日本血吸虫尾蚴（中国大陆株）表达序列标签的获取及同源性分析

目的：了解日本血吸虫尾蚴cDNA文库中基因的基本情况,为新基因的筛选鉴定提供依据。方法：日本血吸虫尾蚴cDNA文库中的噬菌体侵入大肠杆菌BM25．8后环化成质粒。筛选出转入质粒的菌株。提取质粒DNA,用质粒上的一段测序引物序列进行一次性测序,得到一个表达序列标签（EST0。通过BLASTx及BLASTn公共数据库经编辑分析的EST序列进行同源性比较。经过分析编辑后的新EST序列,以编写好的程序和E-mail方式递交,以获得GenBank登录号,通过对同源性比较结果的总结,对该文库的基本情况进行分析。结果与结论：在测出的58个EST中有3个核苷酸序列与日本血吸虫已知基因高度同源,有2个核苷酸序列与曼氏血吸虫较高度同源,有7个EST的蛋白质序列与其他物种有较高同源性而核苷酸序列同源性很低,有27个EST的蛋白质核苷酸序列同源性都很低。     

日本血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基全长cDNA的克隆与功能分析

目的 对用表达序列标签(EST)策略从日本血吸虫(Schistosoma japonicum)尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行全长cDNA克隆及功能预测。方法 将插入于pTriplEx2质粒上的cDNA进行测序，测序结果经BLAS Tn程序搜索，发现该插入cDNA序列与曼氏血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基(eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit，elF2α)基因高度同源。根据该EST序列设计与pTriplEx2质粒上的5′端测序引物相匹配的PCR下游引物，从该cDNA文库中扩出包含eIF2α全长ORF的cDNA片段。将PCR产物纯化后克隆到pGEM-T载体上，并对此克隆进行测序得到其全长cDNA序列。用NCBI站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索；用blast two sequence程序对同源性高的基因进行核苷酸及氨基酸水平的同源性比较。同时用网上分析软件进行基序和保守区域的搜索。结果 发现一个与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源的日本血吸虫新基因，核苷酸与氨基酸水平的同一性分别为87％和79％，编码由327个氨基酸组成的蛋白序列。结论 用EST策略筛选到一个日本血吸虫新基因，编码eIF2α亚基，全长编码序列与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源。     

日本血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基全长cDNA的克隆与功能分析

目的对用表达序列标签(EST)策略从日本血吸虫(Schistosomajaponicum)尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行全长cDNA克隆及功能预测。方法将插入于pTriplEx2 质粒上的cDNA进行测序,测序结果经BLASTn程序搜索,发现该插入cDNA序列与曼氏血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基(eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit, eIF2α) 基因高度同源。根据该EST序列设计与pTriplEx2 质粒上的5'端测序引物相匹配的PCR下游引物,从该cDNA文库中扩出包含eIF2α全长ORF的cDNA片段。将PCR产物纯化后克隆到pGEM-T载体上,并对此克隆进行测序得到其全长cDNA序列。用NCBI 站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索;用blast two sequence程序对同源性高的基因进行核苷酸及氨基酸水平的同源性比较。同时用网上分析软件进行基序和保守区域的搜索。结果发现一个与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源的日本血吸虫新基因,核苷酸与氨基酸水平的同一性分别为87%和79%,编码由327个氨基酸组成的蛋白序列。结论用EST策略筛选到一个日本血吸虫新基因,编码eIF2α亚基,全长编码序列与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源。     

日本血吸虫新基因的发现及其功能的初步预测

本文运用表达序列标签（expressed sequence tags,EST）法筛选日本血吸虫（中国大陆株）成虫cD-NA文库,获得50个日本血吸虫EST片段,经过测序后将EST序列送入EMBL和NCBI、Genbank进行同源性分析并登录。为寻找新的抗血吸虫疫苗候选分子、化疗药物及具有我国自主知识产权的血吸虫功能基因奠定工作基础。     

