白术、苍术种子位点特异性PCR鉴别方法研究

目的: 筛选白术、苍术鉴别SNP位点,并设计特异性引物,实现白术、苍术种子的快速鉴定。方法: 通过测序及GenBank中下载获得白术、苍术的psbA-trnH序列,通过使用Bioedit软件比对获得SNP位点,设计位点特异性PCR引物,将ITS通用引物加入到特异性引物构建多重PCR体系,并优化PCR条件,对白术、苍术种子进行分子鉴定。结果: 构建了多重PCR鉴别体系,通过一个PCR反应,能扩增出苍术、白术约643 bp 的ITS DNA质控条带,扩增出白术172 bp的特异性鉴别条带,实现白术、苍术鉴别。结论: 使用位点特异性PCR技术可以有效鉴别白术、苍术种子。     

蒙古黄芪、膜荚黄芪及混伪品种子的位点特异性PCR鉴别

目的 基于特异性聚合酶链式反应（PCR）建立一种可以准确、快速鉴别蒙古黄芪、膜荚黄芪种子的方法。方法 利用叶绿体基因组综合数据库（CGIR）及IdenDSS软件分别获取蒙古黄芪、膜荚黄芪的DNA特征片段，在此基础上筛选获得蒙古黄芪与膜荚黄芪的特异性单核苷酸多态性（SNP）位点，根据该位点设计蒙古黄芪特异性鉴别引物对MG-F/MG-R和膜荚黄芪特异性鉴别引物对MJ-F/MJ-R。分别建立蒙古黄芪和膜荚黄芪特异性PCR鉴别方法，优化PCR反应体系，并对该方法的专属性和适用性进行考察。结果 蒙古黄芪特异性PCR鉴别方法，采用引物对MG-F/MG-R、退火温度62 ℃、循环次数28次，经PCR扩增和凝胶电泳后蒙古黄芪在约220 bp处得到特异性条带，而膜荚黄芪和其他混伪品种子无条带；膜荚黄芪特异性PCR鉴别方法，采用引物对MJ-F/MJ-R、退火温度58 ℃、循环次数28次，经PCR扩增和凝胶电泳后膜荚黄芪扩增得到约150 bp的条带，而蒙古黄芪及混伪品无扩增产物。结论 该研究建立的特异性PCR鉴别方法，可以准确、快速对蒙古黄芪、膜荚黄芪进行种源鉴别，为黄芪种子的分类与准确鉴定提供了一定的科学依据。     

基于ITS2序列SNP位点鉴定白及药材及其混伪品

为建立白及药材的分子标记鉴定方法,该文提取白及及其混伪品药材的基因组DNA,利用PCR技术扩增rDNA ITS2片段,片段经双向测序、排序、比对,构建邻接树,查找SNP位点。结果显示,ITS2序列不仅能够有效地区分白及与其混伪品,而且存在可用作白及、黄花白及与其混伪药材鉴别的SNP位点。针对标记白及药材的SNP位点设计引物,通过筛选引物和优化特异性扩增条件后,获取引物BJ59-412F,BJ59-412R,HHBJ-225R在同一扩增条件下,可有效扩增白及、黄花白及,其产物长度分别约为350,520 bp,而混伪品则无PCR条带产生。该文所述引物和建立的反应条件可成功将白及、黄花白及与其混伪品药材进行同步鉴定,操作快速、简捷,结果可靠,可作为白及药材的快速分子鉴定方法。     

地龙（参环毛蚓）配方颗粒的位点特异性PCR鉴别

目的 为保障临床用药的安全性和有效性，建立地龙（参环毛蚓）药材及其加工制品混伪、掺假特异性聚合酶链式反应（PCR）鉴定方法。方法 根据地龙氧化酶亚基1（COⅠ）基因序列筛选出地龙配方颗粒的稳定引物区间，并根据区间内筛选获得地龙的特异性单核苷酸多态性（SNP）位点，根据SNP位点设计地龙特异性鉴别引物dlshmy-F及dlshmy-R，分别采集地龙及其混伪品，建立地龙配方颗粒特异性PCR鉴别方法并优化PCR反应体系，对该方法进行耐受性和适用性考察。结果 退火温度为62 ℃，循环次数为36次，地龙及其配方颗粒经PCR反应及凝胶电泳后，可在约170 bp处观察到单一明亮的特异性鉴别条带，其他近源伪品如通俗环毛蚓、保宁腔蚓、栉盲环毛蚓等20种伪品及阴性对照均无条带。结论 该研究建立的特异性PCR鉴别方法可快速准确的鉴别出地龙药材、配方颗粒、冻干粉中的参环毛蚓源性成分，准确鉴定出全国广地龙中药材及饮片以及地龙的基原，也可为其他的中药配方颗粒质量标准研究提供了参考。     

