新型冠状病毒核酸检测分析

2020年,由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在国内和其他国家暴发流行。实时荧光定量PCR(RT-PCR)法以其高灵敏度与强特异性,被认为是COVID-19的确诊方法。然而,SARS-CoV-2核酸检测对于阳性患者的阳性率仅有30%~50%,临床较多的疑似病例需多次核酸检测之后才得到阳性结果,使SARS-CoV-2核酸检测阳性作为确诊标准备受质疑。本文结合相关文献及在SARS-CoV-2核酸检测中的工作经验,从病原学、标本采集、核酸提取过程、试剂盒等各个方面对SARS-CoV-2核酸检测方法的影响因素进行深入探讨,对SARS-CoV-2检测出现假阴性或假阳性的原因进行分析与归纳总结,为检测的准确性提供依据,也旨在为基层医院的核酸检测工作提供一定的帮助。     

1种新型冠状病毒核酸检测试剂的性能验证

摘要：目的?验证一种新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂盒的检测性能。方法?依据CNAS-GL039《分子诊断检验程序性能验证指南》，使用2019-nCoV RNA液体性能验证参考品，依次对实时荧光RT-PCR试剂的符合率、检出限、交叉反应、精密度和抗干扰能力进行验证及评价。结果?实时荧光RT-PCR试剂检测2019-nCoV RNA的符合率为100%，检出限为125 copies/mL。该试剂检测人冠状病毒HCoV-OC43、人冠状病毒HCoV-HKU1、人冠状病毒HCoV-229E、人冠状病毒HCoV-NL63、SARS冠状病毒、中东呼吸综合征(MERS)冠状病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒、人副流感病毒、腺病毒、肠道病毒、肺炎支原体、EB病毒、人巨细胞病毒和结核分枝杆菌无交叉反应；2.0×103?copies/mL和2.0×105?copies/mL的精密度参考品N基因检测的批内变异系数(CV)为0.70%及1.36%，批间CV为1.17%及1.72%；ORF1ab基因的批内CV为0.48%及0.52%，批间CV为1.36%及2.39%；加入内源性干扰物血红蛋白及清蛋白、外源性干扰物利巴韦林及阿奇霉素对2019-nCoV RNA的检测结果无影响。结论?该试剂检测2019-nCoV RNA的符合率、检出限、交叉反应、精密度和抗干扰能力均符合临床分子生物学扩增检验的要求，可为临床提供可靠依据。     

不同灭活温度对新型冠状病毒核酸检测的影响

目的 探讨不同灭活温度处理对新型冠状病毒核酸检测的影响.方法 收集该中心2020年1月25至2月25日采集的新型冠状病毒核酸检测阳性标本14份,每份标本分别采取未灭活56℃、35 min和65℃、15 min恒温金属浴灭活处理,比较未灭活标本和灭活标本循环阈值(Ct值),并进行统计学分析.结果 未灭活组和56℃、35 ...     

淮南市新型冠状病毒感染病例实验室核酸检测结果分析

目的分析淮南市336例新型冠状病毒疑似病例核酸检测结果,为控制淮南市新型冠状病毒肺炎提供实验室诊断依据。方法根据国家卫生健康委办公厅《新型冠状病毒防控方案(第四版)》及《新型冠状病毒防控方案(第五版)》要求,通过对淮南市336例新型冠状病毒疑似病例同时采集咽拭子和痰液标本进行实验室核酸检测,并对核酸检测结果按年龄、性别分布、发病时间与检测阳性率关系及标本类型检测进行分析。结果淮南市从发现到零确诊(2020年1月24日～2020年2月19日)共检测新型冠状病毒疑似病例336人,核酸检测阳性病例总数为27例,阳性率8.04%(咽拭子或痰液标本中有任何一个核酸检测结果阳性即判定该病例为阳性);27例阳性病例中有19例为家庭聚集性病例;阳性病例中最小年龄15岁,最大年龄78岁,年龄中位数为40岁;阳性病例中男性15例(55.56%)、女性12例(44.44%),男女比例为1.25∶1;核酸检测阳性病例数主要集中在发病1～14天,核酸检测阳性平均发病时间为5天;痰液标本核酸检测阳性率大于咽拭子标本核酸检测阳性率;痰液标本核酸检测Ct值普遍低于咽拭子标本核酸检测的Ct值;27例阳性病例中病情发展为普通型26例,重型1例;截至3月2日,27例病例中已出院病例23例,剩余4例病情基本稳定。结论通过对淮南市336例新型冠状病毒核酸检测结果分析,有利于对新型冠状病毒肺炎病例进行早期诊断;在新型冠状病毒肺炎实验室诊断病例及出院病人实验室诊断时不能仅以咽拭子标本核酸检测阴性作为排除感染及治愈标准,而需同时检测病人咽拭子和痰液标本进行综合判断;加强个人卫生管理及人员密集的密闭公共场所的环境消毒工作,更有利于新型冠状病毒肺炎疫情防控。     

