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-AKT信号通路、糖尿病心肌病和MAPK信号通路。分子对接显示槲皮素对5个核心靶点具有良好的结合活性。蛋白质免疫印迹结果显示,100 μmol/L 槲皮素可明显降低心力衰竭细胞AKT1、Phospho-AKT(Ser473)、eNOS、MMP9和Caspase-3水平(P<0.01)。结论 槲皮素可能通过调节AKT1-eNOS-MMP9通路抗凋亡从而改善心力衰竭的病理变化。  相似文献   

2.
[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。  相似文献   

3.
目的 借助网络药理学联合分子对接技术探讨高良姜治疗抑郁症的作用机制。方法 通过TCMSP数据库 检索高良姜有效成分及靶点,使用GeneCards数据库获取抑郁症疾病靶点基因,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1 软 件构建PPI网络图并获取蛋白互作关系,筛选出高良姜治疗抑郁症的核心靶点;借助David数据库对相交靶点进行GO功 能分析以及KEGG通路富集分析,得到高良姜治疗抑郁症的潜在作用通路。结果 筛选出高良姜 13 种活性成分和 169 个高良姜治疗抑郁症的潜在作用靶点,包括JUN、MAPK1、AKT1、RELA、ESR1、IL6、MAPK14、MAPK8、RXRA等核心 靶点;GO功能解析得到 654 个生物相关过程、85 个细胞组分及 147 个分子功能;KEGG富集解析获得 171 条相关通路, 分子对接验证了核心靶点与高良姜主要成分具有较强结合力。结论 高良姜可通过多个靶点、多条通路治疗抑郁症。  相似文献   

4.
目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨双氢青蒿素(DHA)治疗干燥综合征(SS)的潜在分子机制。方法 从PubChem、GeneCards、OMIM和TTD数据库中获取DHA和SS的交集靶点,通过STRING数据库和Cytoscape 3.8.2构建蛋白相互作用(PPI)网络分析,利用DAVID数据库进行GO功能富集与KEGG通路富集,最后使用AutoDock Vina对DHA和SS关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出31个交集靶点和EGFR、ERBB2、 CASP1和MMP9等12个核心靶点。分子对接结果表明,DHA与EGFR、CASP1和MMP9之间有较好的结合活性。结合KEGG和GO分析显示细胞坏死性凋亡、内分泌抵抗等通路可能影响SS细胞异常凋亡和免疫炎症反应。结论 青蒿素衍生物DHA可能通过“多靶点-多通路”的方式调控细胞异常凋亡,减轻免疫炎症反应,发挥治疗SS的作用。  相似文献   

5.
目的 运用网络药理学方法探索苦参治疗房颤的作用靶点与通路及相关分子机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苦参的主要化学成分及作用靶点,根据ADME筛选中药活性组分和作用靶点基因,在Genecards和OMIM数据库中检索房颤(Atrial fibrillation)相关作用靶点基因,对二者进行比较分析,取重复值,得到苦参治疗房颤相关作用靶点;利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-疾病靶点-通路网络。以苦参活性成分及钠通道阻滞剂雷诺嗪为配体,通过CB-Dock网站分别与SCN5A进行分子对接。结果 苦参治疗房颤的主要靶点有IL-6、AKT1、VEGFA、CASP3、JUN、MAPK1、PTGS2、MMP9、IL-1β、SCN5A,苦参治疗房颤的生物学通路主要为AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。分子对接提示苦参活性成分芸豆球蛋白、大豆抗毒素、木犀草素与SCN...  相似文献   

6.
目的 探讨土家药飞龙掌血抗肝癌的潜在活性成分及作用机制。方法 通过HERB、PubChem、Swiss Target Prediction数据库检索飞龙掌血的化学成分、作用靶点和通过DisGeNET数据库、OMIM数据和NCBI数据库筛选飞龙掌血抗肝癌的潜在活性成分;利用Cytoscape 3.7.2软件、String数据库、R 4.1.3软件构建韦恩图、“药物-活性成分-共同靶点-疾病”网络关系图、PPI网络模型、GO功能、KEGG通路富集分析;利用Pubchem、PDB数据库,Chem Bio3D Ultra 14.0软件、PyMOL 2.4.0软件和Auto Dock Tools 1.5.6软件对核心靶点和关键活性成分进行常规处理分子对接。结果 一共筛选出飞龙掌血活性成分19个,成分作用靶点449个,飞龙掌血与肝癌的共同靶点140个;AKT1、VEGFA、EGFR、CASP3 SRC等可能为飞龙掌血抗肝癌的重要靶点;关键活性成分为氧化白屈菜红碱(oxychelerythrine)、氯化两面针碱(nitidine chloride)、二氢白屈菜红碱(dihydrocheleryth...  相似文献   