龟甲的特异性PCR及高分辨率熔解曲线技术鉴别方法研究

目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点设计鉴别引物,并对PCR反应条件进行优化;并使用通用引物扩增COI区域,产物直接进行HRM分析。结果:当退火温度为60℃,循环次数为35,使用设计的龟甲特异性鉴别引物GJ-360.F/R进行PCR扩增,经扩增均获得约360 bp特异性鉴别条带,混伪品皆无条带;使用通用引物RonM-tl和Vl-tl进行PCR扩增,产物使用HRM分析,龟甲药材在模板DNA质量浓度为3.5～87.9 ng·μL~(-1)、引物浓度为0.2μmol·L~(-1)、镁离子浓度为2.0 mmol·L~(-1)的条件下,龟甲药材标准熔解曲线为双峰,其T_m均值分别为(83.15±0.76)、(87.53±0.69)℃。结论:特异性PCR和HRM均可作为一种快速准确鉴别龟甲正伪品的鉴定方法。     

基于ITS序列位点特异性PCR的酸枣仁及其混伪品的鉴别

目的:基于ITS序列建立酸枣仁及其市场混伪品的分子鉴定方法。方法:收集酸枣仁及其常见混伪品理枣仁、枳椇子、紫荆子、兵豆,提取总DNA,基于ITS序列设计引物并进行PCR扩增,对扩增产物进行测序,用Bio Edit分析软件进行序列比对,针对变异位点用Primer Premier 5.0设计特异性鉴别引物,进行PCR反应并考察反应条件。结果:ITS序列可以用于酸枣仁及其易混淆品种的鉴别研究,在位点特异性PCR反应条件考察中,DNA模板用量范围应为0.7~2.1 ng·μL-1,退火温度在59℃时特异性最佳,实验建立的方法对不同Taq酶和PCR仪具有普遍适应性。结论:研究设计的位点特异性引物在一定条件下的PCR反应中,酸枣仁能扩增出66 bp的条带,而其他混伪品不能扩增出条带,从而实现了酸枣仁与其混伪品的快速、准确鉴别。     

基于双向位点特异性PCR的金银花真伪鉴别方法研究

目的:筛选获得金银花真伪鉴别SNP位点并建立双向位点特异性PCR方法,用于鉴别金银花和其常见伪品以及两者的混杂品.方法:通过对GenBank收录的忍冬属植物叶绿体trnL-trnF序列进行对比分析,获得金银花真伪鉴别SNP位点;并依据该SNP位点设计特异性引物,对84份金银花基原植物及其市售饮片、伪品进行双向位点特异性PCR扩增,并根据真伪品的特异性条带进行金银花药材鉴别.结果:退火温度为61℃时,正品均出现468 bp的条带,红腺忍冬、华南忍冬、灰毡毛忍冬、黄褐毛忍冬、水忍冬、金银忍冬、郁香忍冬、新疆忍冬、繁果忍冬等9个伪品均出现324 bp的条带,在正品DNA中掺入5％以上伪品时同时出现正品和伪品条带.结论:双向位点特异性PCR可以鉴别金银花真伪品及两者的混杂样品.     

特异性PCR方法鉴别鳖甲药材和饮片

鳖甲为临床常用的动物药材,炮制加工后鳖甲药材及饮片形态特征丢失,难以鉴别。为建立高效稳定的鳖甲DNA鉴别方法,该研究将SDS法与柱纯化相结合,使用通用引物进行PCR扩增和测序,并根据鳖甲及其混伪品序列差异,寻找特异性SNP位点设计了鉴别引物,对PCR反应条件进行优化,并进行适用性及准确性考察。当退火温度为62℃,循环次数为35,使用设计的鳖甲特异性鉴别引物Biejia-272.F/R进行PCR扩增,鳖甲药材、饮片及醋鳖甲均扩增获得约300 bp的特异性鉴别条带,混伪品无条带。该方法可作为一种快速准确鉴别鳖甲正伪品的鉴定方法。     