日本血吸虫表达序列标签的获取和分析

目的 运用表达序列标签(expressed sequence tag，EST)技术，从日本血吸虫成虫cDNA文库中分离、鉴定和分析表达基因序列，为日本血吸虫病的防治提供候选疫苗和药物靶点。方法 构建日本血吸虫成虫cDNA文库，随机挑取重组阳性克隆进行测序，将获取的EST登录GenBank，并进行生物信息学分析。结果 随机挑取382个阳性克隆进行测序，获得149个EST(登录号分别为：CA747382～CA747391，BU917055～BU917058，CA305307～CA305309，BU581980，BU582400～BU582403，BU666906和(A946548～CA946666)，同源性比较发现，部分序列与血吸虫的生活史的不同阶段和不同性别序列有一定的同源性。结论 EST技术有助于快速、经济地获取和研究日本血吸虫表达基因。     

日本血吸虫尾蚴(中国大陆株)表达序列标签的获取及同源性分析

目的 了解日本血吸虫尾蚴ｃＤＮＡ文库中基因的基本情况,为新基因的筛选鉴定提供依据。方法 日本血吸虫尾 蜘ｃＤＡＮ文库中的噬菌体侵入大肠杆菌ＢＭ２５．８后环化成质粒。筛选出已转入质粒的菌株。提取质粒ＤＮＡ,用质粒上 的一段测序引物序列进行一次性测序,得到一个表达序列标签（ＥＳＴ）。通过ＢＬＡＳＴｘ及ＢＬＡＳＴｎ公共数据库经编辑分 析的ＥＳＴ序列进行同源性比较。经过分析编辑后的新ＥＳＴ序列,以编写好的程序和Ｅ－ｍａｉｌ方式递交,以获得ＧｅｎＢａｎｋ 登录号。通过对同源性比较结果的总结,对该文库的基本情况进行分析。结果与结论 在测出的５８个ＥＳＴ中有３个核 苷酸序列与日本血吸虫已知基因高度同源,有２个核苷酸序列与曼氏血吸虫较高度同源,有７个ＥＳＴ的蛋白质序列与 其他物种有较高同源性而核苷酸序列同源性很低,有２７个ＥＳＴ的蛋白质及核苷酸序列同源性都很低。     

日本血吸虫精氨酸酶编码基因cDNA的分离和序列分析

【目的】分离和鉴定日本血吸虫 (Schistosomajaponicum ,S .j)新基因。【方法】应用免疫学方法筛选S .jcDNA文库获得阳性克隆 ;通过PCR直接序列测定技术 ,表达序列标签 (EST)同源性检索对阳性克隆插入片段进行鉴定 ;采用亚克隆技术及生物信息学等技术 ,对获得的日本血吸虫精氨酸酶编码基因序列进行结构与功能的分析。【结果】获得了一个含10 6 1bp外源插入片段的阳性克隆 ,其cDNA序列含有一个 840bp的阅读框 ,编码 2 79个氨基酸 ,属精氨酸酶家族 ,与国际蛋白质库中的酵母、蛙、人和大鼠精氨酸酶序列的同源性分别为 44 % ,5 0 % ,5 1% ,5 3%和 5 4%。【结论】获得了编码日本血吸虫精氨酸酶编码基因全长cDNA ,为日本血吸虫精氨酸酶基因功能的研究奠定了基础。     

日本血吸虫精氨酸编码基因CDNA的分离和序列分析

【目的】分离和鉴定日本血吸虫(Schistosomajaponicum,S.j)新基因。【方法】应用免疫学方法筛选S.jcDNA文库获得阳性克隆;通过PCR直接序列测定技术,表达序列标签（EST）同源性检索对阳性克隆插入片段进行鉴定;采用亚克隆技术及生物信息学等技术,对获得的日本血吸虫精氨酸酶编码基因序列进行结构与功能的分析。【结果】获得了一个含1061bp外源插入片段的阳性克隆,其cDNA序列含有一个840bp的阅读框,编码279个氨基酸,属精氨酸酶家族,与国际蛋白质库中的酵母、蛙、人和大鼠精氨酸酶序列的同源性分别为44%,50%,51%,53%和54%。【结论】获得了编码日本血吸虫精氨酸酶编码基因全长cDNA,为日本血吸虫精氨酸酶基因功能的研究奠定了基础。     

