肾透明细胞癌中预后相关RNA编辑位点的筛选

目的 探讨肾透明细胞癌(ccRCC)中与患者生存预后相关的RNA编辑位点。方法 下载癌症基因组图谱(TCGA)中RNA编辑位点的表达数据,使用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)及Cox回归筛选出与ccRCC预后密切关联的RNA编辑位点。根据多因素Cox结果计算患者的风险评分后构建预后模型和列线图,进一步采用接受者操作特征(ROC)曲线评估预后模型和列线图的准确性,并进行相关的功能学分析。结果 共筛选出25个与ccRCC预后相关的RNA编辑位点。根据风险评分的中位值将患者分为高风险组(n=222)与低风险组(n=226)。Kaplan-Meier生存分析结果显示,高风险组患者的总生存时间与疾病无进展生存时间均低于低风险组(P<0.001)。预后模型和列线图预测患者1、3、5年生存的曲线下面积(AUC)值分别为0.801、0.824和0.806、0.858,0.833和0.821。风险分组之间具备不同的生物学功能及药物敏感性。结论 通过公共数据库筛选出的25个RNA编辑位点有望会成为ccRCC患者新的预后标记物。     

伪基因和长链非编码RNA在肾透明细胞癌患者血浆中的表达与临床意义

目的: 探讨肾透明细胞癌（简称肾癌）患者血浆中伪基因和长链非编码RNA(lncRNA)的表达及临床价值。方法: 收集50例肾癌患者和26例体检健康者的血浆样本,采用qRT-PCR检测血浆样本中伪基因和lncRNA的表达水平;运用cBioPortal、GEPIA、oncolnc、UALCAN、Kaplan Meier plotter等数据库分析差异表达的伪基因和lncRNA与患者预后的关系;应用MPH-dCase9介导转录调控上调目的基因在肾癌细胞系786-O中的表达,qRT-PCR验证其表达水平,CCK 8检测目的基因上调后细胞增殖活性;运用StarBase数据库预测目的基因的miRNA靶标并分析其在肾癌中的表达,通过Kaplan-Meier plotter数据库分析miRNA靶标与患者预后的关系。结果： 伪基因PLEKHA8P1、CXCR2P1、KLRAP1、FER1L4、PDXDC2P和lncRNA TLX1NB、DIO3OS在肾癌患者血浆中的表达水平均明显高于体检健康者,而LINC00482的表达明显低于体检健康者。伪基因PLEKHA8P1、CXCR2P1、FER1L4和lncRNA TLX1NB、LINC00482、DIO3OS在肾癌患者中发生不同频率的突变,且与患者总体生存期相关,其中,CXCR2P1、FER1L4和TLX1NB还与患者无病生存期相关;另外,PLEKHA8P1、KLRAP1、PDXDC2P、FER1L4和 DIO3OS高表达与患者不良预后相关,而LINC00482表达与患者总体生存期无关,TLX1NB低表达与不良预后相关,与预期相反。对TCGA数据库的肾癌样本进行分析发现,与正常组织比较,FER1L4和DIO3OS在肾癌组织中高表达,体外实验结果表明FER1L4和DIO3OS上调可促进786-O细胞增殖。通过StarBase数据库预测,分别获得24、13个FER1L4和DIO3OS的miRNA靶标,其中hsa-miR-556-5p和hsa-miR-660-5p在肾癌中的表达分别与FER1L4和DIO3OS表达呈负相关,并与肾癌患者不良预后相关。结论： 伪基因PLEKHA8P1、CXCR2P1、KLRAP1、FER1L4、PDXDC2P和lncRNA DIO3OS可作为肾癌潜在的早期诊断及预后生物标志物,其中FER1L4和DIO3OS可能通过调节hsa miR 556 5p和hsa-miR-660-5p参与肾癌发展。     