蜈蚣配方颗粒的位点特异性PCR鉴别

目的 为进一步保障蜈蚣药材及其制品的质量与临床疗效，建立蜈蚣配方颗粒特异性聚合酶链式反应（PCR）鉴别方法。方法 根据蜈蚣细胞色素C氧化酶亚基3（COX-3）基因序列筛选适用于蜈蚣配方颗粒的稳定引物区间，并在区间内筛选获得蜈蚣及其混伪品的单核苷酸多态性（SNP）位点，设计特异性鉴别引物。分别收集蜈蚣及其混伪品，考察退火温度、循环次数、不同Taq酶、DNA模板量、不同PCR仪、不同引物量等因素对PCR鉴别方法的影响，建立并优化PCR反应体系，并对此方法的专属性及适用性进行考察验证。结果 PCR鉴别反应体系为2×M5 PCR Mix 12.5 μL，蜈蚣配方颗粒鉴别引物（10 μmol·L^-1）各0.4 μL，DNA模板2.5 μL，无菌双蒸水9.2 μL。PCR反应参数为94 ℃预变性3 min，循环反应30次（94 ℃变性20 s，62 ℃退火20 s，72 ℃延伸45 s），72 ℃延伸5 min。利用上述PCR反应体系和反应参数对蜈蚣药材及其制品进行扩增，电泳检测结果表明所有正品均可在约135 bp处显示出一条明亮条带，而混伪品无条带。结论 建立的特异性PCR鉴别方法可准确对蜈蚣药材、饮片、标准汤剂冻干粉、配方颗粒中间体、配方颗粒成品进行准确鉴别，为进一步保障蜈蚣药材及其制品的质量具有重要意义。     

何首乌等位基因特异性PCR鉴别方法研究

目的建立一种快速鉴别何首乌真伪的方法。方法通过何首乌及其混伪品的psb A-trn H基因序列,寻找SNP位点并设计特异性引物,对来自于不同产地的何首乌及其3个同属混伪品进行PCR扩增,优化反应体系条件,并对此方法进行考察。结果建立了何首乌特异性PCR的方法,在退火温度48℃、循环次数30时仅有何首乌能扩增得到191 bp的特异性条带,伪品则无。结论等位基因特异性PCR鉴别何首乌真伪方法简单、可靠。     

地龙的多重位点特异性PCR鉴别

目的:近年来,中药材地龙的商品价格不断上涨,市场的混伪品随之增加。其主要鉴别特征在药材中大部分丢失,难以区分。因此,急需建立一种准确、稳定的中药材地龙基原鉴别方法。方法:根据地龙及其混伪品的COI基因序列差异找到变异位点,从而设计参环毛蚓、通俗环毛蚓、威廉环毛蚓及栉盲环毛蚓的特异性鉴别引物,优化反应体系并进行耐受性和适用性的考察和验证。在此基础上将特异性引物组合,构建多重聚合酶链式反应(PCR)体系,从而建立了一种高效准确、操作简便、专属性强、重复性好的中药材地龙及其常见混伪品的多重位点PCR鉴别方法。结果:在该方法下广地龙基原参环毛蚓可得到366 bp片段,沪地龙基原通俗环毛蚓和威廉环毛蚓可得到487 bp片段,栉盲环毛蚓可得到475 bp片段,其他混伪品均无条带。将之组合形成的多重PCR可在一次鉴定操作中根据条带位置同时鉴别沪地龙和广地龙。结论:该文所建立的多重位点特异性PCR鉴别方法可准确鉴别中药材地龙真伪。     

基于特异性聚合酶链式反应的西红花快速分子鉴别研究

 目的 建立一种基于特异性聚合酶链式反应(PCR)及荧光染料检测快速鉴别西红花真伪品的方法。方法 通过对叶绿体基因片段测序和比对分析,找出西红花与其常见掺伪品序列差异,针对差异碱基设计特异性引物,构建并优化聚合酶链式反应扩增反应体系,使用荧光染料法检测聚合酶链式反应产物,实现西红花的快速鉴别。结果 建立了基于psbA-trnH序列的西红花鉴别体系,优化后的聚合酶链式反应反应条件为90 ℃预变性1 min,90 ℃变性5 s,58 ℃延伸5 s,26个循环。在聚合酶链式反应反应产物中加入染料SYBR Green I,西红花正品出现强烈绿色荧光,而伪品无荧光。结论 位点特异性聚合酶链式反应方法可以简单快速鉴别西红花及其掺伪品。     

