用原代细胞培养和人全基因表达谱芯片筛选鼻咽癌差异表达基因

目的 利用细胞的原代培养技术及人全基因表达谱芯片技术初步筛选出鼻咽癌差异表达基因,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因.方法 分别用1例鼻咽癌细胞株C666及5例鼻咽癌培养出的原代细胞和3例鼻咽正常上皮的原代细胞,进行基因表达谱分析,并以荧光定量PCR及免疫组织化学验证芯片结果.结果 原代培养的鼻咽癌细胞和鼻咽正常上皮细胞通过细胞角蛋白的免疫细胞化学染色、EBER1原位杂交和EBV-DNA荧光定量PCR证实;鼻咽癌原代细胞和鼻咽正常上皮原代细胞的基因表达谱有显著差异;4例以上共同表达的差异基因有493个,包括上调基因264个,下调基因229个.荧光定量PCR及免疫组织化学结果和芯片结果一致.结论 用原代培养细胞及人类全基因组基因芯片构建基因表达谱能够准确、高效地筛选出鼻咽癌相关的差异表达基因,该基因表达谱的建立为研究鼻咽癌分子生物学机制、鼻咽癌的分子分型和分子诊断提供了重要的分子依据.     

cDNA微阵列技术对肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱的研究

目的：利用cDNA微阵列技术研究肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱，并与肺炎性假瘤基因表达谱进行比较，筛选肺鳞癌、肺腺癌的差异表达基因，及肺鳞癌、肺腺癌的共同表达基因，为研究肺癌的分子机制及肺癌的早期诊断和治疗提供线索。方法：用含4096个基因的人基因表达谱芯片研究肺鳞癌、肺腺癌及肺炎性假瘤的基因表达谱。结果：肺鳞癌差异表达基因591个，其中筛选出在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因476个，上调的有293个，下调的有183个；肺腺癌差异表达基因524个，其中在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因460个，上调的有214个，下调有246个；有113个基因在肺鳞癌与肺腺癌中均出现差异表达。结论：肺鳞癌、肺腺癌存在不同的基因表达谱，筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究肺癌的发生、发展和肺鳞癌与肺腺癌的分子特征提供了重要线索。     

cDNA微阵列技术对肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱的研究

目的 :利用cDNA微阵列技术研究肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱 ,并与肺炎性假瘤基因表达谱进行比较 ,筛选肺鳞癌、肺腺癌的差异表达基因 ,及肺鳞癌、肺腺癌的共同表达基因 ,为研究肺癌的分子机制及肺癌的早期诊断和治疗提供线索。方法 :用含 4 0 96个基因的人基因表达谱芯片研究肺鳞癌、肺腺癌及肺炎性假瘤的基因表达谱。结果 :肺鳞癌差异表达基因 5 91个 ,其中筛选出在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因 4 76个 ,上调的有 2 93个 ,下调的有 183个 ;肺腺癌差异表达基因 5 2 4个 ,其中在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因 4 6 0个 ,上调的有 2 14个 ,下调有 2 4 6个 ;有113个基因在肺鳞癌与肺腺癌中均出现差异表达。结论 :肺鳞癌、肺腺癌存在不同的基因表达谱 ,筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究肺癌的发生、发展和肺鳞癌与肺腺癌的分子特征提供了重要线索。     

DHPG诱导的大鼠海马脑片癫癎样放电模型基因表达谱分析

目的 研究代谢型谷氨酸受体-Ⅰ(mGluR-Ⅰ)激动剂D-对羟基苯甘氨酸(DHPG)诱导的大鼠离体海马脑片癫样放电模型的基因表达谱.方法 以含50 μmol DHPG的人工脑脊液持续灌流大鼠离体海马脑片,诱导建立癫样放电模型(DHPG组,n=3).采用cDNA微阵列分析技术获得DHPG组的基因表达谱,与对照组(n=3)比较筛选出差异表达基因,并进行富集功能分类.结果 与对照组比较,DHPG组样本模型分别筛选出的上调基因206个,下调基因489个;其中差异表达达1.5倍的上调基因67个,下调基因86个;2.0倍以上的上调基因6个,0.5倍以下的下调基因25个.富集功能分类结果显示,差异表达基因功能涉及蛋白结合(19个)、分子功能、钙离子结合和核苷酸结合等多方面.结论 癫样放电及mGluR-Ⅰ激动剂的作用均涉及多种基因,是一复杂的调控过程.实验为进一步研究提供了依据.     

CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理研究

目的:利用基因表达谱芯片技术筛选CDX2高表达的胃癌MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞中差异表达的基因,探讨CDX2高表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理.方法:Trizol一步法提取高表达CDX2的MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与22 k基因表达谱芯片进行杂交;采用LuxScan 3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为>2倍或<0.5倍的标准来确定差异表达基因.结果:在23 238个基因中筛选出与细胞凋亡有关的差异性表达基因15条,其中8条基因表达上调和7条基因表达下调.结论:CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡可能与这15条差异表达基因关系密切.     

大鼠反流性食管炎和Barrett食管基因表达谱的比较

目的:研究Barrett食管(BE)和反流性食管炎(RE)组织基因表达谱的差异. 方法: 建立胃十二指肠混合食管反流SD大鼠动物模型,用含有4096条双点大鼠cDNA芯片分别比较BE,RE和正常食管上皮(NC) mRNA表达情况. 结果: 芯片杂交差异表达在3倍以上的基因,RE和NC杂交芯片232项,其中表达上调的基因90条,表达下调的基因142条;BE和NC杂交芯片448项,其中表达上调的基因312条,表达下调的基因136条;相对于RE,BE表达上调的基因214条,表达下调的基因86条. 结论: BE和RE在基因表达水平上存在差异.     

基因芯片技术对先天性巨结肠症相关基因的筛选

目的应用基因芯片技术筛选先天性巨结肠症(hirschsprung disease,HD)病变组织与自身正常组织之间的差异表达基因。方法采用全人类基因组表达谱芯片检测4对HD及其正常切缘组织的基因表达谱,并用RTPCR技术对个别差异表达基因进行验证。结果筛选出有表达意义的基因12 125个。筛选4对标本的差异表达基因共622个,其中下调基因584个(93.89%),上调基因38个(6.11%)。6个基因芯片与RT-PCR检测结果一致:其中碳酸酐酶平均上调76.05倍(芯片结果9.7倍),T细胞分化蛋白平均上调7.2倍(芯片结果5.3倍),细胞凋亡通路相关基因caspase-7平均上调3.04倍(芯片结果2.5倍),心脏和神经脊衍生蛋白2平均下调0.32倍(芯片结果0.23倍),神经降压素受体1平均下调0.32倍(芯片结果0.19倍),微管蛋白β-2B平均下调0.30倍(芯片结果0.19倍)。结论 HD组织与正常结肠组织间在基因的表达层面存在明显差异,筛选得到的基因可能参与了HD病变发生发展的生物学过程。     

正常及饥饿大鼠胃壁组织基因表达谱的研究

目的 通过荧光芯片技术从整体水平研究正常及饥饿大鼠胃壁组织基因表达谱,探讨饥饿大鼠胃壁组织基因表达的变化.方法 用SD大鼠建立正常和饥饿两种模型,动物断头取胃壁组织抽提RNA,荧光芯片杂交,并对实验结果 采用real time PCR、Northern blot 和Western blotting方法 验证.结果 在由基因或表达序列标签(ESTs)组成的9233个杂交点的大鼠基因芯片上,共有504个在饥饿大鼠胃壁组织呈差异表达.其中263个为已知基因,87个为已知的ESTs.在差异表达的基因或ESTs中,上调262 个,下调242个,这其中包括与细胞信号转导、细胞结构运动等相关的基因或ESTs.经初步验证,芯片数据的可靠性达80%.结论 利用荧光芯片技术研究正常及饥饿大鼠胃壁组织的基因表达谱,可以大规模、高通量发现胃在饥饿状态发生改变的基因,为进一步阐明饥饿胃肠生理、寻找新的与能量代谢及食欲调节相关的基因以及发现基因的新功能奠定基础.     

正常及饥饿大鼠胃壁组织基因表达谱的研究

目的通过荧光芯片技术从整体水平研究正常及饥饿大鼠胃壁组织基因表达谱,探讨饥饿大鼠胃壁组织基因表达的变化。方法用SD大鼠建立正常和饥饿两种模型,动物断头取胃壁组织抽提RNA,荧光芯片杂交,并对实验结果采用real-timePCR、Northern blot和Western blotting方法验证。结果在由基因或表达序列标签(ESTs)组成的9233个杂交点的大鼠基因芯片上,共有504个在饥饿大鼠胃壁组织呈差异表达。其中263个为已知基因,87个为已知的ESTs。在差异表达的基因或ESTs中,上调262个,下调242个,这其中包括与细胞信号转导、细胞结构运动等相关的基因或ESTs。经初步验证,芯片数据的可靠性达80%。结论利用荧光芯片技术研究正常及饥饿大鼠胃壁组织的基因表达谱,可以大规模、高通量发现胃在饥饿状态发生改变的基因,为进一步阐明饥饿胃肠生理、寻找新的与能量代谢及食欲调节相关的基因以及发现基因的新功能奠定基础。     