基于TCGA数据库的肾透明细胞癌miRNA预后模型的构建及蛋白互作网络分析

目的：通过微小RNA(microRNA,miRNA)预后模型筛选肾癌高危人群并进行早期干预治疗,以提高患者的生存率。方法：基于癌症基因图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库,通过风险生存曲线、受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线及生存状态图对模型进行评价并对风险评分进行独立预后分析,筛选肾透明细胞癌预后相关的miRNA,建立预后风险模型。结果：(1)从TCGA数据库初步筛选3 613个差异性表达的m RNA和49个差异表达的miRNA。(2)通过单、多因素Cox回归分析筛选出3个与预后相关的miRNA构建风险预后模型,并且Train组、Test组和所有样品的高低风险组存在明显生存差异;3组样本1、3、5年生存分析的ROC曲线下面积均接近或大于0.70,风险评分可以作为独立预后因子。(3)在GO富集分析中,主要富集在肾单位的发育、突触后密度及离子跨膜转运蛋白活性等;而在KEGG富集分析中,主要参与其他类型的O-聚糖生物合成、N-聚糖生物合成等通路。结论：基于TCGA数据库构建的3个miRNA风险预...     

m5C甲基化相关基因预测肾透明细胞癌的预后

目的：利用肿瘤基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的数据,构建m5C甲基化相关基因组成的生存预后模型,分析与肾透明细胞癌生存有关的独立预后影响因素以预测肾透明细胞癌患者的预后。方法：从TCGA数据库下载肾透明细胞癌患者资料,从已发表的文献中获取m5C甲基化相关基因并分析其在肿瘤组和对照组间的表达差异。对这些基因进行共识聚类分析以揭示m5C甲基化相关基因与肾透明细胞癌预后之间的关系。通过单变量Cox分析和Lasso?Cox回归分析构建出生存预后模型并分析与肾透明细胞癌相关的预后影响因素,GO和KEGG富集分析进一步探索生物功能和潜在的信号通路。通过qRT?PCR验证m5C甲基化相关基因在肾透明细胞癌细胞系及组织和正常肾细胞系及组织之间的差异表达。 结果：m5C甲基化相关基因在肾透明细胞癌肿瘤组和正常组之间存在差异性表达。共识聚类分析结果显示亚群1的肾透明细胞癌患者预后优于亚群2。构建的生存预后模型将肾透明细胞癌分为高风险组和低风险组,单变量和多变量Cox分析显示分级和分期可能是肾透明细胞癌的独立预后因素,而GO和KEGG分析显示m5C?RNA甲基化修饰可影响肾透明细胞癌的进展。 此外,qRT?PCR实验也证实m5C甲基化相关基因在肾透明细胞癌肿瘤组和正常组之间表达存在差异。结论：本文构建的m5C 甲基化相关基因的生存预后模型可以预测肾透明细胞癌患者的预后。     

ROS1在肾透明细胞癌患者的预后价值

目的 研究ROS1在肾透明细胞癌(renal clear cell carcinoma,ccRCC)中的作用。方法 我们运用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Map,TCGA)和基因表达综合数据库(Comprehensive Database of Gene Expression,GEO,GSE781)分析ROS1表达。采用Pearson χ²检验分析ROS1的表达与临床病理变量的关系,运用单因素/多因素的临床变量与预后关联的Cox回归分析,Kaplan-Meier建立生存曲线,在进行比较差异生存曲线。结果 在单因素和多因素分析中,评估患者预后因素与生存结果之间的关系。与对照组相比,ROS1的表达在癌症组织中上调(P<0.05),在单因素Cox回归分析中,ROS1在TCGA和GSE781数据库中与疾病预后显著相关(P<0.05)。ROS1高表达的患者12年总生存率(overall survival,OS)发生率明显低于低表达组[风险比(hazardratio,HR)=2.11,95%可信区间(confidence interval,C...     