基于板蓝根及其混伪品叶绿体基因组的mini-barcode开发及其定性能力的研究

[目的]基于板蓝根及其混伪品的叶绿体基因组序列开发mini-barcode并验证其鉴定能力,为板蓝根的质量控制和科学评价提供方法。[方法]从GenBank数据库中下载板蓝根及其混伪品所有已发表的叶绿体基因组序列,导入PhyloSuite v1.2.1软件提取其共有蛋白编码基因并分别对齐,后续使用DnaSP 6软件进行核苷酸多态性分析以筛选出候选DNA mini-barcode区域。通过Geneious软件多序列比对,筛选高变区用于mini-barcode开发。针对候选条形码区域设计引物。采用试剂盒法提取板蓝根药材总DNA分别利用通用ITS2引物和该实验设计引物进行聚合酶链式反应（PCR）和测序。[结果]基于叶绿体基因组的核苷酸多态性分析结果,选择accD基因作为候选mini-barcode开发区域并设计了扩增引物。通过遗传距离和测序数据分析,该分子标记能被成功扩增并实现鉴定。[结论]开发了用于鉴定板蓝根及其混伪品的mini-barcode,为实现DNA降解的板蓝根药材及含板蓝根的中药制剂等混合样本的真伪鉴别奠定基础。     

基于物种特异性PCR方法的鸡内金真伪鉴别

目的:建立鉴别鸡内金及其常见伪品的物种特异性聚合酶链式反应(PCR)方法,对全国中药材及饮片专项抽验任务中所抽取的鸡内金饮片进行真伪鉴别,评价市场上鸡内金的真伪情况。方法:根据鸡、鸭、鹅的12S序列差异,设计或优化物种特异性PCR鉴别引物,对影响PCR结果的主要因素退火温度,PCR循环次数,模板DNA浓度,Taq酶种类等进行方法学考察和优化。使用优化的特异性PCR方法对鸡、鸭、鹅内金样品进行DNA分子鉴别。结果:在进行方法学考察确定最优鉴别条件的基础上,当PCR退火温度为55℃,循环次数为30次的条件下,当使用文中筛选得到的鸡物种特异性鉴别引物时,所测鸡内金饮片均检出约为273 bp的特异性扩增条带,混伪品鸭内金和鹅内金均无相应扩增条带;当使用鸭和鹅鉴别引物时,均未检出相应的扩增条带。结论:位点特异性PCR方法能够快速准确的鉴别出鸡内金真伪品,可用于全国中药材及饮片专项抽验任务中鸡内金的真伪鉴定,目前市场上用鸭内金和鹅内金充鸡内金现象较少,质量评价较好。     

特异性PCR鉴别蜈蚣及其混伪品

目的:蜈蚣是我国传统的中药材,具有良好的药用价值。目前市场上蜈蚣的混伪品日益增多,临床用药的安全性和有效性难以保证。该研究建立了一种蜈蚣基原物种的特异性聚合酶链式反应(PCR)方法,以准确、简便的鉴别蜈蚣及其常见混伪品。方法:通过比较蜈蚣及其混伪品基原物种的COI基因序列差异,根据变异位点设计蜈蚣正品少棘巨蜈蚣的特异性鉴别引物WG-500.F和WG-500.R,采集蜈蚣原动物样本及药材样本,优化反应体系并对此方法进行耐受性和适用性的考察和验证。结果:少棘巨蜈蚣原动物样本及蜈蚣正品药材使用设计的蜈蚣鉴别引物经PCR扩增和凝胶电泳后出约500 bp的单一明亮条带,其他混伪品如多棘蜈蚣、模棘蜈蚣、哈氏蜈蚣、海南蜈蚣等均无条带出现。结论:PCR鉴别方法可准确鉴别蜈蚣原动物和药材的真伪,具有高度特异性,为中药材蜈蚣的真伪鉴别提供了良好的科学依据。该方法具有简单、直观等特点,有利于广泛的普及与应用,在中药材鉴定方面有着广阔的应用前景。     

基于LNA-TaqMan探针实时荧光定量PCR检测技术的药用黄精掺伪研究

目的 建立一种快速、灵敏、有效的实时荧光定量聚合酶链式反应（PCR）方法,用于检测湖北黄精掺伪药用黄精。方法 基于锁核酸（LNA）-TaqMan探针实时荧光定量PCR技术,利用不同基原药用黄精样品的叶绿体DNA中trnC-petN基因序列差异,根据常见混伪品湖北黄精特异性差异位点设计筛选探针引物,并对引物及LNA-TaqMan探针的特异性进行验证。根据扩增曲线临界循环数（C_t）值的差值计算湖北黄精掺伪比例。结果 基于LNA-TaqMan探针能够特异性地检测出湖北黄精并确定掺伪比例,在湖北黄精掺伪1%时,仍可稳定检出。结论 该方法简便准确、稳定可靠,可以用于药用黄精掺伪湖北黄精定量检测。     

