TaqManTM实时荧光PCR快速检测蜡样芽胞杆菌的初步研究

目的：建立实时荧光TaqMan^TM定量检测蜡样芽胞杆菌的快速检测方法，为食品中蜡样芽胞杆菌污染的调查及食物中毒的快速准确定量检测提供手段。方法：通过分析蜡样芽胞杆菌16SrDNA、23SrDNA、16S-23S ITS、gyrB、groEL、cereolysin AB、HBL（hblA、hblC、hblD）、NHE（nheA、nheC、nheD）、bce—T等目的基因，对比所选取的不同目的基因优缺点，最终选择合适的目的基因16S-23SITS进行同源性分析，并根据GenBank公布的蜡样芽胞杆菌16S-23SITS基因的保守序列，用引物与探针专业设计软件自行设计引物和TaqMan^TM探针，并利用硅胶模型^TM 基因组DNA提取法制备DNA标准品，通过对TaqMan^TM实时荧光PCR退火温度、探针浓度、引物浓度、Mg^2＋离子浓度、缓冲液浓度及酶用量等反应条件的优化，初步建立蜡样芽胞杆菌的实时荧光TaqMan^TM,陕速定量检测方法，并利用该方法对模拟样品进行检测。结果：选取的16S-23S ITS基因同源性达到99％以上，特异性好；所有蜡样芽胞杆菌均含有两段16S-23S ITS基因，有利于提高反应的灵敏度。通过对各实验条件的优化，得出蜡样芽胞杆菌TaqMan^TM实时荧光PCR的最佳反应条件，初步建立起实时荧光TaqMan^TM定量检测蜡样芽胞杆菌的快速检测方法，该方法能在3h左右完成整个检测过程。结论：实时荧光TaqMan^TM定量检测法不但灵敏度好，而且特异性高，检测时间短，能提高蜡样芽胞杆菌的检出率和检测准确性，可望应用于蜡样芽胞杆菌食物中毒的快速准确定量诊断。     

TaqMan-实时荧光PCR快速检测副溶血性弧菌

[目的]建立TaqMan-实时荧光PCR快速检测副溶血性弧菌(Vibrio parahemolyticus,VP)的方法,用于食物中毒快速诊断和食品中VP的污染状况调查。[方法]根据GenBank公布的VP tdh基因序列,设计引物和探针,建立TaqMan-实时荧光PCR快速检测体系,应用于食品中VP检测。[结果]TaqMan-实时荧光PCR快速检测体系灵敏度为1.3×104cfu/ml(33 cfu/PCR反应体系),特异性好,无交叉反应。[结论]TaqMan-实时荧光PCR检测体系灵敏度高,特异性强,能提高VP的检出率和准确性,可应用于VP食品污染状况调查和食物中毒的快速诊断。     

荧光PCR直接检测食物中毒样品中A(B)型肉毒梭菌

目的建立食物中毒样品中肉毒毒素基因的荧光PCR快速检测方法。方法对食物中毒臭豆腐样品进行前处理,直接从样品中提取基因组总DNA,对毒素基因保守区域设计特异性引物和探针,分别进行肉毒梭菌、A型、B型、E型和F型肉毒毒素基因的荧光PCR检测,FAM通道采集扩增荧光信号。结果食物中毒臭豆腐样品经过去蛋白和脂肪等前处理后,可直接提取获得食物基因组总DNA,以总DNA为模板同时进行肉毒梭菌及毒素基因的荧光PCR检测,检出含有A型、B型毒素基因,只有A型毒素基因表达的A(B)型肉毒梭菌。结论荧光PCR方法可快速检测食物中毒样品中的肉毒梭菌和毒素基因,对肉毒梭菌污染食品引起的食物中毒诊断具有参考价值。     