Copines蛋白家族在肾透明细胞癌中的潜在预后价值

目的 探讨Copines蛋白家族(CPNEs)在肾透明细胞癌(KIRC)中的潜在预后价值。方法 在GEPIA、HPA、Kapian-Meier Plotter、cBioPortal GeneMANIA、STRING、TIMER2.0等数据库中对KIRC患者的CPNEs表达差异、生存预后、临床分期、基因突变、蛋白互作、免疫浸润等数据进行生物信息学分析和整理。结果 CPNE1、CPNE2、CPNE5、CPNE7、CPNE8在KIRC组织中表达水平均显著升高(P<0.05),CPNE3、CPNE4、CPNE6在KIRC组织中表达水平均显著降低(P<0.05),CPNE1、CPNE3、CPNE7的mRNA的表达水平与KIRC的临床分期明显相关(P<0.05)。高表达CPNE1、CPNE7的KIRC患者的总体生存率(OS)明显低于低表达的患者(P<0.05),低表达CPNE3、CPNE6的KIRC患者的OS明显低于高表达的患者(P<0.05)。此外,差异表达的CPNEs的功能主要依赖于钙依赖性磷脂结合蛋白参与的信号通路的跨膜运输和与蛋白质的相互作用。CPNEs在KI...     

PTEN与肾透明细胞癌预后的关系

目的探讨PTEN在肾透明细胞癌中的表达情况与生物学意义。方法应用免疫组织化学S-P法检测84例肾透明细胞癌(TNM病理分期:Ⅰ期45例,Ⅱ期29例,Ⅲ期8例,Ⅳ期2例;细胞核分级:1级49例,2级21例,3级11例,4级3例)中PTEN的表达情况,分析PTEN的表达与肾透明细胞癌TNM病理分期、细胞核分级之间的关系。结果 PTEN的表达与肾透明细胞癌的TNM病理分期、细胞核分级呈负相关(r=-0.354,P=0.001;r=-0.402,P=0.000 1),即PTEN的表达随着TNM病理分期和细胞核分级的增高逐步降低。结论肾透明细胞癌中PTEN的表达是了解其预后的重要指标。     

EHD2和E-cadherin蛋白低表达与肾透明细胞癌预后不良相关

目的：探讨EHD2和E-cadherin蛋白在肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)中的表达情况及其 临床意义。方法：采用蛋白质印迹法检测4对新鲜的ccRCC组织和癌旁组织中EHD2蛋白和E-cadherin蛋白的表达。选 取65例ccRCC患者的石蜡切片标本,采用免疫组织化学技术检测标本中EHD2与E-cadherin的表达情况,分析两者表达 相关性及与ccRCC各临床及病理指标的关系,并进一步探讨EHD2和E-cadherin蛋白与ccRCC患者预后的关系。结果： 蛋白质印迹法实验结果显示EHD2和E-cadherin蛋白在4对ccRCC癌组织中呈低表达,在癌旁组织中呈高表达。免疫组 织化学结果显示：EHD2与E-cadherin蛋白在局限性ccRCC癌组织中表达水平明显高于转移性ccRCC癌组织。两种蛋白 表达水平随着临床TNM分期及Fuhrman病理分级的升高而显著降低(分别为P<0.01和P<0.05)。Spearman分析结果显示： EHD2与E-cadherin蛋白在ccRCC中的表达水平呈正相关(r=0.390,P<0.01)。生存分析显示EHD2和E-cadherin蛋白同时低 表达的ccRCC患者其生存率明显低于二者单独或同时高表达ccRcc患者(P<0.05)。结论：EHD2和E-cadherin蛋白低表达 与ccRCC的预后不良相关。     

肾透明细胞癌患者预后危险因素分析

目的 探讨术前纤维蛋白原和血小板计数在预测肾透明细胞癌患者(CCRCC)预后中的价值.方法 回顾性分析我院2005年1月至2015年1月行手术治疗的300例非转移性CCRCC患者的临床资料.应用Kaplan-Meier法和Log-rank检验进行单因素生存分析,比较患者临床病理特征与肿瘤特异性生存(CSS)和无复发生存...     