三斑海马及其混伪品的DNA条形码分子鉴定研究

目的 建立三斑海马Hippocampus trimaculatus的COI、16 S rRNA和ATP6的条形码序列数据库,应用DNA条形码技术从分子水平快速准确鉴定三斑海马和其他正伪品海马,探讨海马属药材鉴定的新方法。方法 提取三斑海马药材的基因组DNA,PCR扩增COI、16 S rRNA和ATP6的序列并进行双向测序,所得序列采用软件Codon Code Aligner V4.2对测序峰图进行校对拼接,应用ClustalX软件进行序列比对,MAGA5.0软件计算三斑海马的种内种间遗传距离(Kimura2-Parameter,K2P),构建邻接树(Neighbor-joingtree,NJTree)聚类分析不同品种海马药材的鉴定结果。结果 获得的三斑海马线粒体COI、16 S rRNA、ATP6序列长度分别649、572、603～605 bp,其中3个条形码序列的种内变异位点碱基数分别为8、4和15,种内的变异率较小,COI、16 S r RNA、ATP6序列的平均种内K2P遗传距离0.002、0.001和0.006,均远小于三斑海马的种间K2P距离;NJ树结果显示三斑海马与其他海马均可明显区分,具有良好的单系性。结论 COI、16 S r RNA、ATP6序列作为条形码均可以鉴定三斑海马及其他混伪品海马药材,为动物类药材及其混伪品和近源物种的分子鉴定提供依据,为对保障海马临床用药安全提供了新的技术手段。     

柴胡及其常见伪品的DNA指纹鉴定

目的:建立柴胡及其伪品DNA指纹鉴别方法.方法:采用改良的CTAB法提取柴胡及常见伪品的干根基因组DNA,设计鉴别正品柴胡及其伪品的特异性引物,利用PCR扩增技术对正品柴胡及其伪品进行DNA指纹鉴定.结果:改良的CTAB法提取出大小为23 kb的基因组DNA条带,纯度在(1.71±0.11),且经特异引物PCR扩增,只有正品柴胡能扩增出173bp大小的片段,而伪品未能扩增出目的片段.结论:柴胡DNA具有特异性指纹特征,可作为市售柴胡的真伪鉴定依据.     

地龙及其混淆品原动物的形态及DNA双重条形码鉴定

目的基于线粒体cytochrome coxidase I(CO I)和16 S rRNA基因开发DNA双重条形码鉴定方法,由此验证并补充形态鉴定,以期建立一种准确、有效地鉴定地龙及混淆品原动物的方法。方法对收集到的66份样品依据形态特征进行初步鉴定,使用优化后的引物同时扩增CO I和16 S rRNA序列。优化一步法双重PCR实验条件。用MEGA 5.1计算地龙及其混淆品的种内、种间遗传距离,基于K2P模型构建NJ树。结果 CO I和16 S rRNA双重DNA条形码鉴定与形态鉴定结合,可准确鉴别地龙及混淆品原动物。结论形态鉴定是分子鉴定的基础,分子鉴定是形态鉴定的有力补充。二者结合可最大程度地实现地龙及其混淆品原动物的准确鉴定。DNA双重条形码鉴定方法也可为地龙药材鉴定以及其他动物药材的分子鉴定提供参考。     

基于特异性PCR的梅花鹿茸和马鹿茸区分

目的:开发及验证梅花鹿和马鹿茸的特异性聚合酶链式反应(PCR)筛选方法。方法:采集梅花鹿茸、马鹿茸、鹿茸混淆品、香港市场流通的鹿类产品、非鹿科动物、植物和真菌类样品。对鹿类线粒体基因组进行排序,设计及筛选特异性引物,采用特异性PCR对样品进行区分,并进行条件优化和方法学验证。结果:共收集77份样品,对87份线粒体基因组DNA排序并设计9个特异性引物组合。经验证后,CNIP-f/CNIP-r和CELA-f/CELA-r分别选作梅花鹿和马鹿的特异性引物组合,通过PCR可获得223 bp的梅花鹿和248 bp的马鹿特异性条带,作为区分梅花鹿茸和马鹿茸的依据。结论:该方法能作为中药鉴别的补充方案,用于质量控制中涉及动物制品的种属,进一步完善鹿茸饮片鉴别体系。