多套仪器组成的新型冠状病毒核酸检测系统的性能验证方案设计

为新型冠状病毒核酸检测实验室提供适用于多台核酸提取仪和多台荧光定量PCR仪组成的检测系统的性能验证方案。本研究以配置4台核酸提取仪和4台荧光定量PCR仪的新型冠状病毒核酸检测系统为例,验证参数包括方法符合率、精密度和检出限,设计出三套性能验证方案。经过对三套性能验证方案的比较分析,笔者认为方案三最优,其方案是首先在1台核酸提取仪上提取核酸,分别在4台荧光定量PCR仪上进行扩增检测,以验证4台荧光定量PCR仪的性能,然后分别在4台核酸提取仪上提取核酸,在同一台荧光定量PCR仪上扩增检测,以验证4台核酸提取仪的性能,达到了16套组合检测系统的验证效果,保证了新型冠状病毒核酸检测的质量,试剂消耗和时间成本适中,可以有效、经济、快速地评估各性能参数是否符合厂商的声明。     

新型冠状病毒核酸检测的性能验证及评价

目的验证实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)检测系统的主要性能。方法参考《医学实验室质量和能力的要求》第1部分通用要求GB/T22576.1-2018和第10部分分子生物检验学领域的要求GB/T22576.10-2018对该实验室RT-qPCR检测SARS-CoV-2核酸的检测系统的符合率、重复性、检出限、抗干扰能力、交叉反应等性能特征进行验证及评价。结果该实验室与国家卫生健康委临床检验中心2020年第1、2次SARS-CoV-2室间质评标本的阳性符合率为92%,阴性符合率为100%,总符合率为95%,其中有1例阳性标本未检出阳性,系标本浓度低于最低检测限;弱阳性标本检测的靶基因ORF-1ab和N的Ct值的批内变异系数(CV)分别为1.38%和1.16%,批间CV分别为1.84%和1.72%,均小于5%;检测限浓度(500 copies/mL)标本5次重复检测SARS-CoV-2核酸结果均为阳性;在加入严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)、磷酸盐缓冲液(PBS)、人冠状病毒NL63(NL63)、人冠状病毒HKU1(HKU1)、人冠...     

国产实验室新型冠状病毒核酸快速检测试剂上市后多中心临床评价

目的对我国已批准上市的5种新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸快速检测试剂进行多中心临床评价。方法 2020年11月在浙江大学医学院附属第一医院、华中科技大学同济医学院附属同济医院和中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所3家机构选取共计57份确诊2019-nCoV感染者及15份非感染者的咽拭子样本, 对获批上市的5种2019-nCoV核酸快速检测试剂进行检测, 分析阳性符合率、阴性符合率、总符合率, 并分析阳性强度与阳性符合率的关系, 检测时间和复检率情况。结果 5种试剂盒阳性符合率为92.59%(50/54)、83.64%(46/55)、98.25%(56/57)、94.44%(51/54)和98.18%(54/55);阴性符合率为93.33%(14/15)、93.33%(14/15)、86.67%(13/15)、100%(14/14)和93.33%(14/15);总符合率为92.75%(64/69)、85.71%(60/70)、95.83%(69/72)、94.20%(65/69)和97.14%(68/70)。5种试剂盒对强阳性和中阳性标本的检出率均为100%(90/90、84/8...     

新型冠状病毒核酸提取方法的性能评价及临床应用

目的 评价3种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸提取方法的分析性能及临床应用价值.方法采用目前临床常用的裂解法、柱提法和磁珠法提取SARS-CoV-2核酸,通过实时荧光反转录聚合酶链反应及自建检测系统检测SARS-CoV-2核酸[开放阅读框(ORF)1ab、核衣壳蛋白(N)],评价3种核酸提取方法下的检测精密度、...     

