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 共查询到20条相似文献,搜索用时 718 毫秒
1.
目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨甘草治疗异位性皮炎(AD)的潜在有效成分及作用机制。方法2021年9月至2022年4月利用TCMSID数据库结合文献调研收集甘草的化学成分,根据各成分的靶点选择性、成药性、潜在毒性等性质进行成分过滤;运用SEA、SwissTargetPrediction、PPB2以及TargetNet平台对甘草化学成分进行靶点预测并利用Python代码对预测靶点名称进行标准化和不同网站的靶点结果合并;通过OMIM和GeneCards5.0数据库检索AD的相关靶点;将AD靶点与甘草成分预测靶点取交集后运用Cytoscape 3.9.0软件构建“中药-成分-靶点”网络,并获得甘草成分抗AD的潜在靶点和活性成分;采用DAVID V6.8数据库对甘草成分抗AD的潜在靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并构建“中药-靶点-通路”网络;利用String数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建蛋白相互作用(PPI)网络;通过整合“中药-成分-靶点”网络、“中药-靶点-通路”网络和PPI网络,构建“中药-成分-靶点-通路”网络,并筛...  相似文献   

2.
目的 探讨丹参-当归治疗缺血性脑卒中(CIS)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Swiss TargetPrediction数据库获取丹参和当归的活性成分及作用靶点,并通过检索PubMed、中国知网相关文献进行补充;通过GeneCards、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库获取CIS的潜在靶点;将丹参-当归治疗CIS的共有靶点导入String 11.0平台,构建活性成分与疾病靶点蛋白的蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.8. 2软件构建疾病-药物-活性成分-靶点可视化网络;将共有靶点导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.8. 2软件构建活性成分-核心靶点-通路网络;利用AutoDock软件对疾病-药物-活性成分-靶点网络中度值排名前6的核心靶点和活性成分进行分子对接验证。结果 共检索到82种活性成分,其中丹参65个、当归17个,潜在作用靶点787个,疾病靶点671个,共有靶点76个。度值排名前6的活性成分为丹参醇B...  相似文献   

3.
目的预测逍遥散潜在的主要活性成分和作用靶点,探索其多成分-多靶点-多通路治疗抑郁症的可能作用机制。方法采用中医药整合药理学研究平台构建逍遥散抗抑郁成分靶标-疾病靶标网络,通过网络分析方法筛选关键节点,并在此基础上对关键节点进行通路富集分析,探索逍遥散治疗抑郁症可能参与的生物过程。结果逍遥散中多个成分可通过钠钾ATP酶α1,及ATP合酶α,β和γ亚基等靶点,调节三羧酸循环、糖代谢、氨基酸代谢、5-羟色胺能突触和氧化磷酸化等通路发挥抗抑郁作用。结论逍遥散可能通过"多成分-多靶点"模式调节能量代谢发挥抗抑郁作用。  相似文献   

4.
目的: 运用网络药理学探讨"海藻-昆布"治疗甲状腺结节作用机制。方法: 利用中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选海藻、昆布的活性成分和相关靶点,通过UniProt数据库进行靶点标准化;运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络;通过Genecards数据库检索甲状腺结节相关基因;利用String数据库构建蛋白互作网络图;通过R语言和Bioconductor数据库对潜在靶点进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;最后通过分子对接技术将核心活性成分与核心靶点进行对接。结果: 筛选后得到海藻、昆布共11个活性成分,194个相关靶点,核心靶点有AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3等;GO分析得到129个相关过程,KEGG分析得到155条信号通路,分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论: "海藻-昆布"治疗甲状腺结节是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果,为"海藻-昆布"的临床应用以及甲状腺相关疾病临床研究提供一定的理论依据。  相似文献   