日本血吸虫thioredoxin基因的克隆和表达

目的 结合分子生物学和生物信息学方法筛选鉴定日本血吸虫新基因。方法 从日本血吸虫(Schistosoma japonicum，大陆株)成虫cDNA库中获取表达序列标签(expressed sequence tag，EST)，用电子拼接的方法延伸序列，用NCBI提供的BLAETx程序和Genbank数据库进行同源性分析以筛选基因；设计特异性引物从日本血吸虫成虫mRNA中扩增筛选基因并预测和分析；扩增产物克隆到原核表达载体并表达。结果 筛选出日本血吸虫Thioredoxin全长基因并对其进行了序列分析，克隆全长cDNA至PET原核载体并表达成功。结论 结合EST、电子延伸和传统的分子生物学方法是高效筛选S.jiaponicum功能基因的有效策略。     

日本血吸虫核苷二磷酸激酶基因的获得和序列分析

目的 从日本血吸虫(Schistosorna japonicum,Sj)成虫cDNA文库中筛选日本血吸虫新基因，为日本血吸虫病的防治提供药物靶标或候选疫苗。方法 筛选日本血吸虫成虫cDNA文库，随机挑取重组阳性克隆进行DNA测序，再对新基因序列进行步移法测序获取全长cDNA，并利用生物信息学技术对其进行分析。结果 获得了1个编码日本血吸虫核苷二磷酸激酶新基因的cDNA序列(AY226980)，全长594bp，编码157个氨基酸，编码蛋白与人类或鸽、鸡、鼠及果蝇的核苷二磷酸激酶高度同源。结论 利用表达序列标签法、步移法测序和生物信息学技术三者相结合，成功获得了编码日本血吸虫核苷二磷酸激酶基因的cDNA序列。     

日本血吸虫精氨酸酶基因启动子序列的扩增及序列分析

目的获取日本血吸虫(Sj)精氨酸酶(ARG)新基因的DNA编码序列及其启动子序列,实验验证ARG基因编码序列的完整性。方法以日本血吸虫成虫DNA做模板,PCR扩增ARG基因编码区的DNA序列并测序;根据Sj ARG基因已扩增的DNA序列设计2条巢式引物,用BaKaRa LA Taq PCR Cloning in vitro Kit,扩增Sj ARG基因的启动子序列;对已扩增得到的序列进行TATA盒的寻找以分析启动子序列的位置,实验验证我们曾获取的SjARG新基因编码序列的完整性。结果扩增得到长约1000bp ARG基因DNA序列,SjARG基因DNA序列内没有内含子,与cDNA序列完全一致。对启动子序列扩增后,得到一略大于250bp的序列,测序后分析发现其中有36bp与ARG基因DNA序列的5’端重叠。因此,将精氨酸酶基因的DNA序列又向前延伸了221bp,与前面得到的序列拼接后得到一条1486bp的总序列,将该序列在NCBI上进行ORF的寻找发现其最长的ORF达1164bp,起始密码子在第156位,终止密码子在第1319位,该起始密码子前32位为TATA盒的位置。因此,确定该SjARG基因全长cDNA编码序列长应为1164bp。结论成功扩增获得了日本血吸虫精氨酸酶基因编码区的DNA序列,其不舍有内含子;并扩增得到了该基因的启动子序列,从而获得了SiARC基因真正的全长cDNA序列,为进一步的功能鉴定奠定了基础。     

基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台的构建及应用

[目的]构建基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台。[方法]基于工作站和Linux操作系统,利用公开的日本血吸虫或相关资源,收集有关生物信息学序列分析工具,并自行编写相关软件实现多种资源的有机整合。[结果]构建了本地化的日本血吸虫序列分析平台,在此基础上,自主设计了日本血吸虫EST序列的电子延伸系统、基于日本血吸虫EST数据库的同源全长cDNA序列检索系统和序列自动注释系统等。[结论]所构建的序列分析平台不仅可以完成常规的序列分析工作,还可成功地完成EST序列的电子延伸,同源全长cDNA序列的检索以及序列的自动注释,它可对大规模日本血吸虫序列进行快速、方便、高效的分析,为充分利用血吸虫基因组开展疫苗研究和新药开发提供了有效的技术手段。     