荧光定量RT-PCR快速检测人副流感2型病毒的研究

[目的]建立人副流感2型病毒的实时荧光定量RT-PCR快速检测方法。[方法]根据GeneBank数据库中已有的人副流感2型毒株的HN基因核苷酸序列,用DNASTAR生物软件进行同源性分析比较,选出高度保守且特异的核苷酸区域,用Primer5软件设计人副流感2型病毒的引物和TaqMan核苷酸探针。建立PCR反应体系,并优化反应条件。[结果]建立了人副流感2型病毒的实时荧光定量PCR快速检测方法,并有较高的特异性。[结论]本研究建立实时荧光定量PCR检测方法可以快速的检测人副流感2型病毒,可以用于临床的早期诊断。     

EV71TaqMan PCR检测方法的建立及初步应用

[目的]建立肠道病毒71型(enterovirus71)核酸的特异、快速、敏感的TaqMan探针PCR检测方法. [方法]根据GeneBank发表的EV71全基因组序列,在其VP1基因区段设计特异的引物与探针;以构建的重组质粒为模板,优化探针和引物浓度、最佳反应条件,建立最优化的实时定量PCR方法,评价其灵敏性、特异性和稳定性. [结果]引物和探针有良好的特异性,使用浓度为为0.8μM和0.4μM,可检测到100个RNA拷贝数,较传统的RT-PCR检测方法敏感性提高了100倍;同一样品Ct值重复检测3次,变异系数小于5%,表明该体系具有较好的稳定性. [结论]本研究建立的肠道病毒EV71-TaqMan荧光定量PCR方法,具有特异、灵敏、快速的特点,适用于由EV71感染引起的手足口病等的实验室早期诊断.     

蝎形引物PCR快速检测环境水样中沙门菌方法研究

[目的]以蝎形引物PCR技术为基础建立一套环境水样沙门菌的快速检测方法。[方法]选择沙门菌himA基因设计出以荧光素(FAM)和淬灭物(DABCYL)双标记探针的茎环尾状结构构成蝎形引物，对8种沙门菌和8种非沙门菌经增菌、DNA提取后，以蝎形引物PCR方法进行检测，探讨该检测方法的可行性、特异性和灵敏度，并与普通引物PCR法检测50份环境水样进行比较。[结果]蝎形引物PCR方法检测沙门菌，细菌密度与荧光相对强度存在着量比关系，与普通引物PCR法比较，具有快速、特异、灵敏度高的特点，在50μl PCR及反应体系中最低可检出2cfu沙门菌。[结论]沙门菌蝎形引物在PCR扩增中，探针可特异地与目的DNA片段杂交，使DABCYL不能有效地淬灭FAM产生的荧光，荧光可经仪器直读检出。所建立的快速检测方法可定性或定量的用于环境水样中沙门菌检测。     

荧光PCR和PFGE在副溶血弧菌食物中毒诊断中的应用研究

[目的]探讨荧光PCR和脉冲场电泳（PFGE）在副溶血弧菌食物中毒调查中的应用。[方法]对中毒样品进行荧光PCR检测,副溶血弧菌临床分离株基因组DNA经NotI酶切,通过PFGE获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。[结果]部分样品荧光PCR检测结果呈阳性,同起食物中毒菌株PFGE图谱一致。[结论]荧光PCR可以快速准确的鉴定病原体。PFGE具有很强的菌株同源性分析能力,适用于食物中毒病原菌学鉴定和传染源溯源。荧光PCR和PFGE在食物中毒的快速诊断中可发挥重要作用。     

PCR技术在快速检测沙门氏菌中的应用分析

目的分析PCR技术在快速检测沙门氏菌中的应用,发掘PCR技术的价值和作用。方法采用Taqman探针实时荧光定量PCR技术,针对沙门氏菌吸附和侵袭上皮细胞表面蛋白invA基因设计引物和Taqman探针,快速检测沙门氏菌。结果检测沙门氏菌时,PCR技术与传统的检测技术相比,不仅快速,而且准确,具有较高的实用的价值。结论采用PCR技术,有利于实现快速检测沙门氏菌。     

