中国7个地区诺如病毒G II．4／Sydney 2012变异株分析

目的　分析2012--2013年冬季中国地区诺如病毒新流行株GII．4／Sydney 2012的衣壳蛋白区核苷酸与氨基酸变异特点。方法　对已获得的22份2012--2013年冬季北京地区GⅡ．4／Sydney2012株进行全衣壳蛋白区基因扩增。从GenBank检索中国其他地区的GⅡ．4／Sydney 2012株衣壳蛋白区核苷酸序列。对获得的GII．4／Sydney 2012株的衣壳蛋白区核苷酸及氨基酸序列与往年GⅡ．4流行株进行系谱分析。结果　获得中国7个地区（北京、上海、江苏、湖州、荆州、香港和台湾）的GⅡ．4／Sydney 2012株资料共38份（至少包含完整VPl核苷酸序列）。GH．4／Sydney 2012株之间VPl核苷酸差异为0．1％～3．3％,氨基酸差异为0～3．1％。系谱分析发现GⅡ．4／Sydney2012株与Apeldoorn 2008和NewOrleans 2009起自共同的分支。中国和悉尼GH．4／Sydney 2012代表株的A、D、E抗原表位氨基酸序列组合有两种：TSRN-GTT-SNT和TSRN-STT-SNT。结论　G II．4／Sydney 2012株已在中国多个地区出现,各地区病毒株同源性较高。G H．4／Sydney 2012株的抗原表位氨基酸组合发生明显改变。     

广州市大学城诺如病毒GⅡ.4 Sydney 2012变异株感染疫情再次暴发的调查

2013 年1 月广州市大学城ZD 大学暴发国内首起诺如病毒GⅡ.4 Sydney 2012 变异株感染引起的急性胃肠炎疫情。2 个月后该地区其他4 所高校（HS、HG、GD、GG）和1所中学（GDFZ）相继又出现暴发。     

广州市2017年某高校诺如病毒GⅡ.4 Sydney 2012变异株感染暴发调查

目的 分析2017年广州市GⅡ.4 Sydney 2012变异株引起的诺如病毒感染暴发疫情的流行特征和分子生物学特征,为诺如病毒感染疫情的防控提供依据。方法 设计调查表收集病例发病资料和疫情数据,采集现症病例和厨工的肛拭子以及环境标本进行病原学检测,阳性标本进行基因测序和同源性分析。采用病例对照研究方法分析疫情的相关危险因素。结果 2017年9月17-21日,广州市大学城某高校累计发生诺如病毒感染病例226例,包括223例在校学生和3例厨工,学生罹患率为0.73%（223/30 711）;宿舍A区学生罹患率最高（1.73%,164/9 459）,无院系和班级聚集性;主要危险因素为18-20日在A区食堂就餐（OR=10.75,95% CI：5.56~20.79）,发病风险最高的是18日晚餐,另一危险因素是同宿舍有病例（OR=3.65,95% CI：1.92~6.94）;诺如病毒核酸阳性的厨工全部来自A区食堂,阳性率为26.67%（12/45）,病毒基因测序结果为GⅡ.4 Sydney 2012变异株,与学生病例的病毒基因序列相似度为100%。结论 本次疫情是继2013年之后诺如病毒GⅡ.4 Sydney 2012变异株再次在学生人群引起的较大规模暴发疫情,由食源性传播的可能性较大,同时不排除接触传播。     