糖尿病性勃起功能障碍大鼠的基因表达谱芯片数据分析

目的研究糖尿病性勃起功能障碍大鼠基因表达谱芯片数据,应用生物信息学方法挖掘与糖尿病性勃起功能障碍相关的基因,初步探讨其功能及相应分子机制。方法应用GeneSifter在线分析软件对5个正常大鼠阴茎组织和5个糖尿病性勃起功能障碍大鼠阴茎组织基因芯片数据进行分析。结果筛选得到661个差异表达基因,其中280个上调,381个下调。其中kruppel-like factor 5(klf5)基因上调表达4.01倍,ceruloplasmin(cp)基因上调表达5.14倍,collagen,type Ⅺ,alpha1基因下调表达5.84倍,collagen,type Ⅰ,alpha1下调表达5.77倍。661个差异表达基因的功能涉及糖蛋白生物合成、胶原纤维组建、血管发生过程、脂质代谢、细胞增殖等多种重要的生物学过程,以及脂肪酸代谢、神经变性机能紊乱、细胞外基质受体相互作用等信号通路。结论应用生物信息学方法分析糖尿病性勃起功能障碍大鼠基因表达谱发现上调的klf5、cp基因和下调的collagen基因在糖尿病性勃起功能障碍的发病机理中起重要作用,生物信息学方法可为糖尿病性勃起功能障碍发病机制的研究开辟新思路。     

沙眼衣原体ompA基因克隆及其在真核细胞中的表达

目的克隆D型沙眼衣原体(Ct)ompA基因,构建真核表达重组质粒,转染真核细胞,为核酸疫苗的研制作准备.方法用PCR技术从D型Ct基因组DNA中扩增ompA基因片段,重组入pUCm-T克隆载体.将pUCm-T/ompA中的ompA外源基因片段经酶切、连接等反应,亚克隆入pcDNA3.1真核表达载体,进行序列分析和酶切鉴定后,运用脂质体将重组体pcDNA3.1/ompA转染HeLa细胞,免疫组化法观察目的的基因的表达.结果从D型Ct基因组DNA中扩增出特异的ompA基因片段;序列测定证实与GenBank登陆的D型Ct一致;重组质粒pcDNA3.1/ompA在HeLa中获得表达.结论Ct ompA基因能够在体外真核细胞表达,为进一步研究Ct致病机制及DNA疫苗的研究提供理论依据.     

Ｌｉｍｓ Ｅ：一个新的ＬＩＭ同源域基因的克隆和初步分析

目的:克隆与分析小鼠不同剪切的Lims基因.方法:应用巢式RT-PCR,以小鼠cDNA为模板,扩增Lims基因不同剪切子,构入PinPointTM Xa-1T质粒,测序鉴定.结果:测序表明克隆了新的Lims基因变异剪切体Lims E,该变异剪切体编码区为1 164 bp.编码387个氨基酸.结论:比较基因组学分析显示,成功地克隆了一新的小鼠Liras基因剪切子Lims E,为进一步研究Lims基因在细胞发育中的功能打下了基础.     

哺乳动物性别决定基因的研究进展

目的了解哺乳动物性别决定基因的作用与功能。方法查阅本领域国内外文献并进行综述。结果SRY、SOX9、WT1、SF1、AMH及DAX1等基因都参与哺乳动物性别决定。结论性别决定基因的研究对性分化与发育异常等临床疾病的诊断和治疗具有十分重要的意义。     

人B7-1/Sart3融合基因的克隆和表达

目的：构建人共刺激分子CD80(B7-1)、T细胞识别的鳞状细胞癌抗原3(Sart3)融合基因真核表达载体，并分别在原核和人成纤维细胞中表达。方法：采用RT-PCR技术，从人胎盘组织抽提的总RNA中克隆Sart3基因的部分cDNA序列(第1～1281bp)．此段序列包括已报道的能诱导HLA限制性细胞毒性T淋巴细胞的抗原表位。然后将不含终止密码子的B7-1 cDNA和Sart3 cDNA共克隆入真核表达载体pEGFP-N1，测定核苷酸序列确定重组成功后，分别转染大肠杆菌和人成纤维细胞，利用流式细胞仪和Western blot检测B7和Sart3的表达。结果：构建人B7、Sart3融合基因真核表达载体B7sart3／pEGFPN。测序结果与GenBank的B7、Sart3相应序列(NM_005191、NM_014706)一致．阅读框无改变。流式细胞仪测定发现在转染的人成纤维细胞表面有明显的荧光增强．免疫印迹发现融合蛋白可以与抗B7抗体反应，融合蛋白分子量与B7-Sart3-EGFP的预测分子量相当。结论：成功构建真核表达载体B7Sart3／pEGFPN，并在人成纤维细胞中表达。为下一步研究将SART3蛋白作为肿瘤疫苗应用于骨肉瘤的生物治疗打下基础。     