5.
《中国药房》2019,(9):1220-1225
目的:采用网络药理学方法探究金钱草治疗胆囊相关疾病的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),以"类药五原则"和"口服吸收利用度(OB)>30%"为标准筛选金钱草活性成分,预测相关靶点,并利用Cytoscape 3.2.1软件构建活性成分-靶点网络;在数据库TTD、OMIM、PharmGKB、DrugBank和GAD中,以"胆石症""胆结石""胆囊炎"和"胆管炎"为关键词预测相关靶点,构建疾病-靶点网络,并与活性成分作用靶点融合,获得治疗靶点,使用数据库DAVID对靶点进行通路富集分析,以靶点与活性成分进行分子对接,以此筛选出金钱草发挥治疗作用的主要成分。结果:筛选获得金钱草中具有类药性、口服吸收较好的27种成分;通过网络构建、融合得到金钱草作用靶点33个,通路富集分析得到相关通路7条,主要涉及癌症通路、ABC转运体通路等;金钱草活性成分中对接得分排序前4位的分别是山柰酚、金合欢素、橙皮素和异鼠李素,主要作用于ABCC3、ABCB1、ABCC2、ABCB4靶点。结论:金钱草主要通过ABC转运体通路发挥治疗胆囊相关疾病的作用。  相似文献   

6.
目的: 构建虎杖抗炎的"成分-靶点-通路"网络,探究虎杖可能的活性成分及其潜在作用机制。方法: 通过文献和TCMSP数据库查找虎杖化学成分,采用类药性(drug likeness,DL)以及口服生物利用度(oral bioactivity,OB)评估筛选活性成分;通过Drugbank、Pharmmapper数据库筛选虎杖活性成分潜在靶点基因,通过GeneCards和MalaCards数据库得到炎症相关基因靶点;将活性成分的潜在靶点基因与炎症相关基因进行比对,得到虎杖抗炎的潜在靶点基因;使用R语言和KOBAS3.0数据库对靶点基因功能和相关通路进行注释;采用Cytoscape3.6.1软件构建虎杖抗炎作用的"成分-靶点-通路"网络;将筛选得到的部分活性成分和关键靶点进行分子对接。结果: 从虎杖中共筛选出13个活性成分,涉及包括ELANE、PLG、ALB、MMP9等65个基因靶点,影响了Toxoplasmosis、IL-17 signaling pathway、Relaxin signaling pathway、TNF signaling pathway等96条信号通路;分子对接试验结果显示,筛选得到的两个活性成分与关键靶点的结合能力与阳性药物接近。结论: 构建的"成分-靶点-通路"网络图揭示了虎杖通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥抗炎作用,分子对接试验间接证实了网络药理学预测结果的可靠性与准确性。研究结果为进一步阐释虎杖抗炎作用机制提供了科学依据。  相似文献   

7.
目的应用网络药理学技术,构建葛根抗缺氧作用的"活性成分-作用靶点-通路"网络,阐述葛根抗缺氧作用生物机制。方法基于化学成分数据库及Linpinski 5规则筛选葛根活性成分;Swiss target prediction及Genclips预测葛根抗缺氧作用靶点,String构建靶点交互作用网络并分析其关键靶点;DAVID数据库富集作用靶点的代谢通路,Cytoscape构建"活性成分-作用靶点-通路"网络,阐述葛根抗缺氧作用的生物机制。分子对接技术对分析结果进行可靠性验证。结果发现葛根抗缺氧主要活性成分34个,主要是异黄酮类、酚类化合物;作用靶点44个,其中ESR1,PTGS2,EGFR,NOS3,AR是关键靶点,作用靶点涉及一氧化代谢通路、5羟色胺突触通路、缺氧诱导因子信号通路等12条通路。分子对接结果显示多数活性成分与关键靶点具有结合作用。"活性成分-作用靶点-通路"网络显示葛根异黄酮、酚类活性成分通过疾病靶点,调控一氧化代谢通路、5羟色胺突触、HIF-1信号等通路。结论葛根异黄酮、酚类活性成分可能通过ESR1,PTGS2,EGFR等靶点调节缺氧诱导因子信号、一氧化氮代谢、5羟色胺等通路发挥抗缺氧作用。  相似文献   