2012-2014年广东省哨点医院诺如病毒GII.4 Sydney变异株流行状况及暴发疫情特征分析

目的：分析2012年1月至2014年6月广东省哨点医院诺如病毒GII.4 Sydney变异株流行状况,以及由诺如病毒GII.4 Sydney变异株感染引起的暴发疫情特征。方法2012年1月至2014年6月在广东省选取22家医院的门诊科室为监测哨点,将采集的腹泻病例粪便样本（共10750份）送至市级CDC,进行病毒核酸提取及诺如病毒核酸检测,所有阳性样本递送至广东省CDC,并按照随机数字法抽取了855份进行诺如病毒基因分型,共成功测序样本690份。采用χ2检验比较不同年龄组、不同时期内腹泻病例诺如病毒感染情况。通过广东省突发公共卫生事件管理信息系统,收集2012年1月至2014年6月广东省13起由诺如病毒GII.4 Sydney变异株感染引起的社区暴发疫情数据,进行社区流行病学分析。结果2012年8月首次检出诺如病毒GII.4 Sydney变异株,2012年11月检出比例为13/15。2012年11月至2013年1月（T1时期）,各月份中腹泻病例诺如病毒感染阳性率分别为23.8%（100/421）、15.9%（61/383）、19.2%（95/495）,2013年11月至2014年1月（T2时期）,各月份中腹泻病例诺如病毒感染阳性率分别为17.0%（90/529）、8.7%（37/426）、11.2%（46/409）,均低于T1时期（χ2值分别为6.65、9.93、10.74,P值分别为0.010、0.002、0.001）。T1时期内≥15、<15岁组腹泻病例诺如病毒感染阳性率分别为26.3%（143/543）、14.9%（113/756）（χ2=25.90,P<0.001）;T2时期≥15、<15岁组阳性率分别为10.1%（52/516）、14.3%（121/848）（χ2=5.09,P=0.024）。13起暴发疫情中,食源性传播占10/13。结论广东省2012年8月首次检出诺如病毒GII.4 Sydney变异株,2012年11月起呈现社区流行,流行1年后,强度降低;由诺如病毒GII.4 Sydney变异株引起的暴发疫情主要以食源性传播为主。     

-起食源性诺如病毒GⅡ.4/Sydney_2012变异株感染暴发的调查

目的 调查广州市某高校急性胃肠炎病例的感染来源、传播途径和危险因素.方法 按照病例定义开展病例搜索,采用描述性流行病学和病例对照研究进行分析;样本采用RT-PCR检测诺如病毒核酸,阳性标本分析基因核苷酸序列并进行同源性分析.结果 2013年1月8-21日该校共发生诺如病毒感染性腹泻141例,罹患率为8.5‰(141/16 600);8-9日为发病高峰;病例无班级和宿舍聚集性;病例对照调查显示A餐厅为早期病例的感染场所(OR=3.46,95％CI:1.07～11.1 6),1月7日的午餐是可疑餐次(OR=4.34,95％CI:1.18～17.37),可疑食物是手撕鸡套餐(OR=17.82,95％CI:4.46～78.17);采集病例和厨工肛拭子、剩余食物及环境涂抹样等266份,诺如病毒RT-PCR检测阳性21份(17例),病例阳性率为42.8％(9/21),A餐厅厨工阳性率为29.6％ (8/27),经基因测序为GⅡ.4/Sydney_2012变异株,学生、教职工病例与厨工同源性为100％.结论 该次疫情为诺如病毒GⅡ.4/Sydney_2012变异株感染引起的急性胃肠炎暴发,其原因是携带病毒厨工污染食物所致,以食源性传播途径为主.     

南宁市朝阳溪污水中诺如病毒GⅡ.4型变异株基因分析

目的了解南宁市朝阳溪污水中诺如病毒(Norovirus,NV)GⅡ.4变异株的基因特征。方法 2011年1~12月采集72份南宁市朝阳溪污水,经实时荧光逆转录-聚合酶反应(Realtime RT-PCR)方法进行NV核糖核酸(RNA)检测,阳性标本进行基因克隆测序和遗传进化分析。结果 72份污水中均能检测到NV RNA,基因Ⅰ组(GenogroupⅠ,GⅠ)NV RNA阳性率为70.83%,基因Ⅱ组(GenogroupⅡ,GⅡ)阳性率则达100.00%,共为16个基因型,有18株为GⅡ.4型,其中2株为2006b变异株,其余16株均为2010变异株。检测到的2006b变异株和2010变异株在衣壳蛋白N/S区第94位氨基酸均发生变异,而在第6位、第15位仅2010变异株发生了变异,2006b变异株(除SW2011041-2株外)均无变异。这些变异株与同年南宁市腹泻病例中NV GⅡ.4型变异株核苷酸型内同源性分别为96.70%~98.93%和97.42%~99.64%。结论南宁市朝阳溪污水中NV存在很高的遗传多样性,其来源可能是周边居民中的感染者;GⅡ.4型NV中2010变异株为优势株,其在人群中可能存在隐性感染;污水监测是人间NV感染监测的重要补充。     