一种新型冠状病毒核酸检测试剂在4个检测体系中的检出限分析

目的 验证一种新型冠状病毒核酸检测试剂在4个不同检测体系中的检出限,以提升新型冠状病毒核酸检测质量。方法 选择1个试剂配套体系和3个非配套体系,使用中国计量科学研究院新型冠状病毒全序列假病毒核糖核酸标准物质验证检出限性能,并对未通过验证的体系进行分析,以查找原因。结果 该试剂在4个检测体系中检出限验证均通过,其中非配套体系1检出能力最强,其次为配套体系和非配套体系2。缩短细胞裂解、核酸释放与磁珠结合时间、减少核酸洗涤次数会影响试剂检出限。结论 该试剂检出限性能可满足检测需求。相关部门应出台相应仪器的生产标准和校准标准;实验室应关注加样量、非配套体系的优化和仪器设备的维护、保养、校准。     

六种新型冠状病毒核酸检测试剂的性能评价及其与核酸提取试剂匹配性分析

目的:通过比较6种新型冠状病毒（2019-nCoV）核酸检测试剂的最低检出限、扩增效率、特异性、准确度以及与6种核酸提取试剂匹配性分析,为选择核酸提取试剂、扩增试剂以及临床诊疗提供科学依据。方法:将国家标准物质进行浓度梯度稀释得到6个浓度梯度,用广州达安、北京金豪、武汉明德、四川迈克、江苏硕世和上海之江6种2019-n...     

新型冠状病毒核酸检测的主要影响因素及控制措施

新型冠状病毒肺炎于2020年2月11日被世界卫生组织(WHO)命名为COVID-19(coronavirus disease 19)。自COVID-19疫情暴发以来,核酸检测作为病毒感染的直接证据在疾病的诊断、治疗和防控中起到关键作用。但因部分病例确诊前多次核酸检测均呈阴性,核酸检测结果的可靠性受到临床广泛质疑。这种“假阴性”结果除与检测方法的检出能力有关外,还与标本的采集、保存、运输以及疾病的进程和病毒特点密切相关。该文结合本实验室在核酸检测实践中遇到的一些实际问题,对影响核酸检测的分析前、中、后等多种因素进行分析和探讨,并提出提高核酸检测质量的具体措施。     

一种国产新型冠状病毒核酸检测试剂盒的性能验证

目的　评估一种国产新型冠状病毒（SARS-CoV-2）核酸检测试剂盒是否满足临床SARS-CoV-2 核酸检测要求。 方法　采用15 例SARS-CoV-2 核酸阳性和15 例SARS-CoV-2 核酸阴性的临床样本,1 支SARS-CoV-2 RNA 干粉标准 品,5 支阳性定值参考品和5 支阴性定值参考品,对该试剂盒检测SARS-CoV-2 阴性和阳性符合率、精密度、检出限和 交叉反应进行验证。结果　20 例阴性和20 例阳性样本的N 基因和ORF1ab 基因阴阳符合率均为100%。2 例阳性样本 ORF1ab 基因重复性CV 为0.41%~0.56%,优于N 基因重复性,N 基因和ORF1ab 基因重复性、实验室总不精密度CV 均＜ 5%。检出限重复20 次的检出率为100%,SARS-CoV-2 与常见呼吸道病原体、与SARS-CoV-2 同种属病毒（人副 流感病毒1 型、鼻病毒、MERS,SARS,甲型流感病毒、乙型流感病毒、冠状病毒HKU1,NL63,229E 和OC43）之间不 产生交叉反应。 结论　该试剂盒阴阳性符合率一致,重复性好。SARS-CoV-2 与常见呼吸道病原体,与SARS-CoV-2 同 种属病毒不会产生交叉反应,适用于临床实验室和检测机构进行SARS-CoV-2 核酸筛查。     

不同检测系统对新型冠状病毒核酸的检测结果分析

目的评价不同检测系统对新型冠状病毒(2019-n Co V)核酸的检测能力差异,为选择2019-n Co V核酸检测试剂提供指导。方法用本实验室在用的提取试剂、扩增试剂及扩增仪组合成8个检测系统,分别对国家卫生健康委临床检验中心2019-n Co V室间质评发放的12个样本进行检测。结果纳入统计指标的10个样本中,有5个2019-n Co V阴性样本,8个检测系统对5份阴性样本均为未检出,与预期结果相符,另5份2019-n Co V阳性样本中,8个检测系统均未检出202010(128 copies/m L),均检测出202004、202008、202011。对202002(640 copies/m L)弱阳性样本,只有B及D 2个检测系统检出,其余均未检出。B及D检测系统扩增试剂均为e扩增试剂,检测的符合率总体优于f扩增试剂。N区的阳性率高于ORF区,样本2019-n Co V拷贝数越低,这一现象越显著。A-D检测系统检测到的ORF1ab基因的阳性率高于E-H检测系统,A-D检测系统均使用的是b快速提取试剂,而E-H检测系统使用的是a提取试剂,提取试剂的提取效率对检测结果影响较大。结论...     