建立Taqman探针实时荧光PCR检测食品中肠炎沙门氏菌的方法

目的利用Taqman探针实时荧光PCR检测食品中肠炎沙门氏菌。方法根据沙门氏菌属共有基因序列和肠炎沙门氏菌的特异序列分别设计2组引物及探针,运用实时荧光PCR进行特异性、灵敏性及模拟样品的检测实验。结果采用沙门氏菌属探针可检测到25种不同血清型沙门氏菌(共49株),而11株阴性对照菌株未得到扩增;利用肠炎沙门氏菌探针可从25种不同血清型的沙门氏菌(共49株)和11株阴性对照菌株中特异性的检测出全部15株肠炎沙门氏菌;以肠炎沙门氏菌系列稀释度菌液DNA为模板进行实时荧光PCR扩增,菌株的模板浓度与Ct值之间呈现良好线性关系,线性系数(R2)0.993,扩增效率87%,最低检测浓度260cfu/mL;分别接种肠炎沙门氏菌于四种样品进行模拟样品检测,实时荧光PCR检测结果与经典培养鉴定方法的检测结果相吻合。结论实时荧光PCR检测食品中肠炎沙门氏菌的方法特异性强、敏感度高,可应用于食品中肠炎沙门氏菌的检测。     

产单核李斯特菌的改良分子信标荧光PCR-磁捕获快速检测体系的建立

[目的]建立改良分子信标荧光PCR-磁捕获快速检测产单核李斯特菌(LMO)的体系,应用于食品中LMO的污染状况调查及食物中毒快速诊断. [方法]根据GenBank公布的LMO hlyA基因的保守序列,设计引物和改良分子信标探针,建立改良分子信标荧光PCR检测体系.运用磁捕获材料对PCR检测阳性的增菌液进一步处理后划平皿做分离培养. [结果]改良分子信标-实时PCR反应体系DNA灵敏度为110 fg,菌液灵敏度为99 cfu/ml或4 cfu/PCR反应体系,无交叉反应.以此反应体系检测28株LMO,均出现特异的荧光信号.对228份食品进行LMO检测,8份增菌液LMO实时荧光PCR阳性.用磁捕获材料处理此8份增菌液,全部细菌培养阳性,高于国标法的6份阳性.[结论]改良分子信标一实时PCR反应体系快速、灵敏度高,特异性强,运用磁捕获试剂能有效提高培养阳性率.应用该检测系统能提高LMO的检出率和准确性.该系统可应用于LMO食品污染状况调查及食物中毒的快速诊断.     

应用LAMP同时快速检测沙门菌和志贺菌的效果评价

目的探讨环介导等温扩增（LAMP）方法同时快速检测沙门菌和志贺菌的应用价值。方法通过通用增菌培养,应用LAMP方法和分离培养法分别对76份食堂从业人员粪便标本进行沙门菌和志贺菌检测。结果LAMP方法检出1份标本沙门菌阳性,阳性率为1．32％;分离培养法检出1份都柏林沙门菌,阳性率为1．32％;2种方法的检测结果一致。LAMP方法可在3h内检出沙门菌、志贺菌,而分离培养法需要3-5d,鼠伤寒沙门菌LAMP方法的灵敏度为170CFU／ml,福氏志贺菌LAMP方法的灵敏度为190CFU／ml,与常见的食源性致病菌均无交叉反应。结论与分离培养法相比,LAMP方法特异性高,灵敏度高,不需要特殊仪器,能够在简易的实验条件下,快速、简便地同时检测沙门菌和志贺菌,LAMP方法适用于基层疾病控制实验室开展沙门菌和志贺菌的快速筛查检测。     