成都市成华区诺如病毒GII.P16-GII.4 Sydney＿2012分子生物学特征

目的 研究2021年引发成都市急性胃肠炎聚集性疫情的诺如病毒GII.P16-GII.4 Sydney＿2012株的遗传进化和分子病原学特征。方法 采集2021年1—12月成都市65起急性胃肠炎聚集性疫情病例粪便及肛拭子样本825份，采用实时荧光定量PCR检测。结果为阳性的样本经由常规RT-PCR对RdRp区和VP1区扩增后测序，以BioEdit、MEGA-X将所得序列与全球各参考株序列比对并构建进化树，对其同源性、氨基酸变异、蛋白质三维结构等基因特征进行分析研究。结果 自上述65起疫情检出7种诺如病毒基因型，其中13起由Sydney＿2012株引起。比对分析结果显示，其同一起Sydney＿2012疫情中标本序列相似性为98.6%～100%,疫情之间序列相似性为96.2%～100%。结论 Sydney＿2012株可能成为成都地区流行的优势株，甚至有引起爆发疫情的可能性。持续加强诺如病毒疫情监测，有助于提升防控预警能力。     

GⅠ.P11-GⅠ.6型诺如病毒分子特征分析

目的 分析引起北京市丰台区某小学1起胃肠炎疫情的诺如病毒分型特征，为诺如病毒防控提供参考依据。方法 2021年10月在北京市丰台区某小学发生1起胃肠炎疫情，留取粪便标本做便常规检测和便隐血检测，并在便标本中提取核酸，使用荧光定量PCR技术进行诺如病毒核酸检测，采用一步法逆转录PCR扩增特异性核酸片段分析诺如病毒亚型。结果 共14例胃肠炎病例，14份粪便标本便常规结果正常，7份便隐血结果阳性，阳性率为50.0%。13份标本检测出诺如病毒阳性，基因型别为GⅠ.P11-GⅠ.6。结论 本次疫情检测出的诺如病毒型别引起的胃肠炎便隐血阳性率较高，超过其他文献报道的比率，并发现其在氨基酸水平上聚合酶区和VP1区都发生了关键位点的变异。需持续进行疫情监测和防控工作，以减少该类疫情的发生。     

诺如病毒GⅡ．4型Sydney 2012变异株与GⅡ．3型混合感染事件调查

目的 调查某大学一起急性胃肠炎暴发事件的感染来源和流行病学特征。方法 开展病例搜索,用描述性流行病学方法分析;用RT PCR法检测诺如病毒核酸,进行基因测序和核酸分型。结果 事件共发生感染性腹泻疑似病例473例,罹患率7.7%,确诊97例（20.5%）;临床症状以腹泻（100%）和呕吐（67%）为主,病例分布无聚集性,无性别差异;采集病例和厨工肛拭子、食堂剩余食物、环境涂抹样和生活饮用水样本共53份,细菌分离培养阴性,肛拭子诺如病毒RT PCR阳性率60.0%（9/15）,经基因测序分型5份为诺如病毒GⅡ.4型Sydney 2012变异株,4份为GⅡ.3型。结论 该起事件由诺如病毒GⅡ.4型Sydney 2012变异株和GⅡ.3型混合感染所致,传播途径可能为食源性传播和接触传播,卫生监管部门应加强对集体单位食堂的监管。     

南京地区诺如病毒GⅡ.Pe-GⅡ.4基因特征

目的研究南京地区诺如病毒GⅡ.Pe-GⅡ.4基因特征和变化规律,了解其进化过程及高变区氨基酸变化情况,预测进化方向及流行趋势,为疫情预警和处置提供科学依据。方法应用荧光定量PCR和一步法RT-PCR,对南京地区2014—2017年分离的10株GⅡ.Pe-GⅡ.4的部分聚合酶—衣壳蛋白区及P2区进行测序,并利用分子生物学软件对序列进行比对分析。结果进化树分析发现,2014—2015年和2016—2017年南京流行株分别位于两个簇。氨基酸分析显示,10株南京流行株同源性达97.3%～100.0%,与21株国内外2011—2017年参考株同源性达97.1%～100.0%。与2008年前驱期澳洲株(KX789174)P2区相比较,10株南京株共19个氨基酸位点发生改变,其中10个位点位于5个抗原表位。南京株2016年后抗原表位A区有氨基酸位点改变。结论 2014—2017年南京地区分离的诺如病毒GⅡ.Pe-GⅡ.4基因型流行株氨基酸同源性较高,但仍呈现出随时间迁移某些抗原位点的氨基酸改变,应持续观察其进化趋势。     