基于TCGA数据库构建肾透明细胞癌自噬相关基因风险预测模型

目的 基于TCGA数据库中差异表达自噬相关基因(DEARGs)构建肾透明细胞癌(ccRCC)预后预测模型.方法 从TCGA数据库中下载537例ccRCC及96例正常组织RNA测序数据,提取自噬相关基因(ARGs)表达谱.通过对比癌和正常组织,获取差异表达基因列表,将其中489例有配对临床信息的ccRCC样本通过随机抽样的方法按照7:3的比例拆分为训练组(n=344)与验证组(n=145),在训练组中利用单因素和多因素Cox回归分析构建预后预测模型,并在验证组中对模型进行验证评估.结果 分析筛选出36个DEARGs,运用单因素和多因素Cox回归分析筛选得8个DEARGs(CX3CL1、PRKCQ、RAB、VMP1、IFNG、EIF4EBP1、ATG16L2和BID)及其风险系数(coefficient,COEF),并计算每位患者的风险评分(RS),以中位风险评分(RS)为截断值,将训练组和验证组的患者分为低风险组和高风险组.Kaplan-Meier法和Log-Rank法分析显示,RS高的患者总体生存率差于评分低的患者(P<0.05).研究在验证组得到一致性的结果(P<0.05).此外,多因素回归分析揭示该预测模型是ccRCC患者预后预测的独立风险因子(P<0.05).结论 自噬相关差异表达基因是ccRCC患者潜在的诊断和预后评估标志物,可为患者术后个体化治疗提供理论支持.     

透明细胞乳头状肾细胞癌的研究进展

2016年WHO正式将透明细胞乳头状肾细胞癌作为一种肾细胞癌新类型。该肿瘤可以为散发性也可以发生于终末期肾病或Von Hippel?Lindau综合征（VHL综合征）,具有相对特征性的病理组织学形态、免疫表型和分子遗传学特点,诊断时应与透明细胞肾细胞癌、乳头状肾细胞癌以及Xp11.2易位/TFE3基因融合相关性肾癌相鉴别。鉴于透明细胞乳头状肾细胞癌生物学行为相对惰性或低度恶性,因此准确诊断对指导临床治疗和判断预后具有十分重要的意义。     

多发肾透明细胞癌11例磁共振影像分析

目的 描述多发肾透明细胞癌的MR影像表现.方法 回顾性分析2008年1月至2010年12月解放军总医院共11例经病理证实的多发肾透明细胞癌的MR影像资料及临床资料,重点分析病灶的分布、大小、外形、信号,增强特点.结果 11例多发肾细胞癌患者,其中6例女性,5例男性,年龄36 ～ 69岁,平均50.6岁,共发现24个病灶.9例患者为双肾多发病变,单侧肾多发病变为2例.T2加权图像高信号的有16个病灶(16/24),所有病变均可见假包膜,出血的有4例(4/24),含有脂质的为12例(12/24),囊变的有18例(18/24),动态增强扫描各期持续强化的有22例(22/24),快进快出的有2例(2/24).所有病变呈现中度至明显强化.5例患者的多发病变MR表现一致,6例患者的多发病变MR表现并不一致.结论 多发肾细胞癌通常为两肾多发.同一患者的多发病变即使病理类型一致,MR表现可能不同.     

一种改进的肾透明细胞癌原代细胞培养方法

目的 对肾透明细胞癌原代培养方法进行改进,以获得纯度及活力更高、遗传表型与来源更相近的肾透明细胞癌细胞系.方法 将经过胶原酶消化法或机械法取得的肿瘤样本单细胞悬液,置入超低黏附培养板,用添加有丝分裂原等细胞因子的无血清培养基悬浮培养,离心滤除非肿瘤细胞和无成瘤能力肿瘤细胞,获得纯度高、异质性的肿瘤细胞囊球,囊球可以连续传代悬浮培养,也可转至常规培养条件培养,都可得到能连续传代的肿瘤细胞株.用流式细胞仪鉴定瘤球传代细胞,并与肾癌临床样本细胞进行表型比对.结果 与单纯机械法或胶原蛋白酶消化法分离细胞及含血清培养基培养的方法相比,本法成功率更高,获得的肾透明细胞癌细胞保持与临床样本相似的异质性分化类型和表面抗原表达,并且无杂细胞污染.培养的细胞可经历稳定的连续传代并用于肿瘤相关研究.结论 该方法简便易行,成功率高,培养的肾透明细胞癌细胞株可作为肾癌研究的良好实验模型.     