8.
本研究通过网络药理学方法,探讨犀角地黄汤治疗系统性红斑狼疮(SLE)的作用机制。首先通过TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库检索犀角地黄汤各中药成分的活性成分及其靶点,汇总得到药物靶点;其次在CTD、OMIM和TCMIP数据库检索得到SLE的疾病靶点,并对药物靶点和疾病靶点的交集进行分析。利用Cytoscape3.7.1软件构建药物-成分-靶点-疾病网络。在String平台构建治疗靶点的蛋白质互作网络(PPI),筛选其关键模块和Hub基因,在DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。最终筛选出22个犀角地黄汤的活性成分, 209个药物靶点, 284个疾病靶点, 59个治疗靶点。药物-成分-靶点-疾病网络和PPI网络分析得到槲皮素、山奈酚、黄芩素等核心活性成分, PTGS2、CASP3、MMP9、AKT1、JUN、CXCL8、FOS、TP53等核心靶点。主要涉及TNF、PI3K-Akt、Toll样受体、T细胞受体、细胞凋亡等信号通路。研究表明犀角地黄汤可能通过调控炎症、免疫及细胞凋亡等信号通路,发挥抗炎、抑制异常免疫应答和细胞凋亡的作用,具有多中心、多靶点、多途径的特点。  相似文献   

9.
曹阳洋  徐旭  李文 《中国药事》2024,38(6):653-664
目的:采用网络药理学和分子对接技术挖掘清肺解毒汤(QFJDT)治疗肺纤维化(PF)的作用机制。方法:通过TCMSP 数据库,获取QFJDT的配方活性成分,利用Swiss Target Prediction数据平台对靶标进行预测。使用 GeneCards数据库收集PF相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。进而使用Cytoscape3.6.1绘制“药物-成分-基因-疾病”网络图、构建蛋白互作网络(PPI),并筛选出核心靶标。最后对潜在作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,建立成分-靶点-通路网络,并对关键靶点进行核心化合物分子对接。结果:从TCMSP 中获取QFJDT有效活性成分280个,靶点4571个;从GeneCards数据库获取PF相关基因5149个;通过构建“药物-成分-基因-疾病”网络获得QFJDT治疗PF的关键靶点224个;通过GO富集分析发现QFJDT治疗PF与3340个生物过程有关,包括抗氧化反应、对活性氧的反应等。KEGG 富集涉及164条信号通路,表明QFJDT主要通过糖尿病并发症中的AGEs-RAGE信号通路等发挥治疗PF的作用,最后以花生四烯酸5-脂氧合酶靶蛋白与QFJDT中15 个主要活性成分进行分子对接,发现橘皮素、香豆酚C、山奈酚等多个成分均表现出较好的亲和力,表明其与PF已知靶标有直接作用关系。结论:QFJDT包含多个与PF有抑制作用的药效成分,可通过多成分多靶标协同起效的作用机制发挥药效,本文可进一步为研究QFJDT治疗PF的药效物质基础及作用靶点提供参考。  相似文献   

10.
刘莉  王凤荣 《安徽医药》2024,28(5):909-914
目的通过网络药理学与分子对接法研究参七解郁方治疗双心疾病的潜在有效成分和作用通路。方法通过中药系统药理学数据库分析平台 TCMSP和 TCMID数据库查找该方所用药物的活性成分以及作用靶标,在 Gene Cards数据库下载双心疾病靶点;以 String平台数据为基础,利用 Cytoscape软件构建参七解郁方与双心疾病共同靶点的蛋白质 -蛋白质相互作用网络( PPI);绘制“活性成分 -靶点 -通路”网络图;采用 Auto Dock Tools工具进一步对接药物活性成分及可能作用的靶点。结果参七解郁方有 89个主要活性成分, 56个主要靶点,与 30个信号通路有关。将度值大于5的前 7个活性成分的分子配体与前5个靶点进行分子对接,结果显示活性成分与靶点分子对接能力均较好。结论参七解郁方通过多成分、多靶点、多通路参与双心疾病的治疗。  相似文献   