基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台的构建及应用

 [目的]构建基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台。[方法]基于工作站和Linux操作系统,利用公开的日本血吸虫或相关资源,收集有关生物信息学序列分析工具,并自行编写相关软件实现多种资源的有机整合。[结果]构建了本地化的日本血吸虫序列分析平台,在此基础上,自主设计了日本血吸虫EST序列的电子延伸系统、基于日本血吸虫EST数据库的同源全长cDNA序列检索系统和序列自动注释系统等。[结论]所构建的序列分析平台不仅可以完成常规的序列分析工作,还可成功地完成EST序列的电子延伸,同源全长cDNA序列的检索以及序列的自动注释,它可对大规模日本血吸虫序列进行快速、方便、高效的分析,为充分利用血吸虫基因组开展疫苗研究和新药开发提供了有效的技术手段。     

日本血吸虫(大陆株)成虫基因表达谱的研究

报告作者 1998年至 2 0 0 0年有关日本血吸虫 (大陆株 )成虫基因表达谱研究的结果 ,主要包括 :已测定 5 5 1条EST ,其中 5 19条EST已送入国际基因数据库 (GenBank/dbEST) ,并获得了GenBank的登录号。经同源整合后 ,5 19条EST序列归类为 388个基因序列 ,其中 ,2 4条 (6 19%)为日本血吸虫已知基因序列 ;18条 (4 6 4 %)EST与曼氏血吸虫已知基因序列同源 ,90条 (2 3 19%)EST与其它生物的已知基因序列同源 ,同源基因包括精氨酸酶、酰胺酸酶、微纤维蛋白、肌动蛋白、细胞色素C氧化酶、二硫异构酶、加长因子、热激蛋白 70、Y盒结合蛋白和抗凋亡因子等。其余的 2 5 6条 (6 5 98%)EST在Gen Bank中未发现有已知基因的同源序列。将非日本血吸虫同源序列EST或未检索到同源序列的EST初步定义为日本血吸虫亲基因 /未知基因序列EST ,共 36 4条。已克隆日本血吸虫精氨酸酶基因、Y 盒结合蛋白基因和抗凋亡 1因子 3个新基因的全长cDNA ,其GenBank的登录号分别为AF4 0 2 6 15、AF36 7371和AF33376 5。本研究结果丰富了血吸虫基因组数据 ,并为进一步筛选日本血吸虫疫苗候选基因或药物靶位提供了科学依据。     

日本血吸虫尾蚴抗原模拟表位的筛选及其免疫保护性

目的 筛选日本血吸虫尾蚴抗原的模拟表位，探讨其对日本血吸虫的免疫保护性。方法 用粗提日本血吸虫尾蚴抗原的抗体IgC作配体筛选噬菌体12肽库，按“吸附－洗脱－扩增”的过程进行三轮筛选；随机挑取单个噬菌体克隆进行Dot-ELISA检测；用混和噬菌体克隆免疫小鼠3次，攻击感染45d后剖杀冲虫，计算虫数及肝卵数。结果 经三轮筛选，特异性噬菌体得到富集，挑取11个噬菌体克隆经Dot-ELISA鉴定，均与日本血吸虫尾蚴抗原免疫血清呈特异性反应。与对照组相比，混和噬体克隆免疫小鼠的减虫率为18.79%，减卵率为38.00%。结论 利用噬菌体随机肽库技术获得了日本血吸虫尾蚴抗原的模拟表位，这些表位能诱导对日本血吸虫的保护性免疫。     

日本血吸虫(中国大陆株)成虫表达序列标签的获取及分析

随机挑取日本血吸虫（中国大陆株）成虫cDNA文库单个重组克隆进行部分测序以获得EST（ex-pressed　sequence　tag）,获得的EST通过 BLAST程序同EMBL寄生虫数据库和GeneBank数据库进行比较及同源性分析。结果在随机挑取日本血吸虫（中国大陆株）成虫cDNA文库150个单个重组克隆中,获得了56个有价值的EST序列,其中47个在GeneBank dbEST中登录。7.1％EST序列为日本血吸虫已知序列,3.6％为日本血吸虫同源序列,曼氏血吸虫或其他生物的同源序列占25％,未知序列占55.6％。通过同源性分析可知,大多数同源序列具有看家基因功能。另外,也发现了几个有价值的基因。