安徽省GII.P16-GII.2诺如病毒暴发疫情的基因特征分析

目的了解2018年安徽省一起感染性胃肠炎暴发疫情的病原学特征。方法收集2018年10月一起急性胃肠炎病例粪便/肛拭子12份标本,采用Real-time PCR检测诺如病毒GII基因组,阳性标本经RT-PCR扩增聚合酶区和衣壳蛋白区部分基因序列,进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析。结果 12份急性胃肠炎病例标本,荧光PCR检出诺如病毒核酸均为阳性,测序获得10条序列。遗传进化树显示:10条GII.2型间核苷酸序列同源性为100%,与台州参考株GII.2(GenBank登录号:MH806429,MH842206)同源性最高(同源性最高为99.47%),且处于同一分支。结论此次急性胃肠炎暴发疫情由GII.P16-GII.2诺如病毒引起,鉴于它在中国的广泛流行,应重视GII.P16-GII.2重组株在本地区诺如病毒的监测。     

金山区2012年诺如病毒聚集性胃肠炎流行病学特征分析

目的分析金山区2012年诺如病毒胃肠炎聚集性疫情的流行特征,为制定预防策略提供科学依据。方法采用实时荧光RT-PCR检测诺如病毒核酸,运用描述性流行病学分析辖区诺如病毒聚集性胃肠炎疫情流行特征。结果金山区2012年共报告8起诺如病毒聚集性胃肠炎疫情,发病132例,疫情罹患率在21.74%~67.86%之间,平均罹患率为38.37%;病例分布在托儿所、幼儿园、学校;冬季高发,男女性别比为1.32:1;疫情均为GⅡ型诺如病毒感染引起,感染来源尚不清楚。结论 GⅡ型诺如病毒是金山区聚集性胃肠炎的主要病原体,应加强托幼机构、学校等重点场所疫情监测,防止疫情发生。     

诺如病毒GⅡ.4型变异株感染流行的研究进展

诺如病毒是-种在全球范围广泛分布并引起急性感染性胃肠炎的病原体^[1].美国每年约有1.79亿例急性胃肠炎感染者,其中超过50％(36％-59％)为感染诺如病毒所致;每年因诺如病毒感染导致住院病例可达70 000例,其中死亡800例,带来医疗负担高达2.84亿美元^[2,3].包括美国在内,许多发达国家已建立了诺如病毒胃肠炎监测系统.本文主要对诺如病毒病原学和流行病学特征以及GⅡ.4型变异株在多国的流行概况进行综述.     

江苏省近期急性胃肠炎暴发中诺如病毒分子特征分析

目的 了解江苏省胃肠炎暴发疫情中诺如病毒(NoV)感染状况,并对其病原分子流行病学特征进行初步研究.方法 收集江苏省2012年10月至2013年3月7起胃肠炎暴发疫情患者肛拭子标本共67份,采用实时荧光RT-PCR定性检测,NoV阳性标本用RT-PCR扩增其聚合酶区及VP1区基因片段进-步测序分型.结果 7起疫情均为NoV感染引起的暴发,检测阳性率为67.2％(45/67).全部45株阳性毒株序列分析表明7起疫情中除-起是由GⅡ.3型感染引起外,其余6起均由新GⅡ.4感染引起,其中38株毒株与2012年澳大利亚参考株GⅡ.4/Sydney株同源性均在99％以上.进-步对6株新型Sydney变异株的衣壳蛋白VP1区扩增测序,并与9株近年流行株的VP1区氨基酸序列比对,发现该6株毒株的VP1区部分氨基酸已出现突变,而氨基酸位点的突变是与病毒抗原性密切相关.结论 江苏省7起疫情暴发聚集且感染毒株型别单-,说明已出现新NoV变异株,其原型株GⅡ.4/Sydney已在国外多地引起暴发和流行,提示该毒株将是今后防控监测的重点.     

GⅡ.17型诺如病毒流行概况及分子进化特征研究进展

GⅡ.P17_GⅡ.17诺如病毒株是2014—2015年亚洲出现的变异株,其导致的疾病,在发病规模、感染人数、发病程度等方面,均盛于诺如病毒流行株GⅡ.4。虽是新毒株,但近年来,利用自组装病毒样颗粒蛋白(VLPs)系统对诺如病毒GⅡ.P17_GⅡ.17的研究比较多,包括病毒衣壳蛋白结构、受体结构、进化机制等方面。这些研究为诺如病毒引起的急性腹泻等相关疾病的预防控制和疫苗研制奠定了良好的理论基础。     