11.
目的 通过网络药理学及分子对接技术探讨半贝丸治疗支气管炎的分子作用机制。方法 基于TCMSP数据库结合文献报道筛选半贝丸的有效活性成分并预测作用靶点,构建半贝丸"成分-靶点"网络;运用GeneCards数据库和OMIM数据库获取支气管炎疾病靶点,构建韦恩图,获得半贝丸治疗支气管炎的作用靶点;采用Cytoscape软件构建"疾病-活性成分"网络模型;运用String平台将共同靶点进行蛋白相互作用(PPI)网络分析,通过Metascape数据库对靶点进行基因本体(GO)功能富集及基因组百科全书(KEGG)通路富集;并采用SwissDock在线数据库进行分子对接。结果 筛选得到半贝丸活性成分29个,共获得潜在靶点95个,支气管炎疾病靶点1 964个,半贝丸与支气管炎共同靶点49个。网络分析结果表明,半贝丸治疗支气管炎的关键靶点包括蛋白激酶(Akt1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、肿瘤抑制因子P53(TP53)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、原癌基因c-Jun产物(JUN)、基质金属蛋白酶-9(MMP9)等,主要通过细胞对有机环状化合物的反应、凋亡信号通路、转录调节复合物、半胱氨酸型内肽酶活性参与凋亡信号通路等生物过程发挥作用,KEGG富集主要涉及磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/Akt、细胞凋亡、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)等信号通路。分子对接结果显示半贝丸中β-谷固醇、黄芩素、豆甾醇等关键化合物与Akt1、VEGFA、TP53、CASP3等关键靶点有较好的结合能力。结论 半贝丸治疗支气管炎具有多成分、多靶点和多通路等特征。  相似文献   

12.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散(CRZS)治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...  相似文献   

13.
詹志敏  付万进  胡伟 《安徽医药》2023,27(8):1525-1530
目的 使用网络药理学技术探讨知母治疗2型糖尿病(T2DM)作用机制。方法 挖掘中药成分数据库中知母化学成分,获取化学成分的药代动力学参数用于构建药物的化学成分数据库;利用ADME模型筛选潜在活性分子;基于随机森林和支持向量机的方法预测活性分子作用靶点并构建知母化合物-靶点(C-T)网络;从多个人类疾病数据库检索T2DM相关靶点并构建疾病蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,构建知母活性-疾病靶点(C-D)网络;通过富集分析构建知母活性分子作用靶点-通路(CD-M)网络。结果 该研究得到的知母化学成分数据库一共有81个分子,通过ADME模型筛选得到15个活性分子,通过分析化合物作用靶点网络发现知母活性分子作用20个T2DM靶点蛋白,富集分析发现知母活性分子通过调控胰岛素通路、胰岛素抵抗通路、PI3K-Akt信号、NOS3通路、HIF-1通路、能量代谢等途径治疗T2DM。结论 知母可通过多成分、多靶点、多途径的协同作用治疗T2DM。  相似文献   

14.
目的 基于网络药理学方法研究葛根发挥降糖作用的主要活性成分、作用靶点,分析和寻找葛根发挥药效作用的通路,了解其多靶点多通路协同作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库获得葛根相关靶点,通过蛋白质相互作用数据库平台及基因功能分析平台获得相关通路及功能注释信息并分析,通过蛋白质网络分析软件构建蛋白质相互作用网络及“化合物-靶点-信号通路-功能”网络进一步确定其多靶点特性,通过分子复合体检测插件,结合其功能和通路对蛋白质相互作用网络进行聚类,获得不同的模块及每个模块的关键基因。通过分子对接对葛根成分小分子及其作用靶点的结合进行验证。结果 筛选到芒柄花黄素、谷甾醇、3′-甲氧基大豆苷元及大豆苷元-4′,7-二葡萄糖苷四种成分。获得3个主要靶点为CYP17A1、NR3C1和HTR2C。结论 通过对靶点功能、通路以及蛋白质相互作用网络的综合分析,共获得3个靶点模块,通过分析其降糖中可能的作用机制及研究现状,能够为葛根的高效利用提供一定的基础。  相似文献   

15.
摘要:目的:基于网络药理学和分子对接探讨西帕依麦孜彼子口服液抗良性前列腺增生(BPH)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取西帕依麦孜彼子口服液的活性成分及靶点;通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD和DrugBank数据库获取BPH的靶点;获取药物-疾病交集靶点;构建"药物-成分-靶点"网络;建立蛋白互作网络(PPI)并进行拓扑分析;核心靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;核心成分与靶点进行分子对接验证。结果:西帕依麦孜彼子口服液治疗BPH的活性成分19个,作用靶点162个;排名前4的核心成分为槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、β-胡萝卜素,靶点为RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1(JUN)、丝裂原激活的蛋白激酶1(MAPK1)、抑癌剂p53(TP53);主要涉及PI3K-AKT和MAPK等多条信号通路;核心成分与靶点具有较好的亲和力。结论:西帕依麦孜彼子口服液治疗BPH是通过多成分-多靶点-多通路共同作用实现的,为后续其机制研究提供依据。  相似文献   