新型冠状病毒核酸临床检测要点及经验

2019年12月以来,新型冠状病毒感染引起的肺炎病例数快速攀升。因患者体内病毒核酸的存在是目前唯一的确诊依据,而目前临床上普遍反映核酸检测阳性率不够理想,故对病毒核酸检测的实验室条件、检验人员及检测过程中各个环节都有较高要求。本文着重阐述了新型冠状病毒核酸检测各个环节中的检测要点、最新的行业规范及共识内容,同时探讨临床检测中的疑难问题,以期为新型冠状病毒所致疾病的准确诊断提供理论依据。     

4种不同核酸提取试剂在自建新型冠状病毒核酸检测系统中性能比较

目的 比较不同品牌核酸提取试剂盒在自建新型冠状病毒核酸检测中的性能差异,为临床实验室自建新型冠状病毒核酸检测系统提供参考依据。方法 将第3方新型冠状病毒核酸检测质控品稀释成4种浓度,采用上海之江生物科技股份有限公司(A)、重庆中元生物技术有限公司(B)、广州和信生物科技有限公司(C)及杭州博日科技有限公司(D)4个不同厂家核酸提取试剂组成的4种自建检测系统进行检测,比较其阳性检出率及批内重复性。结果 在不同浓度样本中,D品牌提取试剂盒提取的样本结果阳性率最高,靶基因检出率最高;B品牌扩增结果的Ct值最小,提取产物浓度最高。结论 不同品牌核酸提取试剂的提取性能在自建检测系统中存在一定差异,实验室在自建核酸检测系统时,选择核酸提取试剂盒时应进行充分验证,以保证检测结果的准确性。     

2种国产新型冠状病毒核酸检测试剂检测结果的比较与分析

目的对不同的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测试剂的检测结果进行比较和分析,以供实验室参考。方法收集本院2月9日至2月11日期间共101例检测SARS-CoV-2核酸的临床样本,用两种国产试剂盒进行平行检测,根据检测结果比较试剂盒差异。结果 101例样本中试剂A阳性32例(阳性率31.68%),阴性56例(阴性率55.45%),试剂B阳性35例(阳性率34.65%),阴性53例(阴性率52.48%),两组对比,差异无统计学意义(c2=0.2169,P=0.8972)。试剂单通道结果统计发现两种试剂盒N检测位点检出率较ORF1a/b检测位点检出率高,其中试剂A两个通道的检出率分别为ORF1a/b:31.68%,N:44.55%;试剂B为ORF1a/b:35.64%,N:40.59%且14例确诊患者检测结果显示两种试剂盒对于N位点检出的Ct值非常接近。结论本研究中两种SARS-CoV-2核酸检测试剂的检出率无明显差异,两种试剂盒的N位点检出率都较ORF1a/b高,且两种试剂盒对于N基因检测结果相似。     

不同核酸提取方法和新型冠状病毒核酸检测试剂室间质评结果分析

目的 分析2种不同核酸提取方法和2种新型冠状病毒核酸检测试剂检测室间质评样本的结果,进行性能比较.方法收集2020年江苏省临床检验中心和国家卫生健康委临床检验中心发放的新型冠状病毒核酸检测室间质量评价样本共15份,用2种常用核酸提取方法(磁珠法、核酸释放剂法)、2个厂家实时荧光定量PCR核酸扩增检测试剂检测,进行质评物...     

新型冠状病毒核酸血液筛查方法的验证及应用

目的 对适用于新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)核酸血液筛查的检测系统进行性能评价和临床应用,为SARS-CoV-2核酸检测在新冠康复者血浆筛查中的应用提供依据和技术手段.方法 采用实时荧光定量PCR法检测SARS-CoV...     

5种新型冠状病毒核酸检测试剂应用于DXcellenceTM全自动核酸检测分析系统的性能评估

目的 探讨5种新型冠状病毒核酸检测试剂与DXcellence^TM全自动核酸检测分析系统的适配性,为临床实验室选择新型冠状病毒核酸检测方法和仪器提供参考依据。方法 参考《病原体核酸即时检测质量管理要求专家共识》对定性项目的性能验证要求,在DXcellence^TM全自动核酸检测分析系统上,搭配艾科诺公司(简称Accunome)的核酸提取纯化试剂盒,评价5种新型冠状病毒核酸检测试剂(杭州金迪安、武汉明德、江苏硕世、北京金豪和上海思路迪,简写为JDA、MD、SS、JH、SLD)的性能。结果 5种新型冠状病毒核酸检测试剂均可配合Accunome公司的核酸提取纯化试剂盒,在DXcellence^TM全自动核酸检测分析系统上实现样本进、结果出的检测。5种试剂检测时间为：单个样本54～94 min, 12个样本65～105 min。JDA、MD、JH试剂对新型冠状病毒开放阅读框1ab基因(ORF1ab基因)329～450 copies/mL的检出率均为100%,在核衣壳蛋白基因(N基因)260 copies/mL的检出率均为100%;SS...