7.
目的:通过网络药理学和分子对接法,分析玉屏风散治疗非小细胞肺癌的作用机制。方法:检索相关文献和TCMSP数据库,查询玉屏风散的化学成分和作用靶点,查询Genecards、OMIM、DisGeNET、Drugbank等疾病数据库,以"non-small cell lung cancer"为关键词搜索疾病相关靶点,选取与玉屏风散靶点的交集靶点作为研究靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,进一步通过拓扑参数筛选出治疗核心靶点,并进行GO分析和KEGG信号通路富集分析,最后加以分子对接验证。结果:筛选得到玉屏风散37个活性成分,与疾病共同靶点146个,核心靶点44个。GO分析和KEGG分析表明核心靶点参与影响血管生成、细胞增殖等多种生物过程,作用于AGE-RAGE、IL-17、TNF、MAPK等多种信号通路,分子对接显示核心化合物与靶点具有良好的对接活性。结论:网络药理学分析显示玉屏风散治疗非小细胞肺癌涉及多靶点,多通路作用机制,药物与靶点具有良好的对接活性,可为后续试验研究提供理论依据。  相似文献   

8.
目的 采用网络药理学方法、液质联用(LC-MS)及分子对接技术分析黄芪-莪术药对治疗卵巢癌(Ovarian cancer, OC)的有效成分、关键靶点及作用机制。方法 通过TCMSP、SWISS、Drugbank、DisGeNET和GeneCards等数据库及文献研究,合并LC-MS定量分析的黄芪-莪术药对代表性成分信息,获得药对潜在活性成分并筛选其抗OC的主要作用靶点,并借助Metascape数据库对其进行GO功能富集和KEGG通路分析;运用AutoDock Vina对黄芪-莪术核心活性成分与关键作用靶点进行分子对接验证其结合活性。结果 整合网络药理学及LC-MS技术筛选得到黄芪-莪术药对治疗OC核心活性成分主要为黄芪中黄酮类化合物及莪术中姜黄素类化合物;PPI分析发现其潜在关键靶点为TP53、AKT1、VEGFA、MYC、EGFR等;GO、KEGG富集分析结果涉及调节信号通路的蛋白激酶,并与MAPK、HIF-1等信号通路密切相关;分子对接结果显示,黄芪-莪术药对治疗OC的核心成分与关键靶点具有较强的结合活性。结论 采用网络药理学方法联合LC-MS及分子对接技术,可快速分析黄芪-莪术...  相似文献   

9.
目的 采用网络药理学和分子对接的研究方法,预测肾衰方慢性肾病(chronic kidney disease, CKD)心肌损伤的作用机制。方法 利用TCMSP数据库、Herb本草组鉴数据库(http://herb.ac.cn/)和SWISS Target prediction数据库筛选活性成分靶点信息,然后通过Uniprot数据库筛选出人类靶点和规范基因名;使用Cytoscape 3.7.2软件作药物-有效成分-靶点网络图;选用GeneCards数据库收集疾病相关靶点;利用Venny 2.1建立“肾衰方”抗CKD心肌损伤的基因靶点数据库;利用String数据库构建主要成分靶点互作网络并筛选关键靶点;然后导入Cytoscape 3.7.2软件进行拓扑分析和构建PPI网络图,最后用DAVID平台进行Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)通路富集分析(P<0.05)和Gene Ontology(GO)生物学功能注释。结果 经过筛选,肾衰方活性化合物为252个;肾衰方与CKD心肌损伤共同靶点649个,其中AKT1、TNF、MAPK3、...  相似文献   

10.
目的 基于网络药理学探讨黄芪桂枝五物汤防治糖尿病周围神经病变(DPN)的作用靶点及分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪桂枝五物汤组方药物的化学成分,运用SwissTargetPrediction数据库预测成分的潜在作用靶点;通过TTD、DisGeNET、GeneCards数据库获得DPN基因靶标。经韦恩分析得到交集靶点;利用STRING 11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;运用Cytoscape 3.7.2构建黄芪桂枝五物汤防治DPN的药味-成分-靶点-通路-疾病网络,通过拓扑学分析筛选核心靶点及核心成分,利用DAVID数据库对交集靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析,预测黄芪桂枝五物汤防治DPN的作用机制。结果 获得黄芪桂枝五物汤74个有效成分,包括槲皮素、山柰酚、儿茶素等,得到黄芪桂枝五物汤防治DPN靶点108个,有效成分核心靶点主要有AKT1、MAPK8、AKT2等。KEGG通路富集结果表明,黄芪桂枝五物汤主要作用于缺氧诱导因子信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、糖尿病并发症中晚期糖基化终产物-AGE...  相似文献   