荧光定量PCR快速检测沙门菌方法的建立及应用

目的:建立沙门菌实时荧光PCR的快速检测方法,探讨其可行性和应用价值。方法:根据沙门菌的特异性DNA作为靶序列,以沙门菌菌株提取核酸DNA作为模板进行荧光检测。结果:本研究在7种相关菌株的检测中,除沙门菌出现很好的阳性外,其余菌株均为阴性;在纯菌条件下,定量检测低限为30 cfu/ml;同一样品检测3次Ct值的变异系数均小于5%;对模拟标本与分离培养对比,二者符合率为100%。结论:该方法的建立,不仅为食源性沙门菌污染及食物中毒的快速检测提供依据,而且还可直接用于临床粪便标本的检测。     

环介导等温扩增（LAMP）技术检测沙门菌属方法的建立

建立一种检测沙门菌属快速敏感的环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification，LAMP）检测方法。针对沙门菌属侵袭蛋白（invA）基因序列的六个区域设计四条LAMP引物，65℃保温约60min，完成对沙门菌属的扩增，扩增产物经电泳和酶切鉴定。利用LAMP和普通PCR方法同时检测4株沙门菌和9株非沙门菌（对照组）来验证LAMP方法的特异性；将肠炎沙门菌菌液做一系列10倍稀释后用LAMP和PCR方法进行检测来比较两者敏感性。4株沙门菌扩增出LAMP特征性梯状条带，9株非沙门菌没有出现LAMP扩增，LAMP产物的特异性通过限制性内切酶得到了证实；LAMP检测沙门菌属的特异性与普通PCR相同，但其敏感性比普通PCR高10倍，LAMP检测沙门菌属的检测下限为10cfu／ml，PCR检测下限为100cfu／ml。LAMP检测速度相比PCR更快速，在60min内即可完成扩增反应。建立了一个快速、特异、敏感的沙门菌属LAMP检测方法。     

PCR检测沙门菌hilA基因的方法研究

目的:利用PCR技术,建立特异性引物PCR快速检测沙门菌的方法。方法:设计沙门菌h ilA基因的特异性引物,优化PCR反应条件,对沙门菌和非沙门菌进行特异性引物的PCR扩增,鉴定沙门菌。结果:所检测沙门菌株和模拟样品均出现特异性扩增条带,结果与实际相符。结论:该方法具有简单、迅速、特异性好和敏感性高的特点。     

多重PCR检测食品中的金黄色葡萄球菌、志贺菌和沙门菌

目的建立一种能同时检测食品中金黄色葡萄球菌、志贺菌和沙门菌的多重PCR检测方法。方法采用7.5%NaCl肉汤对食品样品中的金黄色葡萄球菌进行增菌,同时采用GN增菌剂对食品样品中的志贺菌和沙门菌进行增菌。根据金黄色葡萄球菌的nuc基因、志贺菌的ipaH基因、沙门菌的invA基因设计引物,通过多重聚合酶链反应(PCR)反应对食品样品中上述三种病原菌的目标基因进行扩增,同时对反应体系进行优化。结果特异性实验表明本方法的特异性良好。对污染金黄色葡萄球菌、志贺菌和沙门菌的牛奶样品进行检测,检出限为1cfu/ml。结论本实验建立的多重PCR检测方法适用于食品中金黄色葡萄球菌、志贺菌和沙门菌的快速检测,具有快速、简便、灵敏的特点。     

水体污染中常见致病菌的多重PCR分子检测研究

[目的]建立同时检测沙门氏菌、志贺氏菌、绿脓杆菌、肠出血型大肠杆菌和副溶血弧菌等5种水体常见致病菌的多重PCR检测技术,为这些致病菌感染的快速诊断提供实验依据。[方法]筛选设计5对特异引物,建立优化的多重PCR扩增体系和条件。[结果]对5种致病菌的检测,多重PCR灵敏度分别为：肠出血型大肠杆菌O157102 cfu、志贺氏菌102 cfu、副溶血弧菌102 cfu、绿脓杆菌101 cfu、沙门氏菌102 cfu。应用于人工污染水样及天然水样的检测,均有清晰、特异的预期条带产生,并与传统检测结果一致,每个样品所需时间为6～8 h,相对于传统检测方法,极大地缩短了检测时间,提高了检测灵敏度。[结论]该方法适用于大通量样品的检测研究,可推广应用于食品检测、环境监测等领域。     