广西壮族自治区首次检出的GⅡ.4型诺如病毒N/S区基因特征

目的 了解广西壮族自治区一起感染性腹泻疫情中GⅡ.4型诺如病毒(Norovirus)的基因特征.方法 采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应,对采集于这起疫情的34份粪便标本进行诺如病毒核糖核酸(RNA)的检测,并对随机选取的1份阳性样本进行N/S区核苷酸序列测定和分析,并构建系统进化树.结果 34份粪便标本中,有29份检测诺如病毒RNA阳性,阳性率为85.3%.随机选取的1株诺如病毒株(LC17株)的N/S区核苷酸序列与GⅡ型所有亚型参考株相比,其与第4亚型(GⅡ.4型)的参考株--Lordsdale/1993/UK株的核苷酸序列同源性为93.3%,在遗传进化树图中,与GⅡ.4型株病毒在一簇.与早年流行的GⅡ.4型流行株同源性为94.7%～96.5%,与国内外2006年流行株同源性为98.2%～98.6%,但与1株广州株相比,同源性仅为94.7%.结论 此次感染性腹泻疫情是由诺如病毒GⅡ.4型感染所致,其病毒基因型在广西壮族自治区是首次发现和报导.GⅡ.4型毒株在不断的进化,并在核甘酸序列特征和毒株地域分布上表现出多样性,需加强对诺如病毒的分子流行病学研究,了解基因型的分布,鉴别其来源和传播途径,对控制诺如病毒感染有重要意义.     

一起GI.P13-GI.3型诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征分析

目的 对南宁市某高中一起诺如病毒暴发疫情进行病原体溯源分析，为疫情防控提供科学依据。方法 采用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(RT-PCR)对疫情标本进行诺如病毒核酸检测，RT-PCR对部分阳性标本多聚酶和衣壳蛋白连接区进行扩增，并对相应的扩增产物进行序列测定和系统进化分析，判定病原体的基因型别。结果 本起疫情共持续16 d,累计报告病例63例，均为学生，罹患率为3.87%(63/1 628)。病例临床症状主要为腹泻(84.13%)、腹痛(82.54%)、恶心(28.57%)、呕吐(14.29%),无重症和死亡病例。4例学生和4例无症状食堂工作人员检出GⅠ组诺如病毒核酸阳性，其中4株病毒经序列比对分析确定为GI.P13-GI.3型诺如病毒。结论 流行病学调查和测序结果提示诺如病毒隐性感染的食堂工作人员是此次暴发疫情的传染源，毒株型别为GI.P13-GI.3型。此型病毒株有流行增强的趋势，需重视该型别重组毒株的监测与检测。     

3起GⅡ.17型诺如病毒突发疫情的分子流行病学分析

目的了解3起学校诺如病毒突发疫情的分子流行病学特征,分析诺如病毒疫情的基因型。方法采用实时荧光定量反转录PCR检测标本诺如病毒RNA,阳性标本进行逆转录PCR扩增、电泳、测序和进化树分析。结果 3起学校疫情的17份肛拭子样本中,诺如病毒GⅡ型阳性12份。10株疫情病毒经序列测定和比对,均为GⅡ.17亚型;与来自Gen Bank数据库的GⅡ.17亚型NV参考株相似性均在98%以上;系统发生树上与GⅡ.17基因亚型在一个进化分支上,属于GⅡ.17基因亚型。结论 GⅡ.17型诺如病毒将是今后疾病预防控制机构进行长效监测和防控的重点。     

无锡地区2013年腹泻人群诺如病毒分子流行病学特征分析

目的了解无锡市诺如病毒流行特征及主要流行株的基因型。方法采集2013年无锡市哨点医院监测的409份急性腹泻者的粪便标本和9起诺如病毒暴发疫情的病例标本,采用实时荧光定量PCR检测诺如病毒GⅠ和GⅡ基因,对GⅡ基因阳性标本进一步进行扩增及测序分型。结果哨点监测病例诺如病毒阳性率为9.78%(40/409)。所测36株诺如病毒共有5种基因型,依次为GⅡ.Pe/GⅡ.4型28株(77.78%)、GⅡ.P12/GⅡ.3型4株(11.11%)、GⅡ.P16/GⅡ.13型2株(5.56%)、GⅡ.P7/GⅡ.6和GⅡ.16各1株(2.78%)。2013年暴发疫情病例所测35株诺如病毒共4种基因型,依次为28株GⅡ.Pe/GⅡ.4型(80.0%)、4株GⅡ.7(11.43%)、3株GⅡ.12/GⅡ.3(8.57%)。结论诺如病毒是无锡地区非细菌性腹泻最常见的病原体,无锡地区诺如病毒流行株具有多种基因型,存在不同基因型间重组株。GⅡ.Pe/GⅡ.4型(Sydney_2012)为2013年无锡地区绝对优势流行株。