11.
目的 基于超高效液相色谱-质谱、网络药理学及分子对接技术,探索加味过敏煎治疗特应性皮炎(AD)的作用机制。方法 使用超高效液相色谱-质谱方法对加味过敏煎冻干粉及含药血清进行分析,获取加味过敏煎入血成分。SwissTargetPrediction数据库获取加味过敏煎入血成分的靶点,通过检索GeneCards、DisGeNET及OMIM数据库得到AD疾病靶点。Cytoscape 3.9.1软件构建“成分-靶点”及蛋白质互作网络。DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。AutoDock软件对排名前5的活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 共获得57个加味过敏煎入血成分,检索到807个入血成分靶点,2 067个AD靶点,287个交集靶点,筛选出31个核心靶点。KEGG分析主要富集在TNF、JAK-STAT、FcεRI等信号通路。分子对接显示,加味过敏煎活性成分可与核心靶点自发结合。结论 加味过敏煎治疗AD的主要活性成分可能为3-甲基丁酸苯甲酯、肠内酯、荜茇酰胺、镰叶芹二醇、诺米林等,这些活性成分通过作用于STAT3、SR...  相似文献   

12.
目的 探讨黄芪四君子汤治疗乳腺癌化疗后致脾胃气虚型癌因性疲乏(CRF)患者的临床疗效及作用机制。方法 94例脾胃气虚型癌因性疲乏的乳腺癌化疗患者随机分为化疗组47例和中药+化疗组47例。化疗组常规行多柔比星+环磷酰胺或表柔比星+环磷酰胺(AC/EC)方案化疗及心理疏导等非药物性干预,中药+化疗组是在化疗组基础上加用黄芪四君子汤口服治疗,21 d 为1个疗程,观察服药1个疗程后疲乏情况(Piper疲乏修订量)。依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)、GeneCards、NCBI基因以及OMIM数据库检索得到黄芪四君子汤的活性成分和靶点蛋白以及CRF、乳腺癌相关疾病靶点,构建蛋白互作(PPI)网络,并对靶标进行基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,运用AutoDock软件预测主要药物化合物与CRF关键靶点的结合度。结果 中药+化疗组对CRF患者的躯体疲乏、情感疲乏、认知疲乏3个维度评分及疲乏总评分情况明显好于化疗组(P<0.001);本研究共筛得黄芪四君汤250个靶标、癌因疲乏相关基因2653个、乳腺癌相关基因15 329个,方药与疾病交集靶标161个,构建PPI网络,拓扑分析筛得最可能的关键靶点66个,GO及KEGG富集分析预测出与疾病相关的多条作用通路;分子对接研究提示黄芪四君子汤的核心成分均与AKT1、CASP3、IL6、JUN、VEGFA关键靶点有较好的亲和力, 且AKT1可能是黄芪四君子汤治疗癌因性疲乏的最重要核心靶点。结论 黄芪四君子汤可明显改善乳腺癌癌因性疲乏,其作用机制可能主要通过AKT1调控 PI3K-Akt等信号通路相关基因的表达,进而发挥抗CRF的药理效应。  相似文献   

13.
目的 基于网络药理学及分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制。方法 利用 TCMSP、SEA、Swiss 和PharmMapper数据库预测四妙丸活性成分的作用靶点,运用GeneCards和TCD数据库检索与高尿酸血症相关的疾病靶点。使 用Cytoscape 3.6.1构建蛋白质相互作用网络图,通过STRING平台对四妙丸治疗高尿酸血症的靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用SwissDock平台进行分子对接,预测主要化合物与关键靶点的结合度。结果 本研究共筛选出四妙丸中的28种活性成分及429个潜在靶点,与高尿酸血症相关的疾病靶点有494个,得到四妙丸与高尿酸血症的共同靶点有118个,并筛选出其中几个关键靶点AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3进行分子对接,对接结果显示AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3与小檗红碱、表小檗碱、豆甾醇、谷甾醇等具有良好的结合活性。预测AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3可能是四妙丸治疗高尿酸血症的关键靶点。KEGG通路富集分析结果显示四妙丸可能通过TNF信号通路、IL-17信号通路、细胞凋亡信号通路等多条信号通路治疗高尿酸血症。结论 四妙丸是通过多组分、多靶点和多途径协同治疗高尿酸血症,为后续进一步研究四妙丸的活性成分及作用机制提供了依据。  相似文献   