SPOP蛋白在肾透明细胞癌中的表达

目的 检测SPOP蛋白在人肾透明细胞癌细胞株、肾透明细胞癌组织及正常肾组织中的表达,探讨其表达与肾透明细胞癌的关系。方法 采用免疫细胞化学EnVision二步法检测肾癌细胞株A498中SPOP的表达情况。取山东大学第二医院泌尿外科肾癌患者手术标本,采用HE染色明确肿瘤病理分级,分别采用免疫组织化学EnVision二步法、蛋白质印迹法定性及定量检测肾透明细胞癌及正常肾组织中SPOP的表达水平。结果 SPOP在人肾癌细胞株A498、肾透明细胞癌组织中均为阳性表达,正常肾组织中SPOP表达为阴性。结论 SPOP可能是一种肾透明细胞癌的分子标记物,对其监测将有可能协助肾透明细胞癌的诊断。     

汉族人肾透明细胞癌肺转移小鼠模型的建立及肺转移细胞亚株的筛选

目的:建立可稳定传代的肾透明细胞癌小鼠肺转移模型,并在此基础上初步筛选出肾透明细胞癌特异性鼠肺转移细胞亚株,为后续研究奠定基础。方法:选用本实验室前期建立的肾透明细胞癌细胞株RCC05-TXJ,体外扩增培养制成细胞悬液后注射于NOD-SCID小鼠颈背部皮下,成瘤后取出瘤组织接种于另外NOD-SCID小鼠的肾包膜下,待有肉眼可见瘤块后,处死小鼠并取出肿瘤组织接种于新NOD-SCID小鼠的肾包膜下,反复数轮,直至出现稳定的鼠肺转移模型。此时取模型鼠肺转移组织,一部分继续接种于新鼠肾包膜下,反复数轮,尝试以转移组织诱导肺转移;另一部分进行原代培养,细胞经体外扩增纯化后制成悬液接种于新鼠肾包膜,数轮循环至产生肺转移,筛选能产生稳定鼠肺转移的细胞亚株。整个筛选过程均观察记录原位成瘤、淋巴及肺转移形成情况,并对肿瘤组织进行病理组织学观察及CA9（肾癌标志）、CD133（干细胞标志）表达检测。结果:以RCC05-TXJ细胞株接种所致NOD-SCID小鼠颈背部皮下肿瘤组织作为移植瘤材接种鼠肾包膜在第2轮即出现鼠肺转移,此后3~6轮以鼠肺转移组织移植肾包膜下,均能成功诱导转移。以鼠肺转移组织原代培养RCC细胞均获成功,第6轮原代培养细胞扩增纯化后制成的细胞悬液（RCC05-TXJ-L）接种于鼠肾包膜下,出现特异性肺转移,重复2轮实验结果稳定。RCC05-TXJ-L细胞具有生长速度快（传代时间约为2 d）、原位成瘤时间短（1周左右）、接种后转移性较强、CA9及CD133表达升高等特点。结论:RCC05-TXJ在NOD-SCID小鼠体内多轮反复筛选可建立稳定的肾细胞癌鼠肺转移动物模型;在此基础上筛选出的肺转移性细胞亚株RCC05-TXJ-L可稳定诱导NOD-SCID鼠产生肺部转移。     

肾透明细胞癌腮腺转移1例报告

1 临床资料女性患者,56岁,3年前因右肾区不适诊断为肾癌行右全肾切除,半年前无意中发现右腮腺无痛肿块,无症状,不影响日常生活.     