穿梭质粒pZH32的构建

以pS189、pSV_2gpt、pMCi5为材料,构建了以EB病毒为基础,以酪氨酸tRNA琥珀突变校正基因SupF为靶基因,以黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶基因Eco gpt为选择标记基因的穿梭质粒pZH32。pZH32长9.4kb,克服了以SV40为基础的穿梭质粒自发突变率高以及宿主范围局限的缺点。SupF基因遗传背景清楚,长度126bp,便于进行序列分析。gpt基因使转化克隆的筛选更加方便。有利于建立一种化学诱变剂的分子检测系统,研究基因突变的类型和突变机制。     

GFP-pl6融合基因表达载体的构建

本文报道了以ＧＦＰ（绿色荧光蛋白）基因为报告基因，ｐｌ６基因为目的基因，将ｐｌ６基因分别插入ＧＦＰ基因的上游和下游，构建成ＧＦＰ－ｐｌ６融合基因表达载体ｐＣｐｌ６Ｇ和ｐＣＧｐ１６，并通过酶切、电泳技术对重组体进行了鉴定。该表达载体的构建成功为开展ｐｌ６转基因动物模型的建立及其特性研究奠定了基础     

Rh(-)献血者128例基因分型

目的：探讨Rh(-)献血者RhD基因分型的临床意义。方法：采用PCR－－SSP技术检测郑州市128例Rh（－）献血者的RhD基因结构，用氯仿／三氯甲烷法放散检测D^u检测，结果：RhD基因多态性存在3种基本形式，其中外显子完整存在32例（25．00％），全部为D^u型，完全缺失85例（66．41％），部分缺失11例（8．59％），其中2例为D^u型。结论：RhD基因的丰富多态性对于确保输血安全具有指导意义。     

肿瘤特异性报告基因载体的构建

目的：将构建一种能在肿瘤组织中进行肿瘤行异性表达的逆转录病毒载体，增强肿瘤基因治疗的靶向性。方法：PCR法获得HER2基因的启动子片段并将其克隆至逆转录病毒载体P^LXSN中，再将突变型绿色荧光蛋白（mtGFP)基因克隆至该启动子下游。结果：质粒P^LHSN经EcoR I和BamH I酶切后可切出510bp和5.8kb两条片段；质粒P^LHGSN经BamH I酶切可切出520bp和6.7kb两条片段。结论：成功构建了携带HER2基因启动子和mtGFP报告基因的逆转录病毒载体。     

慢性胃炎胃粘膜上皮细胞中bax、fas、p16基因的表达

目的:探讨bax、fas和p16在胃粘膜病变发生发展过程中的作用及意义.方法:应用免疫组织化学方法,检测慢性浅表性胃炎(CSG)和轻、中、重度慢性萎缩性胃炎(CAG)患者胃粘膜上皮细胞中bax、fas(促凋亡基因)和p16(增殖负调控基因)基因蛋白的表达情况.结果:CSG和轻、中、重度CAG胃粘膜中bax的表达率分别为41.75%、72.41%和78.26%,fas的表达率分别为39.81%、65.52%和78.26%,p16的表达率分别为9.71%、24.14%和30.43%.轻、中、重度CAG与CSG比较,bax、fas、p16的表达差异有显著性意义P<0.05～0.01.轻、中、重度CAG间比较,差异无显著性意义.结论:bax、fas和p16的高表达,使得细胞增殖/凋亡的比例失衡,在胃粘膜病变的发生发展中可能有重要意义.     

应用RNA干扰抑制目的基因在小鼠体内表达

目的研究RNA干扰(RNAi)对体外和体内基因表达的沉默作用。方法以PCR方法从基因组DNA中克隆出依赖于RNA聚合酶Ⅲ的H1启动子,并用于驱动RNAi片段的合成;构建特异性针对目的基因(绿色荧光蛋白,GFP)的RNAi载体(Pi)。将RNAi干扰载体和GFP载体转染NIH3T3细胞,应用荧光显微镜观察、RT-PCR、流式细胞技术(FACS)分析上述细胞中RNAi对目的基因GFP表达的抑制效果,进一步在个体水平将RNAi载体注入小鼠体内,研究RNAi对GFP表达的抑制情况。结果RNAi能有效地使NIH3T3细胞中GFP表达量降低约60%以上,并能有效地抑制GFP在转基因小鼠体内的表达。结论RNAi技术能抑制目的基因在体内外的表达,是一种有效的基因治疗工具。