16.
目的 揭示丹参降糖作用的主要活性成分,探讨其"成分-靶点-通路"的作用机制.方法 对丹参中99个活性成分,采用反向药效团匹配方法,在Batman数据库中进行靶点收集,并与DrugBank数据库中降糖药物靶点进行比对,借助String数据库进行靶点信息关系分析,最后使用Cytoscape软件构建"成分-靶点-通路"网络关...  相似文献   

17.
目的 利用网络药理学探讨百部发挥止咳作用的活性成分、作用靶点及相关通路,探究百部止咳的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取并筛选百部主要活性成分及其对应的作用靶点,利用Uniprot蛋白质数据库将作用靶点标准化,利用Cytoscape构建百部"成分–靶点"网络;利用GeneCards获取...  相似文献   

18.
目的 基于网络药理学方法研究香附多成分-多靶点-多途径的抗抑郁潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库、文献挖掘和本实验室已有研究收集香附化学成分,并依据类药原则进行筛选。使用PhamMapper和DrugBank数据库进行靶点预测和筛选,通过MAS 3.0及KEGG通路注释分析香附抗抑郁效应化学成分的作用通路,采用Cytoscape 3.6.1软件构建"化合物-核心靶点-通路"网络,预测其抗抑郁药效成分及相关作用靶点。结果 香附中的69个化合物作用于103个靶点,29个核心靶点。构建的"化合物-核心靶点-代谢通路"网络预测发现,香附中48个化学成分直接或间接作用于15个核心靶点,8条抑郁相关代谢通路,主要涉及细胞过程、对应激的应答等生物过程,通过调节黏附斑、神经营养因子、血管内皮生长因子(VEGF)、促性腺激素释放激素(GnRH)、NOD样受体、胰岛素、趋化因子、ErbB信号通路发挥抗抑郁作用。结论 网络药理学分析结果初步揭示了香附以多成分、多靶点、多通路的协同作用方式发挥抗抑郁效应机制。  相似文献   

19.
目的 通过网络药理学法构建厚朴姜炙前后的差异成分-靶点-通路网络,探讨厚朴姜炙前后药理作用差异的分子机制,揭示厚朴姜炙的科学内涵。方法 查阅文献筛选出厚朴姜炙前后的差异成分,利用Swiss Target Prediction预测差异成分的潜在靶点。利用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络,然后通过DAVID数据库进行GO注释和KEGG通路富集分析,最后运用Cytoscape 3.8.2软件构建差异成分-靶点-通路网络。结果 通过查阅文献共筛选出8个差异成分并预测得到85个靶点。DAVID数据库筛选出排名前10位的KEGG通路,通过Cytoscape 3.8.2软件得到差异成分-靶点-通路网络。结论 厚朴姜炙后可通过紫丁香苷、厚朴酚、和厚朴酚、木兰花碱、木兰箭毒碱及β-桉叶醇等成分含量的变化来改变厚朴的药效作用。姜炙后,厚朴主要是通过血清素突触、钙信号通路、前列腺癌和膀胱癌等信号通路发挥镇痛、抗胃溃疡、抗肿瘤的作用。  相似文献   

20.
目的 基于网络药理学的方法探讨“黄芪-当归”药对抗肾纤维化(renal fibrosis,RF)的作用机制。方法 基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索并筛选“黄芪-当归”药对的潜在活性成分,结合SwissTargetPrediction数据库,获得潜在活性成分所对应的作用靶点,并与通过GeneCards和OMIM数据库检索获得的RF相关靶点进行映射,获得“黄芪-当归”药对抗RF的潜在作用靶点,对得到的靶点通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并筛选核心靶点和Hub靶点;利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体论和KEGG通路富集分析,通过构建“药对-活性成分-核心靶点-通路”网络,并利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证,系统阐释“黄芪-当归”药对抗RF的作用机制。结果 基于TCMSP和SwissTargetPrediction数据库,共获得“黄芪-当归”药对60个潜在活性成分和763个作用靶点,通过与RF相关靶点进行映射,获得352个交集靶点。通过构建PPI网络并进一步筛选,获得“黄...  相似文献   

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