14.
目的 探究补肾化痰方治疗多囊卵巢综合征的主要活性成分、靶点、通路等药理学作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出补肾化痰方中药物的主要活性成分,使用 PubChem和Swiss Target Prediction预测活性成分相关作用靶点;应用GeneCards、OMIM筛选治疗疾病多囊卵巢综合征的作用靶点;将药物靶点与疾病靶点通过Uniprot校正后,取交集靶点;结合STRING构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2中的CytoNCA插件对交集靶点进行PPI分析,筛选出核心靶点;采用DAVID数据库进行基因功能GO富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock对补肾化痰方中的核心活性成分和核心靶点进行分子对接验证。以动物实验进行验证,24只SPF级雌性C57BL/6J小鼠按随机数字表法分为3 组:对照组[n=8,1 mg/(kg?d)生理盐水灌服35 d],模型组[n=8,1 mg/(kg?d)来曲唑溶于1%羧甲基纤维素(CMC)中,连续灌服35 d,并予高脂饲料喂养],治疗组[n=8,造模后予以1 mg/(kg?d)补肾化痰方颗粒剂溶于5%生理盐水中,连续灌服35 d]。小鼠末次给药后,取卵巢组织于-80 ℃保存,Western blot法检测小鼠卵巢组织中核心靶点和核心通路的表达。结果 补肾化痰方中14味中药共筛选出125个潜在活性成分,990个药物靶点,4759个PCOS靶点,药物与PCOS交集靶点434个;核心活性成分主要为β-谷甾醇、山奈酚、槲皮素等,核心靶点主要为PIK3CA、PIK3R1、APP、AKT1、MAPK1等;GO功能富集主要包括药物反应、凋亡过程的负调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等;KEGG富集通路主要包括癌症通路、HIF-1信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路等;分子对接结果显示核心活性成分β-谷甾醇、山奈酚、槲皮素与核心靶点PIK3CA、PIK3R1、APP、AKT1、MAPK1均有强烈的结合能力;动物实验结果表明,补肾化痰方能明显改善多囊卵巢综合征相关症状,并下调PI3K,AKT蛋白表达,上调MAPK1蛋白表达,验证了网络药理学的部分预测结果。结论 揭示了补肾化痰方多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测并通过实验初步验证了补肾化痰方治疗多囊卵巢综合征的可能作用机制。  相似文献   

15.
目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。  相似文献   

16.
目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨参芪地黄汤治疗膜性肾病(MN)的作用,并阐明其机制。 方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选参芪地黄汤中7味中药所含有效成分及相应的靶蛋白,采用GeneCards数据库、孟德尔OMIM数据库和Drugbank数据库获取MN的相关基因靶点,采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,采用STRING 数据库和 Cytoscape 软件制作蛋白相互作用(PPI)网络,并进行拓扑学分析寻找核心靶点,采用分子对接软件对核心靶点与作用于核心靶点的活性成分进行分子对接,筛选出参芪地黄汤治疗MN的核心成分,采用 Bioconductor R 软件进行靶点基因本体论(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。 结果 经筛选后获得参芪地黄汤的有效活性成分55个,药物作用靶点214个,MN相关靶点3 655个,获得药物疾病共同靶点144个,其中核心靶点5个,分别为蛋白激酶B1(AKT1)、表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、肿瘤蛋白P53(TP53)和表皮生长因子受体(EGFR);基于分子对接技术筛选出3个潜在核心成分,包括槲皮素、木犀草素和薯蓣皂素;GO富集分析得出2 268个生物学过程、53 个细胞组成、175个分子功能;KEGG通路富集分析发现169条相关信号通路。 结论 参芪地黄汤可能通过降低炎症水平、抑制肾脏纤维化和维持肾小球滤过屏障的完整性等机制发挥对MN的治疗作用。  相似文献   

17.
<正>红景天是景天属多年生草本植物的根茎,《晶珠本草》记载红景天根茎入药有清热解毒、扶正固本之功效,而红景天苷则是红景天中的主要活性成分,现代药理学研究表明其具有多种药理学活性,包括心血管系统及神经保护、抗炎、抗氧化、抗癌、  相似文献   

18.
目的 利用网络药理学方法探讨益气补肺颗粒对肺癌的免疫调节机制。方法应用中药系统药理学数据库分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、公共化合物数据库(PubChem)、药物靶点预测数据库(Swiss Target Prediction)及人类基因数据库(the Human Gene Database,GenCards)分别获得药物成分、药物潜在靶点和肺癌相关靶点,将二者交集靶点通过String数据平台进行药物-疾病蛋白质互作网络构建,进而利用Cytoscape软件筛选出关键药物成分和核心靶点。通过Webgestalt数据平台进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析;运用AutoDock进行分子对接。结果益气补肺颗粒含有潜在活性成分129个,主要成分包括3-甲氧基光甘草定、甘草酚、菜豆醇、7-甲氧基...  相似文献   

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