HAPLN3基因在肾透明细胞癌中的表达及其与预后、免疫的关系

目的 探讨透明质酸和蛋白多糖链接蛋白家族基因成员3（HAPLN3）在肾透明细胞癌（ccRCC）中的表达及其与预后、免疫的关系。方法 利用多个公共数据库分析HAPLN3在ccRCC中的差异表达、预后价值,以及与肿瘤微环境、免疫细胞浸润、免疫检查点及免疫检查点阻断反应评分（TIDE）等的相关性,并行富集分析HAPLN3在ccRCC中的潜在作用机制。通过免疫组织化学法检测HAPLN3蛋白在癌组织和癌旁组织中的表达,采用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）和Western blotting检测ccRCC细胞株（OS-RC-2、ACHN）HAPLN3 mRNA和蛋白的表达。细胞转染siRNA沉默HAPLN3,用qRT-PCR检测不同ccRCC细胞株中HAPLN3基因沉默的有效性。采用CCK-8法检测HAPLN3基因表达降低对不同ccRCC细胞株增殖的影响。结果 生物信息学分析结果表明,ccRCC中HAPLN3 mRNA相对表达量高于正常肾脏组织（P <0.05）,在不同WHO/ISUP分级的ccRCC中发现G4组HAPLN3 mRNA相对表达量高于G3组（P <0.05）。生存分析结果表明,HAPLN3高表达组总体生存率（OS）低于低表达组（P <0.05）,且G4组OS也低于G3组（P <0.05）。单因素Cox回归分析结果表明,HAPLN3高表达［HR=1.548（95% CI：1.325,1.801）］、高龄［HR=1.029（95% CI：1.016,1.042）］、高pT分期［HR=1.923（95% CI：1.632,2.265）］、高pN分期［HR=3.425（95% CI：1.818,6.456）］、高pTNM分期［HR=1.867（95% CI：1.638,12.12）］、高Grade分级［HR=2.291（95% CI：1.870,2.806）］是ccRCC患者不良预后的影响因素（P <0.05）;多因素Cox回归分析结果表明,HAPLN3高表达［HR=1.430（95% CI：1.144,1.789）］、高龄［HR=1.006（95% CI：1.006,1.043）］、高pTNM分期［HR=1.661（95% CI：1.205,2.289）］、高Grade分级［HR=1.486（95% CI：1.070,2.065）］是ccRCC患者不良预后的独立影响因素（P <0.05）。HAPLN3 mRNA相对表达量与B淋巴细胞、CD4⁺ T淋巴细胞、CD8⁺ T淋巴细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞浸润呈正相关（r_s =0.284、0.532、0.584、0.617、0.323和0.620,均P =0.000）。G4组CTLA4、LAG3、PDCD1、TIGIT mRNA相对表达量和TIDE评分高于G3组（P <0.05）。GESA富集分析结果表明,HAPLN3在ccRCC中与多条免疫及肿瘤通路相关。癌组织HAPLN3阳性表达率高于癌旁组织（P <0.05）。OSRC-2、ACHN细胞HAPLN3 mRNA和蛋白相对表达量高于HK-2细胞（P <0.05）。si-NC组、si-HAPLN3组不同时间点OS-RC-2、ACHN细胞的OD值比较,采用重复测量设计的方差分析,结果 ①不同时间点OS-RC-2、ACHN细胞的OD值有差异（F =481.158和292.321,均P =0.000）;②两组OS-RC-2、ACHN细胞的OD值有差异（F =27.471和255.219,均P =0.002）;③两组OS-RC-2、ACHN细胞的OD值变化趋势有差异（F =20.799和11.301,P =0.017和0.040）。结论 HAPLN3在ccRCC中表达上调,并与肿瘤细胞增殖相关,可能是ccRCC患者的独立预后标志物,并有作为免疫治疗靶点的潜在价值。