食品中沙门菌实时荧光PCR快速检测方法的研究

目的利用荧光定量PCR技术，建立食品中沙门菌污染的快速敏感特异的检测方法。方法以沙门菌的fimY基因作为靶序列，设计一对引物和探针，以沙门菌菌株提取核酸DNA作为模板，优化引物和探针的浓度比和Mg^2＋浓度，以沙门菌和10种相关细菌考核检测体系的灵敏性、稳定性和特异性，并初步应用于样品的检测。结果本研究建立的反应体系在引物和探针的浓度为0．8μmol／L，1．0μmol／L，Mg^2＋浓度为3mmol／L时，具有良好的特异性和敏感性。在10株相关菌株的检测中，除沙门菌出现很好的阳性外，其余菌株均为阴性。在纯菌条件下，定量检测低限33cfu／ml。稳定性分析表明：同一样品重复检测3次Ct值的变异系数均小于5％。检测样品结果显示实时PCR方法较传统方法敏感、快捷、简便。结论该方法特异性强，稳定性高，操作简便快捷，适应食品微生物检验发展需要，具有较大的推广及应用价值。     

Real-Time PCR探针法检测食物中毒中沙门菌方法建立及应用

目的:建立食物中毒中沙门菌Real-Time PCR检测方法并将其应用。方法:选取沙门菌侵袭蛋白A基因(in-vA)进行引物和探针设计,并对反应条件不断优化,进行灵敏度和特异度测试,建立检测沙门菌的Real-Time PCR方法。结果:DNA灵敏度检测沙门菌达到56 fg/PCR体系,菌液灵敏度检测沙门菌达到9 CFU/ml,特异度100%。用建立的方法对四起食物中毒、2000份健康从业人员体检肛拭样品、80份食品监测样品进行了检测,共检出沙门菌15株。结论:该方法具有高灵敏性和高特异性的特点,可以应用在沙门菌引起的食物中毒的快速检测中。     

多重实时PCR快速同时检测沙门菌和志贺菌

目的 建立改良分子信标，多重实时PCR同时检测沙门菌和志贺菌的快速方法，应用于食源性致病菌的快速诊断。方法 根据GenBank公布的沙门菌侵袭性基因invA和ssaR基因，分别设计一对引物和改良分子信标探针，用同色荧光标记，用于同体系检测沙门菌。志贺菌根据ipaH基因的保守序列，设计引物和改良分子信标探针，加入沙门菌检测体系中，建立三重实时PCR一改良分子信标检测体系，应用于同时对沙门菌、志贺菌食物中毒的快速诊断和门诊肠道致病菌的检测。结果 改良分子信标一多重实时PCR反应体系DNA灵敏度为69～93fg/μl。菌液灵敏度为32～64CFU／ml或1～2CFu／PCR反应体系，无交叉反应。该反应体系同时检测134株沙门菌和67株志贺菌，均出现特异的荧光信号，两种细菌检测互不干扰。对细菌性食物中毒样本等共1100份同时进行沙门菌和志贺菌检测，569份沙门菌实时PCR阳性，其中551份沙门菌培养阳性；42份志贺菌实时PCR阳性，其中41份志贺菌培养阳性。从样品处理到检测结果仅需时间2h至1d。结论 改良分子信标-多重实时PCR检测体系快速、灵敏度高，特异性强，可用于沙门菌和志贺菌食物中毒的快速诊断，伤寒、痢疾等肠道传染病的初筛及预防医学门诊的健康人群体检，为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段。